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Análise molecular das proteínas do podócito na nefrite lúpica e sua correlação com o tipo histológico e grau de atividade da doença

Santos, Mariane dos January 2013 (has links)
Resumo não disponível
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Análise molecular das proteínas do podócito na nefrite lúpica e sua correlação com o tipo histológico e grau de atividade da doença

Santos, Mariane dos January 2013 (has links)
Resumo não disponível
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Análise molecular das proteínas do podócito na nefrite lúpica e sua correlação com o tipo histológico e grau de atividade da doença

Santos, Mariane dos January 2013 (has links)
Resumo não disponível
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Caracterização das mutações no gene KatG de cepas de mycobacterium tuberculosis resistentes a isoniazida

Hofling, Christian Cruz 04 August 2018 (has links)
Orientador: Marcelo de Carvalho Ramos / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-04T11:07:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Hofling_ChristianCruz_D.pdf: 21680576 bytes, checksum: d24a23695ef6089d59f1055b941a14a2 (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: Isoniazida, rifampicina e pirazinamida têm sido usadas como a base do tratamento da tuberculose no Brasil e na maioria dos países do mundo. O fenômeno da resistência bacteriana aos agentes quimioterápicos tem sido descrito desde que seu uso foi instituído. No caso da tuberculose, houve aumento expressivo do número de cepas resistentes, principalmente na década de 1990, devido à desestruturação dos serviços de vigilância e controle da doença e, também, à pandemia da AIDS. A resistência a antimicrobianos em cepas de Mycobacterium tuberculosis resulta em aumento da morbi-mortalidade e maiores custos para o serviço de saúde. A mutação no códon 315 do gene katG, responsável pela codificação da enzima catalase-peroxidase em M. tuberculosis, é um dos mecanismos de resistência desta bactéria à isoniazida. Para caracterizar as bases genéticas da resistência a drogas em cepas de M. tuberculosis no estado de São Paulo, foram selecionadas para estudo 91 amostras resistentes e 4 sensíveis à isoniazida. Essas cepas foram obtidas de culturas enviadas ao Instituto Adolfo Lutz central, em São Paulo, para identificação e realização de teste de sensibilidade a drogas. Um total de 467 cepas foram recebidas no período de agosto de 1999 a setembro de 2000. A genotipagem, utilizando a técnica de RFLP, foi realizada para o estabelecimento de parentesco entre as cepas. Estudos com as técnicas de SSCP e seqüenciamento de fragmento contendo o códon 315, amplificado do gene katG, foram realizados para triagem e confirmação de mutações associadas à resistência à isoniazida. A associação de resistência à isoniazida e rifampicina foi encontrada em 74.8% das cepas testadas. Resistência à isoniazidalpirazinamida e isoniazidaletambutol foi encontrada em 33 e 9,9%, respectivamente. Resistência concomitante a todas as drogas consideradas de primeira linha para o tratamento da tuberculose (isoniazida, rifampicina e pirazinamida) foi encontrada em 13,1 % das cepas. A genotipagem mostrou padrão heterogêneo de bandas, com formação de oito agrupamentos com apenas dua~ amostras cada. A substituição AGC~ACC (Serina~Tirosina) foi a mutação mais encontrada (48%). Não foram encontradas mutações em 39,5% das cepas resistentes estudadas e nos restantes 12,5% foram detectadas outras mutações. Conclui-se que no estado de São Paulo a resistência à rifampicina é freqüente entre as cepas resistentes à isoniazida. A resistência às três principais drogas para o tratamento da tuberculose também ocorreu em alta freqüência. A substituição AGC-.ACC foi a mutação mais encontrada, porém uma grande parte das cepas resistentes não apresentavam tais mutações. Pelos dados levantados, podemos também inferir que o fenômeno da resistência do M. tuberculosis a drogas não é, em São Paulo, uma conseqüência de disseminação clonal das cepas, mas casos isolados, provavelmente secundários a irregularidades no tratamento. Este trabalho, quando do seu início, foi um dos primeiros