La cycline B est un des régulateurs clef du cycle cellulaire, associée à Cdc2 elle forme<br />le MPF (Maturation Promoting Factor). Ce complexe contrôle la transition entre phases G2 et<br />M du cycle cellulaire. Au laboratoire, un variant d'épissage de la cycline B d'oursin a été<br />découvert. Il lui manque la partie C-terminale, dans laquelle certains résidus sont très<br />conservés.<br />Au cours de ce travail, le même variant a été cloné chez l'étoile de mer. Ses<br />partenaires ont été recherchés par criblage de banque en double hybride chez la levure ainsi<br />qu'en chromatographie d'affinité. Cette dernière technique a permis d'isoler une protéine de<br />15kDa (P15) qui s'associe à la cycline B même en l'absence de Cdc2. Une particularité de<br />cette protéine est d'exister sous trois formes alléliques. La P15 est localisée au niveau du<br />fuseau de division. Des exprériences de micro-injections ont montré qu'elle joue un rôle dans<br />la sortie de méiose, vraisemblablement en liaison avec la dégradation de la cycline B.<br />Parallèlement, le rôle des résidus manquant chez le variant d'épissage a été étudié par<br />la mutagénèse du C-terminal de Clb2 de levure. Ces résidus sont importants pour la<br />localisation de la cycline mais aussi pour son association correcte avec Cdc2.

sans résumé

Ces dernières années, les expériences de Résonance Magnétique Nucléaire et de Dichroïsme Circulaire ont permis d'élargir les connaissances sur l'importance d'un certain nombre de paramètres, en particulier la séquence en acides aminés, sur la conformation des peptides en solution. Afin de rendre possible l'analyse de ces données, nous avons développé la base de données Pescador 'PEptides in Solution ConformAtion Database: Online Resource'. Pescador contient les données de RMN et de Dichroïsme Circulaire sur des peptides en solution, ainsi que des paramètres structuraux dérivés de ces données expérimentales. Un système de collecte des données par l'intermédiaire d'une interface web a été réalisé, ainsi qu'un accès aux données stockées (http://www.ucmb.ulb.ac.be/Pescador/). Pour illustrer l'intérêt d'une telle base de données dans l'analyse des conformations des peptides, nous avons analysé les déplacements chimiques des protons alpha stockés dans Pescador, obtenus par RMN pour différents peptides, et provenant de différents laboratoires. À partir de cette analyse, nous proposons de nouvelles valeurs de déplacements chimiques pour les conformations non-structurées, valeurs de référence pour l'étude de la conformation de peptides en solution. Tout d'abord, nous avons montré que ces valeurs sont similaires à celles obtenues expérimentalement sur des peptides modèles, et que leur variation en fonction de la concentration de trifluoroéthanol est similaire à celle reportée dans la littérature. Nous avons également pu montrer que les valeurs des déplacements chimiques peuvent être utilisées pour dériver des facteurs de correction prenant en compte l'effet des résidus voisins. Ces facteurs sont comparables à ceux récemment dérivés à partir d'une série de peptides GGXGG1. Ces résultats encourageants suggèrent que plus le nombre de données déposées dans Pescador sera important, plus les analyses de ces données offriront des paramètres clés significatifs pour l'analyse de la conformation des peptides.<br />En effet, une importante quantité de données disponible sur les conformation de peptides et une rapidité à les regrouper afin de mieux comprendre les effets de la séquence sur les conformations, sont les deux principaux ingrédients pouvant permettre l'établissement de cette base de données spécialisée.<br /><br />La deuxième partie de ce travail a consisté en la mise en relation de motifs structuraux de protéines et de motifs de contraintes nOe. Afin de mener a bien ce projet, nous avons réalisé une base de données contenant des informations structurales, dont les contraintes nOe, pour 97 protéines. Nous avons ensuite appliqué une méthode de clustering spécialement étudiée pour les structures de protéines issues d'expériences RMN, et constituées de plusieurs modèles. Cette méthode possède trois étapes : la sélection du modèle représentatif, la classification suivant la signature de Ramachandran et un clustering hiérarchique. Cette méthode nous a permis d'extraire des motifs structuraux des données initiales. L'analyse de ces motifs et de leurs caractéristiques expérimentales a mis en évidence des particularités au niveau des contraintes nOe. Ces observations ont été pour partie confirmées par la littérature.<br /><br />Pescador offre donc un nouveau moyen d'obtenir des valeurs de référence à partir de celles observées par RMN sur des peptides ou des segments de protéines, en fonction de la séquence ou de l'environnement. Un atout important réside dans le fait que le biais est réduit grâce à l'analyse d'un nombre important de peptides collectés sous différentes conditions et provenant de différents laboratoires. Le potentiel est aussi présent pour de nombreuses recherches sur les influences de la séquence, du pH ou de la température, sur des paramètres RMN spécifiques. Cependant, la clé pour améliorer les analyses reste la collecte d'un plus grand nombre de données. La deuxième partie de ce travail a été consacrée au développement d'une méthode de classification de motifs structuraux récurrents de protéines, et à l'étude des relations avec leurs empreintes expérimentales. Une analyse des propriétés communes des clusters de fragments, en terme de contraintes nOe, a donné lieu dans un premier temps à la validation de notre méthode. Elle a permis de présenter une analyse intéressante d'une catégorie de motifs structuraux – les coudes – et offre des perspectives prometteuses pour d'autres études. Regrouper des données afin de les analyser rend en effet possible la mise en évidence de leurs propriétés globales. Ce travail a permis de caractériser deux de ces aspects : l'un au travers de Pescador sur les déplacements chimiques et l'autre au travers des motifs structuraux récurrents de protéines sur les contraintes nOe.

