Les vecteurs lentiviraux sont parmi les plus efficaces et les plus aisés à manipuler en vue du transfert de gènes. Leur application est toutefois fortement compromise par le risque de mutagenèse qui résulte de l'intégration de leur génome dans la chromatine de la cellule cible. Plusieurs stratégies peuvent être envisagées afin de contourner ce risque, l'une d'entre elle est de bloquer l'intégration du génome vecteur et d'utiliser des vecteurs lentiviraux sous forme épisomale.<br />Nous avons introduit une mutation dans la région C-terminale de l'itégrase de vecteurs dérivés du HIV (262RRK->AAH). Nous avons démontré que ces vecteurs permettent l'expression d'un transgène dans différentes lignées cellulaires in vitro ainsi que dans des cultures primaires de cellules en arrêt de division (astrocytes et neurones). L'expression du transgène est perdue par dilution des génomes non intégrés au cours de la division cellulaire. Elle est au contraire stable dans des cellules en arrêt de division. Nous avons également évalué l'activité résiduelle d'intégration des vecteurs mutants exprimant le gène de résistance au G418 (NEO), elle est réduite de 2 à 3 log par rapport au vecteur contrôle. Enfin, nous avons démontré la capacité de ces vecteurs lentiviraux non-intégratifs à diriger l'expression d'un transgène in vivo dans le système nerveux central de rongeur, pendant au moins 10 semaines après injection dans le striatum de souris et pendant au moins 5 mois après injection sous-rétinienne chez le rat.<br />Nous avons ensuite entrepris l'amélioration de l'efficacité d'expression du transgène et la réduction de l'activité résiduelle d'intégration. En premier lieu, dans le but d'augmenter l'activité transcriptionnelle des formes épisomales du génome lentiviral, nous avons incorporé des séquences d'attachement à la matrice nucléaire (séquence MAR de la chaîne légère de l'immunoglobuline de souris et séquence MAR du lysozyme de poulet). Nous avons transduit in vitro différentes lignées cellulaires ainsi que des progéniteurs neuraux humains avec des vecteurs lentiviraux non-intégratifs permettant l'expression de la Luciférase. Nous n'avons pas observé d'amélioration significative du niveau d'expression du transgène en présence des séquences MAR.<br />Parallèlement, nous avons produit des vecteurs portant différentes mutations de l'intégrase (N : 262RRK↑AAH, ou LQ : 186K↑Q, 214Q↑L, 216Q↑L, ou 64D↑V) permettant l'expression de différents transgènes (GFP, LUC, GDNF). Nous avons comparé in vitro l'efficacité de transduction de ces différents vecteurs. Nous avons établi que le vecteur N est moins efficace que les vecteurs D64V et LQ. Nous avons en effet observé un phénomène de saturation de la transduction par le vecteur N. Les vecteurs D64V et LQ permettent une expression comparable du transgène.<br />Nous avons également produit des vecteurs permettant l'expression du gène NEO portant ces différentes mutations d'intégrase, seules ou en combinaison avec la modification des séquences d'attachement des LTR. Nous avons comparé la fréquence d'intégration résiduelle de ces différents vecteurs et observé que le vecteur D64V présente l'intégration la plus élevée parmi les vecteurs mutants. La fréquence d'intégration est réduite de 1 à 2 log par rapport au vecteur contrôle intégratif tandis qu'elle est réduite de 2 à 3 log pour les vecteurs N et LQ. Par ailleurs, nous n'avons pas observé de réduction significative de l'intégration par la modification des LTR, qu'elle que soit l'intégrase mutée considérée.

