Améliorer la santé des vaches laitières en élevage agrobiologiques (AB) est bien souvent nécessaire, pour ces élevages ne répondant pas toujours aux principes de l’AB et aux attentes des consommateurs d’avoir un niveau de santé et bien-être animal élevé. Cette thèse explore des voies d’amélioration du conseil sanitaire en vue d'améliorer la santé animale dans ces élevages. Les résultats de nos travaux montrent que les vétérinaires ont le plus souvent un rôle de thérapeute dans les élevages laitiers AB. L'obtention d'un rôle de conseiller a été entravée par des spécificités liées à l’AB, telles que les différences entre éleveurs et vétérinaires dans les objectifs de gestion de la santé des animaux et les pratiques sanitaires. Une étude d'intervention a été effectuée pour tester un dispositif de conseil dans des élevages AB en France et en Suède, basé sur l’utilisation d’outils de surveillance et prévention de maladies de production. Le dispositif a été réalisé en utilisant une approche participative, impliquant l’éleveur et le conseiller ; la flexibilité de l’outil a permis de produire un protocole de surveillance adaptée à chaque élevage. Bien qu’aucun effet sur la santé du troupeau n’a été prouvé, le dispositif a été perçu pour contribuer à la santé du troupeau par ses utilisateurs. Il a rempli la plupart de ses fonctions prévues de surveillance et de prévention des maladies et a stimulé le dialogue entre éleveurs et conseillers. Des outils qui stimulent le dialogue et qui sont adaptables à chaque élevage sont une voie à suivre pour le développement du conseil en santé animale. / Improving herd health on organic dairy farms is often needed, since organic dairy farms do not consistently meet the organic principles and consumers’ expectations of high animal health and welfare. This thesis explores ways to improve the pertinence of herd health advisory services in order to improve animal health on organic dairy farms. The results of our studies show that veterinarians mostoften have a role of therapist on organic dairy farms. Obtaining a more advisory role was hampered due to specificities of the organic sector, such as differences between farmers and veterinarians in animal health management objectives and practices. An intervention study was performed testing a Herd Health and Production Management (HHPM) program on organic dairy farms in France and Sweden, based on herd health monitoring and disease prevention activities. The program was built using a participatory approach, making farmer and advisor work together ; the adaptability of the program allowed to design farm specific herd health monitoring tools. Although no effecton herd health measured, the program was perceived to contribute to herd health by its users. The program fulfilled most of its intended functions in herd healthmonitoring and disease prevention and stimulated dialogue between farmers and their advisors. We consider that dialogue promoting and tools adaptable to farm specific situations are a possible way forward for the development of advisory services in animal health.

Afin de répondre à la diversification des objectifs de la filière laitière (ex. efficacité alimentaire, santé et longévité des animaux, etc.), et ceci dans un contexte de forte volatilité des prix du lait et des intrants, la quantification des réponses multiples aux changements de régimes alimentaires représente un intérêt afin d’aider les producteurs laitiers à optimiser la ration des animaux. Le principal objectif de ce travail a consisté à développer et évaluer un modèle de prédiction des réponses de l’ingestion, de la quantité et composition du lait aux changements de régimes alimentaires chez la vache laitière. Une méta-analyse a ainsi été appliquée sur une grande base de données de la littérature afin de quantifier la réponse de l’ingestion aux régimes, et les réponses laitières (quantité totale, sécrétion des composants du lait et composition du lait) aux changements d’énergie nette (UFL) et protéines métabolisables (PDI) de la ration. Un élément clé dans le développement de ces équations de réponses était qu’elles soient applicables à travers différent potentiel laitier. Ceci a pu être atteint en exprimant les apports PDI et UFL par rapport à une situation nutritionnel pivot, qui correspond à une efficacité d’utilisation des PDI de 67% et une efficacité d’utilisation des UFL par lait de 100% (équivalente à un bilan énergétique nul). Construite à partir des efficacités PDI et UFL, une approche a été proposée pour estimer les apports PDI et UFL à la situation pivot, à partir desquels les équations de réponses peuvent s’appliquer. Evalué sur deux jeux de données indépendants, cette approche a permis de prédire les réponses de production laitière, productions de matières grasses, lactose et protéines du lait aux changements d’apports PDI et UFL avec une bonne