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Description et classification des masses mammaires pour le diagnostic du cancer du sein / Description and classification of breast masses for the diagnosis of breast cancer

Kachouri, Imen 27 June 2012 (has links)
Le diagnostic assisté par ordinateur du cancer du sein devient de plus en plus une nécessité vu la croissance exponentielle du nombre de mammographies effectuées chaque année. En particulier, le diagnostic des masses mammaires et leur classification suscitent actuellement un grand intérêt. En effet, la complexité des formes traitées et la difficulté rencontrée afin de les discerner nécessitent l'usage de descripteurs appropriés. Dans ce travail, des méthodes de caractérisation adaptées aux pathologies mammaires sont proposées ainsi que l'étude de différentes méthodes de classification est abordée. Afin de pouvoir analyser les formes des masses, une étude concernant les différentes techniques de segmentation est réalisée. Cette étude nous a permis de nous orienter vers le modèle du level set basé sur la minimisation de l'énergie de la région évolutive. Une fois les images sont segmentées, une étude des différents descripteurs proposés dans la littérature est menée. Cependant, ces propositions présentent certaines limites telles que la sensibilité au bruit, la non invariance aux transformations géométriques et la description générale et imprécise des lésions. Dans ce contexte, nous proposons un nouveau descripteur intitulé les points terminaux du squelette (SEP) afin de caractériser les spiculations du contour des masses tout en respectant l'invariance à l'échelle. Un deuxième descripteur nommé la sélection des protubérances (PS) est proposé. Il assure de même le critère d'invariance et la description précise de la rugosité du contour. Toutefois, le SEP et le PS sont sensibles au bruit. Une troisième proposition intitulée le descripteur des masses spiculées (SMD) assurant une bonne robustesse au bruit est alors réalisée. Dans l'objectif de comparer différents descripteurs, une étude comparative entre différents classifieurs est effectuée. Les séparateurs à vaste marge (SVM) fournissent pour tous les descripteurs considérés le meilleur résultat de classification. Finalement, les descripteurs proposés ainsi que d'autres couramment utilisés dans le domaine du cancer du sein sont comparés afin de tester leur capacité à caractériser convenablement le contour des masses en question. La performance des trois descripteurs proposés et notamment le SMD est mise en évidence à travers les comparaisons effectuées. / The computer-aided diagnosis of breast cancer is becoming increasingly a necessity given the exponential growth of performed mammograms. In particular, the breast mass diagnosis and classification arouse nowadays a great interest. Indeed, the complexity of processed forms and the difficulty to distinguish between them require the use of appropriate descriptors. In this work, characterization methods suitable for breast pathologies are proposed and the study of different classification methods is addressed. In order to analyze the mass shapes, a study about the different segmentation techniques in the context of breast mass detection is achieved. This study allows to adopt the level set model based on minimization of region-scalable fitting energy. Once the images are segmented, a study of various descriptors proposed inthe literature is conducted. Nevertheless, these proposals have some limitations such as sensitivity to noise, non invariance to geometric transformations and imprecise and general description of lesions. In this context, we propose a novel descriptor entitled the Skeleton End Points descriptor (SEP) in order to better characterize spiculations in mass contour while respecting the scale invariance. A second descriptor named the Protuberance Selection (PS) is proposed. It ensures also the same invariance criterion and the accurate description of the contour roughness. However, SEP and PS proposals are sensitive to noise. A third proposal entitled Spiculated Mass Descriptor (SMD) which has good robustness to noise is then carried out. In order to compare different descriptors, a comparative study between different classifiers is performed. The Support Vector Machine (SVM) provides for all considered descriptors the best classification result. Finally, the proposed descriptors and others commonly used in the breast cancer field are compared to test their ability to characterize the considered mass contours.
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A NOVEL ROLE FOR THE TUMOR-SUPPRESSOR PAR-4 IN REGULATION OF ADIPOGENESIS AND OBESITY

Sledziona, James 01 January 2018 (has links)
Prostate Apoptosis Response-4 (Par-4) is a conserved and ubiquitous tumor-suppressor factor which can selectively induce apoptosis in tumor cells, while leaving normal cells unaffected. While Par-4 is well established as a tumor-suppressor, there have yet been no formal investigations as to whether it has a physiologic role in normal tissues. Early observations of Par-4 knockout mouse lines yielded that the adult mice displayed significant weight gain and fat accumulation compared to their wild-type counterparts while on a conventional chow diet. Interestingly, obese mouse and human subjects were found to exhibit reduced expression of Par-4 in adipose tissue as well as lower levels of secreted Par-4 in their plasma, compared to samples collected from lean human subjects. Subsequent in vitro experiments would show that loss of Par-4 has significant impact upon adipogenesis. Mechanistically, Par-4 loss during adipogenesis in cell culture correlated inversely with expression of the adipogenic transcription factor PPARγ. Subsequent experiments would demonstrate that Par-4 transcriptionally represses PPARγ at the promoter level. Thereby, we conclude that Par-4 regulates adipogenesis and lipid accumulation through transcriptional repression of the PPARγ promoter. This research utilizes novel models and may be used as the basis for Par-4-mediated therapies for obesity and metabolic disease.
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A formal approach for correct-by-construction system substitution

