L'Union Europ´eenne et le Mercosur ont commenc´e les n´egociations bilat´erales en 1995 au moment de la signature de l'Accord Cadre Inter-Regional de Coop´eration. Malgr ´e seize rondes de n´egociations et un contexte propice aux les relations commerciales (compl´ementarit´e intra et intersectorielle, liens historiques, lang¨uistiques, culturelles et des pr´ef´erences communes), ils ne sont pas parvenus `a signer un accord commercial, et seulement les relations politiques et de coop´eration ont r´eellement avanc´e. Plusieurs raisons, telles que l'interd´ependance entre les n´egociations bilat´erales et multilat´erales ou les sujets les plus controvers´es dans la lib´eralisation agricole, peuvent expliquer le retour `a la case de d´epart. Chaque chapitre de cette th`ese r´epond `a une question cruciale li´ee aux n´egociations UEMercosur. Le premier chapitre ´etudie les cons´equences d'un accord UE-Mercosur sous diff´erentes situations de r´ef´erence (entr´ee du Venezuela dans le Mercosur et possibles r´esultats pour Doha) en utilisant le mod`ele MIRAGE. Le second chapitre est une contribution m´ethodologique `a la mod´elisation des contingents tarifaires dans le cadre d'un mod`ele CGE, et souligne les possibles biais li´es `a l'absence de m´ecanismes de fonctionnement des contingents. Le chapitre 3 pose la question de l'effet Alchian-Allen dans le cadre d'une structure de protection complexe (contingents, tarifs compos´es) correspondant `a la protection agricole en Europe. Le dernier chapitre ´etudie l'int´er