L'asthme est une maladie respiratoire chronique qui affecte autant les enfants que les adultes et qui se présente sous diverses manifestations cliniques. Cette maladie est également reconnue comme un trait complexe pUIsque plusieurs facteurs environnementaux et génétiques sont impliqués dans son développement. Les déterminants génétiques de susceptibilité ou de protection à l'asthme interagissent entre eux de même qu'avec l'environnement dans son développement. Depuis les dernières décennies, les études d'association ont permis d'identifier plus de 170 gènes associés à l'asthme ou à ses manifestations cliniques. Malgré cet avancement des connaissances en génétique de l'asthme, la confirmation des associations déjà observées et l'identification de nouveaux déterminants génétiques fait l'objet d'une recherche très active. C'est dans un tel contexte que le principal objectif de la présente thèse s'inscrit, à savoir l'identification de déterminants génétiques de susceptibilité ou de protection pour l'asthme. Pour ce faire, de nouvelles approches méthodologiques ainsi que des approches plus classiques ont été employées pour mener à terme les six études d'association présentées. Grâce à méthodologies novatrices, quatre nouvelles associations génétiques positives ont été mises en évidence avec les gènes CX3CR1, ALOX15, PLAU et PTPRE. De tels résultats ont permis, a priori, de démontrer l'utilité des nouvelles approches employées dans les études d'association génétique ' et de démontrer leur efficacité. L'acquisition de ces nouvelles connaissances a également mené à l'élaboration de nouvelles hypothèses de recherche et les projets en cours devraient améliorer la compréhension des mécanismes biologiques en cause dans l'asthme. Finalement, l'étude plus approfondie de ces gènes permettra, éventuellement, de développer de nouvelles thérapies et de surcroît, améliorer les conditions de vie des personnes asthmatiques.

Titre de l'écran-titre (visionné le 6 septembre 2023) / L'émergence de l'endométriose dans les discours de santé publique et les mobilisations citoyennes en France, depuis 2014 et plus particulièrement depuis 2019, est l'occasion de se pencher sur les expériences et pratiques qui composent cette maladie et qui sont renégociées par cette visibilité accrue. Cette condition chronique commune, touchant environ 10 % des femmes et un nombre inconnu de personnes trans et non binaires, mobilise une diversité d'acteurs·rices qui s'engagent dans des processus de circulation et de négociations de connaissances qui soulèvent plusieurs interrogations. Dans ce mémoire, je cherche à comprendre comment l'endométriose est produite en Île-de-France, à l'intersection des expériences individuelles et collectives, des politiques publiques et des connaissances scientifiques et profanes. Pour ce faire, j'ai réalisé un terrain de recherche de quatre mois dans cette région lors duquel j'ai réalisé des observations, participantes ou non, des entretiens avec diverses personnes actives dans le paysage de l'endométriose ainsi qu'une analyse de la littérature. Les résultats de mon projet montrent que l'endométriose est une maladie en mouvement, constamment réinterprétée par la diversité d'acteurs·rices qui tentent de la circonscrire en fonction de leurs champs d'action respectifs. L'instabilité de la définition de cette maladie et des pratiques de soins crée aussi des obstacles qui compliquent l'accès aux soins pour les personnes atteintes d'endométriose, qui doivent constamment prouver leur légitimité dans un contexte social qui tente de simplifier une maladie pourtant complexe. / The emergence of endometriosis in public health discourses and citizen mobilizations in France in the last ten years offers an opportunity to examine the experiences and practices that shape the condition, and that are being renegotiated as a result of its increased visibility. This common chronic condition, affecting approximately 10% of women and an unknown number of trans and non-binary people, currently mobilizes a variety of actors who are engaged in knowledge circulation and negotiation. In this thesis, I seek to understand how endometriosis is produced in Île-de-France, at the intersection of individual and collective experiences, public policies, and scientific and lay knowledge. To do so, I conducted a four-month fieldwork during which I carried out observations, both participant and non-participant, interviews with various people active in the endometriosis landscape as well as a grey literature review. My findings suggest that endometriosis is a condition in transition, constantly reinterpreted by the diversity of actors trying to define it according to their respective fields of action. The instability in the definition of the condition and its relevant care practises also complicates access to care for people living with it, who must constantly attempt to prove the legitimacy of their condition in a social environment trying to simplify and standardize a complex disease.

