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Detecção molecular de Xanthomonas campestris pv. viticola em videiras assintomáticas

Freitas, Anna Cristina de 29 March 2012 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2012. / Submitted by Elna Araújo (elna@bce.unb.br) on 2012-07-19T20:22:18Z No. of bitstreams: 1 2012_AnnaCristinadeFreitas.pdf: 2030875 bytes, checksum: 8e3c0630c707b786907b6adba46bb9c7 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-08-09T12:42:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_AnnaCristinadeFreitas.pdf: 2030875 bytes, checksum: 8e3c0630c707b786907b6adba46bb9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-08-09T12:42:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_AnnaCristinadeFreitas.pdf: 2030875 bytes, checksum: 8e3c0630c707b786907b6adba46bb9c7 (MD5) / O cancro bacteriano da videira, causado por Xanthomonas campestris pv. viticola (Xcv) Nayudu ( (Dye), foi detectado no Brasil pela primeira vez em 1998, em plantas de Vitis vinifera, variedade Red Globe, em Petrolina, Pernambuco. A doença é responsável por prejuízos ao cultivo da videira no Vale do Submédio São Francisco, apresentando incidência expressiva e importância econômica. Uma das medidas mais eficazes para conter sua disseminação para novas áreas é o uso de material de propagação livre do patógeno. Este estudo teve como objetivo geral otimizar a técnica de PCR (Reação da Polimerase em Cadeia) para detecção de Xcv em tecidos assintomáticos de videira. Foram objetivos específicos: determinar o limite mínimo de detecção por BIO-PCR aliado ao uso de meio semi-seletivo NYDAM e por Nested-PCR em frutos e folhas inoculados e assintomáticas; desenvolver um controle interno para falsos negativos e validar a BIO-PCR e a Nested-PCR em mudas de viveiros e em plantas sintomáticas e assintomáticas de áreas de produção no Vale do Submédio São Francisco. A determinação do limite mínimo de detecção de Xcv por BIO-PCR e Nested-PCR foi realizada com a inoculação de Xcv em frutos e folhas de videira nas concentrações de 102 a 108 ufc/ml. O limite mínimo de detecção por BIO-PCR em frutos e folhas foi de 102 ufc/ml. Com a Nested-PCR o limite mínimo de detecção em frutos foi de 102 ufc/ml e de 103 ufc/ml em folhas. Para o desenvolvimento do controle interno, foram incluídos iniciadores universais para o gene do 16S rRNA de bactérias (F984/1492) em reações multiplex com os iniciadores Xcv1F/Xcv3R. Amplificação dos dois fragmentos esperados ocorreu com DNA purificado de Xcv e com amostras positivas (lavados de folhas) por BIO-PCR e Nested-PCR. Contudo, em 16 amostras negativas por Nested-PCR, apenas em uma ocorreu a amplificação do fragmento correspondente ao gene de 16SrRNA. Na validação dos métodos em áreas de produção com histórico da doença, 97% das amostras coletadas com sintomas foram positivas por BIO-PCR e 69,7% positivas por Nested-PCR. Entre as amostras sem sintomas, a detecção de Xcv só foi possível por BIO-PCR (29,7 % das amostras). De 60 amostras de mudas assintomáticas coletadas em dois viveiros na região, detectou-se Xcv por BIO-PCR em três amostras (5%) de um dos viveiros. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Bacterial canker of grapevine, caused by Xanthomonas campestris pv. viticola (Xcv) Nayudu (Dye), was detected in Brazil in 1998, affecting plants of Vitis vinifera, cultivar Red Globe, in Petrolina, Pernambuco State. This disease is responsible for economic losses in vineyards in the São Francisco river valley, northeastern Brazil. One of the most effective measures to prevent its dissemination to new areas is the use of pathogen-free propagating material. The objective of the present study was to optimize the PCR (polymerase chain reaction)-based method to detect Xcv in asymptomatic grapevine tissues. The specific objectives were: to determine the minimum detection limits of BIO-PCR combined with the use of the semi-selective medium NYDAM and of Nested-PCR in inoculated and asymptomatic fruits and leaves; to develop an internal control for false negatives; and to validate the BIO-PCR and Nested-PCR methods by testing asymptomatic plants from nurseries and symptomatic and asymptomatic plants from grapevine-producing areas in the São Francisco river valley. The detection limit of BIO-PCR and Nested-PCR was performed by inoculating Xcv in grapevine fruits and leaves, at concentrations from 102 to 108 cfu/ml. The lower detection limit of BIO-PCR in fruits and leaves was 102 cfu/ml. Using Nested-PCR, the detection limit in fruits was 102 cfu/ml, and 103 cfu/ml in leaf samples. To develop the internal control for PCR, universal primers for bacterial 16S rRNA gene (F984/1492) were included in multiplex reactions with primer pair Xcv1F/Xcv3R. Amplification of the two expected fragments occurred with purified Xcv DNA and with samples (washes from leaves) tested positive by BIO-PCR and Nested-PCR. However, only one out of 16 samples tested negative by nested-PCR yielded the 16SrRNA amplicon. When validating the methods in production areas with a history of the disease, 97% of the symptomatic samples were positive by BIO-PCR and 69.7% positive by Nested-PCR. Among asymptomatic samples, detection of Xcv was possible only by BIO- PCR (29.7% of samples). Among 60 samples from asymptomatic plants collected in two nurseries in the region, Xcv was detected by BIO-PCR in three samples (5%) from one of the nurseries.
