From its introduction in 1952 onwards, the clinical use of macrolides has been steadily increasing, both in human and veterinary medicine. Although initially designed to the treatment of Grampositive microorganisms, this antimicrobial family has also been used to treat specific Gram-negative bacteria. Some of them, as azithromycin, are considered in the armamentarium against Enterobacteriaceae infections. However, the facility that this bacterial genus has to gain or develop mechanisms of antibiotic resistance may compromise the future usefulness of these antibiotics to fight against Enterobacteriaceae infections. The present review is focused on the mechanisms of macrolide resistance, currently described in Enterobacteriaceae.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:49:13Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo122_1.pdf: 1261966 bytes, checksum: a8db3a9221d5dc1a777acd2023ffa373 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A tuberculose (TB) continua a ser um grave problema de saúde pública. O Brasil, segundo a Organização Mundial da Saúde, ocupa o 18º lugar entre os 22 países responsáveis por 80% do total de casos de tuberculose no mundo. O diagnóstico definitivo da tuberculose é dado pela presença do bacilo através da baciloscopia ou cultura. A cultura apresenta uma sensibilidade maior comparada à baciloscopia, porém necessita de quatro a oito semanas para a multiplicação do bacilo, retardando o diagnóstico definitivo da doença, e os resultados muitas vezes não informam de maneira adequada o direcionamento das decisões clínicas. Os métodos moleculares são úteis para diagnóstico e estudos epidemiológicos da tuberculose. A tipagem molecular é, assim, uma ferramenta epidemiológica importante no controle das infecções. Regiões do genoma do Mycobacterium contém informações específicas da espécie ou mesmo de variantes de cepas. As regiões espaçadoras que separam os gene codificados pelo 16S, 23S e 5S caracterizadas por um alto grau de variação de seqüência e tamanho, tanto a nível de gênero quanto espécie. Esta diversidade deve-se, principalmente, a variação no número e no tipo de seqüência do tRNA encontrada no interior das regiões espaçadoras, sendo exploradas em estudos discriminatórios. O objetivo do estudo é identificar as cepas de Mycobacterium spp. através da técnica de PCR utilizando como alvo a região espaçadora 16S-23S rDNA (ITS-PCR). Para isso foram utilizadas cepas de micobactérias isoladas de meio de cultura específico, provenientes de amostras clínicas coletadas de pacientes diagnosticados com tuberculose doença e infecção por outras micobactérias, encaminhados de hospitais públicos do estado de Pernambuco, para confirmação diagnóstica laboratorial através dos exames convencionais de baciloscopia e cultura. A identificação dos bacilos foi realizada observando a velocidade de crescimento da(s) colônia(s) e pela provas bioquímicas (niacina, catalase, PNB e TCH). As micobactérias não tuberculosas foram identificadas utilizando a técnica molecular de PRA-hsp65, através da colaboração com o Laboratório de Micobactérias da Universidade Federal do Rio de Janeiro. Foram analisados 20 isolados clínicos confirmados por testes bioquímicos e fenotípicos, a maioria proveniente de enfermaria (65%). A média de idade dos pacientes foi de 38,5, estando dentro da média nacional, entre 20 e 49 anos. A maioria sendo do sexo masculino, 65% (n=13), que se justifica por ser o grupo mais exposto à doença. A ITS-PCR e PRA-hsp65 apresentaram concordância de 85,7% e 100%, respectivamente. O sistema de ITS-PCR foi capaz de identificar as cepas de Mycobacterium spp. isoladas em meio de cultura. A ITS-PCR se mostra uma ferramenta útil para auxiliar na diferenciação das infecções causadas por TB e por MNT e pode ser utilizada como ferramenta molecular complementar no diagnóstico diferencial quando os testes convencionais apresentam-se inconclusivos

Phytoplasmas are bacterial intracellular plant pathogens that cause devasting yield losses in diverse crops worldwide. Phytoplasmas were detected in clover and Catharanthus roseus plants, pear, apple and apricot trees. SecA and 16S rRNA genes, spacer region and 23S rRNA gene of five phytoplasma isolates were sequenced.

