在二○○一年的「九一一」恐怖攻擊之中，美國的雙子星大樓垮了。一時間，帶給美國人民極大的震撼。而這樣的一個事件，再度將東西方文明的衝突帶到一個顛峰。早在一九九三年，杭亭頓（Samuel P. Huntington）教授就曾在「外交事務季刊」（Foreing Affairs）中發表了一篇文章，指出了未來的衝突源，將會是來自於不同的文明之間，其中所指的便是基督教與回教之間的衝突。 在這樣的論調之下，類似「九一一」這樣的攻擊事件，似乎會一再的重演。基督教與回教之間的戰火也將越演越烈。美國在「九一一」之後，便將其國防重心放在全球反恐之上。幾乎所有與恐怖主義有關聯的，都被美國列為首要目標。美國也藉著這個機會大肆地在海外從事軍事活動。 在美國大張旗鼓的同時，東南亞地區，成了美國在中東地區以外，第二個反恐重點地區。東南亞之所以會是美國的第二線，原因在於回教在東南亞地區的勢力十分龐大。在東南亞地區當中的印尼，可說是全世界最大的回教國家，他有兩億一千兩百萬的人口，其中回教人口達一億七千萬 。自「九一一事件」以來，印尼也接連著發生了多起爆炸案。 菲律賓南部地區也為回教激進組織所苦。自一九七○年代始，回教分離分子就誓言要建立一個獨立的莫洛國家（Moro Bangsa）。 而在菲律賓南部的回教分離主義團體中，共計有莫洛民族解放陣線（Moro National Liberation Front, MNLF）、莫洛伊斯蘭解放陣線（Moro Islamic Liberation Front, MILF）及阿布薩耶夫組織（Abu Sayyaf Group, ASG），在這三個組織之中僅有阿布薩耶夫組織被美國列為恐怖組織。 因此東南亞國協（Association of Southeast Asian Nations, ASEAN）在「九一一」事件發生後，於汶萊舉行第七次東協高峰會時便聲明堅決對抗恐怖主義，並於二○○一年反恐聯合行動聲明（2001 ASEAN Declaration on Joint Action to Counter Terrorism）中對於反恐戰爭提出九點方案 ，在這九點方案之中，一開始就提到要加強並檢視東協會員國的反恐機制。這樣的一點建議對於東協來說是第一次就反恐這個議題來做一個內部的檢討，這是在過去所沒有的。且在此聲明之中也強調要加強多邊與雙邊的合作，除了東協內部會員國的合作之外，更注重的是東協組織及其他國家或國際組織間的合作。