Pour comprendre le fonctionnement d'un écosystème, il est essentiel de comprendre l'organisation du réseau trophique associé. Dans les eaux océaniques du sud-ouest de l'océan Indien (10-60°S, 35-90°E), si la répartition de la production primaire et la distribution des prédateurs supérieurs sont bien connues, un manque de connaissance demeure en ce qui concerne la distribution des différents organismes composant l'échelon trophique intermédiaire et ce, malgré leur importance écologique (pompe biologique et rôle trophique clé) et potentiellement économique (ambitions de pêche dans un futur proche). Pour combler ce manque, ce travail de thèse s'est concentré sur les distributions horizontale et verticale et la composition des organismes micronectoniques de cette région. La distribution du micronecton a donc été étudiée à méso- et large-échelle à partir d'enregistrements acoustiques (38 kHz). En termes de distribution verticale, une structuration en trois couches principales a été mise en évidence ; l'intensité et l'épaisseur de ces couches variant selon la période du jour (migrations nycthémérales) et les conditions océaniques (tourbillons océaniques à méso-échelle et fronts océaniques à large-échelle). En ce qui concerne la distribution horizontale, le sud-ouest de l'océan Indien a été caractérisé par des eaux (10 – 800 m) plus riches aux latitudes subtropicales, en été comme en hiver. Mais chaque type d'organisme ayant ses propres caractéristiques écologiques, il était important de pouvoir décrire les distributions propres à chaque groupe biologique composant ce micronecton. Une approche acoustique bifréquence (38 et 120 kHz) a permis de distinguer les crustacés micronectoniques des petits poissons mésopélagiques contenant une vessie natatoire gazeuse dans les eaux est de Kerguelen. En termes de distribution horizontale et de densité globale estimée, les crustacés micronectoniques dominaient les eaux océaniques à l'est de Kerguelen. Sur la verticale, deux types de structuration ont été mis en évidence : une structure agrégative et une structure en couches. Les crustacés micronectoniques ont été caractérisés par une structuration en couches, de jour comme de nuit, alors que les autres organismes sondés (les poissons ayant une vessie natatoire gazeuse notamment) présentaient une structuration mixte composée d'agrégats et de couches le jour et composée uniquement de couches la nuit. En résumé, l'approche acoustique utilisée dans ce travail a permis de décrire la distribution et la composition des organismes micronectoniques et fournit une base descriptive essentielle sur le micronecton du sud-ouest de l'océan Indien. / To understand the functioning of an ecosystem, it is essential to understand the organization of its associated food web. While the distribution of primary production and top predators in the Southwest Indian Ocean's oceanic waters (10-60 ° S, 35-90 ° E) are well known, a lack of knowledge remains regarding the distribution of mid-trophic level organisms, despite their ecological (biological pump and key trophic role) and potentially economic (commercial fisheries in the near future) importance. To fill this gap, this work focused on the horizontal and vertical distribution and composition of micronektonic communities in this region. Micronekton comprises relatively small organisms (1 to 20 cm long) able to swim freely without being unduly affected by currents. Micronekton distributions have been studied at meso- and large-scale using acoustic recordings (38 kHz). A vertical structure in three layers has been identified ; the intensity and thickness of these layers vary depending on the considered time period (diel migration) and ocean conditions (meso-scale oceanic eddies and large-scale oceanic fronts). Horizontaly, the Southwestern Indian Ocean harbours the richest waters (10-800 m) in subtropical latitudes in summer and winter times. Since every organism has its own ecological characteristics, it was important to separatly describe the distribution of biological groups composing micronekton. A bi-frequency acoustic approach (38 and 120 kHz) allowed the distinction of micronektonic crustaceans from small mesopelagic gas-filled swimbladder fish in waters east of Kerguelen where micronektonic crustaceans where dominant in terms of overall acoustic density. Two distinct types of vertical structure were highlighted : an aggregative and a layer structure. Micronektonic crustaceans were characterized by layering, day and night, while other organisms (gas-filled swimbladder fish in particular) exhibited structure mixing aggregates and layers during the day, but only composed of layers during the night. In summary, the acoustic approach used in this work helped to describe the distribution and composition of micronektonic organisms and provides an essential knowledge base on the micronekton of the southwest Indian Ocean.