a endereçar a questão das bases genéticas para resistência a drogas em M. tuberculosis no Brasil, e estudos mais sistemáticos e abrangentes são necessários para melhor compreensão desta dinâmica em nosso meio / Abstract: Isoniazid, rifampin and pirazinamide have been used as the Standard treatment for tuberculosis in Brazil and most countries around the world. Antimicrobial resistance has been described since its use was instituted. As for tuberculosis, there has been an expressive rise in multidrug resistant strains in the decade of 1990, due mainly to the dismantling of tuberculosis vigilance programs and the AIDS pandemics. Antimicrobial resistance among Mycobacterium tuberculosis strains result in increase in morbidity and mortality and cost for health care. Mutations in codon 315 of the katG gene, responsible for coding catalaseperoxidase in M tuberculosis. has been associated as one of the key mechanisms of resistance of this bacteria to isoniazid. In Brazil, studies towards the molecular mechanisms involved in this process are still on its beginning. To characterize the genetic basis of M tuberculosis drug resistance in the state of São Paulo, 91 isoniazid resistant and 4 isoniazid sensitive strains were selected for study. These strains were drawn from samples (462 strains) sent to the Instituto Adolfo Lutz central laboratory in São Paulo for identification and drug susceptibility tests. The study period was from august 1999 through september 2000. Genotyping of mycobacterium was performed using RFLP technique. SSCP study and sequencing of the amplified fragment of katG gene that contained codon 315 were performed to screen and check for mutations conferring resistance to isoniazid. Concomitant resistance to isoniazid and rifampin was foud in 74,8% of strains tested. Resistance to both isoniazid/rifampin and isoniazid/ethambutol was found in 33 and 9,9%, respectively. Concomitant resistance to all drugs considered as first line treatment of tuberculosis (isoniazid, rifampin and pirazinamid) was found in 23,1% of strains. Genotypic studies revealed a heterogeneous band pattern, with formation of 8 clusters with only two specimens each. The most prevalent substitution was AGC-+ACC (Ser-+Thr), found in 48% of strains. No mutation was noted in 39,5% of resistant strains studied, and the remaining 12,5% habored other I .5S frequent mutations. In conclusion, resistance to rifampin is a frequent event among isoniazid resistant strains collected in Sao Paulo, Brazil. Resistance to the three front drugs used for the treatment of tuberculosis also occurred in high frequency. The AGC-+ACC substitution was the most frequent mutation found, a1thougha high percentage of strains did not carry any mutation / Doutorado / Clinica Medica / Doutor em Clínica Médica
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Identificação filogenética e atividade hidrolítica de bactérias isoladas de águas da região da elevação do Rio Grande do Sul e sedimentos do leste do Atlântico Sul

Silva, Marcus Adonai Castro da January 2013 (has links)
O Atlântico Sul está entre os menos estudados dos oceanos, em relação às suas comunidades microbianas, apesar da importância ecológica e do interesse biotecnológico nos micro-organismos marinhos. Este potencial biotecnológico inclui a produção de enzimas como as lípases de endoglicanases, que podem ser utilizadas na produção de biocombustíveis, no processamento têxtil e na suplementação de detergentes. Neste contexto, o presente trabalho objetivou o isolamento, identificação filogenética e avaliação das atividades lipolíticas e endoglucanolíticas de bactérias cultivadas de sedimentos do leste do Oceano Atlântico Sul, e de águas da região da Elevação do Rio Grande. Para isto, oito amostras de sedimento e dezesseis de água foram coletadas em novembro de 2009 e novembro de 2011, para as referidas regiões do Oceano Atlântico Sul. Os micro-organismos foram cultivados e identificados pela análise de sequências de genes de RNA ribossômico 16S. Posteriormente, as atividades lipolíticas e endoglucanolíticas foram determinadas em ensaios em placas com diferentes substratos tais como Tween20, Tween40, Twen60, Tween80 para a atividade