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Avaliação comparativa entre PCR gênero-específica, PCR espécie-específica e nested PCR espécie-específica no diagnóstico da infecção por Brucella ovis

Costa, Luciana Fachini da [UNESP] 29 June 2010 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-06-29Bitstream added on 2014-06-13T20:08:22Z : No. of bitstreams: 1 costa_lf_me_botfmvz.pdf: 594547 bytes, checksum: 7d609573704d70bd41e6633e86629767 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O diagnóstico da infecção por Brucella ovis em ovinos usualmente é realizado por meio de exame clínico, testes sorológicos e bacteriologia. Devido às limitações apresentadas pelas técnicas, o diagnóstico é geralmente obtido mediante aplicação de duas ou mais técnicas para obtenção de um resultado conclusivo. A Reação em Cadeia pela Polimerase (PCR) tem sido utilizada como ferramenta diagnóstica aplicável, pois é sensível, pouco dispendiosa, rápida, simples de ser realizada e permite o diagnóstico específico do agente infectante. Neste trabalho foram realizados dois experimentos. No primeiro compararam-se os percentuais de positividade em duas técnicas de PCR padronizadas, sendo a primeira gênero-específica e a seguinte espécie-específica, em 191 amostras de sêmen e 214 de urina provenientes de ovinos inoculados experimentalmente com a cepa de B. ovis REO 198. Posteriormente, desenvolveu-se a nested PCR a partir do produto amplificado da reação espécie-específica, e o percentual de positividade obtido pela nested PCR foi comparado aos obtidos pelas PCRs gênero-específica e espécie-específica. Foi observada diferença significativa no percentual de positividade (P<0,05) entre PCR gênero-específica e PCR espécie-específica (24,08% e 15,18%, respectivamente) para amostras de sêmen de ovinos e concordância moderada entre os resultados destas técnicas (kappa de 0,623); para amostras de urina, não houve diferença significativa entre as positividades obtidas pela PCR gênero-específica e a espécie-específica (10,28% e 7,011%, respectivamente), e a concordância entre os resultados foi moderada (kappa de 0,6167). A nested PCR espécie-específica apresentou percentual de positividade significativamente maior (P<0,001) quando comparada às PCRs gênero-específica e espécie-específica em amostras de sêmen (53,93%) e de urina (49,07%)... / Diagnosis of Brucella ovis infection in rams is routinely performed by clinical examination, serology and bacteriology. Due to limitations presented by each technique, the diagnosis is usually made by two or more techniques to obtain a conclusive result. The Polymerase Chain Reaction (PCR) has been used as a diagnostic tool applicable because it is sensitive, inexpensive, rapid, simple to perform and allows the specific diagnosis of infectious agents. In this study, the positivity percentages of two techniques of PCR previous described, one genus-specific and other species-specific, were measured in 191 semen and 214 urine samples from sheep experimentally infected with strain of B. ovis REO 198. Then, a species-specific nested PCR was developed from amplified products of the species-specific PCR, and the percentage of positivity obtained by nested PCR was compared to those obtained by genus and species-specific PCRs. Significant difference was observed when comparing the percentage of positivity (P <0.05) between genus-specific and species-specific PCR (24.08% and 15.18%, respectively) in semen samples from sheep, and there was moderate agreement between the results of these techniques ( kappa 0.623). In urine, no significant difference between the percentages of positives samples obtained by genus and species-specific PCR was observed (10.28% and 7.011% respectively) and the concordance between the results was moderate (kappa 0.6167). The species-specific nested PCR showed significantly higher percentage of positivity (P <0.001) when compared to genus-specific and species-specific PCRs in semen (53.93%) and urine (49.07%). Thus, according to the results obtained in this experiment, the species-specific PCR showed the lower percentage of positivity when compared to genus-specific PCR, but the implementation of the species-specific nested PCR showed highly significant increase... (Complete abstract click electronic access below)
