Dans cette thèse, nous analysons certains modèles épidémiologiques comportant des retards distribués. Le phénomène du retard est omniprésent en biologie. Les équations différentielles avec retard constant discret encore appelées "lag", ont été beaucoup étudiées. Cependant les retards distribués sont plus adaptés aux phénomènes biologiques. Nous entendons par retards distribués, des retards qui sont décrits par une fonction continue de densité de probabilité. Les retards jouent un rôle important en biologie plus particulièrement en épidémiologie. Par exemple dans le cas d'une maladie infectieuse, le temps d'incubation c'est-à-dire le temps entre le moment où l'individu est infecté et celui où il transmet cette maladie joue un rôle important dans l'analyse de la transmission. Un autre exemple est celui des modèles intra-hôtes d'une infection. Un parasite a besoin d'envahir une cellule cible pour se reproduire. C'est le cas de Plasmodium falciparum, le parasite du paludisme qui envahit les globules rouges, ou le virus VIH dont les cellules cibles sont les lymphocytes CD+4. Quand le parasite rentre dans la cellule cible cela déclenche toute une cascade d'évènements qui aboutiront à la production de nouveaux parasites par bourgeonnement ou lyse de la cellule. (HIV, HBV, Paludisme). La production de nouveaux parasites n'est pas instantanée. Plus généralement le mouvement de quantité de matières d'un endroit à un autre prend du temps. Si l'on veut modéliser une injection de substance dans le flot sanguin, le temps d'apparition dans les capillaires introduit un retard. Les modèles étudiés dans cette thèse sont des modèles intra-hôtes avec retard. Les modèles intra-hôtes ont pour objectif de décrire la dynamique des différents niveaux d'étapes de parasites ainsi que leur interaction avec les cellules cibles du parasite. Pour les modèles biologiques les systèmes compartimentaux sont naturellement utilisés dans la modélisation. Le retard est modélisé par la fonction d'Erlang comme fonction de densité de probabilité. Les modèles intra-hôtes de parasite avec retard peuvent aussi être vus comme les systèmes provenant des modèles SE1...En I, où les Ei sont les classes latentes des infectés. Les classes latentes sont représentées par des chaînes linéaires parallèles de différentes longueurs qui sont insérées entre le compartiment des susceptibles et celui des infectieux. Dans cette thèse, nous utilisons quelques outils de la théorie du contrôle pour "généraliser" le "linear chain trick". Nous calculons le nombre de reproduction de base R0 pour ces systèmes considérés et nous établissons les résultats suivants : – si R0 < 1 les parasites disparaissent et l'équilibre sans parasite (PFE) est globalement asymptotiquement stable dans l'orthant positif ; – si R0 > 1 et avec une hypothèse supplémentaire, il existe un équilibre endémique (EE) qui est globalement asymptotiquement stable dans l’orthant positif hormis l’axe des « susceptibles ». Ces résultats donnent une possibilité de relecture de certains modèles de parasites incluant le retard intracellulaire et d'étude de leur stabilité globale. Comme application de ce résultat, nous reprenons et améliorons les résultats de Nelson et Perelson dans sur les modèles intra-hôtes de l'infection au VIH / In this thesis, we analyze certain epidemiologic models with delays. The phenomenon of delay is omnipresent in biology. The differential equations with constant discrete delay called by Jacquez "lag"have been much studied. However the distributed delays are adapted to many biology phenomena. By distributed delays, we mean delays described by a continuous probability density function. Indeed for example the incubation time for a germs is not constant. The delays are very important in biology particulary in epidemiologic. For example in the case of infectious disease the time of incubation is very important for the analysis of the transmission. The entrance of a parasite into a targetcell initiates a cascade of events that ultimately lead to the production of new parasites by the infected cell. The production of new parasites is not instantaneous. The models studied in this thesis are within-host models with delays. The objectives of within-host parasite models is to describe the dynamic of various stages of the parasites and their interaction with the host cells like red blood cells and the immunity effectors. the delay used in this thesis is the probability density functions of Erlang. The within-host parasite models with distributed