précision pour des rations considérablement différentes, et à travers différents stades de lactation. Dans un autre modèle, les effets du stade physiologique (stade de lactation, stade de gestation, croissance) sur les performances animal, i.e. production laitière, productions de matières grasses, lactose et protéines du lait, changement de composition corporelle et ingestion, ont été quantifiés à travers des animaux de potentiel laitier différent. Il a été constaté que la structure du modèle était adéquate pour simuler les performances de différentes races laitières (Holstein, Rouge Danoise et Jersiaise). Afin de prédire les conséquences d’un changement alimentaire sur le long terme, les équations de réponses, centrées sur la situation nutritionnel pivot, ont été intégrées au sein du modèle dynamique. Cette intégration a pu se faire en appliquant le concept du pivot au modèle dynamique afin d’obtenir des courbes pivot, à partir desquelles les lois de réponses s’appliquent. Le modèle construit est le premier à intégrer les deux grands types de régulation biologique (homéostase et l’homéorhèse) chez la vaches laitière permettant de prédire les performances animales à partir d’une définition précise du potentiel laitier. / In order to better cope with the increasing diversity of objective in dairy production (e.g. feed efficiency, animal health, animal longevity, etc.) in a context of high volatility of feed and milk prices, quantification of animal’s multiple responses to dietary changes is of particular interest to help dairy farmers in optimizing the diet. The main aim of the present study was to develop and evaluate a model to predict the responses in dry-matter intake, milk yield, milk component yields and contents to changes in dietary composition in dairy cows. A meta-analysis of the literature was conducted to quantify dry-matter intake response to changes in diet composition, and milk responses (yield, milk component yields and milk composition) to changes in dietary net energy (NEL) and metabolizable protein (MP) in dairy cows. A key point in the development of these response equations was that they could be apply on animals of varying production potential. This was achieved by expressing MP and NEL supply relative to a pivot nutritional status, defined as the supply of MP and NEL resulting to MP efficiency of 0.67 and NEL efficiency of 1. Based on MP and NEL efficiency, an approach was proposed to estimate the pivot MP and NEL supplies, around which the response equations can be applied. Evaluated with two independent datasets, this approach predicted milk yield and milk component yields responses to change in MP and NEL supply with a good accuracy for diets that are substantially different, and across all stages of lactation. In another model, the effect of physiological status (lactation stage, gestation, growth) on animal performance, i.e. milk yield, milk component yields, body composition change and dry-matter intake, were quantified across a range of animal potential. It was found that the model structure was adequate to simulate performance of different dairy breeds (Holstein, Danish Red and Jersey). To predict the long-term consequences of a dietary change, response equations, centred on the pivot nutritional status, were integrated into the dynamic model. This integration has been possible by applying the pivot concept into the dynamic model. This way, lactation pivot curves were calculated, from which response equations are applied. The model built is the first to integrate the two major biological regulations (homeostasis and homeorhesis) in dairy cows that predicts animal performance using a precise definition of milk potential.

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La mammite clinique (MC) est l'une des maladies les plus fréquentes et plus coûteuses touchant les vaches laitièrs. Un des L'aspect frustrant de la MC est sa récurrence. Il n’existe actuellement aucune étude exhaustive sur le risque de récurrence de la MC, les facteurs de risque de cas répétés de MC et ses impacts. Cependant, la récurrence de la MC chez les vaches laitières a été abordée dans de nombreuses études indépendantes. Par conséquent, un examen de portée a été effectué afin de développer des connaissances sur le risque de récurrence de la MC, ses facteurs de risque et ses impacts négatifs. Deux bases de données (PubMed et CAB Abstracts) et une plate-forme de recherche (Web of Science) ont été utilisées pour récupérer de nombreuses publications scientifiques pertinentes publiées en anglais et français après 1989. Cinquante-sept articles ont été sélectionnés pour la synthèse qualitative. Trente-trois, 19 et 37 études choisies inclurent respectivement des descriptions et des données sur les cas récurrents de MC, ses impacts négatifs et ses facteurs de risque. Ensuite, une méta-analyse et une méta-régression