La mammite subclinique est un problème de santé fréquent et coûteux. Les infections intra-mammaires (IIM) sont souvent détectées à l’aide de mesures du comptage des cellules somatiques (CCS). La culture bactériologique du lait est cependant requise afin d’identifier le pathogène en cause. À cause de cette difficulté, pratiquement toutes les recherches sur la mammite subclinique ont été centrées sur la prévalence d’IIM et les facteurs de risque pour l’incidence ou l’élimination des IIM sont peu connus. L’objectif principal de cette thèse était d’identifier les facteurs de risque modifiables associés à l’incidence, l’élimination et la prévalence d’IIM d’importance dans les troupeaux laitiers Canadiens. En premier lieu, une revue systématique de la littérature sur les associations entre pratiques utilisées à la ferme et CCS a été réalisée. Les pratiques de gestion constamment associées au CCS ont été identifiées et différentiées de celles faisant l’objet de rapports anecdotiques. Par la suite, un questionnaire bilingue a été développé, validé, et utilisé afin de mesurer les pratiques de gestion d’un échantillon de 90 troupeaux laitiers canadiens. Afin de valider l’outil, des mesures de répétabilité et de validité des items composant le questionnaire ont été analysées et une évaluation de l’équivalence des versions anglaise et française a été réalisée. Ces analyses ont permis d’identifier des items problématiques qui ont du être recatégorisés, lorsque possible, ou exclus des analyses subséquentes pour assurer une certaine qualité des données. La plupart des troupeaux étudiés utilisaient déjà la désinfection post-traite des trayons et le traitement universel des vaches au tarissement, mais beaucoup des pratiques recommandées n’étaient que peu utilisées. Ensuite, les facteurs de risque modifiables associés à l’incidence, à l’élimination et à la prévalence d’IIM à Staphylococcus aureus ont été investigués de manière longitudinale sur les 90 troupeaux sélectionnés. L’incidence d’IIM semblait être un déterminant plus important de la prévalence d’IIM du troupeau comparativement à l’élimination des IIM. Le port de gants durant la traite, la désinfection pré-traite des trayons, de même qu’une condition adéquate des bouts de trayons démontraient des associations désirables avec les différentes mesures d’IIM. Ces résultats viennent souligner l’importance des procédures de traite pour l’obtention d’une réduction à long-terme de la prévalence d’IIM. Finalement, les facteurs de risque modifiables associés à l’incidence, à l’élimination et à la prévalence d’IIM à staphylocoques coagulase-négatif (SCN) ont été étudiés de manière similaire. Cependant, afin de prendre en considération les limitations de la culture bactériologique du lait pour l’identification des IIM causées par ce groupe de pathogènes, une approche semi-Bayesienne à l’aide de modèles de variable à classe latente a été utilisée. Les estimés non-ajusté de l’incidence, de l’élimination, de la prévalence et des associations avec les expositions apparaissaient tous considérablement biaisés par les imperfections de la procédure diagnostique. Ce biais était en général vers la valeur nulle. Encore une fois, l’incidence d’IIM était le principal déterminant de la prévalence d’IIM des troupeaux. Les litières de sable et de produits du bois, de même que l’accès au pâturage étaient associés à une incidence et une prévalence plus basse de SCN. / Subclinical mastitis is a very frequent and costly health issue that can be detected using somatic cell count (SCC) measurements, but requires the use of milk bacteriological culture for identification of the causal pathogen. Because of this latter difficulty, nearly all subclinical mastitis research has focused on prevalent intramammary infections (IMI) and less is known on risk factors for IMI incidence or elimination. The main objective of this thesis was to identify the manageable risk factors associated with the incidence, elimination, and prevalence of IMI of importance in Canadian dairy herds. First, a systematic review of the literature on the associations between management practices used on farms and SCC was carried out. Management practices consistently associated with SCC were identified and differentiated from other practices for which anecdotic reports were available. Then, a bilingual questionnaire was developed, validated, and employed to measure the practices used on a sample of 90 Canadian dairy herds. To validate this tool, measures of repeatability and of validity of the questionnaire’s items were analyzed and an evaluation of the equivalence of the English and French versions was conducted. These analyses indicated that the questionnaire was, in general, acceptable, but also pinpointed some problematic items. These items were