Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

La broncho-pneumopathie chronique obstructive (BPCO) est une maladie respiratoire grave, qui est le plus souvent secondaire à l’exposition à des substances toxiques inhalées. La fumée du tabac est le principal facteur de risque identifié mais certains milieux professionnels tels que les métiers agricoles sont associés à un risque accru de BPCO. Plusieurs études ont été menées ici avec pour objectifs (1) d’estimer la prévalence de BPCO dans plusieurs catégories de professions agricoles, (2) de créer un questionnaire de screening adapté au milieu agricole qui permettrait de pallier au sous-diagnostique de cette maladie en identifiant les sujets redevables d’un examen spirométrique et (3) d’étudier les facteurs deassociés à la BPCO en milieu agricole.La prévalence de la BPCO est environ deux fois plus importante en milieu agricole qu’en population générale. Néanmoins, cette prévalence est très variable selon la population d’étude (type d’activité, région d’exercice, caractéristiques de la ferme) et le critère de jugement utilisé (mesure pré- ou post-bronchodilatateur, critère GOLD ou LIN, prise en compte des symptômes), comme l’ont prouvé les résultats présentés ici.Une standardisation de la méthodologie pour les études épidémiologiques analysant le risque de BPCO en milieu agricole est donc nécessaire. Cette standardisation doit imposer un critère diagnostique robuste, une mesure de l’exposition la plus précise possible et l’inclusion d’un groupe de témoins sans exposition professionnelle. / Chronic obstructive pulmonary disease (COPD) is a severe disease that is in most cases secondary to the inhalation of noxious particles. Tobacco smoking is the main causal factor identified for this disease but some occupational exposures have also been associated with higher prevalence of COPD.The studies reported here aimed (1) to estimate the prevalence of COPD in the spectrum of agricultural works, (2) to develop a screening questionnaire appropriate to agricultural workers in order to identify subjects most likely to have COPD and (3) to study factors associated with COPD in farmers.The main findings are the following: prevalence of COPD is about twice higher in farmers than in the general population. However, this prevalence varies with study population (type of activity, region of exercise, characteristic of the farm) and the diagnostic criteria used (pre- or post-bronchodilator measure, criteria for airflow limitation, assessment of respiratory symptoms or not).It is concluded that standardization of the methodology used for epidemiologic investigations of COPD in farmers may be scheduled with (1) strong diagnostic criteria, (2) clear and robust measurement of occupational exposure and (3) inclusion of a control group of unexposed subjects.

La maladie artérielle périphérique est une manifestation de l'athérosclérose qui affecte les artères des membres inférieurs. Puisque la majorité des patients atteints de maladie athérosclérotique périphérique sont asymptomatiques et que cette pathologie comporte des risques accrus de morbidité et de mortalité cardiovasculaires, une évaluation des patients à haut risque devrait être systématisée. Cette étude visait à évaluer la prévalence de la maladie artérielle périphérique dans une population référée pour une épreuve d'effort dans un centre de cardiologie tertiaire. Soixante-et-huit (68) sujets ont été évalués et un nombre important (15.3%) ont été dépistés à l'aide de l'indice tibio-huméral. Parmis ceux-ci, 66.7% étaient asymptomatiques et 44.4% avaient une maladie coronarienne connue. Suite à ces résultats, nous pouvons fortement suggérer que les centres de cardiologie tertiaire représentent un endroit privilégié pour le dépistage de la maladie artérielle périphérique puisque la prévalence de cette pathologie y est plus élevée que dans la population générale.

