To ATM είναι μια δικτυακή τεχνολογία μετάδοσης που υποστηρίζει την μεταφορά ετερογενούς κίνησης, δηλ πραγματικού χρόνου όπως ήχος, εικόνα και μη πραγματικού χρόνου όπως υπολογιστικά δεδομένα, χρησιμοποιώντας έναν μηχανισμό που διαβιβάζει μονάδες δεδομένων σταθερού μεγέθους, τα cells. Η απόδοση του δικτύου ΑΤΜ εξαρτάται σε μεγάλο βαθμό από την χαρακτηριστικά των μεταγωγέων πακέτων. Για την ανάπτυξη αποτελεσματικών μεταγωγέων χρειάζεται να αναπτύξουμε αποτελεσματικούς χρονοπρογραμματιστές υψηλής ταχύτητας που είναι απλοί στην υλοποίησή τους. Στα πλαίσια αυτής της μεταπτυχιακής εργασίας γίνεται η μελέτη και η υλοποίηση ενός νέου κατανεμημένου αλγορίθμου χρονοπρογραμματισμού για μεταγωγέα ΑΤΜ, που χρησιμοποιεί μνήμη οργανωμένη σε πολλαπλές ουρές εισόδου για την αποθήκευση των πακέτων πριν την δρομολόγησή τους. O αλγόριθμος Αμοιβαίας Προτεραιότητας (Mutual Priority) μπορεί να επιτύχει υψηλό throughput και βέλτιστη εγγύηση εξυπηρέτησης, ίση με Ν κύκλους. Επιπλέον προσφέρει πολύ υψηλή απόδοση ακόμα και με μια μόνο επανάληψη, υπερτερώντας έτσι των υπόλοιπων αλγορίθμων. Η υλοποίησηση του αλγορίθμου Αμοιβαίας Προτεραιότητας εκτελείται με 2 τρόπους: α) σε υλικό (FPGA) και β) σε λογισμικό (κώδικας C για AVR). Η πλατφόρμα FPSLIC μας επιτρέπει να αξιολογήσουμε και να συγκρίνουμε τις hardware και software υλοποιήσεις του αλγορίθμου κατά έναν ρεαλιστικό τρόπο, αφού τόσο ο μικροελεγκτής ΑVR, αλλά και η προγραμματιζόμενη λογική FPGA είναι κατασκευασμένα με την ίδια ακριβώς τεχνολογία, ενσωματωμένα σε μια μονολιθική συσκευή. Τέλος εξάγουμε αποτελέσματα μετρήσεων της ταχύτητας και επιφάνειας του χρονοπρογραμματιστή και εκπονούμε σύγκριση για διαφορετικά μεγέθη μεταγωγέα στην απόδοση μεταξύ των 2 υλοποιήσεων του αλγορίθμου μεταξύ τους, αλλά και σύγκριση μεταξύ αποτελεσμάτων, που έχουν ληφθεί από παρεμφερή εργασία, του αλγορίθμου FIRM και του αλγόριθμου Mutual Priority. Παρατηρούμε ότι ο αλγόριθμος Mutual Priority υπερέχει ξεκάθαρα, είτε για υλοποίηση σε υλικό είτε σε λογισμικό, έναντι του άλλου αλγορίθμου. / ATM is a network transmission technology that allows transfer of heterogeneous traffic, that is real-time like sound, image and non real-time like computer data, using a mechanism that delivers fixed size data units, the cells. The performance-efficiency of ATM network depends on a grate scale from the characteristics of packet switches. In order to develop efficient switches we need to design optimal high speed schedulers, which are easy to realize. In this master thesis, we present the study and realization of a new distributed scheduling algorithm for ATM switch, that uses memory organized according to the scheme of advanced input queuing. Mutual Priority Scheduler can achieve high throughput and optimum service guarentee, equal to N cycles. Furthermore it provides high performance, even with one iteration, exceeding all the other algoritms. The realization of the algorithm is performed with 2 ways: a)in hardware and b) in software. Fpslic platform let us evaluate and compare these 2 different realizations of Mutual Priority algorithm, as it contains an FPGA and a microcontroller embedded on the same chip. Finaly we present measurements for the speed and area of the scheduler, and make comparisons for different switch sizes. Moreover we compare the realization of Mutual Priority Scheduler and that of Firm scheduler. We take us an outcome that Mutual Priority scheduler surpass the other algorithm either in hardware, or in software.

