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Modelagem hidrológica sob uma abordagem bayesiana : comparação de algoritmos MCMC e análise da influência da função verossimilhança na estimativa dos parâmetros e descrição das incertezas

Rampinelli, Cássio Guilherme 19 August 2016 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Civil e Ambiental, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-11-21T17:02:46Z No. of bitstreams: 1 2016_CássioGuilhermeRampinelli.pdf: 17198008 bytes, checksum: d865c15e2b03298454d6e7a91457004e (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-01-31T18:35:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_CássioGuilhermeRampinelli.pdf: 17198008 bytes, checksum: d865c15e2b03298454d6e7a91457004e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-31T18:35:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_CássioGuilhermeRampinelli.pdf: 17198008 bytes, checksum: d865c15e2b03298454d6e7a91457004e (MD5) / Pesquisas realizadas na última década tem mostrado a abordagem bayesiana como uma ferramenta promissora na avaliação de incertezas em modelos hidrológicos e no auxílio à tomada de decisões a partir de prognósticos desses modelos. A abordagem bayesiana com o emprego das denominadas cadeias de Markov via simulação Monte Carlo permite a obtenção das distribuições posteriores completas de todos os parâmetros do modelo e de qualquer função dos mesmos, incluindo a do hidrograma simulado. Contudo, ao se empregar essa abordagem faz-se necessário representar a natureza assumida para os erros do modelo por meio de uma função de verossimilhança. É comum, em diversos casos de simulação, assumir que os resíduos possam ser representados por uma distribuição normal com média zero e desvio padrão conhecido. Entretanto, diversos estudos tem revelado que essa premissa é frequentemente violada para a maioria dos caso sem hidrologia. Este trabalho se insere nesse contexto e apresenta o desenvolvimento e a aplicação dos algoritmos Metropolis Hastings e Adaptive Metropolis para a estimativa das incertezas referentes aos parâmetros do modelo hidrológico do tipo conceitual denominado Soil Moisture Accounting Procedure (SMAP), para passo de tempo mensal. Complementarmente, o algoritmo Differential Evolution Adaptive Metropolis (DREAM), amplamente testado em diversos trabalhos correlatos, é empregado com o propósito de validar os resultados obtidos com os algoritmos implementados, bem como avaliar o comportamento das estimativas dos erros e das distribuições posteriores quando se faz uso de uma função de verossimilhança generalizada, capaz de agregar a não normalidade, a heterocedasticidade e a correlação entre os resíduos. Com o propósito de melhor explorar o comportamento dos parâmetros e contrapor a abordagem bayesiana com os métodos de calibração determinísticos usualmente empregados, os parâmetros são também estimados com o algoritmo de busca global PSO. Os resultados indicam o comportamento adequado dos algoritmos implementados, mostrando o potencial da abordagem bayesiana para a avaliação de incertezas bem como demonstram a influência da função de verossimilhança nas distribuições posteriores dos parâmetros e nas vazões simuladas. Com o intuito de corroborar para disseminação e uso dessa ferramenta os códigos implementados em linguagem R são disponibilizados ao final do trabalho para os principais casos estudados. / Researches conducted in the last decade has shown Bayesian approach as a promising tool in exploring uncertainty in hydrologic modeling and as an useful support in decision making process. The application of the Bayesian approach, implemented by Markov chains via Monte Carlo simulation, provides the full posterior distribution of the model parameters and any function of them, including the distribution of the simulated flows. However, when applying Bayesian approach the modeler should make assumptions about the errors nature by implementing an appropriate likelihood function. It is usual, in many cases, assuming that residuals can be described by a normal distribution with zero mean and a given standard deviation. However, several studies have shown that this assumption is often violated for most cases in hydrology. This work corroborates to this context and presents Metropolis Hastings and Adaptive Metropolis algorithms implemented in R programming language in order to assess the uncertainty regarding the Soil Moisture Accounting Procedure (SMAP)parameters, a conceptual Rainfall-Runoff model, to monthly time steps. In addition, DREAM algorithm, widely applied in several related works, is used in order to validate the results obtained with the implemented algorithms. Furthermore, residuals behavior are analyzed by a Generalized Likelihood Function that better address the non-normality, heterocedasticity and correlation between errors. For the sake of comparison, parameters were also estimated with a global optimization procedure and with a Bayesian approach. Results illustrate the potential of the Bayesian approach in exploring the parameters uncertainties, and indicate the influence of the likelihood function in the parameter posterior distributions and simulated flow. In order to corroborate to the use and dissemination of Bayesian analyses in hydrologic modeling, programming codes implemented in R statistical language are available at the end of work for the main case studies.