La sténose aortique (SA) constitue la valvulopathie la plus prévalente dans les pays à revenu élevé. Elle est caractérisée par des remaniements fibrocalciques conduisant à un épaississement et une diminution de la mobilité des feuillets de la valve aortique. Dernièrement, le déséquilibre du métabolisme minéral et osseux en insuffisance rénale chronique (IRC) a été identifié comme un contributeur clé au développement de la SA. Toutefois, le fardeau de la SA n'a jamais été spécifiquement étudié en contexte d'IRC. Ainsi, l'objectif de ce mémoire est donc de décrire les tendances temporelles du statut et de la sévérité de l'IRC, dans la population adulte québécoise hospitalisée pour une SA incidente au Québec, et de les comparer à celle d'une population témoin appariée. Nous avons réalisé une étude cas-témoins incluant 108 780 patients hospitalisés pour une SA incidente et 543 900 patients appariés selon l'âge, le sexe et l'année fiscale de 2000 à 2016 dans la province de Québec. D'après nos travaux, la présence d'une maladie rénale chronique est systématiquement plus élevée chez les patients avec SA que chez les patients non atteints de SA. De plus, la proportion de patients atteints d'IRC a augmenté chez les personnes atteintes d'une SA incidente, alors qu'elle a diminué chez les personnes non atteintes de SA entre 2000 et 2016. Ces résultats suggèrent que la SA est étroitement liée à l'IRC et que le contrôle des facteurs de risque de l'IRC est probablement inadéquat dans la population à risque de développer une SA. Du point de vue de la santé publique, nos résultats sont essentiels pour planifier les besoins de santé locaux et orienter les interventions futures dans le but d'améliorer la prestation des soins, car la SA et l'IRC ont le potentiel de devenir des problèmes de santé majeurs dans les années à venir. / Aortic stenosis (AS) is the most prevalent valvular heart disease in developed countries. AS is characterized by progressive fibro-calcific remodelling and thickening of the aortic valve leaflets. In the past years, mineral and bone disorders of chronic kidney disease (CKD) have been identified as key contributors to the development of AS. However, the burden of AS has never been studied in CKD context. Thus, the objective of this master thesis is to describe the temporal trends of AS, according to CKD status and severity, in the Quebec adult population hospitalized for an incident AS, and to compare them to that of a matched control population. We performed a population-based case-control study including 108,780 patients hospitalized for an incident AS and 543,900 age-, sex- and fiscal year-matched patients from 2000 to 2016 in the province of Quebec, Canada. Our results suggested that presence of comorbid CKD is consistently higher in AS compared to non-AS patients. Furthermore, proportion of patients with CKD increased among AS individuals, while it decreased among non-AS individuals between 2000 and 2016. These results suggest that AS is closely related to CKD and that these trends likely reflect inadequate risk factor control in this complex population. From a public health perspective, our results are essential for planning the local health needs and guiding future interventions, and there by improving care delivery, as AS and CKD have the potential to become major health issues over the coming years.

La toxoplasmose, causée par Toxoplasma gondii et habituellement asymptomatique est l'une des infections parasitaires ubiquitaires les plus fréquentes chez l'homme. Jusqu'à 80% des enfants risquent de développer d'importantes séquelles lorsque l'infection survient chez la femme enceinte. La prévalence et l'incidence des infections récentes pendant la grossesse ont été déterminées chez les 1299 participantes au programme de dépistage et de prévention de la toxoplasmose entre 1994 et 2003 chez la femme enceinte au Nunavik (nord du Québec, Canada). Un total de 1860 grossesses issues de ces femmes âgées de 13 à 45 ans a été enregistré. La séroprévalence globale a été estimée à 50% durant la période de l'étude. Elle était de 42%; chez les mères de moins de 20 ans et de 70% chez celles âgées de 40 ans et plus. Les prévalences ajustées sur l'âge étaient relativement stables en fonction du temps, mais étaient plus élevées dans l'Hudson (ouest du Nunavik) que dans l'Ungava (est du Nunavik). L'incidence cumulative, déterminée à partir des infections confirmées suite à la revue des dossiers des cas potentiels était de 1,7% parmi les femmes séronégatives. Ces chiffres démontrent que la toxoplasmose demeure un problème de santé publique dans cette région arctique du Québec.