lipolítica, e carboximetilcelulose para a atividade endoglucanolítica. No total 212 linhagens foram isoladas e 138 foram identificadas filogeneticamente das duas áreas de estudo, em cinco classes diferentes e trinta gêneros, sendo as classes Gammaproteobacteria e Bacilli as mais freqüentes, assim como os gêneros Halomonas e Bacillus. Os sedimentos apresentaram maior diversidade em nível de espécie, enquanto que nas amostras pelágicas a diversidade foi maior em nível de gênero e classe. Dezoito linhagens isoladas parecem pertencer a espécies ainda não descritas de bactérias. As 212 linhagens foram testadas quanto às atividades enzimáticas. Mais que metade destes organismos apresentou algum tipo de atividade lipolítica, enquanto que a atividade endoglucanolítica foi restrita a dez linhagens. O método de isolamento direto em meio sólido contendo lipídeos foi o mais apropriado para a prospecção de bactérias lipolíticas. Os resultados deste trabalho atestam a necessidade de estudos sobre a microbiota marinha cultivável, bem como seu potencial para a obtenção de enzimas com uso industrial. / The South Atlantic is among the less studied oceans concerning its microbial communities, despite the ecological importance and the biotechnological interest related to marine microorganisms. In this context, the present work aimed the isolation, phylogenetic identification and evaluation of the lipolytic and endoglucanolytic activities of bacteria from sediments of the Eastern South Atlantic and waters from the Rio Grande Rise Region. For this, eight sediment samples and sixteen water samples were collected in two cruises conducted on November/2009 and November/2011 to the specified areas. Microorganisms were cultivated and identified by 16S rRNA sequences analysis. Lipolytic and endoglucanolytic activities were evaluated on plate assays with different substrates (Tween20, Tween40, Twen60, Tween80 for lypotytic activity, and carboximethilcellulose for endoglucanolytic activity). 138 bacteria were phylogenetically identified from the two studied areas in five different classes and thirty genera. The classe Gammaproteobacteria and Bacilli and the genera Halomonas and Bacillus were the most frequent identified. Higher species-level diversity was detected in sediments, but a higher genus- and class-level diversity was present on waters samples. Eighteen strains seem to belong to no yet described bacterial species. Two hundred and twelve strains were tested for the enzymatic activities. More than a half of the bacteria showed some kind of lipolysis, while the endoglucanolytic activity was restricted to ten strains. The direct isolation in solid media containg a lipidic substrate was the best method to prospect lipolytic bacteria. The results of this work attest the necessity of studies on the cultivable marine microbiota, as well as their potential for the prospection of industrially relevant enzymes.
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Determinantes socioeconômicos da dinâmica de fertilidade no Nordeste brasileiro utilizando a base de dados da PCSVDF Mulher

Coelho, José Eduardo Holanda Ellery January 2017 (has links)
COELHO, José Eduardo Holanda Ellery. Determinantes socioeconômicos da dinâmica de fertilidade no Nordeste brasileiro utilizando a base de dados da PCSVDF mulher / José Eduardo Holanda Ellery Coelho. – 2017. 74f. Dissertação (mestrado ) – Universidade Federal do Ceará , Programa de Pós Graduação em Economia, CAEN, Fortaleza, 2017. / Submitted by Mônica Correia Aquino (monicacorreiaaquino@gmail.com) on 2017-09-21T19:36:34Z No. of bitstreams: 1 2017_dis_jehecoelho.pdf: 9030844 bytes, checksum: abd289b8c4b6940e963eac340c375fe9 (MD5) / Approved for entry into archive by Mônica Correia Aquino (monicacorreiaaquino@gmail.com) on 2017-09-21T19:37:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_dis_jehecoelho.pdf: 9030844 bytes, checksum: abd289b8c4b6940e963eac340c375fe9 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-21T19:37:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_dis_jehecoelho.pdf: 9030844 bytes, checksum: abd289b8c4b6940e963eac340c375fe9 (MD5) Previous issue date: 2017 / The human fertility depends of one long