Longterm climate changes are an inseparable part of the evolution of Earth. In the last few milions of years the changing of glacials and interglacials was as ordinary and regular phenomenon as changing from day to night or from spring to summer. These cycles also have similar influance on evolution of nature on Earth. Eventhough the state of nature appears to us stable for the few last human generations, the reality from the long term point of view is differnt. During these cycles, the location of climatic zones, size of glaciers, deserts, savannahs, steppes or rainforests have changed. Organisms changed locations of their areas of distribution, many nowadays widespread species were pushed into isolated local populations. This Master's thesis reveals the impact of glacial cycles on a freshwater crustacean aquatic Isopod (Asellus aquaticus). Very variable mitochondrial COI gene was sequenced within 139 individuals of this species from 62 different localities in Europe. This data were included into an extensive scope of an already known phylogeographic structure of the continent. An Aquatic Sowbug shows a quite high rate of a genetic heterogenity (maximum Nucleotide Divergence discovered is 0,132 and average is 0,016) in the area of the Czech Republic. Where there are found representatives of two...

The remnants of the Caledonian Pine Forest represent the north western boundary of the Eurasian Pinus sylvestris (L.) distribution. Remnant populations occupy a diverse range of environments within Scotland, subject to a steep rainfall gradient, and previous investigations have found evidence of local adaptation. Additionally, studies of biochemical and molecular markers have indicated that Scotland’s native pinewoods originated from more than one glacial refugium. Whole-genome-shotgun (WGS) sequencing was employed for the discovery of mitochondrial (mt) variants that may provide further insight into the origins of P. sylvestris populations both in Scotland and mainland Europe. DNA extractions were performed on megagametophyte tissue from Scottish, Finnish, and Spanish populations. Three members of the closely related P. mugo species complex were also sequenced. Using similarity-based approach, 160kbp of putative mitochondrial sequence was recovered by comparison of de novo assembled contigs with the mtgenome of the gymnosperm Cycas taitungensis. In total, 16 novel variants were identified among samples, which may be used in future phylogeographic studies. A study of needle characters was performed for eight native populations of P. sylvestris in an outdoor provenance/progeny trial of 192 saplings. A negative correlation was detected between longitude and the number of stomatal rows present on needle surfaces. It was posited that this may be an adaptive response to lower water availability in eastern pinewoods, possibly in conjunction with increasing altitude. The west coast of Scotland is one of the wettest regions in Europe: western pinewoods may receive in excess of 3,000mm of rainfall in a year, compared with an average of 800mm eastern sites. To determine whether native pinewoods are differentially adapted to waterlogging, a glasshouse based provenance/progeny trial of 432 saplings from nine native populations was undertaken, in which 50% were subject to a long-term waterlogging treatment, and the remainder used as a control. Two studies were then conducted. In the first, responses to the treatment were assessed in terms of phenological and growth traits. Bud flush was delayed in response to waterlogging, and growth was impeded relative to the control. Although population differences were observed, treatment × population interactions were not detected. In the second study physiological traits known to be sensitive to plant stress and water balance were measured at intervals throughout the experiment. Prior to the commencement of the treatment needle δ13C was found to exhibit interpopulation differentiation, and was positively correlated with longitude. This seems likely to represent differential selection for water use efficiency between eastern and western pinewoods. Photochemical efficiency and stomatal conductance were found to be reduced by waterlogging, and needle δ13C was increased. After generalising populations into ‘high’ and ‘low’ rainfall groups (monthly averages of 214.9mm and 72.8mm, respectively), high rainfall populations were observed to maintain consistently higher photochemical efficiency under waterlogging the low rainfall populations. In addition, the low rainfall group exhibited greater variability in response to flooding (in terms of phenotypic and additive genetic variance) which may be indicative of a lack of past selection pressure.

Phylogeography of temperate plant species with the focus on Central Europe Ph.D. Thesis Hana Daneck Charles University Prague Faculty of Science Department of Botany Supervisor: Prof. RNDr. Karol Marhold, CSc. Consultant: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D. Praha 2012 2 Summary This thesis presents contribution to clarification of postglacial history of temperate plant taxa in Europe with the focus on especially interesting region of Central Europe, for which diverse roles in postglacial plant histories were suggested. The first part of the thesis summarises general phylogeographical views and methodological approaches with the respect to species history after the last ice age in Europe. Further, the most important aspects of phylogeography of European temperate plant taxa are discussed. The second part contains a set of papers dealing with selected European temperate plant species, for which phylogeographical patterns throughout their present distribution area were inferred, including assumptions on the origin of their contemporary Central European populations and comparisons with another previously studied species. Paper 1: Phylogeographic pattern of the European forest grass species Hordelymus europaeus: cpDNA evidence. This paper presents phylogeographical pattern based on chloroplast haplotype variation covering the...

