La base de données GBank de l'UQAM a été développée afin de pallier certains problèmes majeurs posés par l'utilisation de la base de données GenBank du NCBI. En effet, les problèmes suivants ont déclenché le développement de GBank UQAM: 1-Certaines requêtes complexes utilisées par les bioinformaticiens sont lentes en raison notamment de la taille énorme et toujours croissante de la base de données. 2-Les bioinformaticiens de l'UQAM dépendent entièrement de la base de NCBI. En cas de sa panne, ils n'ont pas de possibilité d'y accéder. 3-Les utilisateurs n'ont aucun contrôle sur la base de données GenBank. En plus, ils dépendent entièrement des mises à jour du NCBI. 4-Les outils de GenBank pour le filtrage des données ne sont pas toujours adaptés aux besoins des bioinformaticiens intéressés par l'analyse phylogénétique. Ceci mène les bioinformaticiens de se soumettre au mode de fonctionnement de la base GenBank. GBank UQAM se voit donc un sous-ensemble de la base GenBank international, qui résout en totalité ou partiellement les problèmes posés ci-dessus. Ceci a été rendu possible notamment grâce à l'utilisation de la base de données Oracle 10g qui offre plusieurs caractéristiques intéressantes. La nouvelle base de l'UQAM permettrait donc: 1-d'Améliorer le temps de réponse: Étant traité localement, nous pouvons offrir un temps d'accès nettement meilleur. 2-de Mieux contrôler les données: Nous pouvons organiser les données selon nos besoins et donc rendre la base de données plus optimale. En effet, maintenant nous sommes capables de filtrer les données selon nos besoins spécifiques ce qui augmente nettement notre productivité. 3-d'Optimiser la base de données: Avec des temps de réponses améliorés et une plus grande maniabilité dans la gestion de la base de données de l'UQAM, il nous est possible d'optimiser continuellement notre base de données pour la rendre plus évolutive et plus adaptée à nos besoins futurs. Afin de mieux exploiter la nouvelle base de données, nous avons élaboré une interface utilisateur facile et conviviale qui répond à tous les besoins des utilisateurs (bioinformaticiens) d'une base de données bioinformatique. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : GBank UQAM, Bioinformatique, Oracle10g, Performances, T-REX.

L'utilisation des fils d'exécution est devenue importante avec l'apparition des ordinateurs multiprocesseurs sur le marché. Les langages de programmation modernes, comme Java, offrent une souplesse dans l'écriture des programmes multifils d'exécution. Cette souplesse n'a pas éliminé les problèmes liés à la synchronisation des fils d'exécution. L'interblocage est l'un des problèmes majeurs dont la résolution nécessite temps et argent. La contribution principale de notre travail est la conception d'un algorithme efficace de détection immédiate des interblocages et l'implémentation de celui-ci dans une machine virtuelle libre. Dans notre mémoire, nous parlons de la structure de forêt d'attente et de la façon de construire, à l'aide de cette structure, les relations d'acquisition et de libération des verrous par les fils d'exécution. Cette structure permet la détection immédiate de l'interblocage. Dans notre travail, le brisement de l'interblocage est réalisé par le soulèvement d'une exception qui pourra être interceptée, une fois l'interblocage détecté. Ce brisement permet aux développeurs de gérer les exceptions liées aux interblocages sans que leurs programmes s'arrêtent. Notre expérimentation avec la version 1.13 de la machine virtuelle Sable VM [GE02] et notre version améliorée en implémentant notre algorithme nous ont montré que notre détection immédiate a un coût nul dans une majorité de cas, et coûte une surcharge de temps d'exécution de 0,04 %à 0,2 % par rapport à la version 1.13 dans les pires des cas testés. Nous avons utilisé la suite de mesures (benchmark) Ashes et nos propres programmes de mesure de performance qui utilisent au maximum les fils d'exécution et les opérations d'acquisition et de libération des verrous. Nos programmes furent développés spécialement pour montrer les coûts additionnels de l'utilisation de notre algorithme. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : fil d'exécution, synchronisation, interblocage, détection immédiate, brisement.