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Análise genômica macro comparativa entre Leifsonia xyli subsp. cynodontis e Leifsonia xyli subsp. xyli. / Comparative genomic analysis between Leifsonia xyli subsp. cynodontis and Leifsonia xyli subsp. xyli.

Marcelo Marques Zerillo 20 June 2008 (has links)
O objetivo deste projeto foi entender a organização genômica e o conteúdo de genes de dois fitopatógenos relacionados geneticamente, mas que infectam diferentes hospedeiros: Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx), um patógeno de cana-de-açúcar; e Leifonia xyli subsp. cynodontis (Lxc), um patógeno de gramíneas do gênero Cynodon. Os resultados do seqüenciamento parcial do genoma de Lxc são descritos, incluindo as seqüências comuns ao genoma de Lxx e os fragmentos de organização distinta e genes específicos de Lxc. Para alcançar o objetivo, bibliotecas genômicas do genoma de Lxc foram construídas. A estratégia revelou seqüências específicas, algumas provavelmente adquiridas por transferência horizontal, e regiões não sintênicas do genoma de Lxc, quando comparadas com Lxx. Regiões específicas somaram 311.353 pb e foram anotadas. Devido a associação de elementos genéticos móveis com reorganização cromossômica e transferência horizontal de genes, um estudo detalhado dos transposons do tipo IS, presentes em ambos os genomas, foi realizado. A análise revelou um número variável de elementos para cada genoma atuando na diversificação dos mesmos. / This study aimed to understand genome organization and gene content of two closely related plant pathogens that infect different hosts: Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx), a sugarcane pathogen; and Leifonia xyli subsp. cynodontis (Lxc), a Cynodon grass pathogen. We describe the results of a partial genome sequence of Lxc, assessing the similarity to Lxx completely sequenced genome, describing differences in genome organization and uncovering genes specific to Lxc genome. To accomplish the objective, genomic libraries were constructed. The strategy uncovered specific sequences, some probably acquired by horizontal transfer and non-syntenic regions of Lxc genome compared to Lxx. Specific regions of Lxc genome accounted for 311,353 bp and were annotated. Because mobile genetic elements are often associated with rearrangements and horizontal gene transfer, a detailed study of all insertion sequence (IS) elements presented in both genomes were realized. The analysis revealed a variable number of transposable elements acting upon genomic diversity.
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Fluxo de seiva em laranjeira (Citrus sinensis L. Osb.) infectada com Xylella fastidiosa Wells / not available

Adriano Dal Bosco 30 March 2001 (has links)
A Xylella fastidiosa é uma bactéria limitada ao xilema responsável por doenças em várias espécies de plantas. Essas doenças são caracterizadas por sintomas de estresse hídrico e, nas folhas, escaldadura e necrose marginal ou clorose variegada, que é um sintoma típico em citros. Para quantificar os efeitos da infecção por X. fastidiosa em laranjeiras, o fluxo de seiva foi medido em plantas de 2,5 anos de idade pelo método do balanço de calor (MBC) de Sakuratani, durante 9 dias. A área foliar das plantas foi determinada para calcular o fluxo de seiva por unidade de área, que foi considerado como sendo equivalente à transpiração. Os dados assim obtidos foram confrontados com medições feitas com o porômetro durante 3 dias. Foi observada uma redução na transpiração, das plantas infectadas em relação às sadias, de 38 %, pelo MBC, e de 21 a 37%, nas medições feitas com o porômetro. A resistência foliar à difusão de vapor foi de 35 a 97 % maior nas plantas infectadas do que nas plantas sadias. A redução na transpiração e o aumento na resistência difusiva foram registrados para as plantas infectadas, tanto em folhas com sintomas visíveis de doença, como em folhas aparentemente sadias. Não foi possível confirmar que a causa primária do estresse hídrico, associado à doença, é o entupimento dos vasos do xilema, porque a diminuição na transpiração pode ter sido decorrente do fechamento dos estômatos possivelmente ocasionado por alguma substância produzida pela bactéria ou pela planta infectada / not available
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Diversidade genética de Xylella fastidiosa em três regiões produtoras de citros (Citrus sinensis) do Estado de São Paulo / not available

Adriane Wendland 02 February 2001 (has links)
Xylella fastidiosa Wells et al. (1987) é agente causal de doenças em diversas culturas de importância econômica, entre elas a clorose variegada dos citros (CVC). Em recente levantamento da incidência da CVC no Estado de São Paulo, foi observado que a doença está presente em toda a região citrícola e é mais severa na região Norte que na Sul. Este estudo teve por objetivo averiguar o grau de diversidade genética existente entre 138 isolados de X. fastidiosa coletados nas regiões citrícolas Sul, Centro e Noroeste do Estado de São Paulo. Isolados de videira, ameixeira e cafeeiro também foram incluídos para servirem como referências nos estudos moleculares. A identidade dos isolados foi confirmada com a amplificação de DNA por reação de polimerase em cadeia (PCR) com os iniciadores RST 31/33. A sequencia nucleotídica do fragmento genômico amplificado por estes iniciadores foi determinada para isolados de X. Fastidiosa. Não foram observados polimorfismos de seqüência nucleotídica entre isolados de citros. Já os isolados obtidos de videira, cafeeiro e ameixeira apresentaram polimorfismos de seqüência quando comparados a X. fastidiosa de citros. Esta seqüência apresenta alto grau de homologia com gens rpoD que codificam a subunidade sigma de RNA polimerase em diversos gêneros bacterianos. Comparações dessa seqüência com a de 12 espécies de Proteobactérias agrupou X. fastidiosa com Xanthomonas campestres pv. campestris, concordando com o seu posicionamento taxonômico dentro do grupo das Xanthomonadaceas. A diversidade genética entre os isolados também foi averiguada por amplificação de seqüências conservadas e repetitivas no DNA genômico de X. fastidiosa com