La prévalence de l'infection à H. pylori a été évaluée chez 236 sujets, âgés de 20 à 74 ans, résidant dans 4 régions de culture intensive du Québec (Portneuf, Lanaudière, Ile d'Orléans, Nicolet) au cours de l'année 1995. Un test sérologique de type Elisa (Enzyme-Linked-Immunosorbent-Assay) fut utilisé afin de détecter la présence d'anticorps contre l'Helicobacter pylori dans le sérum des sujets et un questionnaire standardisé a été rempli par les participants à l'étude. La sérologie à H. pylori était positive chez 74 sujets (prévalence de 31,35 % ; IC à 95 % : 20,78 - 41,92 %). Elle était fortement associée, de façon positive, à l'âge (5,0 % pour les 20-34 ans et 60,87 % pour les 65 ans et plus, p <0,0001) et, de façon négative, avec le niveau d'éducation (14,29 % pour le niveau universitaire; 28,57 % pour le niveau collégial et 30,11 % pour le niveau primaire). Une analyse de régression logistique a permis de déterminer que seul l'âge était associé de façon significative à la prévalence de la maladie. Un test de tendance a permis de conclure que la séroprévalence à l'H. pylori croissait avec l'âge. Et pour chaque accroissement de l'âge de un an, la séroprévalence à l'H. pylori croissait de 1,07 %. Le faible taux de participation, la petite taille de l'échantillon ainsi que les informations réduites du questionnaire sont des limites importantes de l'étude qui doivent être prises en compte dans l'interprétation des résultats obtenus.

Thèse ou mémoire avec insertion d'articles. / Objectif : Il est important de caractériser le profil des patients traités par ECT à des fins de surveillance épidémiologique. Cette étude visait à caractériser le profil longitudinal de psychopathologie et d'utilisation des services des patients traités pour la première fois par ECT. Méthode : Nous avons mené une étude populationnelle comparative à partir d'une base de données médico-administratives québécoise. Parmi les patients souffrant d'un trouble mental chronique hospitalisés en psychiatrie entre 2002 et 2016, ceux traités par ECT ont été comparés à des contrôles. Nous avons calculé les proportions en lien avec les diagnostics dans les cinq années précédant la date index et l'utilisation des services. Nous avons utilisé des modèles de régression logistique ajustés pour l'âge et le sexe pour étudier l'association entre le profil de psychopathologie (troubles internalisés, externalisés et troubles formels de la pensée/psychose) et la probabilité d'être traité par ECT. Résultats : 5 080 patients traités par ECT ont été comparés à 179 594 contrôles. 96.2% des patients ECT avaient reçu un diagnostic de dépression et 53.8% de trouble psychotique primaire. Dans le groupe ECT, seulement 1% des patients avaient reçu un diagnostic exclusif de dépression, et 47% avaient présenté à la fois des troubles internalisés, externalisés, et des troubles de la pensée/psychose. Les troubles dépressifs, anxieux, bipolaires et psychotiques étaient plus fréquents dans le groupe ECT. Avoir un diagnostic à la fois de trouble internalisé et de trouble de la pensée/psychose était associé à une augmentation de la cote d'être traité par ECT, comparativement au fait d'avoir exclusivement un trouble internalisé (RC ajusté = 1.51; IC 95% = 1.38, 1.66). Les indicateurs d'utilisation des services en santé mentale témoignaient d'une utilisation proportionnellement plus grande chez le groupe ECT. Conclusion : Les patients traités par ECT présentent un profil de psychopathologie complexe et une utilisation des services extensive. / Purpose: Electroconvulsive therapy (ECT) is effective for treating several psychiatric disorders. It is of primary importance to characterize the profile of ECT recipients for epidemiological purposes. We aimed to characterize the longitudinal profile of psychopathology and services utilization of patients first treated with ECT. Methods: We conducted a population-based comparative study using data from a national administrative database in Quebec. Patients who received a first ECT between 2002 and 2016 