Orientador: Teresa Cristina Tarlé Pissarra / Coorientador: Maria Teresa Vilela Nogueira Abdo / Banca: Itamar Andrioli / Banca: Zigomar Menezes de Souza / Resumo: O estudo das transformações que ocorrem no solo, devido ao uso e manejo, é muito importante na escolha do sistema mais adequado para recuperar a potencialidade do solo. Com o objetivo de avaliar o efeito dos diferentes SUTs, na qualidade física e química do solo, foram analisados: textura, macroporosidade, microporosidade, porosidade total, umidade gravimétrica, densidade do solo, pH, CTC, H+Al, V%, Ca, Mg, MO, COT, P e K. Os SUTs analisados foram: mata nativa, reflorestamento com eucalipto, sistema agroflorestal e pastagem. As amostras de solo foram coletadas em um Argissolo Vermelho Amarelo no Polo Regional Centro Norte, município de Pindorama-SP, nas profundidades de 0,00 - 0,20 m e 0,20 - 0,40 m. Para tanto, coletou-se amostras compostas deformadas (análise química e textural) e amostras indeformadas (anel volumétrico). Posteriormente, os dados foram submetidos à análise estatística. Foi feita análise de agrupamento hierárquico e Análise de Componentes Principais (ACP). O solo da mata nativa foi utilizado como testemunha para fins de comparação, por se tratar de um sistema em equilíbrio e sem histórico de atividade antrópica. Os atributos físicos foram satisfatórios em todos os SUTs. O manejo inadequado do solo está causando degradação do mesmo com relação à fertilidade, nos sistemas estudados. A análise multivariada permitiu a separação dos SUTs / Abstract: The study of the transformations occurring in the soil due to the use and management is very important to choose the most appropriate system to regain ground potential. In order to evaluate the effect of different SUTs, physical quality and soil chemistry were analyzed for texture, macro and micro, total porosity, gravimetric moisture, bulk density, pH, CTC, H + Al, V%, Ca, Mg, MO, TOC, P and K. The SUTs analyzed were: native forest, reforestation with eucalyptus, agroforestry and pasture. Soil samples were collected in a Yellow Ultisol at the Polo Regional Centro Norte, city of Pindorama-SP at depths from 0.00 to 0.20 I 0.20 to 0.40 m. For this observation, is deformed composite samples (chemical and textural analysis) and soil samples (volumetric ring). Later, the data were statistically analyzed. Hierarchical cluster analysis was made and Principal Component Analysis (PCA). The soil of the native forest was used as a reference for comparison, because it is a system in balance and without human activity history. The physical attributes were satisfactory in all SUTs. Inadequate soil management are causing degradation of the same with respect to fertility, the studied systems. Multivariate analysis allowed the separation of SUTs / Mestre

Orientador: Teresa Cristina Tarlé Pissarra / Banca: Renato Farias do Valle Junior / Banca: José Eduardo Pitelli Turco / Banca: Maria Teresa Vilela Nogueira Abdo / Banca: João Antônio Galbiatti / Resumo: Este trabalho teve como objetivos analisar morfometricamente a bacia hidrográfica, avaliar as dinâmicas espacial e temporal de variáveis físico-químicas da água da rede de drenagem e suas influências aos sistemas produtivos localizados nas vertentes da microbacia do Córrego da Fazenda Glória, município de Taquaritinga, SP, no intuito de verificar a alteração ambiental em relação ao uso/ocupação do solo e o estado trófico das águas. Foram selecionados sete microbacias (M1 a M7) e quatro pontos na foz (F1 a F4), para a coleta de água e análise do uso do solo, no período de dois anos (Agosto de 2010 a Julho de 2012). As variáveis analisadas foram: temperatura (TºC), pH, condutividade elétrica (CE), sólidos totais dissolvidos (STD), turbidez (T), oxigênio dissolvido (OD), a concentração do Fósforo (P) Total e o estado trófico do recurso hídrico. Os dados foram submetidos à análise estatística multivariada, exceto o fósforo, que foi analisado mediante análise descritiva. O monitoramento do recurso hídrico apresentou estreita relação entre as variáveis SDT e CE, com maior evidencia em relação ao ambiente da microbacia M2. O cultivo de cana-de-açúcar na maioria dos pontos amostrados foi predominante, seguido de áreas alagadas ou de várzea. O grau de eutrofização foi de eutrófico à hipereutrófico. A análise multivariada mostrou