os indicadores ERIC, REP e BOX (rep-PCR). Os perfis obtidos com os três iniciadores foram analisados em conjunto e um total de dezenove haplótipos combinados foi obtido. Maior diversidade de haplótipos combinados foi encontrada em Neves Paulista, representante da região Noroeste do Estado de São Paulo. Alguns haplótipos só foram detectados nessa área. Os isolados de Santa Rita do Passa Quatro apresentaram maior freqüência do haplótipo onze e os isolados de Gavião Peixoto, do haplótipo quartoze. Foi possível identificar a existência de isolados de X. fastidiosa geneticamente distintos dentro de uma mesma planta de citros. Estimativas de similaridade genética entre haplótipos combinados variaram acima de 60%. Isolados de videira apresentaram perfis bem distintos entre si e diferiram dos demais isolados de outros hospedeiros. Os isolados de cafeeiro e ameixeira apresentaram perfis similares aos dos isolados de citros. A ocorrência do plasmídio pXF51, seqüenciado recentemente pelo Projeto Genoma de X. fastidiosa, foi determinada por PCR. Iniciadores específicos foram sintetizados e a amplificação do fragmento de 750 pb foi positiva em 73 dos 90 isolados incluídos neste estudo / not available
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Caracterização biológica e molecular de um bacteriófago específico para Xanthomonas campestris pv. campestris / Biological and molecular characterization of a bacteriophage specific for Xanthomonas campestris pv. campestris

Silva, Fernanda Pereira da 25 February 2015 (has links)
Submitted by Amauri Alves (amauri.alves@ufv.br) on 2015-11-03T16:17:32Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 584533 bytes, checksum: fd4ac14e1e677e1fdd9f3ee4f74281df (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-03T16:17:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 584533 bytes, checksum: fd4ac14e1e677e1fdd9f3ee4f74281df (MD5) Previous issue date: 2015-02-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os vírus que infectam bactérias são denominados bacteriófagos, sendo também referidos como “fagos”. Os bacteriófagos que infectam bactérias fitopatogênicas, tem despertado crescente interesse devido ao seu potencial para o biocontrole. A bactéria Gram negativa Xanthomonas campestris pv. campestris, é o agente causal da podridão negra das brássicas (Brassicaceae), sendo responsável por perdas econômicas, resultantes do difícil controle. Assim, este trabalho teve como objetivo realizar o isolamento e a caracterização biológica e molecular de bacteriófagos infectando Xanthomonas campestris pv. campestris. Para isso, plantas da família Brassicaceae apresentando sintomas da podridão negra e solo rizosférico, foram coletados em campos de cultura em Coimbra-MG e triados para a presença de bacteriófagos adotando a técnica de formação de placas de lise por meio da sobrecamada de ágar. Das nove amostras analisadas, uma amostra apresentou placas de lise persistente nos quatro ciclos de propagação. O fago foi denominado Xacp1 e apresentou cabeça icosaédrica de aproximadamente 30 ± 5 nm de diâmetro e uma cauda curta com 6 ± 0,2 nm de comprimento e 7 ± 0,2 nm de diâmetro. O bacteriófago possui ácido nucleico composto por uma única molécula de DNA fita dupla (dsDNA) com tamanho estimado em 65 Kpb. De acordo com a morfologia e tipo de genoma, o bacteriófago Xacp1 foi classificado na família Podoviridae (Ordem Caudovirales). A sequencia do genoma completo do fago está sendo analisada e será utilizada para estudar o relacionamento filogenético com outros bacteriófagos que infectam Xanthomonas campestris. O bacteriófago mostrou capacidade em infectar apenas isolados de Xanthomonas vcampestris pv. campestris no teste de susceptibilidade, apresentando placas de lise com coloração, tamanho e formato padrão. Isolados bacterianos relacionados e não relacionados a Xanthomonas campestris pv. campestres não foram suscetíveis à infecção. Em conjunto esses resultados demostram que Xacp1 apresentou características ideais de especificidade e virulência que motivam futuros estudos para sua utilização como uma ferramenta biotecnológica para a utilização no biocontrole da podridão negra em brássicas. / Viruses that infect bacteria are termed bacteriophages, and also referred to as “phage”, or “bacteriovírus”. The bacteriophages that infect bactéria plant pathogens, has attracted increasing interest due to its potential for biocontrol. The gram-negative bacterium Xanthomonas campestris pv. campestris is causal agent of black rot of crucifers (Brassicaceae), accounting for economic losses resulting from difficult to control. This study had objective perform the isolation and molecular characterization of biological and bacteriophage infecting Xanthomonas campestris pv. campestris. For this, plants of the family Brassicaceae showing symptoms of black rot and rhizosphere soil were collected in crop fields in Coimbra-MG and screened for the presence bacteriophage adopting the technique of forming plaques by agar overlay. The analyzed nine samples, one sample showed signs of Persistent lysis in four cycles of the spread. The phage was named φXacp1 and icosahedral head showed approximately 30 ± 5 nm in diameter and a tail short-± 5 nm in length and 0.7 ± 0.3 4 nm diameter. The bacteriophage has nucleic acid consists of a single double stranded DNA molecule (dsDNA) with size estimated at 65 kbp. According to the morphology and type of genome, bacteriophage φXacp1 scored in Podoviridae family (Order Caudovirales). The sequence the complete genome of the phage is being analyzed and will be used to study the phylogenetic relationships with other bacteriophages that infect Xanthomonas campestris. The bacteriophage showed ability to infect only Xanthomonas campestris pv. campestris in susceptibility testing, presenting plaques staining, size and pattern shape. Isolated bacterial related and unrelated to Xanthomonas campestris. Country were not susceptible to infection. viiTogether these results demonstrate that φXacp1 presented ideal characteristics of specificity and virulence that motivate future studies for its use as a biotechnological tool for use in biocontrol of black rot in crucifers.