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Avaliação comparativa entre PCR gênero-específica, PCR espécie-específica e nested PCR espécie-específica no diagnóstico da infecção por Brucella ovis /

Costa, Luciana Fachini da. January 2010 (has links)
Resumo: O diagnóstico da infecção por Brucella ovis em ovinos usualmente é realizado por meio de exame clínico, testes sorológicos e bacteriologia. Devido às limitações apresentadas pelas técnicas, o diagnóstico é geralmente obtido mediante aplicação de duas ou mais técnicas para obtenção de um resultado conclusivo. A Reação em Cadeia pela Polimerase (PCR) tem sido utilizada como ferramenta diagnóstica aplicável, pois é sensível, pouco dispendiosa, rápida, simples de ser realizada e permite o diagnóstico específico do agente infectante. Neste trabalho foram realizados dois experimentos. No primeiro compararam-se os percentuais de positividade em duas técnicas de PCR padronizadas, sendo a primeira gênero-específica e a seguinte espécie-específica, em 191 amostras de sêmen e 214 de urina provenientes de ovinos inoculados experimentalmente com a cepa de B. ovis REO 198. Posteriormente, desenvolveu-se a nested PCR a partir do produto amplificado da reação espécie-específica, e o percentual de positividade obtido pela nested PCR foi comparado aos obtidos pelas PCRs gênero-específica e espécie-específica. Foi observada diferença significativa no percentual de positividade (P<0,05) entre PCR gênero-específica e PCR espécie-específica (24,08% e 15,18%, respectivamente) para amostras de sêmen de ovinos e concordância moderada entre os resultados destas técnicas (kappa de 0,623); para amostras de urina, não houve diferença significativa entre as positividades obtidas pela PCR gênero-específica e a espécie-específica (10,28% e 7,011%, respectivamente), e a concordância entre os resultados foi moderada (kappa de 0,6167). A nested PCR espécie-específica apresentou percentual de positividade significativamente maior (P<0,001) quando comparada às PCRs gênero-específica e espécie-específica em amostras de sêmen (53,93%) e de urina (49,07%)... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Diagnosis of Brucella ovis infection in rams is routinely performed by clinical examination, serology and bacteriology. Due to limitations presented by each technique, the diagnosis is usually made by two or more techniques to obtain a conclusive result. The Polymerase Chain Reaction (PCR) has been used as a diagnostic tool applicable because it is sensitive, inexpensive, rapid, simple to perform and allows the specific diagnosis of infectious agents. In this study, the positivity percentages of two techniques of PCR previous described, one genus-specific and other species-specific, were measured in 191 semen and 214 urine samples from sheep experimentally infected with strain of B. ovis REO 198. Then, a species-specific nested PCR was developed from amplified products of the species-specific PCR, and the percentage of positivity obtained by nested PCR was compared to those obtained by genus and species-specific PCRs. Significant difference was observed when comparing the percentage of positivity (P <0.05) between genus-specific and species-specific PCR (24.08% and 15.18%, respectively) in semen samples from sheep, and there was moderate agreement between the results of these techniques ( kappa 0.623). In urine, no significant difference between the percentages of positives samples obtained by genus and species-specific PCR was observed (10.28% and 7.011% respectively) and the concordance between the results was moderate (kappa 0.6167). The species-specific nested PCR showed significantly higher percentage of positivity (P <0.001) when compared to genus-specific and species-specific PCRs in semen (53.93%) and urine (49.07%). Thus, according to the results obtained in this experiment, the species-specific PCR showed the lower percentage of positivity when compared to genus-specific PCR, but the implementation of the species-specific nested PCR showed highly significant increase... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Jane Megid / Coorientador: Renato de Lima Santos / Banca: Sony Dimas Bicudo / Banca: Luis antônio Mathias / Mestre
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Comportamento reológico e propriedades termofísicas da polpa do fruto do mandacaru. / Rheological behavior and thermophysical properties of mandacaru fruit pulp.

