Les chauves-souris (Chiroptera) sont reconnues comme réservoirs naturels de nombreux microorganismes, dont certains pathogènes, responsables de maladies sévères chez l’homme. À ce jour, plus de 1 300 espèces de chauves-souris, aux habitats et comportements sociaux multiples, ont été décrites. Cette grande diversité d’espèces reflète l’importante diversité des caractéristiques biologiques, de l’histoire évolutive et de la capacité d’adaptation de cet ordre. Les études immunobiologiques laissent à penser que ces animaux présentent des stratégies antimicrobiennes plus efficientes que les autres mammifères, influencées par leurs caractéristiques spécifiques et par les contraintes pathogéniques associées aux environnements. L’objectif de cette thèse était de mieux comprendre, en utilisant la diversité virale et la circulation du virus rabique comme proxy, comment les contraintes bioécologiques, liées à la phylogénie de l’hôte et à son environnement, pouvaient impacter la diversité virale des chauves-souris, et subséquemment, induire une adaptation locale des gènes de l’immunité. L’ensemble des résultats obtenus montre que les composantes environnementales sont des facteurs clés des diversités virales et immunitaires. Associées aux caractéristiques spécifiques, elles jouent un rôle dans le maintien de ces diversités et déterminent les capacités d'adaptation des chauves-souris. Les processus démographiques semblent également contribuer au maintien des virus dans un environnement donné. Ce travail apporte des éléments de compréhension des mécanismes de maintien et de mise en place des diversités virales et immunitaires qui influencent l'adaptation locale des chauves-souris. / Bats belong to the order Chiroptera and are the only mammals capable of true flight. They are recognized as excellent biodiversity indicators. Furthermore, these animals have been described as natural reservoirs and source of infection for several microorganisms, including pathogens responsible for severe human diseases. Currently, more than 1,300 different bat species are described with different habitats and sociality, reflecting a high diversity of bioecological features, life histories and adaptation capacity. Immunobiological studies suggest that bats present more effective anti-microbial strategies highly influenced by their biological traits as well as by the environmental-associated pathogen pressures. The aim of this thesis was to better understand, using viral diversity and circulation of the rabies virus as a proxy, how bioecological constraints related to the phylogeny and the environment where they evolve, could impact the diversity of hosted viral communities and subsequently induce a local adaptation of immune genes. Altogether, the results obtained during this thesis showed that environmental components were key factors of both viral and immune diversities. Associated with species characteristics, environment plays a key role in shaping both diversities and determines the adaptation ability of bats. Nevertheless, demographic processes should not be overshadowed as they seem to contribute to the maintenance of viruses in a given environment. This work sheds light on the mechanisms maintaining and shaping both viral and immune diversities and subsequently influencing the local adaptation of bats