Chaque année, environ 175 millions de personnes souffrent d’infection du tractus urinaire (ITU) dans le monde. Pour diagnostiquer une ITU, une culture d’urine est réalisée mais nécessite un long délai. Pendant ce temps les patients sont souvent traités avec un antibiotique à large spectre qui peut entrainer des complications et contribuer à l’augmentation du nombre de bactéries résistantes. La plupart des échantillons reçus au laboratoire sont négatifs (≤10[indice supérieur 5] ufc /mL) ou contiennent Escherichia coli. Nous avons mis au point une méthode de dépistage rapide des échantillons positifs afin de sauver des coûts et éviter des complications. D’abord un protocole d’extraction d’ADNg a été élaboré avec la même efficacité pour tous les microorganismes. Cette méthode, appelé EtNa, chauffe le microorganisme dans une solution de 70 % éthanol et NaOH. Cette solution permet l’adsorption de l’ADN directement sur une colonne de silice afin de favoriser sa purification par un robot pipeteur. Elle a été comparée favorablement avec d’autres méthodes retrouvées dans la littérature et trousses commerciales, mais a l’avantage d’extraire les bactéries Gram positifs, Gram négatifs et levures avec une efficacité similaire et ce, avec un même protocole simple et sans produits chimiques toxiques. La deuxième étape du projet a été de mettre au point une méthode pour dépister les microorganismes pouvant causer les ITU en utilisant la PCR en temps réel pour amplifier le gène d’ARNr 23S des bactéries et 28S des levures. Grâce à une stratégie innovatrice de dénaturation des sondes, le pathogène peut être détecté et partiellement identifié. Une valeur seuil permettant de distinguer les échantillons positifs a été évaluée et correspond à un Cp de 26 (10[indice supérieur 5] ufc/mL). Un témoin interne est utilisé et permet de contrôler l’extraction et l’amplification. La méthode de dépistage a été éprouvée in vitro avec des souches de bactéries et levures, puis essayée avec quelques échantillons d’urines en provenance de la clinique. Puisque les résultats obtenus étaient très encourageants, l’analyse d’autres échantillons est importante pour faire une validation complète.

Submitted by Bruna Buch (bruna.buch@gmail.com) on 2019-01-31T14:18:48Z No. of bitstreams: 1 BrunaBuch_Tese.pdf: 6059154 bytes, checksum: ab596bb37969e3a6ac3aea0557b5363e (MD5) / Rejected by Elza Mitiko Sato null (elzasato@ibilce.unesp.br), reason: Solicitamos que realize correções na submissão seguindo as orientações abaixo: Problema 01) Solicitamos que corrija o ano descrita na capa para 2019, o ano de entrega da dissertação na Seção Técnica de Pós-Graduação Problema 02) Segundo a Portaria nº 206, de 4 de setembro de 2018, todos os trabalhos que tiveram financiamento CAPES deve constar nos agradecimentos a expressão: "O presente trabalho foi realizado com apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) - Código de Financiamento 001 Agradecemos a compreensão. on 2019-01-31T16:28:27Z (GMT) / Submitted by Bruna Buch (bruna.buch@gmail.com) on 2019-01-31T16:59:59Z No. of bitstreams: 1 BrunaBuchTese.pdf: 6058711 bytes, checksum: 91a5b502646692883f387f5ae5a634f6 (MD5) / Approved for entry into archive by Elza Mitiko Sato null (elzasato@ibilce.unesp.br) on 2019-01-31T17:24:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 buch_b_dr_sjrp.pdf: 6058711 bytes, checksum: 91a5b502646692883f387f5ae5a634f6 (MD5) / Made available in DSpace on 2019-01-31T17:24:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 buch_b_dr_sjrp.pdf: 6058711 bytes, checksum: 91a5b502646692883f387f5ae5a634f6 (MD5) Previous issue date: 2018-12-05 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As cianobactérias são importantes componentes das comunidades aquáticas em diversos ecossistemas, graças a longa história evolutiva do grupo que desenvolveu diversas adaptações fisiológicas e citológicas que permitiram a sua dominância ao redor do globo. As cianobactérias são também os bactérias fotossintetizantes com a morfologia mais diversificada e, embora essa qualidade tenha sido extensivamente utilizada pelos cientistas para a delimitação dos táxons e reconstrução da história evolutiva, vem perdendo cada vez mais espaço para o uso de marcadores moleculares, os quais são capazes de inferir relações filogenéticas mais robustas e que mais proximamente