delays can also be see as the systems arising from systems with parallel classes of different length of latently infected target cells SE1... EnI where, Ei are latently infected classes. We used some tools of control theory to "generalize" the "linear chain trick". We computed the basic reproduction ratio R0 for systems under consideration. We established the following results : – if R< 1, the parasite is cleared and the parasite free equilibrium is glabal asymptotic stability on the positive orthan ; – if R > 1 and with a sufficient condition is satis fied, we conclude to the global asymptotic stability of the endemic equilibrium. In application, we improve the results of Nelson and Perelson

La diarrhée épidémique porcine (DEP) est apparue en Europe à la fin des années 1970 et est causée par un alpha-coronavirus appelé virus de la diarrhée épidémique porcine (PEDV). Des épizooties sévères ont été rapportées en Asie à partir de 2010 et en Amérique à partir de 2013. Deux génotypes de souches de PEDV, se différenciant par des insertions/délétions dans le gène S, ont été isolés et circulent toujours actuellement dans ces régions. Ils regroupent d’une part les souches « S-InDel » présentes sur tous les continents, notamment en Europe y compris la France, et d’autre part les souches « S-non-InDel » hautement virulentes qui circulent en Asie et sur le continent américain uniquement. Les porcs infectés par le PEDV sont sujets à d’importantes diarrhées aqueuses ainsi qu’à des vomissements parfois accompagnés de signes de déshydratation. Les conséquences de la maladie sont d’autant plus importantes en cas d’infection par une souche « S-non-InDel » avec une mortalité pouvant atteindrLa pathogénicité comparée de deux souches de PEDV a été étudiée dans le cadre de cette thèse : une souche « S-non-InDel » isolée aux Etats-Unis en 2014 et une souche « S-InDel » isolée en France la même année. L’étude de la pathogénicité comparée a consisté à étudier les caractéristiques de transmission horizontale et les conséquences cliniques de l’infection en conditions expérimentales. En outre, l’excrétion dans la semence de ces deux souches a également été explorée. La dernière partie du projet de thèse était consacrée à l’étude des interactions du virus avec l’intestin ainsi que l’immu / Porcine epidemic diarrhea (PED) appeared in Europe at the end of 1970s and is caused by an alpha-coronavirus named porcine epidemic diarrhea virus (PEDV). Severe PED epizootic cases have been reported in Asia from 2010 and in America from 2013. Two genotypes of PEDV strains, differing by insertions/deletions in the S gene, have been described and circulating to date. The first genotype is represented by « S-InDel » strains group present on all continents among which Europe, including France. The second one is represented by the so-called highly virulent « S-non-InDel » strains which circulate in Asia and America only. The pigs infected by PEDV are affected by important aqueous diarrheas and sometimes vomiting accompanied by signs of dehydration. The consequences of the disease are more important in case of infection by an « S-non-InDel » strain with a mortality rate that could reach 100 % in suckling piglets.Uncertainties remained on pathogenicity differences according to the strains of PEDV and on impacts of a potential introduction of « S-non-InDel » PEDV strain in France. This thesis aimed at studying and comparing the pathogenicity of two strains of PEDV, an « S-non-InDel » PEDV strain isolated in the United-States in 2014 and an « S-InDel » PEDV strain isolated in France the same year. To compare pathogenicity between strains, the horizontal transmission and the clinical consequences of the infection in experimental conditions have been studied. Moreover the virus shedding in semen was also explored for the two strains. The last part of the project of the thesis was

