Deformed epidermal autoregulatory factor 1 (DEAF1) is a transcription factor that binds to (T/C)TCG(G/T) half-sites and has been shown to be involved in human diseases of cancer, diabetes, depression and intellectual disorders. We used chromatin immunoprecipitation assays to assess endogenous levels of DEAF1 and RNA polymerase II occupancy on the promoter and 5'UTR of the DEAF1 gene. In exponentially growing HEK293 cells, low levels of DEAF1 bind to sequences between -718 and +232, with +1 marking the start of translation. Within 0.5 hr of treating the cells with 500 µM H2O2, DEAF1 occupancy is increased between 7-18 fold at B (-718/-569), -577/-444, C (-432/-299), D (-205/-112) and E(-97/17). There were no statistically significant changes in either RNA polymerase II phospho-serine 5 (RNA PolII pS5) or RNA polymerase II phospho-serine 2 (RNA PolII pS2) binding with H2O2 treatment compared to control. With media change, there is an increase in RNA PolII pS2 and pS5 occupancy at both a distal site -1462/-1326 and in the coding region at 133/232, while no significant change in DEAF1 occupancy was detected. DEAF1 occupancy at the DEAF1 promoter and 5'UTR are inversely correlated with RNA polymerase II occupancy, however, there were no measurable differences in DEAF1 RNA levels at 0.5 hr and 1 hr time points. In summary, these data indicate that there is increased occupancy of DEAF1 at its own promoter following stress, which inversely affects occupancy of RNA polymerase at proximal promoter and 5'UTR sites of the DEAF1 gene.

During the past decade, the Internet has witnessed a dramatic increase in the popularity of Peer-to-Peer (P2P) applications. This has caused a significant growth in the volume of P2P traffic. This trend has been particularly alarming for the Internet Service Providers (ISPs) that need to cope with the associated cost but have limited control in routing or managing P2P traffic. To alleviate this problem, researchers have proposed mechanisms to reduce the volume of external P2P traffic for individual ISPs. However, prior studies have not examined the global effect of P2P applications on the entire network, namely the traffic that a P2P application imposes on individual underlying Autonomous Systems (ASs). Such a global view is particularly important because of the large number of geographically scattered peers in P2P applications. This dissertation examines the global effect of P2P applications on the underlying AS-level Internet. Toward this end, first we leverage a large number of complete overlay snapshots from a large-scale P2P application, namely Gnutella, to characterize the connectivity and evolution of its overlay structure. We also conduct a case study on the performance of BitTorrent and its correlation with peer- and group-level properties. Second, we present and evaluate Respondent-driven sampling as a promising technique to collect unbiased samples for characterizing peer properties in large-scale P2P overlays without requiring the overlay's complete snapshot. Third, we propose a new technique leveraging the geographical location of peers in an AS to determine its geographical footprint and identify the cities where its Points-of-Presence (PoPs) are likely to be located. Fourth, we present a new methodology to characterize the effect of a given P2P overlay on the underlying ASs. Our approach relies on the large scale simulation of BGP routing over the AS-level snapshots of the Internet to identify the imposed load on each transit AS. Using our methodology, we characterize the impact of Gnutella overlay on the AS-level underlay over a 4-year period. Our investigation provides valuable insights on the global impact of large scale P2P overlay on individual ASs. This dissertation includes my previously published and co-authored material.

