Cette recherche avait pour objectif de mieux connaître l'épidémiologie des traumatismes par accident de la route chez l'enfant. Pour cela, des analyses ont été réalisées à partir des données d'une grande qualité : le Registre du Rhône. Les incidences de traumatismes routiers chez les enfants ont été calculées. La localisation et la nature des lésions ont été finement décrites, en fonction du type d'usager de la route. Le deuxième objectif était d'identifier des facteurs de risque de traumatisme sévère et de séquelles. Les handicaps secondaires aux traumatismes routiers ont été étudiés à partir d'une étude de cohorte prospective multicentrique conduite dans douze villes françaises, incluant 139 enfants sévèrement traumatisés de la route et admis en réanimation pédiatrique. Les déficiences fonctionnelles, comportementales et cognitives ainsi que les degrés d'incapacités et les retentissements sur la famille et la scolarité, ont été évalués six mois et un an après l'accident. Les différents outils d'évaluation ont montré leur complémentarité pour apprécier la réalité des handicaps. Des facteurs de risque de séquelles à un an ont été identifiés permettant de cibler les enfants qui devraient bénéficier d'une prise en charge et d'un suivi particuliers. Des recommandations pour la prévention ont pu être élaborées, concernant particulièrement l'utilisation des dispositifs de protection en voiture, à deux-roues, les modalités de prise en charge en fonction des facteurs de gravité et les modalités de traitement en phase aiguë.

Pour expliquer le succès des individus dans des tâches d'interception d'objets accélérés par la gravité malgré sa faible détection par le système visuel, plusieurs études ont récemment suggéré que la gravité soit internalisée dans un modèle interne de la gravité permettant l'accès au temps de contact (TTC) exact lors de l'interception d'objets en chute libre. Cependant, on peut se demander si certains problèmes méthodologiques et théoriques ne peuvent pas remettre en cause la démonstration de l'existence et l'utilisation effective d'un tel modèle. Le but de ce travail doctoral a été de déterminer de quelle manière notre connaissance de la gravité influence notre perception et nos actions. Pour cela, nous avons conduit six expérimentations issues de trois paradigmes différents, celui des jugements perceptifs, des actions d'interception indirectes et des actions d'interception directes. Les résultats obtenus infirment l'utilisation d'un modèle interne quantitatif de la gravité, et au contraire suggèrent l'utilisation de la gravité comme une connaissance implicite qualitative de la physique, qui aurait pour conséquence de modifier nos jugements perceptifs et nos mouvements d'interception sans permettre de calculer quantitativement les effets de la gravité.

L'objectif de cette thèse est le développement et la validation d'un modèle numérique de la dynamique des particules en mélange externe et résolu en taille. Afin de suivre plusieurs compositions chimiques par classe de tailles, une nouvelle approche est présentée dans laquelle la composition chimique des particules est elle-même discrétisée suivant la fraction d'un ou plusieurs des constituants chimiques (e.g. suie, sulfate). Cette approche a pour but de mieux simuler l'évolution d'une population de particules à l'échelle locale et de particulariser des compositions chimiques typiques de certaines sources. Dans l'atmosphère, les particules interagissent essentiellement entre elles et avec les polluants gazeux par coagulation et condensation/évaporation. La première partie de la thèse a été consacrée à l'élaboration du modèle pour la coagulation, processus physique qui s'avère le plus complexe à modéliser selon notre approche du mélange externe. Dans un premier temps, les équations de la coagulation en mélange externe sont présentées et discrétisées suivant un nombre arbitraire de classe de tailles et de compositions chimiques. Plusieurs simulations numériques ont ensuite été effectuées avec ce modèle sur un même cas d'étude, en utilisant deux, trois et quatre composants chimiques. On vérifie à chaque fois que les résultats de la simulation numérique en mélange externe sont cohérents avec ceux du mélange interne du cas d'étude. Les résultats de ces simulations permettent d'apprécier l'effet de mélange de la coagulation qui produit, à partir de particules monocomposées, des particules bicomposées et tricomposées. Étant donné la complexité croissante d'un tel modèle, une attention toute particulière a été portée à l'implémentation numérique et à l'optimisation des algorithmes choisis. L'extension de cette approche à la condensation/évaporation constitue le prochain développement de ce modèle, nous en posons les bases théoriques en annexe. S'il existe aujourd'hui des données de mesure résolues en taille (SMPS), il n'y en a pas encore qui puissent être réellement validantes pour ce modèle de mélange externe, c'est-à-dire qui distinguent quantitativement plusieurs compositions chimiques par classe de taille. Aussi, dans la seconde partie de la thèse, nous avons envisagé le protocole d'une expérience en chambre permettant de mettre en évidence le mélange par coagulation de deux populations de particules de compositions différentes et d'apporter des données validantes pour le modèle développé. Deux séries d'expériences ont été menées, la première dans la chambre de grand volume CESAM et la seconde, dans le réacteur de petit volume de l'INERIS. La première série a mis en évidence l'homococagulation de chaque distribution polydispersée prise séparément et dans une moindre mesure, l'hétérocoagulation des deux distributions de nature différentes (NaBr et KBr) entre elles. La seconde série a montré la possibilité d'observer simultanément deux distributions monodispersées de particules de compositions différentes (CaSO4 et KBr), prérequis pour ce cas. Au final, les résultats de mesure se sont avérés insuffisants pour produire des données validantes pour le modèle, à cause du trop grand écart-type des distributions polydispersées dans la chambre de grand volume et à cause du dépôt au paroi qui domine dans le réacteur de petit volume. Des analyses au microscope électronique ont cependant attesté de la présence de particules issues de la coagulation entre les deux natures. A la suite des différentes expériences menées, nous revenons sur le protocole envisagé et proposons quelques pistes d'améliorations