Résumé : Les méthodes de capture-recapture servent à décrire l’état d’une population et les processus qui en sous-tendent la dynamique, lorsque les méthodes d’observation et de détection de cette population sont imparfaites. En surveillance des maladies infectieuses, elles peuvent simplement être utilisées pour estimer la taille totale de la population infectée par un pathogène et estimer quantitativement la sensibilité du système de surveillance de ce pathogène. Bien qu'exploitées très largement dans le domaine de la santé publique pour répondre à cet objectif, l'utilisation des méthodes de capture-recapture (CR) en surveillance des maladies infectieuses animales peut être considérée comme récente. Parce que le contexte de surveillance des maladies animales est nettement différent de celui de la surveillance des maladies humaines, des questions demeurent quant à l'intérêt et aux limites de ces méthodes pour estimer la sensibilité des systèmes de surveillance des maladies animales. Pour tenter de répondre à ces questions, nous avons identifié quatre systèmes de surveillance différents par leur complexité, leur efficacité et leur maladie d'intérêt : nous avons retenu les systèmes de surveillance de la fièvre aphteuse au Cambodge, de l’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP) H5N1 en Egypte, de la tremblante ovine en France et de l’IAHP H5N1 en Thaïlande. Pour chacun de ces systèmes de surveillance, nous avons déterminé le modèle de CR le plus adapté compte tenu des données générées (respectivement le modèle de CR à deux sources, le modèle log-linéaire à 4 sources, le modèle de comptage tronqué en zéro et le modèle de comptage enflé en zéro). Pour chaque application, nous avons donc estimé le nombre total d'unités épidémiologiques non détectées par les systèmes de surveillance considérés ce qui nous a permis d’apprécier la sensibilité de chaque système de surveillance considéré. Il est ressorti de ces applications que les méthodes de capture-recapture sont relativement faciles à conduire et qu’elles permettent à faible coût d’estimer l’importance réelle d’une maladie sur un territoire quand celle-ci est surveillée de manière imparfaite. Il semble cependant que les pratiques de surveillance et de contrôle des maladies animales limitent les applications à l’échelle de l’animal, et nécessitent d’élargir l’unité épidémiologique à une échelle supérieure (troupeau, commune, etc…). Cet élargissement introduit de nouvelles contraintes (notamment l’hétérogénéité d’abondance) qu’il est nécessaire de prendre en compte pour ne pas biaiser les estimations finales. Ce travail propose des perspectives d’application en épidémiologie descriptive, ainsi que des perspectives méthodologiques de recherche en statistique et en modélisation. / Abstract: Capture-recapture methods are generally used to describe populations when observation processes are imperfect. In the context of disease surveillance, they can be used simply for estimating the total size of the populations infected by a given pathogen, and hence, estimating quantitatively the sensitivity of the surveillance of this pathogen. Although they are widely used in public health, capture-recapture methods have been barely applied to the surveillance of animal diseases. Because the context of animal health is quite different from the context of public health, some questions remain concerning the benefits and the limitations of such methods for estimating the sensitivity of surveillance systems in animal health. For answering this research question, we identified four animal disease surveillance systems that differ by their complexity, their efficiency and their disease of interest. We selected the surveillance of foot-and-mouth disease in Cambodia, of highly pathogenic avian influenza (H5N1) in Egypt and Thailand, and of classical scrapie in France. For each surveillance system, we identified the most appropriate capture-recapture approach (respectively the two-source approach, the three-source approach, the zero-inflated approach and the zero-truncated approach). For each application, we estimated the total number of infected epidemiological units that remained undetected, and accessed an estimation of the sensitivity of each surveillance system. From these applications, we highlighted that these models are relatively easy to implement, and that they allow with little additional income to get an unbiased representation of the disease burden in a population when it is monitored with imperfect surveillance processes. However, it seems that practices used for the monitoring and controlling animal diseases tend to limit the applicability of these methods at the scale of the monitored unit. As a consequence, it is often necessary to enlarge the epidemiological unit (holding, commune, etc…) so that it comprises several monitored units. This enlargement introduces new constraints (abundance induced heterogeneity), that need to be taken into account in order not to bias final estimates. Finally, this work proposes surveillance perspectives for descriptive epidemiology, and methodological perspectives in statistics and modeling as well.

