A presente Dissertação apresenta dados sobre dois estudos complementares: a filogenia do gênero Paroaria (Aves: Passeriformes: Oscines; Capítulo 2) e a filogeografia de Paroaria dominicana (Capítulo 3). O estudo filogenético do gênero Paroaria utilizou como fonte de dados seqüências do ND2 (1041 pb) obtidas a partir de indivíduos das cinco espécies desse gênero (exceto P. baeri com 925 pb) e de seis espécies de diferentes tribos da subfamília Emberizinae como grupos externos. As reconstruções filogenéticas obtidas indicam que: 1) táxons da atual tribo Emberizini não formam um grupo monofilético; 2) Gubernatrix cristata pertence à tribo Thraupini; 3) dentre as espécies amostradas, G. cristata é a mais próxima ao gênero Paroaria; 4) o gênero Paroaria é monofilético; 5) o gênero Paroaria está dividido em dois clados principais: (P. coronata, P. dominicana) e (P. baeri (P. gularis, P. capitata)). Para auxiliar a interpretação dos resultados, as distribuições dos registros das espécies do gênero Paroaria foram obtidas por meio da compilação de informações de localidades de coleta de onze instituições. O clado (P. coronata, P. dominicana) sugere que as florestas abertas dos arredores do Chaco e da Caatinga estão relacionadas. Já o clado (P. baeri (P. gularis, P. capitata)) sugere relação entre as matas ciliares do Cerrado, da Amazônia, do Pantanal e dos arredores do Chaco. Estimativas de datas de divergências sugerem que as diversificações mais antigas dentro do gênero Paroaria ocorreram no período Plioceno, enquanto apenas a mais recente ocorreu no Pleistoceno inferior. Eventos paleogeográficos e paleoclimáticos poderiam estar associados às diversificações. Já o estudo filogeográfico da espécie P. dominicana utilizou como fonte de dados seqüências do ND3 (351 pb) e do primeiro domínio da região controladora (391 pb) obtidas a partir de 51 indivíduos dessa espécie. A espécie irmã P. coronata foi selecionada como grupo externo. Porém, devido a problemas laboratoriais ela foi substituída por P. capitata em algumas matrizes. Testes de neutralidade foram aplicados aos dados e sugerem que: 1) há fuga do modelo de populações em equilíbrio neutro causada por seleção positiva (fase pré ou pós-fixação) ou seleção negativa atuando concomitantemente ou não a uma expansão populacional recente; e 2) a não utilização do grupo externo mais adequado causou saturação nos dados, prejudicando a realização de inferências mais precisas sobre as forças causadoras do padrão de polimorfismos encontrado. Com isso, análises de demografia histórica e de tamanho populacional efetivo foram comprometidas. As análises de estrutura populacional indicam que: 1) a espécie P. dominicana não apresenta estruturação populacional para o DNAmt; 2) essa espécie deve ser tratada como uma única Unidade de Manejo; e 3) o rio São Francisco e os tipos de Caatinga não constituem barreiras geográfica e ecológica para essa espécie, respectivamente. / This Masters Thesis comprises two complementary studies: phylogeny of the genus Paroaria (Aves: Passeriformes; Oscines; Chapter 2) and phylogeography of Paroaria dominicana (Chapter 3). The phylogeny of the genus Paroaria is based on complete ND2 (1041 bp) sequences from all five Paroaria species (except P. baeri with 925 bp) and from six species from different tribes of the subfamily Emberizini as outgroups. The results indicate that: 1) the current tribe Emberizini is not monophyletic; 2) Gubernatrix cristata should be placed within the tribe Thraupini; 3) among the outgroups sampled, G. cristata is the closest to genus Paroaria; 4) genus Paroaria is monophyletic; and 5) genus Paroaria is comprised of two major clades: (P. dominicana, P. coronata) and (P. baeri (P. gularis, P. capitata)). To help interpreting the results, the distribution of sampling localities of the genus Paroaria was compiled from eleven institutions. The clade (P. dominicana, P. coronata) indicates an association between the open forests of Caatinga and around the Chaco. The clade (P. baeri (P. gularis, P. capitata)) suggests that the riparian forests of Cerrado, Amazon, Pantanal and around the Chaco are related. Date estimates of diversification indicate that the oldest splits within the genus occurred during the Pliocene, and only the youngest diversification occurred during the early Pleistocene. Paleogeographic and paleoclimate events could be related to these diversifications. The phylogeography of the species P. dominicana is based on sequences from of ND3 (351 bp) and first domain of the control region (391 bp) from 51 individuals. The sister species P. coronata was used as outgroup. However, due to technical problems it was replaced by P. capitata in some data matrices. Neutrality tests results suggest that: 1) there is departure from the neutral equilibrium population model due to negative or positive selection (pre or post fixation phases) acting simultaneously or not with a recent population expansion; and 2) the use of a non-sister outgroup caused saturation of the data, jeopardizing more precise inferences on the forces shaping the polymorphism pattern found. Therefore, historical demography and effective population size analyses could not be performed. The population structure analyses suggest that: 1) the species P. dominicana is not geographically structured based on mtDNA data; 2) this species can be considered as a single Management Unit; and 3) the São Francisco river and the types of Caatinga are not geographic and ecological barriers for this species, respectively.