Babin, Guillaume 06 July 2017 (has links) (PDF)
Safety-critical systems depend on the fact that their software components provide services that behave correctly (i.e. satisfy their requirements). Additionally, in many cases, these systems have to be adapted or reconfigured in case of failures or when changes in requirements or in quality of service occur. When these changes appear at the software level, they can be handled by the notion of substitution. Indeed, the software component of the source system can be substituted by another software component to build a new target system. In the case of safety-critical systems, it is mandatory that this operation enforces that the new target system behaves correctly by preserving the safety properties of the source system during and after the substitution operation. In this thesis, the studied systems are modeled as state-transition systems. In order to model system substitution, the Event-B method has been selected as it is well suited to model such state-transition systems and it provides the benefits of refinement, proof and the availability of a strong tooling with the Rodin Platform. This thesis provides a generic model for system substitution that entails different situations like cold start and warm start as well as the possibility of system degradation, upgrade or equivalence substitutions. This proposal is first used to formalize substitution in the case of discrete systems applied to web services compensation and allowed modeling correct compensation. Then, it is also used for systems characterized by continuous behaviors like hybrid systems. To model continuous behaviors with Event-B, the Theory plug-in for Rodin is investigated and proved successful for modeling hybrid systems. Afterwards, a correct substitution mechanism for systems with continuous behaviors is proposed. A safety envelope for the output of the system is taken as the safety requirement. Finally, the proposed approach is generalized, enabling the derivation of the previously defined models for web services compensation through refinement, and the reuse of proofs across system models.
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Élaboration de matériaux pour microbatterie 3D Li-ion par dépôt de couches atomiques (ALD) et caractérisations structurales operando / Elaboration and in operando stuctural characterizations of a 3D microbattery made of thin films deposited by atomic layer deposition (ALD)

Létiche, Manon 15 December 2016 (has links)
Afin de subvenir aux besoins énergétiques des nouvelles technologies électroniques nomades et miniatures, le développement de microdispositifs de stockage électrochimique d’énergie suffisamment performants telles que les microbatteries (MB) Li-ion est nécessaire. Pour ce faire, l’élaboration de MB Li-ion en topologie tridimensionnelle est une voie attractive qui permet le déploiement de surface spécifique tout en conservant l’empreinte surfacique initiale (de l’ordre du mm2), exacerbant ainsi la densité d’énergie délivrée par la MB. Cette solution est rendue possible grâce au développement de technique de dépôt couches minces telle que l’ALD qui est capable de réaliser des dépôts conformes. Dans le cadre de cette thèse, un électrolyte solide (Li3PO4) a été développé et optimisé de façon conforme, par ALD, sur un substrat de silicium structuré au préalable par des techniques de micro-fabrication. Une électrode positive de type spinelle (LiMn1.5Ni0.5O4) a également été élaborée par pulvérisation cathodique RF. Les performances ont été optimisées en fonction des paramètres de dépôt sur un substrat Si/Al2O3/Pt. Une capacité volumique de 63 µAh.cm-2.µm-1 a ainsi été mesurée pour un dépôt de 420 nm à 0,01 mbar recuit sous air à 700°C. Enfin, un prototype de cellule électrochimique en vue d’un suivi in situ/operando par DRX d’une électrode en couche mince, a été proposé. / In order to address the demand on energetic needs to sustain nomad and miniaturized electronic devices, micro-devices performance for energy storage such as Li-ion microbatteries (MB) have to be improved. An attractive way to meet the required performance consists in using 3D topology increasing the specific surface while keeping the initial surface footprint (in the mm2 range) which is significantly enhancing the delivered energy density of the MB. The development of thin film technologies such as ALD enabling conformal deposition makes it possible. In the framework of this thesis, a solid electrolyte (Li3PO4) has been developed and optimized by ALD, on a 3D micro-architectured silicon substrate obtained by microfabrication techniques. A positive electrode (LiMn1.5Ni0.5O4) has also been developed and optimized as a function of the deposition parameter by RF sputtering deposition on a Si/Al2O3/Pt substrate. A volumetric capacity of 63 µAh.cm-2.µm-1 has been measured for a film of 420 nm thick obtained at 0.01 mbar and then annealed at 700°C under air atmosphere. Finally, a prototype has been proposed to realize an electrochemical cell for the purpose of in situ/operando follow-up by XRD of a thin film electrode deposited on silicon substrate.
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Simulations and applications of large-scale k-determinantal point processes / Simulations et applications des k-processus ponctuels déterminantaux

