- / -

Μέχρι σήμερα οι διάφοροι αλγόριθμοι εκπαίδευσης συστημάτων ταξινόμησης καθώς και τα έμπειρα συστήματα λήψης αποφάσεων έχουν χρησιμοποιηθεί αρκετές φορές σε διάφορα προβλήματα ταξινόμησης και κατηγοριοποίησης σε διάφορους τομείς. Αυτό που θα μας απασχολήσει είναι η χρήση αυτών των συστημάτων στον ιατρικό τομέα και συγκεκριμένα στην πρόβλεψη της ασθένειας του στίγματος μεσογειακής αναιμίας (θαλασσαιμίας). Θα εξετάσουμε κυρίως τα νευρωνικά δίκτυα και τα ασαφή συστήματα λήψης αποφάσεων και θα τα μελετήσουμε την αποτελεσματικότητά τους στην πρόβλεψη του στίγματος μεσογειακής αναιμίας. Επίσης θα γίνει μια περιγραφή της αρχιτεκτονικής των νευρωνικών δικτύων και των συστημάτων ασαφούς λογικής καθώς και του τρόπου εξαγωγής αποτελεσμάτων. Όπως γνωρίζουμε μια προφανής δυσκολία που αντιμετωπίζουν τα νευρωνικά δίκτυα και έτσι δεν πολύ έμπιστα σε πρακτικά θέματα, είναι ότι δεν μας δίνουν μια αμερόληπτη εκτίμηση για την αξιοπιστία μιας απλής ταξινόμησης. Ακόμη, μια άλλη δυσκολία όσο αφορά τα συστήματα ασαφούς λογικής είναι η επιλογή των παραμέτρων και των τιμών. Για τον υπολογισμό της αξιοπιστίας του συστήματος, θα γίνει σύγκριση με τα πραγματικά αποτελέσματα και θα υπολογιστεί η απόκλιση των αποτελεσμάτων από την πραγματικότητα. Επιπλέον, θα παρουσιαστεί και μια διαδικτυακή έκδοση των παραπάνω εργαλείων - συστημάτων ώστε να μπορούμε να εξάγουμε μια πρόβλεψη – απόφαση για έναν ασθενή μέσω του διαδικτύου και μιας απλής διεπαφής. / Until today, the various algorithms for training systems of classification and the fuzzy logic systems have solved various problems successfully. In this project, we will investigate the behavior of the above systems for solving the prediction of the disease thalassemia. We will investigate the neural networks and fuzzy logic systems and the reliability of the classification of various patterns for the thalassemia. Also, we will present a web version of a system that implements neural network and fuzzy logic, and it can be used from a single web-user.

Τα αυξημένα επίπεδα εμβρυϊκής αιμοσφαιρίνης (HbF) μετριάζουν την βαρύτητα των διαταραχών που αφορούν στην β-σφαιρίνη, δηλαδή τη δρεπανοκυτταρική αναιμία (SCD) και την β-μεσογειακή αναιμία, που αποτελούν σημαντικές αιτίες παγκόσμιας νοσηρότητας και θνησιμότητας. Γι’ αυτό το λόγο είναι μακροχρόνιο το ενδιαφέρον για την ανάπτυξη θεραπευτικών προσεγγίσεων για την επαγωγή της παραγωγής HbF. Η αναζήτηση μορίων που ρυθμίζουν την μετάβαση από την έκφραση της εμβρυϊκής (HbF) στην έκφραση της αιμοσφαιρίνης των ενηλίκων (HbA) και που συντελούν στην διατήρηση της αποσιώπησης ή αντίθετα στην ενεργοποίηση της έκφρασης της HbF στους ανθρώπους αποτελεί πολυετές αντικείμενο έρευνας με σκοπό την στόχευση αυτών των παραγόντων για την επαγωγή της HbF (Sankaran et al. 2011). Έτσι, εκτός από τα cis-ρυθμιστικά στοιχεία, έχουν εντοπιστεί και trans-ρυθμιστικά στοιχεία, τα οποία αποτελούν κυρίως μεταγραφικούς παράγοντες. Όμως υπάρχουν και γονιδιακοί τόποι εκτός του β-συμπλέγματος που φαίνεται να επιδούν στην ρύθμιση της έκφρασης των γονιδίων του β-γονιδιακού τόπου. Τέτοιοι είναι οι τόποι που συνδέονται με «ποσοτικά γνωρίσματα» (Quantitative trait loci-QTL). Η χρωμοσωμική περιοχή 6q23 έχει σε διάφορες μελέτες προσδιοριστεί ως QTL, που συνδέεται με την μεταβολή των επιπέδων της HbF σε