ont été effectuées pour calculer le rapport de risque (RR), permettant de comparer le risque de MC chez les vaches ayant subi un cas de MC dans une lactation donnée par rapport au risque de MC chez les vaches en santé. Le nombre total de lactations suivies et le nombre de lactations avec ≤ 1 et ≤ 2 cas de MC ont été rapportés dans neuf études et cette information a été utilisée dans la méta-analyse. Ces neuf études ont ensuite été séparées en deux groupes selon le temps minimum entre deux cas pour considérer qu'un cas subséquent est un nouveau cas ; ceux avec des échéances de 24 heures et de ≥ 5 jours entre deux cas de MC, considérant la prochaine occurrence de MC comme étant un nouveau cas de MC. Pour les études avec d'un délai minimum de seulement 24 heures, les vaches ayant déjà subi un cas de MC dans une lactation donnée avaient un RR de 1,5 fois plus élevé pour une MC récurrente comparativement aux vaches en santé. Cependant, pour les études demandantdes délais ≥ 5 jours entre deux cas de MC, le risque de cas répétés de MC n’était pas différent chez les vaches ayant déjà subi un cas de MC dans une lactation donnée comparativement aux vaches en santé (RR : 0,99, IC à 95 % : 0,86 et 1,1). Dans cette étude, la diminution de la production laitière et le risque accru de décès et de réforme ont été identifiés comme étant des impacts négatifs importants de la MC récurrente. Les vaches laitières âgées, les vaches laitières à haute production laitière et le manque de guérison bactériologique à la suite d’un premier cas de MC ont été identifiés comme étant les plus importants facteurs de risque de la MC récurrente. Une meilleure compréhension concernant les caractéristiques des vaches et des agents pathogènes associés à la récurrence des événements de MC pourrait éventuellement aider à contrôler ces événements récurrents, à réduire les coûts associés et à diminuer les quantités d'antibiotiques utilisées dans les fermes laitières. De plus, l'acquisition de ces connaissances pourrait également être utile pour prédire la probabilité d'un événement récurrent de MC et pourrait par conséquent être utile pour développer des outils servant à formuler les décisions de gestion des producteurs laitiers concernant la MC. / Clinical mastitis (CM) is one of the most common and most costly diseases of dairy cows in dairy herds. A frustrating aspect of CM is its recurrent nature. Currently, no study has reported in an exhaustive and comprehensive manner information about risk of recurrent CM, risk factors for CM recurrence and its impacts. However, the information about CM recurrence in dairy cows were investigated in many, but disconnected studies. Therefore, a scoping review was conducted to synthesize knowledge on risk of recurrent CM, its risk factors, and negative impacts. Two databases (PubMed and CAB Abstracts), and one search platform (Web of Science) were searched to identify relevant English or French scientific literature published after 1989. Fifty-seven articles were selected for qualitative synthesis. Description of recurrent CM, its negative impacts, and risk factors were reported in 33, 19, and 37 selected studies, respectively. Then, meta-analysis and meta-regression analysis were applied to compute risk ratio (RR) comparing risk of CM in cows that experienced one CM case in the current lactation to risk of CM of healthy cows. The total number of lactations followed and the number of lactations with ≤ 1 and ≤ 2 CM cases were reported in nine studies and the information was used in meta-analysis. These nine studies were then separated into two groups based on recurrent CM definition; those requiring only 24 h and those requiring ≥ 5 d between two CM cases to consider a CM case as a new CM event. For studies requiring only 24 h, cows that already had one CM case in the current lactation had a 1.5 times higher RR for recurrent CM than healthy cows. However, for studies using ≥ 5 d between two CM cases, risk of repeated cases of CM was not different in cows that suffered one CM case in a given lactation as compared with healthy cows (RR: 0.99; 95% CI: 0.86, 1.1). In this study, milk yield reduction and increased risk of mortality and culling were identified as important negative impacts of recurrent CM. Moreover, the most important CM recurrence risk factors were older dairy cow, high-producing dairy cow, and not having cure of treatment following initial CM case. A better understanding of the cow’s, pathogens’ and herd’s characteristics associated with recurrent CM events may possibly help controlling these recurrent events, decrease the associated costs as well as reduce amounts of antibiotics used on dairy farms. Moreover, these knowledges may be also useful in predicting the probability of a repeated CM event and could, therefore, be used to develop tools to inform dairy producer’s CM-related management decisions.