The life strategies of parasites and evolutionary mechanisms forming their diversity are particularly various and become frequent objects of study. The Ph.D. thesis deals with one of the obligate ectoparasitic haematophagous groups of insects, the species of the genus Cimex (Heteroptera: Cimicidae). Unlike in most other ectoparasites, the strategy of cimicids consists of remaining hidden in the shelter of their host. They use the host body only to feed and disperse. The advantage of the lower competition with other ectoparasites is counterbalanced by the need for particularly stable blood source, for which the cimicids choose social hosts living in colonies. The most frequent and the original hosts of cimicids are bats. The host range of particular species of Cimicidae is often rather broad. The morphological analysis of the Cimex pipistrelli species group showed, however, differentiation according to host bat species. This suggests a need for adaptation to particular host species within the usual range. The differentiation was not found reflected in the mitochondrial DNA. It is thus possible that cimicids can exhibit phenotype plasticity. The host associated morphological variability likely caused as many as three species of C. pipistrelli group to be described from Europe, from which two were...

O complexo sul americano de Amazona aestiva/Amazona ochrocephala possui ampla distribuição geográfica, compreendendo desde o nordeste brasileiro até o norte da Argentina e do norte da América do Sul até a Bacia Amazônica, respectivamente. Estudos de filogenia e filogeografia indicam que esses táxons não são reciprocamente monofiléticos. Contudo, esses trabalhos foram baseados apenas no DNA mitocondrial. Assim, o presente estudo teve como objetivo realizar uma análise de filogeografia multilocos do complexo A. aestiva/A. ochrocephala da América do Sul. Foram utilizados os locos mitocondriais COI (512 pb) e ND2 (524 pb) de 189 e 146 indivíduos, respectivamente; os locos nucleares autossômicos AMZ-02 (525 pb), AMZ-10 (524 pb) e AMZ-12 (524 pb) de 132, 133 e 132 indivíduos, respectivamente; e um íntron de um gene ligado ao cromossomo Z (PLAA, 473 pb) de 132 indivíduos. A estrutura genética mitocondrial indicou a presença de quatro linhagens que, apesar de incluírem indivíduos das duas espécies, cada linhagem é majoritariamente composta de indivíduos de uma das espécies. Ou seja, nossos dados mostraram maior tendência a separar os indivíduos das duas espécies do que os estudos prévios, mas ainda sem congruência total com a taxonomia vigente. Duas amostras novas se agruparam na linhagem do norte da América do Sul, ampliando sua distribuição e mostrando incongruência com a atual classificação das subespécies de A. ochrocephala. A distribuição geográfica das linhagens possui concordância com diferentes domínios, sugerindo que pressões seletivas dos ambientes podem ter contribuído para sua diversificação. Adicionalmente, os ciclos glaciais durante o Pleistoceno podem ter alguma relação com mudanças no tamanho populacional das linhagens. A estrutura baseada no loco ligado ao cromossomo Z mostrou boa congruência com a atual taxonomia de espécies. O compartilhamento de haplótipos principalmente nas áreas de maior proximidade entre A. aestiva e A. ochrocephala pode ser um indicativo de introgressão. As incongruências entre genética e plumagem encontrados no presente trabalho ressaltam a necessidade de mais estudos para melhor entender as relações dentro desse complexo de espécies. Sob o ponto de vista da conservação, as linhagens mitocondriais podem ser consideradas como Unidades de Manejo distintas. De um modo geral, o presente estudo contribuiu com mais informações sobre o complexo sul americano de A. aestiva/A. ochrocephala e mostra a importância da utilização de mais amostras e marcadores em estudos evolutivos para uma investigação de padrões filogeográficos e histórias evolutivas de maneira mais ampla / The South American Amazona aestiva/Amazona ochrocephala complex has a broad distribution, ranging from northeast Brazil to the north of Argentina and from the north of South America to the Amazon Basin, respectively. Phylogenetic and phylogeographic studies have shown that these taxa are not reciprocally monophyletic. However, these studies were based only on mitochondrial DNA. Therefore, in the present study we performed a phylogeographic analysis of South American A. aestiva/A. ochrocephala using a multilocus approach. Our database included mitochondrial DNA sequences of COI (512 bp) and ND2 (524 bp) from 189 and 146 individuals, respectively; autosomal nuclear sequences of AMZ-02 (525 bp), AMZ-10 (524 bp) and AMZ-12 (524 bp) from 132, 133 and 132 individuals, respectively; and one intron of a Z chromosome-linked gene (PLAA, 473 bp) from 132 individuals. Mitochondrial data recovered four South American lineages. Even though each lineage groups individuals from both species, the majority of individuals from each lineage belongs to one of the species. Thus, our data showed a clearer tendency to separate individuals from each species than previous studies, but still did not fully agree with current taxonomy. Two new samples clustered in the northern South America lineage, expanding its distribution and revealing incongruence between genetic