were compared to controls who were hospitalized in psychiatry but did not receive ECT. We performed descriptive analyses for the sociodemographic variables at the index date (the date of the first ECT for the ECT group and the first day of the hospitalization for the controls) and for the diagnoses, the profile of psychopathology (internalizing, externalizing, thought/psychotic disorders), the medical services utilization and the medication use in the five years prior to the index date. The proportions in the ECT and the non-ECT group were compared using the absolute standardized difference. To identify the association between the profile of psychopathology and the likelihood of the administration of ECT, we used logistic regression models.Results: 5 080 ECT patients were compared with 179 594 controls. Depressive, anxiety, bipolar and psychotic disorders were more frequent in the ECT group. 96.2% of ECT patients had been diagnosed with depression and 53.8% with a primary psychotic disorder. In the ECT group, 1.0% had been diagnosed exclusively with depression and 47.0% had disorders that belong to all three dimensions of psychopathology. Having both internalizing and thought/psychotic disorders was associated with an increased likelihood of receiving ECT vs having internalizing disorders alone (adjusted OR = 1.51; 95% CI = 1.38, 1.66). All indicators of mental health services utilization showed higher use among ECT patients. Conclusion: Our results provide robust evidence of complex psychopathology and extensive services utilization among ECT patients

À l’automne 2010, le Québec a réalisé une campagne de vaccination de masse contre la grippe pandémique A(H1N1) en utilisant presque exclusivement un nouveau vaccin adjuvanté à l’AS03 (Arepanrix, GlaxoSmithKline). Les données de surveillance recueillies durant la campagne de vaccination ont montré que le taux de déclaration d’anaphylaxie, une réaction systémique sévère souvent attribuable à l’allergie, s’est avéré être supérieur à celui historiquement observé avec les vaccins contre la grippe saisonnière (8 contre < 1 cas par million de doses, respectivement). De plus, l’évaluation systématique des déclarations de manifestations cliniques inhabituelles (MCI) d’allure allergique a démontré que l’anaphylaxie avait été sous-diagnostiquée parmi les cas déclarés. Plus du deux tiers des MCI d’allure allergique observées durant la campagne de vaccination contre la grippe pandémique sont survenues chez des femmes. En tenant compte du nombre de doses administrées, les femmes avaient un risque deux fois plus élevé que les hommes. De plus, ce risque était plus important durant les années de vie reproductive, soit entre l’âge de 20 et 49 ans. Notre étude cas-témoin appariée a identifié certains facteurs de risque dont l’histoire personnelle et familiale d’allergie, la présence d’une infection respiratoire et la prise de médicaments pour l’asthme dans les jours précédant la vaccination, le statut de travailleur de la santé, et une vaccination dans les 4 premières semaines de campagne. Toutefois, aucun de ces facteurs n’expliquait une grande partie des anaphylaxies ou des MCI d’allure allergique. La présence d’une allergie aux œufs ou au poisson, deux composantes potentiellement allergènes du vaccin, ne s’est pas avéré être un facteur de risque significatif de MCI d’allure allergique. Nous avons aussi réalisé une étude clinique en allergie auprès d’une centaine de cas déclarés durant la campagne de vaccination contre la grippe pandémique qui a montré que peu de ces événements pouvaient être attribuables à une allergie IgE-dépendante au vaccin ou à ses composantes. Cette recherche a mis en évidence le risque plus élevé d’anaphylaxie et de MCI d’allure allergique chez les femmes en âge reproducteur mais n’a pas réussi à identifier d’autres facteurs de risque majeurs. Elle a toutefois démontré que le mécanisme habituellement évoqué pour les expliquer soit la présence d’IgE ciblant une des composantes du vaccin semble jouer un rôle très mineur.