NUNES, João Tavares. 13 June 2018 (has links)
Submitted by Deyse Queiroz (deysequeirozz@hotmail.com) on 2018-06-13T13:06:26Z No. of bitstreams: 1 JOÃO TAVARES NUNES - DISSERTAÇÃO PPGEA 2011..pdf: 11091920 bytes, checksum: d63185b45641e3f0c461d42c911f608b (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-13T13:06:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JOÃO TAVARES NUNES - DISSERTAÇÃO PPGEA 2011..pdf: 11091920 bytes, checksum: d63185b45641e3f0c461d42c911f608b (MD5) Previous issue date: 2011-09 / Com o intuito de aproveitar o fruto do mandacaru produzido na região semiárida do Nordeste visando à produção de polpas e sucos, o presente trabalho teve como objetivo determinar as principais propriedades termofísicas, massa específica, condutividade térmica, difusividade térmica e calor específico, além do comportamento reológico das polpas integral e concentradas do fruto do mandacaru até os teores de 35 e 56 °Brix. A massa específica foi determinada pelo método picnométrico; para a difusividade térmica utilizou-se o método do cilindro infinito de Dickerson; o valor do calor específico foi obtido usando através do método das misturas e a condutividade térmica foi calculada por método indireto. Equações propostas em literatura também foram utilizadas para estimar as propriedades termofísicas. Os dados reológicos foram determinados utilizando-se um viscosímetro Brookfield e os modelos de Casson, Ostwald-de-Waelle e Herschel-Bulkley, ajustados aos dados experimentais, ressaltando-se que o último modelo foi o que proporcionou os melhores ajustes. As polpas com a concentração de 12 °Brix apresentaram comportamento não-newtoniano do tipo dilatante; no entanto, as polpas com concentrações de 35 e 56 °Brix apresentaram comportamento não newtoniano do tipo pseudoplástico. A viscosidade foi influenciada pela concentração e temperatura. A polpa integral do fruto do mandacaru foi considerada um alimento ácido, com baixo conteúdo mineral, alto teor de umidade e de atividade de água, com predominância da intensidade de amarelo. As propriedades termofísicas se mantiveram em faixa esperada para polpas de frutas. A massa específica aumentou com o aumento do teor de sólidos solúveis totais e o calor específico e a difusividade térmica diminuíram com o aumento da concentração. Das equações utilizadas para estimar a massa específica, calor específico, difusividade térmica e condutividade térmica, apenas as referentes a massa específica podem ser consideradas razoáveis para todas as amostras, com erros abaixo de 20%. / In order to make better use of mandacaru fruit grown in the semiarid Northeast of Brazil for pulp and fruit production, this study sought to determine the main thermophysical properties, density, thermal conductivity and specific heat capacity, in addition to rheological behavior of whole and concentrated mandacaru fruit pulp up to a content of 35 and 56 °Brix. Density was determined by the pycnometric method; the Dickerson infinite cylinder method was used for thermal diffusivity; the heat capacity value was obtained by the method of mixtures and thermal conductivity by the indirect method. Equations proposed in the literature were also applied to estimate thermophysical properties. Rheological data were determined using a Brookfield viscometer and Casson, Ostwald-de-Waelle and Herschel-Bulkley models, fit to experimental data, with the last model exhibiting best fit. Pulps with a concentration of 12 °Brix showed dilatant non- Newtonian behavior; however, those with concentrations of 35 and 56 °Brix displayed pseudoplastic non-Newtonian behavior. Viscosity was influenced by concentration and temperature. Mandacaru whole fruit pulp, predominantly yellow, was considered acidic, with low mineral content, high moisture content and water activity. Thermophysical properties were in the expected range for fruit pulp. Density increased with a rise in soluble solid content, while heat capacity and thermal diffusivity decreased with increased concentrations. Of the equations used to estimate density, heat capacity, thermal diffusivity and thermal conductivity, only those related to density are adequate for ali samples, with an error of less than 20%.