A presente Dissertação apresenta dados sobre dois estudos complementares: a filogenia do gênero Paroaria (Aves: Passeriformes: Oscines; Capítulo 2) e a filogeografia de Paroaria dominicana (Capítulo 3). O estudo filogenético do gênero Paroaria utilizou como fonte de dados seqüências do ND2 (1041 pb) obtidas a partir de indivíduos das cinco espécies desse gênero (exceto P. baeri com 925 pb) e de seis espécies de diferentes tribos da subfamília Emberizinae como grupos externos. As reconstruções filogenéticas obtidas indicam que: 1) táxons da atual tribo Emberizini não formam um grupo monofilético; 2) Gubernatrix cristata pertence à tribo Thraupini; 3) dentre as espécies amostradas, G. cristata é a mais próxima ao gênero Paroaria; 4) o gênero Paroaria é monofilético; 5) o gênero Paroaria está dividido em dois clados principais: (P. coronata, P. dominicana) e (P. baeri (P. gularis, P. capitata)). Para auxiliar a interpretação dos resultados, as distribuições dos registros das espécies do gênero Paroaria foram obtidas por meio da compilação de informações de localidades de coleta de onze instituições. O clado (P. coronata, P. dominicana) sugere que as florestas abertas dos arredores do Chaco e da Caatinga estão relacionadas. Já o clado (P. baeri (P. gularis, P. capitata)) sugere relação entre as matas ciliares do Cerrado, da Amazônia, do Pantanal e dos arredores do Chaco. Estimativas de datas de divergências sugerem que as diversificações mais antigas dentro do gênero Paroaria ocorreram no período Plioceno, enquanto apenas a mais recente ocorreu no Pleistoceno inferior. Eventos paleogeográficos e paleoclimáticos poderiam estar associados às diversificações. Já o estudo filogeográfico da espécie P. dominicana utilizou como fonte de dados seqüências do ND3 (351 pb) e do primeiro domínio da região controladora (391 pb) obtidas a partir de 51 indivíduos dessa espécie. A espécie irmã P. coronata foi selecionada como grupo externo. Porém, devido a problemas laboratoriais ela foi substituída por P. capitata em algumas matrizes. Testes de neutralidade foram aplicados aos dados e sugerem que: 1) há fuga do modelo de populações em equilíbrio neutro causada por seleção positiva (fase pré ou pós-fixação) ou seleção negativa atuando concomitantemente ou não a uma expansão populacional recente; e 2) a não utilização do grupo externo mais adequado causou saturação nos dados, prejudicando a realização de inferências mais precisas sobre as forças causadoras do padrão de polimorfismos encontrado. Com isso, análises de demografia histórica e de tamanho populacional efetivo foram comprometidas. As análises de estrutura populacional indicam que: 1) a espécie P. dominicana não apresenta estruturação populacional para o DNAmt; 2) essa espécie deve ser tratada como uma única Unidade de Manejo; e 3) o rio São Francisco e os tipos de Caatinga não constituem barreiras geográfica e ecológica para essa espécie, respectivamente. / This Masters Thesis comprises two complementary studies: phylogeny of the genus Paroaria (Aves: Passeriformes; Oscines; Chapter 2) and phylogeography of Paroaria dominicana (Chapter 3). The phylogeny of the genus Paroaria is based on complete ND2 (1041 bp) sequences from all five Paroaria species (except P. baeri with 925 bp) and from six species from different tribes of the subfamily Emberizini as outgroups. The results indicate that: 1) the current tribe Emberizini is not monophyletic; 2) Gubernatrix cristata should be placed within the tribe Thraupini; 3) among the outgroups sampled, G. cristata is the closest to genus Paroaria; 4) genus Paroaria is monophyletic; and 5) genus Paroaria is comprised of two major clades: (P. dominicana, P. coronata) and (P. baeri (P. gularis, P. capitata)). To help interpreting the results, the distribution of sampling localities of the genus Paroaria was compiled from eleven institutions. The clade (P. dominicana, P. coronata) indicates an association between the open forests of Caatinga and around the Chaco. The clade (P. baeri (P. gularis, P. capitata)) suggests that the riparian forests of Cerrado, Amazon, Pantanal and around the Chaco are related. Date estimates of diversification indicate that the oldest splits within the genus occurred during the Pliocene, and only the youngest diversification occurred during the early Pleistocene. Paleogeographic and paleoclimate events could be related to these diversifications. The phylogeography of the species P. dominicana is based on sequences from of ND3 (351 bp) and first domain of the control region (391 bp) from 51 individuals. The sister species P. coronata was used as outgroup. However, due to technical problems it was replaced by P. capitata in some data matrices. Neutrality tests results suggest that: 1) there is departure from the neutral equilibrium population model due to negative or positive selection (pre or post fixation phases) acting simultaneously or not with a recent population expansion; and 2) the use of a non-sister outgroup caused saturation of the data, jeopardizing more precise inferences on the forces shaping the polymorphism pattern found. Therefore, historical demography and effective population size analyses could not be performed. The population structure analyses suggest that: 1) the species P. dominicana is not geographically structured based on mtDNA data; 2) this species can be considered as a single Management Unit; and 3) the São Francisco river and the types of Caatinga are not geographic and ecological barriers for this species, respectively.