Les travailleuses du sexe (TS) constituent une population fortement à risque d’infections sexuellement transmissibles (IST), incluant le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) et le virus du papillome humain (VPH). À notre connaissance, depuis 2009, aucune étude n’a été réalisée sur l’épidémiologie des IST/VIH chez les TS au Mali. Par ailleurs, nous n’avons aucune connaissance d’étude réalisée sur l’épidémiologie des infections à VPH dans cette population clé au Mali et au Bénin. Cette thèse avait pour objectifs de : (1) déterminer la prévalence du VIH et des autres IST ainsi que des facteurs associés à ces infections chez les TS à Bamako, Mali; (2) estimer la prévalence du VPH, la distribution de même que les facteurs associés aux infections à VPH à haut risque chez les TS à Bamako, Mali et à Cotonou, Bénin; et (3) estimer les taux d’incidence et de persistance des infections à VPH chez les TS dans les deux pays ainsi que les facteurs qui leur sont associés. Les objectifs 1 et 2 ont conduit à la réalisation d’études transversales, tandis que l’objectif 3 a nécessité une étude longitudinale d’un an avec trois visites : recrutement initial, visites de suivi à 6 et 12 mois. Les sites d’étude étaient Cotonou (Bénin) et Bamako (Mali). Des variables concernant les caractéristiques sociodémographiques, comportementales et antécédents gynécologiques ont été recueillies. Des statistiques descriptives ont été produites. Des modèles multivariés de régression log-binomiale et de Poisson ont été utilisés pour identifier les facteurs associés aux différentes issues. Au total 353 TS ont été recrutées au Mali, l’âge moyen était de 26,8 ans. Concernant l’objectif 1, la prévalence du VIH était de 20,4%, et 35,1% des TS avaient au moins une IST. Les facteurs significativement associés à l’infection au VIH étaient l’âge plus avancé (test de tendance, p < 0,0001), la durée du travail du sexe ≥ 6 ans, la non-scolarisation ainsi que des infections à gonocoque et à chlamydia (p < 0,05). Par ailleurs, le jeune âge (test de tendance, p = 0,018), le nombre de clients ≥ 10 au cours des sept derniers jours et l’infection au VIH taient significativement associés aux autres IST (p < 0,05). Pour ce qui est de l’objectif 2, les données sur le VPH étaient disponibles pour 659 TS (309 au Bénin et 350 au Mali). La prévalence globale du VPH était de 95,5% au Bénin et de 81,4% au Mali. Les trois types de VPH à haut risque les plus prévalents chez les TS au Bénin étaient les VPH-58, VPH-16 et VPH-52; cet ordre au Mali était VPH-16, VPH-51 et VPH-52. Au Bénin, les principaux facteurs associés aux VPH à haut risque étaient la pratique de la douche vaginale et l’infection gonococcique (p < 0,05), tandis qu’au Mali, la durée du travail du sexe < 1 an et l’infection à VIH étaient les facteurs prédominants (p < 0,05). En lien avec l’objectif 3, le taux de participation à la visite de 12 mois était de 51,6%, mais 68,6% des participantes ont eu au moins une visite de suivi (51 femmes n’ayant pas participé à la visite de suivi de 6 mois sont revenues à 12 mois). Les taux d’incidence les plus élevés ont été observés avec VPH-59, VPH-16 et VPH-35 (≥ 6,3 cas pour 1000 femmes-mois). Les principaux facteurs associés à l’incidence des infections à VPH à haut risque étaient la durée du travail du sexe ≤ 1 an et l’infection par le VIH (p < 0,05). Les taux de persistance à 12 mois les plus élevés ont été observés avec VPH-59, VPH-51/VPH-52 et VPH-35 (≥ 28,6%). Les facteurs de risque de persistance étaient l’âge des TS < 20 ans ou ≥ 50 ans (p < 0,05); les infections à VIH ou à chlamydia ainsi que l’infection avec de multiples types de VPH à l’inclusion (p < 0,05). En conclusion, les TS dans ces pays d’Afrique occidentale sont caractérisées par une prévalence élevée des IST/VIH, des taux élevés de