ATM is the defective kinase in the neurodegenerative disorder ataxia telangiectasia. This kinase is associated with DNA double-strand break (DSB) repair and cell cycle control. Our laboratory previously demonstrated elevated levels of deletions and error-prone double-strand break repair via microhomology-mediated end joining (MMEJ) in ATM-deficient (A-T) extracts when compared to controls (wtATM+). To assess the involvement of enhanced nuclease activities in A-T extracts we studied the stability of DNA duplex substrates in A-T and control nuclear extracts under DSB repair conditions. We observed a marked shift in detection from full-length products to shorter products in A-T extracts. Addition of purified ATM to A-T nuclear extracts restored full-length product detection. This repression of degradation by ATM was dependent on its kinase activities. These results demonstrated a role for ATM in suppressing the degradation of DNA ends possibly through inhibiting nucleases implicated in MMEJ such as Mre11. Therefore, we assessed DNA end-stability in Mre11-depleted nuclear extracts and in extracts treated with the Mre11 nuclease inhibitor, Mirin. This resulted in decreased DNA degradation in both control and A-T extracts. Knockdown of Mre11 levels also led to an enhancement of DNA end-stability in nuclear extracts. Examining MMEJ levels by employing an in vivo reporter assay system revealed a decline in this pathway in Mre11-knockdown cells and in those treated with Mirin. These results signify a role for the Mre11 nuclease in MMEJ in mammalian cells and indicate a regulatory function for ATM in the control of error-prone DSB repair and preservation of DNA end-stability at a break.

Our cells are constantly dealing with DNA damage generated by endogenous cellular activity (e.g. DNA replication) and exogenous agents (e.g. ultraviolet and ionizing radiation (IR)). The cellular stress response to DNA damage requires strict co-ordination between cell cycle checkpoint control and DNA repair. In response to DNA double-strand breaks (DNA-dsbs), members of the phosphatidylinositol 3-kinase–related kinase family (e.g. ATM and DNA-PKcs kinases) have been shown to redundantly phosphorylate substrates including the DNA-dsb marker, gamma-H2AX, and the p53 tumour suppressor protein. The p53 protein is best known as the guardian of the genome through its transcriptional-dependent and -independent functions. Despite a clear link between ATM-dependent phosphorylation of p53 with cell cycle checkpoint control and various modes of DNA damage repair, the intracellular biology and sub-cellular localization of p53 and specifically its phosphoforms during DNA damage induction and repair remains poorly characterized. Using G0/G1 confluent primary human diploid fibroblast cultures, this thesis shows that endogenous p53, phosphorylated at serine 15 (p53Ser15), accumulates as discrete, dose-dependent and chromatin-bound foci within 30 minutes following the induction of DNA breaks. This biologically distinct sub-pool of p53Ser15 is ATM-dependent and resistant to 26S-proteasomal degradation. p53Ser15 co-localizes and co-immunoprecipitates with gamma-H2AX with kinetics similar to that of biochemical DNA-dsb rejoining. Sub-nuclear microbeam irradiation studies confirm that p53Ser15 is recruited to sites of DNA damage containing gamma-H2AX, ATMSer1981 and DNA-PKcsThr2609 in vivo. Furthermore, studies using isogenic human and murine cells, which express Ser15 or Ser18 phosphomutant proteins, respectively, show defective nuclear foci formation, decreased induction of p21WAF, decreased gamma-H2AX-association and altered DNA-dsb kinetics following DNA damage. We further hypothesized that the non-specific DNA binding activity of the p53 carboxy-terminus mediates chromatin anchoring at sites of DNA damage. YFP-p53 fusion constructs expressing carboxy-terminus deletion mutants of p53 were transfected into p53-null H1299 cells to determine the role of the carboxy-terminus in chromatin-binding pre- and post-IR, independent of transcriptional activity. Within this isogenic human cell system, we observed exogenous YFP-p53WT associated with ATMSer1981 and 53BP1 within cellular chromatin in a dynamic manner. We confirmed that these associations also occurred between endogenous WTp53 with ATMSer1981 and 53BP1 within the chromatin of primary human diploid fibroblasts. YFP-p53del1-299 fusion proteins, which lack transcriptional activity and the Ser15-residue, also associated within chromatin. Ser15-phosphorylation was found not to be essential for DNA damage-induced association of p53 with chromatin or with ATMSer1981 and 53BP1. These data suggest a unique biology for p53Ser15 phosphoforms in the initial steps of DNA damage signaling and implicates ATM-p53-53BP1 chromatin-based interactions as mediators of cell cycle checkpoint control and DNA repair. And we propose a model whereby a pre-existing pool of p53 that constantly scans the genome, responds immediately to radiation-induced DNA damage by virtue of its association with chromatin through its carboxy-terminus. The consequences for these p53-ATMSer1981-53BP1 complexes following DNA damage remains to be investigated: could residual complexes be associated with decreased DNA-dsb rejoining or error-prone repair, or could these complexes signal for cell survival or cell death? Since altered p53 function and biology is an important factor in cellular carcinogenesis and response to cancer therapy, this study provides a step towards a greater understanding of WTp53 and MTp53 biology in tumour development and therapeutic resistance, in the hopes to contribute towards predicting therapeutic response and/or improving p53-targeted therapies.

