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Incidência, caracterização genotípica e determinação da dinâmica de excreção dos poliomavírus humanos em amostras de urina de indivíduos saudáveis / Incidence, genotypic characterization and determination of the dynamics of excretion of human polyomavirus in urine samples of healthy individuals

Urbano, Paulo Roberto Palma 22 April 2013 (has links)
Os Poliomavírus JC e BK são os mais importantes integrantes da família Polyomaviridae, gênero Orthopolyomavirus, devido ao seu grau de patogenicidade no homem. O poliomavírus humano JC (JCV) foi isolado a partir de fragmento do cérebro de um paciente com linfoma de Hodgkin e leucoencefalopatia multifocal progressiva por Padgett e colaboradores. Já o poliomavírus humano BK foi isolado em 1971 por Gardner e colaboradores a partir da semeadura da urina de um paciente, submetido a transplante renal, em cultura de células da linhagem VERO Poucos são os dados sobre os poliomavírus humanos JC e BK em indivíduos sadios no mundo e no Brasil. Além disso, as formas de excreção e transmissão destes vírus ainda não estão completamente elucidadas. Este estudo teve como objetivos principais determinar a incidência, a dinâmica de excreção e a caracterização genotípica dos poliomavírus JC e BK em amostras sequenciais de urina de indivíduos sadios. Como objetivo secundário, foram analisados filogeneticamente os subtipos dos vírus encontrados. Foram incluídos 71 indivíduos de ambos os sexos, com idades variando entre 21 e 65 anos e destes foram coletadas amostras mensais de urina durante 6 meses. Todas as amostras do estudo foram submetidas a um teste de PCR em tempo real, que amplifica um fragmento do gene que codifica o antígeno T, e a um PCR convencional que amplifica um fragmento do gene da proteína VP1 do vírus. Ao final do período de 6 meses de acompanhamento a incidência de excreção urinária dos poliomavírus JCV e BKV na população estudada foi de 53,52% e 64,79% respectivamente. O perfil de excreção do JCV mostrou-se continuo em 42% dos casos , intermitente em 8% e esporádico em 50% dos casos. Analisando o perfil de excreção do BKV, em 80% dos casos mostrou-se esporádico, em 17% intermitente e em 3% dos casos contínuo. Posteriormente, as amostras positivas foram sequenciadas e analisadas filogeneticamente observando-se que os genótipos mais prevalentes do JCV foram o 1, subtipo 1B e 3, seguidos dos genótipos 1, subtipo 1A e 4. Com relação ao BKV, o genótipo 1, subtipo 1A foi o mais prevalente, seguido do 4 e do 1, subtipo 1B. / The Polyomavirus JC and BK are the most important members of Polyomaviridae family, genus Orthopolyomavirus, due to their degree of pathogenicity in humans. The human polyomavirus JC (JCV) was isolated from a fragment of the brain of a patient with Hodgkin\'s lymphoma and progressive multifocal leukoencephalopathy by Padgett et al. On the other hand the human polyomavirus BK was also isolated in 1971 by Gardner et al from the urine of a patient who underwent renal transplantation in VERO cell line. There are few data on human polyomavirus JC and BK in healthy individuals on the world and in Brazil. Moreover the forms of excretion and transmission of these viruses are not yet fully elucidated. This study aimed to determine the incidence, the dynamics of excretion, and the molecular characterization of polyomavirus JC and BK in serial samples of urine of healthy individuals. A secondary objective was to analyze phylogenetically the subtypes of the viruses found during the study. Were included 71 patients of both genders, aged from 21 to 65 yearsold. Urine samples were collected every month for six months. All samples in the study were screened by a real time PCR which amplifies a fragment of the T antigen gene, and to a conventional PCR that amplifies a fragment of the gene of VP1 protein of the virus. At the end of 6 months of follow-up, the incidence of urinary excretion of polyomaviruses BKV and JCV in the study population was 53.52% and 64.79% respectively The profile of excretion of JCV was continuous in 42% of cases, intermittent in 8% and sporadic in 50% of cases. The profile of excretion of BKV was shown to be sporadic in 80% of cases, intermittent in 17% and continuous in only 3% of cases. Subsequently, the positive samples were sequenced and analyzed phylogenetically showing that the more prevalent genotypes were JCV 1, subtype 1b and 3, followed by genotype 1, subtypes 1a and 4. Regarding the BKV genotype 1 subtype 1a was the most prevalent, followed by 4 and 1, subtype 1b.