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Análise de ligação de genes de resistência de Brassica oleracea a Xanthomonas campestris pv. campestris e Fusarium oxysporum f. sp. conglutinans / Linkage analysis of resistance genes of Brassica oleracea to Xanthomonas campestris pv. campestris and Fusarium oxysporumf. sp. conglutinans

Malvas, Celia Correia 30 October 1998 (has links)
Marcadores moleculares RAPDs, previamente localizados no mapa genético de Brassica oleracea, foram utilizados para localizar genes de resistência a Xanthomonas campestris pv. Campestres, agente causal da podridão negra das crucíferas, e raça 2 de Fusarium oxysporum f. sp. conglutinans, agente causal da murcha de fusarium. Os marcadores utilizados para identificar genes de resistência a X. campestris pv. Campestres também foram utilizados para detectar regiões genômicas que controlam as características morfológicas cor de pétalas e tempo de florescimento. A ligação entre estas características e resistência também foi estudada. Para avaliação da resistência a X. campestris pv. Campestres e características morfológicas, foram utilizadas 500 plântulas F2 oriundas do cruzamento entre a linhagem resistente Badger Inbred-16 e a linhagem suscetível "fast cycling" LC201. Para avaliação da resistência a Fusarium oxysporum f. sp. conglutinans raça 2, foram utilizadas progênies F3 derivadas do cruzamento entre a linhagem resistente OSU Cr-7 e LC201. A resistência a X. campestris pv. Campestres foi avaliada por inoculação de folhas quaternárias e avaliação da área foliar lesionada plotada em uma curva de distribuição. Foram selecionadas 56 plantas de cada extremo da curva de distribuição fenotípica, as quais foram avaliadas para as características morfológicas. Para avaliação da resistência a Fusarium oxysporum f. sp. conglutinans, procedeu-se a inoculação de raízes de plântulas e classificação das mesmas quanto à resistência de acordo com a presença ou não de sintomas. As análises estatísticas empregadas para detectar associações entre as características avaliadas e genótipos nos locos marcadores foram feitas pelo teste U de Mann Whitney para X. campestris pv. Campestres e análises de variância para Fusarium oxysporum f. sp. conglutinans. Nas análises para X. campestris pv. Campestres, foram encontradas associações entre seis locos marcadores e QRLs e entre dois marcadores e as características tempo de florescimento e cor de pétalas. Também foi detectada ligação entre a característica cor de pétalas e resistência. Um teste de correlação, utilizado para verificar a ligação detectando QRLs distintos. Não foi encontrada nenhuma associação entre genes de resistência à raça 2 de Fusarium oxysporum f. sp. conglutinans e marcadores e o gene de resistência à raça 1 / RAPDs molecular markers previously located in the genetic map of Brassica oleracea were used to localize resistance genes to Xanthomonas campestris pv. campestris, causal agent of crucifer black rot, and to race 2 of Fusarium oxysporum f. sp. conglutinans, agent of fusarium wilt. The markers used to identify resistance genes to X. campestris pv. campestris were also used to detect genomic regions that control the morphological traits petal color and flowering time. The Iinkage between these traits and resistance was also studied. For evaluation of resistance to X. campestris pv. campestris and morphological traits, 500 F2 seedlings originated from crosses between the resistante line Badger Inbred-16 and susceptible line fast cycling LC201 were used. For evaluation of resistance to race 2 of F. oxysporum f. sp. conglutinans, 3 progenies derived from a cross between the resistance line OSU Cr-7 and LC201 were used. Resistance to X. campestris pv. campestris was evaluated by inoculation of quaternary expanded leaves and assessment of lesion area plotted in a distribution curve. Then 56 plants were selected from each extreme of the phenotypic distribution curve, which were evaluated for morphological traits. For resistance evaluation to race 2 of F. oxysporum f. sp. conglutinans, seedling roots were inoculated and they were classified in resistante or susceptible by presence or absence of disease symptons, repectively. The statistical analyses used to detect association among traits and genotype in the locus marker were performed by the Mann Whitney U test for X. campestris pv. campestris and by analysis of variance to F. oxysporum f. sp. conglutinans. In the analyses for X. campestris pv. campestris, association were found among six locus markers and QRLs, and among two markers and the traits flowering time and petal color. It was also detected a linkage between the trait petal color and resistance. A correlation test used to verify the linkage among markers, detected two linked marker groups detecting different QRLs. Association were not found among resistance genes to race 2 of F. oxysporum f. sp. conglutinans and markers and resistance gene to race 1
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Comparação de métodos para diagnose do raquitismo da soqueira da cana-de-açúcar (Clavibacter xyli subsp. Xyli) e aplicação na seleção de variedades resistentes / Comparison of methods for diagnosis of ratoon stunting disease of sugarcane (Clavibacter xyli subsp. xyli) and application on screening of resistant varieties

