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Alinhamento primário e secundário de sequências biológicas em arquiteturas de alto desempenho

Lima, Daniel Sundfeld 19 December 2017 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2018-04-09T17:54:10Z No. of bitstreams: 1 2017_DanielSundfeldLima.pdf: 12850930 bytes, checksum: 3333336c19d2551133d18cdbd0f7a240 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-04-10T19:40:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_DanielSundfeldLima.pdf: 12850930 bytes, checksum: 3333336c19d2551133d18cdbd0f7a240 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-10T19:40:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_DanielSundfeldLima.pdf: 12850930 bytes, checksum: 3333336c19d2551133d18cdbd0f7a240 (MD5) Previous issue date: 2018-04-10 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES). / O alinhamento múltiplo primário de sequências biológicas é um problema muito importante em Biologia Molecular, pois permite que sejam detectadas similaridades e diferenças entre um conjunto de sequências. Esse problema foi provado NP-Completo e, por essa razão, geralmente algoritmos heurísticos são usados para resolvê-lo. No entanto, a obtenção da solução ótima é bastante desejada e, por essa razão, existem alguns algoritmos exatos que solucionam esse problema para um número reduzido de sequências. As sequências de RNA, diferente do DNA, não possuem dupla-hélice e podem dobrar-se, pois seus nucleotídeos podem formar pares de bases. É conhecido na Biologia Molecular que a função dessa estrutura está ligada à sua conformação espacial, e não à composição de seus nucleotídeos. Obter a estrutura secundária (2D) de uma sequência de RNA também exige uma grande quantidade de recursos computacionais, até mesmo para um pequeno número de sequências. Desta forma, as arquiteturas de alto desempenho são muito importantes para a obtenção dos resultados em um tempo factível. A presente tese visa investigar os problemas do alinhamento múltiplo primário e do alinhamento em pares secundário, utilizando arquiteturas de alto desempenho para acelerar a obtenção de resultados. Para o alinhamento primário ótimo de múltiplas sequências, propusemos na presente Tese o PA-Star, uma estratégia multithreaded baseada no algoritmo A-Star que usa uma política sensível à localidade de atribuição de trabalho às threads. De modo a lidar com o alto uso de memória, nossa estratégia PA-Star usa tanto memória RAM como disco. Para o alinhamento estrutural (2D) de sequências de RNA, propusemos o Foldalign 2.5, que é uma estratégia multithreaded heurística baseada no algoritmo exato de Sankoff, capaz de obter o alinhamento estrutural de grandes sequências em tempo reduzido. Finalmente, propusemos o CUDA-Sankoff, que é capaz de obter o alinhamento estrutural ótimo entre duas sequências de RNA em GPU (Graphics Processing Unit). / The primary multiple sequence Alignment is a very important problem in Molecular Biology since it is able to detect similarities and differences in a set of sequences. This problem has been proven NP-Hard and, for this reason, heuristic algorithms are usually used to solve it. Nevertheless, obtaining the optimal solution is highly desirable and there are indeed some exact algorithms that solve this problem for a reduced number of sequences. The RNA sequences are different than the DNA, they do not have double helix, their nucleotides can form base pairs and the sequence can fold on itself. It is known in the Molecular Biology that, the function of the RNA is related to its spatial structure. Calculating the secondary structure of RNA sequences also demand a high amount of computational resources, even for a small number of sequences. The High Performance Computing (HPC) Platforms can be used in order to produce results faster. The current thesis aims to investigate the primary multiple sequence alignment and the secondary pairwise sequence alignment, using High Performance Architectures to accelerate and obtaining results in reasonable time. For the primary multiple sequence alignment, we propose the PA-Star, a multithreaded solution based on the A-Star algorithm using a locality sensitive hash to distribute the workload among the threads. Due to the high RAM memory usage required by the algorithm, our strategy can also uses disk. For the RNA structural alignment, we proposed the Foldalign 2.5, a multithreaded solution that uses heuristics to reduce the Sankoff Algorithm complexity, and can obtain the pairwise structural alignment of large sequences in reduced time. Finally, we proposed CUDASankoff, that obtains the optimal pairwise structural alignment for RNA sequences using a GPU (Graphics Processing Unit).