prévalence, d’incidence et de persistance du VPH. Ces données impliquent la nécessité de revoir la conception des programmes de prévention des IST/VIH y compris le VPH chez les TS afin de prévenir le cancer du col utérin chez ces dernières et de briser la chaine de transmission de ces IST vers la population générale de ces pays. / Female sex workers (FWs) represent a high-risk group for sexually transmitted infections (STIs), including the human immunodeficiency virus (HIV), and the human papillomavirus (HPV). To our knowledge, since 2009, no study has been conducted on the epidemiology of HIV/STIs among FSWs in Mali. Also, there are no available data on the epidemiology of HPV infections in this key population in Mali and Benin.The objectives of this thesis were to (1) assess the prevalence of HIV/STIs and associated factors among FSWs in Bamako, Mali; (2) estimate HPV prevalence, distribution and factors associated with high-risk (HR) HPV infections in FSWs in Bamako (Mali) and Cotonou (Benin), and (3) estimate the incidence and persistence rates of HPV infections in FSWs in the two countries as well as factors related to both incidence and persistence of HR-HPV infections. Cross sectional studies were conducted for objectives 1 and 2, where as a longitudinal study with visits at three time points (baseline, follow-up visits at 6 months and at 12 months) were carried out for objective 3. It took place in Cotonou (Benin) and Bamako (Mali). Sociodemographic, behavioral and gynecological history data were collected. Descriptive statistics were computed. Multivariate log-binomial and Poisson regression models were used to identify factors associated with study outcomes. Overall, 353 FSWs were recruited in Mali; the mean age was 26.8 years. Concerning objective 1, HIV prevalence was 20.4% and 35.1% of FSWs had at least one STI. Factors significantly associated with HIV were older age (trend test, p < 0.0001), sex work duration ≥ 6 years, uneducated status, gonococcal and chlamydial infections (p < 0.05). In addition, younger age (trend test, p = 0.018), number of clients ≥10 during the past week, and HIV infection were significantly associated with other STIs (p < 0.05). Regarding objective 2, HPV data were available for 659 FSWs (309 in Benin and 350 in Mali). The overall HPV prevalence rates were 95.5% in Benin and 81.4% in Mali. The three most common HPV types among FSWs in Benin were HPV58, HPV16, and HPV52; this order was HPV16, HPV51, and HPV52 in Mali. In Benin, the main factors associated with HR-HPV infections were vaginal douching and gonococcal infection (p < 0.05), whereas in Mali, these factors were duration of sex work < 1 year and HIV infection (p < 0.05). Concerning objective 3, the 12-month participation rate was 51.6%, but retention for at least one follow-up visit was 68.6% (51 women not attending the 6-month follow-up visit came back at 12 months). The highest incidence rates of HR-HPV over 12 months occurred with HPV59, HPV16 and HPV35 (≥ 6.3 cases per 1000 women-months). Factors associated with HR-HPV incidence were sex work duration ≤ 1 year and HIV infection (p < 0.05). The highest HR-HPV persistence rates were observed for HPV59, HPV51/HPV52 and HPV35 (≥ 28.6%). Risk factors for HR-HPV persistence were age < 20 years or ≥ 50 years (p < 0.05); HIV and chlamydial infections as well as infection with multiple HPV types at baseline (p <0.05). In conclusion, FSWs in these West African countries are characterized by high HIV/STI prevalence, and by high rates of HPV prevalence, incidence and persistence. These data suggest the need to reconsider the conceptual framework of STI/HIV (including HPV) prevention programs aimed at FSWs in order to prevent cervical cancer among them and break the transmission chain of these STIs to the general population.

