Selon la législation européenne relative au contrôle des salmonelles et autres agents zoonotiques, des mesures effectives doivent être prises pour détecter et combattre ces agents à tous les stades de la chaîne de production alimentaire. Une des sources de salmonelloses humaines est la viande de porc contaminée. Afin de mieux lutter efficacement contre Salmonella dans la viande porc, une appréciation quantitative des risques a été développée représentant lensemble de la filière de production. Pour atteindre cet objectif, plusieurs étapes préliminaires ont été nécessaires. La première tâche était un recensement des données à toutes les étapes de la chaîne de production auprès des autorités publiques et des opérateurs privés. Une base de données a ensuite été développée reprenant les méthodes de travail dans les différentes entreprises étudiées mais également les résultats danalyses microbiologiques réalisées sur lensemble de la filière. Le but était détudier les sources de contamination de la viande de porc à partir de labattoir jusquà la préparation au domicile du consommateur, Sur base des données disponibles, un modèle dappréciation quantitative des risques a pu être construit en tenant compte du flux de production schématisé. Lobjectif final du modèle est de donner les options concrètes pour réduire efficacement le risque de salmonellose chez l'homme suite à la consommation de viande hachée de porc. Les scénarios ont été élaborés sur base de la situation internationale et de la littérature pour simuler des possibilités concrètes et réalistes damélioration de la qualité microbiologique de la viande de porc. Les niveaux de contamination ainsi que les facteurs de risque potentiels de contamination liés aux paramètres de production, aux installations techniques et aux méthodes de nettoyage/désinfection ont été évalués au niveau des dix plus grands abattoirs en Belgique. Les résultats ont révélé une variabilité élevée concernant la contamination par Salmonella parmi les abattoirs, avec une prévalence variant de 2,6 à 34,3%. Les résultats des régressions linéaires et logistiques ont révélé que certaines pratiques de travail telles que l'échaudage par vapeur, un second flambage après la flagelleuse et le nettoyage/désinfection de la fendeuse plusieurs fois par jour sont bénéfiques pour la réduction de la contamination par Salmonella. Ces données ont été à la base de la modélisation de létape dabattage des porcs en Belgique. Les étapes de production après labattoir ont également été étudiées. Les résultats des analyses bactériologiques de sept ateliers de découpe, de quatre ateliers de viande hachée et des quatre plus grands détaillants belges ont été recueillis grâce aux données de surveillances officielles et d'auto-surveillance. La prévalence de Salmonella dans les ateliers de découpe et de viande hachée varie de 0% à 50%. La prévalence de Salmonella dans la viande hachée au niveau de la vente au détail varie de 0,3% à 4,3%. Les concentrations en salmonelles ont été estimées à partir de données semi-quantitatives relatives aux carcasses, aux morceaux de viande et aux viandes hachées à respectivement -3,40 ± 2,04 log UFC/cm ², -2,64 ± 1,76 log UFC/g et -2,35 ± 1,09 log UFC/g. Ces données ont servi de base pour la construction du modèle pour les étapes de découpe, de hachage, de stockage et de distribution de viande hachée de porc en Belgique. Le modèle dAQR a été ensuite développé sur base des données collectées. Après validation du modèle, des scénarios datténuation du risque y ont été implantés. Le nombre de salmonelloses humaines suite à la consommation de viande de porc en Belgique a été estimé à 15.376 cas par an. Les résultats ont montré que le risque de salmonellose chez l'homme pourrait être réduit de manière significative avec des efforts déployés tout au long de la chaîne de production de viande de porc, mais aussi par les consommateurs. Selon le modèle, une réduction de 25% de la prévalence des carcasses à labattoir diminuerait de 45,7% le nombre de cas de salmonelloses humaines en Belgique. Les consommateurs doivent également être conscients des bonnes pratiques d'hygiène durant la préparation de la viande à domicile afin déviter les contaminations croisées entre les aliments. Selon le modèle, les contaminations croisées avec des aliments crus durant la préparation du repas provoqueraient chaque année plus de 14.693 cas de salmonelloses tandis que le manque de cuisson engendrerait 683 cas. Le nombre de cas de salmonelloses humaines pourrait être réduits en améliorant les habitudes de préparation des aliments dans les cuisines afin déviter les contaminations croisées. Les résultats de ces analyses de scénarios et les recommandations issus de ces recherches sont utiles pour les industriels et les responsables de la santé publique impliqués dans la chaîne de production de viande de porc. Les études et le modèle dAQR développé ont permis dobtenir un état des lieux de la situation en Belgique mais également démettre des recommandations de gestion le long de la chaîne de production de viande de porc. Cependant, ces résultats sont à nuancer car, à lheure actuelle, lapplication de lAQR à lindustrie de la viande sest heurtée à un problème récurrent de manque de données à certaines étapes clés. Les Etats et les entreprises doivent entreprendre des études complémentaires et offrir ainsi une meilleure évaluation de la situation de la chaîne alimentaire « de la fourche à la fourchette ».