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Otimização de estruturas por algoritmos genéticos submetidas a restrições de flexibilidade e flambagem / Structural optimization by means of genetic algorithm with flexibility and buckling constrains

Sommer, Rafael Contino January 2010 (has links)
Este trabalho demonstra a utilização da Otimização Paramétrica através da técnica de Algoritmos Genéticos. O método proposto é testado no modelo de uma estrutura utilizada para o carregamento de granéis sólidos em porões de navios graneleiros. A otimização tem dois objetivos principais: a redução de massa total e a redução das máximas tensões absolutas atuantes no modelo, utilizando restrições de flambagem e de deslocamento. A otimização paramétrica modifica as propriedades da seção transversal de cada elemento que compõe o modelo, baseada em uma lista discreta de perfis disponíveis definida pelo usuário. A otimização inicia com um modelo solucionado através do Método dos Elementos Finitos (MEF), utilizando a formulação de elementos de viga. As variáveis de saída do modelo numérico, entre elas as tensões máximas devido à tração, compressão, flexão e torção são calculadas, bem como os deslocamentos e fatores de flambagem da estrutura. Os dados de saída selecionados para representar este modelo inicial são direcionados para o algoritmo genético. As melhores opções da população inicial são combinadas para criar uma nova geração, utilizando o Algoritmo Genético NSGA-II (Nondominated Sorting Genetic Algorithms). Todo o processo é repetido até que o algoritmo atinja o número máximo de geração proposto pelo usuário. Uma vez que os dois objetivos da otimização são contraditórios (minimização de massa e tensão), uma fronteira de Pareto, também conhecida como curva de eficiência, é encontrada com os resultados obtidos, permitindo que o usuário possa escolher nesta fronteira a opção que mais lhe convêm. Ao final do trabalho, os resultados mostram que a otimização estrutural foi bem sucedida e a comparação com o modelo original ilustra as modificações propostas pelo algoritmo de otimização. / The proposed work is a Parametric Optimization study carried out by means of a Genetic Algorithm and applied to a structural problem. The method is tested over a common type of structure used in equipments that load bulk materials into the ship’s hold. The optimization process has two main objectives: reduce the whole structural mass and reduce the model maximum absolute stresses, using buckling and displacement constrains. The parametric optimization changes the cross section properties of each structural element in the frame model, based on a discrete list of available profiles defined by the user. The optimization starts with an initial configuration, which are solved by Finite Element Method (FEM) using beam elements. Output variables, including the maximum stresses due to traction, compression, bending and torsion are computed, as well as structure displacements and buckling factors. The outputs of this first population are sent back to the Genetic Algorithm. The best results are combined to create a new generation, using the NSGA II (Nondominated Sorting Genetic Algorithms). The entire process repeats until the algorithm achieved the maximum number of generations proposed by the user. Since the two optimization objectives (mass and stress reduction) are contradictory, a described Pareto frontier or a called trade-off curve is found with the results, allowing the user to choose where to place the design over this frontier. At the end of the work, results shows that an optimized structure has been achieved and a comparison to the original design illustrate the modifications proposed by the optimization algorithm.
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Algoritmos de multiplicação : uma experiência no ensino fundamental

Zonzini, Cleudiana dos Santos Feitoza 04 July 2016 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Matemática, Programa de Mestrado Profissional em Matemática em Rede Nacional, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-08-19T20:21:56Z No. of bitstreams: 1 2016_CleudianadosSantosFeitozaZonzini.pdf: 6028274 bytes, checksum: c66ebe2d53ab7d44c935d9318293803e (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-09-05T22:07:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_CleudianadosSantosFeitozaZonzini.pdf: 6028274 bytes, checksum: c66ebe2d53ab7d44c935d9318293803e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-05T22:07:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_CleudianadosSantosFeitozaZonzini.pdf: 6028274 bytes, checksum: c66ebe2d53ab7d44c935d9318293803e (MD5) / Este trabalho trata-se de algoritmos de multiplicação, que foi trabalhado juntamente com problemas envolvendo o princípio multiplicativo ou princípio fundamental da contagem. O objetivo deste trabalho é apresentar alguns dispositivos multiplicativos e estudar como os alunos se comportam perante problemas multiplicativos após conhecerem os algoritmos. Foi elaborada uma proposta pedagógica de apresentação e análise da utilizaçao dos métodos, por meio de uma pesquisa qualitativa, com alunos do 6° ano do ensino fundamental que participavam do projeto Escola Integral em uma escola na periferia de Brasília. Obtivemos resultados consideráveis com este trabalho. Está descrito as atividades desenvolvidas bem como as análises e observações das estratégias escolhidas. ________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / This work it is multiplication algorithm , which has been working together with problems involving multiplicative principle or rule of product The aim of this paper is to present some multiplicative devices and study how students behave towards mul- tiplicative problems after learning algorithms an educational proposal was drawn up for presentation and analysis of the use of the methods by means of a qualitative rese— arch with students of the sixth year of elementary school participating in the Integral School project at a school on the outskirts of Brasilia. We obtained significant results with this job. It described the activities as well as the analyzes and observations of the chosen strategies.
