冷戰結束，適值全球因應國際體系解構與重建之時，2001年9月11日美國境內卻突然發生嚴重之恐怖攻擊事件震驚全球，此一事件除迅即引起全球強烈之反應，亦且挑戰當代國際安全研究規範，更將導引未來國際安全政策制訂之方向。 「戰爭」活動自歷史以觀，多以國家行為者行之，惟國家亦須按國際法規範使用武力。但「九一一」後，美國及恐怖主義組織在使用武力之具體實踐上，首先打破了戰爭僅能發生於國家之間的情況；其次，美國依「自衛原則」執行其特立獨行的「先發制人」反恐戰略，亦暴露出當代國際法無法有效規範武力使用之困境。 在恐怖主義犯罪日益猖獗及恐怖活動無所不用其極、危害不斷加重之情勢下，國際社會遂逐漸加大反恐力度，聯合國及相關國際組織亦針對恐怖主義犯罪制訂相關多邊公約，以遏制恐怖組織活動之蔓延，美國亦將反恐戰爭指導原則做為其國防政策執行重心，全力推動全球反恐行動，而境內擁有近二億穆斯林之東南亞地區，已成為美國在中東地區以外，首重之反恐戰場。 印尼為全球穆斯林信眾最多之國家，在印尼政治發展的過程中，伊斯蘭教與穆斯林組織一直扮演著極為重要的角色，另由於印尼境內多島嶼之地理特性，有利於恐怖分子藏匿及連結，為恐發展成為恐怖主義溫床，美國對東南亞反恐亟欲肅清印尼地區，故與印尼合作反恐則成為必然之趨勢。長期以來，美國與印尼保持廣泛之合作關係，但在1999年東帝汶事件後，便中斷軍事合作關係，直到2005年11月，美國基於全球反恐戰略利益之考量方始恢復。 基於「九一一」後之多極體系國際政治環境與全球反恐趨勢，並為前瞻國際安全研究及安全政策新方向，本論文透過美國與印尼反恐合作之政策與實踐，探討美國東南亞反恐戰爭對區域安全的影響，並進一步瞭解美國此際於印尼之反恐戰略佈局，在實踐過程當中產生之互動與影響。並藉由美國與印尼在反恐戰爭之結盟意圖，單邊與多邊合作之實踐，及印尼對美國之反恐合作態度進行探討，從而分析美國與印尼反恐合作之目的及評估美國與印尼反恐合作成效；最後亦對我國未來之安全政策與反恐機制相關規劃，提供新的思考方向。 關鍵詞：恐怖主義、東南亞反恐戰爭、反恐合作、地緣戰略、國家利益