L'objectif était de préciser l'effet des pratiques obstétricales préventives, épisiotomie et césarienne, sur l'incontinence urinaire (IU).<br />La première cohorte provient de 2 maternités aux politiques opposées pour l'épisiotomie. Une enquête préliminaire a déterminé le nombre de sujets nécessaire. Les critères d'inclusion sont une 1ère naissance vivante à terme en présentation céphalique et une adresse postale à jour, 774 femmes remplissent ces conditions, nous avons reçu 627 réponses (81%). L'autre population est issue de la cohorte GAZEL constituée de salariées volontaires pour la recherche médicale, 3114 femmes âgées de 50 à 62 ans ont reçu le questionnaire, 2640 ont répondu (85%).<br />Quatre ans après l'accouchement, les facteurs de risque pour l'IU d'effort sont l'âge, l'IU préexistante, l'IU de la grossesse, la durée du travail et le mode d'accouchement. La comparaison entre les 2 politiques d'épisiotomie ne montre pas bénéfice en faveur d'une utilisation systématique.<br />A la cinquantaine, les facteurs de risque pour l'IU d'effort sévère sont la parité, l'obésité, le diabète, la chirurgie de l'IU et un jeune âge au premier. Le mode d'accouchement n'a aucun effet.<br />L'effet du mode d'accouchement sur l'IU à l'effort s'atténue avec l'âge et n'est plus mesurable après 50 ans, qui est l'âge moyen pour la chirurgie de l'IU. Le risque lié à la grossesse est toujours identifiable à cet âge. Cette atténuation avec l'âge des conséquences de l'accouchement est en faveur d'un mécanisme d'altération de la continence indépendant du mode d'accouchement. Nos résultats suggèrent que la prévention de l'IU d'effort par des interventions à l'accouchement, épisiotomie ou césarienne, est inefficace.

Depuis plus de 30 ans, l'informatique est utilisée dans le domaine médical. Son utilisation tend à se généraliser depuis qu'elle est présentée comme un moyen permettant de réduire l'iatrogénie. Cependant, on assiste depuis le début des années 2000 à une augmentation du nombre d'études tempérant l'enthousiasme que ces systèmes suscitaient à l'origine.<br />En effet, il apparaît que leur implantation impacte l'organisation du travail médical et que les recommandations réalisées par les systèmes d'aide à la décision-Clinical Decision Support Systems (CDSS) ne sont pas toujours cliniquement pertinentes. Les conséquences de ces modifications/anomalies vont du rejet du système par les utilisateurs à une diminution de la sécurité du patient. Les systèmes de détection des interactions font partie des premiers CDSS ayant été mis au point. Ils sont également le sujet de critiques relatives à la non-pertinence de leurs interventions.<br />Dans ce contexte, nous avons essayé de proposer des modifications algorithmiques pour ces systèmes ainsi que les connaissances nécessaires à leur fonctionnement, dans le but d'améliorer la pertinence clinique de leurs recommandations. L'objectif de ce travail est de proposer un algorithme et la base de connaissances nécessaire à son fonctionnement, pour améliorer la spécificité des systèmes de détection des IAM. Ce travail couvre aussi bien la construction de l'algorithme que la modélisation et l'acquisition des connaissances nécessaire à son fonctionnement.<br />La méthodologie que nous avons suivie, est triple. Dans un premier temps, nous avons effectué une analyse des alertes signalées par un système de détection des IAM, utilisé dans un hôpital parisien. L'objectif de cette étude était de mettre en évidence les raisons motivant les utilisateurs pour passer outre les alertes produites par le système. A partir de cette étude, nous avons pu proposer un ensemble de spécifications et un algorithme répondant à ces spécifications.<br />Dans un deuxième temps, nous avons procédé à la modélisation et à l'acquisition des connaissances relatives aux IAM. Cette deuxième étape fut réalisée en utilisant les techniques de l'ingénierie des connaissances et plus particulièrement les techniques de l'ingénierie documentaire. Le résultat pratique de cette deuxième étape est la base de connaissances sur les IAM et l'éditeur de fichiers XML ayant servi à l'encoder. Cet éditeur utilise le modèle que nous avons développé grâce à une application des techniques d'extraction des connaissances à partir des textes.<br />En dernier lieu, nous avons recherché, au travers d'une étude descriptive, s'il existe un lien entre les alertes (association médicamenteuse), le service où l'alerte est signalée et la réponse (acceptation/rejet) de l'utilisateur. Il apparaît que l'existence de ce lien est probable, ce qui ouvre la voie à l'adaptation des alertes (intrusives/non intrusives) en fonction de l'utilisateur.<br />Les résultats théoriques que nous avons obtenus, nous encouragent à poursuivre nos recherches dans ce domaine, pour mettre en application l'algorithme et la base de connaissances que nous avons développés. Nous sommes également motivés pour étendre notre champ de recherche dans le domaine du data-mining, afin de permettre aux systèmes informatisés de connaître « les méthodes de prescription des médecins ».