refletem o percurso evolutivo traçado por esses microrganismos. Desse modo, o objetivo da realização deste estudo foi caracterizar taxonomicamente populações de cianobactérias bentônicas de ambientes lênticos da região noroeste do estado de São Paulo, utilizando uma abordagem polifásica, por meio do uso do gene rRNA 16S e da estrutura secundária do ITS 16S-23S, além de considerar aspectos morfológicos e ecológicos. Como resultado deste trabalho, 41 populações de cianobactérias bentônicas foram avaliadas, sendo alocadas em 15 gêneros distribuídos em 11 famílias e cinco ordens. A ordem Oscillatoriales foi a mais representativa entre as populações estudadas (68,3%, 28 populações), seguida pela ordem Synechococcales (19,5%, 8 populações). A análise filogenética do gene RNAr 16S foi capaz de revelar a presença de táxons crípticos, que embora apresentem morfologia correspondente com táxons já descritos, formaram clados separados, indicando se tratarem de táxons ainda não conhecidos, e esse foi o caso de 13 populações aqui estudadas. Parte dos táxons crípticos foi trabalhada em maior profundidade, resultando em três manuscritos apresentados na forma de capítulos que correspondem à descrição dos novos gêneros e espécies Koinonema pervagatum (Capítulo III) e Blennothricopsis periphytica (Capítulo IV), além da descrição de três novas espécies para o gênero Phormidium (Capítulo V), com o registro da primeira espécie bentônica produtora de microcistina para o estado de São Paulo. Embora a prospecção dos genótipos tóxicos, utilizando marcadores específicos para os genes mcyE e sxtA responsáveis pela síntese de microcistinas e saxitoxinas, respectivamente, tenha revelado apenas uma linhagem tóxica, esse resultado é positivo do ponto de vista de impactos relacionados à presença de cianobactérias em corpos d’água para uso público. Entretanto, mostra a importância dos estudos de prospecção de toxinas em cianobactérias bentônicas no Brasil, ainda pouco explorados. / Cyanobacteria are important components of aquatic communities in different ecosystems, thanks to its long evolutionary history that provided several physiological and ecological adaptations, allowing them to spread around the globe. Cyanobacteria are also the most morpological diversified photossintetic bacterial group and, despite many taxonomists have extensively used this character to delimit taxa and to reconstruct their evolutionary history, it has been losing its prominence to molecular markers, which are most suited to infer robust phylogenetic relationships that properly reflect the evolutionary path followed by these organisms. Therefore, the aim of the study was to taxonomically characterize benthic cyanobacterial populations in lentic habitats from the Northwest region of São Paulo state, using a polyphasic approach, through the phylogenetic analysis of the 16S rRNA gene and the 16S 23S ITS secondary structure, aside from morphological and ecological aspects. As result, 41 benthic cyanobacterial populations were evaluated and assigned to 15 genera distributed in 11 families and five orders. The Oscillatoriales order was the most representative among all (69.3%, 28 populations), followed by the Synechococcales (19.5%, eight populations). The 16S rRNA phylogenetic analysis revealed the presence of cryptotaxa, which, despite morphologically ressembling previously described taxa, formed separated clades, suggesting not yet acknowledged taxa. That was the case of 13 populations studied. Some of these cryptotaxa were deeper evaluated in three manuscripts presented here as chapters and described as the new genera and species Koinonema pervagatum (Chapter III) and Blennothricopsis periphytica (Chapter IV), the description of three new species from the Phormidium genus (Chapter V) and the first record of a benthic microcystin producing cyanobacteria in the São Paulo state. Although the toxic genotypes prospection using specific molecular markers for the mcyE and sxtA genes, responsible for microcystin and saxitoxin production, respectively, revealed only one toxic strain, it demonstrates a positive result regarding the impact caused by toxic cyanobacterial strains in waters for public use worldwide. However, it highlights the importance of studies on potentially toxic benthic cyanobacterial communities, still little explored in Brazil.