list of factors, including health, nutrition, sexual behavior, culture, endocrinology, time, economy, life style and emotions. Fertility rates are different between the countries and cultures because these factors are variable. Due to the influence of several elements that changes the dynamics of fertility, this paper has as proposal to determinate the dynamics of women fertility in the Brazilian Northeast through the Analisys of Categorical Sequences, in order to delineate existing patterns and identify their variations. In this way, starting of the socioeconomic/demographic and cultural variables, and informations of fertility dynamics, the Multinomial logistc model was applied with the objective of obtainig more prepoderant variables about each situation outlined. With the utilization of the sampled database of PCSV DF Woman, referring to women from the capitals of the states of Brazilian Northeast. In view of this, we found 4 well-defined groups, which presented differences in relation to Race, Income, Age, Religion and Schooling. The strong predictor of fertility dynamics is women’s level of education. The highest levels of schooling corresponds to the lowers fertility rates. / A fertilidade humana depende de uma longa lista de fatores, incluindo saúde, nutrição, comportamento sexual, cultura, endocrinologia, tempo, economia, modo de vida e emoções. As taxas de fecundidade são diferentes entre países e culturas porque esses fatores são variáveis. Dada à influência de diversos elementos que alteram a dinâmica de fertilidade, este trabalho tem como proposta determinar as dinâmicas de fertilidade das mulheres no Nordeste brasileiro através da Análise de Sequências Categóricas, a fim de delinear os padrões existentes e identificar suas variações. Dessa forma, a partir das variáveis socioeconômicas/demográficas e culturais, e a informações das dinâmicas de fertilidade, aplicou-se o Modelo Logístico Multinomial com o objetivo de obter as variáveis mais preponderantes acerca de cada dinâmica delineada. Com a utilização da base de dados amostrados da PCSV DFMulher, referente às mulheres das capitais dos estados do Nordeste brasileiro. Diante disto, constatou-se 4 grupos bem definidos, os quais apresentam diferenças em relação a Raça, Renda, Idade, Religião e Escolaridade. O forte preditor da dinâmica de fertilidade é o nível de escolaridade da mulher. Os níveis mais altos de escolaridade correspondem as taxas de fecundidade mais baixas.
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Análise em larga escala de transcritos processados por Spliced leader trans-splicing em esporocistos de Schistosoma mansoni

Fernandes, Núbia Monteiro Gonçalves Soares January 2015 (has links)
Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-06-18T16:11:59Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Núbia.pdf: 1884331 bytes, checksum: e96549974d078d915f616503d56a69ff (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-06-18T16:12:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação Núbia.pdf: 1884331 bytes, checksum: e96549974d078d915f616503d56a69ff (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-06-18T16:12:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação Núbia.pdf: 1884331 bytes, checksum: e96549974d078d915f616503d56a69ff (MD5) / Made available in DSpace on 2015-06-18T16:12:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação Núbia.pdf: 1884331 bytes, checksum: e96549974d078d915f616503d56a69ff (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa René Rachou / A esquistossomose é uma das mais importantes doenças parasitárias sendo endêmica em 76 países. No Brasil, esta representa um dos mais sérios problemas de saúde pública, persistindo devido às precárias condições de vida nas quais a população está inserida. O Schistosoma mansoni é a única espécie descrita no Brasil responsável por causar a esquistossomose. Este parasito é um metazoário digenético com várias características únicas em sua morfologia, fisiologia e ciclo de vida. Diante disto, é provável uma complexa regulação da expressão gênica em S. mansoni favorecendo mudanças morfológicas e bioquímicas atendendo as suas necessidades fisiológicas e de adaptação aos