Les mécanismes de l'adaptation des bactéries à leur environnement ont été étudiés par une stratégie d'évolution expérimentale. Douze populations, fondées à partir d'une cellule ancêtre d'Escherichia coli, ont évolué indépendamment pendant 20 000 générations par transferts journaliers dans un milieu constant. Au cours de cette évolution, la capacité reproductive des cellules augmente de 70% dans les 12 populations. L'objectif du travail est d'identifier et d'analyser les mutations conduisant à cette adaptation afin de comprendre les mécanismes à la base de l'évolution. Des mutations bénéfiques responsables d'une augmentation parallèle et systématique de la superhélicité de l'ADN ont été identifiées dans deux gènes impliqués dans sa régulation : fis, codant un régulateur global de l'expression des gènes, et topA, codant la topoisomérase I responsable du relâchement de l'ADN. L'évolution de ces populations se caractérise par un degré important de parallélisme phénotypique associé à un fort parallélisme génétique : seuls deux gènes impliqués dans la régulation de la topologie de l'ADN sont les cibles de la sélection naturelle. De plus, les mutations apparues au sein du gène fis, bien qu'affectant la transcription, la traduction, ou la fixation à l'ADN de la protéine Fis, mènent toutes au même résultat : une diminution de l'activité de la protéine. Le parallélisme phénotypique observé s'explique donc par un degré exceptionnel de parallélisme génétique et moléculaire.

Le document écrit d'information et de consentement éclairé (DICE) en recherche biomédicale a une très grande importance, c'est pourquoi sa qualité est primordiale. Cependant, nombreuses publications soulignent sa faible lisibilité et la difficulté à le comprendre. Nous avons souhaité étudier les documents d'information et de consentement français. Dans un premier temps, nous avons montré que la lisibilité lexicosyntaxique des formulaires d'information et de consentement était plus faible que celle de sujets d'agrégation par exemple. Nous avons ensuite décrit que les comités de protection des personnes n'amélioraient pas la lisibilité lexicosyntaxique et qu'ils augmentaient la longueur et la complexité du document. Nous avons ensuite comparé la lisibilité et la densité d'information de documents d'information et de textes de vulgarisation scientifique. Les formulaires d'information et de consentement sont peu lisibles et peu denses. Puis, grâce à notre questionnaire QCFic validé, nous avons pu montrer qu'améliorer la lisibilité lexicosyntaxique ou demander à un groupe de travail de corriger le document d'information permet une meilleure compréhension des formulaires d'information et de consentement chez des volontaires sains. Cependant, chez des malades, , nous avons testé les deux techniques d'amélioration des formulaires d'information mais aucune des deux n'a d'effet. Il semble donc nécessaire de réaliser une étude en situation réelle, en plan factoriel où seraient évalués d'une part la modification lexicosyntaxique des formulaires d'information et de consentement, d'autre part l'intervention d'une tierce personne dans le processus d'information

Les CRISPRs constituent une famille particulière d'éléments génétiques, retrouvés dans de nombreux génomes de procaryotes (la moitié des bactéries et presque toutes les archées). Des études récentes suggèrent que cette structure représente un système de défense contre les ADNs étrangers fonctionnant grâce à un mécanisme d'interférence ARN. Les CRISPRs consistent en la succession de régions très bien conservées (DR) dont la taille varie de 23 à 47 pb, séparées par des séquences uniques d'une taille similaire et ayant en général une origine virale. Le polymorphisme observé entre différentes souches de la même espèce fait du CRISPR un marqueur génétique intéressant pour des analyses comparatives de souches bactériennes très proches et pour des études phylogénétiques. Cette thèse décrira trois outils bioinformatiques accessibles à l'adresse (http://crispr.u-psud.fr) et leurs applications dans l'investigation et le typage des CRISPRs. Le premier outil est CRISPRFinder qui est un programme d'identification des CRISPRs à partir des séquences génomiques. Le deuxième est la base de données CRISPRdb et ses utilitaires qui fournissent un accès aux CRISPRs de tous les génomes procaryotes séquencés. le troisième outil est CRISPRcompar qui sert à identifier et comparer les CRISPRs dans des génomes proches pour faciliter la procédure de typage.