Wehbe, Diala 03 April 2019 (has links)
Avec la croissance exponentielle de la quantité de données, l’échantillonnage est une méthode pertinente pour étudier les populations. Parfois, nous avons besoin d’échantillonner un grand nombre d’objets d’une part pour exclure la possibilité d’un manque d’informations clés et d’autre part pour générer des résultats plus précis. Le problème réside dans le fait que l’échantillonnage d’un trop grand nombre d’individus peut constituer une perte de temps.Dans cette thèse, notre objectif est de chercher à établir des ponts entre la statistique et le k-processus ponctuel déterminantal(k-DPP) qui est défini via un noyau. Nous proposons trois projets complémentaires pour l’échantillonnage de grands ensembles de données en nous basant sur les k-DPPs. Le but est de sélectionner des ensembles variés qui couvrent un ensemble d’objets beaucoup plus grand en temps polynomial. Cela peut être réalisé en construisant différentes chaînes de Markov où les k-DPPs sont les lois stationnaires.Le premier projet consiste à appliquer les processus déterminantaux à la sélection d’espèces diverses dans un ensemble d’espèces décrites par un arbre phylogénétique. En définissant le noyau du k-DPP comme un noyau d’intersection, les résultats fournissent une borne polynomiale sur le temps de mélange qui dépend de la hauteur de l’arbre phylogénétique.Le second projet vise à utiliser le k-DPP dans un problème d’échantillonnage de sommets sur un graphe connecté de grande taille. La pseudo-inverse de la matrice Laplacienne normalisée est choisie d’étudier la vitesse de convergence de la chaîne de Markov créée pour l’échantillonnage de la loi stationnaire k-DPP. Le temps de mélange résultant est borné sous certaines conditions sur les valeurs propres de la matrice Laplacienne.Le troisième sujet porte sur l’utilisation des k-DPPs dans la planification d’expérience avec comme objets d’étude plus spécifiques les hypercubes latins d’ordre n et de dimension d. La clé est de trouver un noyau positif qui préserve le contrainte de ce plan c’est-à-dire qui préserve le fait que chaque point se trouve exactement une fois dans chaque hyperplan. Ensuite, en créant une nouvelle chaîne de Markov dont le n-DPP est sa loi stationnaire, nous déterminons le nombre d’étapes nécessaires pour construire un hypercube latin d’ordre n selon le n-DPP. / With the exponentially growing amount of data, sampling remains the most relevant method to learn about populations. Sometimes, larger sample size is needed to generate more precise results and to exclude the possibility of missing key information. The problem lies in the fact that sampling large number may be a principal reason of wasting time.In this thesis, our aim is to build bridges between applications of statistics and k-Determinantal Point Process(k-DPP) which is defined through a matrix kernel. We have proposed different applications for sampling large data sets basing on k-DPP, which is a conditional DPP that models only sets of cardinality k. The goal is to select diverse sets that cover a much greater set of objects in polynomial time. This can be achieved by constructing different Markov chains which have the k-DPPs as their stationary distribution.The first application consists in sampling a subset of species in a phylogenetic tree by avoiding redundancy. By defining the k-DPP via an intersection kernel, the results provide a fast mixing sampler for k-DPP, for which a polynomial bound on the mixing time is presented and depends on the height of the phylogenetic tree.The second application aims to clarify how k-DPPs offer a powerful approach to find a diverse subset of nodes in large connected graph which authorizes getting an outline of different types of information related to the ground set. A polynomial bound on the mixing time of the proposed Markov chain is given where the kernel used here is the Moore-Penrose pseudo-inverse of the normalized Laplacian matrix. The resulting mixing time is attained under certain conditions on the eigenvalues of the Laplacian matrix. The third one purposes to use the fixed cardinality DPP in experimental designs as a tool to study a Latin Hypercube Sampling(LHS) of order n. The key is to propose a DPP kernel that establishes the negative correlations between the selected points and preserve the constraint of the design which is strictly confirmed by the occurrence of each point exactly once in each hyperplane. Then by creating a new Markov chain which has n-DPP as its stationary distribution, we determine the number of steps required to build a LHS with accordance to n-DPP.
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Modélisation et optimisation sur cycle d'une génératrice doublement saillante faible vitesse de rotation pour hydrolienne. / Modeling and optimization of a low speed doubly salient permanent magnet machine for tidal application