This study investigates the indicators of the number of ATMs (automated teller machines) in the provinces of Turkey by examining two banks: T.C. Ziraat Bankasi and T. iS Bankasi. The study depends on annual panel data from 1990 to 2004 for seventy-three provinces of Turkey. The information about the number of ATMs of the two banks is gathered after a study in the archives of the banks. In this study it is concluded that the number of ATMs of T. iS Bankasi and T. C. Ziraat Bankasi in the previous year and the total number of branches of the banks in Turkey are the indicators of ATM adoption for both of the banks concerned. However, population has a negative sign for T. C. Ziraat Bankasi which is a state bank whereas it has a positive sign for T. iS Bankasi which is a quasi-private bank. The findings also indicate that the ATM number of T. iS Bankasi is more sensitive to the number of total bank branches.

abstract: The Philadelphia chromosome in humans, is on oncogenic translocation between chromosomes 9 and 22 that gives rise to the fusion protein BCR-Abl. This protein is constitutively active resulting in rapid and uncontrolled cell growth in affected cells. The BCR-Abl protein is the hallmark feature of chronic myeloid leukemia (CML) and is seen in Philadelphia-positive (Ph+) acute lymphoblastic leukemia (ALL) cases. Currently, the first line of treatment is the Abl specific inhibitor Imatinib. Some patients will, however, develop resistance to Imatinib. Research has shown how transformation of progenitor B cells with v-Abl, an oncogene expressed by the Abelson murine leukemia virus, causes rapid proliferation, prevents further differentiation and produces a potentially malignant transformation. We have used progenitor B cells transformed with a temperature-sensitive form of the v-Abl protein that allows us to inactivate or re-activate v-Abl by shifting the incubation temperature. We are trying to use this line as a model to study both the progression from pre-malignancy to malignancy in CML and Imatinib resistance in Ph+ ALL and CML. These progenitor B cells, once v-Abl is reactivated, in most cases, will not return to their natural cell cycle. In this they resemble Ph+ ALL and CML under Imatinib treatment. With some manipulation these cells can break this prolonged G1 arrested phenotype and become a malignant cell line and resistant to Imatinib treatment. Cellular senescence can be a complicated process requiring inter-play between a variety of players. It serves as an alternate option to apoptosis, in that the cell loses proliferative potential, but does not die. Treatment with some cancer therapeutics will induce senescence in some cancers. Such is the case with Imatinib treatment of CML and Ph+ ALL. By using the S9 cell line we have been able to explore the possible routes for breaking of prolonged G1 arrest in these Ph+ leukemias. We inhibited the DNA damage sensor protein ataxia telangiectasia mutated (ATM) and found that prolonged G1 arrest in our S9 cells was broken. While previous research has suggested that the DNA damage sensor protein ataxia-telangiectasia mutated (ATM) has little impact in CML, our research indicates that ATM may play a role in either senescence induction or release. / Dissertation/Thesis / M.S. Microbiology 2011