Plusieurs recherches ont été conduites pour déterminer les phases du cycle œstrus chez les vaches. Toutefois, peu est connue de leur microbiote vaginal. Cette étude a pour but de déterminer la composition du microbiote vaginal de vaches laitières durant les quatre phases du cycle œstrus, pour détecter son impact sur la fertilité de ces vaches. Cette information nous permettra d’un jour manipuler le microbiote vaginal d’autres vaches afin d’améliorer leur taux de fécondité. Vint-et- une vaches Holstein multipares de la même ferme ont subi l’insémination artificielle (IA) suite à la détection du début des chaleurs. Quatre frottis vaginaux ont été faits aux jours 1,3,15 et 19 du cycle. Au jour 31, une échographie a confirmé que neuf vaches étaient enceintes. Les données ont ensuite été analysées avec avec le séquençage rRNA 16S de la région hypervariable V4. Les résultats ont montré une prédominance nette de certains embranchements bactériens. Les firmicutes, bacteroidetes et protéobacteéries composait plus de 80% de la population microbiotique vaginale avec certaines fluctuations importantes. Une analyse statistique a déterminé qu’il y a eu des changements significatifs entre l’œstrus et le proestrus chez les vaches qui ne sont pas devenues enceintes de (P=0.028), et entre l’œstrus et le dioestrus chez les vaches enceintes de (P=0.043). Cette recherche est un premier pas important dans l’identification du microbiote vaginal et son impact possible sur la santé vaginale et la fertilité de vaches laitières. Cette recherche pourrait contribuer aux études futures tentant d’améliorer la fécondité bovine avec la manipulation du microbiote vaginal. / A great deal of research has been done on the four phases of the estrous cycle in cows, yet very few studies exist regarding their vaginal microbiota. This study explored the various differences in the vaginal microbiota in pregnant and non-pregnant multiparous Holstein dairy cows. This information will allow us to see what a healthy vaginal microbiota looks like in pregnant cows and to someday try to achieve similar microbiomes in other cows to aid in fertility issues on farms. The objective of this study is to investigate variations in microbiota populations during the estrous cycle and their possible association with pregnancy rates using next generation sequencing of the V4 hypervariable region of the 16S rRNA gene. Twenty-one multiparous Holstein cows on the same farm underwent artificial insemination (AI) after estrous detection. Vaginal swabs were collected four times, on days: 1 (before AI), 3, 15, and 19. Ultrasonography performed at day 31 confirmed that 9 cows became pregnant. A clear predominance of certain phyla was found, with Firmicutes, Bacteroidetes and Proteobacteria making up over 80% of the vaginal microbiota composition throughout, with notable variations between individuals. Differences in beta-diversity (community composition) that were proven statistically significant were between the estrus- proestrus phases in non-pregnant cows (P=0.028) and between the estrus and diestrus phase in pregnant cows at (P=0.043). These findings are a clear first step in identifying possible beneficial vaginal microbiota in pregnant cows that may help to determine how to proceed in manipulating other cows’ vaginal microbiota that have suffered from reproductive failure in the past.

Les incidences de l’écoulement vaginal purulent (EVP) et de l’endométrite cytologique (EC) sont élevées dans les exploitations laitières à cause des contaminations utérines associées à l’immunosuppression péripartum. Le pegbovigrastim (bG-CSF) a été approuvé dans la prévention de la mammite clinique chez les vaches en postpartum. L’objectif de cette étude était d’évaluer l’efficacité du bG-CSF dans la prévention de l’EVP et de l’EC chez les vaches laitières en postpartum. Dans un essai contrôlé randomisé, 60 vaches laitières en postpartum ont été enrôlées et réparties dans deux groupes (saline, n = 29 ; bG-CSF, n = 31) où chaque vache a reçu deux injections de traitement en sous-cutané aux 14e et 21e jours en lait (JEL) au creux de la croupe. L’EVP et l’EC ont été diagnostiqués chez les vaches ayant des scores de pus ≥ 3, d’estérase leucocytaire ≥ 1 ou de neutrophiles ≥ 6%. Toutes les réponses immunitaires utérines et les prévalences de l’endométrite étaient plus importantes numériquement dans le groupe bG-CSF, mais ne différaient pas statistiquement de celles du groupe saline. Les résultats étaient aussi non-différents statistiquement pour les performances subséquentes en reproduction et survie dans le troupeau. En conclusion, le traitement au bG-CSF ne semble pas efficace pour prévenir l’EVP et l’EC. Cependant, pour des raisons d’absence de différence significative constaté dans nos résultats, nous recommandons la poursuite de l’étude avec au moins une puissance statistique de 80% et un niveau de confiance de 95% afin de mieux conclure sur l’efficacité de bG-CSF contre l’endométrite. / The incidences of purulent vaginal discharge (PVD) and cytological endometritis (CE) are high in dairy farms because of uterine contamination associated with peripartum immunosuppression. Pegbovigrastim (bG-CSF) has been approved for the prevention of clinical mastitis in postpartum dairy cows. The objective of this study was to evaluate the efficacy of bG-CSF in the prevention of PVD and CE in postpartum dairy cows on the 35th day postpartum. In a randomized controlled trial, 60 postpartum dairy cows were enrolled and divided into two groups (saline, n = 29; bG-CSF, n = 31) where each cow had received two injections subcutaneously on the 14th and 21st days postpartum at the base of the tail. PVD and CE were diagnosed in cows at with scores of pus ≥ 3 and leukocyte esterase ≥ 1 or neutrophils ≥ 6%, respectively. bG-CSF group but did not differ statistically from those of the saline group (p>0.05). Differences were also not significant for subsequent performance of cows in reproduction parameters and survival in the herd. In conclusion, bG-CSF treatment did not seem effective in preventing PVD and CE in dairy cows. However, for reasons of absence of significant difference observed in our results, we recommend the continuation of the study with at least a statistical power of 80% and a level of confidence of 95% in order to better conclude on the effectiveness of bG-CSF against endometritis.