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O uso de sistemas generativos como instrumento de desenho urbano sustentável

Silva Júnior, Félix Alves da 31 March 2016 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Arquitetura e Urbanismo, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-09-06T15:57:15Z No. of bitstreams: 1 2016_FélixAlvesdaSilvaJúnior.pdf: 13968893 bytes, checksum: 184245970f68f29250d61e0a05908575 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-10-17T17:47:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_FélixAlvesdaSilvaJúnior.pdf: 13968893 bytes, checksum: 184245970f68f29250d61e0a05908575 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-17T17:47:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_FélixAlvesdaSilvaJúnior.pdf: 13968893 bytes, checksum: 184245970f68f29250d61e0a05908575 (MD5) / O presente trabalho propõe dois algoritmos Generativos de projeto urbano que foram definidos a partir da identificação de características urbanas capazes de garantir o Desempenho das soluções produzidas. O primeiro algoritmo foi pensado para a produção de quarteirões urbanos e o segundo para a produção de bairros. Para definir estes algoritmos foram identificados parâmetros urbanos que foram estruturados nos algoritmos propostos. As variáveis aqui definidas foram extraídas da Cidade Compacta e do Novo Urbanismo. Estes modelos urbanos têm como princípios a retomada das qualidades da Cidade Tradicional e a negação do Urbanismo Modernista. A utilização de algoritmos Generativos como ferramenta de suporte de Desenho Urbano foi proposta como forma de integrar métodos computacionais de projeto nas práticas de projetação da cidade. Haja vista que os processos projetuais urbanos não tem feito uso do projeto digital como a arquitetura tem feito. Mesmo o urbanismo paramétrico e o City Information Modeling ainda estão em processo de consolidação sendo poucos exemplos de projetos que efetivamente façam uso destes processos. Os algoritmos aqui definidos foram estabelecidos para que servissem de base para a produção de modelos paramétricos ou para o desenvolvimento de softwares específicos aos processos urbanos. Esta proposição surge do fato de que dentro do projeto generativo paramétrico a maior dificuldade do profissional é estabelecer quais os critérios devem ser contemplados pelo sistema generativo para a produção de soluções. _________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / This paper proposes two Generative Algorithms for aid the Urban Design activity. In order to produce these algorithms we were identified urban characteristics able to ensure the performance of the produced solutions. The first developed algorithm has the capacity to produce urban blocks and the second one was produced to generate neighborhoods. To set these algorithms were identified urban parameters that were structured in the proposed algorithms. The urban parameters defined in this thesis are extracted from the Compact City and New Urbanism. These urban models have as principles the resumption of the qualities of the traditional city and the denial of Modernist Urbanism. The use of Generative Algorithms such as a tool to support the Urban Design process was proposed as a way of integrating computational design methods in the city design. The Urban Design processes have not made use of digital design as the architecture has made. Even the parametric urbanism and the City Information Modeling (CIM) are still in the process of consolidation. There are a few examples of urban projects that effectively make use of computational tools. The algorithms presented in this paper serve as the basis for the production of parametric digital models or to the development of a specific software to Urban Design process. This proposal results from the fact that within the generative parametric most difficult professional project is to establish the parameters to be used by the generative system for the production of solutions.
