Atualmente os Bombyliidae encontram-se divididos em 16 subfamílias e 18 tribos. A subfamília Ecliminae inclui nove gêneros, três dos quais com ocorrência na Região Neotropical (Cyrtomyia Bigot, Lepidophora Westwood e Thevenetimyia Bigot). Uma revisão taxonômica do gênero Lepidophora é apresentada pelo presente estudo, com redescrições e ilustrações das espécies. São reconhecidas oito espécies válidas, duas exclusivamente neárticas (L. lepidocera Wiedemann, 1828 e L. lútea Painter, 1962), cinco exclusivamente neotropicais (L. acroleuca Painter, 1930, L. culiciformis Walker, 1850, L. cuneata Painter, 1939, L. secutor Walker, 1857 e L. trypoxylona Hall, 1981) e uma com distribuição registrada em ambas as regiões (L. vetusta Walker, 1857). Uma chave para identificação destas espécies, baseada em caracteres morfológicos diagnósticos de fácil e rápida observação, também é apresentada. O registro geográfico da maioria das espécies e do gênero está atualizado, com mapas de distribuição para cada espécie e para o gênero. Este estudo também apresenta uma hipótese filogenética para as espécies de Lepidophora, baseada na análise cladística de 106 caracteres morfológicos, obtendo como resultado, após busca heurística simples, uma única topologia bem resolvida com 198 passos. Lepidophora revela-se monofilético e divide-se em dois grupos monofiléticos, o mais basal formado pelas espécies exclusivamente neárticas (L. lepidocera e L. lútea) e o mais derivado formado pelas demais espécies (L. acroleuca, L. culiciformis, L. cuneata, L. secutor, L. trypoxylona e L. vetusta). O gênero Cyrtomyia, único da subfamília com distribuição exclusivamente Neotropical, também se mostra monofilético. Os resultados obtidos demonstram ainda que a espécie P. austeni (Paramonov, 1949) não pertence, de fato, ao gênero Lepidophora, corroborando a hipótese de François que em 1964 erigiu o gênero Palintonus para alocar tal espécie. Este gênero monotípico posiciona-se como grupo-irmão do clado Cyrtomyia + Lepidophora. Embora não seja possível apontar a posição filogenética de Lepidophora dentro da subfamília Ecliminae, os resultados deste estudo poderão contribuir para estudos futuros num nível mais abrangente, principalmente em relação à gama de novos caracteres levantados e utilizados pela primeira vez em uma análise cladística para Bombyliidae. / Currently the Bombyliidae are divided into 16 subfamilies and 18 tribes. The subfamily Ecliminae includes nine genera, three of which occurring in the Neotropical Region (Cyrtomyia Bigot, Lepidophora Westwood, and Thevenetimyia Bigot). A taxonomic review of the genus Lepidophora is provided by this study, with redescription and illustrations of the species. Eight valid species are recognized, two exclusively Neartic (L. lepidocera Wiedemann, 1828 and L. lutea Painter, 1962), five exclusively Neotropical (L. acroleuca Painter, 1930, L. culiciformis Walker, 1850, L. cuneata Painter, 1939, L. secutor Walker, 1857 and L. trypoxylona Hall, 1981) and one with distribution recorded in both regions (L. vetusta Walker, 1857). An identification key to the species based on diagnostics morphological characters, of easy and fast observation is also presented. The geographic record of most species and genus is updated with distribution maps for each species and for the genus. This study also presents a phylogenetic hypothesis of Lepidophora species based on cladistic analysis of 106 morphological characters, obtaining with the result, after simple heuristic search, a single well resolved topology with 198 steps. Lepidophora is shown to be monophyletic and is divided into two monophyletic group, the most basal formed by the species exclusively Neartic (L. lepidocera and L. lutea) and the most derived formed by remaining species (L. acroleuca, L. culiciformis, L. cuneata, L. secutor, L. trypoxylona and L. vetusta). The genus Cyrtomyia, single of subfamily with distribution exclusively Neotropical, is also shown to be monophyletic. The results also show that the species P. Austeni (Paramonov, 1949) does not belong, indeed, to the genus Lepidophora, supporting the Françoiss hypotesis that in 1964 erected the genus Palintonus to allocate this species. This monotypic genus is positioned as sister-group of the clade Cyrtomyia + Lepidophora. Although it is not possible to identify the phylogenetic position of Lepidophora within the subfamily Ecliminae, the results of this study may contribute to future studies on a broader level, especially by the new characters proposed and used for the first time in a cladistic analysis to Bombyliidae.