A década de 80 é um marco para a área de comunicação de dados. Muitos estudos, pesquisas e especificações foram iniciados para permitir a integração de sistemas de comunicação para voz, vídeo e dados. Desde essa década, os cientistas procuram investir na Internet, que é um dos mais importantes e populares meios de transmissão de informações no mundo, para acomodar aplicações que permitam enviar imagens e sons por esta imensa rede de comunicação. Também nessa década, no final, o International Telecommunications Union – Telecommunication (ITU-T), especificou a tecnologia ATM, cujas pesquisas vinham ocorrendo desde o seu início. O serviço de rede tradicional na Internet é transmissão de datagramas ´besteffort ´, conforme será visto neste trabalho. Neste serviço, os pacotes da origem são enviados para o destino, sem garantia de entrega. Para aquelas aplicações que requerem garantia de entrega, o protocolo TCP (equivalente à camada 4 do RM-OSI) se encarregará da retransmissão dos pacotes que falharam ao atingir o destino para então se conseguir uma recepção correta. Para aplicações de comunicação tradicionais, como FTP e Telnet, em que uma entrega correta é mais importante que a perda de tempo da retransmissão, este serviço é satisfatório. Entretanto, uma nova classe de aplicações, as quais usam mídias múltiplas (voz, som e dados), começam a aparecer na Internet. Exemplos desta classe de aplicação são: vídeo teleconferência, vídeo sob demanda e simulação distribuída. Operações de modo tradicional para estas aplicações resultam em redução da qualidade da informação recebida e, potencialmente, ineficiência do uso da largura de banda. Para remediar este problema é desenvolvido um ambiente de serviço para tempo real, no qual múltiplas classes de serviços são oferecidas. Este ambiente estende o modelo de serviços existentes para ir ao encontro das necessidades das aplicações multimídia com obrigatoriedade de tempo real, porém esta não é uma meta muito fácil. Contudo, a comunidade pesquisadora tem conseguido desenvolver alguns mecanismos que vão pouco a pouco permitindo que este objetivo se transforme em realidade. O ATM é uma tecnologia que provê dutos de alta velocidade para a transferência de qualquer tipo de informação em pequenos pacotes de tamanho fixo, chamados células. A idéia básica é estabelecer entre dois pontos que desejam se comunicar um circuito virtual que é mantido pelos comutadores de células para levar a informação de um lado a outro. A característica marcante do ATM é a Qualidade de Servico – QoS, que garante o desempenho predefinido que determinado serviço necessita. Isso permite suportar aplicações de tempo real que são sensíveis ao atraso. O atendimento à diversidade de características de tráfego e exigências distintas de grandes quantidades de serviços é possível pelo ATM graças ao controle de tráfego reunido à capacidade de multiplexação estatística do meio em altas taxas de transmissão. O objetivo principal desta dissertação é elaborar uma comparação quantitativa e qualitativa do funcionamento de aplicações multimídia sobre IP com RSVP - Protocolo desenvolvido para realizar reservas de recursos integrante da arquitetura de Serviços Integrados (IntServ) proposta pelo IETF para oferecer qualidade de serviço para aplicações tais como aplicações multimídia. Essa proposta também inclui duas classes de serviços, sendo que nessa dissertação, o serviço de carga controlada é que está sendo utilizado. Isso deve-se a implementação dos módulos apresentados em [GRE 2001] e que foram utilizados na realização desse trabalho - e sobre ATM. A proposta final é a elaboração de uma técnica de análise baseado nas principais métricas de desempenho em redes que deve permitir uma melhor visualização do comportamento das tecnologias sob determinadas cargas de tráfego, permitindo assim uma tomada de decisão entre qual das tecnologias que deverá ser adotada em um dado momento, em uma dada situação, ou seja, a indicação do ponto de quebra tecnológica na situação modelada. Para que fosse possível fazer esta comparação, foi necessário dividir-se este trabalho em 3 grandes etapas, que são: • Estudo e desenvolvimento da técnica para análise do elemento carga de tráfego na tecnologia ATM; • Estudo e desenvolvimento da técnica para análise do elemento carga de tráfego na tecnologia IP com RSVP; • Comparativo quantitativo e qualitativo dos estudos acima.

Voz sobre IP (VoIP) é uma tecnologia que permite a digitalização e a codificação da voz e o empacotamento em pacotes de dados IP para a transmissão em uma rede que utilize o protocolo TCP/IP. Devido ao volume de dados gerados por uma aplicação VoIP, esta tecnologia se encontra em funcionamento, em redes corporativas privadas. Mas se a rede base para o transporte desta aplicação for a Internet, certamente, não deve ser utilizada para fins profissionais, pois o TCP/IP não oferece padrões de QoS (Qualidade de Serviço) comprometendo desta forma a qualidade da voz. A qualidade da voz fica dependente do tráfego de dados existentes no momento da conversa. Para realizar um projeto de VoIP é necessário conhecer todo o tráfego existente na rede e verificar o quanto isto representa em relação à banda total da rede. Também se deve conhecer o tipo de aplicação que se deseja implantar, verificando a banda a ser utilizada por esta, e então projetar como a rede deverá ser estruturada. Para auxiliar no projeto de VoIP, pretende-se mostrar o que está sendo desenvolvido para que o protocolo TCP/IP ofereça QoS e uma ferramenta para análise do tráfego de voz sobre redes TCP/IP e também análises dos resultados obtidos em experimentos simulando diversas situações práticas.

