Thesis (M. Sc.)--Carleton University, 2004. / Includes bibliographical references (p. 147-165). Also available in electronic format on the Internet.

Thesis (M. Sc.)--Carleton University, 2004. / Includes bibliographical references (p. 119-132). Also available in electronic format on the Internet.

Mémoire (M.Ps.)--Université du Québec, 2000. / En tête du titre: Université du Québec, mémoire présenté à l'Université du Québec à Chicoutimi comme exigence partielle de la maîtrise en psychologie offerte à l'Université du Québec à Chicoutimi en vertu d'un protocole d'entente avec l'Université du Québec à Trois-Rivières. CaQCU Document électronique également accessible en format PDF. CaQCU

Thesis (M.S.P.H.)--University of Michigan, 1939.

Thèses (M.A.)--Université de Sherbrooke (Canada), 2003. / Titre de l'écran-titre (visionné le 28 août 2006). Publié aussi en version papier.

Thesis (M.S.P.H.)--University of Michigan, 1939.

Thesis (M.S.)--University of Michigan, 1989.

Thesis (Ph. D.)--Illinois State University, 1999. / Title from title page screen, viewed July 24, 2006. Dissertation Committee: Steven A. Juliano (chair), Wayne A. Riddle, Scott K. Sakaluk, Charles F. Thompson, Douglas W. Whitman. Includes bibliographical references (leaves 126-133) and abstract. Also available in print.

