In Brazil, much has been published on the nature of sickness absence of civil servants employed in federal institutions of higher education, but so far, there are few researches that used for such purposes the data base of the Integrated Administration System of Human resources-SIAPE. This study aimed to identify possible diferences between sickness absence of civil servants employed in the health sector and those working in other sectors of a federal institution of higher education located in Minas Gerais, with a corresponding population to 4011 servers.This cross-sectional study, with data collected from the webpage Siapnet health module, includes 1.860 sickness absence for treatment of the server and for sick family care; 1.318 of these sickness absence referred to servants of the health sector (group I) and 542 to servants of other sectors (group II), all of both sexes and holding positions compatible with 2nd and 3rd degree education. These sickness absence were granted between January and June 2012.We classified the diagnosis of the cause of morbidity in accordance with ICD 10. The statistical evaluation included descriptive analysis of the sample. We used the Kolmogorov-Smirnov test to ensure the normality of data. We employed the Mann-Whitney U-test to evaluate the difference between medians, and to verify the associations between variables statistical Pearson s chi-square test or the Binomial test were used. We adopted a significance level of 5% (p ≤ 0,05) for the analyses. In the two groups we investigated, the highest sickness absence rates occured in Group I, among females, and in the 40 to 50 age group. In both groups, were characterized days away with short duration (1 to 14 days). Musculoskeletal and connective tissue disorders are the most frequent causes of sickness absence in the Group I; the factors that are determinants of health, the contact with health services and the respiratory diseases were the main causes of sickness absence in Grupo II. The results presented in this study confirm the health sector, female, aged between 40 and 50 years as predictors of risk of sickness absenteeism factors, as well as increased frequency of musculoskeletal and connective tissue diseases on servers in the health area, tendency corroborated in other studies. / No Brasil, muito tem sido publicado sobre o perfil dos afastamentos de servidores públicos lotados em instituições federais de ensino superior entretanto, até o momento, são escassos as pesquisas que utilizaram para tais fins a base de dados do Sistema Integrado de Administração de Recursos Humanos-SIAPE. Este estudo teve como objetivo conhecer possíveis diferenças entre as licenças médicas para tratamento de saúde de servidores lotadas na área saúde e outras áreas em uma instituição federal de ensino superior em Minas Gerais com uma população correspondente a 4011 servidores. Trata-se de um estudo de corte transversal sendo os dados colhidos através da página Siapnet módulo saúde, referentes à 1860 licenças médicas para tratamento do servidor e para o acompanhamento de familiar doente; destas, 1318 licenças médicas foram referentes a servidores lotados na área saúde (grupo I) e 542 licenças referentes a servidores de outras áreas (grupo II), de ambos os sexos, cargo compatível ao 2º e 3º grau de escolaridade, durante o período de janeiro a junho de 2012. O diagnóstico da causa mórbida foi classificado segundo a CID 10. A avaliação estatística compreendeu a realização da análise descritiva da amostra. Para avaliar a normalidade dos dados utilizou-se o teste de Kolmogorov-Smirnov. As diferenças entre as medianas foram avaliadas por meio dos testes não paramétricos de Mann-Whitney; para verificar as associações entre as variáveis foram utilizados os testes estatísticos do Qui-quadrado de Pearson ou o teste Binomial. O nível de significância nas análises foi de 5% (p ≤ 0,05). A maior frequências das licenças médicas ocorreu no Grupo I, bem como entre as mulheres, e na faixa etária de 40 a 50 anos, para os dois grupos estudados. Os dias afastados para ambos os grupos, correspondeu a curta duração (entre 1 a 14 dias). As doenças osteomuscular e do tecido conjuntivo foram às causas motivadoras mais frequentes das licenças no Grupo I; os fatores que influenciam o estado de saúde e o contato com serviços de saúde e as doenças respiratórias foram as principais causas das licenças entre os servidores do Grupo II. Os resultados apresentados neste estudo confirmam a área da saúde, sexo feminino e idade entre 40 e 50 anos, como fatores de risco preditores de absenteísmo por doença, bem como a maior frequência das doenças osteomuscular e do tecido conjuntivo em servidores lotados na área saúde, tendência corroborada por outros estudos. / Mestre em Ciências da Saúde