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Algoritmos urbanos : potencialidades e aplicação no Distrito Federal

Pereira, Bianca Ilha 25 August 2016 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Arquitetura e Urbanismo, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-10-03T18:21:42Z No. of bitstreams: 1 2016_BiancaIlhaPereira.pdf: 24818281 bytes, checksum: 224b2a9883272c729daba10bf96f15ea (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-11-21T14:09:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_BiancaIlhaPereira.pdf: 24818281 bytes, checksum: 224b2a9883272c729daba10bf96f15ea (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-21T14:09:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_BiancaIlhaPereira.pdf: 24818281 bytes, checksum: 224b2a9883272c729daba10bf96f15ea (MD5) / Algoritmos, como sequência finita de passos, possuem ampla e genérica aplicabilidade. A prática do urbanismo, como ato de projetação, demanda a interpretação das variáveis presentes no território e considera a legislação vigente para a elaboração de planos de ocupação. Este estudo utiliza algoritmos para gerir uma problemática urbana, de forma a propor uma solução matemática para a interpretação de elementos determinados do espaço existente e, a partir dela, modelar cenários urbanos. O algoritmo urbano elabora um passo a passo das etapas a serem realizadas para a proposição urbanística considerando equipamentos comunitários, eixos viários existentes e parâmetros urbanísticos. Tal método utiliza o Grasshopper®, editor gráfico de algoritmos que funciona como plugin integrado ao Rhinoceros® para a elaboração dos três cenários resultantes desse processo. A área selecionada para a elaboração dos planos de ocupação é o Setor Habitacional Jóquei Clube, na Região Administrativa do Guará, no Distrito Federal. Os cenários mostram possibilidades de configurações urbanísticas utilizando o método proposto e considerando o parâmetro da densidade como limitante. O primeiro cenário se distribui em toda a poligonal, o segundo abre áreas verdes e adensa lotes residenciais e o terceiro se desenvolve em edifícios altos de uso misto, ocupando uma poligonal menor. O resultado demonstra a versatilidade e a possibilidade de manipulação dos dados por meio de curvas e parâmetros editáveis presentes na base algorítmica paramétrica, e considera a aplicação do método no âmbito acadêmico e profissional para a elaboração de cenários prospectivos. ________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Algorithms as finite sequences of steps have broad and general application. Laying out cities, as a design process, demands the interpretation of variables linked to the territory and takes into account the current legislation in order to develop urban plans. This research uses algorithms to manage urban issues in order to propose a mathematical solution for interpreting the existing space, and from it, to model urban scenes. The urban algorithm draws up a step by step of the stages to be taken for urban designing considering community facilities, existing road networks and urban parameters. This work used the algorithm graphic editor Grasshopper® which works as a plug-in to Rhinoceros® to deliver three different scenarios. The urban area chosen for study is the residential neighborhood Setor Residencial Jóquei Clube, in the Guará administrative area, Distrito Federal. The scenarios show possibilities of urban settings using the proposed method and considering the density parameter as a limit. The first scenario is distributed throughout the polygonal, the second open green areas and thickens residential plots, and the third is developed in high mixed-use buildings, occupying a smaller polygonal. The result demonstrates the method versatility and the possibility of tailoring data through editable curves and parameters from the parametric algorithmic base. It also shows the applicability of the method in both the academic and professional fields for building prospective scenarios.
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Técnica de otimização aplicada em projeto conceitual de mísseis táticos / Optimization technique applied in conceptual design of tactical missiles

Neiva, Rodrigo Queiroz 17 August 2016 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Mecânica, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2016-10-05T14:19:48Z No. of bitstreams: 1 2016_RodrigoQueirozNeiva.pdf: 7130497 bytes, checksum: e113e90caf4fdd323c036d7af21eab61 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-12-01T20:08:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_RodrigoQueirozNeiva.pdf: 7130497 bytes, checksum: e113e90caf4fdd323c036d7af21eab61 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-01T20:08:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_RodrigoQueirozNeiva.pdf: 7130497 bytes, checksum: e113e90caf4fdd323c036d7af21eab61 (MD5) / O projeto conceitual de mísseis táticos impõe o desafio de lidar com uma ampla gama de variáveis e parâmetros de projeto e atender a determinados requisitos operacionais. Além disso, a limitação de recursos e a competitividade estabelece que seja obtida não somente uma solução que atenda aos requisitos, mas uma concepção mais vantajosa. Nesse contexto surge a necessidade de uma ferramenta de auxilio ao projetista, na fase de projeto conceitual de mísseis táticos, que empregue técnica de otimização multiparamétrica e multiobjetiva. O presente trabalho visa o desenvolvimento de uma ferramenta computacional para auxílio no projeto conceitual de mísseis táticos, mediante a otimização da configuração geral do míssil. O programa desenvolvido, denominado Scorpio 1.0, incorpora modelos teóricos simplificados e de rápida avaliação nas áreas de aerodinâmica, propulsão, peso e trajetória de voo. Para o processo de otimização é empregada técnica de algoritmos genéticos. O Scorpio 1.0 foi avaliado em diferentes etapas. Inicialmente foi verificada sua capacidade de otimizar a solução de uma função de