Dans la rétine, on retrouve deux types de photorécepteurs appelés cônes et bâtonnets. Les bâtonnets, qui sont impliqués dans la vision scotopique, comprennent un segment externe qui s'appose sur une couche de cellules appelée epithelium pigmentaire rétinien (EPR). L'absorption de la lumière dans les disques du segment externe des bâtonnets est possible grâce à la rhodopsine, qui est composée d'une protéine appelée opsine et du 11 -cis rétinal. La lumière entraîne l'isomérisation du 1 l-cis rétinal en tout-trans rétinal qui se dissocie alors de la rhodopsine. L'isomère tout-trans est ensuite traité par un processus appelé "cycle visuel des rétinoïdes" qui permet la reconversion du tout-trans rétinal en 11-c/s-rétinal par une série de réactions enzymatiques qui sert à régénérer la rhodopsine. Parmi les enzymes impliquées dans ce cycle visuel, on retrouve les rétinol déshydrogénases (RDH) qui sont responsables de la formation du rétinol à partir du rétinal et vice versa. Il existe plusieurs isoformes des RDH, dont la RDH11 et la RDH8, qui sont localisées respectivement dans l'EPR et dans le segment externe des photorécepteurs, mais aucune structure n'est connue encore au sein de cette famille de protéines. L'objectif ultime de ce travail de recherche était de détenniner la structure d'un membre de la famille des RDH. Cependant, notre objectif à court terme était d'identifier et de caractériser un type de RDH qui serait suffisamment soluble pour satisfaire les conditions nunimales de cristallisation de ces protéines. Nous avons donc surexprimé et purifié la RDH 11 et la N-del-RDHll et détenriiné leur niveau de solubilité qui était insuffisant pour entreprendre des essais de cristallisation. Nous avons ensuite clone et surexprimé la RDH8 en fusion avec la GST afin de trouver une RDH plus soluble pour cristalliser un membre de cette famille de protéines.

Nous essayons de trouver de nouvelles interactions géniques pouvant donner une résistance ou une susceptibilité pour développer la schizophrénie. Nous avons donc fait l’enrichissement de voies en utilisant GSEA et Biofilter. Nous avons ensuite cherché de nouvelles interactions avec la méthode JE et la régression logistique parmi les paires de gènes identifiées. De plus, nous avons obtenu plus de résultats statistiquement significatifs qu’une sélection se basant sur les valeurs d’association marginale. Par ailleurs, les résultats pointent certains candidats intéressants comme le gène NRXN1 qui code pour une protéine d’adhésion cellulaire du système nerveux et qui aurait une interaction causant une susceptibilité avec le gène ROBO1, un gène impliqué dans la guidance des axones, et une autre avec le gène CDH13, un gène jouant le rôle de régulateur négatif dans la croissance des axones. Ces trois gènes sont déjà liés à la schizophrénie dans la littérature et pourraient servir de biomarqueurs.