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Investigação da reativação dos poliomavírus humanos JC e BK em pacientes com Esclerose Múltipla (EM) sob tratamento com Natalizumab e pacientes com EM sob outros tratamentos / Investigation of the reactivation of the human polyomavirus JC and BK in patients with Multiple Sclerosis (MS) under treatment with Natalizumab and in patients with MS under other treatments

Nali, Luiz Henrique da Silva 17 May 2013 (has links)
A Esclerose Múltipla (EM) é uma doença autoimune caracterizada por um processo neuroinflamatório com degeneração axonal progressiva. O medicamento Natalizumab (Biogen Idec, NC, USA) representa hoje um dos tratamentos mais promissores para EM. Entretanto, pacientes sob esse tratamento possuem maiores chances de desenvolver Leucoencefalopatia Multifocal Progressiva (LEMP), em decorrência de uma possível reativação do poliomavírus JC (VJC). Além do VJC, o poliomavírus BK (VBK) pode representar uma preocupação adicional para tais pacientes, uma vez que também apresenta capacidade de causar encefalopatias. Apesar do Natalizumab ser uma ótima ferramenta contra a EM, o fato de interagir de alguma maneira com os poliomavírus, em especial o VJC, impede que seja utilizado em larga escala. Dessa forma,o objetivo desse trabalho foi investigar os padrões de excreção e reativação dos VJC e VBK em pacientes com EM durante o tratamento com Natalizumab e comparar aos padrões observados em pacientes que se encontram sob outros tratamentos. Amostras seriadas de sangue e urina foram coletadas e submetidas a testes de biologia molecular para detecção do vírus e caracterização molecular. Foram analisados 97 pacientes em diferentes tempos de acompanhamento. Não foi observada presença de poliomavírus no sangue de nenhum dos indivíduos analisados. Entretanto, 36% excretavam poliomavírus na urina em pelo menos uma das coletas, sendo que 21,7% excretavam VJC, 9,3% excretavam VBK e 5,1% excretavam ambos os poliomavírus. Não foi observada diferença entre as taxas de excreção urinária de poliomavírus entre pacientes que tratavam com Natalizumab (38,9%) e pacientes que sob outros tratamentos (34,5%), sendo que para o Grupo Controle (GC); 21,3%, 8,2% e 4,9% excretavam VJC, VBK e ambos os vírus, respectivamente e para o grupo Grupo Natalizumab (GN) 22,2%, 11,1% e 5,6% excretavam VJC, VBK e ambos os vírus, respectivamente. As análises moleculares da Região Regulatória do VJC revelaram sequências de característica arquetípica. A reconstrução filogenética de sequências do gene VP1 do VJC revelou predominância do genótipo 3 e do genótipo 1 para o VBK. Não foi observada diferença estatística da carga viral do VJC e do VBK entre os dois grupos. Foi detectada uma mutação (E29G) na VP1 de uma paciente que apresentou alta carga viral do VJC. Do grupo GN, 14 apresentaram anticorpos para VJC, sendo que desses 58% apresentou excreção de VJC, 42% não apresentou excreção urinária, interessantemente uma paciente não apresentou anticorpos contra o VJC, mas apresentou excreção de VJC. Pode-se concluir principalmente que a detecção de anticorpos, concomitantemente com a investigação molecular do VJC poderá contribuir para uma melhor determinação da estratificação do risco de desenvolvimento de LEMP em indivíduos com EM sob tratamento com Natalizumab. / Multiple sclerosis (MS) is an autoimmune disease characterized by neuronal inflamatory process with progressive axonal degeneration. The drug Natalizumab (Biogen Idec, NC, USA) is today one of the most promising treatments for MS. However, patients undergoing this treatment have higher chances of developing progressive multifocal leukoencephalopathy (PML), due to a possible reactivation of the polyomavirus JC (VJC). Besides VJC, the BK polyomavirus (VBK) may represent an additional concern for such patients, since it also has ability to cause encephalopathies. Despite Natalizumab be a great tool against MS, the fact that drug some way may interact with polyomavirus, especially VJC, prevents it from being used on a large scale. Thus, aim of this study was to investigate the patterns of excretion and reactivation of VJC and VBK in MS patients during treatment with Natalizumab and compare the patterns observed in patients who are under other treatments. Serial blood samples and urine were collected and submitted to molecular biology tests for virus detection and molecular characterization. Ninety seven patients were analyzed at different follow-up times. There was no polyomavirus DNA in the blood of none subjects analyzed. However, 36% of patients excreted polyomavirus in the urine in at least one of the samples, of those 21.7%, 9.3% and 5.1% excreted VJC, VBK and both polyomavirus, respectively. No difference was observed between the rates of urinary excretion of polyomavirus patients treated with Natalizumab (38.9%) and patients treated with other drugs (34.5%), for the Control Group (GC); 21,3%, 8,2% and 4,9 shed VJC, VBK and both viruses, respectevely and for the