Le but de cette étude était d'évaluer les limitations fonctionnelles chez les adultes avec antécédent d’AVC et de décrire le devenir fonctionnel des patients admis en rééducation en France, suite à un AVC aigu, en fonction du type de structure (spécialisée ou non). Les données de l’enquête Handicap-Santé et les bases PMSI 2009 (Programme de Médicalisation du Système d'Information) ont été utilisé. La prévalence globale de l'AVC était de 1,6% de la population française adulte (dont 34,4% dépendants). Les difficultés pour l’autonomie augmentent avec l'âge, mais le risque relatif de dépendance diminuait avec l’âge (17 à 25 avant 60 ans ; 1,5 à 2,2 après 85 ans). 10,3% des participants ont déclaré raideur articulaire liée à l'AVC mais son impact fonctionnel n'était pas significatif lorsqu’était inclus dans le modèle le niveau de déficience motrice (OR = 1,18; IC = 0,60-2,29). Enfin suite à un AVC, parmi les 83 505 survivants, 28 201 ont été admis pour la réhabilitation (33,8%). Après ajustement, la rééducation en centre spécialisé était liée à une plus grande probabilité d'amélioration fonctionnelle (OR = 1,75, p <0,001) / The aim of this study was to evaluate functional limitations in adults with and without self-reported stroke and to describe the functional outcome of post-stroke patients admitted for rehabilitation in France as a function of the rehabilitation setting (specialized or not). Data from a survey named “the Disability Health survey” and from the French Hospital Discharge Diagnosis databases were used. The overall prevalence of stroke was 1.6%. The mRS was over 2 for 34.4% of participants with stroke. Difficulty with activity of daily living increased with age but the relative risk was higher below the age of 60 (17 to 25) than over 85 years (1.5 to 2.2). 10.3 % of the participants reported stroke-related stiffness. When included motor impairment, multivariate analysis of the functional impact of the joint stiffness was not significant (OR= 1.18; CI = 0.60-2.29). Among the 83 505 survivors of acute stroke in 2009, 28 201 were admitted for rehabilitation (33.8%). After adjustment, rehabilitation in specialized center lead to a greater probability of functional improvement (OR=1.75, p<0.001)

Les profils de comportement alimentaire ou de consommation de nutriments sont des stratégies prometteuses pour étudier le lien entre nutrition et fonctions cognitives chez les personnes âgées, car ils permettent de prendre en compte la complexité des apports alimentaires. Des profils dits « sains », définis a priori pour évaluer l’adhérence à une alimentation spécifique, ou construits a posteriori à partir des données observées, ont été associés à de meilleures fonctions cognitives. Jusqu’à présent, aucune étude n’avait estimé l’association longitudinale entre profils a posteriori et déclin cognitif. L’objectif principal de cette thèse en cotutelle entre l’Université Bordeaux Segalen et l’Université Laval était d’investiguer l’association entre des profils de nutriments a posteriori et le déclin cognitif par une analyse longitudinale dans deux cohortes de personnes âgées en France et au Canada. Parmi les participants français de l’étude Trois-Cités (3C) et ceux de l’étude longitudinale québécoise NuAge, respectivement 1388 et 1454 sujets avaient des mesures répétées de cognition et des données nutritionnelles à l’inclusion. Une méthode similaire d’analyse en composantes principales a été utilisée, permettant d’identifier trois profils de nutriments dans chaque cohorte. La qualité de l’alimentation et les caractéristiques du mode de vie et socioéconomiques associées à chaque profil de nutriments ont été décrites dans une première étude. Ensuite, des analyses longitudinales ont été menées pour estimer l’association entre la fonction cognitive, son déclin et les profils de nutriments identifiés. Dans les deux cohortes, un premier profil a été observé associé à une meilleure qualité nutritionnelle en opposition à un second profil de moins bonne qualité nutritionnelle. Dans l’étude 3C, le profil « sain » était associé à de meilleures fonctions cognitives à l’inclusion alors que le profil « occidental » était associé à de moins bonnes fonctions cognitives. Aucune association entre profils de nutriments et déclin cognitif dans le temps n’a été observée dans les deux cohortes. Le niveau de preuve concernant des profils de consommation d’aliments ou de nutriments chez l’aîné n’est pas suffisant pour le développement de politiques publiques nutritionnelles de prévention du déclin cognitif. / Dietary or nutrient patterns may be promising strategies to investigate the association between nutrition and cognitive function in older persons, because they capture the complexity of food intake. Both a priori defined, measuring adherence to specific diets, and a posteriori data driven dietary patterns have been reported to be associated with better cognitive function in older persons. To date, no study has investigated the link between a posteriori derived nutrient patterns and cognitive decline. The main objective of this thesis, co-directed between University Bordeaux Segalen and University Laval, was to assess the relationship of nutrient patterns with cognitive impairment and decline in two cohorts of older persons from France and Canada in a longitudinal analysis. Among the subjects from the Three-City (3C, France) study and Quebec Longitudinal Study NuAge (Quebec, Canada), respectively 1,388 and 1,454 had nutritional data at baseline and repeated measures of global cognitive function over 5 years. A similar principal component analysis was used in the two samples to derive nutrient patterns and allow the identification of three nutrient patterns in each study. The diet quality, lifestyle and socio-economic characteristics associated with each nutrient pattern were described in a first study. Then, longitudinal analyses were performed in both cohorts to estimate the association between nutrient patterns and cognitive function or decline. In both cohorts, we observed an opposition in diet quality between the first two nutrient patterns. In 3C, the healthy nutrient pattern was associated with better cognitive function at baseline, whereas the western nutrient pattern was associated with cognitive impairment at baseline. No association between any of the nutrient patterns and cognitive decline was reported in both cohorts. To date, the evidence concerning dietary or nutrient patterns and cognitive function in older persons does not yet allow the development of nutritional policies and programs to prevent cognitive decline.

Sur le plan épidémiologique, nous avons chez les patients insuffisants rénaux terminaux : · précisé les modalités de stratification selon leur statut diabétique (type 1, type 2, non diabétique), · décrit en Australie et Nouvelle Zélande (registre ANZDATA) leurs principales caractéristiques épidémiologiques : évolution du taux d'incidence, caractéristiques démographiques et médicales, et mortalité selon le statut diabétique, · évalué la surmortalité en dialyse par rapport à la population générale sans prise en compte du statut diabétique (en France), puis en le prenant en compte (en Australie). · décrit le processus d'accès à la transplantation rénale, selon le statut diabétique. Ces résultats originaux permettent de mieux connaître la population des patients insuffisants rénaux chroniques terminaux traités et diabétiques, notamment de type 2, alors qu'ils représentent plus d'un tiers des patients incidents en dialyse. Concernant la mortalité, ces résultats soulignent le pronostic très péjoratif des patients diabétiques insuffisants rénaux, et plus particulièrement de type 1. Sur le plan analytique, nous avons mis en évidence : · qu'il existait une interaction entre le sexe féminin et le statut diabétique en ce qui concerne la mortalité en dialyse. Cette interaction a été mise en évidence dans différentes cohortes locales, régionales ou nationales, en France et en Australie / Nouvelle Zélande. · que l'impact du diabète n'était pas constant au cours du temps chez les femmes dans les cohortes françaises LSCAL et REIN national (ce qui n'a pas été retrouvé dans le registre ANZDATA). Cet effet délétère sur la survie augmente avec le temps passé après 1ère dialyse.