L'objectif de ce travail était de caractériser le potentiel de l'épinoche à trois épines (Gasterosteus aculeatus L.) comme espèce sentinelle utilisable pour la surveillance des milieux aquatiques à l'aide d'un ensemble de biomarqueurs. Dans ce but, des méthodes de dosage de biomarqueurs reflétant la métabolisation des xénobiotiques, le stress oxydant et ses effets, la neurotoxicité et la perturbation endocrinienne œstrogénique and androgénique ont été développées and validées. Nos résultats, obtenus en conditions contrôlées et sur le terrain, ont montré que les biomarqueurs mesurés chez cette espèce sont des paramètres sensibles et inductibles. Afin d'exploiter le plein potentiel des biomarqueurs, des valeurs basales mesurées sur un site de référence ont été établies and leur variabilité en fonction de facteurs biotiques et abiotiques tels que le sexe des poissons et la saison d'échantillonnage a été caractérisée. Leur utilisation sur le terrain renseigne sur les effets précoces de la contamination du milieu. Elle apporte également une information complémentaire à celle fournie par les analyses chimiques et les études populationnelles, et permet la discrimination des sites d'étude. Enfin, le développement d'un indice « biomarqueurs » permettant la synthèse des données recueillies offre des perspectives d'utilisation dans un contexte de gestion des milieux aquatiques.

Le cycle cellulaire des entérovirus est connu grâce aux nombreux travaux publiés portant sur les<br />poliovirus. Il reste néanmoins de nombreuses interrogations concernant les premières étapes de<br />l'infection correspondant à l'attachement et à l'entrée du virus dans la cellule. Elles constituent pourtant des cibles potentielles pour de futurs antiviraux. Nous nous sommes donc intéressés aux étapes précoces de l'infection par echovirus 6, un des nombreux sérotypes du genre Enterovirus. A partir d'une souche isolée chez un patient, deux populations virales se distinguant par leur capacité à hémagglutiner (HAE6 et NHAE6) ont été sélectionnées par passages successifs sur cellules PLC et HeLa. L'utilisation de composés chimiques et de formes mutées de protéines impliquées dans l'endocytose ont permis de caractériser leurs voies d'entrée. HAE6 semble pénétrer dans la cellule par un sous-type de radeaux lipidiques, les caveolae, alors que NHAE6 a recours aux puits tapissés de clathrine. La comparaison des séquences codant pour les 4 protéines de capside a ensuite révélé 4 substitutions d'acides aminés localisées dans des régions très exposées de la capside virale impliquées dans la liaison du virus à son récepteur cellulaire, suggérant l'utilisation de récepteurs différents. Ainsi, une affinité 4 fois supérieure pour DAF, une protéine présente dans les radeaux lipidiques, orienterait l'endocytose de HAE6 vers les caveolae. Parmi les autres candidats potentiels évalués, ni les acides sialiques, ni l'intégrine VLA-2, ni CAR, le récepteur des coxsackie et adénovirus, interviennent dans l'infection par echovirus 6 tandis que les sulfates d'héparanes joueraient simplement le rôle de récepteurs d'attachement. Finalement, seule la co-expression de DAF et de CAR a permis l'infection productive par HAE6 et NHAE6 de cellules CHO démontrant pour la première fois le rôle de CAR comme récepteur pour un echovirus. Ces données montrent qu'une souche virale isolée d'un patient est en fait constituée d'un mélange de quasi-espèces susceptibles d'entrer dans la cellule par différentes voies d'endocytose conférant au virus une capacité d'adaptation majeure aux multiples environnements rencontrés au cours de l'infection.

