Originally presented as the author's thesis, Laval. / Bibliography: p. [229]-232.

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Proefschrift--Leyden. / "Stellingen": [2] leaves inserted. Bibliography: p. 145-153.

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O gado zebu (Bos indicus) é predominante em todo o mundo. Atualmente, no Brasil, o rebanho de bovinos e zebuínos é composto por aproximadamente 170 milhões de indivíduos, no qual, 80% são zebuínos ou animais de raças cruzadas com zebu. O principal objetivo deste estudo foi determinar a possibilidade da utilização de marcadores moleculares de bovinos na identificação genética de zebuínos. A confirmação desta possibilidade seria de extrema valia, já que a quantidade de informações sobre o genoma zebuíno é limitada e metodologias específicas de identificação de marcadores genéticos para raças zebuínas são raras. Assim, o DNA de 65 zebus, de 4 raças diferentes (Gir, Tabapuã, Nelore e Brahman), foi extraído a partir de sangue aplicado em papel filtro, utilizando o “kit” DNA IQTM SYSTEM (Promega®). Após a extração de DNA, foi feito um PCR Multiplex utilizando o “kit” StockMarks® (Applied Biosystems®), o qual amplifica um total de 11 loci (BM1824, BM2113, ETH10, ETH225, ETH3, INRA023, SPS115, TGLA122, TGLA126, TGLA227 e TGLA53). Os fragmentos gerados pela PCR foram analisados por eletroforese capilar utilizando o analisador genético ABI Prism 3100 (Applied Biosystems®) e o programa GeneScan® v.3.7 (Applied Biosystems®). A freqüência dos marcadores e os índices de variabilidade genética foram calculados utilizando o programa Microsatellite Toolkit v.3.1 e o equilíbrio de Hardy-Weinberg foi determinado através do programa GENEPOP v.3.4. Através destas técnicas foi possível demonstrar que os marcadores moleculares utilizados para identificação genética de bovinos podem também ser utilizados para a realização da técnica de identificação genética de zebuínos Além disso, foi possível demonstrar a freqüência alélica na população de zebuínos analisada como um todo, assim como foi determinada a freqüência alélica para os diferentes marcadores moleculares dentro das 4 raças estudas. Considerando o total de 100 diferentes alelos identificados entre os 11 STR (Short Tandem Repeats) analisados, foi possível observar que a heterozigosidade esperada (He) foi relativamente alta na população analisada, assim como na análise por raça. Estes dados indicam alto grau de diversidade genética nas diferentes raças. Neste sentido, a raça Brahman apresentou a menor diversidade (0,60) e a raça Tabapuã, a maior (0,69). Contudo, estudos complementares são necessários, a fim de confirmar as freqüências alélicas estabelecidas, uma vez que os resultados encontrados no presente trabalho referem-se a um número relativamente pequeno de zebuínos, quando comparados com o total de zebus encontrados no rebanho brasileiro.