Iamauti, Marilene Tenguan 01 February 1991 (has links)
O raquitismo da soqueira da cana-de-açúcar (RS) é uma das doenças mais importantes desta cultura, ocorrendo, se não em todas, na maioria das áreas de produção comercial do mundo. A falta de sintomas característicos tem dificultado uma avaliação rápida da intensidade do RS em campos comerciais e durante o melhoramento genético das variedades. Muitos métodos de diagnóstico são citados na literatura, porém não foram devidamente estudados quanto a sua eficiência e praticidade. Sendo assim, este trabalho se propôs a elucidar alguns pontos a fim de determinar um método que possua características desejáveis como praticidade na execução, economia de tempo, baixo custo e precisão. Concomitante a esta comparação de métodos, avaliou-se a resistência ao RS de algumas variedades comerciais de cana-de-açúcar para verificar a validade dos métodos na seleção de variedades resistentes. Três métodos foram avaliados: coloração do xilema através do fluxo transpiratório (CL) , observação da bactéria do RS em suco extraído do xilema (CT) e autofluorescência do metaxilema (FL). Verificou-se que os métodos (CL e CT) são equivalentes no diagnóstico do RS quando aplicados em plantas cujo processo de transporte de seiva bruta já sofreu interferência da bactéria. Nas condições testadas esta interferência ocorreu em torno de dez meses após a brotação. O método CT mostrou maior sensibilidade por detectar o patógeno em colmos na fase inicial do processo patológico. A simplicidade de execução e o baixo custo do método CL permitem a sua utilização para avaliação de campos comerciais, viveiros de mudas e seleção de variedades resistentes nos programas de melhoramento genético. / The ratoon stunting disease of sugarcane (RSD ) is one of the most important diseases of this crop, occurring, if not in alI, in most of the commercial production areas of the world. The lack of characteristic symptoms has made more difficult a quick evaluation of the intensity of RSD in commercial fields and during the breeding of the varieties. Many diagnostic methods are mentioned in the literature. However, they were not properly studied regarding their efficiency and practicability. Therefore, this work was proposed to illustrate some points, in order to determine a method that has desirable characteristics such as, practicability in execution, economy of time, low cost and accuracy. Simultaneously with this comparison of methods, the resistance to RSD was evaluated in some commercial varieties of sugarcane in order to verify the validity of the screening method of resistant varieties. Three methods were evaluated: staining of the xylem by means of the transpiratory flow (CL), observation of the RSD bacterium in juice extracted from the xylem (CT) and alkaline-induced metaxylem autofluorescence (FL). It was verified that the methods (CL and CT) are equivalent in diagnosis of RSD when applied in plants where the bacterium had already interferred in the transport of xylem sap. Under the conditions tested, this interference occurred in approximately ten months after sprouting. The CT method showed greater sensivity for detecting the disease in stalks in the initial phase of the pathological process. The simplicity of execution and the low cost of the CL method permit its utilization for evaluation of commercial fields and nurseries and screening of resistant varieties in the breeding programs
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Análise faunística de cigarrinhas (Hemiptera: Cicadellidae) e flutuação populacional de potenciais vetores de Xylella fastidiosa em vinhedos nos estados do Rio Grande do Sul e Pernambuco, Brasil / Faunistic analyses of leafhoppers (Hemiptera: Cicadellidae) and seasonal fluctuation of potential vectors of Xylella fastidiosa em vineyards of the States of Rio Grande do Sul and Pernambuco, Brazil

Ringenberg, Rudiney 14 May 2008 (has links)
Xylella fastidiosa é uma bactéria fitopatogênica transmitida por insetos vetores conhecidos como cigarrinhas (Hemiptera: Cicadellidae, Subfamília Cicadellinae). Uma estirpe desta bactéria causa o Mal de Pierce em videira nos EUA e México. No Brasil, esta bactéria ainda não foi detectada colonizando videira, embora esta cultura tenha importância em algumas regiões Nesta pesquisa foi feito um levantamento faunístico de cigarrinhas da família Cicadellinae por meio de armadilhas adesivas amarelas em vinhedos dos Estados do Rio Grande do Sul e Pernambuco, com o objetivo de identificar potenciais vetoras de X. fastidiosa e sua flutuação populacional. Para a obtenção das cigarrinhas foram realizadas coletas com cartões adesivos amarelos em quatro parreirais comerciais de Vitis vinifera para cada Estado. Em cada parreiral foram instalados 20 cartões, distribuídos em 10 pontos espaçados de 40 x 40 m, com duas alturas de amostragem (45 cm do solo e 45 cm acima da lâmina foliar de videira). Os cartões adesivos foram trocados quinzenalmente no período de setembro/2004-setembro/2006 e junho/2005-junho/2007 no Rio Grande do Sul e Pernambuco, respectivamente. Baseando-se em análise faunística, determinaram-se as espécies de cigarrinhas mais abundantes, constantes, freqüentes e dominantes, as quais foram avaliadas