que a proporção da variância total retida nos dois primeiros fatores foi de 70,79% (CP1=39,08%; CP2=31,71%). O fator CP1 mostrou correlação positiva entre as variáveis SDT e CE, evidenciando processo de escoamento superficial. O fator CP2 mostrou correlação negativa para a variável T em relação ao OD, mostrando... / Abstract: This study aimed to analyze morphometric the basin, evaluate the spatial and temporal dynamics of physical-chemical parameters of water drainage network and its influences to production systems located on the slopes of the watershed of Córrego da Fazenda Glória, Taquaritinga, SP, in order to verify the environmental change from the use / land cover and the trophic status of waters. Seven watersheds were selected (M1 to M7) and four points at the mouth (F1 to F4), to collect water and land use analysis, the two-year period (August 2010 to July 2012). The variables analyzed were: temperature (TºC), pH, electrical conductivity (EC), total dissolved solids (TDS), turbidity (T), dissolved oxygen (DO), the concentration of phosphorus (P) Total and the trophic state of the resource water. The data were subjected to multivariate statistical analysis, except the match, which was analyzed by descriptive analysis. The monitoring of water resources showed a close relationship between the SDT and EC variables, more evident in relation to M2 watershed environment. The cane sugar cultivation in most of the points was predominant, followed by wetlands or floodplains. The degree of eutrophication was eutrophic to hypereutrophic. Multivariate analysis showed that the proportion of the total variance retained in the first two factors was 70.79% (CP1 = 39.08%; CP2 = 31.71%). The CP1 factor showed a positive correlation between SDT and EC variables, showing runoff process. The CP2 factor negatively correlated to the T ... / Doutor

Orientador: Ian Castro-Gamboa / Banca: Luis Vitor Silva do Sacramento / Banca: Cíntia Duarte de Freitas Milagre / Banca: Mônica Tallarico Pupo / Banca: Christopher Scott Jeffrey / Resumo: Senna spectabilis é uma planta medicinal detentora de inumeras aplicações terapêuticas tradicionais. Como uma fonte rica de metabólitos com atividades biológicas a rizosfera de S. spectabilis foi o objeto de estudo neste trabalho. O conhecimento da população da microbiota da rizosfera contribuiu para a compreensão das interações que poderiam ocorrer nessa região dinâmica e rica do solo. Um número de métodos moleculares têm sido desenvolvidos nos últimos anos para o estudo da comunidade microbiana utilizando PCR no sequenciamento das regiões de rRNA 16S e ITS. Os objetivos deste estudo foram identificar a população microbiana da rizosfera de mudas de S. spectabilis e em sequência selecionar algumas linhagens e submetê-las a cultivos mistos em meio sólido. A identificação foi conseguida através do 454-pyrosequenciamento das raízes e sequenciamento por iluminaseq das soluções nutritivas em que as plantas foram cultivadas. Os resultados mostraram uma população rica e variada de bactérias e fungos, com destaque aos filos Verrucomicrobia, Proteobacterias, Firmicutes para as bactérias e para os fungos os filos Basidiomycota e Ascomycota. Espécies selecionadas de fungos foram cultivados em meio Czapek-dox líquido e uma análise do perfil metabólico foi conduzido utilizando HPLC-DAD e HPLC-DAD/MS. Entre os metabólitos detectados nessa pré-avaliação estão os derivados policetidicos produzidos por Fusarium: zearalenonas, conhecidas micotoxinas produzidas por uma grande quantidade de espécies deste gênero. Estes resultados induziram a seleção de cinco fungos de Fusarium, Paecilomyces e uma espécie de bactéria, Burkholderia sp para o cultivo misto em meio de agar sólido. O objetivo foi detectar mudanças na produção metabólica e analisar as alterações esperadas por RMN de 1H associados aos métodos quimiométricos de análise PCA e PLS e tambem por LC/MS. Uma série de... / Abstract: Senna spectabilis is a medicinal plant with innumeral traditional therapeutic applications. As a source of rich metabolites with biological activities S. spectabilis' rhizosphere was the object of study in this work. The knowledge of the population of the microbiota of the rhizosphere contributes to the understanding of the interactions that may occur in this dynamic and rich region of the soil. A