data and current taxonomy of subspecies of A. ochrocephala. The geographic distribution of lineages matched that of different biomes, suggesting that selective environmental pressures may have contributed to their diversification. Additionally, climatic oscillations during the Pleistocene could have influenced demographic changes of these lineages. The genetic structure based on the Z-linked locus fairly agrees with species taxonomy. The overlap of different mitochondrial lineages mostly occured where the geographic distributions of A. aestiva and A. ochrocephala were closer, suggesting that haplotype sharing could be caused by introgression. The lack of agreement between genetic and plumage data indicated that more studies are needed to solve this question. Regarding conservation, mitochondrial lineages could be considered as distinct Management Units. In sum, the present study contributed to improve the knowledge about the South American A. aestiva/A. ochrocephala complex and highlights the importance of using more samples and markers in evolutionary studies

Estudos filogeográficos para distintas espécies de Medusozoa (Cnidaria) foram conduzidos enfatizando a área nerítica central do Atlântico Sul-ocidental (ASO), entre os litorais sudeste do Brasil e o litoral da província de Buenos Aires na Argentina. Estes foram baseados em sequências de DNA dos genes mitocondriais COI e 16S e do íntron nuclear ITS1, levando em consideração tanto a heterogeneidade atual e a historia geológica das condições oceanográficas do ASO, como também as capacidades dispersivas de Liriope tetraphylla, Olindias sambaquiensis e Acharadria crocea, inferidas pelos seus ciclos de vida. Adicionalmente, a estrutura filogeográfica de Pelagia noctiluca foi avaliada em outras regiões oceânicas, considerando o Atlântico (Atl.) e o Mediterrâneo (Med.) e utilizando os marcadores COI, 16S e ITS1. Este estudo foi conduzido através de calibrações de taxas de substituição baseadas em uma divergência significativa embora filogeneticamente rasa, entre populações do Atl. e do Pacífico. Os resultados específicos indicam: 1) padrões comuns, de expansões populacionais e estruturação genética acompanhada de padrões filogenéticos sem uma correlação geográfica evidente, para as três espécies estudadas do ASO, os quais remetem a alterações de área habitável em períodos glaciais e interglaciais a partir do Pleistoceno médio ou tardio; 2) uma estrutura filogeográfica entre populações de P. noctiluca do Atl. e do Med. que remete a possíveis efeitos de isolamento entre ambas bacias durante o Gelasiano. Além disso, aspectos dos resultados que sugerem a importância de se considerar que a demografia não seria apenas afetada pela história biogeográfica são discutidos. A demografia também modularia o grau de resposta das populações aos eventos biogeográficos, podendo ser uma característica comum para populações de espécies que mostram padrões filogeográficos similares, a despeito de possuírem biologias marcadamente distaintas. É importante salientar que a prevalência na interpretação da influência da história natural nos estudos biogeográficos não se restringe a estudos microevolutivos. A origem dos metazoários é geralmente associada ao impacto biológico de mudanças ambientais que teriam desencadeando a chamada explosão cambriana. Entretanto, a atividade tectônica que propiciou estas mudanças é pouco discutida dentro de uma abordagem biogeográfica, a qual é considerada controversa. Resultados indicadores de que as principais linhagens de Cnidaria teriam surgido ao longo do Criogeniano e o Ediacarano foram obtidos, Períodos em que novos mares e áreas de plataforma rasa estavam surgindo como resultado da fragmentação da placa continental de Rodínia. A relação entre estes eventos geológicos e um possível surgimento de biotas marinhas diversificadas, as quais poderiam ser consideradas as primeiras cladogêneses em Eumetazoa relacionadas a eventos vicariantes, é uma nova hipótese a ser considerada / Phylogeographic studies for different species of Medusozoa (Cnidaria) were performed, emphasizing the central neritic area of the South-Western Atlantic (SWA), localized between the southeastern Brazilian coast and the coast of the Buenos Aires province in Argentina. These were based on DNA sequences of the mitochondrial genes COI and 16S, and the nuclear intron ITS1. They considered both the heterogeneity of the geological history and the present oceanographic conditions of the SWA, as well as the dispersal capabilities of Liriope tetraphylla, Olindias sambaquiensis and Acharadria crocea, inferred by their life cycles. Additionally, the phylogeographic structure of Pelagia noctiluca was evaluated in other oceanic regions, considering the Atlantic (Atl.) and Mediterranean (Med.) and using COI, ITS1 and 16S as molecular markers. This study was conducted through calibrations of substitution rates based on a significant but phylogenetically shallow divergence, between populations from the Atl. and the Pacific. Specific results indicate: 1) common patterns of population expansion and genetic structure associated to phylogenetic patterns without a clear geographical correlation, for the three species of the ASO, which refer to changes of the habitable area during glacial and interglacial