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Estimativa da confiabilidade dos sensores ópticos de pressão e temperatura nas condições de uso a partir de testes acelerados de vida

DAMACENO, Wanderley Silva January 2005 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T17:42:20Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo7440_1.pdf: 698554 bytes, checksum: bc22291833a90a220d3c70ed17229607 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / Devido ao acirrado mercado de exploração de petróleo as empresas do setor têm buscado consideráveis investimentos em novas tecnologias para obterem uma maior otimização na suas atividades e melhor gerenciamento da produção de petróleo. Para terem uma melhor noção do potencial de produção essa empresam têm investido no desenvolvimento e utilização de sensores ópticos em poços de petróleo. Por ser uma nova tecnologia são escassos os trabalhos que avaliem a confiabilidade de sensores ópticos nas condições operacionais em poços de produção. Nesta dissertação será utilizada uma metodologia Bayesiana para fazer uma análise da confiabilidade desses sensores nas condições usuais baseado em resultados dos tempos de falha obtidos com a aplicação de testes acelerados de vida. Será utilizada a opinião do especialista para encontrarmos os valores dos parâmetros da distribuição a priori da taxa de falha transformada como também será utilizado o procedimento Markov Chain Monte Carlo (MCMC) para se obter a distribuição a posteriori da taxa de falha transformada. Com a obtenção da distribuição a posteriori da taxa de falha transformada pode-se inferir sobre a confiabilidade dos sensores ópticos nas condições normais de operação
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Análise filogenética de Mydinae (Insecta, Diptera, Mydidae) com base em caracteres morfológicos e moleculares / Phylogenetic analysis of Mydinae (Insecta, Diptera, Mydidae) based on morphological and molecular characters

Almeida, Julia Calhau 04 April 2013 (has links)
A subfamília Mydinae (Insecta, Diptera, Mydidae) ocorre somente nas Américas e é composta por 12 gêneros e 84 espécies, sendo a grande maioria das espécies de Mydidae pertencentes a essa subfamília. Mydinae é atualmente dividida em quatro tribos: Dolichogastrini, Mydini, Phylomydini e Messiasiini. A monofilia da subfamília, assim como de suas tribos e gêneros, ainda não havia sido testada por análises filogenéticas, o que justifica os objetivos deste trabalho, que são: 1)testar a monofilia da subfamília Mydinae; 2)verificar o relacionamento filogenético dos Mydinae com outras subfamílias de Mydidae; 3)testar a monofilia das tribos, subtribos e gêneros de Mydinae, assim como a monofilia dos grupos de espécies do gênero Mydas; 4)propor uma nova classificação para a subfamília, baseada nos resultados filogenéticos. A partir de dados da morfologia externa de adultos, e também de sequência de DNA do gene COI, dois métodos de análise foram empregados: análises de parcimônia, com pesagem igual dos caracteres, e análises probabilísticas bayesianas. Para cada um dos métodos, foram analisados os dados morfológicos e moleculares separadamente, e também em conjunto. A monofilia de Mydinae, conforme delimitada na classificação vigente, não é corroborada no presente trabalho, em nenhuma das análises. Nas duas análises com dados morfológicos, e na análise bayesiana com dados morfológicos e moleculares, foi recuperado um clado formado por todos os Mydinae (exceto Messiasia wilcoxi) + Paramydas (\'Apiophorinae\'). Dentre as tribos de Mydinae, não foi recuperada a monifilia de Messiassiini e Mydini. Já os gêneros Ceriomydas, Stratiomydas, Phyllomydas e Protomydas foram reconhecidos como mofiléticos. Já os gêneros Baliomydas, Gauromydas, Messiasia e Mydas, não formaram grupos monofiléticos em nenhuma das análises. Neste trabalho, puderam ser testadas as monofilias de quatro dos cinco grupos de espécies de Mydas: clavatus, fulvifrons, interruptus e xanthopterus, sendo o grupo hardyi monotípico. Apenas o grupo interruptus foi recuperado como monofilético, embora seja reconhecido aqui que os caracteres de coloração tradicionalmente utilizados para a separação dos grupos não foram utilizados. A subfamília Apiophorinae, com amostragem de quatro espécies, não foi recuperada como monofilética, com o gênero Eumydas agrupando-se aos Rhopaliinae. A classificação de Mydinae é aqui revisada, porém devido à incerteza razoável quanto ao relacionamento entre alguns grupos, alguns táxons da classificação tradicional foram mantidos, apesar de não serem monofiléticos / The Mydinae (Insecta, Diptera, Mydidae) occur only in the Americas and comprise 12 genera and 84 species, of which the vast majority of mydids occurring in Brazil belonging to this subfamily. Mydinae is currently divided into four tribes: Dolichogastrini, Messiasiini, Mydini and Phylomydini. The monophyly of the subfamily, as well as the monophyly of their tribes and genera, had not yet been tested by phylogenetic analysis. Concerning this fact, the objectives of this work are: 1) test the monophyly of the subfamily Mydinae, 2) check the phylogenetic relationship between Mydinae and other subfamilies of Mydidae, 3) test the monophyly of the tribes, subtribes and genera of Mydinae, as well as the monophyly of the species-groups of the genus Mydas; 4) propose a new classification of the subfamily based on phylogenetic results. The data from the external morphology of adults, and also DNA sequence of the COI gene, two methods of analysis were used: parsimony analysis with equal weighting of characters, and Bayesian probabilistic analysis. For each method, morphological and molecular data were analyzed separately and also in combination. The monophyly of Mydinae, as defined in the current classification, is not borne out in the present study. In both analyzes with morphological data, and Bayesian analysis with morphological and molecular data, a clade formed by all Mydinae (except Messiasia wilcoxi) + Paramydas (\'Apiophorinae\') was recovered. Among the tribes of Mydinae, the monophylies of Messiassiini and Mydini were not recovered. The genera Ceriomydas, Stratiomydas, Phyllomydas and Protomydas are recognized as natural groups. In the other hand, the genera Baliomydas, Gauromydas, Messiasia and Mydas did not form monophyletic groups in any of the conducted analyzes. Concerning the Mydas species-groups, only the interruptus group was recovered as monophyletic, although it is recognized here that color based characters traditionally used for separating the groups were not used in the present work. The subfamily Apiophorinae, with four species sampled, was not recovered as monophyletic, with genus Eumydas grouping to Rhopaliinae. The classification of Mydinae is reviewed here, but due to reasonable uncertainty as to the relationships between some groups, some taxa of the traditional classification were kept, although not recognized as monophyletic
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Estimação bayesiana via cópulas para dados com censura intervalar bivariados

Paixão, Fábio de Araújo Jesus 30 June 2015 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Estatística, 2015. / Submitted by Tania Milca Carvalho Malheiros (tania@bce.unb.br) on 2015-10-27T13:43:09Z No. of bitstreams: 1 2015_FábiodeAraújoJesusPaixão.pdf: 592208 bytes, checksum: 49115036f169da5cc3b62689cee5fcff (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2015-12-04T14:53:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_FábiodeAraújoJesusPaixão.pdf: 592208 bytes, checksum: 49115036f169da5cc3b62689cee5fcff (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-04T14:53:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_FábiodeAraújoJesusPaixão.pdf: 592208 bytes, checksum: 49115036f169da5cc3b62689cee5fcff (MD5) / Neste trabalho apresentamos uma metodologia bayesiana em dois est agios para estimar a fun ção de distribui ção conjunta entre tempos de sobrevivência bivariados, com censura intervalar. A estrutura de dependência das vari áveis foi representada por um modelo c ópula, em particular usando uma função da familia das cópulas arquimedianas. As distribui ções marginais foram modeladas assumindo tempos de falha simulados com distribui ção Weibull e ajustados seguindo o contexto bayesiano, utilizando o m étodo de simula ção MCMC (Monte Carlo via Cadeias de Markov) Metropolis-Hastings. Para a estima ção da fun ção de distribui ção conjunta foram simuladas amostras da distribui ção a posteriori conjunta, obtida via metodologia bayesiana com uso de fun ção c ópula. Os resultados experimentais demonstram que o m étodo proposto fornece estimativas satisfat órias quando os modelos marginais e de c ópulas são supostos corretamente. Todo o c ódigo foi implementado utilizando o software estatístico livre R. / We present a Bayesian methodology in two stages to estimate the joint distribution function of bivariate interval censored survival data. The dependence structure of the variables was represented by a copula model, in particular by using a Archimedean copula. The marginal distributions were modeled assuming simulated failure times with Weibull distribution and adjusted using the Bayesian framework, using the Metropolis-Hastings MCMC simulation method (Markovchain Monte Carlo). To get the bivariate distribution function we need sample from the posterior distribution, gotten by Bayesian methodology using copulas. The experimental results demonstrate that the proposed method provides good estimates when the marginal and copulas models are supposed correctly. Al lthe code was implemented using the free statistical software R.