Les salmonelles sont l'une des causes les plus importantes de maladie transmise par les produits laitiers crus. L'appréciation du risque associé à la consommation de ces produits est nécessaire et la méthode la plus appropriée pour réaliser ce but est l'utilisation du processus d'analyse de risque qui associe les microbes pathogènes dans l'aliment au problème de santé publique. Le but principal de cette thèse est donc d'évaluer quantitativement le risque de salmonellose humaine lié à la consommation de Camembert fromage au lait cru. Les lacunes qui sont en général identifiées pour l'appréciation des risques sont le manque de données quantitatives sur les microbes pathogènes contaminant les aliments. Donc, comme premier objectif de cette thèse, nous avons developeé une méthode rapide, sensible et fiable pour la quantification des salmonelles dans le lait artificiellement contaminé. La méthode a combiné les principes de la méthode du nombre-le plus-probable (NPP) avec une analyse PCR en temps réel. Avec cette analyse (NPP-PCR en temps réel) fiable niveau de la contamination (1- 5 ufc/mL) du lait peut être énuméré après 8 h d'enrichissement non-sélectif dans l'eau peptone tamponée. Toutes les valeurs de nombre le plus probable ont bien correspondu au niveau estimé de contamination des salmonelles inoculées dans des échantillons de lait. Afin d'évaluer l'utilité de cette analyse de quantification, nous l'avons appliquée aux échantillons naturellement contaminés de lait de tank d'exploitations laitières situées dans l'Ouest de la France. Huit (2,68%) des 299 échantillons de lait de tank étaient trouvés positifs, avec des comptes estimés de nombre plus probable s'étendant de 3,7 à 79,2 /mL de lait. En dépit des problèmes d'inhibition observés avec quelques échantillons de lait, l'application de l'analyse par PCR en temps réel pour mesurer des salmonelles dans le lait cru s'est avérée être rapide, facile à exécuter et extrêmement sensible. Dans l'appréciation des risques potentiels liés aux salmonelles dans le lait cru et les produits à base de lait cru il était nécessaire d'examiner la vii capacité des salmonelles à se développer dans le lait. Par conséquent, nous présentons dans cette thèse des modèles primaires et secondaires décrivant mathématiquement la croissance des salmonelles (S. Typhimurium et S. Montevideo) dans le lait à température constante pendant différentes périodes d'incubation. Le modèle logistique avec délai a été employé pour décrire la croissance des salmonelles en fonction du temps. Les taux de croissance spécifiques de S. Typhimurium et de S. Montevideo différent selon le sérotype et la température. Les taux de croissance maximum ont été alors modélisés en fonction de la température en utilisant le modèle cardinal secondaire de Rosso. Les valeurs cardinales obtenues avec S. Typhimurium et S. Montevideo étaient: Tmin 3,02, 3,40 ; Topt 38,44, 38,55 et Tmax 44,51, 46,97°C, respectivement. À la température optimum de croissance (Topt) les taux de croissance maximum étaient 1,36 et 1,39 log10 ufc/h-1 pour S. Typhimurium et S. Montevideo respectivement. Les modèles primaires et secondaires ont permis de bons ajustements aux données de croissance avec un pseudo R2 = 0.97-0.99. Un modèle d'appréciation du risque de salmonellose humaine liée à la consommation de Camembert au lait cru est présentée qui est basée sur les résultats des objectifs précédemment mentionnés dans cette thèse. Différentes distributions ont été posées en hypothèse pour des paramètres du modèle et une simulation de Monte Carlo a été employée pour modeler le processus et pour mesurer le risque lié à la consommation de la portion de 25 g du fromage. Le 99th percentile du nombre de cellules de salmonelles dans les portions de 25 g de fromage était 5 cellules à l'heure de la consommation, correspondant à 0,2 cellule des salmonelles par gramme. Le risque de salmonellose par portion de 25 g est compris entre 0 et 1,2 × 10-7 avec une médiane de 7,4 × 10-8. Pour 100 millions de portions de 25g, le nombre de cas de salmonellose prévue par le modèle est en moyenne de 7,4. Quand la prévalence est réduite dans le modèle d'un facteur de 10, le nombre de cas par 100 millions de portions est réduit à moins de 1 cas. En dépit des limites et des données manquantes, nous avons démontré l'avantage de l'appréciation du viii risque non seulement comme outil d'évaluation de risque mais également comme dispositif d'aide à la prise de décision et à la gestion des risques.