O gado zebu (Bos indicus) é predominante em todo o mundo. Atualmente, no Brasil, o rebanho de bovinos e zebuínos é composto por aproximadamente 170 milhões de indivíduos, no qual, 80% são zebuínos ou animais de raças cruzadas com zebu. O principal objetivo deste estudo foi determinar a possibilidade da utilização de marcadores moleculares de bovinos na identificação genética de zebuínos. A confirmação desta possibilidade seria de extrema valia, já que a quantidade de informações sobre o genoma zebuíno é limitada e metodologias específicas de identificação de marcadores genéticos para raças zebuínas são raras. Assim, o DNA de 65 zebus, de 4 raças diferentes (Gir, Tabapuã, Nelore e Brahman), foi extraído a partir de sangue aplicado em papel filtro, utilizando o “kit” DNA IQTM SYSTEM (Promega®). Após a extração de DNA, foi feito um PCR Multiplex utilizando o “kit” StockMarks® (Applied Biosystems®), o qual amplifica um total de 11 loci (BM1824, BM2113, ETH10, ETH225, ETH3, INRA023, SPS115, TGLA122, TGLA126, TGLA227 e TGLA53). Os fragmentos gerados pela PCR foram analisados por eletroforese capilar utilizando o analisador genético ABI Prism 3100 (Applied Biosystems®) e o programa GeneScan® v.3.7 (Applied Biosystems®). A freqüência dos marcadores e os índices de variabilidade genética foram calculados utilizando o programa Microsatellite Toolkit v.3.1 e o equilíbrio de Hardy-Weinberg foi determinado através do programa GENEPOP v.3.4. Através destas técnicas foi possível demonstrar que os marcadores moleculares utilizados para identificação genética de bovinos podem também ser utilizados para a realização da técnica de identificação genética de zebuínos Além disso, foi possível demonstrar a freqüência alélica na população de zebuínos analisada como um todo, assim como foi determinada a freqüência alélica para os diferentes marcadores moleculares dentro das 4 raças estudas. Considerando o total de 100 diferentes alelos identificados entre os 11 STR (Short Tandem Repeats) analisados, foi possível observar que a heterozigosidade esperada (He) foi relativamente alta na população analisada, assim como na análise por raça. Estes dados indicam alto grau de diversidade genética nas diferentes raças. Neste sentido, a raça Brahman apresentou a menor diversidade (0,60) e a raça Tabapuã, a maior (0,69). Contudo, estudos complementares são necessários, a fim de confirmar as freqüências alélicas estabelecidas, uma vez que os resultados encontrados no presente trabalho referem-se a um número relativamente pequeno de zebuínos, quando comparados com o total de zebus encontrados no rebanho brasileiro.

O gado zebu (Bos indicus) é predominante em todo o mundo. Atualmente, no Brasil, o rebanho de bovinos e zebuínos é composto por aproximadamente 170 milhões de indivíduos, no qual, 80% são zebuínos ou animais de raças cruzadas com zebu. O principal objetivo deste estudo foi determinar a possibilidade da utilização de marcadores moleculares de bovinos na identificação genética de zebuínos. A confirmação desta possibilidade seria de extrema valia, já que a quantidade de informações sobre o genoma zebuíno é limitada e metodologias específicas de identificação de marcadores genéticos para raças zebuínas são raras. Assim, o DNA de 65 zebus, de 4 raças diferentes (Gir, Tabapuã, Nelore e Brahman), foi extraído a partir de sangue aplicado em papel filtro, utilizando o “kit” DNA IQTM SYSTEM (Promega®). Após a extração de DNA, foi feito um PCR Multiplex utilizando o “kit” StockMarks® (Applied Biosystems®), o qual amplifica um total de 11 loci (BM1824, BM2113, ETH10, ETH225, ETH3, INRA023, SPS115, TGLA122, TGLA126, TGLA227 e TGLA53). Os fragmentos gerados pela PCR foram analisados por eletroforese capilar utilizando o analisador genético ABI Prism 3100 (Applied Biosystems®) e o programa GeneScan® v.3.7 (Applied Biosystems®). A freqüência dos marcadores e os índices de variabilidade genética foram calculados utilizando o programa Microsatellite Toolkit v.3.1 e o equilíbrio de Hardy-Weinberg foi determinado através do programa GENEPOP v.3.4. Através destas técnicas foi possível demonstrar que os marcadores moleculares utilizados para identificação genética de bovinos podem também ser utilizados para a realização da técnica de identificação genética de zebuínos Além disso, foi possível demonstrar a freqüência alélica na população de zebuínos analisada como um todo, assim como foi determinada a freqüência alélica para os diferentes marcadores moleculares dentro das 4 raças estudas. Considerando o total de 100 diferentes alelos identificados entre os 11 STR (Short Tandem Repeats) analisados, foi possível observar que a heterozigosidade esperada (He) foi relativamente alta na população analisada, assim como na análise por raça. Estes dados indicam alto grau de diversidade genética nas diferentes raças. Neste sentido, a raça Brahman apresentou a menor diversidade (0,60) e a raça Tabapuã, a maior (0,69). Contudo, estudos complementares são necessários, a fim de confirmar as freqüências alélicas estabelecidas, uma vez que os resultados encontrados no presente trabalho referem-se a um número relativamente pequeno de zebuínos, quando comparados com o total de zebus encontrados no rebanho brasileiro.