With an adoption of modern methods of polyphasic approach to the study of cyanobacteria, an increased demand for the revision of the traditional taxonomy has emerged. This thesis is devoted to the systematic revisions of selected terrestrial cyanobacteria at several taxonomic levels. The methodology included thorough morphological characterization of cultured cyanobacterial strains using light and electron microscopy complemented with analyses of the molecular data: DNA sequencing, phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene and the adjacent 16S-23S ITS region, and comparison of the predicted secondary structures of this region. Descriptions of new species, genera, families and an in-depth characterization of a previously poorly known family were achieved.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:03:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3705_1.pdf: 1739643 bytes, checksum: d5c033b4b7bcbc4ee46e7a8e20bbe0df (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A emergência do Vibrio cholerae sorogrupo O139 como um segundo agente etiológico da cólera serviu de alerta para o surgimento de outros clones epidêmicos que possam passar despercebidos pelos métodos tradicionais de diagnóstico da cólera, geralmente baseados no uso de antissoro contra o sorogrupo O1 tradicional. Em estudos prévios, a partir da análise de 179 cepas de V. cholerae não-O1/não-O139 isoladas de casos clínicos de cólera no Brasil, foram selecionadas sete cepas de V. cholerae O26, e outra cepa de sorogrupo não tipável (17155), que possuíam genes de virulência associados ao desenvolvimento desta enfermidade. Destas, duas cepas (4756 e 17155) possuíam o gene rfb, específico do sorogrupo O1, sugerindo serem genotipicamente deste sorogrupo, e também expressaram a toxina colérica (CT) em cultura. Este trabalho buscou uma análise genética mais detalhada destas oito cepas comparando a classificação sorológica com outros marcadores moleculares. Neste sentido foi realizada a amplificação, clonagem e seqüenciamento da região espaçadora ribossomal 16S-23S (ISR) de diferentes operons de V. cholerae. A partir da análise da seqüência de cinco grupos de operons distintos (de um total de 210 clones seqüenciados), foram construídas três árvores filogenéticas em que as cepas 4756 e 17155 ficaram agrupadas no mesmo clado com cepas O1 controle, e as demais cepas O26 foram agrupadas separadamente. Conclui-se, desta forma, que as cepas 4756 e 17155 são filogeneticamente do sorogrupo O1 e a diferença nos resultados de sorologia pode ser uma conseqüência de soroconversão provocada por mudanças em genes de biossíntese do antígeno O

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Ribosomal RNA is normally a stable molecule in bacterial cells with negligible turnover. Antibiotics which impair ribosomal subunit assembly promote the accumulation of subunit intermediates in cells which are then degraded by ribonucleases. It is predicted that cells expressing one or more mutated ribonucleases will degrade the antibiotic-bound particle less efficiently, resulting in increased sensitivity to the antibiotic. To test this, eight ribonuclease-deficient strains of Escherichia coli were grown in the presence or absence of azithromycin. Cell viability and protein synthesis rates were decreased in these strains compared with wild type cells. Degradation of 23S rRNA and recovery from azithromycin inhibition were examined by 3H-uridine labeling and by hybridization with a 23S rRNA specific probe. Mutants defective in ribonuclease II and polynucleotide phosphorylase demonstrated hypersensitivity to the antibiotic and showed a greater extent of 23S rRNA accumulation and a slower recovery rate. The results suggest that these two ribonucleases are important in 23S rRNA turnover in antibiotic-inhibited E. coli cells.

There is strong crystallographic evidence that the 23S rRNA is the only catalytic entity in the peptidyl transferase center. Various mechanisms for the catalysis of peptidyl transfer have been proposed. Recently, attention has been given to the idea that the 23S rRNA simply acts to position the tRNA for spontaneous peptidyl transfer and that chemical catalysis may play only a secondary role. Conserved nucleotides U2585 and U2506 are thought to be involved in positioning the 3’ ends of A- and P-site substrates based on the crystallographic evidence, and because mutagenesis at these sites severely impairs peptide bond formation. In this study, pure populations of ribosomes with either U2585A or U2506G mutations in the 23S rRNA were analyzed to test the hypothesis that substitutions at nucleotides U2585 and U2506 in the peptidyl transferase center impair peptide bond formation by altering the position of the 3’ end of P-site tRNA relative to the 23S rRNA. Pure populations of mutant or wild-type ribosomes were obtained by an affinity tagging system and probed with 32P-labeled [2N3A76]tRNAPhe to determine how the 3’ end of tRNA interacts with the ribosomal proteins and 23S RNA at the peptidyl transferase center. Some of the data for the ribosomes with a G at position 2506 are consistent with a model suggested by Schmeing and coworkers in which nucleotide U2506 breaks from its original wobble base pair with nucleotide G2583 during A-site tRNA binding and swings towards the 3’ end of P-site tRNA, while nucleotide U2585 simultaneously moves away from the 3’ end of P-site tRNA.