ασθενείς με SCD. (Close et al. 2004, Thein et al. 2007, Wyszynski et al. 2004). Ο σκοπός της παρούσας μελέτης είναι διττός: A. Ο εντοπισμός μονονουκλεοτιδικών πολυμορφισμών (SNP) εντός των γονιδίων MAP3K5 και PDE7B του QTL στην 6q23 χρωμοσωμική περιοχή, που να σχετίζονται με αυξημένα επίπεδα HbF. B. Η αξιολόγηση των SNP αυτών ως φαρμακογονιδιωματικών δεικτών, που να σχετίζονται με την μεταβλητότητα των επιπέδων της HbF ως απόκριση στη θεραπεία με HU. / Hemoglobinopathies, particularly β-thalassemia and sickle cell disease (SCD), are major health problems, in which quantitative or qualitative defects in hemoglobin production occur, respectively. Under normal circumstances, different types of hemoglobin (Hb) are produced during embryonic, fetal, and adult life. At birth, fetal hemoglobin (HbF), in particular, composes 80–90% of the total hemoglobin synthesized, but it gradually decreases to approximately 1% by 10 months in infancy as its synthesis is restricted to a small subset of erythrocytes termed ‘F cells’ [Patrinos&Grosveld, 2008]. The first studies searching for regulators of HbF expression were conducted on individuals with heterocellular hereditary persistence of HbF (HPFH) – i.e. increase of HbF levels unevenly distributed among ‘F cells’ – and suggested the absence of linkage between the determinant of the HbF levels and the β-globin gene cluster, back then named “non-α globin cluster” [Gianni et al., 1983]. Later, while seeking for genetic elements associated with elevated HbF levels in healthy adults, several cis-acting variants on the β-globin gene complex were unraveled, including the XmnI-Gγ (HBG2) gene promoter polymorphism [Gilman et al., 1985]. Ιn addition, variants unlinked to the β-locus (trans-acting), such as quantitative trait loci (QTLs) on Xp22 [Dover et al., 1992] and 6q23 [Craig et al., 1996] became known soon after. Initially, a study on an extensive, inbred kindred of Asian Indian origin with heterocellular HPFH revealed that a key locus controlling HPFH resides on chromosome 6q, which was fine-mapped to 6q22.3–23.1 [Craig et al., 1996]. Among the first positional candidate genes in the 6q23 region, assumed to possibly explain this QTL, were the MYB proto-oncogene and the eukaryotic release factor-similar HBS1L, as well as the mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5 (MAP3K5) [Game et al., 2000]. In addition, genes within this region are associated with response to hydroxyurea (HU) treatment based on elevated HbF levels, in SCD patients; however, the mechanism by which this chromosome 6q22-23 QTL influences HbF levels in the context of HU treatment remains unknown [Ma et al., 2007] and very few, if any, studies have addressed this question. In continuing the global effort of scrutinizing the 6q23 region for variants accounting for the modulation of HbF production, we investigated a possible association of SNPs residing within the MAP3K5 and PDE7B genes with elevated HbF levels in β-thalassemia intermediate or major patients and normal (non-thalassemic) individuals. We also examined a cohort of 38 heterozygous SCD/β-thalassemia patients who had undergone HU therapy, in order to clarify whether there is a correlation of these SNPs with HU treatment response in patients of Hellenic origin.