diversos ambientes. Assim, o mecanismo de regulação pós-transcricional, Spliced leader (SL) trans-splicing, existente no parasito, pode ser importante para viabilizar tais adaptações. Este mecanismo é apenas parcialmente compreendido sendo um amplo campo para pesquisa, auxiliando no desenvolvimento de possíveis ferramentas para o controle da esquistossomose. O SL trans-splicing ocorre através da adição de uma sequência identificada como Spliced leader, que é doada da extremidade 5’ de um RNA pequeno, para alguns pré-mRNAs receptores, formando o éxon 5’ terminal dos mRNAs maduros. Neste trabalho, foi realizado a identificação de transcritos processados por SL trans-splicing na fase de esporocisto do ciclo de vida do S. mansoni através da construção de biblioteca de cDNA enriquecida neste mecanismo. Assim, por meio de um estudo pioneiro de transcriptômica envolvendo a fase de esporocisto, foram construídas bibliotecas do tipo fragmento e utilizado um sequenciador de segunda geração para identificação de 1.191 transcritos processados por SL trans-splicing nesta fase. Neste trabalho foi observado que 10% dos transcritos expressos na fase de esporocisto são processados por SL trans-splicing se comparado à 5ª versão do proteoma predito de S. mansoni e 15%, se comparado com os 6.677 genes expressos identificados no transcriptoma da fase de esporocisto. Ainda, a partir da classificação dos transcritos em categorias funcionais e identificação de vias metabólicas, foi observado que o mecanismo de SL trans-splicing não está articularmente enriquecido, caracterizando-se como um mecanismo ubíquo. Em conjunto, estes dados enriquecem os estudos de transcriptômica do parasito S. mansoni. Compreender as reais funções deste mecanismo pode auxiliar no desenvolvimento futuro de uma ferramenta de intervenção terapêutica para o controle da esquistossomose mansônica / Schistosomiasis is a major parasitic disease, which is endemic in 76 countries. In Brazil, this is one of the most serious public health problem persisting due to the precarious living conditions in which the population is inserted. Schistosoma mansoni is the only specie described in Brazil responsible for causing schistosomiasis. This parasite is a digenetic metazoan with several unique features in its morphology, physiology and life cycle. Therefore, it is plausible a complex regulation of gene expression in S. mansoni, allowing morphological and biochemical changes that attend their physiological needs and to adapt to different environments. Therefore, the mechanism of post-transcriptional regulation, Spliced leader (SL) trans-splicing, existent in the parasite, may be important to enable these adaptations. This mechanism is only partial understood and thus a wide field for research towards the development of tools for schistosomiasis control. The SL trans-splicing occurs by the addition of a sequence identified as Spliced leader which is donated from the 5 ' end of a small RNA to receptor pre-mRNAs, forming the exon 5' end of mature mRNAs. Here, we carried out the identification of transcripts processed by SL trans-splicing in sporocyst of S. mansoni by constructing cDNA libraries enriched. Thus, by means of a pioneer study of transcriptomics involving the sporocyst stage, fragment libraries were constructed and used next-generation sequencing to identify 1.191 transcripts processed by SL trans-splicing in this stage. In this work, we found that 10% of transcripts expressed in the sporocyst stage are processed by SL trans-splicing when compared to the 5th version of the predicted proteome of S. mansoni and 15%, when compared to the 6,677 expressed genes identified in the transcriptome of the sporocyst stage. After the classification of transcripts in functional categories and identification of metabolic pathways we observed that the SL trans-splicing mechanism does not seem to be particularly enriched, being characterized as an ubiquitous mechanism. Together, our data improve knowledge acquired on transcriptomics studies of the parasite S. mansoni. Understanding the real function of this mechanism can assist in the future development of a therapeutic intervention tool for schistosomiasis control.