La mammite subclinique est un problème de santé fréquent et coûteux. Les infections intra-mammaires (IIM) sont souvent détectées à l’aide de mesures du comptage des cellules somatiques (CCS). La culture bactériologique du lait est cependant requise afin d’identifier le pathogène en cause. À cause de cette difficulté, pratiquement toutes les recherches sur la mammite subclinique ont été centrées sur la prévalence d’IIM et les facteurs de risque pour l’incidence ou l’élimination des IIM sont peu connus. L’objectif principal de cette thèse était d’identifier les facteurs de risque modifiables associés à l’incidence, l’élimination et la prévalence d’IIM d’importance dans les troupeaux laitiers Canadiens. En premier lieu, une revue systématique de la littérature sur les associations entre pratiques utilisées à la ferme et CCS a été réalisée. Les pratiques de gestion constamment associées au CCS ont été identifiées et différentiées de celles faisant l’objet de rapports anecdotiques. Par la suite, un questionnaire bilingue a été développé, validé, et utilisé afin de mesurer les pratiques de gestion d’un échantillon de 90 troupeaux laitiers canadiens. Afin de valider l’outil, des mesures de répétabilité et de validité des items composant le questionnaire ont été analysées et une évaluation de l’équivalence des versions anglaise et française a été réalisée. Ces analyses ont permis d’identifier des items problématiques qui ont du être recatégorisés, lorsque possible, ou exclus des analyses subséquentes pour assurer une certaine qualité des données. La plupart des troupeaux étudiés utilisaient déjà la désinfection post-traite des trayons et le traitement universel des vaches au tarissement, mais beaucoup des pratiques recommandées n’étaient que peu utilisées. Ensuite, les facteurs de risque modifiables associés à l’incidence, à l’élimination et à la prévalence d’IIM à Staphylococcus aureus ont été investigués de manière longitudinale sur les 90 troupeaux sélectionnés. L’incidence d’IIM semblait être un déterminant plus important de la prévalence d’IIM du troupeau comparativement à l’élimination des IIM. Le port de gants durant la traite, la désinfection pré-traite des trayons, de même qu’une condition adéquate des bouts de trayons démontraient des associations désirables avec les différentes mesures d’IIM. Ces résultats viennent souligner l’importance des procédures de traite pour l’obtention d’une réduction à long-terme de la prévalence d’IIM. Finalement, les facteurs de risque modifiables associés à l’incidence, à l’élimination et à la prévalence d’IIM à staphylocoques coagulase-négatif (SCN) ont été étudiés de manière similaire. Cependant, afin de prendre en considération les limitations de la culture bactériologique du lait pour l’identification des IIM causées par ce groupe de pathogènes, une approche semi-Bayesienne à l’aide de modèles de variable à classe latente a été utilisée. Les estimés non-ajusté de l’incidence, de l’élimination, de la prévalence et des associations avec les expositions apparaissaient tous considérablement biaisés par les imperfections de la procédure diagnostique. Ce biais était en général vers la valeur nulle. Encore une fois, l’incidence d’IIM était le principal déterminant de la prévalence d’IIM des troupeaux. Les litières de sable et de produits du bois, de même que l’accès au pâturage étaient associés à une incidence et une prévalence plus basse de SCN. / Subclinical mastitis is a very frequent and costly health issue that can be detected using somatic cell count (SCC) measurements, but requires the use of milk bacteriological culture for identification of the causal pathogen. Because of this latter difficulty, nearly all subclinical mastitis research has focused on prevalent intramammary infections (IMI) and less is known on risk factors for IMI incidence or elimination. The main objective of this thesis was to identify the manageable risk factors associated with the incidence, elimination, and prevalence of IMI of importance in Canadian dairy herds. First, a systematic review of the literature on the associations between management practices used on farms and SCC was carried out. Management practices consistently associated with SCC were identified and differentiated from other practices for which anecdotic reports were available. Then, a bilingual questionnaire was developed, validated, and employed to measure the practices used on a sample of 90 Canadian dairy herds. To validate this tool, measures of repeatability and of validity of the questionnaire’s items were analyzed and an evaluation of the equivalence of the English and French versions was conducted. These analyses indicated that the questionnaire was, in general, acceptable, but also pinpointed some problematic items. These items were recategorized when possible or otherwise excluded from subsequent analyses to ensure good data quality. Most of the herds studied were already using post-milking teat disinfection and blanket dry cow therapy. Many other frequently recommended practices were not widely