Natalizumab Group (GN) 22,2%, 11,1% and 5,6% shed VJC, VBK and both viruses, respectvely. Molecular analysis of the Regulatory Region of VJC revealed sequences similar to the archetype form of VJC. A phylogenetic reconstruction of the VP1 gene sequences revealed VJC predominance of genotype 3 and genotype 1 for VBK. There was no statistical difference in the viral load VJC and VBK between the two groups. It was detected a mutation (E29G) in VP1 of a patient who had a high viral load VJC, however the mutation disappeared after a few months of monitoring. Fourteen patients of GN had antibodies to VJC, and of these 58% had excretion VJC, 42% showed no urinary excretion, interestingly one patient had no antibodies against VJC but showed excretion of VJC. It can be concluded that mostly anti-VJC antibodies detection, concurrently with the VJC molecular research may contribute to a better determination of risk stratification for development of PML in patients with MS undergoing treatment with Natalizumab.
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Incidência e caracterização de cistite hemorrágica em pacientes submetidos a transplante de células-tronco hematopoiéticas alogênico no Hospital de Clínicas de Porto Alegre

Amaral, Sheila Nogueira do January 2015 (has links)
Introdução: Cistite Hemorrágica (CH) é uma grave complicação do Transplante de Células-Tronco Hematopoiéticas (TCTH) Alogênico. Sua incidência varia de 12 a 25,5%. A forma precoce desenvolve-se devido aos efeitos tóxicos de certos quimioterápicos usados no regime de condicionamento, especialmente Ciclofosfamida. Já a CH tardia ocorre a partir do terceiro dia após o TCTH e sua etiologia é multifatorial. Vários fatores de risco para o desenvolvimento de CH tardia foram descritos, incluindo Doença do Enxerto Contra o Hospedeiro (DECH) aguda, doador não relacionado, infecções por vírus urotrópicos, sexo masculino e condicionamento mieloablativo. Materiais e Métodos: O presente estudo tem como objetivos descrever a incidência de CH em pacientes adultos e pediátricos submetidos a TCTH alogênico e identificar fatores de risco associados ao desenvolvimento de CH nesta população. Foram analisados dados de prontuário de 347 pacientes submetidos a TCTH Alogênico no Hospital de Clínicas de Porto Alegre no período de Janeiro de 2001 a Dezembro de 2014. Resultados: CH ocorreu em 42 pacientes (12,1%, IC: 8,9 - 16%), em uma média de 53.4 dias após o procedimento (desvio padrão: 28.1 dias). Apenas 1 paciente (2,4%) desenvolveu CH precoce, com início dos sintomas no D+1. Entre os 41 pacientes que desenvolveram CH tardia, BK vírus foi o principal agente viral identificado. CH ocorreu em 12.8% dos pacientes que receberam condicionamento mieloablativo e em 10.5% dos restantes (P = 0,704). Dos 197 pacientes que apresentaram DECH aguda, 35 (17,8%) desenvolveram CH e somente 7 (4,9%) apresentaram CH na ausência de DECH aguda (P < 0,001). CH foi mais frequente também em pacientes do sexo masculino (P = 0,027). Conclusão: A incidência de CH em nossa amostra foi semelhante à encontrada em outros trabalhos. DECH aguda e sexo masculino estiveram associados a um maior risco de desenvolvimento de CH. / Introduction: Hemorrhagic cystitis (HC) is a serious complication of Allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplantation (HSCT) afecting 12 to 25.5% of the patients. The early-onset form of HC develops during or until 72 hours after the conditioning regimen containing high doses of certain chemotherapy drugs such as Busulfan and especially Cyclophosphamide. Late-onset HC occurs from the third day on after HSCT and its etiology is multifactorial. Several risk factors for the late-onset form have been reported including graft-versus-host disease (GVHD), unrelated donor, urotropic infections, male gender and myeloblative conditioning regimen. Methods: This study aims to evaluate the incidence of HC in adult and pediatric patients undergoing Allogeneic HSCT and to identify risk factors associated with the development of HC in this population. Medical records of 347 patients who underwent Allogeneic HSCT at Hospital de Clínicas, Porto Alegre, Brazil, from January 2001 to December 2014 were analyzed. Results: HC occurred in 42 patients (12.1% CI: 8.9 - 16%) at an average of 53.4 days after the procedure (standard deviation: 28.1 days). Only one of them developed early-onset HC, with onset of symptoms on D+1. Among the 41 patients who developed late-onset HC, BKV was the main identified viral agent. HC developed in 12.8% of the patients treated with myeloablative conditioning and in 10.5% of the remaining patients (P = 0.704). Of the 197 patients with acute GVHD, 35 (17.8%) developed HC and only 7 (4.9%) showed HC in the absence of GVHD (P<0.001). HC was also more frequent in males than females (P = 0.027). Conclusion: The incidence of HC in our sample was similar to that found in other studies. In our cohort of patients being male and having acute GVHD increased the risk of developing HC.