quanto à flutuação populacional. No Rio Grande do Sul, 34 espécies de cicadelíneos e 6 de cercopídeos foram encontradas. Porém, a maioria (98,4%) dos 3,893 espécimes coletados foram cicadelídeos, distribuídos nas subfamílias Cicadellinae (n = 2.344; 23 espécies), Gyponinae (n = 1.327; 9 espécies), Deltocephalinae (n = 147; 1 espécie) e Coelidinae (n = 13; 1 espécie). Os insetos da subfamília Cicadellinae foram divididos nas tribos Cicadellini (n = 1.606; 12 espécies) e Proconiini (n = 738; 11 espécies). Dentre os cicadelíneos, 5 espécies de Cicadellini (Bucephalogonia xanthophis, Dilobopterus dispar, Macugonalia cavifrons e a morfo-espécie Cicadellini sp. 1) e 5 de Proconiini (Molomea consolida, Oncometopia facialis, Oncometopia fusca e Tapajosa rubromarginata) prevalecem nos vinhedos do Rio Grande do Sul, de acordo com as análises faunísticas. Nos vinhedos de Pernambuco, verificou-se uma menor diversidade de espécies de cigarrinhas em relação aos do Rio Grande do Sul. Um total de 4.106 cicadelídeos foram coletados, pertencentes a duas subfamílias: Cicadellinae (n = 4.094; 4 espécies) e Gyponinae (n = 12; 2 espécies). A espécie mais abundante foi a H. spottii com 3.965 indivíduos encontrados. Esta espécie utiliza a videira como hospedeiro de oviposição e desenvolvimento. Os períodos de maior ocorrência de cigarrinhas nos vinhedos são de outubro a agosto na Serra Gaúcha, e de janeiro a junho em Pernambuco. Neste estudo também foi testada a possibilidade de transmissão por cigarrinhas de uma estirpe de X. fastidiosa de citros, causadora da Clorose variegada dos citros (CVC), para videira e ameixeira. Não houve transmissão para videira, indicando que a estirpe de X. fastidiosa de citros pode não ser capaz de estabelecer infecção sistêmica em videira, após a inoculação por inseto vetor. No entanto, a diversidade e abundância de cigarrinhas potenciais vetoras nos Estados de Pernambuco e Rio Grande do Sul indicam um grande risco para disseminação do Mal de Pierce em videira caso uma estirpe de X. fastidiosa patogênica a esta cultura seja introduzida ou evolua a partir de estirpes existentes no Brasil. / Xylella fastidiosa is plant-pathogenic bacterium transmitted by leafhoppers (Hemiptera: Cicadellidae) in the subfamily Cicadellinae, commonly known as sharpshooters. In the United States and Mexico, a particular strain of this bacterium causes Pierce\'s disease (PD) in grapevines. PD has not been reported in Brazil, although grape is a major crop in some regions of this country. In this study, a 2-year survey of Cicadellidae leafhoppers was carried out by yellow sticky traps in vineyards of the States of Rio Grande do Sul and Pernambuco, in order to identify potential vectors of X. fastidiosa as well as their seasonal patterns of occurrence in the crop. The survey was conducted in four commercial plantings of Vitis vinifera L. per State, by using 20 traps distributed in 10 sampling points and 2 heights (45 cm above soil and 45 cm above the crop canopy) per vineyard. The cards were changed fortnightly during the periods of September/2004-September/2006 and June/2005-June/2007 in the States of Rio Grande do Sul and Pernambuco, respectively. Faunistic analyses of the trapping data from each vineyard were run to determine the most abundant, constant, frequent and dominant sharpshooter species, for which the population fluctuation was studied. In Rio Grande do Sul, 34 leafhopper and 6 spittlebugs (Hemiptera: Cercopidae) species were trapped, but most (98.4%) of the 3,893 specimens collected were leafhoppers, which were distributed in the subfamilies Cicadellinae (n = 2,344; 23 species), Gyponinae (n = 1,327; 9 species), Deltocephalinae (n = 147; 1 species) and Coelidinae (n = 13; 1 species). The sharpshooter (Cicadellinae) specimens were divided in the tribes Cicadellini (n = 1,606; 12 species) and Proconiini (n = 738; 11 species). Among the sharpshooters, 5 species of Cicadellini (Bucephalogonia xanthophis, Dilobopterus dispar, Macugonalia cavifrons and the morpho-species Cicadellini sp. 1) and 5 of Proconiini (Molomea consolida, Oncometopia facialis, Oncometopia fusca and Tapajosa rubromarginata) are prevalent in vineyards of Rio Grande do Sul based on the faunistic indices. In the vineyards of Pernambuco State, a different species composition and a lower diversity of sharpshooters were found. A total of 4,106 leafhopper specimens were trapped, distributed in two subfamilies: Cicadellinae (n = 4,106; 4 species) and Gyponinae (n = 12; 2 species). H. spottii was the most abundant sharpshooter, with 3,965 specimens. The periods of higher sharpshooter populations in the vineyards are from October to August in Rio Grande do Sul, and from January to June in Pernambuco. The possibility of transmission of a Citrus variegated chlorosis (CVC) strain of X. fastidiosa from citrus to grape was tested by using the sharpshooter B. xanthophis as a vector. No transmission to the test plants was recorded, suggesting that the CVC strain may not establish systemic infections in grape after vector inoculation. However, the diversity and abundance of native sharpshooters found in Rio Grande do Sul and Pernambuco indicate a high risk of PD spread in vineyards if a pathogenic strain of X. fastidiosa to grapes evolves or is introduced in Brazil.
