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Découverte de règles de classification pour un système d’aide à la décision pour la surveillance de l'usage des antimicrobiens

Beaudoin, Mathieu January 2015 (has links)
L’utilisation inappropriée des antimicrobiens est un problème de taille qui touche jusqu’à 50% des prescriptions chez les patients hospitalisés. Or, la surveillance de l’usage des antimicrobiens à l’échelle d’un hôpital s’avère impossible à effectuer manuellement et requiert l’utilisation d’un système d’aide à la décision. Le système d’aide à la décision APSS - Antimicrobial Prescription Surveillance System - a été développé pour assister le professionnel de la santé dans l’identification des prescriptions inappropriées d’antimicrobiens. Son utilisation a été associée à une amélioration des pratiques de prescription d’antimicrobiens. Cependant, le processus d’acquisition et modélisation de sa connaissance a été long et ardu. Pour pallier cette difficulté, cette thèse présente un module d’apprentissage automatique développé pour permettre à un système comme APSS de découvrir de nouvelles règles de classification de prescriptions à partir des rétroactions de ses utilisateurs. Ce module utilise l’algorithme TIM - Temporal Induction of Classification Models - pour découvrir des règles temporelles de classification pour catégoriser des séquences d’épisodes comme approprié ou inapproprié. Des résultats d’évaluation démontrent la capacité du module à découvrir des règles cliniquement pertinentes pour plusieurs catégories d’alertes de prescriptions inappropriées. Les règles apprises ont mené à des interventions qui ont été manquées par le système de base. Ces règles ont permis d’étendre la connaissance du système de base en identifiant des pratiques de prescription non appuyées par les experts qui n’étaient pas incluses dans sa base de connaissances. Par contre, la combinaison des règles apprises aux règles du système de base a entraîné une augmentation des faux positifs.
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Apprentissage probabiliste de similarités d'édition / Learning probabilistic edit similarity

Boyer, Laurent 24 March 2011 (has links)
De nombreuses applications informatiques nécessitent l’utilisation de distances. Dans le cadre de données structurées, chaînes ou arbres, nous utilisons majoritairement la distance d’édition. Celle-ci correspond au nombre minimal d’opérations d’édition (insertion, délétion et substitution) nécessaire pour transformer la première donnée en la seconde. Suivant l’application traitée, il est possible de paramétrer la distance d’édition en associant à chaque opération d’édition un poids. Dans le cadre de ce manuscrit, nous proposons une technique d’apprentissage automatique supervisée pour apprendre les poids de la distance décrite précédemment. L’algorithme utilisé, appelé Expectation-Maximisation, maximise la vraisemblance des paramètres du modèle à l’aide d’un échantillon d’apprentissage composé de paires d’exemples considérés comme similaires. La première contribution de ce manuscrit est une extension de précédents travaux sur les chaînes aux arbres sous la forme de transducteur à un unique état. Nous montrons sur une tâche de reconnaissance de caractères manuscrits, l’efficacité de l’apprentissage par rapport à l’utilisation de poids non appris. La seconde est une approche sur les chaînes sous contraintes. Le modèle est représenté par un ensemble fini d’états dans lequel les transitions sont contraintes. Une contrainte est représentée par un ensemble fini de fonctions booléennes définies sur la chaîne d’entrée et une de ses positions. Nous utilisons notre modèle pour aborder une application de recherche de sites de facteur de transcription dans des séquences génomiques / In computer science, a lot of applications use distances. In the context of structured data, strings or trees, we mainly use the edit distance. The edit distance is defined as the minimum number of edit operation (insertion, deletion and substitution) needed to transform one data into the other one. Given the application, it is possible to tune the edit distance by adding a weight to each edit operation. In this work, we use a supervised machine learning approach to learn the weight of edit operation. The exploited algorithm, called Expectation-Maximisation, is a method for finding maximum likelihood estimates of parameters in a model given a learning sample of pairs of similar examples. The first contribution is an extension of earlier works on string to trees. The model is represent by a transducer with a single state. We apply successfully our method on a handwritten character recognition task. In a last part, we introduce a new model on strings under constraints. The model is made of a finite set of states where the transitions are constrained. A constraint is a finite set of boolean functions defined over an input string and one of its position. We show the relevance of our approach on a molecular biology task. We consider the problem of detecting Transcription Factor Binding Site in DNA sequences