Les technologies de la réalité virtuelle permettent à un utilisateur d'interagir en temps réel, au moyen de diverses interfaces, avec un monde tridimensionnel engendré par l'ordinateur. Les thérapeutes se sont saisis des possibilités de ce nouveau mode d'interaction, et ont contribué au développement d'environnements virtuels ciblant le diagnostic, la thérapie, la réhabilitation, et l'évaluation. Nous avons choisi de nous concentrer sur la prise en charge de troubles cognitifs et comportementaux rencontrés dans les domaines de la psychiatrie et de la neuropsychologie.<br /> Les technologies de la réalité virtuelle offrent de nouveaux moyens d'évaluer et de réhabiliter les fonctions cognitives. Elles permettent de surmonter certaines difficultés inhérentes aux méthodes traditionnelles et proposent des solutions plus adaptées. Typiquement, les tâches « papier-crayon » sont remplacées par des mises en situation proches des activités de la vie quotidienne. La contribution de cette recherche concerne ainsi l'adéquation de l'approche réalité virtuelle au diagnostic et à la thérapie, et les apports conséquents.<br />Deux thèmes, encore peu investigués, ont retenu notre attention : le traitement de la phobie sociale en psychiatrie, et l'évaluation de la planification de l'action en neuropsychologie. La recherche que nous avons menée a ainsi visé deux objectifs. Le premier a été de concevoir deux applications fondées sur la réalité virtuelle concernant ces deux thèmes et d'en évaluer la faisabilité. Le second a été de dégager les apports de la réalité virtuelle à la prise en charge de dysfonctionnements de l'individu.<br />La création et la mise en place d'une thérapie de la phobie sociale fondée sur la réalité virtuelle a soulevé différents enjeux : créer des situations d'interaction sociale suscitant des réactions émotionnelles chez des patients phobiques sociaux ; investiguer les différentes facettes de la phobie sociale. Les résultats de l'étude clinique menée auprès de patients phobiques sociaux ont conclu à l'efficacité de la thérapie par réalité virtuelle. <br /> La conception d'un système virtuel dédié à la prise en charge de dysfonctionnements cognitifs de l'individu nous a conduits à aborder l'évaluation de la planification de l'action. Elle est fondée sur la création d'une tâche de planification et d'un environnement virtuel dits écologiques. L'application s'est déroulée dans le contexte du vieillissement et de la maladie de Parkinson. L'étude menée auprès de patients parkinsoniens laisse entrevoir la pertinence et les potentialités de l'utilisation de la réalité virtuelle.<br /> Les expérimentations menées nous permettent ainsi de dégager les apports de la réalité virtuelle dans la prise en charge de troubles cognitifs et comportementaux. Les apports tels que le contrôle des stimuli, la flexibilité, etc. ouvrent la voie à de nouveaux thèmes de réflexion concernant la place de la réalité virtuelle dans le processus clinique.

L'association d'une hépatopathie chronique ou aiguë et d'une insuffisance rénale est habituellement grevée d'une mortalité très importante. La dialyse péritonéale était jusqu'à une date récente considérée comme inefficace dans ce tableau. La revue de la littérature sur cette pathologie et son traitement à l'aide de la dialyse péritonéale, ainsi que l'étude de huit patients, permet pourtant d'affirmer que dans ses modalités actuelles la dialyse péritonéale constitue un traitement substitutif de choix en cas d'insuffisance rénale chez un patient souffrant d'une hépatopathie sévère, que ce soit dans le cadre de l'insuffisance rénale aiguë ou dans celui de l'insuffisance rénale chronique.