La préhension manuelle, impliquée dans l'acquisition de nourriture et la locomotion, est commune à tous les primates. Toutefois, les mécanismes de son émergence et de son évolution restent encore à élucider. Quels sont les facteurs 1) écologiques (propriétés de la nourriture et du substrat) conduisant à une plus grande utilisation de la main chez les premiers primates et 2) fonctionnels (posture corporelle, cinématique du membre supérieur) impliqués dans l'évolution de la préhension des primates?Afin d'apporter des éléments de réponse, cette thèse a pour objectif de déterminer les stratégies comportementales et cinématiques de la préhension non contrainte d'espèces représentatives des grands groupes phylogénétiques primates (microcèbe, lémur catta, capucin, gorille, chimpanzé, humain).Tout d'abord, les stratégies comportementales du microcèbe, présentant des convergences avec les premiers primates, suggèrent que l'arboricolie et l'omnivorie ont joué un rôle important dans l'émergence des capacités de préhension des primates. Ensuite, l'analyse de la préhension du gorille et de l'humain montre une influence limitée des postures corporelles sur les stratégies articulaires du membre supérieur. Enfin, la comparaison de toutes les espèces montre que certains invariants cinématiques de la préhension liés à la vitesse du poignet existent indépendamment des espèces et que d'autres semblent être lié au comportement des espèces. En outre, deux stratégies articulaires divisent les espèces favorisant les rotations (gorille et chimpanzé) de celles privilégiant les flexions-extensions (lémur, capucin, humain). Ces stratégies articulaires semblent avoir évolué indépendamment de leurs capacités préhensiles.L'ensemble de ces résultats est discuté au regard des données comportementales et fonctionnelles connues et confronté aux théories actuelles sur l'origine et l'évolution de la préhension.

Les campylobacters sont des bactéries zoonotiques responsables d'entérites chez l'homme. La viande de volaille est considérée comme une source importante de contamination. Il a été suggéré que les désinfectants et les stress subis par les bactéries au cours des procédures de nettoyage et désinfection et des procédés d'abattage des volailles puissent favoriser la sélection de gènes de résistance aux antibiotiques. Afin d'explorer cette hypothèse, des prélèvements dans 4 abattoirs de volailles ont été réalisés au cours de 9 visites. Les niveaux de résistance des campylobacters isolés ont été déterminés par la méthode de dilution en milieu gélosé pour 6 antibiotiques et 2 substances actives entrant dans la composition de désinfectants. Des souches isolées dans l'environnement des abattoirs après nettoyage et désinfection et sur les carcasses de volailles avant l'entrée en salle de ressuage, ont été génotypées avec la technique de PCR-RFLP des gènes pfla/gyrA et flaA. Nos résultats montrent d'une part que les campylobacters sont capables de survivre aux opérations de nettoyage et de désinfection dans les abattoirs de volailles, et que ces souches sont susceptibles de contaminer les carcasses de volailles. D'autre part, nos résultats indiquent que les opérations d'abattage et les procédures de nettoyage et désinfection dans les abattoirs de volailles ne semblent pas favoriser la sélection de souches de campylobacter résistantes aux antibiotiques.

