L’apprentissage inter-sujet consiste à fournir des prédictions sur des données d'un sujet humain non présent dans la base d’apprentissage, comme dans l’aide au diagnostic où un ordinateur doit prédire si un sujet inconnu est sain ou malade. Dans cette thèse, nous défendons le point de vue que ce problème doit être formalisé dans le cadre multi-source, où chaque sujet d’apprentissage fournit une source de données. Nous présentons ensuite trois contributions destinées à des applications en neuroimagerie.La première est une méthode de prédiction inter-sujet pour données d'IRM fonctionnelle. La variabilité inter-sujet fait que les espaces d’entrée sont tous différents. Nous construisons un espace commun à l'aide de graphes et d'un noyau de graphe, qui projette ces données dans un espace de hilbert à noyau reproduisant. Nous démontrons l’efficacité de cette approche sur des données de tonotopie enregistrées dans le cortex auditif.La deuxième est une méthode de morphométrie corticale. Nous construisons des graphes à partir des extrema de profondeur du cortex, que nous projetons dans un espace commun grâce à un noyau de graphe. Une méthode d’inférence spatiale permet l’identification des zones du cortex qui présentent des différences entre populations. Nous étudions avec cette méthode les asymétries corticales et les différences inter-sexe.La troisième est une méthode d’adaptation de domaine multi-source. Nous décrivons une extension du kernel mean matching au cas où l’ensemble d’apprentissage se compose de plusieurs sources de données et des résultats préliminaires sur une tâche de classification inter-sujet dans une expérience de magnéto-encéphalographie. / Inter-subject learning consists in giving predictions on data from a subject not present in the training database, as with computer-aided diagnosis where the computer has to guess wether an unknown individual is healthy or sick. In this thesis, we argue that inter-subject learning should be handled in the multi-source framework where each subject is a different source of data. We then introduce three original contributions for neuroimaging applications.The first one is a method for inter-subject predictions of fMRI data. Because of the inter-subject variability, the original feature spaces are all different. Using graphs and a graph kernel, the input patterns are implicitly projected into a common reproducing kernel hilbert space. We show the effectiveness of this method on tonotopy data recorded in the auditory cortex.The second one is a cortical morphometry method. We design graphs from the deepest points of cortical sulci, and we project them into a common space using a graph kernel. A spatial inference method is then proposed to perform the detection of cortical zones where populations are different. Using this method, we study cortical asymmetries and gender differences.The third contribution of this thesis is a multi-source domain adaptation technique. Our method is an extension of the kernel mean matching for the multi-source case. We present preliminary results on a inter-subject prediction task used to analyse data from a magneto-encephalography experiment.