Este trabalho descreve o protocolo de adaptação ATM do tipo 2 (AAL2), e expõe as mudanças que foram realizadas no simulador de rede ATM com a finalidade de estudá-lo. É proposto que se conheça melhor este novo padrão, planejado para baixa taixa de transferência e multiplexação de usuários e pode contribuir nos serviços de tráfego de voz, quando ocorre a integração de diversas aplicações que é o objetivo da B-ISDN. Após algumas explanações sobre o ATM em geral, é descrita de forma detalhada a recomendação I.362 que padroniza o novo AAL. É explicado o comportamento da máquina de estados de transmissão, e como ocorre a temporização para carregar diversos pacotes de voz numa mesma célula. Como foi idealizado para a classe de serviços do tipo VBR em tempo real, comentam-se alguns mecanismos próprios do AAL2 para controle de tráfego e sua influência. Descreve-se a subcamada SSCS proposta para pacotes longos, recentemente padronizada. São apresentados alguns artigos e estudos realizados sobre o AAL2 que descreve quantitativamente o ganho esperado pelo protocolo e levanta algumas questões comparando-o ao AAL1. Por ter sido inicialmente uma necessidade da telefonia celular, realiza-se um breve comentário de estudos dirigidos para a área. Com o intuito de realizar a simulação do protocolo, foi utilizado o simulador de redes ATM, desenvolvido pelo NIST, que possui certas qualidades desejadas para este trabalho, porém, foram necessárias realizar modificações para implementar a camada AAL que não estava prevista na arquitetura original dele. Para se criar um ambiente de testes propício, e com a preocupação de não corromper o funcionamento padrão, foram criadas estruturas semelhantes às existentes e realizadas mudanças sutis, reconhecidas normalmente pelo simulador original. A partir destas simulações, pretende-se deixar uma ferramenta para fazer análises deste protocolo; utilizando modelos de tráfego de voz, a fim de obter informações do seu comportamento. No entanto, este estudo limitou-se somente a demonstrar a verificação e validação do simulador a partir dos resultados gerados. Para verificar a integridade do código fonte original foram utilizados os exemplos do próprio NIST e assim garantir que nada foi alterado. Além disso, o novo módulo foi comparado a norma através de um "debug". Na validação, devido ao fato de não existir uma rede real montada e disponível para testes, foram empregados artigos para comparar os resultados e demonstrar a boa aproximação obtida. Acredita-se que desta forma obteve-se o resultado desejado de um ambiente para estudo e compreensão do AAL2 e que, futuramente, pode ser usado para todos os protocolos da camada AAL.

Com os avanços tecnológicos, as aplicações multimídia de vídeo sob demanda (VoD) são cada vez mais utilizadas. Por ser aplicável na área comercial, na área de entretenimento e até na área educacional, vídeo sob demanda é, ou será, muito empregada em ambiente corporativo. Contudo, dados multimídia, em especial vídeo, requerem certas garantias de qualidade de serviço. O problema é como obter tais garantias em redes corporativas. Deste modo, este trabalho propõe um modelo para implementação de aplicações de vídeo sob demanda em ambientes corporativos. Sendo assim, serão apresentados os requisitos básicos do serviço, padrões e modelos, e os protocolos multimídia que podem ser aplicados no desenvolvimento do modelo e na validação, através de um protótipo. / Based on technological development, the applications of video multimedia related to video on demand (VoD) have been more and more used. Since it has been applicable to commercial, entertainment, and educational field, video on demand is, or will be, used in a corporative environment. Multimedia data, especially video, require such quality of service and guarantees, but the problem is: how to get such assurances into corporative networks. Therefore, this work proposes an implementation model for video on demand applications in corporative environments. For this reason, it will present the basic requirements of the service, as well as, it standards and models, and also multimedia protocols that can be put into effects to development of the model and to its validity through a prototype.

Este trabalho descreve o protocolo de adaptação ATM do tipo 2 (AAL2), e expõe as mudanças que foram realizadas no simulador de rede ATM com a finalidade de estudá-lo. É proposto que se conheça melhor este novo padrão, planejado para baixa taixa de transferência e multiplexação de usuários e pode contribuir nos serviços de tráfego de voz, quando ocorre a integração de diversas aplicações que é o objetivo da B-ISDN. Após algumas explanações sobre o ATM em geral, é descrita de forma detalhada a recomendação I.362 que padroniza o novo AAL. É explicado o comportamento da máquina de estados de transmissão, e como ocorre a temporização para carregar diversos pacotes de voz numa mesma célula. Como foi idealizado para a classe de serviços do tipo VBR em tempo real, comentam-se alguns mecanismos próprios do AAL2 para controle de tráfego e sua influência. Descreve-se a subcamada SSCS proposta para pacotes longos, recentemente padronizada. São apresentados alguns artigos e estudos realizados sobre o AAL2 que descreve quantitativamente o ganho esperado pelo protocolo e levanta algumas questões comparando-o ao AAL1. Por ter sido inicialmente uma necessidade da telefonia celular, realiza-se um breve comentário de estudos dirigidos para a área. Com o intuito de realizar a simulação do protocolo, foi utilizado o simulador de redes ATM, desenvolvido pelo NIST, que possui certas qualidades desejadas para este trabalho, porém, foram necessárias realizar modificações para implementar a camada AAL que não estava prevista na arquitetura original dele. Para se criar um ambiente de testes propício, e com a preocupação de não corromper o funcionamento padrão, foram criadas estruturas semelhantes às existentes e realizadas mudanças sutis, reconhecidas normalmente pelo simulador original. A partir destas simulações, pretende-se deixar uma ferramenta para fazer análises deste protocolo; utilizando modelos de tráfego de voz, a fim de obter informações do seu comportamento. No entanto, este estudo limitou-se somente a demonstrar a verificação e validação do simulador a partir dos resultados gerados. Para verificar a integridade do código fonte original foram utilizados os exemplos do próprio NIST e assim garantir que nada foi alterado. Além disso, o novo módulo foi comparado a norma através de um "debug". Na validação, devido ao fato de não existir uma rede real montada e disponível para testes, foram empregados artigos para comparar os resultados e demonstrar a boa aproximação obtida. Acredita-se que desta forma obteve-se o resultado desejado de um ambiente para estudo e compreensão do AAL2 e que, futuramente, pode ser usado para todos os protocolos da camada AAL.