recategorized when possible or otherwise excluded from subsequent analyses to ensure good data quality. Most of the herds studied were already using post-milking teat disinfection and blanket dry cow therapy. Many other frequently recommended practices were not widely adopted. Next, manageable risk factors associated with Staphylococcus aureus IMI incidence, elimination, and prevalence were investigated on the 90 selected herds in a longitudinal fashion. The S. aureus IMI incidence appeared to be a stronger determinant of the herd prevalence than the elimination rate. Among other practices, wearing gloves during milking, using pre-milking teat disinfection, and having an adequate teat end condition showed desirable associations with the outcomes. These results highlight the importance of good milking practices to achieve a long-term reduction of S. aureus IMI prevalence. Finally, manageable risk factors associated with coagulase-negative staphylococci (CNS) IMI incidence, elimination, and prevalence were investigated in a similar manner. Because of the greater limitations of milk bacteriological culture to identify IMI caused by this group of pathogens, a semi-Bayesian latent class model approach was used. Sensitivity and specificity estimates from an internal validation study were used to link the observed IMI milk culture result to the latent true quarter IMI status. Non-adjusted estimates of IMI incidence, elimination, prevalence, and of associations with expositions appeared to be considerably biased by the diagnostic procedure’s imperfections. Most often, estimates were biased toward the null value. Again, IMI incidence was the main determinant of the herd IMI prevalence. Sand and wood products bedding were associated with lower CNS incidence and prevalence. Sending cows to pasture was also associated with lower CNS IMI incidence and prevalence.

Le syndrome vache à terre (SVT) est rencontré chez la vache laitière et est une condition d’urgence à évolution rapide où le pronostic est réservé à sombre. Les seuls tests complémentaires disponibles actuellement nécessitent l’utilisation des services d’un laboratoire commercial. La présence d’hypoperfusion locale et systémique ainsi que de lésions cardiaques à la nécropsie rend potentiellement intéressant le dosage de la lactatémie (LAC) et de la troponinémie (cTnI) sanguine. Ces deux biomarqueurs pouvant être analysés à l’aide d’appareils portatifs. L’objectif de la présente étude était d’évaluer la valeur pronostique de la LAC et de la cTnI dosées à la ferme, directement au chevet de la vache laitière atteinte de SVT. Le pourcentage d’issue négative (mort ou euthanasie) à sept jours suivant l’inclusion (d7) était de 63.1 %. La lactatémie n’était pas associée au pronostic vital de l’animal lors de SVT. Par contre, une valeur sanguine de cTnI >0.7 ng/mL était associée à une issue négative à d7 (sensibilité, spécificité, valeurs prédictives positive et négative respectivement de 54.1 %, 78.4 %, 82.0 % et 48.3 %). L’utilisation d’un modèle de régression logistique multivariable a montré que cette hypertroponinémie était associée à un risque d’issue négative à d7 5.5 fois (IC95%: 2.1-14.6) plus grand que le groupe présentant une cTnI ≤ 0.07 ng/mL. De plus, les animaux ayant une FC >100 BPM étaient 3.7 fois plus à risque (IC95%: 1.5-10.2) de subir une issue négative à d7 que ceux présentant une FC≤100 BPM. / Downer cow syndrome (DCS) is observed in dairy cattle and is an emergency condition that progresses rapidly and whose prognosis is reserved to poor. The only available complementary tests require the services of a commercial laboratory. The presence of local and/or systemic hypoperfusion, along with the presence of cardiac lesions at necropsy renders the dosage of lactatemia (LAC) and cardiac troponin I (cTnI) in the blood potentially interesting. These two biomarkers being measurable through the analysis of portable equipment, the present study objective was to evaluate the prognostic value of measuring LAC and cTnl directly at the side of the dairy cow affected by DCS. The percentage of negative outcome (death or euthanasia; NO) seven days following the study inclusion (d7) was 63.1%. LAC was not associated with the prognosis of the animal suffering from DCS. However, a blood cTnl value of ˃0.7ng/mL was associated with a NO before d7 (sensitivity, positive and negative predictive values of 54.1, 78.4, 82.0, and 48.3%, respectively). The use of a logistic multivariable model demonstrated that hypertroponinemia was associated with a NO risk 5.5 greater (95%CI: 2.1-14.6) by d7 than animals presented with a blood cTnl value of ≤ 0,07ng/mL. The animals presenting a HR > 100BPM were 3.7 times more at risk (95%CI: 1.5-10.2) of exiting the herd by d7 than the animals with a HR of ≤ 100BPM.