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Excuse giving, social decision making, and Bayesian statistics : the mathematical psychology of an attributional process / Desculpas, tomada de decisão social e estatística Bayesiana: a psicologia matemática de um processo atribucional

Franco, Víthor Rosa 23 February 2017 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Psicologia, Programa de Pós-Graduação em Psicologia Social, do Trabalho e das Organizações, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-06-08T17:49:53Z No. of bitstreams: 1 2017_VíthorRosaFranco.pdf: 570257 bytes, checksum: 1cd8bd8261f5bb3d018dd60db281348d (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-06-12T17:25:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_VíthorRosaFranco.pdf: 570257 bytes, checksum: 1cd8bd8261f5bb3d018dd60db281348d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-12T17:25:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_VíthorRosaFranco.pdf: 570257 bytes, checksum: 1cd8bd8261f5bb3d018dd60db281348d (MD5) Previous issue date: 2017-06-12 / De acordo com um paradigma emergente, a teorização em psicologia não deve ser restrita a meras descrições verbais de como nos comportamos e pensamos. Se os fenômenos podem ser de alguma forma expressos por números, a teoria precisa também adotar um raciocínio matemático e probabilístico, algo que a análise tradicional de dados não pode realizar. Embora natural no avanço das teorias de tomada de decisão, de detecção de sinal e de resposta ao item, entre outras áreas, isso raramente é identificado em importantes processos sociopsicológicos. Desculpar-se é o processo de desvencilhar a si mesmo da causa de uma falha social. É uma estratégia de gerenciamento de impressões, em grande parte explicada pela teoria atribucional, a qual ainda não foi submetida a uma abordagem de psicologia matemática. O objetivo principal desta dissertação é formalizar e testar parte da teoria atribucional de Weiner como um processo de tomada de decisão social. Isso foi feito ao se avaliar as hipóteses sobre as consequências e pressupostos no contexto de desculpas em dois estudos, usando tarefas de julgamento dicotômico sobre usabilidade e tarefas de julgamento de distâncias de adequação. O Estudo 1 foi conduzido para explicar por que as pessoas preferem desculpas externas ao invés de internas. Utilizando o escalonamento multidimensional Bayesiano, 63 participantes permitiram identificar que as desculpas externas e internas ocupam diferentes espaços psicológicos. Além disso, um modelo quântico de efeitos de ordem teve um bom ajuste aos dados, o que significa que a preferência de tipos de desculpas pode ser predita pelo princípio quântico da interferência. O Estudo 2 foi conduzido para caracterizar formalmente o processo de se desculpar como um processo de gerenciamento de impressões. Isto significa, e é congruente com a teoria atribucional, que a variável latente motivacional deve prever qual tipo de desculpa as pessoas preferem usar. As respostas de 92 estudantes de graduação foram modeladas através de um modelo Bayesiano de mistura latente. Os resultados mostraram que as pessoas realmente preferem desculpas externas, mas somente quando altamente motivadas para serem desculpadas. Os achados desta dissertação mostram que as pessoas diferenciam as desculpas de acordo com seu nível de adequação, medido em um espaço psicológico. Essa diferenciação é moderada pela motivação que se tem de gerenciar um relacionamento. Finalmente, o uso de uma desculpa pode ser afetado pelas possíveis consequências que são levadas em conta, e em que ordem elas são avaliadas. Pesquisas futuras precisam avaliar a possibilidade de generalização dessas inferências. Além disso, aspectos da teoria atribucional permanecem inexplorados a partir de uma perspectiva de psicologia matemática, os quais poderiam ajudar a esclarecer evidências ambíguas na literatura. Aplicações do uso de desculpas e tomada de decisão social são discutidos. / In line with an emerging paradigm, theorization in psychology should not be restricted to verbal descriptions of thought and behavior. If phenomena can be somehow expressed by numbers, theory must adopt mathematical and probabilistic reasoning, in a way that traditional data analysis cannot accomplish. While often implemented in theories of decision making, signal detection and item response, mathematical and probabilistic reasoning are rarely identified in important sociopsychological processes. Excuse giving occurs when someone tries to disengage one’s self from the cause of a social fault. It is an impression management strategy mostly explained by attributional theory, not yet subjected to a mathematical psychological approach. The main objective of this thesis was to formalize and test part of Weiner’s attributional theory as a social decision making process. By using dichotomous judgment tasks of usability and distance evaluation of adequacy, consequences and assumptions of excuse giving were assessed in two studies. Study 1 (n = 63) was aimed at explaining why people prefer external over internal excuses. Bayesian multidimensional scaling identified that external and internal excuses occupy different psychological spaces. Also, a quantum model of order effects fitted the data well, which means that the preference of excuse types could be predicted by the quantum principle of interference. Study 2 (n = 92) was conducted to formally characterize excuse giving as an impression management process. It is congruent with attributional theory, where motivational latent variables predict which excuse type people would rather use. A Bayesian latent mixture model showed that people indeed preferred external excuses, but only when highly motivated to be excused. The findings of this thesis make it possible to make better inferences about how people excuse themselves. As measured in a psychological space, people differentiate excuses given their level of adequacy, being the consequences of this differentiation moderated by the motivation one has to manage a relationship. Furthermore, using an excuse can be affected by taking into account its consequences and in which order they are evaluated. Further investigation should study if these inferences are generally valid. Some aspects of attributional theory remain unexplored from a mathematical psychology perspective, which could help clarify the often puzzling evidence in the literature. Applications of excuse giving and social decision making are discussed.
