兩岸航運｢大三通｣在秉持「尊嚴、對等、安全」的原則下已於2008年12月15日付諸實施，台灣港口隨大三通的通航，經營環境對應的型態也將隨之改變，須構建新的思維，提高港口的競爭優勢，尤其近年來國際運籌管理的模式不斷的創新作法，以服務為基本依歸，臺灣港口有必要適度隨直航調整與修正，本研究內容將探討國際港口運輸的服務功能，港口營運組織及經營方式能往多角化、企業化、國際化的方向轉變，也比較兩岸直航前後影響程度和經營績效分析，以因應航運業進行運籌管理的運輸及倉儲相關服務需要。 因此，研究發現臺灣港口為因應政府發展全球運籌管理計畫，政府相關的配套法規及措施，必須針對全球港口的競爭，進行全面性法規整合及組織變革，港際競爭與航商需求變動為影響港口經營最大因素，政府未來應思考如何與大陸港口策略聯盟，即聯合又競爭的關係，使港口成為國際供應鏈之重要環節，並運用台灣長期在航運地位的競爭優勢，拓展高附加價值之轉運服務，政府必須營造健全的全球運籌管理相關法制環境（通關、租稅、金融與電子商務等），並以現有資料分析未來臺灣港務公司經營上利弊得失，預期改制港務公司營運目標和方向的參考，並持續改善港口基礎建設環境，締造雙贏。