La simulation informatique est un outil incontournable dans les sciences expérimentales. La puissance de calcul croissante des ordinateurs associée au parallélisme et aux avancées dans la modélisation mathématique des phénomènes physiques permet de réaliser virtuellement des expériences de plus en plus complexes. De plus, l'émergence de la programmation GPU a considérablement accru la qualité et la rapidité de l'affichage. Ceci a permis de démocratiser la visualisation sous forme graphique des résultats de simulation. La visualisation scientifique peut être passive : l'utilisateur peut suivre l'évolution de la simulation ou bien observer ses résultats après que le calcul soit terminé. Elle peut aussi être interactive lorsque le chercheur peut agir sur la simulation alors qu'elle se déroule. Créer de telles applications complexes n'est cependant pas à la portée de tout scientifique non informaticien. La programmation par composants est, depuis des années, mise en avant comme une solution à ce problème. Elle consiste à construire des applications en interconnectant des programmes exécutant des tâches élémentaires. Ce mémoire présente un modèle de composants et une méthode de composition d'applications de visualisation scientifique interactive. Elle s'intéresse, en particulier, à la conciliation de deux contraintes majeures dans la coordination de ces applications : la performance et la cohérence.

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Les galectines sont une famille de protéines cytosoliques possédant au moins un domaine de reconnaissance du carbohydrate (CRD) d'environ 130 acides aminés lui conférant une affinité particulière pour les β-D-galactosides. Parmi les quinze membres identifiés à ce jour chez les mammifères, la galectine-3 est unique avec un seul domaine se terminant par une chaîne peptidique capable de s'auto-associer. Alors que le rôle des galectines n'a pas été encore clairement identifié, elles semblent être impliquées dans un vaste champ d'activités biologiques allant de l'adhésion cellulaire à la réponse immunitaire et inflammatoire, ainsi qu'à l'induction de signaux. Des études récentes montrent l'implication de la galectine-3 dans la progression des tumeurs cérébrales et du colon. Ainsi, une inhibition sélective de celle-ci pourrait mener à des traitements anti-cancer et anti-métastasique. Dans le but de préparer des molécules de haute affinité pour la galectine-3, nous avons fait la synthèse de galactosides comportant des pharmacophores en position anomérique et 0-3. La catalyse par transfert de phase a permis l'insertion de thiophényles carboxyliques en position anomérique et la chimie de l'étain celle de fonctions propargyle et allyle en position 0-3 du galactose. La formation régiosélective de cycles triazoles catalysée par le cuivre, ainsi que l'utilisation de couplages peptidiques avec une variété d'amines, a permis de produire une famille de galactosides modifiés en position 0-3 et contenant divers autres pharmacophores en position anomérique. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Galectines, Galectine-3, Chimie médicinale, Cancer, D-galactose, Glycosidation, Click chemistry, Métathèse croisée, Couplage peptidique, Alkylation régiosélective, Catalyse par transfert de phase.