Submitted by ADNAN DARIN PEREIRA RODRIGUES null (adnan_vet_@hotmail.com) on 2017-01-11T19:03:06Z No. of bitstreams: 1 Tese Adnan final.pdf: 1685730 bytes, checksum: 40de998620c394242f975108ad983b4d (MD5) / Rejected by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: O arquivo submetido está sem a ficha catalográfica. O arquivo submetido não contém o certificado de aprovação. A versão submetida por você é considerada a versão final da dissertação/tese, portanto não poderá ocorrer qualquer alteração em seu conteúdo após a aprovação. Corrija estas informações e realize uma nova submissão com o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2017-01-12T17:01:13Z (GMT) / Submitted by ADNAN DARIN PEREIRA RODRIGUES null (adnan_vet_@hotmail.com) on 2017-01-13T22:57:11Z No. of bitstreams: 1 Tese Adnan final.pdf: 1752926 bytes, checksum: 70ff15036b7f0b3068bdbdf3049b5df6 (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-01-17T16:05:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 rodrigues_adp_dr_bot.pdf: 1752926 bytes, checksum: 70ff15036b7f0b3068bdbdf3049b5df6 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-17T16:05:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 rodrigues_adp_dr_bot.pdf: 1752926 bytes, checksum: 70ff15036b7f0b3068bdbdf3049b5df6 (MD5) Previous issue date: 2016-12-12 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O objetivo dessa tese foi avaliar o desempenho reprodutivo de novilhas Bos indicus (BI) e Bos taurus x Bos indicus (CR) submetidas a protocolos de sincronização da ovulação. No Capitulo 2, novilhas BI e CR púberes e pré-púberes foram submetidas a estratégia reprodutiva proposta por Rodrigues et al. (2014) e um grupo de novilhas púberes foram sincronizadas com o protocolo de IATF padrão. No Capítulo 3, novilhas BI e CR foram submetidas a estratégia reprodutiva aos 12 meses de idade. No Capítulo 4, foi avaliado o efeito da concentração circulante de P4 no Dia 9 do protocolo de IATF e tratamento com eCG em novilhas BI e CR. No experimento do Capítulo 2 uma maior porcentagem de novilhas BI estavam pré-púberes no início do experimento comparadas as novilhas do grupo CR. A taxa de indução não foi diferente entre novilhas BI e novilhas CR. A raça interferiu na prenhez à IATF na Fazenda 1, mas não interferiu na Fazenda 2. Novilhas que não responderam ao protocolo de indução tiveram menor taxa de prenhez à IATF em relação aos demais grupos experimentais. No experimento do Capítulo 3, a presença de CL no D0 não diferiu entre os grupos genéticos. Animais mais pesados apresentaram maior presença de CL, independentemente de raça. Houve efeito de CL no D0 na taxa de prenhez à IATF. Não foi detectada interação entre presença de CL e raça na prenhez, sendo que novilhas BI tiveram menor P/IA do que as novilhas CR. Houve interação entre peso e CL no D0 na P/IA, sendo que em novilhas com CL no D0 o peso não interferiu na probabilidade de prenhez, entretanto para animais sem CL quanto maior peso corporal, maior a probabilidade de prenhez. No experimento do Capítulo 4, a concentração de progesterona no Dia 9 com maior especificidade e sensibilidade para taxa de prenhez foi 2,03 ng/mL. O diâmetro folicular no Dia 9 foi maior para novilhas CR do que para novilha BI e para BAIXA P4 comparado a ALTA P4. O diâmetro folicular no Dia 11 tendeu a ser maior para a BAIXA P4 do que ALTA P4. A probabilidade de prenhez foi negativamente associada à concentração de P4 no Dia 9. A taxa de ovulação foi maior para o tratamento eCG comparado ao Controle. Novilhas CR tiveram maior taxa de concepção e maior taxa de prenhez do que novilhas BI. Novilhas do grupo BAIXA P4 tiveram maiores taxas de concepção e prenhez do que ALTA P4. Conclui-se que é possível induzir a primeira ovulação em novilhas pré-púberes Bos indicus e Bos taurus x Bos indicus, e realizar o protocolo de IATF logo após a indução, sendo que o protocolo apresenta bons resultados em novilhas de 12 a 27 meses de idade, desde que atendidas as exigências nutricionais. / The aim of this dissertation was to evaluated the reproductive performance of Bos indicus (BI) and Bos taurus x Bos indicus heifers submitted to a synchronization of ovulation protocol. In Chapter 2, pubertal and prepubertal BI and CR heifers were submitted to the reproductive program proposed by Rodrigues et al. (2014) and a group of pubertal heifers were synchronized with the standard TAI protocol. In Chapter 