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Aspectos adaptativos de Schistosoma mansoni na fase esquistossômulo: abordagem in vivo e in vitro

Jeremias, Wander de Jesus January 2015 (has links)
Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-11-30T12:31:35Z No. of bitstreams: 1 Tese_DIP_WanderdeJesusJeremias.pdf: 10066652 bytes, checksum: ebdb6e40220315595222399b0ea10c0c (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-11-30T12:31:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_DIP_WanderdeJesusJeremias.pdf: 10066652 bytes, checksum: ebdb6e40220315595222399b0ea10c0c (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-30T12:31:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_DIP_WanderdeJesusJeremias.pdf: 10066652 bytes, checksum: ebdb6e40220315595222399b0ea10c0c (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Rene Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil / Dentre as formas evolutivas do Schistosoma mansoni, o esquistossômulo é uma das mais estudadas para desenvolvimento de novos fármacos e sistemas diagnósticos. Embora a transformação in vitro seja vantajosa, é importante discutir as limitações do uso de resultados obtidos a partir de parasitos cultivados in vitro em relação aos obtidos no processo natural de infecção. No presente trabalho, esquistossômulos obtidos in vivo e in vitro foram comparados em relação a capacidade de captar sondas fluorescentes, específicas para estruturas internas celulares ou membranas superficiais do parasito. As sondas empregadas para membranas e estruturas internas mostraram marcação similar entre parasitos obtidos in vitro, por transformação mecânica (Mec) e por penetração em pele (Pel). No entanto, diferenças foram observadas quando estes parasitos foram comparados a outros obtidos in vivo pelo método de Clegg (Clegg et al, 1965), sendo detectado um aumento da permeabilidade de membranas. Os dados sugerem que nos esquistossômulos cultivados in vivo o metabolismo é mais ativo nas células superficiais e que durante sua permanência por até 72 horas na pele há um extenso turnover da superfície do parasito, envolvendo moléculas internas e um aumento da liberação de imunógenos. A aumentada permeabilidade pode permitir ainda a captação de moléculas, capazes de estimular o crescimento do parasito. Além disso, bibliotecas de esquistossômulos Mec cultivados em soro portal (SPO3h e SPO12h) e soro periférico de hamster (SPE3h, SPE12h) foram comparadas utilizando sequenciamento de nova geração (NGS) e análise da expressão de genes específicos. Após o sequenciamento e análise dos genes expressos uma alta similaridade entre as réplicas foi encontrada. Comparando as amostras SPO3h versus SPO12h 58 transcritos se mostraram diferencialmente expressos. De acordo com as anotações de termos de ontologia gênica (GO) os genes diferencialmente expressos após 12 horas de contato com o soro portal de hamster, estão ligados a processos importantes ao desenvolvimento até vermes adultos. Assim, este estudo viabilizou um maior entendimento de mecanismos de controle sobre a internalização de moléculas pelo parasito no estádio larvário intravascular, bem como da regulação de sua expressão de genes quando o mesmo se encontra no sistema porta hepático do hospedeiro, onde as formas adultas são essenciais para desenvolvimento da doença. / Among the different forms of the Schistosoma mansoni, the schistosomulum is widely explored in a broad range of survey, aiming to the development of new drugs and diagnostic methods. In spite of the advantages inherent to in vitro transformation, it is important to discuss the limitations in take the results achieved from parasites cultured in vitro as representative of those obtained from the natural infection. In present work, schistosomula obtained in vivo and in vitro were compared in their ability to capture fluorescent probes for specific internal structures or surface membranes. The probes showed similar staining in parasite obtained by both methods, mechanical transformation (Mec) and by active skin penetration (Pel). However, differences were observed when those parasites were compared to other obtained in vivo, through the Clegg’s method (Clegg et al., 1965). The membrane permeability was shown to be increased. The data suggest that in schistosomula obtained in vivo and kept inside the skin for a period of time up to 72 hours the metabolism is more active in cells of the surface and, further there is a huge turnover in the surface of the parasite, involving internal molecules and increasing in immunogens release. The increased permeability can also allow it to capture molecules, capable of stimulate the parasite growing. Furthermore, replicates of cDNA libraries obtained from mechanical schistosomula cultured in presence of serum from portal blood (SPO3h, SPO12h) and serum from peripheral blood (SPE3h, SPE12h) of hamster were also compared by using next generation sequencing (NGS) and gene expression analysis of specific genes. After sequencing and statistical analysis of gene expression, it was observed a high similarity among the libraries. When comparing the samples from SPO3h versus SPO12h libraries, 58 genes were found differentially expressed. According to the annotation data of the gene ontology (GO), the differentially expressed genes in schistosomula, after 12 hours of the contact with serum from hamster portal blood, are related to processes important to its development to adult worm. Thereby, this work improved the knowledge of mechanisms evolved in internalization of molecules by the parasite of the intravascular stage, as well as highlighted the regulation of the gene expression when it is within portal venous system of the host, where adult forms are essential for the disease development.