La mammite subclinique est un problème de santé fréquent et coûteux. Les infections intra-mammaires (IIM) sont souvent détectées à l’aide de mesures du comptage des cellules somatiques (CCS). La culture bactériologique du lait est cependant requise afin d’identifier le pathogène en cause. À cause de cette difficulté, pratiquement toutes les recherches sur la mammite subclinique ont été centrées sur la prévalence d’IIM et les facteurs de risque pour l’incidence ou l’élimination des IIM sont peu connus. L’objectif principal de cette thèse était d’identifier les facteurs de risque modifiables associés à l’incidence, l’élimination et la prévalence d’IIM d’importance dans les troupeaux laitiers Canadiens. En premier lieu, une revue systématique de la littérature sur les associations entre pratiques utilisées à la ferme et CCS a été réalisée. Les pratiques de gestion constamment associées au CCS ont été identifiées et différentiées de celles faisant l’objet de rapports anecdotiques. Par la suite, un questionnaire bilingue a été développé, validé, et utilisé afin de mesurer les pratiques de gestion d’un échantillon de 90 troupeaux laitiers canadiens. Afin de valider l’outil, des mesures de répétabilité et de validité des items composant le questionnaire ont été analysées et une évaluation de l’équivalence des versions anglaise et française a été réalisée. Ces analyses ont permis d’identifier des items problématiques qui ont du être recatégorisés, lorsque possible, ou exclus des analyses subséquentes pour assurer une certaine qualité des données. La plupart des troupeaux étudiés utilisaient déjà la désinfection post-traite des trayons et le traitement universel des vaches au tarissement, mais beaucoup des pratiques recommandées n’étaient que peu utilisées. Ensuite, les facteurs de risque modifiables associés à l’incidence, à l’élimination et à la prévalence d’IIM à Staphylococcus aureus ont été investigués de manière longitudinale sur les 90 troupeaux sélectionnés. L’incidence d’IIM semblait être un déterminant plus important de la prévalence d’IIM du troupeau comparativement à l’élimination des IIM. Le port de gants durant la traite, la désinfection pré-traite des trayons, de même qu’une condition adéquate des bouts de trayons démontraient des associations désirables avec les différentes mesures d’IIM. Ces résultats viennent souligner l’importance des procédures de traite pour l’obtention d’une réduction à long-terme de la prévalence d’IIM. Finalement, les facteurs de risque modifiables associés à l’incidence, à l’élimination et à la prévalence d’IIM à staphylocoques coagulase-négatif (SCN) ont été étudiés de manière similaire. Cependant, afin de prendre en considération les limitations de la culture bactériologique du lait pour l’identification des IIM causées par ce groupe de pathogènes, une approche semi-Bayesienne à l’aide de modèles de variable à classe latente a été utilisée. Les estimés non-ajusté de l’incidence, de l’élimination, de la prévalence et des associations avec les expositions apparaissaient tous considérablement biaisés par les imperfections de la procédure diagnostique. Ce biais était en général vers la valeur nulle. Encore une fois, l’incidence d’IIM était le principal déterminant de la prévalence d’IIM des troupeaux. Les litières de sable et de produits du bois, de même que l’accès au pâturage étaient associés à une incidence et une prévalence plus basse de SCN. / Subclinical mastitis is a very frequent and costly health issue that can be detected using somatic cell count (SCC) measurements, but requires the use of milk bacteriological culture for identification of the causal pathogen. Because of this latter difficulty, nearly all subclinical mastitis research has focused on prevalent intramammary infections (IMI) and less is known on risk factors for IMI incidence or elimination. The main objective of this thesis was to identify the manageable risk factors associated with the incidence, elimination, and prevalence of IMI of importance in Canadian dairy herds. First, a systematic review of the literature on the associations between management practices used on farms and SCC was carried out. Management practices consistently associated with SCC were identified and differentiated from other practices for which anecdotic reports were available. Then, a bilingual questionnaire was developed, validated, and employed to measure the practices used on a sample of 90 Canadian dairy herds. To validate this tool, measures of repeatability and of validity of the questionnaire’s items were analyzed and an evaluation of the equivalence of the English and French versions was conducted. These analyses indicated that the questionnaire was, in general, acceptable, but also pinpointed some problematic items. These items were recategorized when possible or otherwise excluded from subsequent analyses to ensure good data quality. Most of the herds studied were already using post-milking teat disinfection and blanket dry cow therapy. Many other