adopted. Next, manageable risk factors associated with Staphylococcus aureus IMI incidence, elimination, and prevalence were investigated on the 90 selected herds in a longitudinal fashion. The S. aureus IMI incidence appeared to be a stronger determinant of the herd prevalence than the elimination rate. Among other practices, wearing gloves during milking, using pre-milking teat disinfection, and having an adequate teat end condition showed desirable associations with the outcomes. These results highlight the importance of good milking practices to achieve a long-term reduction of S. aureus IMI prevalence. Finally, manageable risk factors associated with coagulase-negative staphylococci (CNS) IMI incidence, elimination, and prevalence were investigated in a similar manner. Because of the greater limitations of milk bacteriological culture to identify IMI caused by this group of pathogens, a semi-Bayesian latent class model approach was used. Sensitivity and specificity estimates from an internal validation study were used to link the observed IMI milk culture result to the latent true quarter IMI status. Non-adjusted estimates of IMI incidence, elimination, prevalence, and of associations with expositions appeared to be considerably biased by the diagnostic procedure’s imperfections. Most often, estimates were biased toward the null value. Again, IMI incidence was the main determinant of the herd IMI prevalence. Sand and wood products bedding were associated with lower CNS incidence and prevalence. Sending cows to pasture was also associated with lower CNS IMI incidence and prevalence.

L’importance de la problématique des vaches laitières non gestantes avec multiples inséminations (› 3) communément appelées « Repeat Breeder » (RB), au Québec, repose sur deux facteurs: son incidence et son impact économique. Actuellement, l’incidence du syndrome RB au Québec est de ± 25% (Rapport annuel, juin 2008, www.dsahr.ca). Les pertes monétaires associées à ce problème proviennent des frais vétérinaires et d’insémination, de la diminution de productivité ainsi que des pertes en lien avec la réforme involontaire. Afin d’avoir de meilleures connaissances sur ce syndrome, nous devons connaître les facteurs de risques généraux impliqués et ensuite explorer la condition individuelle de ces vaches problèmes. Dans la première partie de ce mémoire, une banque de données informatisées répertoriant 418 383 lactations fut analysée. L’objectif de ce projet de recherche était d’évaluer l’impact des problèmes reproducteurs post-partum et l’effet du nombre de lactations comme facteurs de risques de la vache Repeat Breeder. L’analyse a permis d’établir la dystocie comme étant la condition ayant le plus de conséquences sur la fertilité future. D’autres facteurs de risques à savoir le nombre de lactations influencent le pronostic reproducteur. La deuxième partie de ce mémoire consistait à explorer, à l’aide d’outils cliniques, la condition individuelle des vaches RB. Une étude cohorte fut menée sur des vaches Holstein en fin de période d’attente volontaire au jour 7 du cycle oestral. Les tests cliniques étudiés furent la vaginoscopie, l’examen transrectal, l’ultrasonographie du système reproducteur, la présence d’estérases leucocytaires, la bactériologie et la biochimie du liquide utérin, la cytologie endométriale et le profil de progestérone sérique. Les résultats de ces tests cliniques dévoilent que l’examen bactériologique du liquide utérin est révélateur du statut reproducteur futur. / Two factors underlie the Repeat Breeder (RB) concerns in Quebec: its incidence and economic impact. Currently RB incidence in Quebec is of ± 25% (yearly Report, June 2008, www.dsahr.ca). Monetary losses related to the RB are the result of veterinary expenses and insemination, loss of productivity and the involuntary culling. In order to have a better knowledge of this syndrome, one must understand the general risk factors involved and then explore the individual condition of these problem cows. The goal of the first part of the project was to assess the impact of the postpartum reproductive problems and the effect of the lactation number as risk factors of the Repeat Breeder cow. A computerized data bank listing 418 383 lactations was analyzed. The analysis established dystocia as being the condition with the most consequences on future fertility. Other risk factors namely the number of lactations influence the reproductive prognosis as well. The second part of the research was to explore the individual condition of the RB using clinical tools. A cohort study was conducted on Holstein cows at the end of the voluntary waiting period on day 7 of the oestrous cycle. The clinical tests studied were vaginoscopy, trans-rectal examination, ultrasonography of the reproductive system, presence of leukocyte esterase, bacteriology and biochemistry of uterine fluid, endometrial cytology and serum progesterone profile. The results of these clinical tests reveal that the bacteriological analysis of uterine fluid is indicative of future reproductive status.