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Caracterização fenotípica, susceptibilidade a antimicrobianos e pesquisa do gene mecA em linhagens de Stahylococcus coagulase negativo recuperadas de resíduos dos serviços de saúde

Nascimento, Thiago César 31 August 2009 (has links)
Submitted by isabela.moljf@hotmail.com (isabela.moljf@hotmail.com) on 2017-07-04T10:49:24Z No. of bitstreams: 1 thiagocesarnascimento.pdf: 6704668 bytes, checksum: 0e0db297bca1e923e15facfe0e7b0aa7 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-08-08T13:57:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 thiagocesarnascimento.pdf: 6704668 bytes, checksum: 0e0db297bca1e923e15facfe0e7b0aa7 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-08T13:57:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 thiagocesarnascimento.pdf: 6704668 bytes, checksum: 0e0db297bca1e923e15facfe0e7b0aa7 (MD5) Previous issue date: 2009-08-31 / FAPEMIG - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Acredita-se que os resíduos de serviços de saúde (RSS) possam atuar como veículos de disseminação de microrganismos potencialmente patogênicos e de marcadores de resistência a drogas antimicrobianas. Assim, considerando-se os riscos para saúde humana e ambiental associados ao fenômeno da resistência microbiana a drogas, nossos objetivos foram identificar linhagens de Staphylococcus coagulase negativo (SCN) isoladas do chorume percolado dos RSS no aterro sanitário de Juiz de Fora, MG, determinar o seu perfil de susceptibilidade a antimicrobianos de interesse clínico-microbiológico e detectar o marcado molecular mecA. Linhagens bacterianas presuntivamente caracterizadas como SCN (n=109) foram identificadas utilizando-se sistema comercial semiautomatizado e o seu perfil de susceptibilidade a antimicrobianos, determinado pela técnica de diluição em ágar, de acordo com as recomendações do Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Apenas 26,6% das amostras de SCN foram identificadas pelo sistema comercial, distribuídas em S. sciuri (31%), S. epidermidis (27,6%), S. lentus (20,7%), S. vitulinus (10,3%) S. saprophyticus (6,9%), S. haemolyticus (3,5%). As outras linhagens foram identificadas como Staphylococcus spp. (73,4%). Entre os antimicrobianos avaliados, a penicilina e a oxacilina foram as drogas menos efetivas (61,4% de resistência), seguidas pela eritromicina e azitromicina (27,3% e 22,7% de resistência respectivamente). Os antimicrobianos mais eficazes foram a gentamicina e levofloxacina, para os quais apenas resistência intermediária foi observada (21,6% e 1,1% respectivamente). Todas as amostras foram susceptíveis à vancomicina. Considerando as linhagens resistentes 14 (25,9%) amplificaram o gene específico, enquanto que 40 (74,1%) mostraram-se resistentes à oxacilina por outros mecanismos. Nossos resultados suscitam reflexões relacionadas à sobrevivência de microrganismos potencialmente patogênicos e linhagens resistentes aos antimicrobianos, carreando importantes marcadores de resistência e sua possível disseminação via RSS, contribuindo para seu trânsito intra-hospitalar. / It is accepted that health-care waste may act as vehicle for spreading potentially pathogenic microorganisms and their genetic resistance markers. Thus, considering the risks for human and environmental health associated with the phenomenon of microbial drug resistance, our objectives were to identify Coagulase-negative Staphylococcus (CoNS) strains isolated from the sanitary landfill disposal of healthcare waste of Juiz de Fora, MG; to determine the antimicrobial susceptibility patterns against antimicrobials of clinical and microbiological relevance; and to evaluate the occurrence of mecA gene. Bacterial strains presumptively characterized as CoNS (n= 109) were identified using a commercial system and the antimicrobial susceptibility patterns determined by the agar dilution technique, according to the recommendations of Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Only 26.6% of the bacterial samples were identified as follows: S. sciuri (31%), S. epidermidis (27.6%), S. lentus (20.7%), S. vitulinus (10.3%) S. saprophyticus (6.9%), S. haemolyticus (3.5%). The other strains were identified as Staphylococcus spp. (73.4%). Considering the minimal inhibitory concentrations of the antimicrobials, penicillin and oxacillin drugs were the less effective drugs (61.4% resistance) followed by erythromycin and azithromycin (27.3 and 22.7% resistance, respectively). The most effective antimicrobials were gentamicin and levofloxacin, for which only intermediate resistance was observed (21.6 and 1.1% respectively). All samples were susceptible to vancomycin. Considering the resistant strains, 14 (25,9%) showed to harbour mecA gene and in 40 (74,1%) were resistant to oxacillin by other mechanisms. Our results raise considerations related to the survival of potentially pathogenic microorganisms and strains resistant to antibiotics harboring genetic markers. It is possible that these bacteria might spread via health-care waste, contributing dissemination into hospitals.