Dans ce mémoire, nous analysons la description de diagrammes structurés dans le domaine des mathématiques discrètes et de l'informatique théorique. Cette analyse s'effectue à partir de méthodes établies du génie logiciel. Nous trouvons un ensemble de propriétés que nous recherchons dans une solution informatique nous permettant de créer ces diagrammes. Nous analysons aussi les outils classiques à partir des propriétés précédentes qui nous permettent de réaliser ces diagrammes dans un environnement LATEX. Nous observons que ces outils ne sont pas aussi puissants qu'ils le pourraient en fonction des propriétés établies par notre analyse. Par la suite, en nous basant sur les méthodes de représentation graphique des courbes et sur la théorie des langages informatiques, nous jetons les bases d'un langage de description. Nous présentons aussi un outil, développé en Java qui nous permet de décrire aisément nos diagrammes d'informatique théorique et de mathématiques discrètes à partir d'une hiérarchie d'objets claire et extensible. Nous avons implémenté les éléments essentiels de notre langage en SDDL (Structured Diagram Description Language). Nous l'avons aussi validé à l'aide d'exemples représentatifs tirés de sources d'autorité. Nous avons finalement présenté notre solution dans le cadre de la conférence TUG 2010. Nous l'avons aussi présenté avec un article dans la revue du TeX Users Groups, TUG. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : diagrammes, informatique théorique, mathématiques discrètes, langage

L'interface native permet à un logiciel de profiter des avantages des langages natifs ainsi que de ceux du langage de haut niveau. Elle intervient entre les différents langages pour permettre les appels de méthodes et la conversion des données. Son utilisation amène cependant généralement une perte de sûreté à l'exécution du logiciel et son emploi est souvent complexe. Dans le cadre de cette recherche, nous développons l'interface native du langage de programmation à objets Nit. Notre recherche vise à résoudre au mieux les problèmes soulevés par l'utilisation d'une interface native, et ce, par une analyse rigoureuse des différents détails de conception d'une interface. Notre intention est donc de concevoir, selon des objectifs précis, l'interface native idéale pour le langage Nit. Pour mettre à l'épreuve notre proposition, nous avons conçu et implémenté l'interface native du compilateur Nit. La conception de cette interface native s'appuie donc sur des objectifs que nous considérons garants d'une interface native de qualité. Ces objectifs consistent à préserver la sûreté d'exécution du logiciel, maintenir une connaissance du flot d'appels, utiliser le langage Nit de façon expressive et selon ses forces, conserver une syntaxe naturelle en C ainsi qu'offrir une interface native versatile et d'utilisation rapide par tout autre moyen. Pour atteindre ces objectifs, nous proposons quatre grandes approches clés : la forme des modules hybrides pour gérer la coexistence de deux langages; une déclaration explicite des appels de méthodes réalisées depuis le langage C pour conserver la connaissance du flot d'appels; une représentation symétrique des types et méthodes Nit en C pour en permettre une utilisation naturelle et vérifiée statiquement; les classes natives qui représentent les types C en Nit et leur appliquent les forces du paradigme de programmation à objets, dont le polymorphisme. Enfin, pour valider l'interface native proposée et implémentée, nous présentons comment nous avons utilisé cette interface pour réaliser des modules et des logiciels Nit. Nous démontrons également que cette interface peut être utilisée dans le développement d'autres interfaces spécialisées en fonction de besoins spécifiques. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : interface native, interface de fonctions étrangères, compilation, langages de programmation à objets

Thèse de doctorat--Informatique et réseaux--Paris--ENST, 2005. / Bibliogr. p. 163-173. Index. Résumé en français et en anglais.

Texte remanié de: Th. Doct.--Göteborg--Göteborg Univ., 2003. / Bibliogr. à la fin des chapitres.

Thèse de doctorat--Informatique et réseaux--Paris--ENST, 2006. / Bibliogr. p. 151-168. Résumé en français et en anglais.

Thèse de doctorat--Informatique et réseaux--Paris--ENST, 2006. / Bibliogr. p. 165-175. Glossaire. Résumé en anglais et en français.

Thèse de doctorat--Informatique et réseaux--Paris--ENST, 2006. / Bibliogr. p. 177-184. Résumé en français et en anglais.

Thèse de doctorat : SCIENCES ET TECHNIQUES : Metz : 1999. / 1999METZ023S. 161 ref.