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Active Learning : an unbiased approach / L’apprentissage actif : une approche non biaisée

Ribeiro de Mello, Carlos Eduardo 04 June 2013 (has links)
L'apprentissage actif apparaît comme un problème important dans différents contextes de l'apprentissage supervisé pour lesquels obtenir des données est une tâche aisée mais les étiqueter est coûteux. En règle générale, c’est une stratégie de requête, une heuristique gloutonne basée sur un critère de sélection qui recherche les données non étiquetées potentiellement les plus intéressantes pour former ainsi un ensemble d'apprentissage. Une stratégie de requête est donc une procédure d'échantillonnage biaisée puisqu'elle favorise systématiquement certaines observations s'écartant ainsi des modèles d'échantillonnages indépendants et identiquement distribués. L'hypothèse principale de cette thèse s'inscrit dans la réduction du biais introduit par le critère de sélection. La proposition générale consiste à réduire le biais en sélectionnant le sous-ensemble minimal d'apprentissage pour lequel l'estimation de la loi de probabilité est aussi proche que possible de la loi sous-jacente prenant en compte l’intégralité des observations. Pour ce faire, une nouvelle stratégie générale de requête pour l'apprentissage actif a été mise au point utilisant la théorie de l'Information. Les performances de la stratégie de requête proposée ont été évaluées sur des données réelles et simulées. Les résultats obtenus confirment l'hypothèse sur le biais et montrent que l'approche envisagée améliore l'état de l'art sur différents jeux de données. / Active Learning arises as an important issue in several supervised learning scenarios where obtaining data is cheap, but labeling is costly. In general, this consists in a query strategy, a greedy heuristic based on some selection criterion, which searches for the potentially most informative observations to be labeled in order to form a training set. A query strategy is therefore a biased sampling procedure since it systematically favors some observations by generating biased training sets, instead of making independent and identically distributed draws. The main hypothesis of this thesis lies in the reduction of the bias inherited from the selection criterion. The general proposal consists in reducing the bias by selecting the minimal training set from which the estimated probability distribution is as close as possible to the underlying distribution of overall observations. For that, a novel general active learning query strategy has been developed using an Information-Theoretic framework. Several experiments have been performed in order to evaluate the performance of the proposed strategy. The obtained results confirm the hypothesis about the bias, showing that the proposal outperforms the baselines in different datasets.
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Conception d’alliages par optimisation combinatoire multiobjectifs : thermodynamique prédictive, fouille de données, algorithmes génétiques et analyse décisionnelle / Designing new alloys through multiobjective combinatorial optimisation : computational thermodynamics, data mining, genetic algorithms and decision analysis

Menou, Edern 19 October 2016 (has links)
