台灣現存之祭祀公業年代均已久遠，然因歷史、政策及社會變遷等因素，導致多數祭祀公業日益沒落，並衍生地籍管理困難、土地利用無效率、派下員間糾紛不絕等諸多問題。本研究則針對祭祀公業管理人侵占公業款項、盜賣土地、怠職等不正行為，以及祭祀公業之運作與財產利用上之無效率現象，從代理理論及反共用地悲劇治理之角度予以探討。 透過相關文獻分析及深度訪談之結果，得知祭祀公業在沒有監督與激勵管理人機制之下，管理人有偷懶或自利之動機，進而影響祭祀公業之正常運作，甚至損害祭祀公業之財產；祭祀公業因其財產之公共同有特性，以及政府於行政管理上之困難，形成「反共用地之悲劇」，而民國97年施行之祭祀公業條例，雖限期祭祀公業辦理申報，簡化內部議決門檻，降低其決策成本，惟該條例亦改變派下權之認定資格，申報所需成本仍未減少，使該條例解決既有問題之成效有限。是以，為健全祭祀公業與祭祀公業法人內部之經營運作，以及政府之行政管理，祭祀公業應建立管理人的監督機制，給予其剩餘索取權；行政機關則應調整其政策方向及簡化程序，提供調解與諮詢服務，並限縮派下權之取得資格，避免加深反共用地悲劇。