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Made available in DSpace on 2014-08-20T14:31:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_carolina_mascarenhas.pdf: 23937030 bytes, checksum: 4ede460c8b3f9046c6af286984b4b306 (MD5) Previous issue date: 2008-07-22 / Paroaria coronata (red-crested cardinal) occurs only of South America. The species is not in danger of extinction, but it is appreciated by the illegal trade in wild animals. His parasite fauna is little known and has been recorded only one Nematoda and three Phthiraptera. The diet is mainly based greasses seeds, but can consume small fruit and insects. The study aimed to identify helminths and arthropods associated with red-crested cardinal and for that were examined wild birds, captives and of undetermined origin, totaling 40 specimes. The wild birds and undetermined origin were the most parasitized. The helminthfauna was composed of Aproctella carinii, Dispharynx nasuta, Capillaria sp. Diplotriaena sp. (Nematoda); Tanaisia oviaspera, Tanaisia valida, Tanaisia sp., Prosthogonimus ovatus (Trematoda); Orthoskrjabinia sp. (Cestoda); Mediorhynchus sp. (Acanthocephala). Tanaisia sp. was most prevalent (10%) and more abundant (0.48), D. nasuta and Orthoskrjabinia sp. occurred with greater mean intensity of parasitism (5 helminths/host). The arthropodfauna was represented by Myrsidea coronatae, Philopterus sp. and Brueelia sp. (Phthiraptera); Ptilonyssus sairae and Sternostoma pirangae (Gamasida), where M. coronatae and P. sairae were the most prevalent with 65% and 50%, respectively. All helminths are reported for the first time in P. coronata, Orthoskrjabinia sp. is recorded for the first time in Brazil; A. carinii, Diplotriaena sp., T. valida, T. oviaspera and Mediorhynchus sp. are cited for the first time in the Rio Grande do Sul state. The helminthfauna found in P. coronata, indicates that the species is omnivorous eating habits. Among the arthropods, Philopterus sp., Brueelia sp., P. sairae and S. pirangae have your first record infecting P. coronata; M. coronatae is recorded for the first time in Brazil, this report marks the first occurrence of S. pirangae in Brazil and the first of P. sairae in the Rio Grande do Sul state. / Paroaria coronata (cardeal) ocorre apenas na América do Sul. A espécie não está em perigo de extinção, mas é visada pelo comércio ilegal de animais silvestres. Sua fauna parasitária é pouco conhecida, tendo sido registrado somente um Nematoda e três Phthiraptera. A dieta desta ave baseia-se principalmente em sementes de gramíneas, mas pode consumir pequenos frutos e insetos. O estudo teve por objetivo identificar os helmintos e artrópodes associados à P. coronata e para tal foram examinadas aves silvestres, cativas e de origem indeterminada, totalizando 40 espécimes. As aves silvestres e de origem indeterminada foram as mais parasitadas. A helmintofauna esteve composta por Aproctella carinii, Dispharynx nasuta, Capillaria sp. Diplotriaena sp. (Nematoda); Tanaisia oviaspera, Tanaisia valida, Tanaisia sp., Prosthogonimus ovatus (Trematoda); Orthoskrjabinia sp. (Cestoda); Mediorhynchus sp. (Acanthocephala). Tanaisia sp. foi mais prevalente (10%) e mais abundante (0,48), D. nasuta e Orthoskrjabinia sp. ocorreram com maior intensidade média de parasitismo (5 helmintos/hospedeiro). A artropodofauna esteve representada por Myrsidea coronatae, Philopterus sp. e Brueelia sp. (Phthiraptera); Ptilonyssus sairae e Sternostoma pirangae (Gamasida), onde M. coronatae e P. sairae foram os mais prevalentes com 65% e 50%, respectivamente. Todos os helmintos são relatados pela primeira vez em P. coronata, Orthoskrjabinia sp. é registrado pela primeira vez no Brasil; Aproctella carinii, Diplotriaena sp., Tanaisia valida, Tanaisia oviaspera e Mediorhynchus sp. são citados pela primeira vez no Rio Grande do Sul. A helmintofauna encontrada em P. coronata, indica que a espécie tem hábito alimentar onívoro. Entre os artrópodes, Philopterus sp., Brueelia sp., P. sairae e S. pirangae são citados pela primeira vez parasitando P. coronata; M. coronatae é registrado pela primeira vez no Brasil; este relato caracteriza a primeira ocorrência de S. pirangae no Brasil e a primeira de P. sairae no Rio Grande do Sul.