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Incidência e caracterização de cistite hemorrágica em pacientes submetidos a transplante de células-tronco hematopoiéticas alogênico no Hospital de Clínicas de Porto Alegre

Amaral, Sheila Nogueira do January 2015 (has links)
Introdução: Cistite Hemorrágica (CH) é uma grave complicação do Transplante de Células-Tronco Hematopoiéticas (TCTH) Alogênico. Sua incidência varia de 12 a 25,5%. A forma precoce desenvolve-se devido aos efeitos tóxicos de certos quimioterápicos usados no regime de condicionamento, especialmente Ciclofosfamida. Já a CH tardia ocorre a partir do terceiro dia após o TCTH e sua etiologia é multifatorial. Vários fatores de risco para o desenvolvimento de CH tardia foram descritos, incluindo Doença do Enxerto Contra o Hospedeiro (DECH) aguda, doador não relacionado, infecções por vírus urotrópicos, sexo masculino e condicionamento mieloablativo. Materiais e Métodos: O presente estudo tem como objetivos descrever a incidência de CH em pacientes adultos e pediátricos submetidos a TCTH alogênico e identificar fatores de risco associados ao desenvolvimento de CH nesta população. Foram analisados dados de prontuário de 347 pacientes submetidos a TCTH Alogênico no Hospital de Clínicas de Porto Alegre no período de Janeiro de 2001 a Dezembro de 2014. Resultados: CH ocorreu em 42 pacientes (12,1%, IC: 8,9 - 16%), em uma média de 53.4 dias após o procedimento (desvio padrão: 28.1 dias). Apenas 1 paciente (2,4%) desenvolveu CH precoce, com início dos sintomas no D+1. Entre os 41 pacientes que desenvolveram CH tardia, BK vírus foi o principal agente viral identificado. CH ocorreu em 12.8% dos pacientes que receberam condicionamento mieloablativo e em 10.5% dos restantes (P = 0,704). Dos 197 pacientes que apresentaram DECH aguda, 35 (17,8%) desenvolveram CH e somente 7 (4,9%) apresentaram CH na ausência de DECH aguda (P < 0,001). CH foi mais frequente também em pacientes do sexo masculino (P = 0,027). Conclusão: A incidência de CH em nossa amostra foi semelhante à encontrada em outros trabalhos. DECH aguda e sexo masculino estiveram associados a um maior risco de desenvolvimento de CH. / Introduction: Hemorrhagic cystitis (HC) is a serious complication of Allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplantation (HSCT) afecting 12 to 25.5% of the patients. The early-onset form of HC develops during or until 72 hours after the conditioning regimen containing high doses of certain chemotherapy drugs such as Busulfan and especially Cyclophosphamide. Late-onset HC occurs from the third day on after HSCT and its etiology is multifactorial. Several risk factors for the late-onset form have been reported including graft-versus-host disease (GVHD), unrelated donor, urotropic infections, male gender and myeloblative conditioning regimen. Methods: This study aims to evaluate the incidence of HC in adult and pediatric patients undergoing Allogeneic HSCT and to identify risk factors associated with the development of HC in this population. Medical records of 347 patients who underwent Allogeneic HSCT at Hospital de Clínicas, Porto Alegre, Brazil, from January 2001 to December 2014 were analyzed. Results: HC occurred in 42 patients (12.1% CI: 8.9 - 16%) at an average of 53.4 days after the procedure (standard deviation: 28.1 days). Only one of them developed early-onset HC, with onset of symptoms on D+1. Among the 41 patients who developed late-onset HC, BKV was the main identified viral agent. HC developed in 12.8% of the patients treated with myeloablative conditioning and in 10.5% of the remaining patients (P = 0.704). Of the 197 patients with acute GVHD, 35 (17.8%) developed HC and only 7 (4.9%) showed HC in the absence of GVHD (P<0.001). HC was also more frequent in males than females (P = 0.027). Conclusion: The incidence of HC in our sample was similar to that found in other studies. In our cohort of patients being male and having acute GVHD increased the risk of developing HC.