Titanoecidae foi proposta por Lehtinen para agrigar cinco gêneros: Titanoeca Thorell (31 spp.), Nurscia Simon (4 spp.), Goeldia Keyserling, (8 spp.), Pandava Lehtinen (2 spp.) e Anuvinda Lehtinen (1 sp.). A família é diagnosticada pela presença de uma dobra dorso-apical complexa na tíbia do palpo dos machos e recentes hipóteses filogenéticas reportam seu parentesco com Phyxelididae, porém as relações internas na família permanecem desconhecidas. Realizamos uma análise cladística com 92 caracteres morfológicos e baseada em parcimônia para Titanoecidae e revisamos os gênero Anuvinda e Goeldia. O grupo-interno contém 32 táxons terminais, incluindo as espécies-tipo dos gêneros, e totalizando 15 espécies de Goeldia, 6 de Titanoeca, 4 de Nurscia, uma de Anuvinda e uma de Pandava. Como grupo-externo foram utilizadas espécies de Phyxelididae (3 spp.) Amaurobiidae (1sp.) Tengellidae (1 sp.) Zoropsidae (1sp.) e de Nicodamidae (2 sp.). Os resultados mostram que Titanoecidae pode ser divididade em dois clados: um formado por Goeldia e Anuvinda como grupo-irmão de Pandava aqui denominado Goeldinae subfam. nov. e outro formado por Titanoeca e Nurscia chamsdo Titanoecinae, Lehtinen, 1967. A revisão de Goeldia revelou sete espécies novas para Brasil (4), Colômbia (1) e Peru (1). Titanoeca guayaquilensis do Equador é transferida para Goeldia Geoldia guayaquilensis comb. nov. e pela primeira vez são descritos o macho de G. nigra e a fêmea de G. guayaquilensis. / The family Titanoecidae was proposed by Lehtinen to include five genera: Titanoeca Thorell (31 spp.), Nurscia Simon (4 spp.), Goeldia Keyserling, (8 spp.), Pandava Lehtinen (2 spp.) and Anuvinda Lehtinen (1 sp.). The family is diagnosed by the presence of a complex dorso-apical fold on the tibia of the male palp. Recent phylogenetic analyses point towards a close relationship between Titanoecidae and Phyxelididae but knowledge on the relations between its genera and species remain uncertain. A cladistic analysis for Titanoecidae was carried out based on parsimony and using 92 morphological characters. The in-group comprised 32 taxa, including the type species of all genera plus 15 species of Goeldia, six Titanoeca, four Nurcia, one Anuvinda and one Pandava. The out-group included species of Phyxelididae (3 spp.) Amaurobiidae (1sp.) Tengellidae (1 sp.) Zoropsidae (1sp.) and Nicodamidae (2 sp.).Results show that Titanoecidae is a monophyletic group and can be divided in two major clades: one including Goeldia and Anuvinda sister to Pandava, herein denominated Goeldinae subfam. nov. and the other, Titanoecinae Lehtinen, including Titanoeca and Nurscia. Based on the results of the cladistic analysis Titanoeca guayaquilensis, from Ecuador, is transferred to Goeldia. In addition The genera Anuvinda and Goeldia are revised. The male of Goeldia nigra and the female of G. guayaquilensis are described for the first time and seven species of Goeldia are newly described: four from Brazil, one from Colombia and one from Peru.

O gênero Phrynops abrange quatro espécies válidas, incluindo o complexo da espécies Phrynops geoffroanus, e apresenta uma filogenia historicamente mal compreendida. Esse projeto objetivou estudar este gênero, com ênfase especial nas populações de P. geoffroanus, através de análises morfométricas, morfológicas, osteológicas e moleculares, a fim de entender sua taxonomia e definir suas relações filogenéticas. Para tanto, foram coletados e emprestados espécimes das populações de P. geoffroanus de dez bacias hidrográficas brasileiras, além de P. tuberosus, P. williamsi e P. hilarii para compôr a análise. A partir disso, foi feita uma análise morfométrica linear dos espécimes das populações de P. geoffroanus, bem como uma comparação do padrão de coloração desses indivíduos com o intuito de definir as populações taxonomicamente distintas dentro da área de distribuição da espécie. Para as análises filogenéticas, foram preparados esqueletos completos e sequenciados os genes 12S, cytb, ND4, R35 e Rag 2 das espeçies de Phrynops e do seu grupo externo, considerando todos os gêneros e quase todas as espécies de Chelidae, bem como representantes de Podocnemididae e Pelomedusidae. Foram conduzidos três conjuntos distintos de análises filogenéticas com os dados moleculares e morfológicos obtidos durante este estudo: 1) uma análise de parcimônia da matriz morfológica; 2) uma análise de máxima verossimilhança das sequências moleculares; 3) uma análise de parcimônia dos dados morfológicos e moleculares concatenados. Como resultados, os dados morfométricos e osteológicos mostram que a população de P. geoffroanus da bacia do rio Paraná representa uma espécie nova, distinta das demais populações pertencentes ao complexo geoffroanus. Além disso, a população de P. geoffroanus do Rio Doce é claramente distinta das demais populações nas hipóteses moleculares. O exemplar de P. williamsi do Rio Iguaçu se distingue molecularmente do clado formado pelos demais exemplares de P. williamsi do Rio do Peixe. Os dados morfológicos e moleculares concatenados mostram que o gênero Phrynops representa um grupo monofilético. As populações de P. geoffroanus apresentaram evidências de agrupamento por bacias. Nas análises moleculares e concatenadas, P. hilarii se posiciona dentro do clado formado pelas populações de P. geoffroanus. O conjunto de dados osteológicos posiciona Mesoclemmys como grupo-irmão de Phrynops, porém, no conjunto de dados moleculares Phrynops aparece como grupo-irmão dos demais gêneros, exceto Hydromedusa e Chelus que encontram-se em uma posição mais basal nessa hipótese. Desta forma, não foi possível definir com clareza o grupo-irmão do gênero Phrynops neste estudo. Os caracteres osteológicos e moleculares evidenciaram Mesoclemmys como um grupo parafilético, pela não inclusão de Mesoclemmys