The study seeks to determine the degree of accumulation of Type II error rates, while violating the assumptions of normality, for different specified levels of power among sample means. The study employs a Monte Carlo simulation procedure with three different specified levels of power, methodologies, and population distributions. On the basis of the comparisons of actual and observed error rates, the following conclusions appear to be appropriate. 1. Under the strict criteria for evaluation of the hypotheses, Type II experimentwise error does accumulate at a rate that the probability of accepting at least one null hypothesis in a family of tests, when in theory all of the alternate hypotheses are true, is high, precluding valid tests at the beginning of the study. 2. The Dunn-Bonferroni procedure of setting the critical value based on the beta value per contrast did not significantly reduce the probability of committing a Type II error in a family of tests. 3. The use of an adequate sample size and orthogonal contrasts, or limiting the number of pairwise comparisons to the number of means, is the best method to control for the accumulation of Type II errors. 4. The accumulation of Type II error is irrespective of distributions.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Youth with type 1 diabetes (T1D) from single-parent families are more likely to be in poorer glycemic control (HbA1c). Demographic trends indicate more households are composed of unmarried adults and fewer youths. Family density, or a youth: adult ratio, may be a more salient factor than single-parent status in the association with glycemic control. Data from 257 adolescents aged 11-14 years (M = 12.84) at two different sites were collected as part of a randomized control trial of a treatment intervention designed to increase parent involvement and prevent deterioration of adolescent diabetes disease care. Single-parent status was determined by parental report of a sole caregiving adult in a youth’s household. A family density ratio was calculated via parental report of the number of youths to adults in a home. A youth: adult ratio greater than two was considered “high family density” (Liaw & Brooks-Gun, 1994). Diabetes-related risk and protective factors of parental monitoring, youth adherence to disease care behaviors, parental stress, and diabetes-related conflict were measured using parent and youth report questionnaires. Glycemic control was determined via a DCA2000 analyzer with results abstracted from medical chart review. Consistent with the literature, single-parent status was correlated with higher HbA1c (r = .19, p = .01) or poorer glycemic control. Similarly, higher family density also was related to higher HbA1c (r = .32, p < .001). An overall multiple regression model including family structure constructs (single-parent status and density), socioeconomic status, and ethnicity accounted for 18% of the variance in glycemic control. However, family density, β = .22, and SES, β = -.29, were the only significant correlates of glycemic control in the model when considered simultaneously with single-parent status and ethnicity. Although single-parent families have youths in poorer metabolic control, higher family density appears to be a more potent correlate of youth glycemic control perhaps because it might be a more sensitive indicator of available parental time and resources. Family density is significantly related to poorer adherence and greater diabetes-related conflict. Further, poorer adherence and more diabetes-related conflict partially explained the relation between high family density and poorer glycemic control. Family density appears to be an important family structure factor for adolescents with T1D and the identification of risk factors for poorer glycemic control has both clinical and research implications.

Person-oriented and variable-oriented analyses were conducted to investigate sociodemographic differences in biological, psychosocial and disease care factors in youth with type 1 diabetes. Additionally, diabetes knowledge was evaluated as a potential mediator of SES effects on HbA1c and disease care. The sample included 349 youth, age 9-17 years (79.9% Caucasian, 71.3% lived with two biological parents, M SES = 46.24). Person-oriented t-tests confirmed commonly reported ethnic differences in HbA1c and disease care behaviors. However, variable-oriented analyses controlling for confounding sociodemographic influences showed most disease care effects attributed to ethnicity were better explained by SES. While diabetes knowledge was not a significant mediator of meal composition, it appeared to suppress the effect of social class on carbohydrate and fat consumption, such that more diabetes knowledge minimized the negative effect of lower SES on optimal carbohydrate and fat consumption. Results may inform future interventions for youth at risk of poor metabolic control.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Master of Science / Department of Statistics / Christopher Vahl / Sample size estimation is generally based on assumptions made during the planning stage of a clinical trial. Often, there is limited information available to estimate the initial sample size. This may result in a poor estimate. For instance, an insufficient sample size may not have the capability to produce statistically significant results, while an over-sized study will lead to a waste of resources or even ethical issues in that too many patients are exposed to potentially ineffective treatments. Therefore, an interim analysis in the middle of a trial may be worthwhile to assure that the significance level is at the nominal level and/or the power is adequate to detect a meaningful treatment difference. In this report, the impact of sample size re-estimation on the type I error rate for the continuous end-point in a clinical trial with two treatments is evaluated through a simulation study. Two sample size estimation methods are taken into consideration: blinded and partially unblinded. For the blinded method, all collected data for two groups are used to estimate the variance, while only data from the control group are used to re-estimate the sample size for the partially unblinded method. The simulation study is designed with different combinations of assumed variance, assumed difference in treatment means, and re-estimation methods. The end-point is assumed to follow normal distribution and the variance for both groups are assumed to be identical. In addition, equal sample size is required for each group. According to the simulation results, the type I error rates are preserved for all settings.