periods since the middle or late Pleistocene; 2) genetic structure between populations of P. noctiluca from the Atl. and Med., referring to possible isolation effects between the two basins during the Gelasian. Moreover, the results also suggest the importance of considering that the demographic aspects would not be affected only by the biogeographical history. The demography would also modulate the degree of response of populations to biogeographic events, and could be a common feature for populations of species that exhibit similar phylogeographic patterns, in spite of having markedly different biological features. It is important to notice that the prevalence in the interpretation of the influence of natural history in biogeographical studies is not restricted to microevolutionary studies. The origin of metazoans is generally associated with the biological impact of environmental changes that would have triggered the Cambrian explosion. However, the tectonic activity that resulted in such changes is not discussed within a biogeographic approach, which is considered controversial. Results indicating that the main lineages of Cnidaria emerged during the Cryogenian and Ediacaran were obtained, at that Period new seas and areas of shallow platform were emerging as a result of the fragmentation of the Rodinia continental plate. The relationship between those geological events and the possible emergence of a diverse marine biota, whose could be considered as the firsts cladogenesis in Eumetazoa related to vicariant events, is a new hypothesis to be considered

Euryoryzomys, anteriormente reconhecido como Oryzomys do grupo nitidus, compreende um conjunto de sete espécies: E. emmonsae, E. lamia, E. legatus, E. macconnelli, E. nitidus, E. russatus e Euryoryzomys sp. SB (espécie reconhecida para o grupo com base em dados cariotípicos, porém ainda não descrita formalmente). Essas espécies estão distribuídas em regiões de elevada a baixa altitude, ocorrendo em zonas tropicais andinas, até as demais planícies. Com exceção de E. legatus, todas as outras espécies ocorrem no Brasil. Morfologicamente, os representantes desse gênero apresentam características semelhantes entre si, o que dificulta sua precisa identificação. Acredita-se que o número de espécies para o gênero esteja subestimado e, além disso, as relações entre as espécies permanecem pouco esclarecidas. Este trabalho teve como objetivo realizar estudos filogenéticos e filogeográficos em roedores do gênero Euryoryzomys, bem como avaliar o potencial do DNA barcoding na identificação de suas espécies. Para isso, foram utilizados os marcadores moleculares cyt-b, coxI e Interphotoreceptor Retinoid Binding Protein (IRBP), cujas análises enfocaram três perspectivas: sistemática molecular e as relações filogenéticas entre as espécies do gênero Euryoryzomys; teste de DNA barcoding na delimitação das espécies e filogeografia de E. russatus. O capítulo um traz uma revisão sobre a sistemática de roedores desde o nível de ordem até o gênero Euryoryzomys; o segundo capítulo abordou as relações filogenéticas entre as espécies de roedores do gênero Euryoryzomys e os padrões de diversificação, utilizando sequências dos genes mitocondriais (cyt-b, CoxI) e um nuclear IRBP. Os resultados evidenciaram que o gênero possui uma diversificação complexa devido à extensão geográfica que ocupa, e, além disso, está com sua diversidade subestimada - principalmente no bioma amazônico. É possível apontar para a ocorrência de pelo menos dois clados candidatos a novas espécies: Euryoryzomys sp. 1 (subclado de E. emmonsae); e Euryoryzomys sp. 2, originalmente descrita como espécimes pertencentes a E. nitidus. O terceiro capítulo investigou o potencial das sequências parciais do gene CoxI na identificação das espécies do gênero Euryoryzomys, por meio das estimativas de variabilidade intra e interespecíficas e também apontou diversidade subestimada do gênero, sendo possível observar, neste trabalho, a ocorrência de pelo menos oito espécies: Euryoryzomys sp. 3 (espécie irmã de E. macconnelli), E. macconnelli, Euryoryzomys sp. 1, E. emmonsae, Euryoryzomys sp. 2, E. legatus, Euryoryzomys sp. SB e E. russatus, além de E. lâmia e E. nitidus, que não compuseram a amostra do capítulo, totalizando 10 espécies para o gênero. Além disso, o método possibilitou a separação de espécies com números diplóides distintos, o que futuramente pode contribuir na identificação de amostras desconhecidas, provenientes principalmente da Amazônia. No quarto capítulo, foi realizado um estudo filogeográfico da espécie Euryoryzomys russatus e com o objetivo de investigar a sua diversidade genética ao longo da Mata Atlântica. Foi possível concluir que o principal processo responsável pela separação de linhagens de E. russatus pode ter sido isolamento por distância e que as linhagens estão separadas ao longo da MA principalmente em quatro grupos, sem entretanto, apresentam estruturação genética entre eles; o primeiro (grupo A) está restrito às regiões do RJ, ES e BA; o segundo (grupo B) entre PR, SC e norte do RS; o terceiro (grupo C) no RS; e o quarto (grupo D), ao longo de SP, RJ e PR. O intenso desmatamento na região compromete o entendimento da dinâmica do bioma em relação aos processos de diversificação das espécies, uma vez que a destruição