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Análise filogenética de Mydinae (Insecta, Diptera, Mydidae) com base em caracteres morfológicos e moleculares / Phylogenetic analysis of Mydinae (Insecta, Diptera, Mydidae) based on morphological and molecular characters

Julia Calhau Almeida 04 April 2013 (has links)
A subfamília Mydinae (Insecta, Diptera, Mydidae) ocorre somente nas Américas e é composta por 12 gêneros e 84 espécies, sendo a grande maioria das espécies de Mydidae pertencentes a essa subfamília. Mydinae é atualmente dividida em quatro tribos: Dolichogastrini, Mydini, Phylomydini e Messiasiini. A monofilia da subfamília, assim como de suas tribos e gêneros, ainda não havia sido testada por análises filogenéticas, o que justifica os objetivos deste trabalho, que são: 1)testar a monofilia da subfamília Mydinae; 2)verificar o relacionamento filogenético dos Mydinae com outras subfamílias de Mydidae; 3)testar a monofilia das tribos, subtribos e gêneros de Mydinae, assim como a monofilia dos grupos de espécies do gênero Mydas; 4)propor uma nova classificação para a subfamília, baseada nos resultados filogenéticos. A partir de dados da morfologia externa de adultos, e também de sequência de DNA do gene COI, dois métodos de análise foram empregados: análises de parcimônia, com pesagem igual dos caracteres, e análises probabilísticas bayesianas. Para cada um dos métodos, foram analisados os dados morfológicos e moleculares separadamente, e também em conjunto. A monofilia de Mydinae, conforme delimitada na classificação vigente, não é corroborada no presente trabalho, em nenhuma das análises. Nas duas análises com dados morfológicos, e na análise bayesiana com dados morfológicos e moleculares, foi recuperado um clado formado por todos os Mydinae (exceto Messiasia wilcoxi) + Paramydas (\'Apiophorinae\'). Dentre as tribos de Mydinae, não foi recuperada a monifilia de Messiassiini e Mydini. Já os gêneros Ceriomydas, Stratiomydas, Phyllomydas e Protomydas foram reconhecidos como mofiléticos. Já os gêneros Baliomydas, Gauromydas, Messiasia e Mydas, não formaram grupos monofiléticos em nenhuma das análises. Neste trabalho, puderam ser testadas as monofilias de quatro dos cinco grupos de espécies de Mydas: clavatus, fulvifrons, interruptus e xanthopterus, sendo o grupo hardyi monotípico. Apenas o grupo interruptus foi recuperado como monofilético, embora seja reconhecido aqui que os caracteres de coloração tradicionalmente utilizados para a separação dos grupos não foram utilizados. A subfamília Apiophorinae, com amostragem de quatro espécies, não foi recuperada como monofilética, com o gênero Eumydas agrupando-se aos Rhopaliinae. A classificação de Mydinae é aqui revisada, porém devido à incerteza razoável quanto ao relacionamento entre alguns grupos, alguns táxons da classificação tradicional foram mantidos, apesar de não serem monofiléticos / The Mydinae (Insecta, Diptera, Mydidae) occur only in the Americas and comprise 12 genera and 84 species, of which the vast majority of mydids occurring in Brazil belonging to this subfamily. Mydinae is currently divided into four tribes: Dolichogastrini, Messiasiini, Mydini and Phylomydini. The monophyly of the subfamily, as well as the monophyly of their tribes and genera, had not yet been tested by phylogenetic analysis. Concerning this fact, the objectives of this work are: 1) test the monophyly of the subfamily Mydinae, 2) check the phylogenetic relationship between Mydinae and other subfamilies of Mydidae, 3) test the monophyly of the tribes, subtribes and genera of Mydinae, as well as the monophyly of the species-groups of the genus Mydas; 4) propose a new classification of the subfamily based on phylogenetic results. The data from the external morphology of adults, and also DNA sequence of the COI gene, two methods of analysis were used: parsimony analysis with equal weighting of characters, and Bayesian probabilistic analysis. For each method, morphological and molecular data were analyzed separately and also in combination. The monophyly of Mydinae, as defined in the current classification, is not borne out in the present study. In both analyzes with morphological data, and Bayesian analysis with morphological and molecular data, a clade formed by all Mydinae (except Messiasia wilcoxi) + Paramydas (\'Apiophorinae\') was recovered. Among the tribes of Mydinae, the monophylies of Messiassiini and Mydini were not recovered. The genera Ceriomydas, Stratiomydas, Phyllomydas and Protomydas are recognized as natural groups. In the other hand, the genera Baliomydas, Gauromydas, Messiasia and Mydas did not form monophyletic groups in any of the conducted analyzes. Concerning the Mydas species-groups, only the interruptus group was recovered as monophyletic, although it is recognized here that color based characters traditionally used for separating the groups were not used in the present work. The subfamily Apiophorinae, with four species sampled, was not recovered as monophyletic, with genus Eumydas grouping to Rhopaliinae. The classification of Mydinae is reviewed here, but due to reasonable uncertainty as to the relationships between some groups, some taxa of the traditional classification were kept, although not recognized as monophyletic