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Incidência e caracterização de cistite hemorrágica em pacientes submetidos a transplante de células-tronco hematopoiéticas alogênico no Hospital de Clínicas de Porto Alegre

Amaral, Sheila Nogueira do January 2015 (has links)
Introdução: Cistite Hemorrágica (CH) é uma grave complicação do Transplante de Células-Tronco Hematopoiéticas (TCTH) Alogênico. Sua incidência varia de 12 a 25,5%. A forma precoce desenvolve-se devido aos efeitos tóxicos de certos quimioterápicos usados no regime de condicionamento, especialmente Ciclofosfamida. Já a CH tardia ocorre a partir do terceiro dia após o TCTH e sua etiologia é multifatorial. Vários fatores de risco para o desenvolvimento de CH tardia foram descritos, incluindo Doença do Enxerto Contra o Hospedeiro (DECH) aguda, doador não relacionado, infecções por vírus urotrópicos, sexo masculino e condicionamento mieloablativo. Materiais e Métodos: O presente estudo tem como objetivos descrever a incidência de CH em pacientes adultos e pediátricos submetidos a TCTH alogênico e identificar fatores de risco associados ao desenvolvimento de CH nesta população. Foram analisados dados de prontuário de 347 pacientes submetidos a TCTH Alogênico no Hospital de Clínicas de Porto Alegre no período de Janeiro de 2001 a Dezembro de 2014. Resultados: CH ocorreu em 42 pacientes (12,1%, IC: 8,9 - 16%), em uma média de 53.4 dias após o procedimento (desvio padrão: 28.1 dias). Apenas 1 paciente (2,4%) desenvolveu CH precoce, com início dos sintomas no D+1. Entre os 41 pacientes que desenvolveram CH tardia, BK vírus foi o principal agente viral identificado. CH ocorreu em 12.8% dos pacientes que receberam condicionamento mieloablativo e em 10.5% dos restantes (P = 0,704). Dos 197 pacientes que apresentaram DECH aguda, 35 (17,8%) desenvolveram CH e somente 7 (4,9%) apresentaram CH na ausência de DECH aguda (P < 0,001). CH foi mais frequente também em pacientes do sexo masculino (P = 0,027). Conclusão: A incidência de CH em nossa amostra foi semelhante à encontrada em outros trabalhos. DECH aguda e sexo masculino estiveram associados a um maior risco de desenvolvimento de CH. / Introduction: Hemorrhagic cystitis (HC) is a serious complication of Allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplantation (HSCT) afecting 12 to 25.5% of the patients. The early-onset form of HC develops during or until 72 hours after the conditioning regimen containing high doses of certain chemotherapy drugs such as Busulfan and especially Cyclophosphamide. Late-onset HC occurs from the third day on after HSCT and its etiology is multifactorial. Several risk factors for the late-onset form have been reported including graft-versus-host disease (GVHD), unrelated donor, urotropic infections, male gender and myeloblative conditioning regimen. Methods: This study aims to evaluate the incidence of HC in adult and pediatric patients undergoing Allogeneic HSCT and to identify risk factors associated with the development of HC in this population. Medical records of 347 patients who underwent Allogeneic HSCT at Hospital de Clínicas, Porto Alegre, Brazil, from January 2001 to December 2014 were analyzed. Results: HC occurred in 42 patients (12.1% CI: 8.9 - 16%) at an average of 53.4 days after the procedure (standard deviation: 28.1 days). Only one of them developed early-onset HC, with onset of symptoms on D+1. Among the 41 patients who developed late-onset HC, BKV was the main identified viral agent. HC developed in 12.8% of the patients treated with myeloablative conditioning and in 10.5% of the remaining patients (P = 0.704). Of the 197 patients with acute GVHD, 35 (17.8%) developed HC and only 7 (4.9%) showed HC in the absence of GVHD (P<0.001). HC was also more frequent in males than females (P = 0.027). Conclusion: The incidence of HC in our sample was similar to that found in other studies. In our cohort of patients being male and having acute GVHD increased the risk of developing HC.