L'objectif de cette thèse est d'effectuer une étude d'identifiabilité d'un modèle épidémiologique décrit par un système d'équations aux dérivées partielles (EDP) intégro-différentiel semi-linéaire de type réaction-transport. Dans ce but, nous effectuons tout d'abord une synthèse de la littérature relative aux problèmes inverses d'identifiabilité paramétrique. Nous étudions les fondements mathématiques des différentes techniques employées, en mettant en avant les natures des systèmes auxquels ces méthodes s'appliquent ou se généralisent. En dimension finie, trois méthodes se dégagent pour les systèmes d'équations différentielles ordinaires : par développement en série de Taylor, par élimination algébro-différentielle et par le biais du théorème de l'isomorphisme d'état. En dimension infinie, pour les systèmes d'EDP, deux méthodes sont couramment utilisées dans le cas linéaire : une approche spectrale et une autre reposant sur les inégalités de Carleman. Cette dernière est aussi appliquée à quelques systèmes d'EDP semi-linéaires, dans des cas particuliers où le problème d'identifiabilité peut se ramener à l'étude d'un système linéaire. Cependant, cette méthode n'est pas, ou alors difficilement, applicable à notre système du fait de la complexité de sa non-linéarité. Dans un deuxième temps, nous effectuons l'analyse d'identifiabilité du modèle épidémiologique. Nous commençons par bâtir un cadre formel d'étude d'identifiabilité s'appliquant aux systèmes d'EDP semi-linéaires. Ce cadre nécessite la connaissance d'un espace de vie de la solution du problème d'EDP. En conséquence, nous déterminons un cadre fonctionnel respectant les conditions biologiques imposées par le modèle, puis nous prouvons existence et unicité de la solution. Nous effectuons ensuite l'analyse d'identifiabilité du modèle en adaptant la méthode d'élimination algébro-différentielle. Nous obtenons des conditions suffisantes d'identifiabilité pour des classes de paramètres données. Nous discutons, interprétons et simulons numériquement les résultats obtenus.

Les Streptocoques Béta-hémolytiques du groupe A (GAS) sont responsables de manifestations cliniques variées et de séquelles non suppuratives comme notamment le rhumatisme articulaire aigu (RAA). Les affections sévères à GAS tuent plus de 500.000 personnes chaque année. Le pouvoir pathogène du GAS est encore mal compris. Il semble être notamment lié à la présence de nombreux gènes codant pour des facteurs de virulence dans le génome du GAS, dont celui codant la protéine emm. La protéine transmembranaire M joue un rôle essentiel dans la virulence du GAS. Le typage moléculaire des GAS se base sur la séquence de la partie hypervariable de ce gène (emm-typing). L’épidémiologie du GAS semble varier au cours du temps et en fonction de la localisation géographique et/ou du contexte socio-économique. Cependant, les différences dans les critères d’inclusion des différentes études épidémiologiques disponibles dans la littérature rendent les comparaisons difficiles. Pour mieux évaluer ces variations, nous avons mené une analyse prospective de l’épidémiologie clinique et moléculaire d’isolats de GAS provenant d’enfants présentant une infection à GAS, simultanément en deux localisations géographiques différentes (Bruxelles et Brasília, Brésil). Un des points importants de notre étude a été la mise en évidence de la diversité génétique de la protéine M des isolats belges et brésiliens. Alors que de nombreux emm-types différents sont retrouvés à Brasília (48 emm-types sur 128 isolats), ceux retrouvés à Bruxelles sont relativement peu nombreux (20 emm-types sur 200 isolats) et sont ceux communément retrouvés dans les pays industrialisés. Afin de mieux comprendre les bases moléculaires de cette différence, une analyse phylogénétique basée sur la quasi-totalité de la séquence de la protéine M exposée à la surface de la bactérie a été réalisée. Cette analyse a permis de montrer que les emm-types belges sont génétiquement éloignés les uns des autres alors que les emm-types brésiliens sont génétiquement plus proches. De manière intéressante, cette analyse a montré que les souches belges présentent une grande diversité au niveau de la région de la protéine M dite ‘constante’. En conséquence, la diversité génétique globale des protéines M belges et brésiliennes est similaire, mais elle se situe dans des régions différentes de la protéine M, ce qui pourrait indiquer l’existence de pressions de sélection différentes entre les deux pays. D’un point de vue vaccinal, ces résultats indiquent qu’un vaccin dirigé contre certaines des parties constantes de M présenterait une bonne couverture théorique dans les deux pays. Par contre, le vaccin 26-valent, en cours d’évaluation clinique, aurait une couverture théorique de 76% à Bruxelles et de 32% à Brasília. Notre analyse phylogénétique a également permis de montrer