Ce travail a pour objet le développement d’un système combinant un algorithme génétique d’optimisation multiobjectifs avec des outils de thermodynamique prédictive de type calphad (calcul des diagrammes de phases) et de fouille de données permettant l’estimation des propriétés thermochimiques et thermomécaniques d’alliages multicomposants. L’intégration de ces techniques permet l’optimisation quasi-autonome de la composition d’alliages complexes vis-à-vis de plusieurs critères antagonistes telles les résistances mécaniques et chimiques, la stabilité microstructurelle à haute température et le coût. La méthode est complétée d’une technique d’analyse décisionnelle multicritères pour assister la sélection d’alliages. L’approche est illustrée par l’optimisation de la chimie de deux familles d’alliages multicomposants. Le premier cas d’étude porte sur les superalliages à base de nickel polycristallins corroyés renforcés par précipitation de la phase 0 destinés à la fabrication de disques de turbines dans l’aéronautique ou de tuyauteries de centrales thermiques. L’optimisation résulte en la conception d’alliages moins onéreux et prédits plus résistants que l’Inconel 740H et le Haynes 282, deux superalliages de dernière génération. Le second cas d’étude concerne les alliages dits « à forte entropie » dont la métallurgie singulière est emblématique des problèmes combinatoires. À l’issue de l’optimisation, quelques alliages à forte entropie ont été sélectionnés et fabriqués ; leur caractérisation expérimentale préliminaire met en évidence des propriétés attrayantes tel un ratio dureté sur masse volumique inédit. / The present work revolves around the development of an integrated system combining a multi-objective genetic algorithm with calphad-type computational thermodynamics (calculations of phase diagrams) and data mining techniques enabling the estimation of thermochemical and thermomechanical properties of multicomponent alloys. This integration allows the quasiautonomous chemistry optimisation of complex alloys against antagonistic criteria such as mechanical and chemical resistance, high-temperature microstructural stability, and cost. Further alloy selection capability is provided by a multi-criteria decision analysis technique. The proposed design methodology is illustrated on two multicomponent alloy families. The first case study relates to the design of wrought, polycrystalline 0-hardened nickel-base superalloys intended for aerospace turbine disks or tubing applications in the energy industry. The optimisation leads to the discovery of novel superalloys featuring lower costs and higher predicted strength than Inconel 740H and Haynes 282, two state-of-the-art superalloys. The second case study concerns the so-called “high-entropy alloys” whose singular metallurgy embodies typical combinatorial issues. Following the optimisation, several high-entropy alloys are produced; preliminary experimental characterisation highlights attractive properties such as an unprecedented hardness to density ratio.
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Reconnaissance visuelle robuste par réseaux de neurones dans des scénarios d'exploration robotique. Détecte-moi si tu peux ! / Robust visual recognition by neural networks in robotic exploration scenarios. Detect me if you can!

Guerry, Joris 20 November 2017 (has links)
L'objectif principal ce travail de thèse est la reconnaissance visuelle pour un robot mobile dans des conditions difficiles. En particulier nous nous intéressons aux réseaux de neurones qui présentent aujourd'hui les meilleures performances en vision par ordinateur. Nous avons étudié le principe de sélection de méthodes pour la classification d'images 2D en utilisant un réseau de neurones sélecteur pour choisir le meilleur classifieur disponible étant donnée la situation observée. Cette stratégie fonctionne lorsque les données peuvent être facilement partitionnées vis-à-vis des classifieurs disponibles, ce qui est le cas quand des modalités complémentaires sont utilisées. Nous avons donc utilisé des données RGB-D (2.5D) en particulier appliquées à la détection de personnes. Nous proposons une combinaison de réseaux de neurones détecteurs indépendants propres à chaque modalité (couleur & carte de profondeur) basés sur une même architecture (le Faster RCNN). Nous partageons des résultats intermédiaires des détecteurs pour leur permettre de se compléter et d'améliorer la performance globale en situation difficile (perte de luminosité ou bruit d'acquisition de la carte de profondeur). Nous établissons un nouvel état de l'art dans le domaine et proposons un jeu de données plus complexe et plus riche à la communauté (ONERA.ROOM). Enfin, nous avons fait usage de l'information 3D contenue dans les images RGB-D au travers d'une méthode multi-vue. Nous avons défini une stratégie de génération de vues virtuelles 2D cohérentes avec la structure 3D. Pour une