The Border Gateway Protocol (BGP), the main component of core Internet connectivity, suffers vulnerability issues related to the impersonation of the ownership of IP prefixes for Autonomous Systems (ASes). In this context, a number of studies have focused on securing the BGP through several techniques, such as monitoring-based, historical-based and statistical-based behavioural models. In spite of the significant research undertaken, the proposed solutions cannot detect the IP prefix hijack accurately or even differentiate it from other types of attacks that could threaten the performance of the BGP. This research proposes three novel detection methods aimed at tracking the behaviour of BGP edge routers and detecting IP prefix hijacks based on statistical analysis of variance, the attack signature approach and a classification-based technique. The first detection method uses statistical analysis of variance to identify hijacking behaviour through the normal operation of routing information being exchanged among routers and their behaviour during the occurrence of IP prefix hijacking. However, this method failed to find any indication of IP prefix hijacking because of the difficulty of having raw BGP data hijacking-free. The research also proposes another detection method that parses BGP advertisements (announcements) and checks whether IP prefixes are announced or advertised by more than one AS. If so, events are selected for further validation using Regional Internet Registry (RIR) databases to determine whether the ASes announcing the prefixes are owned by the same organisation or different organisations. Advertisements for the same IP prefix made by ASes owned by different organisations are subsequently identified as hijacking events. The proposed algorithm of the detection method was validated using the 2008 YouTube Pakistan hijack event; the analysis demonstrates that the algorithm qualitatively increases the accuracy of detecting IP prefix hijacks. The algorithm is very accurate as long as the RIRs (Regional Internet Registries) are updated concurrently with hijacking detection. The detection method and can be integrated and work with BGP routers separately. Another detection method is proposed to detect IP prefix hijacking using a combination of signature-based (parsing-based) and classification-based techniques. The parsing technique is used as a pre-processing phase before the classification-based method. Some features are extracted based on the connectivity behaviour of the suspicious ASes given by the parsing technique. In other words, this detection method tracks the behaviour of the suspicious ASes and follows up with an analysis of their interaction with directly and indirectly connected neighbours based on a set of features extracted from the ASPATH information about the suspicious ASes. Before sending the extracted feature values to the best five classifiers that can work with the specifications of an implemented classification dataset, the detection method computes the similarity between benign and malicious behaviours to determine to what extent the classifiers can distinguish suspicious behaviour from benign behaviour and then detect the hijacking. Evaluation tests of the proposed algorithm demonstrated that the detection method was able to detect the hijacks with 96% accuracy and can be integrated and work with BGP routers separately.