number of molecular methods have been developed in recent years to study the microbial community using PCR associated in the sequencing of 16S and ITS regions of rRNA. The objectives of this study were to identify the microbial population of rhizosphere seedlings of S. spectabilis and in sequence to select a few strains and submit them to co-cultures in a solid medium. Identification was achieved with 454- pyrosequencing of roots and iluminaseq sequencing of the hydroponic solutions, in which the seedlings were cultivated. Results showed a rich and varied population of bacteria and fungi notably the bacteria phyla Verrucromiobia, Proteobacteria, Firmicutes and for the fungi the phyla Basidiomycota and Ascomycota. Selected species of fungi were cultivated in liquid Czapek-dox medium and a screening of the metabolic profile was conducted using HPLC-DAD and HPLC-DAD/MS. Among the metabolites detected in this previous evaluation are the polyketides derivates produced by Fusarium: zearalenones known as mycotoxins produced by many species of this genus. These results have induced to the selection of five fungi from Fusarium, Paecilomyces and one specie of bacteria, Burkholderia sp for mix cultivation in agar solid medium. The aim was to detect changes in the metabolic production and analyse the expected alterations by 1H NMR associated with chemometric method PCA and PLS and LC/MS. A series of enniatin could be detected by LC/MS indicating that co-culturing induced the modifications in the... / Doutor

Orientador: Carlos Ducatti / Coorientador: Juliana Célia Denadai / Banca: Antonio Celso Pezzato / Banca: Dirlei Antonio Berto / Banca: Maria Márcia Pereira Sartori / Banca: Luiz Carlos Demattê Filho / Resumo: Objetivou-se rastrear a presença de subprodutos de origem animal na alimentação de frangos de corte de granjas comerciais por meio da metodologia dos isótopos estáveis de carbono e nitrogênio (δ13C e δ15N), no músculo peitoral e mucosa intestinal, assim como iniciar um banco de dados de valores bromatológicos e isotópicos dos ingredientes da ração de maior interesse na avicultura de corte. Foram amostradas aleatoriamente oito aves (machos) semanalmente de sete granjas de diferentes empresas avícolas dentro do Estado de São Paulo para obtenção das amostras de músculo peitoral e mucosa intestinal. Nos mesmos dias de coletas foram retiradas três amostras aleatórias de ração, adquiridas dos comedouros de cada granja. Para o banco de dados foram amostrados os ingredientes milho, soja, farelo de soja e farinhas de origem animal dos departamentos de recepção e controle de qualidade dos ingredientes das fabricas de ração visitadas. Todas as amostras foram submetidas à análise de espectrometria de massa de razão isotópica, sendo que a ração também foi avaliada quanto à presença de DNA de origem animal por PCR. Os dados isotópicos das amostras foram submetidos à análise de variância em cada idade de coleta, sendo complementados pelo teste de Tukey, e o conjunto de todos os dados foram avaliados pelas análises multivariadas de componentes principais e discriminante linear. Foi possível verificar pela análise de PCR na ração que somente as empresas D e F utilizaram ração estritamente vegetal ao longo do período de criação das aves. Houve diferença entre os valores isotópicos da ração, músculo peitoral e mucosa intestinal das aves das empresas D e F em relação às demais, sendo esta mais definida para o δ15N dos sete aos 42 dias de idade. Esse mesmo resultado foi obtido pelas análises multivariadas. Portanto, foi possível diferenciar as empresas que ... / Abstract: The aim of this study was to trace the presence of animal by-products in commercial broiler farms feed using the methodology of stable isotope ratios of carbon and nitrogen (δ13C and δ15N) in the pectoral muscle and intestinal mucosa, and start a database of bromatological and isotopic values of feed ingredients with greatest interest in poultry production. Eight male birds were sampled randomly week-by-week in seven broiler farms of different poultry companies in the São Paulo State to obtain samples of pectoral muscle and intestinal mucosa. Were taken on the same day of sampling three random samples of feed, acquired from feeders of each commercial broiler unit. For the database were sampled corn, soybean, soybean meal and