Durant les dernières décennies, la recherche sur le microbiome intestinal a positionné ce dernier comme important régulateur de nombreux processus physiologiques chez l'humain. Propulsée par les technologies de séquençage à haut débit, la recherche sur l'écologie microbienne a connu un important changement de paradigme. Les méthodes d'isolation et de mise en culture de bactéries d'intérêt sont maintenant, de manière générale, remplacées par le séquençage génétique de communautés microbiennes complètes directement dans leur environnement. Ce type d'analyse, la métagénomique, a révélé l'immense catalogue de gènes bactériens présents dans l'environnement intestinal et a levé le voile sur la majorité silencieuse du microbiote : les microorganismes non-cultivables. Ce vaste catalogue de gènes microbiens représente une véritable mine d'information dans un contexte où la recherche tente de trouver des mécanismes moléculaires expliquant la relation entre le microbiome et la santé des individus. Dans ce contexte, l'apprentissage automatique, qui permet l'analyse de données complexes, peut être utilisé pour pointer vers des effecteurs microbiens d'intérêt. L'objectif du projet est d'utiliser les données métagénomiques d'individus malades et en santé dans une tâche de classification. Plus précisément, notre but est de comparer le pouvoir prédictif de différentes représentations du microbiome, toutes dérivées des données de séquençage en métagénomique non-ciblée. Notre étude a démontré que dans un contexte de classification de phénotype de l'hôte, les méthodes de représentation qui utilisent toute l'information génique séquencée permettent de meilleures performances de prédiction que celles qui utilisent exclusivement l'information contenue dans les banques de données de référence, comme les profils taxonomique et fonctionnel. Nos résultats suggèrent que l'utilisation exclusive de l'information a priori dans un contexte d'apprentissage automatique limite, d'une certaine façon, la possibilité de trouver de nouveaux effecteurs microbiens inconnus des banques de données. / During the last decades, research positioned the gut microbiome as a major regulator of numerous physiological processes in humans. Propelled by next-generation sequencing technologies, the research on microbial ecology has undergone a significant paradigm shift; generally, bacteria isolation and cultivation are now being replaced by genetic sequencing of whole bacterial communities directly from their environment. This type of analysis, referred as metagenomics, revealed the large catalog of microbial genes comprised in the gut environment and lifted the veil on the microbiota's silent majority: non-cultivable microorganisms. This vast catalog of genes represents a real mine of information in a context where research aims at finding molecular mechanisms to explain the relation between microbiome and host health. In this context, machine learning, which allows the analysis of complex data, can be used to point toward promising microbial features. The objective of this project is to use metagenomics data from healthy and diseased individuals in a classification task. More precisely, our goal is to compare the predictive power of different microbiome representations, all derived from untargeted metagenomics data. Our study has shown that in a context of host phenotype classification, representation methods that use all the available sequenced information allow better prediction performances than those that are based on reference databases, like the taxonomic and functional profiles. Our results suggest that the exclusive use of a priori information, in a machine learning context, limits, in a way, the possibility of finding new microbial effectors unknown from reference databases.

La pratique régulière de l'activité physique contribue à prévenir l'apparition de nombreux problèmes de santé. Pourtant, environ deux personnes sur cinq sont suffisamment actives pour en retirer des bienfaits. Il est donc justifié de comprendre ce qui motive les gens à adopter un mode de vie physiquement actif Pour ce faire, une approche théorique intégrée, principalement appuyée sur la théorie du comportement planifié, a été employée. Selon cette approche, les déterminants de l'adoption d'un comportement sont l'intention et la perception du contrôle. Les effets modérateurs des relations intention-comportement et perception du contrôle-comportement ont donc été investigués auprès d'adultes volontaires, à l'intérieur d'un plan longitudinal d'une période de trois mois. L'analyse de régression logistique a révélé que le comportement passé (RC : 2,93, ICgs»/»: 1,65-5,23), l'interaction intention x âge (RC : 2,08, ICQ5% : 1,15- 3,79) et perception du contrôle x revenu annuel (RC : 2,05, IC95o/„ : 1,04 - 4,04) étaient les déterminants de l'adoption du comportement. Ces résultats, qui devront être reproduits, soulèvent l'importance de l'utilisation d'interventions promotionnelles dans le domaine de l'activité physique qui ne doivent pas seulement s'intéresser qu'à augmenter la motivation des individus non-motivés. Ces interventions auraient avantage à cibler les facteurs qui modèrent les relations intention-comportement et perception du contrôle-comportement.