La communication orale a longtemps été négligée dans la didactique du français. Aux cours des dernières années, la didactique de l'oral s'est beaucoup développée (Plessis-Bélair, Lafontaine et Bergeron, 2007). D'importantes avancées ont été réalisées, entre autres en Suisse par les recherches de Dolz et Schneuwly (1998) et au Québec par l'élaboration d'un modèle didactique de la production orale par Lafontaine (2001), ce qui a permis de démontrer que l'oral s'apprend et s'enseigne. Malgré ces progrès significatifs en enseignement de l'oral, un malaise persiste toujours auprès des enseignants. En effet, plusieurs d'entre eux éprouvent un sentiment d'insécurité face à l'enseignement de l'oral, et ce, en grande partie en raison de l'évaluation de l'oral (Lafontaine et Préfontaine, 2007). La présente recherche, de type qualitatif/interprétatif et exploratoire, se veut une incursion dans le domaine peu exploré qu'est l'évaluation de l'oral, plus précisément, l'évaluation de la communication orale par les pairs. Le premier objectif de cette recherche est de décrire les pratiques d'enseignement et d'évaluation de l'oral du point de vue d'élèves de troisième secondaire. Le second objectif est de décrire les effets de l'évaluation par les pairs sur les pratiques d'expression orale d'élèves de troisième secondaire. Pour réaliser notre expérimentation, nous avons mis en oeuvre une séquence d'enseignement de l'oral (Lafontaine, 2007) qui a servi de base pour faire de l'évaluation par les pairs. Les méthodes retenues pour la saisie des données pendant l'expérimentation étaient le questionnaire, l'entrevue semi-dirigée à l'aide de questionnaires d'entrevues et l'observation de présentations orales à l'aide de grilles d'observation. L'analyse des données nous a permis de constater, du point de vue des élèves, que les pratiques d'enseignement et d'évaluation de l'oral en classe de français sont très limitées et peu fréquentes. L'analyse des données nous a également permis de constater les effets positifs de l'évaluation par les pairs lors d'évaluations d'exposés oraux. Nous avons pu remarquer qu'en enseignant l'oral aux élèves, qu'en formant ces derniers à évaluer leurs pairs et qu'en leur faisant faire de l'évaluation par les pairs lors d'ateliers formatifs et lors de pratiques, ils améliorent leurs performances à l'oral. Nous avons également pu apprendre, lors des entrevues, que les élèves disent avoir fait des apprentissages grâce à l'évaluation par les pairs et que selon eux, il est plus efficace d'aider un pair que d'être aidé par ce dernier. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Oral, Communication orale, Évaluation de l'oral, Évaluation par les pairs, Enseignement de l'oral.

Les systèmes auteurs (SA) constituent aujourd'hui des outils vitaux en ce qui a trait aux activités de conception de cours dans le domaine du Design Pédagogique (DP). Ces activités permettent d'élaborer des systèmes tuteurs dotés d'une intelligence permettant d'offrir un cadre d'apprentissage et de formation approprié. Cette activité souffre toutefois d'un manque crucial car les SA actuels ne prennent pas en compte l'utilisation de théories pertinentes auxquelles peut se référer le concepteur. Le concepteur n'est ainsi pas en mesure d'avoir accès à ces théories directement à partir du SA. Face à cela, il devient difficile de garantir l'effet de l'apprentissage, car la structure de cours conçue à l'aide des SA ne peut être correctement validée. C'est pour faire face à ces problèmes et fournir une assistance active durant le processus de DP que le présent projet nommé CIAO a été initié. Il a pour objectif de développer un outil d'assistance active basé sur l'usage d'ontologies de théories du Design Pédagogique. Dans le cadre de ce projet, nous avons axé notre attention sur la mise à la disposition du concepteur en tout temps d'une base de connaissance regroupant les théories de l'instruction, de l'apprentissage et du DP. L'accès à ces théories et au savoir qu'elles contiennent permettra à l'auteur de garantir une structure de cours fiable et efficace. Pour la mise en oeuvre, nous avons utilisé (1) une base de connaissances contenant les théories associées aux activités de Design Pédagogique; Cette base de connaissance permettra au concepteur d'explorer en tout temps les théories qu'elle contient et lui permettra d'obtenir des informations clés pour la réalisation de ses activités de DP; (2) des modèles de structures représentés sous forme de scénarios pédagogiques; Ces scénarios constituent le lien entre notre système CIAO et les SA utilisés par le concepteur. Ils pourront être analysés, validés et modifiés en vue de les rendre compatibles aux normes de construction de cours et principalement aux objectifs et attentes visés par le concepteur. L'outil développé dans le cadre de ce projet permet alors d'intégrer une assistance active basée sur des théories pertinentes du Design Pédagogique. Cette assistance est jusqu'à présent l'élément manquant dans les SA. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Assistance au Design Pédagogique, Système tuteur et ontologies, Systèmes auteurs et assistance aux concepteurs, Conception intelligente par Ontologies.