L’importance de la problématique des vaches laitières non gestantes avec multiples inséminations (› 3) communément appelées « Repeat Breeder » (RB), au Québec, repose sur deux facteurs: son incidence et son impact économique. Actuellement, l’incidence du syndrome RB au Québec est de ± 25% (Rapport annuel, juin 2008, www.dsahr.ca). Les pertes monétaires associées à ce problème proviennent des frais vétérinaires et d’insémination, de la diminution de productivité ainsi que des pertes en lien avec la réforme involontaire. Afin d’avoir de meilleures connaissances sur ce syndrome, nous devons connaître les facteurs de risques généraux impliqués et ensuite explorer la condition individuelle de ces vaches problèmes. Dans la première partie de ce mémoire, une banque de données informatisées répertoriant 418 383 lactations fut analysée. L’objectif de ce projet de recherche était d’évaluer l’impact des problèmes reproducteurs post-partum et l’effet du nombre de lactations comme facteurs de risques de la vache Repeat Breeder. L’analyse a permis d’établir la dystocie comme étant la condition ayant le plus de conséquences sur la fertilité future. D’autres facteurs de risques à savoir le nombre de lactations influencent le pronostic reproducteur. La deuxième partie de ce mémoire consistait à explorer, à l’aide d’outils cliniques, la condition individuelle des vaches RB. Une étude cohorte fut menée sur des vaches Holstein en fin de période d’attente volontaire au jour 7 du cycle oestral. Les tests cliniques étudiés furent la vaginoscopie, l’examen transrectal, l’ultrasonographie du système reproducteur, la présence d’estérases leucocytaires, la bactériologie et la biochimie du liquide utérin, la cytologie endométriale et le profil de progestérone sérique. Les résultats de ces tests cliniques dévoilent que l’examen bactériologique du liquide utérin est révélateur du statut reproducteur futur. / Two factors underlie the Repeat Breeder (RB) concerns in Quebec: its incidence and economic impact. Currently RB incidence in Quebec is of ± 25% (yearly Report, June 2008, www.dsahr.ca). Monetary losses related to the RB are the result of veterinary expenses and insemination, loss of productivity and the involuntary culling. In order to have a better knowledge of this syndrome, one must understand the general risk factors involved and then explore the individual condition of these problem cows. The goal of the first part of the project was to assess the impact of the postpartum reproductive problems and the effect of the lactation number as risk factors of the Repeat Breeder cow. A computerized data bank listing 418 383 lactations was analyzed. The analysis established dystocia as being the condition with the most consequences on future fertility. Other risk factors namely the number of lactations influence the reproductive prognosis as well. The second part of the research was to explore the individual condition of the RB using clinical tools. A cohort study was conducted on Holstein cows at the end of the voluntary waiting period on day 7 of the oestrous cycle. The clinical tests studied were vaginoscopy, trans-rectal examination, ultrasonography of the reproductive system, presence of leukocyte esterase, bacteriology and biochemistry of uterine fluid, endometrial cytology and serum progesterone profile. The results of these clinical tests reveal that the bacteriological analysis of uterine fluid is indicative of future reproductive status.