Tableau d'honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2024 / La construction durable dans les communautés inuites du Nunavik, Québec, Canada, fait face à de multiples enjeux concernant la demande de chauffage, l'utilisation d'énergie fossile, et le bien-être des habitant.e.s. Les précédentes recherches sur la performance des bâtiments en milieux arctiques ont adopté une approche centrée sur la physique du bâtiment, l'isolation, l'étanchéité, la consommation de chauffage, d'eau chaude et d'électricité. Au-delà de la structure et des systèmes mécaniques, le comportement des occupant.e.s est aussi une composante qui impactent fortement l'utilisation finale de l'énergie. Une bonne compréhension des interactions des ménages avec les bâtiments est aujourd'hui indispensable pour atteindre les meilleurs standards de performance énergétique et de confort. Ce projet de recherche vise à compléter la recherche existante en s'intéressant aux occupant.e.s et aux comportements d'ouvertures des fenêtres. L'ouverture des fenêtres est une action couramment observée en termes de gestion du confort intérieur, et elle joue un rôle majeur dans le taux de changement d'air et la consommation en chauffage. L'action des personnes peut être motivée par de multiple facteurs : environnementaux, sociaux, contextuels. Afin d'en capturer au mieux toutes les composantes, cette recherche adopte une approche diversifiée, ou « mixte », avec différentes méthodes de collecte de données et d'analyse. Dans un premier temps, nous analyserons les comportements d'ouverture des fenêtres dans des bâtiments résidentiels de la communauté de Quaqtaq, Nunavik. Nous étudierons l'évolution de ces comportements au cours du temps, ainsi que leur relation avec diverses variables comme la température extérieure, l'ensoleillement, ou la vitesse du vent. Cette analyse quantitative permettra le développement d'un modèle prédictif. Dans un second temps, une série d'entrevues semi-dirigées sera menées avec les habitant.e.s de la communauté. L'objectif est d'approfondir la compréhension des facteurs impliqués dans l'ouverture des fenêtres et, plus généralement, de proposer une analyse qualitative des perceptions concernant le confort intérieur, la gestion de ce confort et les pistes d'amélioration pour les habitations du Nunavik. La portée scientifique de ce projet s'inscrit dans la construction de bâtiments durables dans les régions autochtones nordiques. Ces travaux peuvent constituer une aide à la décision pour tous les acteurs impliqués dans la conception de bâtiment résidentiels au Nunavik. La petite taille des échantillons étudiés en fait une étude pilote qui ouvre la voie à de futurs travaux concernant le comportement des occupant.e.s et les relations avec la performance du bâtiment. Ce mémoire promeut l'emploi d'approche intégrée, adoptant une vision d'ensemble et favorisant l'inclusion des communautés locales. / Sustainable construction in the Inuit communities of Nunavik, Quebec, Canada, faces multiple challenges concerning heating demand, fossil fuel use, and the well-being of inhabitants. Previous research on building performance in arctic environments has focused on the physics of the building, studying insulation, airtightness, heating, hot water and electricity consumption. Beyond the structure and mechanical systems, occupant behavior is also a component that has a major impact on end-use energy. A good understanding of how occupants interact with buildings is essential if we are to achieve the highest standards of energy performance and comfort. This research project aims to complement existing research by focusing on occupants and window-opening behaviors. Opening windows is one of the most commonly observed actions in terms of indoor comfort management, but it also plays a major role in the rate of air change and heating consumption. Occupant action mechanisms can be motivated by multiple environmental, social, or contextual factors. In order to best capture all the components, this research proposes a "mixed methods" approach to data collection and analysis. First, we will analyze window-opening behaviors in residential buildings in the community of Quaqtaq, Nunavik. We will study the evolution of these behaviors over time, as well as their relationship with various variables such as outdoor temperature, sunshine, or wind speed. This quantitative analysis will enable the development of a model based on logistic regression to predict behavior. Second, the work carried out on the *in-situ* data will be supplemented by a series of semi-structured interviews with community residents. The aim is to gain a deeper understanding of the factors involved in opening windows, but also, more generally, to propose a qualitative analysis of perceptions concerning indoor comfort, the management of this comfort and avenues for improvement for Nunavik dwellings. The scientific scope of this project relates to the construction of sustainable buildings in northern aboriginal regions. This work can be a decision-making aid for all stakeholders involved in the design of residential buildings in Nunavik. The small size of the samples makes this a pilot study that paves the way to future work on occupant behavior and its relationship with building performance. This master thesis promotes the use of an integrated approach, taking a holistic view and encouraging the inclusion of local communities.