Tout chirurgien est confronté au cancer à un moment ou à un autre. La connaissance de la cancérologie générale et des bases de la chirurgie oncologique est une nécessité. Si cette spécificité n'est pas reconnue en France, il existe une spécialité de chirurgie oncologique dans plusieurs pays européens. La chirurgie oncologique évolue selon les connaissances de la carcinogénèse, et les thérapeutiques non chirurgicales viennent modifier la place et les modalités de la chirurgie oncologique. La chirurgie oncologique a récemment été redéfinie à travers un Livre Blanc publié par la Fédération Nationale des Centres de Lutte Contre le Cancer, et une approche un peu différente est réalisée par l'Institut National du Cancer (INCA). Les caractéristiques de la chirurgie oncologique peuvent se décliner sur un mode général et ensuite être appliquées à chaque organe concerné. Dans ce sens la chirurgie oncologique ajoute une spécificité à la chirurgie d'organe. Les principales caractéristiques qui définissent la chirurgie oncologique - une prise en charge globale, l'indication chirurgicale intégrée dans une réflexion multidisciplinaire pré et post-opératoire, le respect de l'organe ou sa reconstruction, les notions fondamentales de choix optimal des incisions, de diagnostic pré opératoire, de bilan d'extension préalable, de limites d'exérèse en fonction des pathologies et des organes concernés – sont intégrées dans une démarche de pratique médicale basée sur le niveau de preuve scientifique.<br />La chirurgie oncologique participe à la qualité de la prise en charge globale du patient atteint d'un cancer. La chirurgie oncologique apporte aux spécialistes d'organe des connaissances et des compétences complémentaires sans nier leur évidente implication dans la prise en charge des patients atteints de cancer. Le cas des réunions de concertation pluridisciplinaires est une illustration de mon engagement à promouvoir cette complémentarité, en participant aux différentes réunions, tant au Centre anticancéreux qu'au CHU de Nancy.<br />L'expérience acquise dans le service de chirurgie générale et viscérale, ainsi que dans les différents services francophones de chirurgie viscérale, a permis de développer la recherche clinique. Cette recherche a pour thème la chirurgie fonctionnelle digestive et viscérale (sujet de thèse de Docteur en Médecine), la chirurgie pariétale, la chirurgie endocrinienne et la chirurgie des urgences. Ma formation en chirurgie oncologique m'a permis d'orienter les recherches fondamentales sur les traitements locaux des métastases hépatiques. La collaboration avec le laboratoire de chirurgie expérimentale de la Faculté de Médecine de Nancy a contribué à la mise au point de nouveaux modèles expérimentaux animaux. Aux contacts des équipes étrangères, la poursuite de ces travaux de recherche, tant cliniques qu'expérimentaux, s'est renforcée et a permis le développement à Nancy de techniques innovantes comme la chimiohyperthermie intrapéritonéale et le ganglion sentinelle.

L'inférence phylogénomique cherche à combiner le signal évolutif induit par un ensemble de gènes dans le but de construire un unique arbre phylogénétique.<br />Elle peut être décomposée en trois grandes familles méthodologiques: la combinaison basse, qui s'appuie sur la concaténation des différents gènes, la combinaison haute, qui considère l'ensemble des arbres inférés à partir de chaque gène, et la combinaison moyenne, qui encode les différents signaux phylogénétiques puis combine ces différents encodages.<br />Une méthode d'inférence d'arbre est ensuite appliquée sur le résultat de la combinaison.<br /><br />Cette thèse développe de nouveaux scénarios d'inférence phylogénomique, principalement basés sur l'estimation de distances évolutives entre chaque paire de taxons.<br />Elle propose une nouvelle méthode de combinaison moyenne, nommée SDM, qui considère les matrices de distance estimées à partir de chaque gène et qui les combine en une unique supermatrice de distance.<br />Cette dernière pouvant parfois contenir des distances manquantes, cette thèse décrit également de nouveaux algorithmes, nommés NJ*, UNJ*, BioNJ* et MVR*, permettant d'inférer très rapidement un arbre à partir d'une matrice de distance complète ou incomplète.<br />De nombreuses simulations ont permis d'observer les bonnes performances de ces nouvelles méthodes de distance.<br />Initialement développées pour la combinaison moyenne, elles permettent toutefois d'améliorer significativement les résultats de certaines approches standards en combinaison basse, et représentent une alternative efficace à MRP, la plus utilisée des techniques de combinaison haute, en termes de fiabilité et de rapidité.<br />La taille des jeux de données phylogénomiques étant de plus en plus importante, les méthodes développées dans cette thèse constituent ainsi des outils de choix pour construire l'Arbre de la Vie.