Alli, Soklni-Sita 28 June 2019 (has links)
Cette étude traite d’une machine doublement saillante à aimants permanents, utilisée en entraînement direct pour application hydrolienne. Dans un premier temps, différentes approches technologiques utilisées pour l’exploitation hydrolienne sont passées en revue. Ensuite, la génératrice est modélisée par approche circuit. Cette méthode permet de tenir compte de la saturation magnétique et de la variation d’entrefer, tout en offrant un compromis intéressant entre la précision des résultats et le temps de simulation. Le modèle de la DSPM est ensuite couplé avec son convertisseur. Un modèle thermique est également mis en place. Ce modèle est ensuite utilisé pour optimiser simultanément la denture de la DSPM et les paramètres de la commande afin de maximiser le couple et de réduire ses ondulations, importantes dans les machines à saillance. Les paramètres de commande sont également optimisés sur un cycle hydrolien. Le premier critère à minimiser sur cycle concerne les ondulations de couple. Les pertes Joule sont ensuite rajoutées comme second critère. Des fronts de Pareto sont alors déduits et analysés. Finalement, des essais à vide et en charge sur un prototype 2 kW, 50 tr/min ont permis de valider le modèle théorique développé. / This study deals with a doubly salient permanent magnet machine, used in direct drive for tidal application. First, different technological approaches used for tidal power generation are reviewed. Then, the generator is modelled by circuit approach. This method allows for magnetic saturation and airgap variation to be taken into account, while offering an interesting compromise between the accuracy of the results and the simulation time. The DSPM model is then coupled with its converter. A thermal model is also implemented. This model is then used to optimize simultaneously the DSPM teeth and its control parameters in order to maximize the torque and reduce its ripples which are important in salient machines. The control parameters are also optimized on a tidal cycle. The first criterion to be minimized on cycle is the torque ripples. Joule losses are added as a second criterion and Pareto fronts are deduced and analyzed. Finally, tests at no-load and also at load operations on a prototype 2 kW, 50 rpm validate the theoretical model developed
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Microcapsules multicouches à base d'acide hyaluronique comme transporteurs potentiels de médicaments: synthèse, caractérisation et optimisation de propriétés

Szarpak, Anna 26 May 2009 (has links) (PDF)
Les microcapsules de polyélectrolytes préparées par dépôt couche-par-couche suscitent depuis plusieurs années un intérêt croissant lié à leurs applications potentielles dans divers domaines, notamment ceux des biotechnologies et de la libération contrôlée de médicaments. L'objectif de ce travail était de développer de nouvelles microcapsules à base d'acide hyaluronique (HA), un polysaccharide biocompatible et biodégradable. La première partie de ce travail a consisté à optimiser les conditions de synthèse de microcapsules à partir de HA et de poly(allylamine) (PAH). Le PAH a par la suite été remplacé par des polymères biocompatibles : la poly(L-lysine (PLL), ou un dérivé quaternisé du chitosane (QCH). L'influence du partenaire polycationique sur la morphologie, ainsi que les propriétés de stabilité, perméabilité et de dégradation enzymatique des capsules a été analysée. L'encapsulation d'un dextrane comme médicament modèle a par ailleurs été démontrée.
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Call by need computations in orthogonal term rewriting systems

Durand, Irène 01 July 2005 (has links) (PDF)
Ce document décrit mon travail de recherche et programmation en informatique effectué entre 1990 et 2005.<br />Tout ce travail s'inscrit dans le cadre des systèmes de réécriture de termes et des stratégies "appel-par-valeur". Il est à la fois théorique et pratique; la plupart des notions et algorithmes étudiés ont été implémenté dans le logiciel Autowrite.<br /><br />Ce document est une opportunité de présenter tous nos travaux dans ce domaine (publiés ou non) dans un cadre uniforme.<br />Du fait de la non limitation du nombre de pages, cette présentation contient plus de détails et d'exemples qu'on ne peut généralement en donner dans une publication classique.
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Ecoulements et transferts thermiques en convection naturelle dans les milieux macro-poreux alimentaires application aux refrigerateurs menagers