animal by-products obtained from reception and quality control departments of visited feed factories. All samples were analyzed using isotope ratio mass spectrometry, and feed was also evaluated for the presence of animal DNA by PCR analysis. The isotopic data of the samples were submitted to analysis of variance in each age collection, complemented by Tukey test, and the set of all data were analyzed by multivariate analysis of major and linear discriminant components. It was verified by PCR analysis in feed that only D and F companies used strictly vegetable diet throughout the period of raising birds. There was difference between isotopic values of feed, pectoral muscle, and intestinal mucosa of birds from D and F companies compared with others, which is most definitely for the δ15N from seven to 42 days old. The same result was obtained by multivariate analysis. Therefore, it was possible to differentiate the companies that used strictly vegetable diet from the others, demonstrating the ability to trace the presence of animal by-products in commercial broiler farms feed using the methodology of stable isotopes / Doutor

Orientador: Sandra Helena Unêda-Trevisoli / Coorientador: Antônio Orlando Di Mauro / Banca: Gustavo Henrique de Almeida Teixeira / Banca: Ivana Marino Bárbaro / Resumo: O objetivo do presente trabalho consistiu em caracterizar a diversidade fenotípica em genótipos de pinhão-manso através de análises multivariadas, além de desenvolver um modelo de calibração para a determinação do teor de óleo por meio da espectroscopia do infravermelho próximo (NIR) visando a seleção de genótipos com alto teor de óleo. Para a análise fenotípica, foram avaliados 11 caracteres agronômicos em 165 genótipos de pinhão-manso pertencentes ao banco de germoplasma in vivo localizado no Departamento de Produção Vegetal da UNESP/FCAV, Jaboticabal, SP. Os caracteres utilizados foram: altura da planta, diâmetro do caule, número de ramificações primárias, comprimento de fruto, largura de fruto, peso de fruto, formato de fruto, comprimento de semente, largura de semente, peso de semente e teor de óleo. Os dados foram submetidos à análise de componentes principais (PCA), análise de agrupamento pelo método hierárquico de Ward e método não hierárquico k-médias. O caráter formato de fruto foi retirado das análises multivariadas por ser de natureza qualitativa. Na PCA, os 4 CPs explicaram 71,62% da variância total. Os caracteres de maior contribuição para a discriminação dos genótipos no CP1 foram peso de semente, largura de fruto, comprimento de fruto e peso de fruto. Destacaram-se 22 genótipos promissores com potencial para serem explorados em programas de melhoramento genético. O dendrograma obtido pela análise de agrupamento de Ward e para a análise de k-médias geraram nove... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The purpose of this study was to characterize the phenotypic diversity in Jatropha genotypes by multivariate analysis, and developing a calibration model for determination oil content by Near-infrared spectroscopy (NIR) in order to select genotypes with high oil content. For the phenotypic analysis, 11 agronomic characters were evaluated in 165 genotypes of Jatropha belonging to the germplasm bank in vivo located in the Department of Plant Production UNESP / FCAV, Jaboticabal, SP. The characters were: plant height, stem diameter, number of primary branches, fruit length, fruit width, fruit weight, fruit shape, seed length, seed width, seed weight and oil content. The data were submitted to principal component analysis (PCA), cluster analysis by the hierarchical method of Ward and non- hierarchical method of k-means. The character fruit shape was removed from multivariate analysis for being qualitative. In PCA, the 4 PCs explained 71.62% of the total variance. The greatest contribution of the characters to discriminate the genotypes in PC1 were seed weight, fruit width, fruit length and fruit weight. They highlighted 22 promising genotypes with potential to be exploited in breeding programs. The dendrogram obtained by Ward cluster analysis and the k-means analysis generated nine groups, 5 of which grouped genotypes with advantageous features. Multivariate analyzes allowed the characterization of the genotypes, allowing the selection for many traits and indicating gains strateg... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Teresa Cristina Tarlé Pissarra / Banca: Marcelo Zanata / Banca: Morel de Passos e Carvalho / Banca: Zigomar Menezes de Souza / Banca: José Marques Junior / Resumo: Estudos têm sido conduzidos para verificar as relações existentes entre o crescimento das florestas e os atributos químicos dos solos, responsáveis pelo potencial produtivo. O objetivo deste trabalho foi caracterizar e avaliar a variabilidade espacial de propriedades dendrométricas (altura e diâmetro a altura do peito) de povoamento de Pinus e a relação destes com os atributos químicos de um Latossolo Vermelho Amarelo do Instituto Florestal de Batatais -SP. Para o mapeamento dos teores de cálcio (Ca), magnésio (Mg), fósforo(P), potássio (K), matéria orgânica (MO), pH e acidez potencial (H+Al) as amostras de solos foram coletadas nos pontos de cruzamento de uma malha com intervalos regulares de 36 m, totalizando uma área de 16 hectares com espécies de Pinus, na profundidade de 0,0-0,20 m e 0,20-0,40 m, sendo coletadas 123 amostras em cada uma das duas profundidades, totalizando 246 amostras. Ao redor de cada ponto georreferenciado foram selecionadas nove árvores de Pinus, de maneira que cada ponto cadastrado fosse rodeado de forma uniforme, realizando-se as medidas de altura e diâmetro na altura do peito. Os dados foram submetidos à análise estatística descritiva, geoestatística e análises multivariadas. De acordo com os resultados obtidos, conclui-se que as árvores de Pinus apresentaram maior crescimento, com maiores valores de altura das árvores e do diâmetro na altura do peito, nas regiões em que os teores dos atributos químicos do solo foram maiores. O estudo mostrou que a... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Studies have been conducted to verify the relationship between the growth of forests and chemical properties of the soil that are responsible for the productive potential. The aim of this study was to characterize and evaluate the spatial variability of dendrometric properties (height and diameter at breast height) of pine stand, and Their relationship with the chemical attributes of an Oxisol of the Forest Institute of Batatais SP. For the mapping of the calcium (Ca), magnesium (Mg), phosphorus (P), potassium ( K ), organic matter (OM), pH and potential acidity (H + Al) the soil samples were collected at the point of crossing a grid at intervals of 36 m, a total area of 16 hectares with pine species at a depth of 0,0 to 0,20 0,20-0,40 m, and collected 123 samples in each of the two depths, totaling 246 samples. Around each georeferenced point nine trees were selected Pinus, so that each spot was surrounded registered evenly. Then, there were the measures of height and diameter at breast height. The data were submitted to descriptive statistics, geostatistics and multivariate analysis. According to the results, it is concluded that the pine trees grew faster, with greater height values of trees and diameter at breast height, in areas where the levels of soil chemical properties were higher. The study revealed that the multivariate analysis was efficient to characterize the chemical attributes que Were most sensitive to discriminate Evaluated pine species . Being the diame... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Sandra Helena Unêda-Trevisoli / Coorientador: Antonio Orlando Di Mauro / Coorientador: Cibele Chalita Martins / Banca: Everton Luis Finoto / Banca: Ivana Marino Bárbaro Torneli / Banca: Rinaldo Cesar de Paula / Banca: Gustavo Vitti Môro / Resumo: O presente estudo foi realizado com os objetivos principais de: verificar as associações existentes entre caracteres agronômicos e caracteres relacionados à qualidade fisiológica de sementes de soja; determinar alterações fisiológicas e no teor de óleo em sementes de soja, ao longo do período de armazenamento, além de selecionar progênies superiores de soja por meio de análises multivariadas. Para isto, as relações existentes entre os caracteres agronômicos de plantas e fisiológicos de sementes foram verificadas por meio da análise de correlações canônicas em sete populações e duas cultivares comerciais, em três gerações: plantas F3 e sementes F4; plantas F4 e sementes F5; e sementes e plantas na geração F4. Os caracteres agronômicos de plantas (grupo I) avaliados foram: número de dias para maturidade, altura da planta na maturidade, altura de inserção da primeira vagem, número de vagens, produção de grãos e teor de óleo. A qualidade fisiológica das sementes (grupo II), foi avaliada por meio do teste de germinação, envelhecimento acelerado, emergência e índice de velocidade de emergência. As mesmas populações e cultivares também foram avaliadas antes do armazenamento e após seis meses, armazenadas em ambiente com temperatura e umidade controladas, através de testes de germinação, vigor, teor de água e teor de óleo, em esquema fatorial 2 x 9. Para as análises multivariadas, 20 populações segregantes de geração F4, foram avaliadas para os seguintes caracteres agronômicos: númer... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This study aimed to examine the associations between agronomic traits and traits related to physiological seed quality in soybean seeds, determine physiological and oil content alterations during the storage and select superior progenies using multivariate analysis. For this, the relationships between agronomic traits and physiological of seed traits were evaluated using canonical correlation analysis in seven segregating populations and two commercial cultivars conducted in three generations: plants F3 and seeds F4, plants F4 and seeds F5 and seeds and plants in generation F4. The agronomic traits (group I) evaluated were: number of days to maturity, plant height at maturity, first pod height, number of pod per plant, grain yield and oil content. The seed physiological quality (group II) was evaluated by percentage of germination, percentage of emergence, emergence speed index and accelerated aging. The same populations and cultivars were also evaluated before the storage and after six months stored in cold room by germination test, vigor, seed moisture and oil content, arranged in a 2 x 9 factorial design. For the multivariate analysis, 20 segregating populations in generation F4 were evaluated using the following agronomic traits: number of days to flowering, number of days to maturity, plant height at maturity, first pod height, number of branches per plant, number of pod per plant, number of nodes per plant, grain yield and oil content. It was used the principal compone... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Célia Regina Lopes Zimback / Coorientador: Alessandra Fagioli da Silva / Banca: Milton Barbosa Landim / Banca: Ana Paula Barbosa / Banca: Antonio Ribeiro da Cunha / Resumo: Os solos possuem alta variabilidade espacial devido aos diversos processos físicos, químicos e biológicos que atuam simultaneamente com diferentes intensidades na sua formação. O manejo uniforme dos solos não leva em conta tal variabilidade espacial, não sendo, portanto, a estratégia de manejo mais adequada. O uso do geoprocessamento, como ferramenta para o estudo da heterogeneidade dos solos, proporciona uma análise comportamental e uma visão espacial da realidade. Os fenômenos naturais são mais facilmente entendidos quando é possível a visualização da sua distribuição espacial e/ou temporal. Algumas das ferramentas que podem ser aplicadas para entender essas estruturas são os modelos geoestatísticos, em especial os modelos de simulação. Pela tentativa de reproduzir os mecanismos da realidade, esses modelos podem mostrar as características do solo em diferentes cenários ambientais. Pelos resultados das análises dos parâmetros físico hídricos da Sub-bacia da Cabeceira do Rio Pardo - SP, pode-se concluir: Os parâmetros que apresentaram maior variabilidade, correlação entre si e dependência espacial foram: teor de argila, umidade na capacidade de campo, umidade no ponto de murcha permanente e macroporosidade, que influenciam na condutividade hidráulica dos solos. A simulação sequencial direta de condutividade apresentou alto erro médio, o que indica o enviesamento dos dados e que o maior valor pode estar relacionado à pequena densidade amostral da área. A macroporosidade aprese... / Abstract: The soils have highly spatial variability due to various physical, chemical and biological processes that act simultaneously in their formation and with different intensities. Consequently, the uniform land management does not take into account such spatial variation, not being therefore more effective