Pour améliorer le bien-être des poules pondeuses, le logement en cage conventionnelle sera interdit dès 2012. Le but de cette thèse était d'étudier le bien-être et l'adaptation de poules logées dans un système alternatif aux cages, qui requiert des capacités d'adaptation spécifiques : la volière de ponte.<br />Nous avons comparé le bien-être de poules logées en volière de ponte et en cage conventionnelle. Puis nous avons testé l'influence de deux configurations de système d'élevage (sol aménagé vs. volière d'élevage) sur l'adaptation à la volière de ponte. L'évaluation du bien-être et de l'adaptation a été multifactorielle via le comportement (réactivité émotionnelle, occupation de l'espace, motivation pour le bain de poussière), la physiologie du stress, la santé et la productivité.<br />Le bien-être était globalement meilleur en volière de ponte qu'en cage conventionnelle, et les poules issues de volière d'élevage étaient mieux adaptées à la volière de ponte que celles issues du sol aménagé.

Cette recherche explore les pratiques professionnelles confrontées à l'altérité dans le champ sanitaire, quand le public et l'offre de soins sont perçus comme mutuellement inadaptés. Elle a procédé par entretiens semi-dirigés réalisés auprès de 96 professionnels intervenant à différents niveaux de l'accès aux soins en Guyane. <br />Sont successivement analysées les catégorisations identitaires que les professionnels formulent à l'égard de leurs publics, de leurs partenaires professionnels et de l'Etat central, pour interpréter les difficultés d'accès aux soins dont ils sont les témoins ; les pratiques spécifiques qu'ils mettent en œuvre à l'égard de leurs publics ainsi catégorisés ; et enfin la façon dont l'appartenance ethnique du locuteur (créole/métropolitain) mais aussi d'autres variables, notamment d'ordre professionnel, modulent ces catégorisations et ces pratiques.

Le mouvement sportif est fortement contraint par les interactions possibles avec le milieu dans lequel il évolue, par le matériel qu'il utilise, ou par ses adversaires ou partenaires. Ma recherche s'est donc orientée sur l'étude de ces interactions pour comprendre leurs influences sur l'efficacité du geste et la performance. En fonction des différentes activités sportives cette analyse du mouvement est basée soit sur une approche purement biomécanique, soit sur une approche orientée vers le contrôle moteur. En effet l'approche biomécanique permet une compréhension précise de la performance motrice lorsque l'activité sportive peut se faire sans interactions directes avec l'adversaire. Cette notion implique que le mouvement du sportif ne soit pas modulé par celui de son adversaire. La natation, l'athlétisme font partie de cette catégorie de sport sans interactions directes. Dans ces activités la modélisation du mouvement peut se faire sur des critères cinématiques, dynamiques ou énergétiques. Néanmoins si le mouvement n'est pas modulé par celui de l'adversaire il peut l'être par le matériel utilisé : les chaussures en athlétisme ou les palmes en natation peuvent influer sur les critères biomécaniques. Nous nous intéresserons également aux activités où le mouvement du sportif est modulé par celui de son adversaire. Ces activités, généralement de duels, seront considérées comme activités avec interactions directes. De ce fait l'approche purement biomécanique du mouvement ne permet pas de comprendre la performance. En effet, l'action du sportif est dépendante de sa capacité à prélever des informations sur la séquence motrice de son opposant. L'analyse de la prise d'informations visuelles en relation avec l'action du sportif peut se révéler essentiel pour une optimisation du processus d'entrainement. D'une manière générale, quel que soit le type d'interaction l'objectif poursuivi est d'isoler par différentes méthodes les paramètres de l'efficacité du geste sportif. Pour isoler ces paramètres il est nécessaire de contrôler les différentes variables pour étudier leur influence sur la performance. La réalité virtuelle est un moyen de contrôle des variables pour l'analyse des interactions sportives. Les travaux présentés portent sur la validation et l'utilisation de la réalité virtuelle pour la compréhension des duels sportifs.