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Identificação filogenética e atividade hidrolítica de bactérias isoladas de águas da região da elevação do Rio Grande do Sul e sedimentos do leste do Atlântico Sul

Silva, Marcus Adonai Castro da January 2013 (has links)
O Atlântico Sul está entre os menos estudados dos oceanos, em relação às suas comunidades microbianas, apesar da importância ecológica e do interesse biotecnológico nos micro-organismos marinhos. Este potencial biotecnológico inclui a produção de enzimas como as lípases de endoglicanases, que podem ser utilizadas na produção de biocombustíveis, no processamento têxtil e na suplementação de detergentes. Neste contexto, o presente trabalho objetivou o isolamento, identificação filogenética e avaliação das atividades lipolíticas e endoglucanolíticas de bactérias cultivadas de sedimentos do leste do Oceano Atlântico Sul, e de águas da região da Elevação do Rio Grande. Para isto, oito amostras de sedimento e dezesseis de água foram coletadas em novembro de 2009 e novembro de 2011, para as referidas regiões do Oceano Atlântico Sul. Os micro-organismos foram cultivados e identificados pela análise de sequências de genes de RNA ribossômico 16S. Posteriormente, as atividades lipolíticas e endoglucanolíticas foram determinadas em ensaios em placas com diferentes substratos tais como Tween20, Tween40, Twen60, Tween80 para a atividade lipolítica, e carboximetilcelulose para a atividade endoglucanolítica. No total 212 linhagens foram isoladas e 138 foram identificadas filogeneticamente das duas áreas de estudo, em cinco classes diferentes e trinta gêneros, sendo as classes Gammaproteobacteria e Bacilli as mais freqüentes, assim como os gêneros Halomonas e Bacillus. Os sedimentos apresentaram maior diversidade em nível de espécie, enquanto que nas amostras pelágicas a diversidade foi maior em nível de gênero e classe. Dezoito linhagens isoladas parecem pertencer a espécies ainda não descritas de bactérias. As 212 linhagens foram testadas quanto às atividades enzimáticas. Mais que metade destes organismos apresentou algum tipo de atividade lipolítica, enquanto que a atividade endoglucanolítica foi restrita a dez linhagens. O método de isolamento direto em meio sólido contendo lipídeos foi o mais apropriado para a prospecção de bactérias lipolíticas. Os resultados deste trabalho atestam a necessidade de estudos sobre a microbiota marinha cultivável, bem como seu potencial para a obtenção de enzimas com uso industrial. / The South Atlantic is among the less studied oceans concerning its microbial communities, despite the ecological importance and the biotechnological interest related to marine microorganisms. In this context, the present work aimed the isolation, phylogenetic identification and evaluation of the lipolytic and endoglucanolytic activities of bacteria from sediments of the Eastern South Atlantic and waters from the Rio Grande Rise Region. For this, eight sediment samples and sixteen water samples were collected in two cruises conducted on November/2009 and November/2011 to the specified areas. Microorganisms were cultivated and identified by 16S rRNA sequences analysis. Lipolytic and endoglucanolytic activities were evaluated on plate assays with different substrates (Tween20, Tween40, Twen60, Tween80 for lypotytic activity, and carboximethilcellulose for endoglucanolytic activity). 138 bacteria were phylogenetically identified from the two studied areas in five different classes and thirty genera. The classe Gammaproteobacteria and Bacilli and the genera Halomonas and Bacillus were the most frequent identified. Higher species-level diversity was detected in sediments, but a higher genus- and class-level diversity was present on waters samples. Eighteen strains seem to belong to no yet described bacterial species. Two hundred and twelve strains were tested for the enzymatic activities. More than a half of the bacteria showed some kind of lipolysis, while the endoglucanolytic activity was restricted to ten strains. The direct isolation in solid media containg a lipidic substrate was the best method to prospect lipolytic bacteria. The results of this work attest the necessity of studies on the cultivable marine microbiota, as well as their potential for the prospection of industrially relevant enzymes.