tâche de segmentation sémantique, cette approche permet d'augmenter artificiellement les données d'entraînement pour chaque image RGB-D et d'accumuler différentes prédictions lors du test. Nous obtenons de nouveaux résultats de référence sur les jeux de données SUNRGBD et NYUDv2. Ces travaux de thèse nous ont permis d'aborder de façon originale des données robotiques 2D, 2.5D et 3D avec des réseaux de neurones. Que ce soit pour la classification, la détection et la segmentation sémantique, nous avons non seulement validé nos approches sur des jeux de données difficiles, mais également amené l'état de l'art à un nouveau niveau de performance. / The main objective of this thesis is visual recognition for a mobile robot in difficult conditions. We are particularly interested in neural networks which present today the best performances in computer vision. We studied the concept of method selection for the classification of 2D images by using a neural network selector to choose the best available classifier given the observed situation. This strategy works when data can be easily partitioned with respect to available classifiers, which is the case when complementary modalities are used. We have therefore used RGB-D data (2.5D) in particular applied to people detection. We propose a combination of independent neural network detectors specific to each modality (color & depth map) based on the same architecture (Faster RCNN). We share intermediate results of the detectors to allow them to complement and improve overall performance in difficult situations (luminosity loss or acquisition noise of the depth map). We are establishing new state of the art scores in the field and propose a more complex and richer data set to the community (ONERA.ROOM). Finally, we made use of the 3D information contained in the RGB-D images through a multi-view method. We have defined a strategy for generating 2D virtual views that are consistent with the 3D structure. For a semantic segmentation task, this approach artificially increases the training data for each RGB-D image and accumulates different predictions during the test. We obtain new reference results on the SUNRGBD and NYUDv2 datasets. All these works allowed us to handle in an original way 2D, 2.5D and 3D robotic data with neural networks. Whether for classification, detection and semantic segmentation, we not only validated our approaches on difficult data sets, but also brought the state of the art to a new level of performance.
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Apprentissage probabiliste de similarités d'édition

Boyer, Laurent 24 March 2011 (has links) (PDF)
De nombreuses applications informatiques nécessitent l'utilisation de distances. Dans le cadre de données structurées, chaînes ou arbres, nous utilisons majoritairement la distance d'édition. Celle-ci correspond au nombre minimal d'opérations d'édition (insertion, délétion et substitution) nécessaire pour transformer la première donnée en la seconde. Suivant l'application traitée, il est possible de paramétrer la distance d'édition en associant à chaque opération d'édition un poids. Dans le cadre de ce manuscrit, nous proposons une technique d'apprentissage automatique supervisée pour apprendre les poids de la distance décrite précédemment. L'algorithme utilisé, appelé Expectation-Maximisation, maximise la vraisemblance des paramètres du modèle à l'aide d'un échantillon d'apprentissage composé de paires d'exemples considérés comme similaires. La première contribution de ce manuscrit est une extension de précédents travaux sur les chaînes aux arbres sous la forme de transducteur à un unique état. Nous montrons sur une tâche de reconnaissance de caractères manuscrits, l'efficacité de l'apprentissage par rapport à l'utilisation de poids non appris. La seconde est une approche sur les chaînes sous contraintes. Le modèle est représenté par un ensemble fini d'états dans lequel les transitions sont contraintes. Une contrainte est représentée par un ensemble fini de fonctions booléennes définies sur la chaîne d'entrée et une de ses positions. Nous utilisons notre modèle pour aborder une application de recherche de sites de facteur de transcription dans des séquences génomiques
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Boosting hierarchique et construction de filtres

LaBarre, Marc-Olivier January 2007 (has links)
Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.