que la non-sensibilité à la ciprofloxacine (observée dans 22,5 % et 9% des souches belges et brésiliennes respectivement) survient dans des souches génétiquement éloignées, contrairement à ce qui est proposé actuellement dans la littérature. De plus, nous avons mis en évidence un polymorphisme au sein des gènes codant les topoisomérases cibles de la ciprofloxacine. L’identification de mutations responsables du phénotype de non-sensibilité nécessite par conséquent une confirmation expérimentale. Les manifestations cliniques sont assez différentes entre Bruxelles et Brasília. Les infections cutanées sont beaucoup plus fréquentes à Brasília. De manière intéressante au Brésil, des souches de GAS présentant un tropisme cutané sont isolées du pharynx. Ces souches ‘cutanées’ pourraient avoir acquis des déterminants génétiques leur permettant de se développer dans des tissus pharyngés. De plus, ces résultats pourraient remettre en question le postulat que seules les souches de tropisme pharyngé sont impliquées dans le développement du RAA. D’autres études épidémiologiques dans des pays où le RAA est endémique devront être réalisées afin de préciser nos résultats et de mieux comprendre les mécanismes moléculaires menant au développement du RAA. Cependant, étant donné la prévalence du RAA et l’accès limité au diagnostic microbiologique des pharyngites dans le réseau public de soins au Brésil, nous avons développé un score clinique permettant de limiter les traitements antibiotiques chez les enfants probablement atteints de pharyngites virales. L’utilisation de ce score permettrait de réduire le nombre de prescriptions antibiotiques dans les pharyngites de l’enfant de 41 à 55% à Brasília. Le choc toxi-infectieux est une pathologie relativement rare et le RAA n’est quasi plus décrit dans les pays développés. Cependant, deux nourrissons ont présenté un choc toxi-infectieux suivi d’un RAA (HUDERF, Bruxelles). A notre connaissance, cette association clinique n’a jamais été décrite. L’analyse de ces deux cas du point de vue de la virulence bactérienne a révélé la présence de nombreux gènes de facteurs de virulence, portés par des phages et différents dans les deux souches. Nos résultats illustrent la complexité de la relation hôte-pathogène. La capacité des bactéries à s’adapter à leurs hôtes et à causer des pathologies dépend de nombreux facteurs, qui varient d’un isolat à l’autre, et dont l’importance varie d’un hôte à l’autre. Notre travail a permis d’exemplifier la diversité génétique des GAS, aussi bien au niveau du gène emm qu’au niveau des facteurs de virulence, et de l’implication de ceux-ci dans le développement de pathologies streptococciques rares.

Les versions journalistiques d'articles scientifiques portant sur des études de type épidémiologique posent des difficultés d'interprétation particulières pour les lecteurs. Les futurs enseignants en science au secondaire devraient être en mesure d'interpréter correctement ce type de nouvelle puisqu'ils pourraient avoir à soutenir leurs élèves à cet égard. Cette recherche visait donc à vérifier si les futurs enseignants sont en mesure d'interpréter adéquatement les informations qui se trouvent dans ces nouvelles et de caractériser l'interprétation qu'ils en font. Un questionnaire a été administré à trois groupes d'étudiants en éducation. Nous avions émis l'hypothèse qu'ils ne seraient pas en mesure de réagir adéquatement s'ils devaient se prononcer sur la signification concrète d'une nouvelle épidémiologique. Cette hypothèse a été vérifiée. Dans 30 % des cas, les sujets se sont prononcés en accord avec des affirmations erronées. Nous avions également émis l'hypothèse qu'ils ne seraient pas en mesure de justifier adéquatement leur position. En effet, ils y sont parvenus dans seulement 38% des cas. De plus, leurs réponses différaient des réponses proposées par les experts. Nous avions enfin émis l'hypothèse que le groupe qui avait un profil académique moins riche en science obtiendrait des performances inférieures. Cette hypothèse n'a pas été vérifiée. De plus, les sujets qui détenaient déjà un baccalauréat scientifique universitaire n'ont pas obtenu de performance supérieure à ceux qui n'en détenaient pas. Cette recherche semble indiquer qu'une compréhension de certains concepts propres à l'épidémiologie, en particulier celui de « facteur de confusion », pourrait être nécessaire pour parvenir à interpréter adéquatement les études épidémiologiques. Nous préconisons que les enseignants en science soient initiés à l'épidémiologie. Nous pensons que le même besoin existe pour les journalistes, puisque les difficultés de compréhension pourraient en partie provenir de la justesse des comptes rendus journalistiques de ce type d'étude. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Épidémiologie, Science, Médias, Journalisme scientifique, Cause, Corrélation.

