There are over 18,500 living species of acanthomorph (spiny-rayed fishes), and they represent half of all living fish species and a third of extant vertebrates. They inhabit countless ecological niches, they are incredibly diverse, and they have developed a number of specialised morphological innovations. The earliest acanthomorphs are known from the Cenomanian, but they were neither diverse not abundant during the Cretaceous period. Following the end-Cretaceous extinction event, the acanthomorphs radiated, and by the Eocene they were anatomically modern. However, our understanding of the relationships between most fossil and living acanthomorphs, and the macroevolutionary processes behind their rise to dominance in the Recent, are poorly known. In this thesis, I aimed to develop our understanding of the evolution of the acanthomorphs by combining palaeontological and neontological data. I undertook three separate projects to accomplish this. First, I studied the anatomy two fossil representatives (†Aipichthys pretiosus and †'Aipichthys' nuchalis) of a primitive acanthomorph lineage, the lampridomorphs. I then placed these taxa in a phylogenetic analysis to reveal the pattern of character evolution leading to the crown-group. Second, I aimed to understand the morpho- logical condition at the base of the acanthomorph tree by studying the relationships between two extinct groups (†Ctenothrissiformes and †Pattersonichthyiformes) that may have branched from the acanthomorph stem. Phylogenetic analyses utilising morphological and molecular data support a stem ctenosquamate placement for these taxa. Third, using a timescaled supertree, I studied the evolution of one of the major acanthomorph innovations, the protrusile upper jaw. The combination of palaeontological and neontological data provided deep insight into the evolution of the acanthomorphs, and allowed for the identification of patterns and processes that could not be identified from studying extant taxa in isolation.

Si le but de la reconstruction phylogénétique est d'avoir une idée des relations de parenté réelles entre les êtres vivants, il est bon de ne pas se contenter d'un simple arbre obtenu par l'analyse combinée d'un ensemble de données. En effet, même des clades robustes apparaissant dans un tel arbre peuvent ne pas être fiables. La confiance dans une affirmation phylogénétique ne peut émerger qu'après une comparaison de résultats obtenus par des données indépendantes.<br />Dans un premier temps, la présente thèse propose de mesurer la fiabilité d'un clade à partir d'un indice de répétition prenant en compte le nombre d'occurrences obtenues pour ce clade sur un ensemble d'analyses de données indépendantes, c'est-à-dire peu susceptibles de donner lieu aux mêmes biais de reconstruction. Plus un clade est obtenu un nombre élevé de fois de cette façon, plus il peut être considéré comme fiable. Il est également tenu compte de la présence ou non de clades eux-mêmes répétés et incompatibles avec le clade d'intérêt. Plus un clade est contredit par un clade possédant un grand nombre d'occurrences, moins il doit être considéré comme fiable.<br />Dans une deuxième partie, l'indice de répétition est calculé à partir d'une série d'analyses mettant en jeu environ 200 taxons et basées sur quatre marqueurs nucléaires: Rhodopsine, MLL4, IRBP et RNF213 (ce dernier étant utilisé ici pour la première fois). Ces marqueurs sont analysés suivant des méthodes probabilistes, séparément et en combinaisons de 2, 3 ou 4, ce qui permet de bénéficier des avantages de l'analyse combinée tout en ayant des séries de résultats indépendants à comparer.<br />Les résultats de l'analyse de fiabilité sont ensuite synthétisés sous forme d'arbres incluant en priorité les clades les plus fiables, suivant des méthodes gérant de plusieurs façons les différences d'échantillonnages taxinomiques entre les jeux de données.<br />Les arbres de synthèse obtenus permettent de préciser la structure de la phylogénie des téléostéens acanthomorphes (Actinopterygii : Teleostei). De nouveaux clades fiables sont identifiés à plusieurs niveaux de résolution, et de nouveaux taxons sont placés dans la phylogénie des téléostéens acanthomorphes.