Tesis de Magíster en Bioquímica área de Especialización en Toxicología y Diagnóstico Molecular / La identificación humana a través del análisis de ADN se basa en la
genotipificación de STRs (del inglés Short Tandem Repeat). En Chile la Ley
19.970 solicita establecer la huella genética con al menos trece STRs, los del
sistema CODIS (del inglés Combined DNA Index System) del FBI (del inglés
Federal Bureau of Investigation). En el 2012 el FBI propuso expandir el
número de marcadores STRs de 13 a 21, y el año 2015 finalmente se
propuso la expansión a 20 STRs. Debido a esto se dispuso en el mercado
sistemas comerciales, dentro de los que se encuentra el sistema GlobalFiler®
PCR Amplification Kit (Applied Biosystems) que amplifica simultáneamente
veintiún marcadores STRs autosómicos, un marcador STR del cromosoma Y,
un marcador polimórfico del cromosoma Y (Y indel) y el marcador de sexo
Amelogenina.
Debido a que los datos de las frecuencias alélicas respaldan los cálculos
estadísticos en los estudios forenses, y a que no se cuenta con las
frecuencias alélicas de los marcadores STRs del nuevo núcleo CODIS para la
población chilena, es esencial determinar las frecuencias alélicas de cada uno
de estos marcadores STRs y establecer los parámetros forenses para evaluar
la utilidad de cada marcador. En este contexto el objetivo del presente estudio
fue determinar las frecuencias alélicas y los parámetros forenses de interés,
para los veintiún marcadores STRs incluidos en el sistema comercial GlobalFiler® PCR Amplification Kit (Applied Biosystems) para 920 muestras
obtenidas de individuos no emparentados de diferentes ciudades de Chile. Se
determinó para cada STR en estudio, la distribución de las frecuencias
alélicas y los parámetros estadísticos forenses, PD (del inglés Power of
Discrimination), PIC (del inglés Polymorphism Information Content), PE (del
inglés Power of Exclusion), PM (del inglés Probability of a match),
Heterocigotos esperados (He), Heterocigotos observados (Ho), equilibrio
Hardy–Weinberg (HWE). Los parámetros forenses del presente estudio
fueron comparados con los parámetros forenses de los STRs que
actualmente se utilizan en Chile.
Se determinó las frecuencias alélicas y los parámetros forenses. Los STRs
estudiados mostraron un alto polimorfismo. Los tres STRs más informativos
fueron SE33, FGA y D1S1656. Los marcadores STRs TPOX y D22S1045
fueron los menos polimórficos. No se observó desviación significativa del
equilibrio de HWE (p>0,05). PD y PE combinado fueron mayor que
0,99999999. El conjunto de STRs estudiados presentó un alto poder de
discriminación, ocho órdenes de magnitud más que los sistemas actualmente
utilizados en Chile. Adicionalmente, se realizaron análisis entre las diferentes
poblaciones estudiadas, Arica, Iquique, La Serena, Coquimbo, Santiago
(sector público y privado), Chillan, Temuco y Puerto Montt. Para esto se
determinaron las frecuencias alélicas y el HWE para cada marcador STR. Se determinaron los alelos privados y los valores de FST entre pares de
poblaciones. Se observó desviación significativa del equilibrio de HWE
(p>0,05), sin embargo, luego de la corrección de Bonferroni, no se observaron
desviaciones HWE (p>0,00026). En cada población al menos dos alelos
privados difieren. Se observaron valores bajos de FST, siendo el valor
0,00534 el más alto observado entre la población de Arica y Santiago sector
público. El dendrograma construido a partir de la matriz de FST muestra
diferencias entre poblaciones consistentes con la distribución geográfica. Se
realizó un análisis de ancestría global, que muestra que la mayoría de los
individuos estudiados se distribuyen entre el componente caucásico y el
componente presuntamente amerindio
En conclusión, las frecuencias alélicas determinadas en este estudio son
útiles para ser usadas por la comunidad forense y estos marcadores STRs
son altamente polimórficos en la población chilena. Con estos STRs solo se
evidencio una pequeña diferenciación genética entre las poblaciones
estudiadas / Human identification through analysis of the DNA is based on genotyping of
polymorphic regions, known as STR (Short Tandem Repeat). In Chile the law
19.970 requests genotyping of at least thirteen STRs markers, autosomal STR
loci of the CODIS (Combined DNA Index System) of FBI (Federal Bureau of
Investigation) to establish the DNA fingerprinting of an individual. In 2012 the
FBI proposed to expand the number of STRs from 13 to 21. Finally, in 2015 the
FBI proposed to expand the number to 20 STRs. For this reason different kits
being commercially available, such as GlobalFiler® PCR Amplification Kit
(Applied Biosystems) multiplex assay that amplifies 21 autosomal STR loci, 1 YSTR,
1 insertion/deletion polymorphic marker on the Y chromosome (Y indel)
and sex determining marker Amelogenin.
Because allele frequencies data support statistical calculation in forensic
studies and due to the lack of allele frequency data for the Chilean population
for CODIS core loci, it’s essential to determine the allelic frequencies of each of
these STR markers. In this context, the aim of the present work is to estimated
the allele frequencies and statistical parameters of forensic interest for the 21
autosomal STR loci included in the GlobalFiler® PCR Amplification Kit (Applied
Biosystems) in a set of 920 samples collected from unrelated individuals at different localities from Chile. Frequency distributions and the forensic
parameters power of discrimination (PD), polymorphism information content
(PIC), power of exclusion (PE) and the probability of a match (PM), expected
heterozygosity (He), observed heterozygosity (Ho) and Hardy–Weinberg
equilibrium (HWE) were determined for each of these STRs. The forensic
parameters obtained in this study were compared with parameters of the STR
markers currently used in Chile.
This study showed a high levels of polymorphism in the simple set. The three
most informative markers identified in this study were SE33, FGA and D1S1656.
TPOX and D22S1045 were the least polymorphic markers. No deviations from
HWE expectations (p>0,05) were found. Combined PD and PE were greater
than 0,99999999. Offering a high power of discrimination, eight orders of
magnitude more than the STR markers currently used in Chile. Additionally, an
analysis was performed between populations, the allele frequencies and HWE
were estimated for each of these STRs for different localities including Arica,
Iquique, La Serena, Coquimbo, Santiago (Public and Private), Chillan, Temuco,
and Puerto Montt. Private alleles and populations pairwise FST values were
estimated. Statistically significant deviations from HWE expectations (p>0,5)
were found; However, after using Bonferroni’s correction (p>0,00026) no
deviations from HWE expectations were detected. At least two private alleles
that differ in each population were found. Low FST values were observed, and the larger FST value between populations (Arica- Santiago Public) was 0,00534.
The dendrogram constructed from Matrix of pairwise FST showed differences
between populations that are consistent with the geographical distribution of
Chile. A study was carried out of global ancestry that showed that the individuals
studied are distributed between caucasian component and possibly amerindian
component.
In conclusion, the allele frequencies estimated in this study are useful for the
forensic community. STRs markers are highly polymorphic in the Chilean
population and more informative than STR markers currently used in Chile. The
results do not show any appreciable differences between studied populations
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UCHILE/oai:repositorio.uchile.cl:2250/150092 |
| Date | January 2017 |
| Creators | Aguirre Orellana, Nieves Alejandra |
| Contributors | Moraga Vergara, Mauricio, Morales Martínez, Priscilla |
| Publisher | Universidad de Chile |
| Source Sets | Universidad de Chile |
| Language | Spanish |
| Detected Language | Spanish |
| Type | Tesis |
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