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Influência do regime hídrico na infecção de plantas cítricas jovens por Xylella fastidiosa / Influence of water regime in the infection of young citrus plants by Xylella fastidiosa

Cava, Cristiane Ramos da Veiga Lima 26 February 2007 (has links)
Cerca de 38% das árvores cítricas do Estado de São Paulo são afetadas pela Clorose Variegada dos Citros - CVC, causando perdas anuais de cerca de 100 milhões de dólares para as indústrias citrícolas. O agente causal da CVC é uma bactéria gram-negativa, fastidiosa e habitante dos vasos de xilema denominada Xylella fastidiosa, transmitida por cigarrinhas pertencentes à família Cicadellidae, subfamília Cicadellinae. Já foi observado que laranjas doces jovens, na faixa de 3 a 4 anos de idade, são mais sensíveis à CVC do que as plantas adultas. A doença é mais severa em regiões onde estresses adicionais ocorrem, como alta demanda atmosférica por água (decorrente do aumento da temperatura e do déficit de pressão de vapor) e déficit hídrico no solo. Os mecanismos fisiológicos e químicos que caracterizam o estabelecimento da CVC ainda não foram totalmente compreendidos, especialmente sob condições de estresse. Sendo assim, estudos que consideram a interação entre época do ano, regime hídrico e o estabelecimento da CVC em plantas jovens são necessários para auxiliar na elaboração de programas de manejo da doença. O presente trabalho avaliou a sobrevivência de infecções iniciais de X. fastidiosa em plantas cítricas jovens no campo, mantidas com e sem irrigação, 6, 12 e 18 meses após inoculações mecânicas realizadas no verão (mês de janeiro) e inverno (mês de julho). Visando analisar a influência do regime hídrico isoladamente foram realizadas, na época do outono (final de maio e início de junho), inoculações mecânicas e inoculações com as cigarrinhas vetoras Bucephalogonia xanthophis e Dilobopterus costalimai em plantas cítricas jovens mantidas em capacidade de campo e déficit hídrico em casa-de-vegetação; as plantas inoculadas mecanicamente foram avaliadas 5 meses após a data de inoculação, enquanto que as plantas inoculadas com insetos foram avaliadas 10 meses após a data de inoculação. Em condições naturais, foram observadas, 6 meses da data de inoculação, maiores taxas de sobrevivência de infecções iniciais de X. fastidiosa em plantas jovens inoculadas na época de inverno na ausência de estresse hídrico; no entanto, 12 meses da data de inoculação, as plantas inoculadas mantidas com e sem irrigação apresentavam médias populacionais bacterianas estatisticamente iguais. As plantas mantidas em casa-devegetação e inoculadas mecanicamente apresentaram resultados semelhantes àqueles obtidos 6 meses da data de inoculação em condições naturais; no caso da inoculação com cigarrinhas vetoras, foi detectada a presença da bactéria apenas em plantas em capacidade de campo. Estes resultados indicam que o déficit hídrico é um fator desfavorável para o estabelecimento de infecções primárias de X. fastidiosa em plantas cítricas jovens. Os resultados obtidos 12 meses após a inoculação mecânica em condições naturais, logo após a estação de chuva, indicam que, uma vez retirado o estresse hídrico, tal influência negativa deixa de existir e a bactéria readquire sua capacidade de infecção e colonização do hospedeiro. / In Brazil, about 38% of the citric trees of the São Paulo State are affected by the Citrus Variegated Chlorosis - CVC, causing annual losses of about 100 million dollars for the citrus industries. The causal agent of CVC is a gram-negative, fastidious bacterium inhabitant of the xylem vessels called Xylella fastidiosa. It is vectored by sharpshooter leafhoppers pertaining to family Cicadellidae and subfamily Cicadellinae. It was observed that young citrus plants, between 3 and 4 years of age, are more susceptible to CVC than adult plants. The disease is more severe in regions where additional stresses occur, such as high atmospheric demand (due to the increase of temperature and vapor pressure deficit) and water deficit in the soil. The physiological and chemical mechanisms that characterize the establishment of CVC within the host have not yet been totally understood, especially under conditions of stress. Therefore, studies that consider the interaction between seasons, water regime and the establishment of CVC in young plants are necessary in the elaboration of more efficient management programs. The survival of initial infections of X. fastidiosa in young citrus plants mechanically inoculated during the summer and winter, and kept in the field with and without irrigation, were evaluated 6, 12 and 18 months after mechanical inoculations. To analyze the influence of water regime separately, an experiment was carried through during the autumn (final of May and beginning of June) in a greenhouse. Young citrus plants kept in field capacity and water deficit were mechanically inoculated and inoculated with sharpshooter leafhoppers Bucephalogonia xanthophis and Dilobopterus costalimai. The mechanically inoculated plants were evaluated 5 months after the date of inoculation, whereas the plants inoculated with insect vectors were evaluated 10 months after the date of inoculation. In natural conditions, 6 months of the date of inoculation, higher survival rates of initial infections of of X. fastidiosa were detected in inoculated young plants during winter in the absence of water deficit; however, 12 months after inoculation, the young citrus plants kept with and without irrigation presented statistically equal bacterial population averages. The mechanically inoculated plants kept in the greenhouse presented similar results to those kept in natural conditions and analyzed 6 months after mechanical inoculation. In the case of inoculation with sharpshooter leafhoppers, the presence of the bacterium was detected only in plants kept in field capacity. The results demonstrate that the water deficit is unfavorable for the establishment of primary infections of X. fastidiosa in young citrus plants. The results obtained 12 months after mechanical inoculation in natural conditions, right after the rainy season, indicate that, once the water deficit is removed, its negative influence ceases to exist and the bacterium reacquires its capacity of infection and colonization of the host.