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Identificação filogenética e atividade hidrolítica de bactérias isoladas de águas da região da elevação do Rio Grande do Sul e sedimentos do leste do Atlântico Sul

Silva, Marcus Adonai Castro da January 2013 (has links)
O Atlântico Sul está entre os menos estudados dos oceanos, em relação às suas comunidades microbianas, apesar da importância ecológica e do interesse biotecnológico nos micro-organismos marinhos. Este potencial biotecnológico inclui a produção de enzimas como as lípases de endoglicanases, que podem ser utilizadas na produção de biocombustíveis, no processamento têxtil e na suplementação de detergentes. Neste contexto, o presente trabalho objetivou o isolamento, identificação filogenética e avaliação das atividades lipolíticas e endoglucanolíticas de bactérias cultivadas de sedimentos do leste do Oceano Atlântico Sul, e de águas da região da Elevação do Rio Grande. Para isto, oito amostras de sedimento e dezesseis de água foram coletadas em novembro de 2009 e novembro de 2011, para as referidas regiões do Oceano Atlântico Sul. Os micro-organismos foram cultivados e identificados pela análise de sequências de genes de RNA ribossômico 16S. Posteriormente, as atividades lipolíticas e endoglucanolíticas foram determinadas em ensaios em placas com diferentes substratos tais como Tween20, Tween40, Twen60, Tween80 para a atividade lipolítica, e carboximetilcelulose para a atividade endoglucanolítica. No total 212 linhagens foram isoladas e 138 foram identificadas filogeneticamente das duas áreas de estudo, em cinco classes diferentes e trinta gêneros, sendo as classes Gammaproteobacteria e Bacilli as mais freqüentes, assim como os gêneros Halomonas e Bacillus. Os sedimentos apresentaram maior diversidade em nível de espécie, enquanto que nas amostras pelágicas a diversidade foi maior em nível de gênero e classe. Dezoito linhagens isoladas parecem pertencer a espécies ainda não descritas de bactérias. As 212 linhagens foram testadas quanto às atividades enzimáticas. Mais que metade destes organismos apresentou algum tipo de atividade lipolítica, enquanto que a atividade endoglucanolítica foi restrita a dez linhagens. O método de isolamento direto em meio sólido contendo lipídeos foi o mais apropriado para a prospecção de bactérias lipolíticas. Os resultados deste trabalho atestam a necessidade de estudos sobre a microbiota marinha cultivável, bem como seu potencial para a obtenção de enzimas com uso industrial. / The South Atlantic is among the less studied oceans concerning its microbial communities, despite the ecological importance and the biotechnological interest related to marine microorganisms. In this context, the present work aimed the isolation, phylogenetic identification and evaluation of the lipolytic and endoglucanolytic activities of bacteria from sediments of the Eastern South Atlantic and waters from the Rio Grande Rise Region. For this, eight sediment samples and sixteen water samples were collected in two cruises conducted on November/2009 and November/2011 to the specified areas. Microorganisms were cultivated and identified by 16S rRNA sequences analysis. Lipolytic and endoglucanolytic activities were evaluated on plate assays with different substrates (Tween20, Tween40, Twen60, Tween80 for lypotytic activity, and carboximethilcellulose for endoglucanolytic activity). 138 bacteria were phylogenetically identified from the two studied areas in five different classes and thirty genera. The classe Gammaproteobacteria and Bacilli and the genera Halomonas and Bacillus were the most frequent identified. Higher species-level diversity was detected in sediments, but a higher genus- and class-level diversity was present on waters samples. Eighteen strains seem to belong to no yet described bacterial species. Two hundred and twelve strains were tested for the enzymatic activities. More than a half of the bacteria showed some kind of lipolysis, while the endoglucanolytic activity was restricted to ten strains. The direct isolation in solid media containg a lipidic substrate was the best method to prospect lipolytic bacteria. The results of this work attest the necessity of studies on the cultivable marine microbiota, as well as their potential for the prospection of industrially relevant enzymes.

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