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Incidência, caracterização genotípica e determinação da dinâmica de excreção dos poliomavírus humanos em amostras de urina de indivíduos saudáveis / Incidence, genotypic characterization and determination of the dynamics of excretion of human polyomavirus in urine samples of healthy individuals

Paulo Roberto Palma Urbano 22 April 2013 (has links)
Os Poliomavírus JC e BK são os mais importantes integrantes da família Polyomaviridae, gênero Orthopolyomavirus, devido ao seu grau de patogenicidade no homem. O poliomavírus humano JC (JCV) foi isolado a partir de fragmento do cérebro de um paciente com linfoma de Hodgkin e leucoencefalopatia multifocal progressiva por Padgett e colaboradores. Já o poliomavírus humano BK foi isolado em 1971 por Gardner e colaboradores a partir da semeadura da urina de um paciente, submetido a transplante renal, em cultura de células da linhagem VERO Poucos são os dados sobre os poliomavírus humanos JC e BK em indivíduos sadios no mundo e no Brasil. Além disso, as formas de excreção e transmissão destes vírus ainda não estão completamente elucidadas. Este estudo teve como objetivos principais determinar a incidência, a dinâmica de excreção e a caracterização genotípica dos poliomavírus JC e BK em amostras sequenciais de urina de indivíduos sadios. Como objetivo secundário, foram analisados filogeneticamente os subtipos dos vírus encontrados. Foram incluídos 71 indivíduos de ambos os sexos, com idades variando entre 21 e 65 anos e destes foram coletadas amostras mensais de urina durante 6 meses. Todas as amostras do estudo foram submetidas a um teste de PCR em tempo real, que amplifica um fragmento do gene que codifica o antígeno T, e a um PCR convencional que amplifica um fragmento do gene da proteína VP1 do vírus. Ao final do período de 6 meses de acompanhamento a incidência de excreção urinária dos poliomavírus JCV e BKV na população estudada foi de 53,52% e 64,79% respectivamente. O perfil de excreção do JCV mostrou-se continuo em 42% dos casos , intermitente em 8% e esporádico em 50% dos casos. Analisando o perfil de excreção do BKV, em 80% dos casos mostrou-se esporádico, em 17% intermitente e em 3% dos casos contínuo. Posteriormente, as amostras positivas foram sequenciadas e analisadas filogeneticamente observando-se que os genótipos mais prevalentes do JCV foram o 1, subtipo 1B e 3, seguidos dos genótipos 1, subtipo 1A e 4. Com relação ao BKV, o genótipo 1, subtipo 1A foi o mais prevalente, seguido do 4 e do 1, subtipo 1B. / The Polyomavirus JC and BK are the most important members of Polyomaviridae family, genus Orthopolyomavirus, due to their degree of pathogenicity in humans. The human polyomavirus JC (JCV) was isolated from a fragment of the brain of a patient with Hodgkin\'s lymphoma and progressive multifocal leukoencephalopathy by Padgett et al. On the other hand the human polyomavirus BK was also isolated in 1971 by Gardner et al from the urine of a patient who underwent renal transplantation in VERO cell line. There are few data on human polyomavirus JC and BK in healthy individuals on the world and in Brazil. Moreover the forms of excretion and transmission of these viruses are not yet fully elucidated. This study aimed to determine the incidence, the dynamics of excretion, and the molecular characterization of polyomavirus JC and BK in serial samples of urine of healthy individuals. A secondary objective was to analyze phylogenetically the subtypes of the viruses found during the study. Were included 71 patients of both genders, aged from 21 to 65 yearsold. Urine samples were collected every month for six months. All samples in the study were screened by a real time PCR which amplifies a fragment of the T antigen gene, and to a conventional PCR that amplifies a fragment of the gene of VP1 protein of the virus. At the end of 6 months of follow-up, the incidence of urinary excretion of polyomaviruses BKV and JCV in the study population was 53.52% and 64.79% respectively The profile of excretion of JCV was continuous in 42% of cases, intermittent in 8% and sporadic in 50% of cases. The profile of excretion of BKV was shown to be sporadic in 80% of cases, intermittent in 17% and continuous in only 3% of cases. Subsequently, the positive samples were sequenced and analyzed phylogenetically showing that the more prevalent genotypes were JCV 1, subtype 1b and 3, followed by genotype 1, subtypes 1a and 4. Regarding the BKV genotype 1 subtype 1a was the most prevalent, followed by 4 and 1, subtype 1b.