L'autorisation de mise en culture de plantes transgéniques en Europe est suspendue à l'étude de ses conséquences et de ses moyens de gestion. C'est le cas pour la betterave sucrière tolérante à un herbicide non sélectif. Il existe en effet un risque de flux des transgènes de la culture vers des mauvaises herbes apparentées, les betteraves adventices, fréquentes dans les champs de betterave sucrière. Ce flux permettrait la transmission de la résistance à l'herbicide aux adventices et donc un retour à la situation actuelle, voire à une situation pire si le transgène confère un avantage à l'adventice dans d'autres cultures de la rotation. Pour déterminer les pratiques agricoles propres à éviter ou limiter l'apparition de betteraves mauvaises herbes transgéniques, il faut identifier les éléments des systèmes de culture qui influencent la démographie et la génétique des populations de betterave dans une région et à long terme. <br />À cause des dimensions spatiales et temporelles du flux de gène ainsi que de la large gamme de variabilité des systèmes de culture, il est impossible d'étudier le phénomène exclusivement en expérimentation. Par conséquent, nous avons développé un modèle (GENESYS-BETTERAVE) qui quantifie les effets des systèmes de culture sur ce flux de gènes. Il est centré sur le cycle de développement des betteraves cultivées et adventices dans chaque parcelle basé sur une succession de stades clé (plantules, montées, plantes en fleurs, production semencière, stock semencier). Pour chaque stade est calculée la densité d'individus dans la parcelle ainsi que les proportions génotypiques, principalement celles des individus transgéniques. Les relations entre les stades dépendent des cultures en place dans les parcelles, des techniques utilisées pour gérer ces cultures ainsi que du génotype des betteraves. Pendant la floraison, du pollen est échangé entre les parcelles et l'importance de cette dispersion dépend du parcellaire. Une partie des informations nécessaires à la réalisation du modèle, est tirée de la littérature. <br />Des expérimentations sont ensuite réalisées pour étudier et quantifier les parties encore peu connues du cycle de développement. Elles ont permis de décrire et de modéliser le devenir des semences enfouies de betteraves adventices, en mesurant la mortalité in situ, les capacités de germination des semences et de croissance pré-levée des plantules en fonction des saisons. D'autres essais ont permis de modéliser toutes les étapes clé du développement des betteraves adventices et des traînantes (dynamique et taux de montaison, dynamique de floraison, production de pollen...) dans les cultures les plus fréquentes de la rotation betteravière. <br />Après avoir été programmé sous forme de logiciel, le modèle est alors utilisé pour des simulations simples qui montrent qu'il prend bien en compte les éléments caractéristiques des systèmes de cultures, en attendant une validation pour vérifier à plus grande échelle le réalisme de la prédiction.

L'étude de l'impact des champignons sur les processus géologiques qui altèrent les mineraux s'appelle la “géo-mycologie”. <br />Les serpentinites sont des roches de la famille des ophiolites et peuvent contenir du chrysotile (amiante serpentine).<br />La réactivité des fibres d'amiante est due à la composition chimique de surface et principalement à la présence d'ions métalliques qui peuvent catalyser des réactions chimiques dangereuses. L'amiante est un problème ambiantale à cause de la présence de roches contenant ce minéral mais aussi à cause des anciennes mines d'amiante. La revalorisation (remediation) de ces sites naturellement contaminés passe par la modification de la toxicité des fibres. Les champignons sont des bons candidats pour la bioremediation de l'amiante.<br />L'objectif de cette thèse est l'isolement de souches fongiques à partir de sols serpentiniques afin de savoir quelles sont les espèces fongiques les plus abondantes dans ces sols et de sélectionner les souches les plus efficaces pour leur interaction avec les fibres d'amiantes. Les modifications des fibres et l'altération du métabolisme fongique ont été considérés.<br />Verticillium leptobactrum semble être l'espèce fongique dominante dans tous les sols serpentiniques examinés : cette espèce n'avait jusque là été que rarement isolée, ce qui rend ces résultats intéressants. <br />Trois espèces fongique peuvent extraire Fe et Mg des fibres de amiante (chrysotile et crocidolite), en modifiant la composition et la réactivité chimique de la surface de fibres et la génotoxicité mesuré dans un système acellulaire.<br />Les champignons expriment, en présence des fibres, des enzymes liés à la réponse aux stress oxydants.