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Modelos espaciais de captura-recaptura para populações abertas / Spatial capture-recapture models for open populations

Pezzott, George Lucas Moraes 22 November 2018 (has links)
Nesta tese propomos dois modelos espaciais de captura-recaptura para estimação da abundância populacional em população aberta. Os modelos estatísticos propostos ajustam-se a dados obtidos via amostragem de captura-recaptura com marcação individual realizada em diferentes locais dentro do habitat, levando em consideração as taxas de nascimentos e mortes durante o período de estudo e as localizações geográficas das capturas. No primeiro modelo, propomos uma modelagem hierárquica para os tamanhos populacionais locais a fim de obter a distribuição preditiva da abundância populacional para regiões não visitadas pela amostragem. Nesta etapa, uma estrutura para dados zero-inflacionados foi adotada para acomodar situações quando realizam-se amostragens em locais sem a presença da espécie. O segundo modelo proposto leva em consideração o deslocamento dos animais entre os diferentes locais de amostragem, generalizando o primeiro modelo no qual consideramos a permanência dos animais em um mesmo local. Neste caso, tornou-se possível estimar o tamanho da área de vida (movimentação) da espécie além de predizer locais com maiores abundâncias de animais. Em ambos modelos, propomos uma abordagem bayesiana para o processo inferencial e derivamos algoritmos de simples implementação computacional, a partir do uso de técnicas de dados aumentados. As propriedades frequentistas dos estimadores bayesianos foram avaliadas por meio de estudos de simulação e, por fim, estas propostas de modelagem foram aplicadas a três conjuntos de dados reais de aracnídeos. / In this thesis we propose two spatial capture-recapture models for estimation of population abundance in the open population. The proposed statistical models conform to data obtained through individual tag capture-recapture sampling performed in different areas within the habitat, taking into account the rates of births and deaths during the study period and the geographical locations of the catches. In the first model, we propose a hierarchical modeling for local population sizes in order to obtain the predictive distribution of population abundance for regions not visited by sampling. In this step, a structure for zero-inflated data was adopted to accommodate situations when sampling is performed in areas without the presence of the species. The second proposed model takes into account the movement of the animals among the different sampling areas, generalizing the first model in which we consider the permanence of the animals in the same area. In this case, it became possible to estimate the size of the area of movement of the species and to predict areas with higher abundances of animals. In both models, we propose a Bayesian approach to the inferential process and derive algorithms from simple computational implementation, from the use of augmented data techniques. The frequentist properties of the Bayesian estimators were evaluated by simulation studies and, finally, these modeling proposals were applied to three real data sets of arachnids.
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Análise multigênica e distribuição especial de espécies do Subgrupo Strodei de Anopheles (Nyssorhynchus) (Diptera: Culicidae) / A multi-gene analysis and proposed distribution of species of the Strodei Subgroup of Anopheles (Nyssorhynchus) (Diptera: Culicidae)

Greni, Susan Elaine 17 October 2016 (has links)
INTRODUÇÃO: O subgrupo Anopheles strodei é pouco estudado apesar de sua importância epidemiológica potencial. Espécies desse subgrupo foram encontradas naturalmente infectadas por parasitos que causam malária em humanos, Plasmodium falciparum, Plasmodium vivax e Plasmodium malariae, no Brasil. O subgrupo Anopheles strodei compreende oito espécies: An. rondoni (Neiva & Pinto), An. albertoi Unti, An. arthuri Unti, An. strodei Root, An. strodei CP, e três outras espécies que foram propostas por Bourke et al. (2013), mas não foram descritas: An. arthuri B, An. arthuri C e An. arthuri D. OBJETIVOS: A definição e delimitação precisa de espécies que atuam como vetores de agentes infecciosos é um dos objetivos da entomologia da saúde pública. Os objetivos deste estudo foram: 1) Estabelecer as relações filogenéticas entre espécies do Subgrupo Strodei; 2) Estimar a distribuição espacial potencial das espécies do Subgrupo Strodei; 3) Confirmar a presença de quatro espécies sob o nome An. arthuri. MÉTODOS: Sequências de DNA de um gene mitocondrial (fragmento de 658 pares de bases do código de barras do gene COI, citocromo oxidase subunidade I) e de três genes nucleares codificadores de proteínas (White, CAD e CAT) foram empregadas para estabelecer as relações filogenéticas potenciais entre as espécies que compõe o subgrupo An. strodei. As análises filogenéticas foram conduzidas utilizando abordagem Bayesiana das sequências de DNA dos quatro genes. Para estabelecer a distribuição espacial potencial das espécies, utilizou-se abordagem de máxima entropia de nichos ecológicos. Para isso as localidades