La plupart des espèces végétales sont des polyploïdes récents ou anciens. L’allopolyploïdisation qui résulte d’une hybridation interspécifique couplée à une duplication génomique joue un rôle fondamental dans l’évolution des plantes. Elle provoquerait des changements de l’organisation du génome et de la régulation de l’expression des gènes qui seraient à l’origine de nouvelles aptitudes de ces plantes. Dans ce contexte, l’étude des mécanismes de conciliation des réseaux parentaux de régulation des gènes semble essentielle pour définir leur rôle dans la variation de l’expression des gènes. Le genre Coffea, composé d’espèces diploïdes pouvant s’hybrider et d’une espèce allotétraploïde C. arabica, constitue un modèle approprié pour cette étude. L’allopolyploïde présente deux sous-génomes homéologues peu différenciés, provenant de l’hybridation de C. eugenioides et C. canephora. A l’inverse de ses espèces parentales qui se caractérisent par des écosystèmes différents et d’amplitude thermique faible, C. arabica se développe en tolérant des variations de température plus importantes. Ce travail a consisté à étudier chez C. arabica les conséquences de l’hybridation sur la variation de l’expression et de la régulation des gènes et à analyser la variation de l’expression des gènes homéologues et son implication dans les capacités adaptatives. L’expression et la régulation des gènes au sein d’hybrides F1 entre C. canephora et C. eugenioides ont été analysées en utilisant la technologie RNA-seq. L’étude de ces hybrides a montré que les espèces parentales se distinguent par une proportion importante de divergences de trans-régulation. Pour 77% des gènes différemment exprimés entre les espèces parentales et les hybrides, le niveau d’expression de l’hybride est comparable à celui de l’une des espèces parentales, c’est le phénomène de «level expression dominance». L’analyse de l’expression allélique spécifique a permis de caractériser la régulation de l’expression des gènes ; les deux allèles sont exprimés, avec exceptionnellement un biais en faveur d’un génome. L’expression des gènes est déterminée par des combinaisons complexes de divergences de cis-régulation des espèces parentales et des effets entrecroisés de leurs facteurs de trans-régulation. Le niveau d’expression des gènes dépend de la sur ou sous-régulation simultanée des deux allèles et en particulier, de l’asymétrie des effets des facteurs de trans-régulation qui semble être à l’origine du phénomène de «level expression dominance». Pour l’allopolyploïde, l’étude de l’expression relative des gènes homéologues à l’échelle du génome a révélé que les gènes homéologues des deux sous-génomes s’inter-régulent et contribuent au transcriptome. Le transcriptome de jeunes feuilles de C. arabica cultivés à deux conditions de températures, chacune convenant à l’une des espèces parentales a été analysé pour étudier la variation de l’expression des gènes homéologues chez C. arabica et son implication dans les capacités adaptatives. La contribution des sous-génomes au transcriptome est faiblement modifiée par les conditions de culture et n’apparait pas directement impliquée dans la capacité de C. arabica à tolérer des amplitudes thermiques plus élevées que les espèces parentales. Ces études ont permis de caractériser la réponse transcriptionnelle à un évènement d’hybridation récent et ancien. Elles mettent en évidence les bases génétiques de la variation de l’expression allélique suite à la fusion des réseaux divergents de régulation des gènes d’espèces parentales. Elles ont permis de proposer un modèle de la régulation de l’expression des gènes homéologues pour C. arabica.Mots clés : allopolyploïdie, hybridation, homéologue, expression allélique spécifique (ASE), cis- trans-régulation, transcriptome, RNA-seq, adaptation, caféier. / Polyploidy is a prominent mode of speciation and a recurrent process during plant evolution. Allopolyploidization, that involves inter-species hybridization and genome doubling, can induce an extensive array of genomic rearrangements and gene expression changes generating plants with new abilities to adaptation. The study of the merger of divergent gene expression regulatory networks seems fundamental to elucidate the role of conciliation processes in the gene expression variations.The genus Coffea that contains diploid species able to hybridize and C. arabica a recent allopolyploid between two low divergent diploid species C. eugenioides and C. canephora, represents an appropriate model for this study. Indeed C. arabica can be grown in regions with marked variations in thermal amplitude while the parental species are less adapted to temperature variations. The aims of the present work are, on one hand, the study of the effects of hybridization on the expression and regulation of genes and on the other hand, the analysis of homeologous gene expression variation in response to changing environment.To examine the immediate effects of hybridization, the expression and regulation of genes in F1 hybrids between C. canephora and C. eugenioides were analyzed by genome-wide RNA-seq technology. Parental species are distinguished by an important proportion of trans-regulatory divergences. In hybrids, among divergently expressed genes between parental species and hybrids, 77% are expressed like one parent (expression level dominance). Gene expression was shown to result from the expression of both alleles, with occasional bias toward one genome. The gene expression patterns appear determined by complex combinations of cis- and trans-regulatory divergences of parental species and by intertwined parental trans-regulatory factors. The gene expression level depends on the simultaneous up and down-regulation of both alleles and the observed biased expression level dominance seems to be derived from the asymmetric effects of trans-regulatory parental factors on regulation of alleles. In the allopolyploid, at the genomic scale, both homeologous genes are also inter-regulated and contribute to the transcriptome.The transcriptome of leaves from C. arabica cultivated at different growing temperatures suitable for one or the other parental species was examined to analyze the variation of homeologous gene expression in variable conditions. The relative subgenome contributions to the transcriptome appear to be only marginally altered by the growing conditions. C. arabica’s ability to tolerate a broader range of growing temperatures than its diploid parents does not result from differential use of homeologs. The transcriptional response after a recent or old hybridization event was characterized by these studies. The genetic bases of the variations in allelic expression after the merger of parental gene expression regulatory networks, were elucidated and a model of regulation of homeologous gene expression in C. arabica is proposed. Keywords : allopolyploidy, hybridization, homeolog, Allelic Specific Expression (ASE), cis- trans-regulation, transcriptome, RNA-seq, adaptation, coffee tree.