S'appuyant sur l'exemple du mouflon méditerranéen Ovis gmelini musimon × Ovis sp. et sur plusieurs échelles spatio-temporelles, nous avions pour objectifs dans cette étude de mieux comprendre comment ces animaux modulent leurs comportements dans l'espace et/ou dans le temps face à l'hétérogénéité et la dynamique de leur environnement et de leurs propres besoins. Une revue du régime alimentaire du mouflon au sein de son aire de répartition mondiale nous a permis de vérifier l'importance des graminées chez cette espèce tout en révélant l'étendue des variations de son comportement alimentaire. Proposant une approche originale pour mesurer indirectement la qualité de son habitat, nous avons aussi évalué les conséquences de la répartition hétérogène de ces ressources alimentaires sur la masse corporelle des mâles de la population du massif du Caroux-Espinouse (Hérault). C'est à partir d'un suivi par colliers GPS dans cette population que nous avons ensuite mis en évidence une sélection de l'habitat nettement divergente entre les sexes au printemps et en été. Ce processus comportemental s'organise alors en une hiérarchie de décisions. Les choix des femelles sont d'abord largement dictés par les conditions qui devraient assurer la survie de leur progéniture, tandis que les mâles se concentrent sur les habitats offrant les meilleures conditions d'alimentation et une bonne protection thermique en été. A fine échelle, nos travaux montrent de nettes modulations de ces choix et des relations fortes entre comportements spatiaux et temporels chez ce ruminant, lui permettant de faire face au compromis nourriture/couverture. Nous nous sommes aussi intéressés de près à l'influence des activités humaines sur le comportement de cette espèce. Nous montrons que la chasse a des conséquences plus importantes que le tourisme, avec des réponses durant les périodes risquées mais aussi quand le risque est moindre à l'échelle journalière, et des effets y compris dans un espace protégé. Dans un contexte de changements globaux et de pressions anthropiques accrues, la mise en évidence de l'influence de l'hétérogénéité de l'habitat, du climat, des activités humaines et de leurs dynamiques respectives sur le comportement d'un grand herbivore devrait aider à mieux cerner les relations entre ces espèces et leurs habitats et à améliorer leur gestion. / Using Mediterranean mouflon Ovis gmelini musimon × Ovis sp. as a case study and based on several spatio-temporal scales, we aimed at better understanding how animals' choices change in space and/or time according to environmental heterogeneity and dynamics, and to own needs. A review on mouflon's diet across its range at the world level allowed us to confirm the importance of grass for this species, but also to reveal the wide variation in its foraging behaviour. Using an original approach allowing an indirect measure of habitat quality, we also evaluated the consequences of the heterogeneous distribution of foraging resources on the body mass of rams from the population of the Caroux-Espinouse massif (southern France). Based on data from a GPS monitoring in this population, we revealed sex-specific habitat selection during spring and summer. This behavioural process results from a hierarchy of decisions. Females' choices are mostly driven by the conditions that should ensure lamb survival, whereas males select the habitats providing the best foraging conditions and high thermal cover during summer. At fine scale, choices concurrently varied in space and time allowing this ruminant to cope with the food/cover trade-off. We also focused on the influence of human activities on the behaviour of this species. We showed that hunting had more marked consequences than tourism, with responses during both high and low-risk periods at the daily scale, and a spill-over effect in a protected area. In a context of global changes and increasing human pressures, revealing the influence of habitat heterogeneity, climate, human activities and of their relative dynamics on the behaviour of a large herbivore may help to better grasp the relationships between these species and their habitats and to improve their management.

Pour la grande majorité des grands herbivores vivant en régions tempérées, l'hiver est la saison la plus limitante à cause des effets combinés du manque de ressources et de la sévérité des conditions climatiques. Les espèces qui ne développent pas d'adaptations morphologiques ou physiologiques particulières pour faire face à la sévérité de l'hiver doivent mettre en place des mouvements et des tactiques d'utilisation de l'espace appropriés (comme par exemple les migrations). Plus spécifiquement, ces patrons d'utilisation de l'espace peuvent émerger à différentes échelles spatio-temporelles pour permettre aux individus d'accéder aux ressources dont ils ont besoin et d'échapper aux conditions climatiques défavorables. Ainsi, ces patrons d'utilisation de l'espace déterminent le sort des individus et la dynamique des populations. Une compréhension détaillée de la relation entre les facteurs limitants durant l'hiver et la réponse des animaux en termes de mouvements est prépondérante pour préserver et gérer les populations d'ongulés sauvages avec succès, tout spécialement dans le contexte actuel de changements climatiques rapides qui induisent des modifications importantes dans le paysage et la distribution des ressources (par exemple changement de patrons de couverture neigeuse en hiver). La comparaison de tactiques de mouvements sous différents scénarios de conditions environnementales, par exemple au moyen d'analyses à vaste échelle de l'aire de distribution de l'espèce cible, représente une approche pertinente pour mieux comprendre comment les mouvements des animaux répondent aux changements dans le paysage. Le chevreuil (Capreoluscapreolus) est une espèce modèle particulièrement intéressante pour étudier ces questions parce que la distribution de cette espèce couvre la plupart des pays d'Europe, grâce à sa forte plasticité écologique / For the majority of large ungulates living in temperate regions winter is the limiting season, because of the combined effects of lack of resource availability and severity of climatic conditions. Those species that did not develop any particular morphological and physiological adaptation to cope with winter severity may adopt movement and space use tactics instead (like e.g. migration). Specifically, these space use patterns may emerge at different spatiotemporal scales to allow individuals to accede the resources they need and escape unfavourable conditions, thus determining both individual fate and population dynamics. A detailed understanding of the relationship between limiting factors in wintertime, and individual movement response, is remarkable to preserve and manage wildlife successfully, especially in the context of fast-occurring climate change that induces important alterations in landscape and resource distribution (e.g. changes of snow cover patterns). The comparison of movement tactics under different environmental scenarios, e.g. by means of large –scale analysis at the species distribution range, represents a valuable approach to work in that direction and to assess the effects of landscape alteration on individual movement. Roe deer (Capreolus capreolus) is an excellent model species to investigate these issues, because its distribution range covers most of Europe, thanks to its high ecological plasticity. For those populations that live in northern and mountain environments, winter is the limiting season because roe deer lack any morphological and physiological adaptations to cope with winter severity. In spite of the adoption of specific movement tactics such as partial migration from summer to winter ranges, roe deer may still face limiting conditions in some areas of the distribution range exposed to winter severity