de hábitats pode apagar assinaturas desses processos históricos. Dessa forma, medidas eficazes de conservação são necessárias / Euryoryzomys, previously recognized as Oryzomys nitidus group, heretofore comprises seven species: E. emmonsae, E. lamia, E. legatus, E. macconnelli, E. nitidus, E. russatus, and Euryoryzomys sp. (with 2n=76, recognized for the group based on karyotypic data, but it is not formally described until now). These species are widespread in Neotropics, occupying regions of high to low altitudes, including Andean areas and subtropical plains. Except for E. legatus, all the other species occur in Brazil. Morphologically, the representatives of this genus share similar traitsdifficulting accurate identification. The aim of this study is to conduct molecular studies based on molecular systematics and phylogenetic inferences, investigate the potencial of DNA barcoding in order to test the delimitation of the species of the genus Euryoryzomys, and also to develop phylogeographic studies in E. russatus, a species widespread in the Atlantic Forest. Based on this purpose, the present work encompasses four chapters: Chapter 1 contains a revision concerning the systematic position of the genus Euryoryzomys; Chapter 2 shows the investigation concerning phylogenetic relationships among species of the genus, and also inferences regarding patterns of diversification are discussed, using cyt-b, IRBP, and coxI sequences. According to these approaches the genus has a complex pattern of diversification due to its geographic distribution, moreover its diversity is underestimated, especially in the Amazon biome. We could point out at least two candidate clades as new species: Euryoryzomys sp. 1 (a subclade of E. emmonsae clade) and Euryoryzomys sp. 2, previously described as specimens belonging to E. nitidus. Chapter 3 investigates the potential of a partial sequence of the coxI for identification of the species of Euryoryzomys, and estimates intra- and interspecific variability, which revealed, once again, that the number of species is underestimated. At least eight species could be pointed out in this study: Euryoryzomys sp. 1, E. emmonsae, Euryoryzomys sp. 2, E. macconnelli, Euryoryzomys sp. 3 (sister species of E. macconnelli), E. legatus, Euryoryzomys sp. SB, and E. russatus (plus E. nitidus and E. lamia - not included in the analyses - and therefore resulting in at least 10 species for the genus). Moreover, the method was able to separatespecies with different diploid numbers, which can further contribute to the identification of unknown samples. Chapter 4 investigates the phylogeography of E. russatus, and also describes its genetic diversity over the Atlantic Forest (AF). The hypothesis of isolation by distance could be the main process responsible for the split of the lineages of E. russatus which were separated along the AF into four main groups: group A restricted to regions RJ, ES, and BA; group B encompasses PR, SC and northern of RS; group C composed of representatives from RS; and group D related to animals from SP, RJ, and PR. The massive deforestation in the Atlantic Forest undertakes the understanding concerning the dynamics of the biome and in relation to the processes of species diversification, since the destruction these historical processes, thus effective conservation measures are needed

A esfingofauna brasileira ainda hoje é pouco conhecida. Orecta lycidas (Sphingidae, Smerinthinae, Ambulycini) tem sido considerada uma espécie rara por conta das reduzidas séries de exemplares nas coleções entomológicas, mesmo para as localidades extensivamente amostradas. Até o momento, não se tem uma hipótese filogenética para o relacionamento de todos os gêneros de Ambulycini e, desse modo, pouco se sabe sobre o relacionamento de O. lycidas com os táxons geograficamente mais próximos. Uma das espécies neotropicais mais assemelhada a O. lycidas, que compartilha uma distribuição geográfica muito parecida e também a mesma família de planta hospedeira das larvas, é Adhemarius eurysthenes. Esta espécie está entre as mais abundantes em trabalhos recentes de levantamentos de Sphingidae para localidades de Mata Atlântica em São Paulo, podendo ser coletada em todos os meses do ano. Sendo assim, é possível conseguir, com relativamente pequeno esforço, quantidades de indivíduos satisfatórias para o estudo de suas populações. Neste trabalho, a hipótese filogenética recuperada combinou dados dos genes COI, CAD e wingless (1950 pb) com 96 caracteres da morfologia externa de adultos dos 10 gêneros de Ambulycini em uma análise de Inferencia Bayesiana. A tribo forma um grupo monofilético, bem como nove de seus gêneros. Nenhuma das sinapomorfias morfológicas de Ambulycini encontradas são características exclusivas, se incluídas espécies de outras subfamílias não investigadas. Adhemarius é um gênero polifilético com necessidade de revisão. Os quatro gêneros neotropicais estão divididos em duas linhagens e não formam um grupo monofilético. Orecta spp. Trogolegnum pseudambulyx e Adhemarius senso latu compõem a linhagem dos ademariformes, caracterizada por quatro sinapomorfias. Ainda, usando-se principalmente a região barcode do gene COI, foram analisadas filogeograficamente algumas populações de Adhemarius eurysthenes, para a obtenção