3, pubertal and prepubertal BI and CR heifers were submitted to the reproductive program at the age of 12 months. In Chapter 4, was evaluated the effects of progesterone concentration at Day 9 of the TAI protocol and treatment with eCG in BI and CR heifers. In the experiment of Chapter 2 a greater number of BI heifers were pubertal at the beginning of the experimental period than CR heifers. The induction rate did not differ between BI and CR heifers. Breed of the heifers impacted pregnancy rate to TAI in Farm 1, but not in Farm 2. Heifers that did not respond to the induction protocol had lower pregnancy rate when compared to the others experimental groups. In the experiment of Chapter 3, the CL presence on D0 did not differ between breeds. Independent of the genetic group heavier heifers were more likely to have a CL on D0. There was an effect of CL presence at D0 on P/AI vs. Without CL. The interaction between CL presence on D0 and genetic group did not affect P/AI, and BI heifers had lower P/AI in comparison to CR heifers. An interaction between CL presence on D0 x weight was detected for P/AI. In heifers with CL, the weight did not have effect on P/AI; however, in heifers without CL, heavier heifers were more likely to become pregnant. In the experiment of Chapter 4, the progesterone concentration that has more sensibility and specify for pregnancy at Day 9 was 2.03 ng/mL. Follicle diameter at D9 was greater for CR heifers than BI heifers and in Low P4 compared to High P4. The follicle diameter at D11 tended to be greater for Low P4 than High P4. Probability of pregnancy was negatively associated with P4 level at Day 9. Ovulation rate was greater for eCG compared to Control. Crossbred heifers had greater conception rate and greater pregnancy rate than BI. LOW P4 heifers have greater conception and pregnancy rate than HIGH P4. In conclusion, it is possible to induce first ovulation in BI and CR heifers followed by the TAI protocol with satisfactory pregnancy rates in heifers from 12 to 27 months old, after puberty induction, if the nutritional requirements are achieved. / FAPESP: 2014/05270-9

Reproductive, maternal and weight traits were analyzed for Angus (A), Brahman (B), Hereford (H), and Nellore (N) straightbred cows; F1 NA; 3/8N 5/8A cows; and four breed composite cows (BANH) at the McGregor Research Station in Central Texas. Heterosis was estimated for calf crop born (CCB) (n = 1,698), calf crop weaned (CCW) (n = 1,698), calf survival (CS) (n = 1,388), birth weight (BW) (n = 1380), weaning weight (WW) (n = 1,198), and cow weight at palpation (PWT) (n = 1,929) by linear contrasts for cow breed and cow breed group. F1 NA and the quarter breed composite BANH dam group expressed significant (P < 0.0001) heterosis for calf crop born and calf crop weaned. The 3/8 N 5/8 Aa produced by matings of 3/4 A 1/4 N bulls to NA dams expressed significantly more heterosis for CCB (P < 0.0001) and CCW (P < 0.01), while the 3/8 N 5/8 Ac dams expressed less heterosis than predicted from the dominance model for both traits. For CS the 3/8 N 5/8 Aa expressed the same amount of heterosis as predicted from the dominance model of 0.05, while the 3/8 N 5/8 Ab and 3/8 N 5/8 Ac dams expressed less heterosis than predictions based on the dominance model. Heterosis estimates were only significantly higher (P < 0.10) for BANHb dams than expectations from the dominance model. For BW all the BANH cows expressed significant heterosis except for the BANH2 cows which expressed significant (P < 0.05) negative heterosis of -0.96 kg. Calves out of F1 NA cows were heaviest at weaning with 239 kg. All BANH cows expressed significant (P < 0.0001) heterosis for weaning weight except for the BANHc cows. These heterosis estimates were higher than those expected from the dominance model for BANHb and BANH2 cows, while the heterosis estimate was slightly lower in BANHa cows and similar for BANHc cows. All 3/8 N 5/8 A cows expressed less heterosis for WW than prediction from the dominance model. Nellore cows were the heaviest at four years of age with 542 kg. Only the BANHb and BANHc cows expressed significant (P < 0.05) heterosis for PWT. None of the 3/8 N 5/8 A cows expressed heterosis for cow weight at palpation. Results from this study showed that heterosis levels expressed by the different crossbred cow types were generally equal or higher to those predicted by the dominance model.