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Produção de mudas cítricas em viveiro: uso de substrato alternativo e inoculação com Xylella fastidiosa. / Production of citrus seedlings in nursery: use of alternative substratum and inoculation with Xylella fastidiosa.

Cabrera, Ronaldo Alberto Duenhas 20 May 2004 (has links)
Substratos alternativos têm sido usados para promover um melhor estabelecimento de plantas em viveiros, de forma a assegurar que plantas sadias sejam transferidas ao campo. No caso do Citrus spp. Esta preocupação é real pela possibilidade do campo poder apresentar um histórico de doenças na área, tal como a Clorose Variegada do Citros causada pela Xylella fastidiosa (X.f.). Este estudo avaliou a adição de vermicomposto a um substrato comercial e o desenvolvimento de plântulas de quatro variedades de citros inoculadas ou não com X.f. em condições de casa-de-vegetação, por um período de 450 dias. Medidas biométricas do crescimento da planta e o uso de indicadores do balanço nutricional usando o programa DRIS - Diagnosis and Recommendation Integrated System foram aplicadas em plantas de 9 meses de idade. As variáveis estudadas foram: substrato vermicomposto (100%, 50%, 0%) , variedade (Baia, Pêra, Natal e Escape) e inoculação (com ou sem X.f.) em um total de 24 tratamentos (variedade x substrato x inoculação), com seis repetições. Quanto ao desenvolvimento das plantas, avaliou-se o diâmetro do caule, a altura da planta, a produção de biomassas das raízes e partes aéreas, a taxa de infecção natural por fungos micorrízicos naturais do solo, a concentração de macro e micronutrientes na parte aérea. Quando se usou vermicomposto (100% or 50%), efeitos positivos foram observados nos parâmetros de desenvolvimento das plantas. Por outro lado, a infecção micorrízica e DRIS foram inversamente correlacionadas indicando estar ocorrendo um desbalanço nutricional neste estádio de desenvolvimento das plantas. Não foi observado um efeito significativo da inoculação com X.f. no desenvolvimento das plantas ou mesmo nos parâmetros biométricos, exceto para os teores foliares de nitrogênio e fósforo, onde nas plantas inoculadas o teor foliar de nitrogênio (1,46%) foi maior em relação às plantas não inoculadas (1,30%) e para fósforo ocorreu o oposto (0,32% e 0,40%, respectivamente). / Alternative substrates have being used for a better establishment of plants at nursery stages, thus ensuring that healthier plants will be transferred to the field. In the case of Citrus, this is a concern especially when there is a past history of diseases at field conditions, such as Citrus Variegated Chlorosis caused by Xylella fastidiosa (X.f.). This study evaluated the addition of vermicompost to a commercial substrate and the performance of seedlings of four citrus varieties inoculated or not with X. f. at greenhouse condition, for a period of 450 days. Biometric measurements of plant growth and nutritional balance indicators using DRIS - Diagnosis and Recommendation Integrated System were performed in 9 month-old plants. Mycorrhizal infection by native vesicular-arbuscular fungi was also evaluated in all plants. The studied variables were: vermicompost substrate (100%, 50%, 0%), variety (Baia, Pêra, Natal and Escape) and inoculation (with or without X.f.), in a total of 24 treatments (variety x substrate x inoculation) with 6 replicates each. Growth development evaluated stem diameter, plant height, shoot and root biomass accumulations, arbuscular mycorrhizal infection, and macro and micronutrient concentration in the shoot. When using vermicompost (100% or 50%), positive effects were observed in the plant growth parameters. On the other hand, mycorrhizal infection and DRIS were inversely correlated to the substrate addition, indicating that nutrient imbalances may be occurring at this plant growth stage. No significant effect of X.f. inoculation was observed on the plant growth and the biometric parameters studied, except for increased foliar nitrogen content - 1,46% for inoculated and 1,30% for uninoculated plants, and decreased foliar phosphorus content - 0,32% for inoculated and 0,40% for uninoculated plants.

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