Le Cerf (Cervus elaphus) et le Chevreuil (Capreolus capreolus) sont 2 cervidés qui abondent en Europe, ils partagent souvent le même habitat. Les cervidés passent en moyenne 50% de leur temps au repos, cependant les critères de sélection des sites de repos ont été peu étudiés.<br />L'objectif de notre travail est double : i) décrire les patrons de sélection des sites de repos, pour chaque espèce et à différentes échelles spatiales et temporelle, et ii) comparer les patrons de sélection des deux espèces.<br />L'étude a été menée au sein du Parc National des Cévennes, dans la Forêt Domaniale du Bougès. L'échantillonnage par transects a permis de décrire les caractéristiques de 425 reposées, au cours de 2 hivers et de 2 étés. La méthode PCR appliquée à l'ADN de poils prélevés sur les reposées s'est révélée pertinente pour distinguer Cerf et Chevreuil.<br />A l'échelle du peuplement forestier, nous montrons un fort chevauchement entre Cerf et Chevreuil dans l'utilisation, pour se reposer, des différents types de peuplement. Les 2 cervidés ont tendance à éviter les peuplements résineux adultes été comme hiver. Le Chevreuil est moins sélectif à cette échelle, et utilise indifféremment les peuplements forestiers en été. Le Cerf a par contre un comportement très sélectif et manifeste une préférence marquée pour les jeunes peuplements résineux.<br />A l'échelle du microhabitat, le Cerf et le Chevreuil recherchent toujours une bonne protection visuelle, à travers un couvert latéral important. Ce couvert est essentiellement composé de résineux pour le Cerf, alors que le Chevreuil utilise aussi les feuillus quand ils sont disponibles en été.<br />En hiver, le Chevreuil se couche sous un fort couvert dans la canopée, ce couvert est plus élevé que pour le Cerf. Il se repose à proximité des lisières contrairement au Cerf qui sen éloigne.<br />Nous discutons ces différences de patron de sélection entre le Cerf, qui occupe un domaine vital étendu, et le Chevreuil, territorial, qui vit sur un domaine beaucoup plus restreint.

Depuis le milieu des années 1990 et la publication des deux premiers génomes complètement séquencés (Haemophilus influenzae et Saccharomyces cerevisiae), la biologie a franchi une nouvelle étape. Après la révolution de la biologie moléculaire du début des années 1970 et la vision, que certains qualifient de réductionniste, qu'elle a amenée, l'ère de la génomique fait actuellement évoluer la biologie vers une vision plus intégrative. Ce nouvel engouement pour une biologie dite intégrative a permis de prendre conscience que l'idée selon laquelle l'inventaire complet des gènes d'un organismes permettrait d'appréhender son fonctionnement est une vision simpliste, bien qu'elle ait justifié en grande partie le développement de nombreux "projets génomes".<br /><br />J'ai eu la chance de commencer mes travaux de recherche au début des projets génomes et j'ai, dans ce cadre, participé au projet de séquençage du génome de la levure Saccharomyces cerevisiae. Je ne pourrais dire si c'est en opposition à l'idée du génome vu comme un simple sac à gènes, mais dès ce moment, j'ai orienté mon travail de recherche vers l'étude de l'évolution de la structure des chromosomes de la manière la plus indépendante possible des gènes qu'ils portent. Il m'importe, au travers de mes travaux, d'essayer de mettre en évidence des contraintes évolutive qui sont liées à la nature même du support de l'information génétique et non à l'information portée.<br /><br />La stratégie suivie m'a conduit à étudier les mécanismes de duplication à l'origine de nombreux remaniements chromosomiques. Il m'a été ainsi possible de proposer un modèle expliquant l'origine de nombreuses répétitions observables dans les génomes ainsi que leurs évolutions. Ce modèle semble être applicable, pour ses grandes lignes, aux trois super règnes (Eucaryotae, Eubacteriacae et Archae) ce qui montre le caractère ancestral des mécanismes sous-jacents.<br /><br />Même si l'exercice présente un intérêt, il ne serait sans doute pas raisonnable de poursuivre ce type de travail sans tenter de croiser les résultats ainsi obtenus avec des données relatives à l'information présente sur les chromosomes, et donc à la fonction des gènes codés par ceux-ci. La mise en place du lien entre les données de répétitions dont je dispose et les données fonctionnelles disponibles relève de l'intégration et donc de la représentation des connaissances. MicrOBI peut être considéré comme ma réponse à ce problème. Aujourd'hui cette base de données permet de maintenir cohérents les liens existant entre plusieurs bases de données publiques décrivant différents types d'informations biologiques. L'ajout des données de répétition au schéma actuel permettra de poser au système des requêtes complexes intégrant les différents niveaux de données que sont le génome, le protéome et les classifications fonctionnelles.