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Convex optimization for cosegmentation / Optimisation convexe pour la cosegmentation

Joulin, Armand 17 December 2012 (has links)
La simplicité apparente avec laquelle un humain perçoit ce qui l'entoure suggère que le processus impliqué est en partie mécanique, donc ne nécessite pas un haut degré de réflexion. Cette observation suggère que notre perception visuelle du monde peut être simulée sur un ordinateur. La vision par ordinateur est le domaine de recherche consacré au problème de la création d'une forme de perception visuelle pour des ordinateurs. La puissance de calcul des ordinateurs des années 50 ne permettait pas de traiter et d'analyser les données visuelles nécessaires à l'élaboration d'une perception visuelle virtuelle. Depuis peu, la puissance de calcul et la capacité de stockage ont permis à ce domaine de vraiment émerger. En deux décennies, la vision par ordinateur a permis de répondre à problèmes pratiques ou industrielles comme la détection des visages, de personnes au comportement suspect dans une foule ou de défauts de fabrication dans des chaînes de production. En revanche, en ce qui concerne l'émergence d'une perception visuelle virtuelle non spécifique à une tâche donnée, peu de progrès ont été réalisés et la communauté est toujours confrontée à des problèmes fondamentaux. Un de ces problèmes est de segmenter un stimuli optique ou une image en régions porteuses de sens, en objets ou actions. La segmentation de scène est naturelle pour les humains, mais aussi essentielle pour comprendre pleinement son environnement. Malheureusement elle est aussi extrêmement difficile à reproduire sur un ordinateur car il n'existe pas de définition claire de la région "significative''. En effet, en fonction de la scène ou de la situation, une région peut avoir des interprétations différentes. Etant donnée une scène se passant dans la rue, on peut considérer que distinguer un piéton est important dans cette situation, par contre ses vêtements ne le semblent pas nécessairement. Si maintenant nous considérons une scène ayant lieu pendant un défilé de mode, un vêtement devient un élément important, donc une région significative. Ici, nous nous concentrons sur ce problème de segmentation et nous l'abordons sous un angle particulier pour éviter cette difficulté fondamentale. Nous considérerons la segmentation comme un problème d'apprentissage faiblement supervisé, c'est-à-dire qu'au lieu de segmenter des images selon une certaine définition prédéfinie de régions "significatives'', nous développons des méthodes permettant de segmenter simultanément un ensemble d'images en régions qui apparaissent régulièrement. Nous définissons donc une région "significative'' d'un point de vue statistique: Ce sont les régions qui apparaissent régulièrement dans l'ensemble des images données. Pour cela nous concevons des modèles ayant une portée qui va au-delà de l'application à la vision. Notre approche prend ses racines dans l'apprentissage statistique, dont l'objectif est de concevoir des méthodes efficaces pour extraire et/ou apprendre des motifs récurrents dans des jeux de données. Ce domaine a récemment connu une forte popularité en raison de l'augmentation du nombre et de la taille des bases de données disponibles. Nous nous concentrons ici sur des méthodes conçues pour découvrir l'information "cachée'' dans une base à partir d'annotations incomplètes ou inexistantes. Enfin, nos travaux prennent racine dans le domaine de l'optimisation numérique afin d'élaborer des algorithmes efficaces et adaptés à nos problèmes. En particulier, nous utilisons et adaptons des outils récemment développés afin de relaxer des problèmes combinatoires complexes en des problèmes convexes pour lesquels il est garanti de trouver la solution optimale. Nous illustrons la qualité de nos formulations et algorithmes aussi sur des problèmes tirés de domaines autres que la vision par ordinateur. En particulier, nous montrons que nos travaux peuvent être utilisés dans la classification de texte et en biologie cellulaire. / People and most animals have a natural ability to see the world and understand it effortlessly. The apparent simplicity of this task suggests that this ability is, to some extend, mechanical, i.e., does not require high level thinking or profound reasoning. This observation suggests that this visual perception of the world should be reproducible on a mechanical device such as a computer. Computer vision is the field of research dedicated to creating a form of visual perception on computers. The first work on computer vision dates from the 50's but the amount of power needed for treating and analyzing visual data was not available at this time. It is only recently that improvements in computer power and storage capacities, have permitted this field to really emerge. On the one hand, constant progress in computer vision has allowed to develop dedicated solutions to practical or industrial problems. Detecting human faces, tracking people