management strategy. The use of the GIS, as a tool for studying the dynamics of the soil, provides a behavioral analysis of spatial view and a soil reality. Natural phenomena are more easily understood when viewing the spatial distribution and/or time is possible. Some of the tools that can be applied to understand this dynamic are the geostatistical models, especially the simulation models. By trying to reproduce the mechanisms of fact, these models can show the soil behavior under different environmental scenarios. The results of the analysis of water physical parameters of the Sub-basin Headboard of Pardo River- SP, it can be concluded: The parameters that have greater variability, correlated and spatial dependence were clay content, humidity in the field capacity, moisture in point permanent wilting and macroporosity, that influence the hydraulic conductivity of the soil; direct sequential simulation of conductivity showed high mean error, indicating the bias of the data and that the greatest value may be related to the small sample density of the area; the macroporosity have had the best results anda was the co-factor chosen in the determination of management zones; it was... / Doutor

Orientador: Vera Fernanda Martins Hossepian de Lima / Coorientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Rodrigo Pelicioni Savegnago / Coorientador: Marcos vinícius Barbosa da Silva / Banca: Lenira El Faro Zadra / Banca: Joslane Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Banca: Ricardo da Fonseca / Banca: João Ademir de Oliveira / Resumo: Considerando painéis de SNP (do inglês Single Nucleotide Polymorphism, polimorfismo de nucleotídeo único) objetivou-se descrever o perfil genômico populacional de bovinos leiteiros da raça Gir por meio da caracterização de linhagens desta população e inferir sobre a variabilidade genética utilizando informações de animais provenientes de diversas fazendas do Brasil. Após o controle de qualidade de genótipos e amostras, foram obtidos 1987 SNP bialélicos em cromossomos autossomos presentes nos painéis HD e 50K SNP, em um painel resultante de SNP em comum dos dois painéis, 21K SNP. Distâncias genéticas entre os marcadores foram obtidas e, por meio da decomposição espectral, foram gerados os componentes principais. A análise multivariada de componentes principais, em um contexto de estrutura populacional, permite inferir sobre a variabilidade genética utilizando informações de parentesco entre os animais. A determinação do número de agrupamentos foi realizada com o procedimento k-means, utilizando a distância genética entre os animais, que permite identificar subgrupos genéticos na população, com moderada-alta qualidade de agrupamento, com coeficiente correlação cofenética equivalente a 0,66. O parentesco, heterozigosidade esperada (He) e observada (Ho), coeficientes de endogamia, desequilíbrio de ligação (LD) e tamanho efetivo populacional, baseados exclusivamente em informações genômicas também foram obtidos. Os resultados evidenciaram quatro diferentes agrupamentos genéticos, ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective was to describe the genomic structure of Gir dairy cattle population through the characterization of lineages of this population and infer about the genetic variability considering information from animals from several farms in Brazil using panels of SNP (Single Nucleotide Polymorphism). After quality control of genotypes and samples, we obtained 1987 biallelic SNPs on autosomal chromosomes present in the HD panels and 50K SNP, in a resultant panel of SNPs in common from to two panels, 21K SNP. Genetic distances between the markers were obtained and, through spectral decomposition, the principal components were generated. Multivariate analysis of principal components, in a context of population structure, allows inferring about genetic variability using relatedness information between animals. The determination of the number of clusters was performed using the k-means procedure, using the genetic distance between the animals, which allows the identification of genetic subgroups in the population, with moderate-high quality of grouping, with a coefficient correlation coefficient equivalent to 0.66. Expected heterozygosity (He) and observed (Ho), coefficients of inbreeding, linkage disequilibrium (LD) and effective population size (Ne) based exclusively on genomic information were also obtained. The results evidenced four different genetic groups, defined as breeding lineages of the Gir dairy breed of Brazil, indicating that the use of a few breeders or their descendants with greater intensity and also due to the different origins of the ancestors, formed the different genetic groups, which are composed of animals from various farms. There was little relationship between the animals and this was reflected in the average inbreeding coefficient, and the average inbreeding obtained for all the individuals was 0.017, evi... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Carlos Alexandre Costa Crusciol / Banca: Alan Rodrigo Panosso / Banca: Paulo Alexandre Monteiro de Figueiredo / Banca: Fernando Cesar Pattaro / Banca: Hideto Arizono / Resumo: O cultivo da cana-de-açúcar sofreu muitas mudanças nos últimos 15 anos. Extinção da queima, mecanização completa do plantio e colheita, expansão rumo a áreas de cerrado são apenas algumas delas. Entretanto, alguns velhos e bem conhecidos problemas permanecem presentes. Embora conhecido e extensamente estudado, o florescimento da cana-de-açúcar continua a causar perdas de produtividade. O método de controle mais utilizado envolve o uso de ethephon, o qual, apesar de conhecida eficiência, não raro tem seus resultados questionados, principalmente por uso inadequado. O objetivo do presente trabalho foi caracterizar as variáveis envolvidas no processo de florescimento que afetam a eficiência de seu controle pelo ethephon e propor estratégias de manejo que otimizem seus resultados. O trabalho foi realizado durante os anos de 2014 e 2016 em quatro regiões produtoras de cana-de-açúcar do centro-sul brasileiro e envolveu a avaliação do uso de ethephon em diferentes épocas de aplicação em três cultivares de cana-de-açúcar. Os melhores resultados foram obtidos com aplicações realizadas entre 20 dias antes à 5 dias após o início do período indutivo (P.I.). O ponto ótimo de controle ocorreu quando a aplicação foi realizada entre 9 a 6 dias antes do início de P.I. A menor intensidade de florescimento foi acompanhada dos maiores ganhos em produtividade (p<0,05), com média oscilando entre 12 a 16 % em relação à testemunha. Aplicações realizadas durante e após o término do P.I. apresentaram r... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Sugarcane growth in Brazil has undergone many changes in the last 15 years. Extinction of trash burning, complete mechanization of planting and harvesting, expansion to Cerrado areas are just a few of them. However, some old and well-known problems remain. Despite being widely studied; the sugarcane flowering continues to promote yield losses. The most used method of control is ethephon, despite known efficiency, often has its results questioned, mainly due to inadequate use. The aim of this work was to characterize the variables involved in the flowering process that affect the efficiency of its control by ethephon and to propose management strategies that optimize its results. The work was carried out during the years 2014 and 2016 in four sugarcane producing regions of Brazil and involved the evaluation of ethephon sprayed in different dates and cultivars. The best results were obtained in sprays carried out between 20 days before and 5 days after the beginning of the inductive period (I.P.). The optimal spraying date was about 9 to 6 days before I.P. The lower flowering intensity was accompanied by higher yield (p<0.05), ranging from 12 a 16% compared to the control. Spraying done during and after the I.P. showed a gradual reduction in the efficiency flowering control. However, there was delay in panicle emission and reduction in the intensity of adverse factors such as pith, with a mean reduction of 40% compared to the control. Although its lower yields, those spraying dates showed higher yield (p<0.05) than the control, with an average of 6%. The anticipation of the control (over 25 to 30 days) was also inefficient in the flowering control and with has lower yields than spraying done later, even, those ones done after the end of I.P. Pith intensity was related to flowering, but also to the time of panicle exposure in the field and, mainly, to the conditions of water restriction. The use of ... / Doutor