de informações sobre a estrutura e a variabilidade genética, buscando padrões que possam ser transpostos para estudos de conservação dos Ambulycini na Mata Atlântica. Foram obtidos 14 haplótipos de 109 indivíduos distribuídos em 10 localidades. A localidade do Espírito Santo foi aquela com maior distância genética média para com as demais populações. Concordantemente, o teste de variança molecular que inclui o componente espacial separou as amostras em dois grupos, onde o Espírito Santo foi a localidade divergente das demais. Em contrapartida, nenhuma correlação foi obtida entre a variação genética e a distância geográfica. Sendo assim, pode ser observada uma tendência de isolamento genético da população do Espírito Santo em relação às demais. Desse modo, esta passa a ser uma localidade de particular importância para a conservação de espécies de Ambulycini endêmicas da Mata Atlântica, como A. eurysthenes e O. lycidas. Finalmente, a única sinapomorfia morfológica confiável de Ambulycini, ainda não confirmada para alguns táxons, provém do estágio de pupa, indicando a importância das formas imaturas para a sistemática da tribo. Sendo assim, foram descritos o estágio de ovo e o primeiro ínstar de O. lycidas e comparados com o que está disponível na literatura. Este é o primeiro trabalho que descreve a quetotaxia de uma larva de Ambulycini. A maioria dos trabalhos com imaturos de Sphingidae limitam-se à descrição dos padrões de coloração e formato geral do corpo das larvas. Estudos da ultraestrutura dos estágios imaturos de Ambulycini terão um papel importante na incorporação futura de novas informações em estudos sistemáticos de Ambulycini, contribuindo assim para a descoberta de sinapomorfias que dêem maior consistência para a hipótese obtida neste trabalho. / The Brazilian hawk moths are still poorly known. Orecta lycidas (Sphingidae, Smerinthinae, Ambulycini) has been considered a rare species on account of reduced series of individuals in the entomological collections, even for extensively sampled locations. So far, there is none phylogenetic hypothesis for the relationship of all genera of Ambulycini and thus little is known about the relationship of O. lycidas with the geographically closest taxa. One of the Neotropical species more closely related to O. lycidas, which shares a very similar geographic distribution, and the same family of host plant of the larvae, is Adhemarius eurysthenes. This species is among the most abundant in recent surveys of Sphingidae for Atlantic Forest localities in São Paulo, and can be collected in all months of the year. Therefore, it is possible to achieve, with relatively little effort, satisfactory amounts of individuals for the study of their populations. In this work, the recovered phylogenetic hypothesis combined data of COI genes, CAD and wingless (1950 bp) with 96 characters of adult external morphology of the 10 genera of Ambulycini in a Bayesian inference analysis. The tribe is a monophyletic group, as well as nine of their genera. No morphological synapomorphies of Ambulycini found in the present work are exclusive if other subfamilies of Sphingidae are considered. Adhemarius is a polyphyletic genus in need of revision. The four Neotropical genera are divided into two lineages and do not form a monophyletic group. Orecta spp., Trogolegnum pseudambulyx and Adhemarius sense latu comprise the lineage of ademariphorms, characterized by four synapomorphies. Still, mainly using up the COI gene barcode region, some populations of Adhemarius eurysthenes were phylogeographicaly analyzed, to obtain information on the structure and genetic variability, seeking patterns that can be transferred to the Ambulycini conservation studies in the Atlantic Forest. We obtained 14 haplotypes of 109 individuals from 10 localities. The locality of the Espírito Santo was one with the highest average genetic distance among the other populations. Accordingly, the molecular variance test that includes the spatial component separated samples into two groups, and Espírito Santo was divergent from the other localities. However, no correlation was found between genetic variation and geographic distance. Thus, it can be observed genetic isolation trend of the population of the Espírito Santo in relation to the others. Thus, it becomes a place of particular importance for the conservation of endemic species of Ambulycini, such as A. eurysthenes and O. lycidas. Finally, the only reliable morphological synapomorphy of Ambulycini, not yet confirmed for some taxa, comes from the pupal stage, indicating the importance of the immature forms for a better understanding of the tribe. Thus, we described the egg stage and the first instar of O. lycidas and compared them with what is available in the literature. This is the first report describing the chaetotaxy of an Ambulycini larva. Most work on the immature stages of Sphingidae is limited to the description of the color patterns and general shape of the body of the larvae. Ultrastructure studies of the immature stages of Ambulycini will have an important role in the future development of new information in systematic studies of Ambulycini, thus contributing to the discovery of synapomorphies that could give greater consistency to the hypothesis obtained in this work.

