The interaction of host-cell nucleic acid-binding proteins with the genomes of positive-stranded RNA viruses is known to play a role in the translation and replication of many viruses. To date, however, the characterisation of similar interactions with the genomes of members of the Caliciviridae family has been limited to in vitro binding analysis. In this study, feline calicivirus (FCV) and murine norovirus (MNV) have been used as model systems to identify and characterise the role of host-cell factors that interact with the viral RNA and RNA structures that regulate virus replication. It was demonstrated that RNA-binding proteins such as polypyrimidine tract-binding protein (PTB), poly(C)-binding proteins (PCBPs) and La protein interact with the extremities of MNV and FCV genomic and subgenomic RNAs. PTB acted as a negative-regulator in FCV translation and is possibly involved in the switch between translation and replication during the late stages of the infection, as PTB is exported from the nucleus to the cytoplasm, where calicivirus replication takes place. Furthermore, using the MNV reverse-genetics system, disruption of 5' end stem-loops reduced infectivity ~15-20 fold, while disruption of an RNA structure that is suspected to be part of the subgenomic RNA synthesis promoter and an RNA structure at the 3' end completely inhibited virus replication. Restoration of infectivity by repair mutations in the subgenomic promoter region and the recovery of viruses that contained repressor mutations within the disrupted structures, in both the subgenomic promoter region and the 3' end, confirmed a functional role for these RNA secondary structures. Overall this study has yielded new insights into the role of RNA structures and RNA-protein interactions in the calicivirus life cycle.

Σκοπός της συγκεκριμένης μελέτης είναι η δημιουργία ενός οχήματος βασισμένου στον ιό FV το οποίο να περιέχει το στοιχείο S/MAR 2000. Το όχημα αυτό θα περιέχει το γονίδιο αναφοράς GFP (green fluorescent protein), υπό τον υποκινητή Mscv και το στοιχείο S/MAR2000 στην αντίστροφη κατεύθυνση (pDFMscvF.SMAR2000r) με σκοπό τη μείωση του κινδύνου της παράπλευρης ενεργοποίησης γονιδίων στο σημείο ενσωμάτωσης των φορέων FV. Έπειτα θα πραγματοποιηθεί εισαγωγή του οχήματος pDFMscvF.SMAR2000r, παρουσία του στοιχείου S/MAR σε κύτταρα 293T για την παραγωγή vector stocks και εισαγωγή αυτών σε κύτταρα Ηela για τη μελέτη της δράσης του οχήματος που κατασκευάσαμε. Η ανάλυση της έκφρασης του γονιδίου αναφοράς GFP στα κύτταρα αυτά θα γίνει με τη χρήση της κυτταρομετρίας ροής. / -

L’infection par le virus du Chikungunya est devenu en quelques années un problème de santé publique. D’abord limitée dans les régions tropicales et subtropicales, la diffusion mondiale du vecteur de l’infection couplée à la migration humaine et aux adaptations du virus contribue à la survenue de phénomènes épidémiques fréquents et touchant de nombreux territoires jusqu’aux pays tempérés. Dans les prochaines décades, la population des 65 ans ou plus sera probablement largement impactée lors des épidémies. Les conséquences de la maladie dans cette population est méconnu du fait de l’absence de données d’observation disponibles. Or, les spécificités de cette population sont connues (risque de comorbidité associée, immunosenescence, modifications physiologiques affectant le système rénal, cardiaque, pulmonaire…) et influencent fortement son mode de réponse et sa capacité à supporter un épisode infectieux. A travers l’observation et le suivi de la cohorte ChikOld constituée de 687 sujets âgés de 65 ans ou plus ayant contracté ou non la maladie en 2014, nous avons mis en évidence que les outils d’aide au diagnostic élaborés dans une population d’adultes jeunes avaient des performances médiocres dans la population âgée. Nous avons également pu mettre en évidence que les tableaux cliniques habituellement décrits de la maladie ne sont pas ceux observés le plus fréquemment dans une population de sujets de 65 ans ou plus. Ces observations ont abouti à l’élaboration un outil d’aide au diagnostic (score) spécifique à cette population. De nombreuses questions subsistent concernant cette infection, notamment sur les conséquences à moyen et long terme, sachant les conséquences en phase aiguë et l’existence de formes chroniques. Une étude préliminaire que nous avons conduit suggère l’absence de surmortalité à moyen terme (un an) et la majoration de la dépendance dans les suites d’une infection par le virus du Chikungunya. D’autres travaux seront nécessaires pour caractériser la forme habituelle de la maladie chez les sujets âgés ainsi que pour mieux appréhender les conséquences à moyen et long terme concernant la mortalité et la dépendance. / Chikungunya virus infection is an emergent arthropod-borne alpha-virus transmitted by mosquito bites, and causes fever with debilitating arthritic illness. Chikungunya virus infection is still considered as an emerging public health problem in both tropical and temperate regions. The presence of favourable conditions in temperate regions has enabled propagation of the vector, leading to the emergence of the first autochthonous cases of CHIKV in Europe and the USA. Older people may be particularly concerned about infection during an outbreak. CVhikungunya virus infection prevalence rates are not fully known, and vary from 18% to 48% The use of predictive scores would thus be very helpful in this situation. We have showed that predictive scores developed in young population have poor diagnostic performances in elderly population. In fact, the populations described in observational studies of chikungunya virus infection were predominantly young subjects. Clinical and epidemiological data in older subjects (aged 65 and over) are sparse. The mortality and morbidity related to infection in elderly people is poorly documented. We showed that the usual clinical expression of CHIKV infection is different in elderly subjects (absence of fever, arthralgia or both). We have developed and validated a new Chikungunya virus infection screening score specifically for use in the aged population.Some questions remain, in particular concerning mid- or long-term consequences of infection in elderly people. In a preliminary study, we have showed that the mid-term mortality rate of aged people infected by Chikungunya was lower than that of uninfected aged people.We need to continue our work on this thematic to explore more precisely the consequences of chikungunya virus infection in elderly people (mid- and long-term mortality, loss of autonomy, chronic form…).