O objetivo deste estudo foi avaliar a dinâmica folicular ovariana, a concentração circulante de progesterona (P4) e a expressão hepática de genes (AKR1C4, AKR1D1, CYP3A4, CYP2C19, SRD5A1, SRD5A3) relacionados ao metabolismo de P4 durante protocolo de sincronização para IATF em novilhas Nelore (n = 16) e Holandesas (n = 16) submetidas a alto (ACMS) e baixo (BCMS) consumo de matéria seca/energia de acordo com o (NRC, 2001). O experimento foi realizado em arranjo fatorial 2 x 2 e delineamento cross-over. A dieta experimental foi fornecida por um período de 34 dias. Os animais foram pré-sincronizados com duas aplicações de cloprostenol sódico (500 &micro;g,i.m. PGF2&#945;, Sincrocio&reg, Ourofino Agronegócio), com intervalo de 12 dias (D -24 e D-12). Duas doses adicionais de PGF2&#945; (18 e 12 h) foram administradas antes da inserção do dispositivo (D0). No D0, os animais receberam um dispositivo intravaginal de P4 (CIDR&reg, Zoetis, Brasil), 2 mg i.m. de benzoato de estradiol (BE, Sincrodiol&reg, Ourofino Agronegócio) e mais uma dose de PGF2&#945;. Após 8 dias, o dispositivo de P4 foi retirado e 24 h após foi administrado i.m. 1 mg de BE. Foram realizados exames ultrassonográficos a cada 24h durante o período de permanência do dispositivo de P4, a cada 12h da retirada do dispositivo até a ovulação, e no D14 e D17 para mensurar o volume do corpo lúteo (CL). Foram realizadas coletas de sangue diárias do D0 ao D10. Uma única réplica foi realizada para biópsia hepática, que foi feita 48 h após a inserção de dispositivo de P4 (D2). Para os dados de dinâmica folicular e concentrações hormonais, os resultados foram analisados pelo PROC MIXED, e para os dados de expressão gênica pelo PROC GLIMMIX do SAS 9.3, e apresentados como média &#177; EPM. O número de folículos recrutados foi maior em novilhas Nelore que Holandesas (42,1 &#177; 3,4 vs. 23,5 &#177; 3,3, P &lt; 0,001). Entretanto, não se verificou efeito da dieta no número de folículos recrutados (ACMS = 33,7 &#177; 3,3 vs. BCMS = 31,9 &#177; 3,3; P = 0,62). O diâmetro máximo do folículo dominante (mm) foi maior em novilhas Holandesas que novilhas Nelore (14,5 &#177; 0,4 vs. 13,0 &#177; 0,4, P = 0,009); e em animais com ACMS, que com BCMS (14,8 &#177; 0,4 vs. 12,7 &#177; 0,4; P &#61; 0,0004). Ainda, novilhas Holandesas apresentaram maior volume do CL (mm3) que novilhas Nelore (6195 &#177; 427 vs. 3507 &#177; 461; P &lt; 0,0001). Novilhas submetidas à BCMS apresentaram maior concentração plasmática de P4 ao longo do protocolo que novilhas submetidas à ACMS (P &lt; 0,05), sendo isto mais evidente em novilhas Nelore (raça &#42; dieta, P = 0,05). Novilhas Holandesas tiveram maior expressão de mRNA para SRD5A1, AKR1C4 e AKR1D1 (P &lt; 0,05), que novilhas Nelore. Entretanto, a expressão de mRNA para CYP3A4 foi maior em novilhas Nelore que Holandesas (P &lt; 0,0001). A expressão de mRNA para AKR1D1 foi maior em novilhas submetidas à ACMS comparada à BCMS (P &#61; 0,004), e a expressão de mRNA para AKR1C4 foi maior em novilhas sob BCMS comparada à ACMS (P &#61; 0,01). Os dados são indicativos de que pode existir característica inerente à raça e à dieta quanto à metabolização de