Certaines mutations de rôle inconnu dans le gène UL97 du cytomégalovirus humain ont été retrouvées dans une étude clinique comparant l'efficacité du ganciclovir et du valganciclovir oral administrés chez des patients transplantés d'organe solide. Sans isolât clinique, il est difficile de distinguer les mutations associées à la résistance, les mutations associées au polymorphisme viral et les mutations compensatrices. L'objectif de ce projet de maîtrise consiste à caractériser les mutations détectées dans le gène UL97 à l'aide de la technologie des chromosomes bactériens artificiels. Pour évaluer le rôle de ces mutations, une méthode a été développée pour générer des virus recombinants mutants. Des cellules humaines permissives ont été transfectées avec l'ADN de virus recombinants mutants clones dans un chromosome bactérien artificiel. La sensibilité au ganciclovir des virus reconstitués a ensuite été évaluée. Les mutations de rôle inconnu retrouvées dans l'étude clinique semblent associées au polymorphisme viral.

Cette recherche a pour objectif d'éclairer au plan éthique la crise écologique anthropogénique actuelle. Celle-ci peut être définie comme la diminution de la capacité de la Terre à fournir un habitat aux êtres vivants et qui découle des activités ou perturbations écologiques humaines. Cette crise se manifeste notamment par une perte d'habitats à grande échelle, une diminution vertigineuse des populations de nombreuses espèces d'êtres vivants et un taux d'extinction exceptionnel à l'échelle des temps géologiques. Cette réflexion est orientée sur trois axes. Dans un premier temps, un cadre conceptuel s'appuyant sur le concept de culture sera développé pour mettre en évidence la spécificité de l'action écologique humaine. Dans un contexte de changement de paradigme en écologie, cet enjeu de la spécificité écologique humaine a des implications pour l'éthique de l'environnement. La culture comme mode de détermination principal du comportement humain sera analysée comme produisant une instabilité fondamentale dans les rapports de coévolution qui structurent les écosystèmes. Faute de pouvoir analyser en détail l'ensemble des perturbations écologiques multiformes engendrées par Homo sapiens, les implications écologiques de l'exploitation et de la production délibérée de biomasse pour l'alimentation constitueront un fil conducteur pour l'ensemble de cette réflexion. Le second axe de cette recherche concernera la réflexion en éthique de l'environnement par rapport à la crise écologique. Il s'agira d'abord de voir si cette crise écologique constitue bel et bien un problème moral. Ensuite, trois familles de discours en éthique de l'environnement seront analysées de manière critique par rapport à leur pouvoir explicatif respectif quant au problème de la crise écologique. L'anthropocentrisme, le biocentrisme tel que formulé par Paul Taylor, et l'écocentrisme formalisé par J. B. Callicott seront tour à tour considérés. Chacune de ces formulations possédant des implications problématiques, des éléments de réinterprétation de l'écocentrisme seront proposés en s'appuyant sur les acquis de la science écologique afin de fournir de meilleures assises conceptuelles pour faire face à cette crise écologique. La troisième partie de cette recherche portera cette réflexion sur le terrain du politique. D'une part, les intérêts du vivant non-humain et ceux de l'être humain semblent s'opposer dans bien des cas, et d'autre part la relation entre une société et son environnement est aussi influencée par les rapports de pouvoir en son sein et par rapport à d'autres organisations du même ordre. Cette partie visera à réfléchir aux conditions d'organisation sociale qui pourraient favoriser une cohabitation entre l'être humain et le vivant non-humain dans le but de contribuer à l'enraiement de la crise écologique actuelle, tout en maintenant autant que faire se peut une haute qualité de vie pour le premier. Pour ce faire, le rapport à l'espace, tant des êtres humains que du vivant non-humain, sera analysé, entre autres à