das coletas, juntamente com os dados climáticos e geográficos foram introduzidos no programa MAXENT. RESULTADOS: Os resultados das análises filogenéticas demonstraram e, portanto, confirmaram o monofiletismo do Subgrupo Strodei, a presença de pelo menos sete espécies sob o nome An. strodei, ou seja, corroborou a validade de An. albertoi, An. arthuri, An. strodei, An. strodei CP, além das espécies denominadas, preliminarmente, como An. arthuri B, An. arthuri C e An. arthuri D. Portanto, como definida atualmente, An. arthuri não representa grupo monofilético, pois inclui táxons que deverão ser formalmente descritos em estudos futuros. CONCLUSÃO: As distribuições potenciais de espécies do Subgrupo Strodei foram propostas pela primeira vez. Cinquenta e cinco sequências do gene nuclear CAT e outras 46 sequências do gene nuclear CAD únicas foram recentemente caracterizadas para espécies do Subgrupo Strodei de Anopheles (Nyssorhynchus), confirmando a presença de pelos menos sete espécies, além de An. rondoni que não foi alvo deste estudo, mas de outros anteriores que confirmaram a validade da mesma. / Introduction Anopheles strodei sensu lato is an understudied subgroup of potential epidemiological importance, having been found naturally infected in Brazil with Plasmodium falciparum, Plasmodium vivax and Plasmodium malariae. An. strodei s.l. is currently composed on 8 species: An. albertoi Unti, An. CP Form, An. rondoni (Neiva & Pinto), An. strodei Root, An. arthuri Unti and three other unnamed species that have been proposed by Bourke et al. (2013): An. arthuri B, An. arthuri C and An. arthuri D. Objectives As delineating species accurately is an essential goal of public health entomology, the objectives of this study were to: 1) Determine the phylogenetic relationships within the Strodei Subgroup and reaffirm or reject the hypothesis of the 3 new species (An. arthuri B, An. arthuri C and An. arthuri D) 2) Address the potential spatial distribution of species of the An. strodei subgroup to provide support for the candidate species in the Strodei Subgroup Methods Bayesian inference, which included DNA sequences of one mitochondrial and three nuclear protein coding genes: CO1, white, CAD and CAT, was used to determine the phylogenetic relationship within the group. To propose a species distribution, collection localities, along with climatic and geographic data were input into MAXENT. Results When analyzing the four molecular markers employed, support was found for allopatry in the Strodei Subgroup. The paraphyletic clade of An. arthuri was supported. Conclusion Potential species distributions of the Strodei Subgroup were addressed for the first time. Fifty-five unique CAT sequences and 46 unique CAD sequences were newly characterized.
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Análise multigênica e distribuição especial de espécies do Subgrupo Strodei de Anopheles (Nyssorhynchus) (Diptera: Culicidae) / A multi-gene analysis and proposed distribution of species of the Strodei Subgroup of Anopheles (Nyssorhynchus) (Diptera: Culicidae)

Susan Elaine Greni 17 October 2016 (has links)
INTRODUÇÃO: O subgrupo Anopheles strodei é pouco estudado apesar de sua importância epidemiológica potencial. Espécies desse subgrupo foram encontradas naturalmente infectadas por parasitos que causam malária em humanos, Plasmodium falciparum, Plasmodium vivax e Plasmodium malariae, no Brasil. O subgrupo Anopheles strodei compreende oito espécies: An. rondoni (Neiva & Pinto), An. albertoi Unti, An. arthuri Unti, An. strodei Root, An. strodei CP, e três outras espécies que foram propostas por Bourke et al. (2013), mas não foram descritas: An. arthuri B, An. arthuri C e An. arthuri D. OBJETIVOS: A definição e delimitação precisa de espécies que atuam como vetores de agentes infecciosos é um dos objetivos da entomologia da saúde pública. Os objetivos deste estudo foram: 1) Estabelecer as relações filogenéticas entre espécies do Subgrupo Strodei; 2) Estimar a distribuição espacial potencial das espécies do Subgrupo Strodei; 3) Confirmar a presença de quatro espécies sob o nome An. arthuri. MÉTODOS: Sequências de DNA de um gene mitocondrial (fragmento de 658 pares de bases do código de barras do gene COI, citocromo oxidase subunidade I) e de três genes nucleares codificadores de proteínas (White, CAD e CAT) foram empregadas para estabelecer as relações filogenéticas potenciais entre as espécies que compõe o subgrupo An. strodei. As análises filogenéticas foram conduzidas utilizando abordagem Bayesiana das sequências de DNA dos quatro genes. Para estabelecer a distribuição espacial potencial das espécies, utilizou-se abordagem de máxima entropia de nichos ecológicos. Para isso as localidades das coletas, juntamente com os dados climáticos e geográficos foram introduzidos no programa MAXENT. RESULTADOS: Os resultados das análises filogenéticas demonstraram e, portanto, confirmaram o monofiletismo do Subgrupo Strodei, a presença de pelo menos sete espécies sob o nome An. strodei, ou seja, corroborou a validade de An. albertoi, An. arthuri, An. strodei, An. strodei CP, além das espécies denominadas, preliminarmente, como An. arthuri B, An. arthuri C e An. arthuri D. Portanto, como definida