hogei nesse gênero. Por fim, neste estudo, fica evidente que P. geoffroanus e P. tuberosus pertencem à calha norte do rio Amazonas e não se distinguem através do conjunto de dados osteológicos e morfométricos empregados aqui. Entretanto, uma amostragem das localidades específicas será necessária para definir objetivamente o status taxonômico de P. tuberosus / The genus Phrynops covers four valid species, including the species complex Phrynops geoffroanus. The genus has a confuse and poorly resolved taxonomic and phylogenetic history. This project aimed to study the genus Phrynops, with particular emphasis on populations of P. geoffroanus and P. tuberosus, through morphometric, morphological, osteological and molecular analyzes, in order to understand their taxonomy and provide a phylogenetic hypothesis for their interrelationships. Specimens representing populations of P. geoffroanus from ten Brazilian river basins, as well as P. tuberosus, P. williamsi and P. hilarii, were collected or loaned from institutions. A linear morphometric analysis and comparison of color patterns were performed in individuals belonging to the populations of P. geoffroanus in order to define taxonomically distinct populations within the range of the species. For the phylogenetic analyzes, complete skeletons were prepared and tissue samples were sequenced for the genes 12S, cytb, ND4, R35 and Rag 2, for most species of Phrynops and its outgroup taxa, considering all genera and almost all species of Chelidae, as well as representatives of Podocnemididae and Pelomedusidae. Three distinct sets of phylogenetic analyzes were performed with the molecular and morphological data obtained during this study:1) a parsimony analysis of the morphological matrix;2) a maximum likelihood analysis of molecular sequences;3) a parsimony analysis of the combined morphological and molecular data. As a result, the morphometric and osteological data show that the population of P. geoffroanus from the Paraná River basin is a distinct species, and therefore new. The population of P. geoffroanus from the Doce River is clearly distinct from other populations in the molecular hypotheses. The specimen of P. williamsi from the Iguaçu River separates molecularly from the clade formed by the remaining populations of P. williamsi from the Peixe River. The combined morphological and molecular data show that the genus Phrynops corresponds to a well supported monophyletic group.The sampled populations of P. geoffroanus showed evidence of grouping by distinct river basins. In both molecular and combined analyzes, P. hilarii is rooted within the clade formed by the populations of P. geoffroanus. The set of skeletal data supports Mesoclemmys as the sister group of Phrynops, while the molecular data set shows Phrynops as the sister group of a clade composed by all the remaining genera, except Hydromedusa and Chelus that are positioned more basally in the tree. Therefore, the present analysis failed to define without ambiguity the sister-group relationship of the genus Phrynops. Both osteological and molecular datasets showed Mesoclemmys as a paraphyletic group, with the exclusion of Mesoclemmys hogei from the genus. Finally, it seems evident that P. tuberosus and P. geoffroanus belong to the north region of the Amazon River and are not distinguishable by the set of osteological and morphometric data used in the present study. However, a larger sampling of specific locations will be required to objectively define the taxonomic status of P. tuberosus

Orientador: Rogério Bertani / Banca: Paulo César Motta / Banca: Denis Rafael Pedroso / Resumo: O gênero Dolichothele Mello-Leitão, 1923 é revisado e compreende 11 espécies: D. exilis Mello-Leitão, 1923 (espécie-tipo), D. bolivianum (Vol, 2001), D. dominguense (Guadanucci, 2007), D. rufoniger (Guadanucci, 2007), D. tucuruiense (Guadanucci, 2007), D. diamantinensis (Bertani, Santos & Righi, 2009), D. mineirum (Guadanucci, 2011), e 4 espécies novas: D. sp. nov. 1, D. sp. nov. 2, D. sp. Nov. 3, e D. sp. nov. 4. Dolichothele auratum (Vellard, 1924), cujo tipo está supostamente perdido, é considerado nomem dubium. Todas as espécies são rediagnosticadas e uma chave é apresentada permitindo as suas identificações. Mapas com a distribuição de todas as espécies são apresentados. Análises cladísticas utilizando uma matriz com 30 caracteres e 20 táxons foi analisada utilizando pesos iguais com o programa Nona 2.0, assim como com pesos diferentes usando PeeWee 1.3 e concavidades de 1 a 6. Dois cladogramas foram obtidos com pesos iguais, o consenso (L = 68, IC = 0,55, RI = 0,67) não recuperou o gênero Dolichothele como monofilético, uma vez que D. exilis não está incluído no clado com as outras espécies. Um único cladograma foi obtido usando diferentes pesos e concavidades 1-6 (L = 62, fit = 1996.4), todos com a mesma topologia. O cladograma escolhido com pesos diferentes confirma o monofiletismo de Dolichothele, cujo clado é suportado pelo caráter "escópula tarsal da perna IV integral, com fileira de cerdas esparsas" / Abstract: The genus Dolichothele Mello-Leitão, 1923 is revised and comprises 11 species: D. exilis Mello-Leitão, 1923 (type species), D. bolivianum (Vol, 2001), D. dominguense (Guadanucci, 2007), D. rufoniger (Guadanucci, 2007), D. tucuruiense (Guadanucci, 2007), D. diamantinensis (Bertani, Santos & Righi, 2009), D. mineirum (Guadanucci, 2011), and 4 new species: D. sp. nov. 1, D. sp. nov. 2, D. sp. nov. 3, and D. sp. nov. 4. Dolichothele auratum (Vellard, 1924) which type is supposed lost is herein considered nomem dubium. All the species were rediagnosed and a key is presented allowing their identification. Maps with the distribution of all species are presented. Cladistic analyses using a matrix with 30 characters and 20 taxa were carried out using equal weights with the program Nona 2.0 as well as with different weights using Pee- Wee 1.3 and concavities from 1 to 6. Two cladograms were obtained with equal weights, and the consensus (L = 68, CI = 0.55, RI = 0.67) did not recover the genus Dolichothele as monophyletic, since D. exilis is not included in the clade with the other species. A single cladogram was obtained using different weights and concavities 1-6 (L=62, fit=1996.4) all having the same topology. The chosen cladogram using different weights confirms the monophyly of Dolichothele, which clade is supported by the character "scopula tarsal of the leg IV integral, with row of sparse setae" / Mestre