O gênero Oligoryzomys é um dos mais complexos e diversos da subfamília Sigmodontinae e da tribo Oryzomyini. Dentre os mamíferos destaca-se por apresentar notável incongruência taxonômica, já que o número de espécies não é consenso entre os autores. Esta tese tem a finalidade de esclarecer alguns pontos conflitantes da taxonomia deste grupo e fornecer mapas atualizados da distribuição das espécies do gênero. Espero que os dados coligidos e analisados aqui possam contribuir significativamente para qualquer tentativa de revisão sistemática do Gênero no futuro. Para tanto, foram feitas comparações utilizando dados cariotípicos (2n e NFa), morfológicos e sequências do gene mitocondrial citocromo b e do íntron 7 do beta fibrinogênio. O presente trabalho está estruturado em 5 capítulos. O primeiro capítulo apresenta uma breve história da diversificação dos sigmodontíneos, uma introdução sobre o nível atual de conhecimento do gênero Oligoryzomys e por fim traz uma explanação dos aspectos filosóficos envolvidos no reconhecimento de espécie. O segundo capítulo trata dos métodos utilizados na aquisição dos espécimes em trabalhos de campo, na obtenção do material para análises citogenéticas, da extração de DNA e subsequente sequenciamento do gene mitocondrial citocromo b e do íntron 7 do beta fibrinogênio. Descreve ainda as estimativas de relacionamento filogenético, a metodologia de análise da estrutura e história populacional e como foram exploradas a variação morfológica e delimitação taxonômica. O terceiro capítulo discorre sobre aspectos citogenéticos e moleculares das espécies da Bolívia, cuja amostra foi gentilmente cedida pelo Prof. Dr. Jorge Salazar-Bravo no intuito de preencher com tais informações a lacuna existente nesta fauna. As lâminas deste material boliviano foram analisadas por mim para obter os dados brutos de cariótipo assim como todo o sequenciamento do material e posterior análises. Dentro dessa abordagem foram documentadas a variação cariotípica de algumas populações e discutidas questões taxonômicas visando responder quem são e onde estão as espécies reconhecidas para a Bolívia. O quarto capítulo visa reconhecer as espécies válidas de Oligoryzomys e estabelecer as relações filogenéticas entre elas. Neste capítulo foram testadas as hipóteses dos grupos de espécies de acordo com as propostas de Carleton e Musser (1989) e Miranda et al. (2009). A partir dos resultados obtidos foram realizadas comparações entre as espécies dos grupos, as quais, permitiram fornecer dados qualitativos capazes de auxiliar na diagnose das espécies e da sua distribuição. O quinto capítulo apresenta hipóteses dos processos e eventos envolvidos na diversificação do gênero na região Neotropical e encerra a monografia apresentando uma cronologia de diversificação das espécies estudadas. / O gênero Oligoryzomys é um dos mais complexos e diversos da subfamília Sigmodontinae e da tribo Oryzomyini. Dentre os mamíferos destaca-se por apresentar notável incongruência taxonômica, já que o número de espécies não é consenso entre os autores. Esta tese tem a finalidade de esclarecer alguns pontos conflitantes da taxonomia deste grupo e fornecer mapas atualizados da distribuição das espécies do gênero. Espero que os dados coligidos e analisados aqui possam contribuir significativamente para qualquer tentativa de revisão sistemática do Gênero no futuro. Para tanto, foram feitas comparações utilizando dados cariotípicos (2n e NFa), morfológicos e sequências do gene mitocondrial citocromo b e do íntron 7 do beta fibrinogênio. O presente trabalho está estruturado em 5 capítulos. O primeiro capítulo apresenta uma breve história da diversificação dos sigmodontíneos, uma introdução sobre o nível atual de conhecimento do gênero Oligoryzomys e por fim traz uma explanação dos aspectos filosóficos envolvidos no reconhecimento de espécie. O segundo capítulo trata dos métodos utilizados na aquisição dos espécimes em trabalhos de campo, na obtenção do material para análises citogenéticas, da extração de DNA e subsequente sequenciamento do gene mitocondrial citocromo b e do íntron 7 do beta fibrinogênio. Descreve ainda as estimativas de relacionamento filogenético, a metodologia de análise da estrutura e história populacional e como foram exploradas a variação morfológica e delimitação taxonômica. O terceiro capítulo discorre sobre aspectos citogenéticos e moleculares das espécies da Bolívia, cuja amostra foi gentilmente cedida pelo Prof. Dr. Jorge Salazar-Bravo no intuito de preencher com tais informações a lacuna existente nesta fauna. As lâminas deste material boliviano foram analisadas por mim para obter os dados brutos de cariótipo assim como todo o sequenciamento do material e posterior análises. Dentro dessa abordagem foram documentadas a variação cariotípica de algumas populações e discutidas questões taxonômicas visando responder quem são e onde estão as espécies reconhecidas para a Bolívia. O quarto capítulo visa reconhecer as espécies válidas de Oligoryzomys e estabelecer as relações filogenéticas entre elas. Neste capítulo foram testadas as hipóteses dos grupos de espécies de acordo com as propostas de Carleton e Musser (1989) e Miranda et al. (2009). A partir dos resultados obtidos foram realizadas comparações entre as espécies dos grupos, as quais, permitiram fornecer dados qualitativos capazes de auxiliar na diagnose das espécies e da sua distribuição. O quinto capítulo apresenta hipóteses dos processos e eventos envolvidos na diversificação do gênero na região Neotropical e encerra a monografia apresentando uma cronologia de diversificação das espécies estudadas.

