Eine Hauptanwendung der Einzelpartikel-Analyse in der Kryo-Elektronenmikroskopie ist die Charakterisierung der dreidimensionalen Struktur makromolekularer Komplexe. Dazu werden zehntausende Bilder verwendet, die verrauschte zweidimensionale Projektionen des Partikels zeigen. Im ersten Schritt werden ein niedrig aufgelöstetes Anfangsmodell rekonstruiert sowie die unbekannten Bildorientierungen geschätzt. Dies ist ein schwieriges inverses Problem mit vielen Unbekannten, einschließlich einer unbekannten Orientierung für jedes Projektionsbild. Ein gutes Anfangsmodell ist entscheidend für den Erfolg des anschließenden Verfeinerungsschrittes.
Meine Dissertation stellt zwei neue Algorithmen zur Rekonstruktion eines Anfangsmodells in der Kryo-Elektronenmikroskopie vor, welche auf einer groben Darstellung der Elektronendichte basieren. Die beiden wesentlichen Beiträge meiner Arbeit sind zum einen das Modell, welches die Elektronendichte darstellt, und zum anderen die neuen Rekonstruktionsalgorithmen.
Der erste Hauptbeitrag liegt in der Verwendung Gaußscher Mischverteilungen zur Darstellung von Elektrondichten im Rekonstruktionsschritt. Ich verwende kugelförmige Mischungskomponenten mit unbekannten Positionen, Ausdehnungen und Gewichtungen. Diese Darstellung hat viele Vorteile im Vergleich zu einer gitterbasierten Elektronendichte, die andere Rekonstruktionsalgorithmen üblicherweise verwenden. Zum Beispiel benötigt sie wesentlich weniger Parameter, was zu schnelleren und robusteren Algorithmen führt.
Der zweite Hauptbeitrag ist die Entwicklung von Markovketten-Monte-Carlo-Verfahren im Rahmen eines Bayes'schen Ansatzes zur Schätzung der Modellparameter. Der erste Algorithmus kann aus dem Gibbs-Sampling, welches Gaußsche Mischverteilungen an Punktwolken anpasst, abgeleitet werden. Dieser Algorithmus wird hier so erweitert, dass er auch mit Bildern, Projektionen sowie unbekannten Drehungen und Verschiebungen funktioniert.
Der zweite Algorithmus wählt einen anderen Zugang. Das Vorwärtsmodell nimmt nun Gaußsche Fehler an. Sampling-Algorithmen wie Hamiltonian Monte Carlo (HMC) erlauben es, die Positionen der Mischungskomponenten und die Bildorientierungen zu schätzen.
Meine Dissertation zeigt umfassende numerische Experimente mit simulierten und echten Daten, die die vorgestellten Algorithmen in der Praxis testen und mit anderen Rekonstruktionsverfahren vergleichen.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:uni-goettingen.de/oai:ediss.uni-goettingen.de:11858/00-1735-0000-0028-8703-E |
| Date | 04 March 2016 |
| Creators | Joubert, Paul |
| Contributors | Habeck, Michael Dr. |
| Source Sets | Georg-August-Universität Göttingen |
| Language | English |
| Detected Language | German |
| Type | doctoralThesis |
| Rights | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ |
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