teste. Em seguida foi averiguada a precisão dos modelos teóricos utilizados ao se comparar a previsão de desempenho e características, dada pelo programa, com os valores reais de um míssil de cruzeiro existente. Os resultados indicados pelo programa apresentaram boa aproximação dos dados do míssil real. Posteriormente foi verificada a capacidade de repetibilidade de resultados em execuções com configurações idênticas, quando o programa indicou soluções próximas nos diferentes casos. Por fim, o programa foi utilizado demonstrativamente para otimização de um míssil em fase de desenvolvimento no Brasil. Os resultados obtidos indicaram um míssil com massa de lançamento de aproximadamente 68% da previsão inicial dos participantes do projeto, atendendo aos requisitos e restrições de projeto, demonstrando assim a viabilidade do uso do programa Scorpio 1.0 para otimização de mísseis táticos em fase de projeto conceitual. _________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Conceptual design of tactical missiles imposes the challenge of dealing with a wide range of design variables and parameters and fulfilling certain operational requirements. In addition , limited resources and competitiveness requires not only a solution that meets the requirements , but a more advantageous design. In this context, the need for a tool to aid the designer in the conceptual design of tactical missiles arises, making use of multiparametric and multiobjective optimization techniques. The objective of this work is to develop a computational tool to assist in the conceptual design of tactical missiles, by the optimization of the general configuration of the missile. The developed program, called Scorpio 1.0, incorporates simplified theoretical models and rapid assessment in areas such aerodynamics, propulsion, weight and flight trajectory. For the optimization process is employed technique of genetic algorithms. The Scorpio 1.0 was evaluated in difentes steps. Initially it was verified its ability to optimize the solution of a test function. Then has been investigated the accuracy of the theoretical models used comparing the prediction of performance and features, foreseen by the program, with the data of an existing cruise missile. The results indicated by the program showed good approximation to the reference missile data. It was later verified the program‟s results repeatability capacity at different executions with identical configurations, when the program indicated close solutions in different cases. Finally, the program was used demonstratively for optimization of a missile under development at Brazil. The results indicated a missile with launch mass of approximately 68% of the initial value, foreseen by the project participants, while still meeting the requirements and restrictions, thus demonstrating the feasibility of using the Scorpio 1.0 for optimization of tactical missiles in conceptual design phase.
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Hardware dedicado à proteção diferencial de transformadores de potência

Santos Filho, Ivo Silveira dos 12 December 2016 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Elétrica, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2017-01-25T13:46:03Z No. of bitstreams: 1 2016_IvoSilveiradosSantosFilho.pdf: 4860494 bytes, checksum: 701691a41b43a4fb44c64498adb91839 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-03-14T18:48:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_IvoSilveiradosSantosFilho.pdf: 4860494 bytes, checksum: 701691a41b43a4fb44c64498adb91839 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-14T18:48:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_IvoSilveiradosSantosFilho.pdf: 4860494 bytes, checksum: 701691a41b43a4fb44c64498adb91839 (MD5) / Apresentam-se nessa dissertação os resultados da primeira implementação em hardware dos algoritmos de proteção diferencial de transformadores pesquisados no âmbito do Laboratório de Proteção de Sistemas Elétricos – LAPSE da Universidade de Brasília. Foram desenvolvidos dois dispositivos: um hardware microprocessado e um SOC (System on a Chip) em FPGA (Field Programmable Gate Array). Por intermédio de casos simulados no software ATP (Alternative Transient Program), foram testados os comportamentos das funções diferenciais de fase (87T), de sequência negativa (87Q) e de falta à terra restrita (87REF), bem como o bloqueio por harmônicos capaz de detectar correntes de inrush. Os resultados obtidos indicam desempenho satisfatório no que concerne à velocidade e robustez verificados em dispositivos disponíveis no mercado. Além disso, o trabalho desenvolvido apresenta metodologia de desenvolvimento de hardware que pode ser aplicada a outros algoritmos de proteção de sistemas de potência desenvolvidos no LAPSE, além da proteção diferencial de transformadores, permitindo a verificação de suas eficácias frente a situações reais ou simuladas. / The results of the first hardware implementation of the transformer differential protection algorithms researched in the scope of the Electrical Systems Protection Laboratory - LAPSE of the University of Brasilia are presented in this dissertation. Two devices were developed: a microprocessor-based hardware and a FPGA (Field Programmable Gate Array) SOC (System on a Chip). Through simulated cases in software ATP (Alternative Transient Program), the behavior of the phase differential function (87T), the negative sequence (87Q) and restricted earth fault (87REF) have been tested, as well as a blocking harmonic module able to detect inrush currents. The results indicate satisfactory performance with regard to the speed and robustness verified in devices available in the market. In addition, the developed work presents methodology of hardware development that can be applied to other algorithms of protection of power systems developed in the LAPSE, besides the differential protection of transformers, allowing the verification of their efficacies through real or simulated situations.
