O presente trabalho traz um levantamento intensivo dos gêneros Canomaculina, Parmotrema e Rimelia na Área de Proteção Ambiental (APA) de Guaraqueçaba-PR (24°45’ – 25°30’S, 48°00’ – 48°45’O), situada no litoral norte do estado do Paraná, região sul do Brasil, constituindo uma das últimas formações de Floresta Atlântica conservada e pouco investigada no Brasil, possuindo ambientes de floresta das Terras Baixas, Submontana, Montana e Alto-montana, mangue e restinga. Os espécimes coletados foram depositados no herbário UPCB da Universidade Federal do Paraná, aonde foram analisados morfologica e quimicamente. Foram encontradas 39 espécies, sendo três pertencentes ao gênero Canomaculina, 30 Parmotrema e seis Rimelia. Para cada espécie foi feita uma descrição morfológica e química bem como uma caracterização ecológica e uma discussão evidenciando os principais problemas taxonômicos apresentados na delimitação das espécies encontradas. O trabalho conta ainda com chaves de identificação, para gêneros e espécies encontradas e ilustrações das espécies. O ambiente com maior riqueza florística foi a restinga, seguido de áreas desmatadas para pasto, na planície litorânea, e Floresta Ombrófila Densa das Terras Baixas e Montana. Parmotrema sp1 e Parmotrema sp2 são espécies novas para a ciência. Parmotrema auranticoparvum Sipman é citada pela primeira vez para o Brasil e região sul da América do Sul. Parmotrema araucariarum (Zahlbr.) Hale, P. cristiferum (Taylor) Hale, P. maraense Hale, P. subarnoldii (Abbayes) Hale, P. subochraceum Hale e P. sulphuratum (Nees & Flot.) Hale são novas ocorrências para a região sul do país. E Canomaculina neotropica (Kurok.) Elix, C. subtinctoria (Zahlbr.) Elix, Parmotrema amaniense (Steiner & Zahlbr.) Krog & Swinscow, P. endosulphureum (Hillmann) Hale, P. madilynae A. Fletcher e P. praesorediosum (Nyl.) Hale são novidades para o estado do Paraná.