Orientador: Fernando Barbosa Noll / Coorientador: John Warren Wenzel / Banca: Eduardo Andrade Botelho de Almeida / Banca: Sérgio Ricardo Andena / Banca: James M. Carpenter / Banca: Graham Brown / Resumo: Nós apresentamos a primeira análise cladística de Thynninae para avaliar a monofilia de Thynninae bem como dos táxons atualmente classificados em tribos. Nós também apresentamos um mapa de distribuição das espécies estudadas e novos registros para a os gêneros Neotropicias. Thynninae é uma subfampilia diversa de Tiphiidae e apesar de suas características únicas, tem sido negligenciada em diferentes áreas: taxonomia, sistemática, distribuição e biologia. A subfamília apresenta dimorfismo sexual, com fêmeas ápteras e morfologia parecida com formigas e machos alados. O estudo morfológico foi conduzido usando 104 táxons terminais, sendo 99 de Thynninae e seis de grupos externos. A análise cladística foi feita usando pesagem implícita dos caracteres e o suporte foi acessado por reamostragem simétrica. Todas as tribos atualmente aceitas foram amostradas, e no total, nós estudadmos 46 dos 65 gêneros de Thynninae. A monofilia de Thynninae foi recuperada com base em dois caracteres de asas. Rhagigasterini foi recuperada como uma tribo, no entento, Scotaenini, Thynnini e Elaphropterini não foram. Os gêneros previamente agrupados em Elaphropterini foram mais relacionados entre si do que com os outros gêneros. De acordo com os nosso resultados Rhagigasterini devem ser mantidos como uma tribo e Thynnini, Scotaenini e Elaphropterini deveriam seriam incluídos em uma única tribo: Thynnini. Nossos resultados a respeito da distribuição de Thynninae mostram o padrão de distribuição Gondwanico... / Abstract: We present the first cladistic analysis for Thynninae to evaluate its monophyly as well as of the taxa currently classified tribes. We also present a map with the distribution of the studied species and new records for Neotropical genera. Thynninae is a diverse subfamily of Tiphiidae and, in spite of its unique characteristics, has been neglected in several different areas: taxonomy, systematics, distribution, and biology. The subfamily presents sexual dimorphism, with females wingless with ant-like morphology and winged males. Morphological study was conducted using 104 terminal taxa, of which 99 were from Thynninae and six were outgroups. Cladistic analysis was completed under implied weighting, and support was accessed by symmetric resampling. All currently accepted tribes were sampled, and in total, we studied 46 out of 65 Thynninae genera. We recovered the monophyly of Thynninae based on two wing characters. Rhagigasterini was recovered as a tribe; however, Scotaenini, Thynnini, and Elaphropterini were not. The genera previously grouped in Elaphropterini were more related among them, than with other genera. According to our results, Rhagigasterini should be maintained as a tribe and Thynnini, Elaphropterini, and Scotaenini should be included in one tribe: Thynnini. Our results regarding the distribution of Thynninae show the Gondwanan pattern of the species that are present in the Neotropical and Australasian regions. New records are important to expand the distribution of the species and add knowledge about the subfamily / Doutor

Atualmente a Família Bombyliidae encontra-se dividida em 16 subfamílias e 18 tribos. A subfamília Phthirinae inclui duas tribos: Phthiriini e Poecilognathini que, em total, incluem 10 gêneros. A tribo Phthiriini possui seis gêneros distribuidos da seguinte maneira: espécies neárticas estão divididas em dois gêneros, Acreophthiria Evenhuis, 1986 e Neacreotrichus Cockerell, 1917, as espécies australianas em três gêneros, Acreotrichus Macquart, 1850, Australiphthiria Evenhuis, 1986 e Pygocona Hull, 1973 e o gênero Phthiria Meigen, 1820 objeto deste estudo, que conta com 63 espécies distribuídas nas regiões Afrotropical, Neotropical, Paleártica e Oriental. Uma revisão taxonômica das espécies neotropicais do gênero Phthiria é apresentada no presente estudo, incluindo redescrições e ilustrações das mesmas. São reconhecidas seis espécies válidas: P. austrandina Edwards, 1937, P. cana Philippi, 1865, P. chilena Rondani, 1863, P. exilis Philippi, 1865, P. homochroma Hall, 1976 e P. tristis Bigot, 1892. Uma chave para identificação destas espécies, baseada em caracteres morfológicos diagnósticos, de fácil observação, também é apresentada. Este trabalho pretende testar se as seis espécies neotropicais, atualmente incluídas em Phthiria, pertencem, de fato, a este gênero ou se formarão um grupo monofilético a parte, devendo ser alocadas em algum outro gênero de Phthiriinae ou ainda em um novo gênero. Para tal, realizou-se uma análise cladística incluindo além das espécies neotropicais de Phthiria, espécies das regiões Afrotropical, Paleártica e Oriental, e ainda, representante dos outros gêneros de Phthiriini. A análise cladística baseou-se em 36 terminais e 39 caracteres morfológicos, obtendo-se como resultado, após busca heurística simples, seis árvores mais parcimoniosas, cujo consenso estrito possui 128 passos, CI: 37 and