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[en] DETERMINANTS OF COUNTRY RISK : AN EMPIRICAL ANALYSIS OF BRAZIL AND THE EMERGENT COUNTRIES / [pt] DETERMINANTES DO RISCO-PAÍS: UMA ANÁLISE EMPÍRICA DO BRASIL E DOS PAÍSES EMERGENTES

MARIANA FELIX FIGUEIREDO TEIXEIRA 07 October 2004 (has links)
[pt] O expressivo fluxo de capital externo direcionado aos países emergentes ao longo dos anos 90 foi, e continua sendo, objeto de estudo de muitas pesquisas acadêmicas desenvolvidas na área de finanças internacionais. A maioria destes estudos busca investigar empiricamente, em que medida os fatores econômicos domésticos e externos constituem-se em determinantes significativos do fluxo internacional de capital. Semelhantemente, esse mesmo tipo de análise tem sido freqüentemente realizado sob a ótica do risco-país. A única diferença entre as duas análises é que de um lado o interesse é em torno dos determinantes do movimento de capital, do outro, o foco é sobre o movimento dos preços dos ativos e dos bônus soberanos. Dado que uma parte representativa dos fluxos de capital, ao longo da década de 90, esteve direcionada para o mercado de títulos da dívida pública dos países emergentes, motivada pelos mais diversos fatores, o presente trabalho tem como finalidade estudar essa dinâmica de preços com base em três modelos: i) o primeiro modelo analisa os determinantes econômicos internos do risco-país; ii) o segundo modelo tem o mesmo propósito do primeiro, sendo que a variável grau de aversão ao risco global, que serve de proxy para o componente externo do risco, é incluída no grupo de variáveis explicativas; iii) no último modelo, o enfoque é sobre a relação entre o risco-país específico e os fundamentos econômicos. Entendendo-se como risco específico, o risco-país menos o componente externo. No caso, o exercício em questão será aplicado para uma amostra de países emergentes e especificamente para o Brasil. / [en] The expressive flow of external capital directed to the emerging countries along 90's has been the subject of much academic research developed in the area of international finance. Most of these studies attempt to empirically investigate how much country-especific and global factors constitute significant determinants of capital flow. Similarly, this kind of analysis has frequently taken place under the view of country risk. The only difference between the two analyses is that on the one side the major interest is around the movements of the capital flow, whereas on the other one it is around the price determination of sovereign bonds. Given the fact that an important part of capital flow along the 90's was linked to external debt bonds of emerging market countries motivated by several reasons, this dissertation has the goal of studying the economic determinants of price variations based on three models: i) the first model analyzes the domestics determinants of country risk; ii) the second model has the same goal of the first one; however, the global risk aversion variable, which serves as proxy for the external risk component, is included to the group of explanatory variables; iii) the last model specifically focuses on the relationship between country risk and economic fundamentals. It is important that we understand as specific risk, the country risk deprived from the external components. Therefore, the following analysis will be applied to a sample of emerging markets and especifically to Brazil.

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