La salinité du sol affecte la croissance des plantes glycophytes telle que Arabidopsis thaliana et le riz. Chez les plantes vasculaires, les racines sont composées de divers types de cellules organisées en cercles concentriques. Chaque type de cellules racinaires possède une fonction biologique spécifique et coordonnée avec les autres cellules qui composent cette même racine. Il est probable que la réponse des gènes au stress salin soit spécifique du type cellulaire, ce qui ne peut être révélé par des études à l'échelle de l'organe entier. Afin d'étudier les réponses spécifiques, notre approche a été de générer des profils de transcriptome pour deux types de cellules racinaires chez les plantes modèles, Arabidopsis et riz. Les deux types de cellules étudiées ont été choisis en raison de leur rôle possible soit dans le stockage du sodium dans les cellules corticales, soit dans son transport dans les cellules du péricycle chez Arabidopsis ou du cylindre central chez le riz. Des plantes exprimant la protéine fluorescente verte (GF) spécifiquement dans un type de cellule racinaire furent utilisées pour cette analyse. Les cellules ont donc pu être isolées chez le riz et Arabidopsis grâce à la technique de cytométrie en flux.L'analyse du transcriptome des cellules du péricycle et du cylindre central montrent que les cellules corticales sont plus réactives au stress salin et qu'une large majorité des gènes est sous–exprimée chez les deux plantes modèles. D'après les analyses d'expression des cellules du cortex d'Arabidopsis, trois voies métaboliques sont significativement sous-exprimées en réponse au stress salin: la voie de biosynthèse des phénylpropanoïdes, le transport de l'eau and le métabolisme secondaire. La régulation de gènes impliqués dans le transport de l'eau et des nutriments démontre l'importance des cellules corticales dans le mouvement des solutés. Chez le riz, les profils des deux types cellulaires étudiés révèlent une forte réaction de défense ; en effet le métabolisme protéique et la régulation de la transcription sont fortement sous-exprimés dans les cellules corticales alors que les cellules du cylindre central modifient et activent les gènes correspondant à divers catégories fonctionnelles telles que la réplication de l'ADN et le transport. Des gènes candidats ont été sélectionnés dans les deux types cellulaires d'Arabidopsis. Des lignées mutantes n'exprimant pas ces gènes ont été testées en stress salin dans des conditions hydroponiques. Les résultats ont révélé un phénotype accumulant moins de sodium dans les parties aériennes (20% par rapport au génotype sauvage) pour certaines de ces lignées mutantes. Ce travail est la première étude de transcriptome utilisant des types spécifiques de cellules racinaires chez le riz. L'identification de gènes et voies métaboliques répondant au stress salin dans le cortex et le cylindre central de la racine ouvre de nouveaux axes de recherche et va permettre d'élucider la complexité des processus biologiques d'adaptation au stress salin. / Soil salinity reduces the growth of glycophytic plants such as Arabidopsis thaliana and rice. In vascular plants, roots are organized into concentric layers of cells and each layer has a specific biological function coordinated with other cell types in the root. Therefore, genes differentially expressed in response to a salt stress are also likely to be changing only in specific cell types, and thus may not be revealed at the organ level. In order to identify novel salt-responsive genes, cell-type specific transcriptomic approaches were undertaken in Arabidopsis thaliana and rice, with application of physiologically reasonable salt stress (50mM) over 48 hours. Two cell-types from the root were chosen in both species for their potential role in salt storage and transport: cortical and pericycle/stelar cells respectively. Cell-types of interest expressing specifically Green Fluorescent Protein (GFP) were isolated from the rest of the root using fluorescence-activated cell sorting (FACS).The outer layer of the root was found to be responding more than the inner part of the root after 48 hours of salt stress, with an overall down-regulation in both rice and Arabidopsis. Arabidopsis cortical cells responding to salt seem to regulate the cell wall biosynthesis, which may modulate the shape of the cells or alter the apoplastic movements of solutes in response to salt. Genes related to transport were affected by salt in Arabidopsis, with the crucial role of cortical cells in the movement of solutes being evident. Rice cortical cells respond to salt by showing a more extreme defence reaction in changing the protein metabolism and the regulation of transcription. The response of the inner part of the rice root to 48 hours of mild salt stress showed up-regulation of genes implicated in broader functional categories. The biological relevance of genes revealed using cell-type specific transcriptomics was demonstrated in a salt assay using knock-out (KO) lines of candidate genes from both cell-types in Arabidopsis thaliana. Three KO mutant lines showed 20% reduction in shoot sodium after 5 weeks of salt stress and were also able to maintain a higher shoot dry weight. These transcriptomic studies of isolated stelar and cortical cells in response to a mild salt stress have revealed salt responsive genes and pathways, indicating new areas for further study, and contributing to our understanding of the complex responses of plants to their environment at the cellular level.