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Investigação da reativação dos poliomavírus humanos JC e BK em pacientes com Esclerose Múltipla (EM) sob tratamento com Natalizumab e pacientes com EM sob outros tratamentos / Investigation of the reactivation of the human polyomavirus JC and BK in patients with Multiple Sclerosis (MS) under treatment with Natalizumab and in patients with MS under other treatments

Luiz Henrique da Silva Nali 17 May 2013 (has links)
A Esclerose Múltipla (EM) é uma doença autoimune caracterizada por um processo neuroinflamatório com degeneração axonal progressiva. O medicamento Natalizumab (Biogen Idec, NC, USA) representa hoje um dos tratamentos mais promissores para EM. Entretanto, pacientes sob esse tratamento possuem maiores chances de desenvolver Leucoencefalopatia Multifocal Progressiva (LEMP), em decorrência de uma possível reativação do poliomavírus JC (VJC). Além do VJC, o poliomavírus BK (VBK) pode representar uma preocupação adicional para tais pacientes, uma vez que também apresenta capacidade de causar encefalopatias. Apesar do Natalizumab ser uma ótima ferramenta contra a EM, o fato de interagir de alguma maneira com os poliomavírus, em especial o VJC, impede que seja utilizado em larga escala. Dessa forma,o objetivo desse trabalho foi investigar os padrões de excreção e reativação dos VJC e VBK em pacientes com EM durante o tratamento com Natalizumab e comparar aos padrões observados em pacientes que se encontram sob outros tratamentos. Amostras seriadas de sangue e urina foram coletadas e submetidas a testes de biologia molecular para detecção do vírus e caracterização molecular. Foram analisados 97 pacientes em diferentes tempos de acompanhamento. Não foi observada presença de poliomavírus no sangue de nenhum dos indivíduos analisados. Entretanto, 36% excretavam poliomavírus na urina em pelo menos uma das coletas, sendo que 21,7% excretavam VJC, 9,3% excretavam VBK e 5,1% excretavam ambos os poliomavírus. Não foi observada diferença entre as taxas de excreção urinária de poliomavírus entre pacientes que tratavam com Natalizumab (38,9%) e pacientes que sob outros tratamentos (34,5%), sendo que para o Grupo Controle (GC); 21,3%, 8,2% e 4,9% excretavam VJC, VBK e ambos os vírus, respectivamente e para o grupo Grupo Natalizumab (GN) 22,2%, 11,1% e 5,6% excretavam VJC, VBK e ambos os vírus, respectivamente. As análises moleculares da Região Regulatória do VJC revelaram sequências de característica arquetípica. A reconstrução filogenética de sequências do gene VP1 do VJC revelou predominância do genótipo 3 e do genótipo 1 para o VBK. Não foi observada diferença estatística da carga viral do VJC e do VBK entre os dois grupos. Foi detectada uma mutação (E29G) na VP1 de uma paciente que apresentou alta carga viral do VJC. Do grupo GN, 14 apresentaram anticorpos para VJC, sendo que desses 58% apresentou excreção de VJC, 42% não apresentou excreção urinária, interessantemente uma paciente não apresentou anticorpos contra o VJC, mas apresentou excreção de VJC. Pode-se concluir principalmente que a detecção de anticorpos, concomitantemente com a investigação molecular do VJC poderá contribuir para uma melhor determinação da estratificação do risco de desenvolvimento de LEMP em indivíduos com EM sob tratamento com Natalizumab. / Multiple sclerosis (MS) is an autoimmune disease characterized by neuronal inflamatory process with progressive axonal degeneration. The drug Natalizumab (Biogen Idec, NC, USA) is today one of the most promising treatments for MS. However, patients undergoing this treatment have higher chances of developing progressive multifocal leukoencephalopathy (PML), due to a possible reactivation of the polyomavirus JC (VJC). Besides VJC, the BK polyomavirus (VBK) may represent an additional concern for such patients, since it also has ability to cause encephalopathies. Despite Natalizumab be a great tool against MS, the fact that drug some way may interact with polyomavirus, especially VJC, prevents it from being used on a large scale. Thus, aim of this study was to investigate the patterns of excretion and reactivation of VJC and VBK in MS patients during treatment with Natalizumab and compare the patterns observed in patients who are under other treatments. Serial blood samples and urine were collected and submitted to molecular biology tests for virus detection and molecular characterization. Ninety seven patients were analyzed at different follow-up times. There was no polyomavirus DNA in the blood of none subjects analyzed. However, 36% of patients excreted polyomavirus in the urine in at least one of the samples, of those 21.7%, 9.3% and 5.1% excreted