La chlamydiose génitale est une infection transmise sexuellement causée par la bactérie intracellulaire obligatoire Chlamydia trachomatis. Avec une incidence en constante augmentation depuis 1997, la chlamydiose génitale représente aujourd’hui la maladie à déclaration obligatoire la plus rapportée au Canada et correspond à 80% de l'ensemble des ITS diagnostiquées. Par contre, environ 15% des patients traités pour la chlamydiose génitale sont toujours infectés après la fin du traitement. Au-delà des réinfections possibles à la suite de contacts sexuels non-protégés avec un partenaire infecté, nous avons émis l’hypothèse que des causes bactériennes puissent être responsables des cas d'échec de traitement et d'infection persistante. Les travaux de recherches présentés dans ce mémoire ont donc eu pour objectifs de déterminer si la résistance à l’azithromycine, la charge bactérienne de l’infection ou un génotype particulier de la bactérie, pourraient être associés aux cas d'échec de traitement et d’infection persistante. Pour ce faire, une étude rétrospective de type cas-témoins composée de 204 patients ayant eu deux épisodes de chlamydiose génitale ou plus entre 2002 et 2012 (506 spécimens cliniques analysés au total) a été mise sur pied. En se servant de Campylobacter jejuni comme organisme modèle, il a été possible de développer une nouvelle méthode de détection moléculaire des mutations ponctuelles basée sur la PCR en temps réel, que nous avons nommée TaqTm Probing. Cette méthode a par la suite été exploitée pour chercher des mutations pouvant conférer une résistance à l’azithromycine chez C. trachomatis. Toujours par PCR en temps réel, une méthode d’évaluation semi-quantitative de la charge bactérienne des spécimens cliniques a aussi été mise au point et les spécimens ont été caractérisés par le typage de la protéine majeur de la membrane externe. Aucun cas de résistance n'a été observé, ni d’ailleurs de lien entre la charge bactérienne et l’évolution de l'infection vers un état de persistance ou d'échec de traitement. Par contre, il s'est avéré qu'une infection par le génotype E était significativement associée aux cas d'échec de traitement et d'infection persistante et augmentait le risque de survenue. Il sera important d'identifier subséquemment les mécanismes moléculaires impliqués.

Objectif : Les traitements répétés des lésions précancéreuses du col utérin (HSIL), nécessaires en cas d’échecs de traitement, sont associés à des issues obstétriques négatives, telle qu’une augmentation de la mortalité néonatale. Nous avons investigué l’association entre un grand nombre de facteurs de risque potentiels pour l’échec de traitement des HSIL dans le but d’identifier des prédicteurs potentiellement modifiables de l’échec de traitement. Méthodes : La population source était constituée de 1 548 femmes canadiennes qui ont subi un premier traitement pour HSIL. L’échec de traitement a été défini comme étant un diagnostic histologique de HSIL ou cancer au cours des deux années suivant le traitement. Nous avons mené une étude cas-témoins nichée incluant les 101 cas d’échec de traitement ainsi que les témoins appariés 1 :1 par centre de traitement et par date d’échec. Nous avons calculé des rapports de cotes (OR) et intervalles de confiance (CI) à 95% à l’aide de régressions logistiques conditionnelles, pour les associations entre l’échec de traitement et l’âge, le nombre d’accouchements, le statut tabagique, le nombre de partenaires sexuels, l’utilisation du condom, la méthode de contraception, les marges, le nombre de passages, le diagnostic sur le spécimen de traitement, le génotype du VPH, et le nombre de types. Nous avons aussi estimé l’association entre la charge virale et les variants du VPH16 et du VPH18 et l’échec de traitement. Résultats : Les marges positives vs négatives (OR ajusté=4.05, 95% CI 1.57-10.48), la positivité pour le VPH16/18 vs autres types (OR ajusté=2.69, 95% CI 1.32-5.49), et avoir un variant similaire au prototype du VPH16 vs le prototype (OR ajusté=2.49, 95% CI 1.07-5.83) étaient des prédicteurs de l’échec de traitement des HSIL. Être plus âgé, avoir des lésions plus sévères, avoir une infection monotype, et avoir une variation à la position 7521 chez celles avec le VPH16 pourraient augmenter le risque d’échec de traitement, mais les associations n’étaient pas statistiquement significatives. Les estimations pour les autres facteurs étaient proches de la valeur nulle. Nous n’avons pas observé de modification d’effet du génotype sur le risque de l’échec de traitement par le tabagisme, ni par les marges. Conclusion : Seules les marges positives, la positivité pour le VPH16/18 et avoir un variant similaire au prototype étaient des prédicteurs d’un échec de traitement au cours des deux années suivant le traitement. Malgré l’aspect non-modifiable des prédicteurs identifiés, ils sont informatifs et pourront éclairer la prise en charge et le suivi clinique. / Objective: Repeated treatments for high-grade squamous intraepithelial lesions (HSIL), which are necessary in the case of treatment failure, are associated with negative obstetric outcomes, such as an increased risk of neonatal death. We investigated the association between a large number of potential risk factors and HSIL treatment failure in an effort to identify potentially modifiable predictors of treatment failure. Methods: The source population included 1,548 Canadian women who received a first treatment for HSIL. Treatment failure was defined as the histological diagnosis of HSIL or cancer within the two years following treatment. We conducted a nested case-control study that included all 101 cases of treatment failure and controls that were matched 1:1 on treatment center and date of failure. We used conditional logistic regression to calculate the odds ratios (OR) and 95% confidence intervals (CI) between treatment failure and age, parity, smoking status, number of sexual partners, condom use, method of contraception, margins, number of passes, diagnosis on the treatment specimen, HPV genotype and number of types. We also estimated the association between HPV16 and HPV18 viral loads and variants and HSIL treatment failure. Results: Having positive vs. negative margins (adjusted OR=4.05, 95% CI 1.57-10.48), being positive for HPV16 and/or HPV18 vs. any other type (adjusted OR=2.69, 95% CI 1.32-5.49), and having a prototype-like variant of HPV16 vs. the prototype (adjusted OR=2.49, 95% CI 1.07-5.83) were predictors of HSIL treatment failure. Older age, more severe lesions, single-type infections and a variation at the 7521 position of the HPV16 genetic sequence may lead to a higher risk of treatment failure but were not statistically significant. Estimates for all other factors were near the null value. The effect of genotype on the risk of treatment failure was not modified by smoking status, nor by margin status. Conclusion: Only positive margins, HPV16/18 positivity, and having a prototype-like variant of HPV16 were predictors for HSIL treatment failure within two years of treatment. Despite being non-modifiable, the identified predictors are clinically significant in regards to management and follow-up of patients.