P4, resposta folicular e modulação na expressão de genes envolvidos com a metabolização de P4 em fêmeas bovinas submetidas ao protocolo de sincronização da ovulação com dispositivo intravaginal de P4. / The objective of this study was to evaluate the circulating progesterone (P4) concentration, ovarian follicular dynamics, and liver-gene expression of genes (CYP2C19, CYP3A4, SRD5A1, SRD5A3, AKR1C4, AKR1D1) associated to P4 metabolism in Nelore (n &#61; 16) and Holstein (n &#61; 16) heifers, kept in high (HDM) or low (LDM) dry matter intake according NRC (2001) during a timed AI protocol. The experiment was performed in a cross-over factorial 2 x 2 design. The experimental diet was fed for a period of 34 days. Heifers were presynchronized with two prostaglandin treatments (500 &micro;g,i.m. PGF2&#945;, Sincrocio&reg;, Ourofino Agronegócio) given 12 days apart (D-14 e D-12). Two further PGF2&#945; treatments were also performed 18 and 12 h before device insertion (D0). At the beginning of the synchronization protocol (D0), all heifers received an intravaginal P4 device (CIDR&reg;, Zoetis, Brazil), 2 mg i.m. of estradiol benzoate (BE, Sincrodiol&reg, Ourofino Agronegócio) and a PGF2&#945; treatment. Eight days later, the P4 device was removed and 1 mg of BE was applied i.m. 24h later. Ultrasound exams took place at every 24h throughout the P4 device insertion period, at 12h intervals from device removal to ovulation, and again on D14 and D17 to measure corpus luteum (CL) volume. Daily blood sampling was performed from D0 to D10. A single liver biopsy was done 48 h after P4 device insertion (D2). The PROC MIXED procedure was used to analyze data from follicular dynamics and hormonal profiles, and gene expression records were analyzed by the PROC GLIMMIX of SAS 9.3. Results are presented as mean &#177; SEM. The number of recruited follicles was greater in Nelore than in Holstein heifers (42.1 &#177; 3.4 vs. 23.5 &#177; 3.3, P &lt; 0.001). The diameter of the dominant follicle (mm) was greater in Holstein than in Nelore heifers (14.5 &#177; 0.4 vs. 13.0 &#177; 0.4, P = 0.009) and also for HDM heifers than for LDM (14.8 &#177; 0.4 vs. 12.7 &#177; 0.4; P = 0.0004). In addition, Holstein heifers had greater CL volume (mm3) than Nelore (6195 &#177; 427 vs. 3507 &#177; 461; P &lt; 0.0001). Heifers submitted to BCMS have greater concentrations of P4 during the protocol that heifers submitted to ACMS (P &lt; 0.05), and this is most evident in Nelore heifers (breed &#42; diet, P &lt; 0,05). Holstein heifers had greater mRNA expression of SRD5A1, AKR1C4 and AKR1D1 (P &lt; 0.05) than Nelore heifers. The mRNA expression of the gene CYP3A4 was greater though in Nelore compared Holsteins (P &lt; 0.0001). Furthermore, the mRNA expression of AKR1D1 was greater in heifers on HDM than in LDM (P = 0.004). In contrast, the mRNA expression of AKR1C4 was more expressed in heifers on LDM compared to HDM (P = 0.01). In conclusion, these results suggest that both cattle breed as well as level of dry matter intake can alter P4 metabolism, follicular dynamics and gene expression in heifers supplemented with exogenous P4 during synchronization programs.