L'éducation à la santé est un champ récent, dont les actions, qualifiées d'objets complexes, nécessitent des évaluations. L'évaluation doit être orientée en fonction des objectifs politiques fixés, schématisés par les démarches de pilotage, de régulation ou de gouvernance, car ces démarches correspondent en réalité à des paradigmes et épistémologies différents qu'il faut expliciter. Des travaux de méthodologie d'évaluation existent dans d'autres champs plus anciens (éducation, santé, etc.) dont la revue de la littérature actualisée permet de proposer des transpositions, d'autant que l'évaluation se veut transversale et n'est propre à aucun champ. Au regard de la littérature, on dégage un concept correspondant au fait que l'évaluation consiste à mettre en évidence la qualité ou la non qualité des objets étudiés. De ce fait, il existe de premières pistes pour dégager comment évaluer les actions d'éducation à la santé, en fonction de ce que l'on définit par qualité desdites actions. Les définitions de la qualité varient en fonction des paradigmes et épistémologies sous-jacents aux objectifs politiques prédéfinis. Si l'on précise ce que l'on entend également par complexe, on peut retenir les trois principes d'Edgar Morin : dialogique, de récursion organisationnelle et hologrammatique. Ces principes permettent de sortir des logiques d'opposition binaire et linéaires généralement proposées, qui s'adaptent mal aux objets complexes en général. Par l'explicitation de concepts scientifiques, on permet ainsi de dégager une méthodologie d'évaluation des actions d'éducation à la santé, confortée par des exemples concrets.

La part relative de la transmission du VIH par l'allaitement maternel dans le risque global de transmission mère-enfant est importante en Afrique. Des interventions visant à réduire cette transmission du VIH par l'allaitement maternel sont envisageables en Afrique. Ces alternatives à l'allaitement maternel prolongé consistent soit à le remplacer par une alimentation artificielle, soit à réduire la durée d'allaitement en mettant en œuvre un sevrage précoce. Ces interventions ont été évaluées dans le cadre de la cohorte Ditrame Plus, conduite à Abidjan en Côte d'Ivoire entre 2001 et 2005. Nous avons mis en évidence que cette stratégie de réduction de la transmission du VIH était acceptable, sûre et efficace. Les implications en terme de santé publique ont été discutées en soulignant les difficultés liées à la mise en œuvre opérationnelle de ces interventions en Afrique. Des contextes africains où l'accès à ces interventions pourrait être une réalité ont par ailleurs été détaillés.

Depuis l'éradication du paludisme à la Réunion, les autorités sanitaires locales s'attachent à éviter une reprise de sa transmission. Le risque sanitaire est lié à l'importation de souches plasmodiales depuis les pays voisins à fort potentiel paludogène ainsi qu'à la présence d'An. arabiensis, seul vecteur potentiel de la maladie sur l'île. La capacité vectorielle d'An. arabiensis à la Réunion est globalement faible mais sa mesure dans différentes parties de l'île et à différentes saisons montre que la transmission du paludisme reste possible lorsque les conditions environnementales sont favorables. La mission de lutte contre la réintroduction du paludisme est dévolue à la DRASS de la Réunion, qui applique actuellement un programme de lutte systématique contre les vecteurs dans les régions littorales de l'île. Or, le risque lié au paludisme présente une grande hétérogénéité, à la fois géographique et saisonnière, en fonction de la présence éventuelle du réservoir humain infectant (cas importés) et des caractéristiques biologiques des populations vectorielles. Ce constat permet d'envisager une conception et une organisation différentes de la lutte antipaludique à la Réunion qui pourrait être basée sur une approche beaucoup plus sélective. Un système d'information géographique est proposé dans le but de planifier des actions ciblées à la fois dans le temps et dans l'espace. Il permet d'identifier, sur la base du recueil hebdomadaire de données entomologiques et épidémiologiques, des zones où le risque sanitaire est réel et d'établir des priorités d'intervention en matière de lutte antivectorielle et d'éducation sanitaire