frequently recommended practices were not widely adopted. Next, manageable risk factors associated with Staphylococcus aureus IMI incidence, elimination, and prevalence were investigated on the 90 selected herds in a longitudinal fashion. The S. aureus IMI incidence appeared to be a stronger determinant of the herd prevalence than the elimination rate. Among other practices, wearing gloves during milking, using pre-milking teat disinfection, and having an adequate teat end condition showed desirable associations with the outcomes. These results highlight the importance of good milking practices to achieve a long-term reduction of S. aureus IMI prevalence. Finally, manageable risk factors associated with coagulase-negative staphylococci (CNS) IMI incidence, elimination, and prevalence were investigated in a similar manner. Because of the greater limitations of milk bacteriological culture to identify IMI caused by this group of pathogens, a semi-Bayesian latent class model approach was used. Sensitivity and specificity estimates from an internal validation study were used to link the observed IMI milk culture result to the latent true quarter IMI status. Non-adjusted estimates of IMI incidence, elimination, prevalence, and of associations with expositions appeared to be considerably biased by the diagnostic procedure’s imperfections. Most often, estimates were biased toward the null value. Again, IMI incidence was the main determinant of the herd IMI prevalence. Sand and wood products bedding were associated with lower CNS incidence and prevalence. Sending cows to pasture was also associated with lower CNS IMI incidence and prevalence.

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Selon l’Association Internationale pour l’Étude de la Douleur, la douleur neuropathique est causée par « une lésion ou une maladie du système somatosensoriel ». Actuellement, il n’existe pas de test permettant de la diagnostiquer avec certitude. En médecine humaine, les suspicions cliniques reposent essentiellement sur les caractéristiques de la douleur perçue par le patient. En effet, le mélange de douleurs lancinantes et fulgurantes souvent de très forte intensité, et les termes utilisés pour les décrire, permettent de poser un diagnostic présomptif. En revanche, chez les personnes non-communicantes ainsi que chez nos patients en médecine vétérinaire, la douleur neuropathique devient extrêmement difficile à déceler. Elle pose aussi un problème éthique puisque ces douleurs sont souvent qualifiées d’insoutenables et sont notoirement réfractaires aux traitements analgésiques conventionnels. Faute de données spécifiques, le Conseil sur la douleur de l’Association internationale des vétérinaires pour les animaux de compagnie (WSAVA Global Pain Council) base ses recommandations thérapeutiques sur des succès anecdotiques relevés dans des rapports de cas ou des données tirées de la médecine humaine. Notre étude s’articulait autour de trois objectifs principaux : 1) Évaluer la fiabilité et la faisabilité des tests proposés pour explorer les profils somatosensoriels chez des chiens de propriétaires, incluant une nouvelle méthode dynamique permettant d’évaluer le système endogène de modulation de la douleur ; 2) Identifier une population de chiens de propriétaires présentant de la douleur neurologique chronique à composante neuropathique d’apparition spontanée, en se basant sur les recommandations données en médecine humaine, et caractériser la douleur neuropathique dans ce groupe, en comparant les profils somatosensoriels et les concentrations en cytokines inflammatoires de ces chiens avec ceux d’un groupe contrôle ; 3) Suivre l’évolution des profils somatosensoriels, des concentrations en cytokines inflammatoires et des scores de douleur/qualité de vie des chiens neuropathiques enrôlés dans un essai clinique croisé prospectif, partiellement masqué et randomisé, afin d’évaluer les effets du placebo, du gabapentin seul ou administré en combinaison avec le méloxicam sur ces paramètres. Nos hypothèses étaient que la méthodologie proposée serait fiable et faisable pour évaluer les profils somatosensoriels chez les chiens de propriétaires, et que la population de chiens souffrant de douleur neuropathique diffèrerait du groupe contrôle par leurs concentrations en cytokines inflammatoires, leurs seuils nociceptifs et leur capacité à moduler la douleur après application d’un stimulus conditionnant. Enfin, il était attendu que les traitements actifs (gabapentin et gabapentin-méloxicam) altèreraient les profils somatosensoriels, les scores de douleur/qualité de vie et les concentrations en cytokines inflammatoires des patients neuropathiques. Les tests quantitatifs sensoriels retenus pour évaluer la population de chiens neuropathiques dans la seconde partie du projet (stimulations mécanique et électrique) étaient fiables, faciles à réaliser et bien tolérés. L’évaluation du système inhibiteur descendant induit par les stimulations nociceptives (système endogène de modulation de