Introduction: Lors de l'élaboration des modèles de dynamiques de transmission du virus du papillome humain (VPH), différentes hypothèses sont émises pour simplifier les aspects complexes et peu compris de la transmission. Dans cette thèse, on s'intéresse à deux limites de ces modèles: 1) la transmission du VPH entre différents sites n'est pas modélisée, 2) les changements dans l'activité sexuelle à travers le temps sont ignorés. Les changements dans l'activité sexuelle au cours du dernier siècle pourraient être l'une des causes de l'augmentation des cancers de l'oropharynx des quatre dernières décennies. Cependant, notre compréhension des tendances des cancers reliés au VPH est entravée par le manque de connaissance des patrons de contacts sexuels. Un tel type de patron, l'assortativité, pourrait produire de la confusion dans les études épidémiologiques portant sur les facteurs de risques du VPH. Les objectifs de cette thèse sont 1) d'évaluer l'impact d'inclure la transmission multi-site du VPH dans un modèle sur les prédictions d'efficacité populationnelle du vaccin VPH, 2) d'examiner comment les changements dans l'activité sexuelle ont pu influencer les tendances des cancers de l'oropharynx (CO) et du col de l'utérus (CU) depuis les années 1970, et de prédire les tendances futures de ces cancers, 3) déterminer les conditions sous lesquelles l'assortativité pourrait causer un biais dans les études évaluant la causalité des facteurs de risques des infections transmissibles sexuellement et quantifier la magnitude de ce biais. Méthodes : Pour le premier objectif, nous avons développé un modèle de transmission du VPH multi-site (sites génital et extra-génital) et uni-site (site génital). Avec ces modèles, nous avons estimé la réduction relative de la prévalence du VPH au site génital après la vaccination (RR[indice prev]). Nous avons considéré deux types d'immunité naturelle : site-spécifique et systémique. Pour le deuxième objectif, nous avons développé un modèle mathématique individus-centré simulant la transmission du VPH16, la progression du VPH16 vers le cancer (CO et CU) et les comportements sexuels des américains nés entre 1850 et 1999. Nous avons calibré ce modèle et réalisé des simulations de l'incidence de CO et CU entre 1915 et 2045. Pour le troisième objectif, nous avons développé un modèle de transmission du VPH avec stratification pour deux niveaux d'activité sexuelle (élevé et faible) et de tabagisme (fumeur et non-fumeur). On a supposé dans ce modèle que le tabagisme n'était pas une cause biologique d'infection au VPH, et que le choix du partenaire sexuel est assortatif au statut fumeur. Nous avons simulé une étude fictive dans laquelle nous avons estimé le rapport de cotes (RC) de la prévalence d'infection VPH entre fumeurs et non-fumeurs. La magnitude du biais se mesurait par l'écart entre le RC et la valeur nulle (1,00). Résultats : Pour l'objectif 1, le modèle multi-site prédisait un RR[indice prev] supérieur à celui estimé par le modèle uni-site quand l'immunité était site-spécifique, et inférieur quand l'immunité était systémique. La magnitude de la transmission entre les sites génital et extra-génital était un facteur expliquant la variance du RR[indice prev]. Pour l'objectif 2, notre modèle a prédit, en absence de dépistage du CU, une augmentation importante de l'incidence de CU d'au moins 120% entre 1975 et 2015. Pour le cancer de l'oropharynx relié au VPH16, le modèle a prédit une augmentation d'au moins 310% entre 1985 et 2015, et d'environ 50% entre 2015 et 2045. Pour l'objectif 3, nous avons obtenu un RC de 1,51 après ajustement parfait du niveau d'activité sexuel des sujets de l'étude. Une plus grande assortativité dans le choix du partenaire sexuel causait une augmentation de la magnitude du biais. Conclusion : Étant donné les connaissances actuelles dans le domaine du VPH, il semble peu probable que les prédictions d'efficacité populationnelle de la vaccination contre le VPH faites avec un modèle uni-site soient significativement biaisées. Cependant, l'utilisation d'un modèle multi-site nous a permis de reproduire les changements de comportements sexuels, d'expliquer les tendances de CO observées depuis les années 1980 et de prédire une augmentation future dans l'incidence de CO. Toutefois, cette augmentation future ne pourra pas être prévenue par la vaccination car elle touche surtout des hommes nés avant 1990, qui n'ont pas été vaccinés. Finalement, le rôle du tabagisme dans l'acquisition du VPH demeure incertain dû au biais d'assortativité que nous avons identifié. / Introduction: Dynamic models of HPV transmission have been the main tool to estimate the effectiveness and cost-effectiveness of different vaccination strategies. We focus on two limitations of these models: transmission of HPV across different sites (e.g., oral and anal) and changes in sexual behavior across birth cohorts are not modelled. Firstly, including multi-site transmission of HPV could affect estimates of effectiveness against genital diseases. Secondly, changes in sexual behavior throughout the last century could be causally related to the increase in oropharyngeal and anal cancers in the past four decades. Understanding these trends is hindered by our poor knowledge of sexual mixing patterns. One such pattern, assortative mixing, could cause confounding in epidemiological studies of HPV risk factors. The objectives of this thesis are to 1) Assess the impact of including multi-site transmission to current uni-site HPV models on predictions of the population-level effectiveness of HPV vaccination. 