RI: 75, além de outra topologia resultante da pesagem implícita, com três árvores mais parcimoniosas. O gênero Phthiria não tem seu monofiletismo suportado, já que as espécies neotropicais de Phthiria apresentaram-se reunidas em um clado distinto, monofilético, e desta forma são transferidas para um novo gênero, este se posiciona como grupo-irmão do clado neártico Neacreotrichus + Acreophthiria, do clado australiano Acreotrichus + Australiphthiria + Pygocona e ainda de Phthiria s. str. (clado onde a espécie-tipo do gênero Phthiria está inserida). / Currently the Bombyliidae comprises 16 subfamilies and 18 tribes. The subfamily Phthiriinae includes two tribes: Phthiriini and Poecilognathini, which together have 10 genera. The Phthiriini tribe encompasses six genus, as follows: Nearctic species into two genus, Acreophthiria Evenhuis, 1986 and Neacreotrichus Cockerell, 1917, the Australian species in three genera, Acreotrichus Macquart, 1850, Australiphthiria Evenhuis, 1986 and Pygocona Hull, 1973 and thee genus Phthiria Meigen, 1820 the focus of this study, which comprises 63 species through Afrotropical, Neotropical, Paleartic and Oriental regions. A taxonomic review of Neotropical species of the genus Phthiria Meigen, 1820 is provided in this study, with redescriptions and illustrations of them. Six valid species are recognized: Phthiria austrandina Edwards, 1937, P. cana Philippi, 1865, P. chilena Rondani, 1863, P. exilis Philippi, 1865, P. homochroma Hall, 1976 and P. tristis Bigot, 1892. An identification key to the species based on easily observed diagnostics morphological characters is also presented. The main goal of this work is to test if the six neotropical species, actually included in Phthiria, belong, in fact, to this genus or if they will form a different monophiletic group which, should therefore be allocated in another genus of Phthiriinae, or even in a new genus. For this, we implemented a cladistics analysis, include Neotropical species of Phthiria, species of the Afrotropical, Paleartic and Oriental regions and also representatives of other genera of Phthiriini. The cladistics analysis was based on 36 terminals and 39 morphological characters, obtaining as results, after simple heurist search, six most parsimonious trees, whose strict consensus has 128 steps, CI: 37 and RI: 75, and also another topology from implied weighted, with three most parsimonious trees. The genus Phthiria does not have a supported monophily, as the Neotropical species grouped in a distinct clade, monophyletic, and were transferred to a new genus, which is positioned as sister-group of the Nearctic clade Neacreotrichus + Acreophthiria, Australian clade Acreotrichus + Australiphthiria + Pygocona and also of Phthiria s. str. (clade on which the type species of the genus Phthiria is placed).

Orientador: Luís Guilherme de Oliveira / Banca: Rejane Schaefer / Banca: Samir Issa Samara / Banca: Danielle Gava / Banca: Hélio José Montassier / Resumo: O gênero Pestivirus é composto por agentes geneticamente distintos, responsáveis por infecções em suínos, bovinos, ovinos, caprinos e outros animais domésticos e silvestres. O atypical porcine pestivirus (APPV), é um pestivirus geneticamente atípico recentemente identificado e associado a casos de tremor congênito (CT) em leitões recém-nascidos em quatro continentes, sugerindo uma distribuição mundial do APPV. Assim, os objetivos deste estudo foram: 1) detectar a presença do APPV em sêmen, líquidos prepuciais e swabs prepuciais de cachaços adultos por reação em cadeia da polimerase via transcriptase reversa quantitativa (qRT-PCR), 2) caracterizar geneticamente um subgrupo de amostras positivas de sêmen para melhor entender a ecologia do APPV em cachaços comerciais e o risco potencial de transmissão do APPV via sêmen, 3) investigar a presença do APPV em leitões com CT no Brasil e (4) caracterizar geneticamente um subconjunto de amostras do APPV oriundas de leitões. Um total de 597 amostras de sêmen, fluido prepucial e swabs prepuciais cada amostra representando um cachaço diferente foram obtidas de quatro granjas comerciais (sêmen) localizadas em três estados diferentes nos Estados Unidos e 13 leitões com CT de quatro granjas em dois estados do Brasil foram amostrados. RNA viral foi detectado por qRT-PCR em 15,08% das amostras (90/597), sendo o maior percentual 23,81% de positivo em swabs prepuciais (5/21) seguido de 22,81% no fluído prepucial (26/114) e de 12,91% no sêmen (59... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The genus Pestivirus is composed of genetically distinct viruses, responsible for infections in swine, cattle, sheep, goats and other domestic and wild animals. The atypical porcine pestivirus (APPV) is a genetically atypical pestivirus recently identified and associated with cases of congenital tremor (CT) in newborn piglets from four continents, suggesting a worldwide distribution of the APPV. Accordingly, the objectives of this study were to 1) detect the presence of APPV in semen, preputial fluids and preputial swabs from adult boars by quantitative reverse transcription PCR (qRT-PCR), 2) genetically characterize a subset of positive semen samples to better understand the ecology of APPV in commercial boar studs and the potential risk of transmission of APPV via semen, 3) investigate the presence of APPV in piglets with CT in Brazil and (4) genetically characterize a subset of APPV samples from CT-piglets. A total of 597 samples of semen, preputial fluid and preputial swabs each samples representing a different boar were obtained from four commercial boar studs located in three different states in the United States and 13 CT-piglets from four farms in two different states in Brazil were sampled. Viral RNA was detected by qRT-PCR in 90 samples (15.08%; 90/597), with the greatest per cent positive from preputial swabs (23.81%; 5/21) followed by preputial fluid (22.81%; 26/114) and semen (12.91%; 59/457). Based on phylogenetic analysis of the APPV Npro gene, different viral strains can be on the same farm at the same and different times. Viral RNA was detected by qRT-PCR in the cerebellum or cerebellum and spinal cord in the 100% of the piglets with CT, and APPV was not detected in any tissue sample from clinically non-affected piglets. A subset of positive samples was selected for sequencing of part of the NS3 gene. Phylogenetic analysis rev... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Os teleósteos são o grupo mais diversificado entre os vertebrados e seu registro mais antigo data do Jurássico. Sua atual classificação inclui quatro clados, dentre os quais Euteleostei é o mais avançado e variado. Apesar de todos os trabalhos a respeito do grupo, ele ainda não possui diagnose, definição e composição precisas. A discordância entre autores é ilustrada pelas nove diferentes propostas filogenéticas elaboradas nos últimos 30 anos. Muitos fósseis do Cretáceo são classificados como euteleósteos basais por falta de conhecimento morfológico, enquanto outros fósseis possuem classificação sistemática controversa ou compartilham aspectos estruturais com euteleósteos basais. Nesse contexto, os objetivos da presente dissertação são avaliar o monofiletismo de euteleósteos basais e recuperar relações filogenéticas de táxons do Nordeste do Brasil, África, Europa, Ásia e América do Norte atribuídos aos euteleósteos basais. Sete táxons brasileiros (i.e., Beurlenichthys ouricuriensis, Britoichthys marizalensis, Clupavus brasiliensis, Santanasalmo elegans, Santanichthys diasii, Scombroclupeoides scutata e novo euteleósteo da Bacia de Pelotas) e 14 táxons de localidades estrangeiras (i.e., Avitosmerus canadensis, Barcarenichthys joneti, Chanoides macropoma, Clupavus maroccanus, Gaudryella gaudryi, Humbertia operta, Kermichthys daguini, Leptolepides spratiiformis, Lusitanichthys characiformis, Nybelinoides brevis, Orthogonikleithrus leichi, Pattersonella formosa, Wenzichthys congolensis e Tchernovichthys exspectatum) foram analisados através de observação direta, fotografias, desenhos e descrições e submetidos a uma análise de Sistemática Filogenética utilizando o princípio da parcimônia. Três espécies recentes (i.e., Elops saurus, Hoplias malabaricus e Salmo trutta) foram usadas como grupo externo. Sessenta e dois caracteres foram selecionados e, como resultado, seis árvores igualmente parcimoniosas foram obtidas com 325 passos, índice de consistência (CI) de 0,2523 e índice de retenção (RI) de 0,4309. O consenso estrito é representado pela seguinte topologia: ((C. marocanus), (C. brasiliensis, (H. malabaricus + S. diasii))) ((G. gaudryi, (C. macropoma + L. characiformis)), (K. daguini), ((A. canadensis, (novo euteleósteo, (S. elegans + W. congolensis), (B. ouricuriensis + B. marizalensis)), (L. spratiiformis, (S. scutata, (N. brevis + P. formosa))), (B. joneti), (O. leichi), (H. operta + T. exspectatum), indicando que euteleósteos basais não formam um grupo monofilético e que as atuais sinapomorfias propostas são insuficientes para suportar o grupo. / Teleostei is the most diversified group among vertebrates and its oldest record dates from the Jurassic. It is currently divided into four clades, from which Euteleostei is the most derived and varied one. Despite all the studies on this group, precise diagnosis, definition, and composition are still lacking. The nine different phylogenetic hypotheses proposed in the last 30 years demonstrate the disagreement among authors. Several Cretaceous fossil fishes are assigned to basal euteleosteans due to the lack of morphological data, whereas some others possess a controversial taxonomic classification, and/or share anatomical features with basal euteleosteans. In this context, the goals of the present dissertation are to verify the monophyly of basal euteleosteans and to recover phylogenetic relationships within the taxa from Northeastern Brazil, Africa, Europe, Asia, and North America assigned to basal euteleosteans. Seven Brazilian taxa (i.e., Beurlenichthys ouricuriensis, Britoichthys marizalensis, Clupavus brasiliensis, Santanasalmo elegans, Santanichthys diasii, Scombroclupeoides scutata, and new euteleostean from the Pelotas Basin) and 14 from foregoing localities (i.e., Avitosmerus canadensis, Barcarenichthys joneti, Chanoides macropoma, Clupavus maroccanus, Gaudryella gaudryi, Humbertia operta, Kermichthys daguini, Leptolepides spratiiformis, Lusitanichthys characiformis, Nybelinoides brevis, Orthogonikleithrus leichi, Pattersonella formosa, Wenzichthys congolensis, and Tchernovichthys exspectatum) were analyzed by direct observation, as well as by means of photographs, drawings, and descriptions. After that, these taxa were submitted to a cladistic analysis using the principle of parsimony. Three living species (i.e., Elops saurus, Hoplias malabaricus, and Salmo trutta) were chosen to the outgroup. Sixtytwo characters were selected and, as a result, six equally parsimonious trees were obtained, with a length of 325 steps, consistency index (CI) of 0.2523, and retention index (RI) of 0.4309. The strict consensus tree is represented by the following topology: ((C. marocanus), (C. brasiliensis, (H. malabaricus + S. diasii))) ((G. gaudryi, (C. macropoma + L. characiformis)), (K. daguini), ((A. canadensis, (new euteleostean, (S. elegans + W. congolensis), (B. ouricuriensis + B. marizalensis)), (L. spratiiformis, (S. scutata, (N. brevis + P. formosa))), (B. joneti), (O. leichi), (H. operta + T. exspectatum), indicating that basal euteleosteans are not a monophyletic group and that the current synapomorphies are insufficient to support it.