travers la perspective de la théorie de la biogéographie insulaire. Les implications de cette perspective pour les sociétés humaines seront développées, ce qui permettra en dernier lieu de réfléchir à la façon dont l'être humain conçoit son avenir et sa place sur Terre. / The goal of this inquiry is to shed some light from an ethical point of view on the ongoing anthropogenic ecological crisis. This phenomenon can be defined as the diminishing ability of Earth's habitat, through human ecological disturbance, to supply adequate conditions for living beings. This crisis is manifested through massive habitat fragmentation and loss, dwindling populations of many living beings, and outright extinctions, whose rate now seems to be many times higher than in the geological past. This inquiry is three-pronged. First, a conceptual framework developed around the notion of culture will enable a better understanding of the human being's ecological specificity. As there has been a paradigm shift in ecology in the last decades, the status of the human ecological disturbance has implications for environmental ethics. Culture as the main behavioral determination mechanism in humans will be analysed as producing a fundamentally unstable relationship with coevolutionary processes structuring ecosystems. Human disturbances have many forms, and all could not be properly analysed in the research. This research will thus narrow focus on human exploitation and production of biomass as food and other resources. The second part of this inquiry will analyse the current crisis through the lens of environmental ethics. We will first try to see if this crisis is actually a moral problem. Then, the explanatory power of three common theoretical outlooks in environmental ethics (anthropocentrism, Paul Taylors's biocentrism and the ecocentrism of Leopold and Callicott) will be considered with regard to the current crisis. Because these three outlooks all have problematic implications, elements for a reinterpretation of ecocentrism resting on the recent developments of ecology will be put forward in order to supply a better ethical framework to think this crisis. The third part of this inquiry will bring these issues in environmental ethics in the political realm. On the one hand, human and non-human interest often seems to oppose each other, and, on the other hand, the way a relationship between a society and its ecological background is shaped is also influenced by political power struggle within society and with similar organizations. This last part will focus on how societies could further cohabitation between humans and non-humans in order to halt the anthropogenic ecological crisis, while maintaining as far as possible high standards of quality of life for humans. In order to achieve this, the way human and non-human living beings occupy space will be analysed, mainly through the lens of the theory of island biogeography in ecology. The implications of this theoretical outlook for human societies will be developed, which will enable in the last stretch of this inquiry a reflection on the place of Man on Earth and its future.

En tentant de mettre en lumière les ressemblances et les dissonances entre les descriptions faites du corps handicapé, et les compréhensions que les athlètes paralympiques ont et ont eus de leur propre corps, on cherchera à voir dans quelle mesure cela s’inscrit dans une perspective plus large. L’objectif n’est donc pas de mettre de l’avant un portrait de la vie d’un para-sportif de haut niveau, mais plutôt de tenter de tisser les liens et les relations qui existent dans la conception de ce corps parasportif. En observant ce corps lubrique de tous les excès, ce corps symbolisant pour l’Homme sa victoire la victoire de l’Homme sur les caprices de la Nature, contournant les coups du sort. Ce sont ces désirs et ces velléités de ce corps que nous tenterons de percevoir, et cela en suivant le fil d’Ariane qui nous guidera au travers du labyrinthe d’influences qui constituent l’identité de ce corps handicapé.