Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

L’analyse syntaxique consiste à prédire la représentation syntaxique de phrases en langue naturelle sous la forme d’arbres syntaxiques. Cette tâche pose des problèmes particuliers pour les langues non-configurationnelles ou qui ont une morphologie flexionnelle plus riche que celle de l’anglais. En particulier, ces langues manifestent une dispersion lexicale problématique, des variations d’ordre des mots plus fréquentes et nécessitent de prendre en compte la structure interne des mots-formes pour permettre une analyse syntaxique de qualité satisfaisante. Dans cette thèse, nous nous plaçons dans le cadre de l’analyse syntaxique robuste en constituants par transitions. Dans un premier temps, nous étudions comment intégrer l’analyse morphologique à l’analyse syntaxique, à l’aide d’une architecture de réseaux de neurones basée sur l’apprentissage multitâches. Dans un second temps, nous proposons un système de transitions qui permet de prédire des structures générées par des grammaires légèrement sensibles au contexte telles que les LCFRS. Enfin, nous étudions la question de la lexicalisation de l’analyse syntaxique. Les analyseurs syntaxiques en constituants lexicalisés font l’hypothèse que les constituants s’organisent autour d’une tête lexicale et que la modélisation des relations bilexicales est cruciale pour désambiguïser. Nous proposons un système de transition non lexicalisé pour l’analyse en constituants discontinus et un modèle de scorage basé sur les frontières de constituants et montrons que ce système, plus simple que des systèmes lexicalisés, obtient de meilleurs résultats que ces derniers. / Syntactic parsing consists in assigning syntactic trees to sentences in natural language. Syntactic parsing of non-configurational languages, or languages with a rich inflectional morphology, raises specific problems. These languages suffer more from lexical data sparsity and exhibit word order variation phenomena more frequently. For these languages, exploiting information about the internal structure of word forms is crucial for accurate parsing. This dissertation investigates transition-based methods for robust discontinuous constituency parsing. First of all, we propose a multitask learning neural architecture that performs joint parsing and morphological analysis. Then, we introduce a new transition system that is able to predict discontinuous constituency trees, i.e.\ syntactic structures that can be seen as derivations of mildly context-sensitive grammars, such as LCFRS. Finally, we investigate the question of lexicalization in syntactic parsing. Some syntactic parsers are based on the hypothesis that constituent are organized around a lexical head and that modelling bilexical dependencies is essential to solve ambiguities. We introduce an unlexicalized transition system for discontinuous constituency parsing and a scoring model based on constituent boundaries. The resulting parser is simpler than lexicalized parser and achieves better results in both discontinuous and projective constituency parsing.

Les effets indésirables médicamenteux (EIM) ont des répercussions considérables tant sur la santé que sur l'économie. De 1,9% à 2,3% des patients hospitalisés en sont victimes, et leur coût a récemment été estimé aux alentours de 400 millions d'euros pour la seule Allemagne. De plus, les EIM sont fréquemment la cause du retrait d'un médicament du marché, conduisant à des pertes pour l'industrie pharmaceutique se chiffrant parfois en millions d'euros.De multiples études suggèrent que des facteurs génétiques jouent un rôle non négligeable dans la réponse des patients à leur traitement. Cette réponse comprend non seulement les effets thérapeutiques attendus, mais aussi les effets secondaires potentiels. C'est un phénomène complexe, et nous nous tournons vers l'apprentissage statistique pour proposer de nouveaux outils permettant de mieux le comprendre.Nous étudions différents problèmes liés à la prédiction de la réponse d'un patient à son traitement à partir de son profil génétique. Pour ce faire, nous nous plaçons dans le cadre de l'apprentissage statistique multitâche, qui consiste à combiner les données disponibles pour plusieurs problèmes liés afin de les résoudre simultanément.Nous proposons un nouveau modèle linéaire de prédiction multitâche qui s'appuie sur des descripteurs des tâches pour sélectionner les variables pertinentes et améliorer les prédictions obtenues par les algorithmes de l'état de l'art. Enfin, nous étudions comment améliorer la stabilité des variables sélectionnées, afin d'obtenir des modèles interprétables. / Adverse drug reaction (ADR) is a serious concern that has important health and economical repercussions. Between 1.9%-2.3% of the hospitalized patients suffer from ADR, and the annual cost of ADR have been estimated to be of 400 million euros in Germany alone. Furthermore, ADRs can cause the withdrawal of a drug from the market, which can cause up to millions of dollars of losses to the pharmaceutical industry.Multiple studies suggest that genetic factors may play a role in the response of the patients to their treatment. This covers not only the response in terms of the intended main effect, but also % according toin terms of potential side effects. The complexity of predicting drug response suggests that machine learning could bring new tools and techniques for understanding ADR.In this doctoral thesis, we study different problems related to drug response prediction, based on the genetic characteristics of patients.We frame them through multitask machine learning frameworks, which combine all data available for related problems in order to solve them at the same time.We propose a novel model for multitask linear prediction that uses task descriptors to select relevant features and make predictions with better performance as state-of-the-art algorithms. Finally, we study strategies for increasing the stability of the selected features, in order to improve interpretability for biological applications.