atualmente, An. arthuri não representa grupo monofilético, pois inclui táxons que deverão ser formalmente descritos em estudos futuros. CONCLUSÃO: As distribuições potenciais de espécies do Subgrupo Strodei foram propostas pela primeira vez. Cinquenta e cinco sequências do gene nuclear CAT e outras 46 sequências do gene nuclear CAD únicas foram recentemente caracterizadas para espécies do Subgrupo Strodei de Anopheles (Nyssorhynchus), confirmando a presença de pelos menos sete espécies, além de An. rondoni que não foi alvo deste estudo, mas de outros anteriores que confirmaram a validade da mesma. / Introduction Anopheles strodei sensu lato is an understudied subgroup of potential epidemiological importance, having been found naturally infected in Brazil with Plasmodium falciparum, Plasmodium vivax and Plasmodium malariae. An. strodei s.l. is currently composed on 8 species: An. albertoi Unti, An. CP Form, An. rondoni (Neiva & Pinto), An. strodei Root, An. arthuri Unti and three other unnamed species that have been proposed by Bourke et al. (2013): An. arthuri B, An. arthuri C and An. arthuri D. Objectives As delineating species accurately is an essential goal of public health entomology, the objectives of this study were to: 1) Determine the phylogenetic relationships within the Strodei Subgroup and reaffirm or reject the hypothesis of the 3 new species (An. arthuri B, An. arthuri C and An. arthuri D) 2) Address the potential spatial distribution of species of the An. strodei subgroup to provide support for the candidate species in the Strodei Subgroup Methods Bayesian inference, which included DNA sequences of one mitochondrial and three nuclear protein coding genes: CO1, white, CAD and CAT, was used to determine the phylogenetic relationship within the group. To propose a species distribution, collection localities, along with climatic and geographic data were input into MAXENT. Results When analyzing the four molecular markers employed, support was found for allopatry in the Strodei Subgroup. The paraphyletic clade of An. arthuri was supported. Conclusion Potential species distributions of the Strodei Subgroup were addressed for the first time. Fifty-five unique CAT sequences and 46 unique CAD sequences were newly characterized.
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Desenvolvimento da metodologia Lopa-Bayesiana em dois estágios / Edlaine Correia Sinézio da Silva

Silva, Edlaine Correia Sinézio da Silva 23 May 2013 (has links)
Submitted by Irene Nascimento (irene.kessia@ufpe.br) on 2015-03-10T19:43:19Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Edlaine Correia Sinézio da Silva.pdf: 4116734 bytes, checksum: 217d9a6dc7fa0ef298e86b4692361334 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-10T19:43:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Edlaine Correia Sinézio da Silva.pdf: 4116734 bytes, checksum: 217d9a6dc7fa0ef298e86b4692361334 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013-05-23 / Capes / Nas últimas décadas o Gás Natural Liquefeito- GNL tem se destacado enquanto promissora fonte de energia e consequentemente sua utilização vem crescendo consideravelmente. Todavia, devido à natureza inflamável do metano- principal componente do GNL- a ocorrência de acidentes com o seu vazamento nos terminais de transporte e armazenamento podem proporcionar perigo para a sociedade. Dentre os principais perigos associados ao GNL, está transição rápida de fase (RTP), incêndio em poça, incêndio em nuvem e explosões. Neste contexto, a Análise de Camadas de Proteção (LOPA) é uma forma simplificada de avaliação de risco que fornece resultados quantificados de risco com menos tempo e esforço do que a Análise Quantitativa de Riscos (AQR), por exemplo. A LOPA é um método semi-quantitativo que gera uma estimativa numérica da frequência de falha do cenário mitigado. Para o cálculo da frequência de falha do cenário, é necessário obter dados de falha. Contudo, por tratar-se de um terminal de GNL, os dados de falhas de equipamentos são esparsos, não sendo estatisticamente confiáveis por tratar-se de uma indústria recente. Neste caso, a análise Bayesiana é uma ótima ferramenta, pois possibilita utilizar dados específicos da planta em estudo e dados genéricos. Sejam os dados genéricos obtidos nos bancos de dados procedentes de várias indústrias, operando em diferentes condições, faz-se necessário considerar a não-homogeneidade da população. No entanto, na literatura encontra-se aplicações clássica da análise Bayesiana. Sendo assim, esta pesquisa propôs melhorar a metodologia apresentada na literatura utilizando os mesmos dados, porém empregando a Análise Bayesiana em Dois Estágios. O primeiro estágio é uma análise não homogênea, que considera a variabilidade populacional dos dados de falha entre os bancos de dados, e o segundo estágio gera uma distribuição a posteriori atualizada após a introdução dos dados específicos da planta. Finalmente, esta pesquisa comprovou que a metodologia LOPA-Bayesiana em Dois Estágios é mais viável, pois ela apresentou para a frequênca dos cenários mitigados, valores superiores aos encontrados em pesquisa anterior, o que confirma a subestimação do nível de incerteza.

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