Le RadLV/VL₃ clone V-13 est un rétrovirus murin thymotrope, non défectif, fortement leucémogène et écotrope. Il induit des lymphomes des cellules T en s'intégrant dans le génome de l'hôte. Le virus peut causer une tumeur en modifiant le fonctionnement des gènes près desquels il s'est intégré. Ces intégrations, si retrouvées au même endroit dans plus d'une tumeur, définissent un site commun d'intégration. Ce projet a pour but de trouver un ou des nouveaux sites d'intégration du rétrovirus RadLV/VL₃ clone V-13. Pour ce faire, un oligonucléotide de séquence connue, nommé splinkerette, a été utilisé. L'ADN d'une souris tumorale est coupée puis une splinkerette y est ligasée. Ceci permet d'amplifier, par des réactions de PCR, les régions flanquantes aux intégrations rétrovirales. Une fois clonées, les produits des PCR sont séquencés, permettant de situer les intégrations dans le génome de la souris, qui est disponible dans les banques de données. Il est ainsi possible de repérer les gènes à proximité de l'intégration rétrovirale. Certains gènes d'intérêt ont déjà été retrouvés grâce à cette technique pour d'autres rétrovirus. Dans le cas du RadLV/VL₃, parmi une vingtaine de tumeurs et environ 70 bandes analysées, les gènes Notch l, Rasgrp1, Rorc, Lef1, Gfi1, Ncor2, Scarb1, Lfng, Mad, Myb, Ahi1, Supt4h, Bzrap1, Sept9, Fos, Jundm2, Myc, Pim1, Ccnd3, Bcl211 et Gpc3 ont été trouvés. Plusieurs de ces oncogènes n'ont jamais été associés au rétrovirus RadLV/VL₃. Deux régions potentiellement oncogéniques sur les chromosomes 7 et 11 ont été identifiées. La compréhension du fonctionnement des oncogènes permettra d'empêcher leur expression aberrante, ou d'utiliser des rétrovirus comme vecteurs dans la thérapie génique afin de corriger l'expression de gènes mutés. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : ADN, Clonage, Leucémie, Oncogène, PCR, RadLV/VL₃, Rétrovirus, Séquençage, Site commun d'intégration, Sonde radioactive, Splinkerette, Tumeur.

Dans ce mémoire, nous présentons quelques facettes de l'étude statistique des plans par regroupement, qui nous ont paru particulièrement représentatives. Comme on rencontre les méthodologies faisant appel aux plans par regroupement surtout en génétique, nommément en génétique expérimentale, où du reste ces méthodologies s'y révèlent remarquablement adéquates, nous présentons d'abord en le chapitre l, en guise de préalable à la suite du mémoire, un certain nombre d'éléments de génétique et, en particulier, nous y présentons la notion de sonde, qui est en quelque sorte une « constante », puisque cette notion est sous-jacente à toutes les méthodologies que nous présentons ici, au sens où, plus précisément, cette notion est centrale dans ce qui motive toutes ces méthodologies. Dans le chapitre 2, nous présentons le concept de complexe simplicial. Ce concept a ceci de remarquable qu'il donne lieu à des plans par regroupement grâce auxquels on peut déterminer tous les éléments positifs à partir de la donnée des groupes positifs. Nous introduisons ensuite dans le chapitre 3 une nouvelle espèce de structures, à savoir l'espèce des plans ordonnés. Nous en déduisons ensuite une formule pour l'espérance du nombre d'éléments négatifs indéterminés dans le cas des plans par regroupement ordinaires. Nous présentons aussi une méthode, que nous qualifions d'ensembliste, pour la détermination de probabilités toujours dans le cas des plans ordonnés. Nous pensons avoir détecté une faille dans le cours du raisonnement de l'auteur de cette méthode et en proposons une solution de rechange. Dans le chapitre 4, nous présentons une méthode d'estimation de l'espérance d'un certain estimateur du nombre d'éléments positifs, estimateur que nous y définissons, pour une classe particulière de plans par regroupement, à savoir la classe des plans hypercubiques. Nous présentons ensuite différentes facettes de la mise en application de l'estimateur de Monte Carlo de l'espérance de cet estimateur-là. Cette mise en application nous permet finalement dans le chapitre 5 d'obtenir des tables d'estimations de cet estimateur pour différentes valeurs des paramètres de cette classe de plans, et pour différentes valeurs du paramètre de la loi de probabilité associée. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Génomique, Complexe simplicial, Plan par regroupement, Plan ordonné, Plan hypercubique.