A presente Dissertação apresenta dados sobre dois estudos complementares: a filogenia do gênero Paroaria (Aves: Passeriformes: Oscines; Capítulo 2) e a filogeografia de Paroaria dominicana (Capítulo 3). O estudo filogenético do gênero Paroaria utilizou como fonte de dados seqüências do ND2 (1041 pb) obtidas a partir de indivíduos das cinco espécies desse gênero (exceto P. baeri com 925 pb) e de seis espécies de diferentes tribos da subfamília Emberizinae como grupos externos. As reconstruções filogenéticas obtidas indicam que: 1) táxons da atual tribo Emberizini não formam um grupo monofilético; 2) Gubernatrix cristata pertence à tribo Thraupini; 3) dentre as espécies amostradas, G. cristata é a mais próxima ao gênero Paroaria; 4) o gênero Paroaria é monofilético; 5) o gênero Paroaria está dividido em dois clados principais: (P. coronata, P. dominicana) e (P. baeri (P. gularis, P. capitata)). Para auxiliar a interpretação dos resultados, as distribuições dos registros das espécies do gênero Paroaria foram obtidas por meio da compilação de informações de localidades de coleta de onze instituições. O clado (P. coronata, P. dominicana) sugere que as florestas abertas dos arredores do Chaco e da Caatinga estão relacionadas. Já o clado (P. baeri (P. gularis, P. capitata)) sugere relação entre as matas ciliares do Cerrado, da Amazônia, do Pantanal e dos arredores do Chaco. Estimativas de datas de divergências sugerem que as diversificações mais antigas dentro do gênero Paroaria ocorreram no período Plioceno, enquanto apenas a mais recente ocorreu no Pleistoceno inferior. Eventos paleogeográficos e paleoclimáticos poderiam estar associados às diversificações. Já o estudo filogeográfico da espécie P. dominicana utilizou como fonte de dados seqüências do ND3 (351 pb) e do primeiro domínio da região controladora (391 pb) obtidas a partir de 51 indivíduos dessa espécie. A espécie irmã P. coronata foi selecionada como grupo externo. Porém, devido a problemas laboratoriais ela foi substituída por P. capitata em algumas matrizes. Testes de neutralidade foram aplicados aos dados e sugerem que: 1) há fuga do modelo de populações em equilíbrio neutro causada por seleção positiva (fase pré ou pós-fixação) ou seleção negativa atuando concomitantemente ou não a uma expansão populacional recente; e 2) a não utilização do grupo externo mais adequado causou saturação nos dados, prejudicando a realização de inferências mais precisas sobre as forças causadoras do padrão de polimorfismos encontrado. Com isso, análises de demografia histórica e de tamanho populacional efetivo foram comprometidas. As análises de estrutura populacional indicam que: 1) a espécie P. dominicana não apresenta estruturação populacional para o DNAmt; 2) essa espécie deve ser tratada como uma única Unidade de Manejo; e 3) o rio São Francisco e os tipos de Caatinga não constituem barreiras geográfica e ecológica para essa espécie, respectivamente. / This Masters Thesis comprises two complementary studies: phylogeny of the genus Paroaria (Aves: Passeriformes; Oscines; Chapter 2) and phylogeography of Paroaria dominicana (Chapter 3). The phylogeny of the genus Paroaria is based on complete ND2 (1041 bp) sequences from all five Paroaria species (except P. baeri with 925 bp) and from six species from different tribes of the subfamily Emberizini as outgroups. The results indicate that: 1) the current tribe Emberizini is not monophyletic; 2) Gubernatrix cristata should be placed within the tribe Thraupini; 3) among the outgroups sampled, G. cristata is the closest to genus Paroaria; 4) genus Paroaria is monophyletic; and 5) genus Paroaria is comprised of two major clades: (P. dominicana, P. coronata) and (P. baeri (P. gularis, P. capitata)). To help interpreting the results, the distribution of sampling localities of the genus Paroaria was compiled from eleven institutions. The clade (P. dominicana, P. coronata) indicates an association between the open forests of Caatinga and around the Chaco. The clade (P. baeri (P. gularis, P. capitata)) suggests that the riparian forests of Cerrado, Amazon, Pantanal and around the Chaco are related. Date estimates of diversification indicate that the oldest splits within the genus occurred during the Pliocene, and only the youngest diversification occurred during the early Pleistocene. Paleogeographic and paleoclimate events could be related to these diversifications. The phylogeography of the species P. dominicana is based on sequences from of ND3 (351 bp) and first domain of the control region (391 bp) from 51 individuals. The sister species P. coronata was used as outgroup. However, due to technical problems it was replaced by P. capitata in some data matrices. Neutrality tests results suggest that: 1) there is departure from the neutral equilibrium population model due to negative or positive selection (pre or post fixation phases) acting simultaneously or not with a recent population expansion; and 2) the use of a non-sister outgroup caused saturation of the data, jeopardizing more precise inferences on the forces shaping the polymorphism pattern found. Therefore, historical demography and effective population size analyses could not be performed. The population structure analyses suggest that: 1) the species P. dominicana is not geographically structured based on mtDNA data; 2) this species can be considered as a single Management Unit; and 3) the São Francisco river and the types of Caatinga are not geographic and ecological barriers for this species, respectively.