Les douleurs thoraciques sont l'une des causes les plus fréquentes de consultation dans les départements d'urgence. Cependant, jusqu'à 80% des cas de douleurs thoraciques demeurent inexpliqués au terme de l'évaluation médicale. Il est possible que certaines de ces douleurs, notamment celles dont l'étiologie demeure indéterminée, soient causées par des symptômes physiques associés à la présence d'anxiété de type panique, soit les attaques de panique et le trouble panique. Ce projet de thèse doctorale tente d'atteindre trois objectifs principaux. D'abord, établir la prévalence de l'anxiété de type panique chez les patients consultant dans un département d'urgence en raison de douleurs thoraciques inexpliquées. Ensuite, examiner les caractéristiques des individus avec et sans anxiété de type panique, ainsi que le taux de dépistage par le médecin d'urgence. Enfin, développer et valider un instrument pour faciliter le dépistage de l'anxiété de type panique dans cette population. Le premier chapitre de la thèse présente les caractéristiques des douleurs thoraciques inexpliquées et leurs conséquences sur les individus. Il comprend également une synthèse des écrits portant sur l'anxiété de type panique chez les patients consultant dans un département d'urgence pour des douleurs thoraciques inexpliquées. La recension des écrits révèle que l'anxiété de type panique est fréquente et sous-diagnostiquée chez ces patients. De plus, il n'existe actuellement aucun instrument de dépistage bref et efficace qui permet d'identifier les cas d'anxiété de type panique lors d'une consultation dans un département d'urgence en raison de douleurs thoraciques inexpliquées. Le second chapitre présente la prévalence de l'anxiété de type panique chez les patients qui consultent dans un département d'urgence pour des douleurs thoraciques inexpliquées. Ensuite, il décrit et compare les caractéristiques sociodémographiques, psychiatriques et médicales des patients avec et sans anxiété de type panique. Enfin, le chapitre II présente le taux de dépistage de l'anxiété de type panique par le médecin d'urgence. Les résultats indiquent que la prévalence de l'anxiété de type panique est de 44% et que le taux d'identification de cette condition par le médecin d'urgence est de 7,4%. De plus, les résultats démontrent que les participants avec anxiété de type panique sont en moyenne plus jeunes et présentent une détresse psychologique plus importante que ceux sans anxiété de type panique. Le troisième chapitre porte sur le développement et la validation d'un instrument de dépistage de l'anxiété de type panique chez les patients consultant un médecin d'urgence en raison de douleurs thoraciques inexpliquées. Les résultats démontrent que le Quebec Panic Attack Screening Aid (QUE-PASA) possède une sensibilité de 56,2% à 67,9% pour identifier les cas d'anxiété de type panique et que sa sensibilité est de six à onze fois supérieure à celle de l'évaluation clinique des médecins d'urgence. Le dernier chapitre présente une discussion générale des résultats, les implications cliniques et les considérations méthodologiques du programme de recherche. Il soulève aussi des pistes pour les recherches futures. En ce qui a trait aux implications cliniques, les données épidémiologiques concernant l'anxiété de type panique pourraient sensibiliser les médecins d'urgence à l'importance de cette problématique. L'utilisation de l'instrument de dépistage développé et validé pourrait améliorer l'identification de l'anxiété de type panique dans les départements d'urgence, ce qui pourrait avoir pour conséquences d'améliorer la qualité de vie des patients et désengorger les départements d'urgence. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Anxiété, attaque de panique, trouble panique, douleur thoracique, médecine d'urgence, épidémiologie, dépistage