2) Examine how changes in specific aspects of sexual behavior such as mixing, rates of new partner acquisition, sexual practices, age of sexual debut, may have impacted trends in HPV-related oropharyngeal and cervical cancer incidence since the 1970s, and predict future trends in these cancers. 3) Determine conditions under which assortative mixing could cause bias in studies examining the causal role of risk factors of STIs and quantify the magnitude of this potential bias. Methods: For the first objective, we developed a multi-site (genital and extragenital sites) and a uni-site (genital site) model of HPV transmission. We estimated the reduction in genital HPV prevalence at equilibrium post-vaccination and compared the estimates of the two models. We considered two types of natural immunity: local (i.e., protects against subsequent infection at the same site) and systemic. For the second objective, we developed an individual-based model of HPV transmission at the genital and oral sites. We reproduced in this model the changes in sexual behavior from 1900 to 2015 in the US population, and simulated the incidence of HPV16-related oropharyngeal and cervical cancers between 1915 and 2045. We performed these simulations according to different scenarios regarding the practice of oral sex, the inclusion of oral infections, and the reporting bias in the number of sexual partners in surveys. Results of the simulations were compared with empirical data on HPV-related cancers. For the third objective, we developed a model of HPV transmission with stratifications for two levels of sexual activity and of smoking habits (smokers and non-smokers). In our simulation, smoking was not a biological cause of HPV infection. We then estimated the odds ratio of prevalent HPV infection between smokers and non-smokers. Deviation from the null value could only be due to a bias we termed assortativity bias. Results: For objective 1, multi-site model predicted higher vaccination effectiveness when natural immunity was local, and lower or equal effectiveness when natural immunity was systemic. Three important factors were identified to increase effectiveness predicted with the multi-site model: 1) higher proportion of genital infections caused by an extragenital infection, 2) lower proportion of extragenital infections caused by a genital infection, 3) higher proportion of susceptibles to extragenital infection. For objective 2, we predicted a sharp increase (IRR=[220%-380%]) between 1975 and 2015 in the simulations of cervical cancer incidence without cervical screening. The increase was lowest when assuming women under-report their number of sexual partners in surveys. In simulations of oropharyngeal cancer incidence, including past changes in the practice of oral sex produced a sharp increase between 1985 and 2015 similar to the observed US trends. Future incidence of oropharyngeal cancer was predicted to increase by 50% between 2015 and 2045. For objective 3, we obtained an OR of 1.51 after perfect adjustment for subjects' level of sexual activity. The non-biased OR for this simulation was 1.00. The magnitude of the bias, as measured by the deviation from the null value, increased with stronger association between sexual activity and smoking habits and with greater degree of assortativity with respect to smoking habits. Conclusion: The assumptions of natural immunity being local and of extragenital infections being an important reservoir for genital infections are not currently supported by evidences. Hence, a significant bias in estimates of vaccination effectiveness against genital infections and diseases from the use of uni-site models appears unlikely. However, using a multi-site model and including the practice of oral sex is necessary to reproduce trends in oropharyngeal cancer since the 1980s. Furthermore, the increase in oropharyngeal cancer is predicted to continue over the next three decades, affecting mainly unvaccinated men born before 1990. In addition, we predict that cervical screening prevented a sharp increase in cervical cancer in the past decades. Finally, the role of smoking in the acquisition and duration of HPV infection remains uncertain due to biases such as the assortativity bias.