L'informatique ubiquitaire et la variété croissante des plates-formes et dispositifs changent les attentes des utilisateurs en termes d'interfaces utilisateur. Les systèmes devraient être en mesure de s'adapter à leur contexte d'utilisation, à savoir, la plate-forme (par exemple un PC ou une tablette), les utilisateurs qui interagissent avec le système (par exemple, les administrateurs ou les utilisateurs réguliers), et l'environnement dans lequel le système s'exécute (par exemple une pièce sombre ou en extérieur). La capacité d'une interface utilisateur à s'adapter aux variations de son contexte d'utilisation tout en préservant son utilisabilité est appelée plasticité.La plasticité fournit aux utilisateurs différentes versions d'une interface utilisateur. Bien qu'elle enrichisse les interfaces utilisateur, la plasticité complexifie leur développement: la cohérence entre plusieurs versions d'une interface donnée (une pour chaque contexte d'utilisation) devrait être assurée. Étant donné le grand nombre de versions possibles d'une interface utilisateur, il est coûteux de vérifier ces exigences à la main. Des automatisations doivent être alors fournies afin de vérifier la plasticité.Cette complexité est accentuée quand il s'agit de systèmes critiques. Les systèmes critiques sont des systèmes dans lesquels une défaillance a des conséquences graves (par exemple, décès ou blessures de personnes, dommages à l'environnement, perte ou endommagement de l'équipement, etc.). La complexité de ces systèmes se reflète dans les interfaces utilisateur, qui doivent maintenant non seulement fournir des moyens corrects, intuitifs, non ambiguës et adaptables pour les utilisateurs pour atteindre un but, mais qui doivent aussi faire face aux exigences de sécurité visant à assurer que les systèmes sont raisonnablement sûrs avant d'être mis sur le marché.Plusieurs techniques existent afin d'assurer la qualité des systèmes en général, qui peuvent être également appliquées pour les systèmes critiques. La vérification formelle fournit un moyen d'effectuer une vérification rigoureuse, qui est adaptée pour les systèmes critiques. Notre contribution est une approche de vérification des systèmes interactifs critiques et plastiques à l'aide de méthodes formelles. Avec l'utilisation d'un outil performant, notre approche permet :- La vérification d'ensembles de propriétés sur un modèle du système. Reposant sur la technique de "model checking", notre approche permet la vérification de propriétés sur la spécification formelle du système. Les propriétés d'utilisabilité permettent de vérifier si le système suit de bonnes propriétés ergonomiques. Les propriétés de validité permettent de vérifier si le système suit les exigences qui spécifient son comportement attendu.- La comparaison des différentes versions du système. Reposant sur la technique "d'équivalence checking", notre approche vérifie dans quelle mesure deux interfaces utilisateur offrent les mêmes capacités d'interaction et la même apparence. Nous pouvons ainsi montrer si deux modèles d'une interface utilisateur sont équivalents ou non. Dans le cas où ils ne sont pas équivalents, les divergences de l'interface utilisateur sont listées, offrant ainsi la possibilité de les sortir de l'analyse. De plus, l'approche permet également de montrer qu'une interface utilisateur peut contenir au moins toutes les capacités d'interaction d'une autre interface utilisateur.Nous présentons également dans cette thèse trois études de cas industriels dans le domaine des centrales nucléaires dans lesquelles l'approche a été appliquée. Ces études de cas montrent ainsi de nouvelles applications des méthodes formelles dans un contexte industriel. / The advent of ubiquitous computing and the increasing variety of platforms and devices change user expectations in terms of user interfaces. Systems should be able to adapt themselves to their context of use, i.e., the platform (e.g. a PC or a tablet), the users who interact with the system (e.g. administrators or regular users), and the environment in which the system executes (e.g. a dark room or outdoor). The capacity of a UI to withstand variations in its context of use while preserving usability is called plasticity.Plasticity provides users with different versions of a UI. Although it enhances UI capabilities, plasticity adds complexity to the development of user interfaces: the consistency between multiple versions of a given UI should be ensured. Given the large number of possible versions of a UI, it is time-consuming and error prone to check these requirements by hand. Some automation must be provided to verify plasticity.This complexity is further increased when it comes to UIs of safety-critical systems. Safety-critical systems are systems in which a failure has severe consequences. The complexity of such systems is reflected in the UIs, which are now expected not only to provide correct, intuitive, non-ambiguous and adaptable means for users to accomplish a goal, but also to cope with safety requirements aiming to make sure that systems are reasonably safe before they enter the market.Several techniques to ensure quality of systems in general exist, which can also be used to safety-critical systems. Formal verification provides a rigorous way to perform verification, which is suitable for safety-critical systems. Our contribution is an approach to verify safety-critical interactive systems provided with plastic UIs using formal methods. Using a powerful tool-support, our approach permits:-The verification of sets of properties over a model of the system. Using model checking, our approach permits the verification of properties over the system formal specification. Usability properties verify whether the system follows ergonomic properties to ensure a good usability. Validity properties verify whether the system follows the requirements that specify its expected behavior.-The comparison of different versions of UIs. Using equivalence checking, our approach verifies to which extent UIs present the same interaction capabilities and appearance. We can show whether two UI models are equivalent or not. When they are not equivalent, the UI divergences are listed, thus providing the possibility of leaving them out of the analysis. Furthermore, the approach shows that one UI can contain at least all interaction capabilities of another.We also present in this thesis three industrial case studies in the nuclear power plant domain which the approach was applied to, providing additional examples of successful use of formal methods in industrial systems.