Os teleósteos são o grupo mais diversificado entre os vertebrados e seu registro mais antigo data do Jurássico. Sua atual classificação inclui quatro clados, dentre os quais Euteleostei é o mais avançado e variado. Apesar de todos os trabalhos a respeito do grupo, ele ainda não possui diagnose, definição e composição precisas. A discordância entre autores é ilustrada pelas nove diferentes propostas filogenéticas elaboradas nos últimos 30 anos. Muitos fósseis do Cretáceo são classificados como euteleósteos basais por falta de conhecimento morfológico, enquanto outros fósseis possuem classificação sistemática controversa ou compartilham aspectos estruturais com euteleósteos basais. Nesse contexto, os objetivos da presente dissertação são avaliar o monofiletismo de euteleósteos basais e recuperar relações filogenéticas de táxons do Nordeste do Brasil, África, Europa, Ásia e América do Norte atribuídos aos euteleósteos basais. Sete táxons brasileiros (i.e., Beurlenichthys ouricuriensis, Britoichthys marizalensis, Clupavus brasiliensis, Santanasalmo elegans, Santanichthys diasii, Scombroclupeoides scutata e novo euteleósteo da Bacia de Pelotas) e 14 táxons de localidades estrangeiras (i.e., Avitosmerus canadensis, Barcarenichthys joneti, Chanoides macropoma, Clupavus maroccanus, Gaudryella gaudryi, Humbertia operta, Kermichthys daguini, Leptolepides spratiiformis, Lusitanichthys characiformis, Nybelinoides brevis, Orthogonikleithrus leichi, Pattersonella formosa, Wenzichthys congolensis e Tchernovichthys exspectatum) foram analisados através de observação direta, fotografias, desenhos e descrições e submetidos a uma análise de Sistemática Filogenética utilizando o princípio da parcimônia. Três espécies recentes (i.e., Elops saurus, Hoplias malabaricus e Salmo trutta) foram usadas como grupo externo. Sessenta e dois caracteres foram selecionados e, como resultado, seis árvores igualmente parcimoniosas foram obtidas com 325 passos, índice de consistência (CI) de 0,2523 e índice de retenção (RI) de 0,4309. O consenso estrito é representado pela seguinte topologia: ((C. marocanus), (C. brasiliensis, (H. malabaricus + S. diasii))) ((G. gaudryi, (C. macropoma + L. characiformis)), (K. daguini), ((A. canadensis, (novo euteleósteo, (S. elegans + W. congolensis), (B. ouricuriensis + B. marizalensis)), (L. spratiiformis, (S. scutata, (N. brevis + P. formosa))), (B. joneti), (O. leichi), (H. operta + T. exspectatum), indicando que euteleósteos basais não formam um grupo monofilético e que as atuais sinapomorfias propostas são insuficientes para suportar o grupo. / Teleostei is the most diversified group among vertebrates and its oldest record dates from the Jurassic. It is currently divided into four clades, from which Euteleostei is the most derived and varied one. Despite all the studies on this group, precise diagnosis, definition, and composition are still lacking. The nine different phylogenetic hypotheses proposed in the last 30 years demonstrate the disagreement among authors. Several Cretaceous fossil fishes are assigned to basal euteleosteans due to the lack of morphological data, whereas some others possess a controversial taxonomic classification, and/or share anatomical features with basal euteleosteans. In this context, the goals of the present dissertation are to verify the monophyly of basal euteleosteans and to recover phylogenetic relationships within the taxa from Northeastern Brazil, Africa, Europe, Asia, and North America assigned to basal euteleosteans. Seven Brazilian taxa (i.e., Beurlenichthys ouricuriensis, Britoichthys marizalensis, Clupavus brasiliensis, Santanasalmo elegans, Santanichthys diasii, Scombroclupeoides scutata, and new euteleostean from the Pelotas Basin) and 14 from foregoing localities (i.e., Avitosmerus canadensis, Barcarenichthys joneti, Chanoides macropoma, Clupavus maroccanus, Gaudryella gaudryi, Humbertia operta, Kermichthys daguini, Leptolepides spratiiformis, Lusitanichthys characiformis, Nybelinoides brevis, Orthogonikleithrus leichi, Pattersonella formosa, Wenzichthys congolensis, and Tchernovichthys exspectatum) were analyzed by direct observation, as well as by means of photographs, drawings, and descriptions. After that, these taxa were submitted to a cladistic analysis using the principle of parsimony. Three living species (i.e., Elops saurus, Hoplias malabaricus, and Salmo trutta) were chosen to the outgroup. Sixtytwo characters were selected and, as a result, six equally parsimonious trees were obtained, with a length of 325 steps, consistency index (CI) of 0.2523, and retention index (RI) of 0.4309. The strict consensus tree is represented by the following topology: ((C. marocanus), (C. brasiliensis, (H. malabaricus + S. diasii))) ((G. gaudryi, (C. macropoma + L. characiformis)), (K. daguini), ((A. canadensis, (new euteleostean, (S. elegans + W. congolensis), (B. ouricuriensis + B. marizalensis)), (L. spratiiformis, (S. scutata, (N. brevis + P. formosa))), (B. joneti), (O. leichi), (H. operta + T. exspectatum), indicating that basal euteleosteans are not a monophyletic group and that the current synapomorphies are insufficient to support it.