in crowded areas or default in production chains are industrial applications where computer vision is used. On the other hand, when it comes to creating a general visual perception for computers, it is probably fair to say that less progress has been made, and the community is still struggling with fundamental problems. One of these problems is to reproduce our ability of grouping into meaningful regions, the visual input data recorded by an optical device. This procedure, called segmentation, separates a scene into meaningful entities (e.g., objects or actions). Segmentation seems not only natural but essential for people to fully understand a given scene, but it is still very challenging for a computer. One reason is the difficulty of clearly identify what ``meaningful'' should be, i.e., depending on the scene or the situation, a region may have different interpretations. In this thesis, we will focus on the segmentation task and will try to avoid this fundamental difficulty by considering segmentation as a weakly supervised learning problem. Instead of segmenting images according to some predefined definition of ``meaningful'' regions, we develop methods to segment multiple images jointly into entities that repeatedly appear across the set of images. In other words, we define ``meaningful'' regions from a statistical point of view: they are regions that appears frequently in a dataset, and we design procedures to discover them. This leads us to design models whose a scope goes beyond this application to vision. Our approach takes its roots in the field of machine learning, whose goal is to design efficient methods to retrieve and/or learn common patterns in data. The field of machine learning has also gained in popularity in the last decades due to the recent improvement in computer power and the ever growing size of databases now available. In this thesis, we focus on methods tailored to retrieving hidden information from poorly annotated data, i.e., with incomplete or partial annotations. In particular, given a specific segmentation task defined by a set of images, we aim at segmenting the images and learn a related model as to segment unannotated images. Finally, our research drives us to explore the field of numerical optimization so as to design algorithms especially tailored for our problems. In particular, many numerical problems considered in this thesis cannot be solved by off-the-shelf software because of the complexity of their formulation. We use and adapt recently developed tools to approximate problems by solvable ones. We illustrate the promise of our formulations and algorithms on other general applications in different fields beside computer vision. In particular, we show that our work may also be used in text classification and discovery of cell configurations.
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Information quality in online social media and big data collection : an example of Twitter spam detection / Qualité de l'information dans les médias sociaux en ligne et collection de big data : un exemple de détection de spam sur twitter

Washha, Mahdi 17 July 2018 (has links)
La popularité des médias sociaux en ligne (Online Social Media - OSM) est fortement liée à la qualité du contenu généré par l'utilisateur (User Generated Content - UGC) et la protection de la vie privée des utilisateurs. En se basant sur la définition de la qualité de l'information, comme son aptitude à être exploitée, la facilité d'utilisation des OSM soulève de nombreux problèmes en termes de la qualité de l'information ce qui impacte les performances des applications exploitant ces OSM. Ces problèmes sont causés par des individus mal intentionnés (nommés spammeurs) qui utilisent les OSM pour disséminer des fausses informations et/ou des informations indésirables telles que les contenus commerciaux illégaux. La propagation et la diffusion de telle information, dit spam, entraînent d'énormes problèmes affectant la qualité de services proposés par les OSM. La majorité des OSM (comme Facebook, Twitter, etc.) sont quotidiennement attaquées par un énorme nombre d'utilisateurs mal intentionnés. Cependant, les techniques de filtrage adoptées par les OSM se sont avérées inefficaces dans le traitement de ce type d'information bruitée, nécessitant plusieurs semaines ou voir plusieurs mois pour filtrer l'information spam. En effet, plusieurs défis doivent être surmontées pour réaliser une méthode de filtrage de l'information bruitée . Les défis majeurs sous-jacents à cette problématique peuvent être résumés par : (i) données de masse ; (ii) vie privée et sécurité ; (iii) hétérogénéité des structures dans les réseaux sociaux ; (iv) diversité des formats du UGC ; (v) subjectivité et objectivité. Notre travail s'inscrit dans le cadre de l'amélioration de la qualité des contenus en termes de messages partagés (contenu spam) et de profils des utilisateurs (spammeurs) sur les OSM en abordant en détail les défis susmentionnés. Comme le spam social est le problème le plus récurant