La mammite subclinique est un problème de santé fréquent et coûteux. Les infections intra-mammaires (IIM) sont souvent détectées à l’aide de mesures du comptage des cellules somatiques (CCS). La culture bactériologique du lait est cependant requise afin d’identifier le pathogène en cause. À cause de cette difficulté, pratiquement toutes les recherches sur la mammite subclinique ont été centrées sur la prévalence d’IIM et les facteurs de risque pour l’incidence ou l’élimination des IIM sont peu connus. L’objectif principal de cette thèse était d’identifier les facteurs de risque modifiables associés à l’incidence, l’élimination et la prévalence d’IIM d’importance dans les troupeaux laitiers Canadiens. En premier lieu, une revue systématique de la littérature sur les associations entre pratiques utilisées à la ferme et CCS a été réalisée. Les pratiques de gestion constamment associées au CCS ont été identifiées et différentiées de celles faisant l’objet de rapports anecdotiques. Par la suite, un questionnaire bilingue a été développé, validé, et utilisé afin de mesurer les pratiques de gestion d’un échantillon de 90 troupeaux laitiers canadiens. Afin de valider l’outil, des mesures de répétabilité et de validité des items composant le questionnaire ont été analysées et une évaluation de l’équivalence des versions anglaise et française a été réalisée. Ces analyses ont permis d’identifier des items problématiques qui ont du être recatégorisés, lorsque possible, ou exclus des analyses subséquentes pour assurer une certaine qualité des données. La plupart des troupeaux étudiés utilisaient déjà la désinfection post-traite des trayons et le traitement universel des vaches au tarissement, mais beaucoup des pratiques recommandées n’étaient que peu utilisées. Ensuite, les facteurs de risque modifiables associés à l’incidence, à l’élimination et à la prévalence d’IIM à Staphylococcus aureus ont été investigués de manière longitudinale sur les 90 troupeaux sélectionnés. L’incidence d’IIM semblait être un déterminant plus important de la prévalence d’IIM du troupeau comparativement à l’élimination des IIM. Le port de gants durant la traite, la désinfection pré-traite des trayons, de même qu’une condition adéquate des bouts de trayons démontraient des associations désirables avec les différentes mesures d’IIM. Ces résultats viennent souligner l’importance des procédures de traite pour l’obtention d’une réduction à long-terme de la prévalence d’IIM. Finalement, les facteurs de risque modifiables associés à l’incidence, à l’élimination et à la prévalence d’IIM à staphylocoques coagulase-négatif (SCN) ont été étudiés de manière similaire. Cependant, afin de prendre en considération les limitations de la culture bactériologique du lait pour l’identification des IIM causées par ce groupe de pathogènes, une approche semi-Bayesienne à l’aide de modèles de variable à classe latente a été utilisée. Les estimés non-ajusté de l’incidence, de l’élimination, de la prévalence et des associations avec les expositions apparaissaient tous considérablement biaisés par les imperfections de la procédure diagnostique. Ce biais était en général vers la valeur nulle. Encore une fois, l’incidence d’IIM était le principal déterminant de la prévalence d’IIM des troupeaux. Les litières de sable et de produits du bois, de même que l’accès au pâturage étaient associés à une incidence et une prévalence plus basse de SCN. / Subclinical mastitis is a very frequent and costly health issue that can be detected using somatic cell count (SCC) measurements, but requires the use of milk bacteriological culture for identification of the causal pathogen. Because of this latter difficulty, nearly all subclinical mastitis research has focused on prevalent intramammary infections (IMI) and less is known on risk factors for IMI incidence or elimination. The main objective of this thesis was to identify the manageable risk factors associated with the incidence, elimination, and prevalence of IMI of importance in Canadian dairy herds. First, a systematic review of the literature on the associations between management practices used on farms and SCC was carried out. Management practices consistently associated with SCC were identified and differentiated from other practices for which anecdotic reports were available. Then, a bilingual questionnaire was developed, validated, and employed to measure the practices used on a sample of 90 Canadian dairy herds. To validate this tool, measures of repeatability and of validity of the questionnaire’s items were analyzed and an evaluation of the equivalence of the English and French versions was conducted. These analyses indicated that the questionnaire was, in general, acceptable, but also pinpointed some problematic items. These items were recategorized when possible or otherwise excluded from subsequent analyses to ensure good data quality. Most of the herds studied were already using post-milking teat disinfection and blanket dry cow therapy. Many other frequently recommended practices were not widely adopted. Next, manageable risk factors associated with Staphylococcus aureus IMI incidence, elimination, and prevalence were investigated on the 90 selected herds in a longitudinal fashion. The S. aureus IMI incidence appeared to be a stronger determinant of the herd prevalence than the elimination rate. Among other practices, wearing gloves during milking, using pre-milking teat disinfection, and having an adequate teat end condition showed desirable associations with the outcomes. These results highlight the importance of good milking practices to achieve a long-term reduction of S. aureus IMI prevalence. Finally, manageable risk factors associated with coagulase-negative staphylococci (CNS) IMI incidence, elimination, and prevalence were investigated in a similar manner. Because of the greater limitations of milk bacteriological culture to identify IMI caused by this group of pathogens, a semi-Bayesian latent class model approach was used. Sensitivity and specificity estimates from an internal validation study were used to link the observed IMI milk culture result to the latent true quarter IMI status. Non-adjusted estimates of IMI incidence, elimination, prevalence, and of associations with expositions appeared to be considerably biased by the diagnostic procedure’s imperfections. Most often, estimates were biased toward the null value. Again, IMI incidence was the main determinant of the herd IMI prevalence. Sand and wood products bedding were associated with lower CNS incidence and prevalence. Sending cows to pasture was also associated with lower CNS IMI incidence and prevalence.