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-07-05T16:36:24Z No. of bitstreams: 2 Juliana Silva dos Santos1.pdf: 1785927 bytes, checksum: 83f770822a9ff628d0769fb02e147de0 (MD5) Juliana Silva dos Santos2.pdf: 3659436 bytes, checksum: 139c3fa3308c581a5e28e5ce17a49ce0 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-05T16:36:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Juliana Silva dos Santos1.pdf: 1785927 bytes, checksum: 83f770822a9ff628d0769fb02e147de0 (MD5) Juliana Silva dos Santos2.pdf: 3659436 bytes, checksum: 139c3fa3308c581a5e28e5ce17a49ce0 (MD5) Previous issue date: 2011-02-15 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Amasonia L. (Lamiaceae - Ajugoideae), there is the difficult distinction between its species, which makes it complex, and also because little is known about its relationship with related genera. This study aimed to perform a morphological cladistic analysis of the Amasonia genus, to contribute with understanding of its interspecific relationships, and provide subsidies for the correct identification of its taxa. For the taxonomic study were analyzed voucher specimens and from collections held in the Central West region of Brazil. For the cladistic analysis were selected 42 characters of 13 species, of which eight belong to the Amasonia, three Aegiphila and a representative of the genus Clerodendrum and other of Tetraclea. The morphological matrix was developed through the program Nexus Data Editor, version 5.0 and analyzed by Paup 4.0 by the method of maximal parsimony. Were found three equally parsimonious trees with consistence index (CI) = 0, 6852 and a retention index (RI) = 0,7018. Were recognized eight species in the genus: A. angustifolia, A. arborea, A. calycina, A. campestris, A. hirta, A. lasiocaulis, A. obovata and A. spruceana, mainly dispersed in the savanna formation in Midwest Brazil and in the forests of the Amazon domain. Three synonyms were proposed: Amasonia campestris var. surinamensis Moldenke synonymized to A. campestris; A. hirta var. paraensis Moldenke and A. lasiocaulis var. macrophylla Moldenke synonymized to A. lasiocaulis. Amasonia emerged as a monophyletic genus and it had the clade formed by Tetraclea and Clerodendrum as the closest sister group. Amasonia hirta was pointed as a basal group and sister group to the other species. Aegiphila was shown as paraphyletic, but due to its low sampling in this study, few inferences about the genus could be done. / Amasonia L. (Lamiaceae - Ajugoideae), destaca-se pela difícil distinção entre suas espécies, o que o torna complexo, e também pelo pouco conhecimento sobre sua relação com gêneros afins. Este trabalho objetivou conhecer a filogenia do gênero Amasonia com base em dados morfológicos a fim de contribuir para um maior entendimento das relações interespecíficas do gênero, bem como fornecer subsídios para a correta identificação de seus táxons. Para o estudo taxonômico foram analisadas coleções de herbários e espécimes provenientes de coletas realizadas na região Centro-Oeste do Brasil. Para a análise cladística foram levantados 42 caracteres de 13 espécies, das quais oito pertencentes a Amasonia, três a Aegiphila e um representante dos gêneros Clerodendrum e Tetraclea. A matriz morfológica foi desenvolvida através do programa Nexus Data Editor, versão 5.0 e analisada pelo Paup 4.0 pelo método de máxima parcimônia. Foram encontradas três árvores igualmente parcimoniosas com índices de consistência (IC) = 0, 6852 e retenção (IR) = 0, 7018. Foram reconhecidas oito espécies para o gênero: A. angustifolia, A. arborea, A. calycina, A. campestris, A. hirta, A. lasiocaulis, A. obovata e A. spruceana, distribuídas principalmente no cerrado da região Centro-Oeste do Brasil e nas florestas de domínio amazônico, incluindo ambientes savanóides. Três sinonimizações são propostas: Amasonia campestris var. surinamensis Moldenke sinonimizada à A. campestris; A. hirta var. paraensis Moldenke e A. lasiocaulis var. macrophylla Moldenke sinonimizadas à A. lasiocaulis. Amasonia emergiu como um gênero monofilético e teve como grupo irmão o clado formado por Clerodendrum e Tetraclea. Amasonia hirta foi apontada como espécie basal e grupo irmão das demais espécies. Aegiphila surgiu como um grupo parafilético, mas devido a sua baixa amostragem neste trabalho, poucas inferências sobre o gênero puderam ser feitas.