Este trabalho descreve o protocolo de adaptação ATM do tipo 2 (AAL2), e expõe as mudanças que foram realizadas no simulador de rede ATM com a finalidade de estudá-lo. É proposto que se conheça melhor este novo padrão, planejado para baixa taixa de transferência e multiplexação de usuários e pode contribuir nos serviços de tráfego de voz, quando ocorre a integração de diversas aplicações que é o objetivo da B-ISDN. Após algumas explanações sobre o ATM em geral, é descrita de forma detalhada a recomendação I.362 que padroniza o novo AAL. É explicado o comportamento da máquina de estados de transmissão, e como ocorre a temporização para carregar diversos pacotes de voz numa mesma célula. Como foi idealizado para a classe de serviços do tipo VBR em tempo real, comentam-se alguns mecanismos próprios do AAL2 para controle de tráfego e sua influência. Descreve-se a subcamada SSCS proposta para pacotes longos, recentemente padronizada. São apresentados alguns artigos e estudos realizados sobre o AAL2 que descreve quantitativamente o ganho esperado pelo protocolo e levanta algumas questões comparando-o ao AAL1. Por ter sido inicialmente uma necessidade da telefonia celular, realiza-se um breve comentário de estudos dirigidos para a área. Com o intuito de realizar a simulação do protocolo, foi utilizado o simulador de redes ATM, desenvolvido pelo NIST, que possui certas qualidades desejadas para este trabalho, porém, foram necessárias realizar modificações para implementar a camada AAL que não estava prevista na arquitetura original dele. Para se criar um ambiente de testes propício, e com a preocupação de não corromper o funcionamento padrão, foram criadas estruturas semelhantes às existentes e realizadas mudanças sutis, reconhecidas normalmente pelo simulador original. A partir destas simulações, pretende-se deixar uma ferramenta para fazer análises deste protocolo; utilizando modelos de tráfego de voz, a fim de obter informações do seu comportamento. No entanto, este estudo limitou-se somente a demonstrar a verificação e validação do simulador a partir dos resultados gerados. Para verificar a integridade do código fonte original foram utilizados os exemplos do próprio NIST e assim garantir que nada foi alterado. Além disso, o novo módulo foi comparado a norma através de um "debug". Na validação, devido ao fato de não existir uma rede real montada e disponível para testes, foram empregados artigos para comparar os resultados e demonstrar a boa aproximação obtida. Acredita-se que desta forma obteve-se o resultado desejado de um ambiente para estudo e compreensão do AAL2 e que, futuramente, pode ser usado para todos os protocolos da camada AAL.

Com os avanços tecnológicos, as aplicações multimídia de vídeo sob demanda (VoD) são cada vez mais utilizadas. Por ser aplicável na área comercial, na área de entretenimento e até na área educacional, vídeo sob demanda é, ou será, muito empregada em ambiente corporativo. Contudo, dados multimídia, em especial vídeo, requerem certas garantias de qualidade de serviço. O problema é como obter tais garantias em redes corporativas. Deste modo, este trabalho propõe um modelo para implementação de aplicações de vídeo sob demanda em ambientes corporativos. Sendo assim, serão apresentados os requisitos básicos do serviço, padrões e modelos, e os protocolos multimídia que podem ser aplicados no desenvolvimento do modelo e na validação, através de um protótipo. / Based on technological development, the applications of video multimedia related to video on demand (VoD) have been more and more used. Since it has been applicable to commercial, entertainment, and educational field, video on demand is, or will be, used in a corporative environment. Multimedia data, especially video, require such quality of service and guarantees, but the problem is: how to get such assurances into corporative networks. Therefore, this work proposes an implementation model for video on demand applications in corporative environments. For this reason, it will present the basic requirements of the service, as well as, it standards and models, and also multimedia protocols that can be put into effects to development of the model and to its validity through a prototype.