VJC, VBK and both polyomavirus, respectively. No difference was observed between the rates of urinary excretion of polyomavirus patients treated with Natalizumab (38.9%) and patients treated with other drugs (34.5%), for the Control Group (GC); 21,3%, 8,2% and 4,9 shed VJC, VBK and both viruses, respectevely and for the Natalizumab Group (GN) 22,2%, 11,1% and 5,6% shed VJC, VBK and both viruses, respectvely. Molecular analysis of the Regulatory Region of VJC revealed sequences similar to the archetype form of VJC. A phylogenetic reconstruction of the VP1 gene sequences revealed VJC predominance of genotype 3 and genotype 1 for VBK. There was no statistical difference in the viral load VJC and VBK between the two groups. It was detected a mutation (E29G) in VP1 of a patient who had a high viral load VJC, however the mutation disappeared after a few months of monitoring. Fourteen patients of GN had antibodies to VJC, and of these 58% had excretion VJC, 42% showed no urinary excretion, interestingly one patient had no antibodies against VJC but showed excretion of VJC. It can be concluded that mostly anti-VJC antibodies detection, concurrently with the VJC molecular research may contribute to a better determination of risk stratification for development of PML in patients with MS undergoing treatment with Natalizumab.
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Analýza protilátkové odpovědi u BK virové infekce / Analysis of antibody response during BK virus infection

Tomanová, Tereza January 2019 (has links)
BK virus is a human polyomavirus which is highly prevalent in the population. The virus is usually not very dangerous to its host, but it may cause complicati- ons in immunosuppressed patients. These complications commonly appear after kidney transplantation because BK virus persists in kidney epithelial cells. There are four subtypes of BK virus and it might be clinically important to screen for the identity of subtypes in matched pairs of donors and recipients of the kidney. This determination of the subtype specific antibodies by simple test could help to manage complications after the surgery. During previous project the ELISA test that could serologically differentiate between two main BK virus subtypes (I and IV) was designed, but its development is complicated by the fact that there is a strong cross-reactivity between the BK virus subtypes and antibodies. The modification of antigen towards better specificity might be required to succeed. Consequently, the main aim of this diploma thesis was to map important spots of major capsid protein VP1 of BK virus, particulary in EF and DE loops, which could participate in binding of antibodies. This aim was addressed by targeted mutagenesis of the gene coding VP1 protein in the region of the respective loop. Nucleotides coding two surface aminoacids...
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Analýza protilátkové odpovědi u BK virové infekce / Analysis of antibody response during BK virus infection

Tomanová, Tereza January 2019 (has links)
BK virus is a human polyomavirus which is highly prevalent in the population. The virus is usually not very dangerous to its host, but it may cause complicati- ons in immunosuppressed patients. These complications commonly appear after kidney transplantation because BK virus persists in kidney epithelial cells. There are four subtypes of BK virus and it might be clinically important to screen for the identity of subtypes in matched pairs of donors and recipients of the kidney. This determination of the subtype specific antibodies by simple test could help to manage complications after the surgery. During previous project the ELISA test that could serologically differentiate between two main BK virus subtypes (I and IV) was designed, but its development is complicated by the fact that there is a strong cross-reactivity between the BK virus subtypes and antibodies. The modification of antigen towards better specificity might be required to succeed. Consequently, the main aim of this diploma thesis was to map important spots of major capsid protein VP1 of BK virus, particulary in EF and DE loops, which could participate in binding of antibodies. This aim was addressed by targeted mutagenesis of the gene coding VP1 protein in the region of the respective loop. Nucleotides coding two surface aminoacids...
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Příprava polyomavirových nanostruktur pro diagnostiku BK virových infekcí / Preparation of polyomaviral nanostructures for diagnostics of BK virus infections

Sekavová, Alžběta January 2017 (has links)
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