qui apparaît sur les OSM, nous proposons deux approches génériques pour détecter et filtrer le contenu spam : i) La première approche consiste à détecter le contenu spam (par exemple, les tweets spam) dans un flux en temps réel. ii) La seconde approche est dédiée au traitement d'un grand volume des données relatives aux profils utilisateurs des spammeurs (par exemple, les comptes Twitter). / The popularity of OSM is mainly conditioned by the integrity and the quality of UGC as well as the protection of users' privacy. Based on the definition of information quality as fitness for use, the high usability and accessibility of OSM have exposed many information quality (IQ) problems which consequently decrease the performance of OSM dependent applications. Such problems are caused by ill-intentioned individuals who misuse OSM services to spread different kinds of noisy information, including fake information, illegal commercial content, drug sales, mal- ware downloads, and phishing links. The propagation and spreading of noisy information cause enormous drawbacks related to resources consumptions, decreasing quality of service of OSM-based applications, and spending human efforts. The majority of popular social networks (e.g., Facebook, Twitter, etc) over the Web 2.0 is daily attacked by an enormous number of ill-intentioned users. However, those popular social networks are ineffective in handling the noisy information, requiring several weeks or months to detect them. Moreover, different challenges stand in front of building a complete OSM-based noisy information filtering methods that can overcome the shortcomings of OSM information filters. These challenges are summarized in: (i) big data; (ii) privacy and security; (iii) structure heterogeneity; (iv) UGC format diversity; (v) subjectivity and objectivity; (vi) and service limitations In this thesis, we focus on increasing the quality of social UGC that are published and publicly accessible in forms of posts and profiles over OSNs through addressing in-depth the stated serious challenges. As the social spam is the most common IQ problem appearing over the OSM, we introduce a design of two generic approaches for detecting and filtering out the spam content. The first approach is for detecting the spam posts (e.g., spam tweets) in a real-time stream, while the other approach is dedicated for handling a big data collection of social profiles (e.g., Twitter accounts).
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Application de méthodes de classification supervisée et intégration de données hétérogènes pour des données transcriptomiques à haut-débit

Guillemot, Vincent 29 March 2010 (has links) (PDF)
Les méthodes d'apprentissage supervisé sont appliquées depuis récemment à des jeux de données de puces à ADN, afin d'une part d'extraire des gènes impliqués dans les différences entre les classes d'individus étudiés et d'autre part de construire une fonction de classification permettant de prédire la classe d'un nouvel individu. Ces données de puces à ADN peuvent être accompagnées d'une information précieuse décrivant les interactions entre les variables (les gènes). Cette information est regroupée sous la forme de réseaux de régulations génétiques (RRG). L'objectif de la thèse est de réaliser l'intégration de l'information contenue dans ces RRGs dans une méthode de classification supervisée binaire. Nous proposons une nouvelle méthode, graph Constrained Discriminant Analysis (gCDA), basée sur l'analyse discriminante de Fisher. Les méthodes de la littérature se proposent d'implémenter la contrainte suivante : les gènes qui sont voisins dans le RRG doivent avoir des poids proches, voire identiques, dans la fonction de classification. À contrepoint de ces méthodes, gCDA est basée sur l'estimation régularisée des matrices de variance covariance qui sont utilisées dans l'analyse discriminante de Fisher. Les estimateurs utilisés dans gCDA prennent en compte l'information contenue dans les RRGs disponibles a priori grâce aux propriétés des modèles graphiques gaussiens. gCDA est comparée aux méthodes de la littérature sur des données simulées, données pour lesquelles le graphe sous-jacent est parfaitement connu. Dans le cas de données réelles, le graphe sous-jacent décrivant les interactions entre variables n'est pas connu. Nous nous sommes donc également intéressés à des méthodes permettant d'inférer de tels graphes à partir de données transcriptomiques. Enfin, des résultats sont obtenus sur trois jeux de données réelles. Les RRG ont été inférés soit sur des jeux de données de même nature mais indépendants (c'est-à-dire concernant des individus qui ne sont pas utilisés pour en classification), soit sur une partie indépendante du jeu de données étudié. Nous montrons une amélioration notable des performances de classification sur ces jeux de données lorsque gCDA est utilisée par rapport à l'utilisation des méthodes de la littérature décrites dans la deuxième partie.

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