L'explosion actuelle de l'utilisation des applications en temps réel, telles que la téléphonie et la vidéo haute définition, fait en sorte qu'une demande croissante en bande passante existe. Or, la fibre optique offre un très grand potentiel en termes de bande passante allant physiquement jusqu'à 50 terabits par seconde par fibre optique en utilisant un multiplexage en longueurs d'onde. La commutation de rafales en optique est une nouvelle technique de commutation permettant de tirer profit des avantages de la commutation de paquets et de la commutation de circuits. Une problématique majeure est le taux de perte élevé à cause du problème de la contention. Plusieurs techniques de résolution de la contention existent, notamment la déflexion et la retransmission. Dans la première partie de ce travail, on s'intéresse à combiner dynamiquement la déflexion et la retransmission d'une manière adaptative en tenant compte de l'état du réseau. L'algorithme proposé permet d'effectuer le plus de déflexions possibles tant que celles-ci ne déstabilisent pas le réseau. Les résultats démontrent également, avec des topologies fortement connectées telles que COST239, que l'algorithme proposé permet de diminuer radicalement les pertes en utilisant un ratio de déflexion très grand. La deuxième partie de ce travail porte sur la prévention de la contention en utilisant des tables de routage optimisées. Ces tables de routage sont optimisées en utilisant un modèle graphique probabiliste utilisé en intelligence artificielle, soit un réseau bayésien. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Fibre optique, WDM, Commutation de rafales, Contention, Déflexion, Retransmission.

Un Modèle Régional du Climat (MRC) est un important outil d'analyse pour les projections sur les changements climatiques et les implications engendrées à l'échelle régionale. Dans ce cas, le MRC est piloté à ses frontières par des données qui proviennent d'un Modèle de Circulation Générale Couplé (MCGC) qui, évidemment, contiennent des erreurs. Nous cherchons à savoir si le MRC amplifie ou atténue ces erreurs, et quelles répercussions ces erreurs à grande échelle ont sur les petites échelles générées par le MRC. Cette étude analyse la réponse d'un MRC aux erreurs contenues dans les données de pilotage en utilisant le protocole expérimental appelé « Grand Frère ». Elle permet de séparer les erreurs dues au pilotage des autres erreurs du modèle et d'évaluer les petites échelles développées par un MRC. Un climat de référence est établi comme le résultat d'une simulation d'un MRC à haute résolution effectuée sur un grand domaine: il est nommé le Grand Frère Parfait (GFP). Pour introduire d'une manière contrôlée des erreurs dans les données du pilote, un ensemble de simulations d'un MRC a été réalisé sur des domaines de plus en plus grands et avec une résolution plus faible : ces simulations sont nommées les Grands Frères Imparfaits (GFI). Les données de sorties du GFI sont utilisées, après le filtrage de petites échelles, pour piloter un autre ensemble de simulations du MRC sur un domaine plus petit, nommées Petits Frères (PF). Les différences entre les statistiques climatiques des simulations du GFI et celles du GFP illustrent les erreurs contenues dans les données de pilotage. La comparaison entre les statistiques climatiques des simulations du PF et celles du GFP permet d'évaluer les erreurs du MRC imputables au pilotage avec des données imparfaites. Les résultats d'expériences effectuées sur un domaine de l'est de l'Amérique du Nord pour la saison d'hiver montrent que le PF reproduit les erreurs des grandes échelles de son GFI et corrige partiellement les erreurs de petites échelles causées par la résolution grossière du pilote. Donc, pour la période et les domaines utilisés dans cette étude, le MRC est fortement dépendant de la qualité des données de pilotage. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Modèle Régional du Climat, Données de pilotage, Expérience Grand Frère, Petites échelles, Conditions aux frontières latérales.