la douleur; DNIC) a permis de mettre en évidence une dysfonction de la capacité de modulation de la douleur chez les chiens neuropathiques. L’administration de gabapentin combiné ou non avec le méloxicam a eu pour effet de « normaliser » les profils somatosensoriels dynamiques (augmentation du nombre de chiens présentant une inhibition après l’application d’un stimulus conditionnant). Les scores de douleur/qualité de vie ont évolué en faveur d’une amélioration avec l’administration de gabapentin seul ou en combinaison avec le méloxicam. Les concentrations en cytokines inflammatoires et les profils somatosensoriels statiques (les seuils nociceptifs), quant à eux, n’étaient pas différents entre les groupes et n’ont pas significativement varié avec les traitements étudiés. À travers ces études, nous avons présenté de nouvelles techniques de QST fiables et faisable chez le chien. Nous avons également montré que l’évaluation du DNIC est possible dans l’espèce canine, et que les chiens présentant une douleur chronique à composante neuropathique ont un DNIC déficient. L’évaluation des profils somatosensoriels dynamiques et des scores de douleur/qualité de vie supportent l’utilisation du gabapentin seul ou en combinaison avec le méloxicam pour le traitement médical de la douleur neuropathique chez le chien, tel que recommandé par les spécialistes du WSAVA. / According to the International Association for the Study of Pain, neuropathic pain is caused by "a lesion or a disease of the somatosensory system". Currently, there is no definitive test available to diagnose neuropathic pain. In humans, the presumptive diagnosis is essentially based on the characteristics of the pain perceived by the patient. In non-communicative individuals, on the other hand, just like in our patients in veterinary medicine, the diagnosis of neuropathic pain is difficult and poses an ethical problem because this type of pain is often qualified as unbearable and known to be refractory to conventional therapies. In the absence of specific data, the Global Pain Council of World Small Animal Veterinary Association (WSAVA) based its treatment recommendations of neuropathic pain on anecdotal veterinary reports, case reports or data from human medicine. This PhD program had three main objectives: 1) To assess the reliability and feasibility of the tests proposed to explore the somatosensory profiles in client-owned dogs, including a method to assess the descending noxious inhibitory controls; 2) To identify a population of client-owned dogs with naturally-occurring neuropathic pain, based on the recommendations from human medicine ; and to characterize neuropathic pain in this group, by comparing the somatosensory profiles and the serum levels of inflammatory cytokines of these dogs with those of a control group; 3) To determine the effects of placebo, gabapentin alone or in combination with meloxicam on the somatosensory profiles, concentrations of inflammatory cytokines and pain scores of dogs with naturally-occurring neuropathic pain managed medically, in a prospective, partially masked and randomized crossover clinical trial. Our hypotheses were that the proposed methodology would be feasible and reliable, allowing to assess somatosensory profiles of client-owned dogs, and that dogs with neuropathic pain would differ from the control group in their serum concentrations of inflammatory cytokines, their nociceptive thresholds and their ability to modulate pain after the application of a conditioning stimulus. Gabapentin and gabapentin-meloxicam would change somatosensory profiles, pain scores and serum concentrations of inflammatory cytokines of dogs with neuropathic pain. 7 The quantitative sensory tests (electrical and mechanical stimulations) were easy to perform, well tolerated and reliable. The evaluation of the diffuse noxious inhibitory control (endogenous pain modulation system; DNIC) revealed a dysfunction of the pain modulation capacity in neuropathic dogs. Administration of gabapentin with or without meloxicam had a "normalizing" effect on the dynamic somatosensory profiles (increase in the number of dogs showing inhibition after application of a conditioning stimulus). Pain / quality of life scores improved after gabapentin alone or in combination with meloxicam. On the other hand, serum concentrations of inflammatory cytokines and static somatosensory profiles (nociceptive thresholds) were not different between groups and did not vary significantly with treatments. Through these studies, we have presented new reliable and feasible QST techniques in dogs. We have also shown that the evaluation of the DNIC is possible in the canine species, and that dogs with chronic pain with a neuropathic component have a deficient DNIC. The assessment of the dynamic somatosensory profiles and pain / quality of life scores support the use of gabapentin alone or in combination with meloxicam for the medical management of neuropathic pain in dogs, as recommended by WSAVA specialists.