La mammite bovine est une inflammation de la glande mammaire causée par un traumatisme ou par une infection. Au Canada, l’agent pathogène le plus souvent retrouvé dans les cas de mammites bovines est Staphylococcus aureus (S. aureus). Cet agent pathogène peut causer des mammites cliniques avec des symptômes graves et apparents, mais il peut aussi provoquer des mammites sous-cliniques ne présentant aucun symptôme. Cette infection engendre des pertes économiques importantes dans le secteur de la production laitière, principalement par le retrait du lait lors d’infection clinique et lorsqu’un antibiotique est utilisé. Il est ainsi important d’apporter de nouveaux outils aux producteurs laitiers pour contrer la mammite bovine. Prédire les symptômes associés à la mammite bovine causée par S. aureus pourrait améliorer la gestion des mammites en identifiant rapidement les souches problématiques. Pour ce faire, une caractérisation génotypique et phénotypique de 587 souches de S. aureus isolées dans l’ensemble du Canada a été effectuée dans le but de prédire l’apparition de symptômes cliniques et la durée de l’infection. Les séries d’isolats provenant du même quartier suivi sur une longue période de temps avec la manifestation d’au moins une mammite clinique ont été comparées aux isolats de séries sans aucune mammite clinique. Cette comparaison a été effectuée dans le but de différencier les deux types d’infection selon les caractéristiques de la souche de S. aureus impliqués. Les facteurs comparés sont la présence de gènes de virulence (seg, lukM et tst), la formation de biofilm in vitro et l’origine clonale des souches de S. aureus selon le typage spa. Des différences significatives ont été trouvées dans la distribution des types spa (p=0,018) et la présence du gène lukM (p=0,009) entre les souches causant des mammites cliniques ou sous-cliniques. Une régression logistique, qui prend en compte tous les facteurs de la comparaison, a été effectuée. Cela a permis de faire l’importante observation qu’à chaque log additionnel de biofilm, les chances d’avoir des signes cliniques augmentent de 97% (p=0,05). Pour déterminer quels facteurs influençaient la durée de l’infection, chaque facteur a été utilisé individuellement dans des tests d’analyse de survie. Aucun facteur n’est ressorti significatif dans ces tests lorsque pris individuellement, mais lorsque tous les facteurs sont pris en compte dans une régression logistique, quelques différences peuvent être observées. Nous avons déterminé que les types spa t529 et t359 ont respectivement 3,5 à 4,5 fois plus de chance de se faire éliminer en comparaison au type spa t13401 (p = 0,047 et 0,019). De nombreux facteurs ont été corrélés avec les types spa, tels que la possession de seg par t529 et la formation de biofilm variable selon le type spa. Ces résultats tendent à montrer qu’un outil de prédiction pourrait être développé avec une caractérisation plus poussée des types spa. L’outil de prédiction pourra alors permettre une meilleure gestion des cas de mammite bovine causés par S. aureus.

We present H-band scattered light imaging of a bright debris disk around the A0 star HD 36546 obtained from the Subaru Coronagraphic Extreme Adaptive Optics (SCExAO) system with data recorded by the HiCIAO camera using the vector vortex coronagraph. SCExAO traces the disk from r similar to 0."3 to r similar to 1" (34-114 au). The disk is oriented in a near east-west direction (PA similar to 75 degrees), is inclined by i similar to 70 degrees-75 degrees, and is strongly forward-scattering (g > 0.5). It is an extended disk rather than a sharp ring; a second, diffuse dust population extends from the disk's eastern side. While HD 36546 intrinsic properties are consistent with a wide age range (t similar to 1-250 Myr), its kinematics and analysis of coeval stars suggest a young age (3-10 Myr) and a possible connection to Taurus-Auriga's star formation history. SCExAO's planet-to-star contrast ratios are comparable to the first-light Gemini Planet Imager contrasts; for an age of 10 Myr, we rule out planets with masses comparable to HR 8799 b beyond a projected separation of 23 au. A massive icy planetesimal disk or an unseen super-Jovian planet at r > 20 au may explain the disk's visibility. The HD 36546 debris disk may be the youngest debris disk yet imaged, is the first newly identified object from the now-operational SCExAO extreme AO system, is ideally suited for spectroscopic follow-up with SCExAO/CHARIS in 2017, and may be a key probe of icy planet formation and planet-disk interactions.