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Classificação automática de páginas Web Multi-label via MDL e Support Vector Machines

Ormonde, Rodrigo de La Rocque January 2009 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2009. / Submitted by Ruthléa Nascimento (ruthleanascimento@bce.unb.br) on 2015-10-05T16:36:58Z No. of bitstreams: 1 2009_RodrigodeLaRocqueOrmonde.pdf: 831778 bytes, checksum: c5976576592c690b8627dba88bbcac9f (MD5) / Approved for entry into archive by Ruthléa Nascimento(ruthleanascimento@bce.unb.br) on 2015-10-05T16:37:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_RodrigodeLaRocqueOrmonde.pdf: 831778 bytes, checksum: c5976576592c690b8627dba88bbcac9f (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-05T16:37:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_RodrigodeLaRocqueOrmonde.pdf: 831778 bytes, checksum: c5976576592c690b8627dba88bbcac9f (MD5) / Nesta pesquisa é feita a extensão de um novo algoritmo de classificação, chamado de CAH+MDL, anteriormente desenvolvido para lidar apenas com problemas de classificação binários ou multiclasse, para tratar diretamente também problemas de classificação multilabel. Foi estudado então seu desempenho para a classificação de uma base de páginas Web em Português e Inglês, divididas em sete categorias multi-label. Este algoritmo é baseado no princípio da Minimum Description Length (MDL), utilizado juntamente com a Codificação Adaptativa de Huffman e foi anteriormente estudado para a classificação binária na detecção de SPAM, tendo apresentado bons resultados. Não foram encontradas citações na literatura, entretanto, de sua utilização para o caso multi-label, que é bem mais complexo. Para avaliar seu desempenho, os resultados são comparados com os resultados obtidos na classificação da mesma base de dados por uma SVM linear, que é o algoritmo que normalmente apresenta os melhores resultados na classificação de padrões e, especialmente, na classificação de textos. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / In this research, it is developed the extension of a new classification algorithm, called CAH+MDL, previously conceived to deal only with binary or multi-class classification problems, to treat directly multi-label classification problems. Its accuracy is then studied in the classification of a database comprised of Web sites in Portuguese and English, divided into seven multi-label categories. This algorithm is based on the principle of the Minimum Description Length (MDL), used together with the Huffman Adaptive Coding. It has already been studied for binary classification in SPAM detection and has presented good results, however, to the best of my knowledge, it had never been studied before for the multi-label case, which is much more complex. In order to evaluate its performance, its results are compared with the results obtained in the classification of the same database by a linear SVM, which is the algorithm that usually presents the best results in pattern classification and, specially, in text classification.