Ben amara, Sami 02 1900 (has links) (PDF)
L'étude porte sur les écoulements et les transferts en convection naturelle au sein d'empilements de produits alimentaires et plus particulièrement dans des réfrigérateurs ménagers. L'approche est à la fois expérimentale et numérique. Une première étude a été effectuée dans un empilement ordonné de sphères soumis à une convection à faible vitesse d'air (u<0.2 ms-1). L'intensité des échanges convectifs entre les objets et l'air ainsi qu'entre la paroi de la cavité et l'air a été caractérisée en fonction de la position et de la vitesse. Par ailleurs, les résultats ont montré que les autres modes de transfert (conduction et rayonnement entre les objets et avec les parois) sont du même ordre de grandeur que la convection. Des mesures de vitesse d'air (par vélocimétrie par images de particules) et de température ont été effectuées dans une enceinte fermée représentant une maquette d'un réfrigérateur ménager (à l'échelle 1) dans différentes configurations (maquette vide, maquette chargée d'empilement de produits inertes thermiquement et de produits échangeant de la chaleur). Des instationnarités dans le bas de l'enceinte vide ont été mis en évidence (Ra" 3´108). La présence d'empilements d'objets (même inerte thermiquement) modifie de façon importante les écoulements et les transferts. Les simulations numériques effectuées avec un logiciel de mécanique de fluide pour les différentes configurations étudiées sur la maquette et dans le cas d'un réfrigérateur réel ont donné des prédictions satisfaisantes en comparaison avec les mesures expérimentales. Mots clés: milieu macro-poreux, convection naturelle, coefficient de transfert convectif, conduction, rayonnement, réfrigérateur ménager, simulations numérique (CFD).
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Descripteurs 2D et 2D+t de points d'intérêt pour des appariements robustes

Grand-Brochier, Manuel 18 November 2011 (has links) (PDF)
De nos jours les méthodes de vision par ordinateur sont utilisées dans de nombreuses applications telles que la vidéo-surveillance, l'aide à la conduite ou la reconstruction 3D par exemple. Ces différentes applications s'appuient généralement sur des procédés de reconnaissance de formes ou de suivi. Pour ce faire, l'image est analysée afin d'en extraire des amers ou des primitives (contours, fonctions d'intensité ou modèles morphologiques). Les méthodes les plus courantes s'appuient sur l'utilisation de points d'intérêt représentant une discontinuité des niveaux de gris caractérisant un coin dans une image. Afin de mettre en correspondance un ensemble de points d'une image à une autre, une description locale est utilisée. Elle permet d'extraire l'information du voisinage de chaque point (valeurs des pixels, des intensités lumineuses, des gradients). Dans le cas d'applications telles que la vidéo-surveillance ou les caméras embarquées, l'ajout d'une information temporelle est fortement recommandé. Cette généralisation est utilisée au sein du laboratoire pour des projets de type véhicules intelligents (CyCab : véhicule intelligent, VELAC : VEhicule du Lasmea pour l'Aide à la Conduite). Les travaux de recherche présentés dans ce mémoire ont pour objectif de mettre en oeuvre différents outils de détection, description et mise en correspondance de points d'intérêt. Un certain nombre de contraintes a été établi, notamment l'utilisation d'images en niveaux de gris, la robustesse et l'aspect générique de la méthode. Dans un premier temps, nous proposons une analyse bibliographique des méthodes existantes. Cette dernière permet en effet d'en déduire les paramètres de mise en oeuvre ainsi que les principaux avantages et inconvénients. Nous détaillons par la suite la méthode proposée. La détection des primitives repose sur l'utilisation du détecteur fast-hessien que nous optimisons. L'utilisation d'une description locale basée sur des histogrammes de gradients orientés (HOG) est très répandue et procure de très bons résultats. Nous proposons de compléter son utilisation par un recalage et une mise à l'échelle d'un masque d'analyse elliptique créant ainsi une nouvelle forme de description locale (E-HOG). La mise en correspondance des points d'intérêt se base quant à elle sur une approche par corrélation à laquelle nous ajoutons un coefficient de sélection ainsi qu'une étape de suppression des doublons. Les différents résultats validant notre approche s'appuient sur l'utilisation de transformations synthétiques (vérité terrain) ou réelles. Nous proposons également une généralisation de notre approche au domaine spatiotemporel, permettant ainsi d'élargir son domaine d'utilisation. Le masque d'analyse précédemment cité est modifié et s'appuie donc sur l'utilisation d'ellipsoïdes. Les tests de validation reposent d'une part sur des séquences vidéo ayant subi des transformations synthétiques et d'autre part sur des séquences réelles issues de la plate-forme PAVIN (Plate-forme d'Auvergne pour Véhicules Intelligents).

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