SOUSA, L. R. N. Avaliação da qualidade de voz do serviço VoIP em sistemas HSDPA. 2007. 108 f. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Teleinformática) – Centro de Tecnologia, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2007. / Submitted by Marlene Sousa (mmarlene@ufc.br) on 2016-04-04T17:50:56Z No. of bitstreams: 1 2007_dis_lrnsousa.pdf: 2856245 bytes, checksum: 09d1682db6deab934bb19b5dc67e6098 (MD5) / Approved for entry into archive by Marlene Sousa(mmarlene@ufc.br) on 2016-04-06T13:49:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_dis_lrnsousa.pdf: 2856245 bytes, checksum: 09d1682db6deab934bb19b5dc67e6098 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-06T13:49:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_dis_lrnsousa.pdf: 2856245 bytes, checksum: 09d1682db6deab934bb19b5dc67e6098 (MD5) Previous issue date: 2007-09-22 / In recent years, we can observe the development and fast dissemination of VoIP services, being integrated by the present market, beside conventional telephony and cellular networks. For being a technological alternative that contributes to minimize costs, we see an increasing preference for voice transmission through IP networks. HSDPA, as a cellular system, allows high speed data transmission,increases the network width of band and creates new possibilities for multimedia services, as VoIP that transmits in wideband to mobile telephones. The delay inherent to this system, however, is a challenge for the need to assure good quality of voice transmissions, demanding a considerable effort of analysis of this service.These facts justify a study that focus on the quality of voice in VoIP over HSDPA.To evaluate the voice quality, in this study, we applied MOS method that makes numerical values correspond to categories like quality and intelligibility of transmitted voice, getting these data through objective and subjective methodologies. The evaluation process was divided in fases according to the characteristics of each methodology and to technical recommendations, and was done through dynamic computational simulations. For objective evaluation process,algorithm PESQ was employed to obtain MOS concepts, whereas, for subjective evaluation, voice files with a percentage of error have been placed in Internet for listening and for the attribution of MOS concepts based in the perception of the listener. The results of this research show that both evaluation methods got satisfactory concepts of quality, that QoS is steady and positive in the simulations, that a good quality for the voice files and the probable satisfaction of the users of the VoIP service on cellular system HSDPA is guaranteed for 2% FER rate. Finally, it shows that MOS concepts produced by objective methodology were close enough to those given by subjective evaluation to dispense with the arduous work of making diverse voice files to be heard and subjectively evaluated by a statisticaly valid amount of users. / Nos últimos anos, observa-se o surgimento e a rápida disseminação do serviço VoIP, integrando-se ao mercado atual junto à telefonia convencional e às redes celulares. Por ser uma alternativa tecnológica que contribui para minimizar ustos, assiste-se a uma preferência crescente por fazer fegar a voz através das redes IP. O HSDPA, como sistema celular, permite a transmissão de dados em alta velocidade, aumenta a largura de banda da rede e abre novas possibilidades de serviços multimídia, como o VoIP que utiliza a transmissão em banda larga para telefones móveis. Exige-se, porém, um considerável esforço de análise deste serviço, pois o atraso inerente a esse sistema é um desafio para a garantia de qualidade de voz. Estes fatos justificam, conseqüentemente, um esforço de análise que se detenha sobre a qualidade de voz no VoIP sobre o HSDPA. Para avaliar a qualidade de voz, neste estudo aplica-se o método MOS, que faz corresponder valores numéricos a categorias como medidas de qualidade e inteligibilidade da voz transmitida, obtendo-se esses dados de forma objetiva e subjetiva. O processo de avaliação dividiu-se em etapas de acordo com cada metodologia, seguindo recomendações técnicas e através de simulações computacionais dinâmicas. Na avaliação objetiva, utilizou-se o algoritmo PESQ para obtenção do conceito MOS, enquanto que na avaliação subjetiva, arquivos de voz com certo percentual de erro foram colocados em um endereço na Internet para escuta e atribuição de nota MOS, baseada na percepção do usuário ouvinte. Os resultados mostraram que os dois métodos de avaliação obtiveram conceitos de qualidade satisfatórios, que o QoS nas simulações é estável e positivo, que uma boa qualidade para os arquivos de voz e a provável satisfação dos usuários do serviço VoIP sobre o sistema celular HSDPA é garantida para uma taxa de 2% de FER. Finalmente, mostra-se que a metodologia objetiva garante a obtenção de notas MOS aproximadas da subjetiva, evitando o árduo trabalho de fazerem-se ouvir diversos arquivos de voz por uma quantidade significativa de usuários para ser válida estatisticamente.

Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação. Departamento de Ciência da Computação, Instituto de Ciências Exatas e Biológicas, Universidade Federal de Ouro Preto. / Submitted by Maurílio Figueiredo (maurilioafigueiredo@yahoo.com.br) on 2016-02-16T14:03:43Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO_ RouteSprayAlgoritmo.pdf: 2020511 bytes, checksum: b523fa5faca203ec7ca04247bcc0e411 (MD5) / Approved for entry into archive by Oliveira Flávia (flavia@sisbin.ufop.br) on 2016-04-08T12:53:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO_ RouteSprayAlgoritmo.pdf: 2020511 bytes, checksum: b523fa5faca203ec7ca04247bcc0e411 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-08T12:53:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO_ RouteSprayAlgoritmo.pdf: 2020511 bytes, checksum: b523fa5faca203ec7ca04247bcc0e411 (MD5) Previous issue date: 2014 / Redes veiculares são um tipo especial de redes wireless que ganharam a atenção dos pesquisadores nos últimos anos. Protocolos de roteamento para esse tipo de rede têm que lidar com diversos desafios como alta mobilidade, altas velocidades e frequentes desconexões na rede. Neste artigo é proposto o RouteSpray, um algoritmo de roteamento veicular que, além de utilizar as rotas dos veículos para tomar as decisões de roteamento, também utiliza a pulverização controlada para encaminhar múltiplas cópias de mensagens, garantindo melhores taxas de entrega sem sobrecarregar a rede. Os resultados dos experimentos mostram que o RouteSpray entregou 13,12% mensagens a mais do que outras propostas da literatura e manteve a ocupação do buffer 73,11% menor. ______________________________________________________________________________________ / ABSTRACT: Vehicular networks represent a special type of wireless network that has gained the attention of researchers over the past few years. Routing protocols for this type of network must face several challenges, such as high mobility, high speeds and frequent network disconnections. This paper proposes a vehicular routing algorithm called RouteSpray that in addition to using vehicular routes to help make routing decisions, uses controlled spraying to forward multiple copies of messages, thus ensuring better delivery rates without overloading the network. The results of experiments performed in this study indicate that the RouteSpray algorithm delivered 13.12% more messages than other algorithms reported in the literature. In addition, the RouteSpray algorithm kept the buffer occupation 73.11% lower.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação. / Made available in DSpace on 2013-07-15T22:43:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 224770.pdf: 1421169 bytes, checksum: 448611125d813a00481fca9819471e3c (MD5) / Muitas aplicações necessitam garantias de desempenho que as redes IP por si só não fornecem, como garantia de banda e controle de atraso. Algumas ferramentas são utilizadas dentro da rede IP para fornecer a qualidade necessária a estas aplicações, como a arquitetura de Serviços Diferenciados (DiffServ) e a tecnologia MPLS (Multiprotocol Label Switching). Uma das aplicações que exigem certos níveis de qualidade da rede é a voz sobre IP (VoIP). Para permitir a garantia da qualidade dos serviços que o provedor deve fornecer ao seu cliente, são definidos contratos de Acordo do Nível de Serviço (SLA), onde estão descritas as especificações do nível de qualidade a ser fornecido. Este trabalho propõe um SLA para VoIP que permite ao cliente definir quais níveis de qualidade de voz percebida ele necessita, e a provedora mapear estes níveis em parâmetros de desempenho de rede que ela deve garantir. Também são investigados os aspectos de configuração de uma rede DiffServ/MPLS para atendimento do nível de qualidade de serviço. Foram realizados testes num ambiente real, com geração e medição de trafego para avaliar o comportamento da rede, de acordo com a escolha da qualidade de serviço definida dentro da proposta de SLA.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação. / Made available in DSpace on 2012-10-20T21:42:32Z (GMT). No. of bitstreams: 0

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação. / Made available in DSpace on 2012-10-21T06:21:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 198119.pdf: 828529 bytes, checksum: 014e4fa23eaba79f2a98b0341d22995c (MD5) / Este trabalho apresenta uma ferramenta para o monitoramento de redes IP com Serviços Diferenciados (DS) utilizando o SNMP. O objetivo dessa ferramenta é capturar valores de configuração e estatísticas do DS em tempo real, através do SNMP. Para validar a sua funcionalidade, foram executados diversos experimentos, cujos resultados são apresentados através de gráficos criados automaticamente pela ferramenta. Foram avaliadas duas MIBs da CISCO, que permitem obter informações da estrutura DiffServ configurada em seus roteadores. Para que a ferramenta apresentasse informações relevantes, foram selecionadas, também, através da avaliação das MIBs, as variáveis que serão apresentadas. Definiram-se as formas de como os resultados serão calculados e