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A study on independent component analysis over galois fields / Um estudo em análise de componentes independentes em corpos de galois

Rezaee, Sayed Majid 10 December 2015 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Elétrica, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-02-22T20:16:00Z No. of bitstreams: 1 2015_SayedMajidRezaee.pdf: 1299294 bytes, checksum: 5ae8992f8de2423bc23cf06bdeaeeb09 (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2016-05-26T16:32:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_SayedMajidRezaee.pdf: 1299294 bytes, checksum: 5ae8992f8de2423bc23cf06bdeaeeb09 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-26T16:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_SayedMajidRezaee.pdf: 1299294 bytes, checksum: 5ae8992f8de2423bc23cf06bdeaeeb09 (MD5) / Nas últimas décadas, o problema de separação cega de fontes (BSS, do inglês Blind Source Separation) – que trata de estimar um conjunto desconhecido de fontes de sinais a partir de versões misturadas destes – tornou-se relevante em vários campos da engenharia, incluindo o processamento matricial, comunicações sem fio, processamento de sinais médicos, processamento de voz e engenharia biomédica. A fim de resolver o problema de BSS no contexto de modelos lineares, considerando-se várias técnicas possíveis, a Análise de Componentes Independentes (ICA, do inglês Independent Component Analysis) – que utiliza a independência estatística das fontes como uma premissa – demonstrou ser uma das mais importantes estratégias de solução. Além disso, embora o modelo de BSS/ICA para sinais reais ou complexos esteja bem estabelecido, a recente perspectiva de uma formulação do problema com sinais e modelos definidos em corpos de Galois oferece várias possibilidades de análise e contribuições. Esta dissertação de mestrado realiza um estudo da Análise de Componentes Independentes em corpos de Galois, considerando os conceitos teóricos e abordagens para o problema, assim como dos algoritmos estado-da-arte até agora propostos, em termos de suas capacidades de separação e custo computacional. Especificamente, as técnicas dos algoritmos AMERICA e MEXICO são estudadas juntamente com o algoritmo cobICA. Como as simulações experimentais indicam, devido à sua complexidade computacional menor e uma qualidade de desempenho satisfatório, o algoritmo cobICA apresenta-se como uma solução de compromisso entre os algoritmos AMERICA e MEXICO para executar BSS/ICA em corpos de Galois. / Over the past decades, the Blind Source Separation (BSS) problem – which deals with estimating an unknown set of source signals from their measured mixtures –has become prevalent in several engineering fields, including array processing, wireless communications, medical signal processing, speech processing and biomedical engineering. In order to solve the BSS problem in the context of linear models, considering several possible techniques, Independent Component Analysis (ICA) – which uses statistical independence of the source signals as a premise – has been shown to be one of the most important approaches. Furthermore, although the BSS/ICA framework for real- or complex-valued signals is firmly established, the recent perspective of a BSS/ICA formulation where the signals and models are defined over Galois fields gives several possibilities of analyzes and contributions. This Master’s thesis performs a study on Independent Component Analysis over Galois fields, considering the theoretical concepts and aspects of the problem and the investigation, in terms of capability and efficiency, of the state-of-the-art algorithms so far introduced. In this context, AMERICA and MEXICO techniques are studied, along with cobICA algorithm – a bioinspired framework based on cob-aiNet[C] immune-inspired algorithm –, mainly focusing on comparing the quality of separation and on discussing the computational burden of each technique. As the experimental simulations indicate, due to its lower computational complexity and a satisfactory performance quality, cobICA takes place as a compromise solution between AMERICA and MEXICO algorithms, to perform BSS/ICA over Galois fields.
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Procesos de percolación en dos dimensiones

Vásquez Vivas, Karen Alexandra 07 December 2015 (has links)
Los procesos de percolación son modelos que sirven para describir el flujo de líquidos en medios porosos desordenados. Este trabajo es una introducción a los procesos de percolación independiente sobre grafos planos. Primero desarrollamos la teoría de grafos y de probabilidad involucrada para luego definir los modelos de percolación de enlaces y de sitios (bond y site, respectivamente, por sus nombres en inglés), en los cuales los objetos de interés son las aristas y los vértices del grafo, respectivamente. Después exhibimos las cualidades más básicas de estos modelos y las características cuantitativas usadas en su estudio haciendo hincapié en su comportamiento de "transición de fase": un pequeño cambio de los parámetros del modelo resulta en un cambio abrupto de su comportamiento global. En este caso, esta transición de fase ocurre en una probabilidad crítica que, en general, es dificil de hallar exactamente. La excepción son algunos grafos "simétricos", para los que se cumple una interesante relación entre sus probabilidades críticas y que explicaremos en este trabajo. Finalmente, presentamos algoritmos computacionales para simular los modelos de percolación de enlaces y de sitios. Además, utilizamos estos algoritmos para observar gráficamente el comportamiento de transición de fase y los adaptamos para estimar probabilidades críticas que no han podido hallarse analíticamente. / Tesis

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