Initialement exclu des domaines couverts par le Traité de Rome, le transport maritime a fait l’objet en 1992 de mesures permettant l’accès des armateurs de l’Union à la libre prestation de service sur les lignes intérieures des États membres. Néanmoins, l’espace maritime européen n’a pas de consistance juridique : il n’est composé que de la juxtaposition des espaces reconnus par le droit international comme la mer territoriale de chaque État membre. Au-delà de cette limite, la mer est internationale. L’Union, au fil des élargissements, a perdu sa configuration continentale pour intégrer un nombre croissant d’îles ce qui accentue l’importance des transports maritimes pour la libre circulation des personnes et des marchandises au sein du marché intérieur. En outre, la situation géographique, économique et démographique de ces îles est hétérogène : quelques habitants dans les Orcades, plusieurs millions en Sicile ... Malgré la diversité des territoires insulaires, de la mer du nord à la mer Egée, les conditions de mise en oeuvre de la libre prestation de service de transport maritime par le règlement du Conseil n° 3577/92 (cabotage) sont identiques en dépits de la réalité contrastée des marchés concernés. Pourtant, les mesures adoptées par l’Union, au regard des conditions d’attribution des aides relatives aux missions de service public vers les îles, notamment dans le cadre d’un SIEG, ont des effets restrictifs tant sur les conditions de concurrence entre les armateurs que sur les échanges commerciaux entre les États membres. Malgré l’incompatibilité des aides aux entreprises, le Traité FUE ménage des dérogations dont la Commission peut jouer. Dans le secteur maritime les aides compatibles avec le Traité FUE concernent notamment la construction navale, la sécurité, la formation des équipages. Une distinction doit être opérée entre ces aides sectorielles et les aides individuelles concernent les transports de ligne. Lorsqu’ils sont corrélés à des contrats de service et, où, à des obligations de service public établis sur des trajets prédéterminés, les dispositifs d’aide agissent comme des barrières non tarifaires aux échanges qui structurent les circulations maritimes et impactent le fonctionnement du marché intérieur en influant sur l’origine nationale des marchandises destinées aux consommateurs insulaires. La Commission, sous le contrôle de la Cour, analyse les marchés et la compatibilité des aides en anticipant leurs effets. Cependant, cette activité prédictive la conduit à influencer les marchés maritimes. L’étude de la pratique décisionnelle de la Commission en matière d’aide au transport maritime montre qu’elle utilise une analyse ligne par ligne qui restreint le marché géographique. Ayant établi en 2005, et renouvelé en 2011, l’exemption de notification des compensations de service public et pratiquant des analyses insuffisantes des marchés maritimes, la Commission se prive de contrôler les conditions réelles de la circulation maritime de marchandise. Cependant, si la Commission exempte de notification la majeure part des aides au profit des SIEG de transport maritime, et si ses analyses des marchés sont insuffisantes, c’est in fine la capacité du juge de l’Union à arbitrer entre l’intérêt général des États membres et l’intérêt commun de l’Union qui, compte tenu du principe du contrôle restreint applicable en matière de faits économiques complexes, est remise en cause. / Initially excluded from areas covered by the Treaty of Rome, maritime transport has been in 1992 the subject of measures allowing shipowners to access to the freedom to provide services on domestic routes in the Member States. Nevertheless, the European maritime area has no legal consistency: it is only composed of the juxtaposition of areas recognised by international law as the territorial sea of each Member State. Beyond this limit, the sea is international. Over the course of enlargements, the Union has lost its continental configuration to integrate a growing number of islands, which highlights the importance of maritime transport for the free movement of people and goods within the internal market. In addition, the geographic, economic and demographic situation of these islands is heterogeneous: some people are living in Orkney, millions of others are living in Sicily... Despite the diversity of island territories from the North Sea to the Aegean Sea, the conditions for the implementation of the freedom to provide maritime transport service by Council Regulation No 3577/92 (cabotage) are identical, despite the multifaceted reality of the concerned markets. However, the measures adopted by the Union, based on the conditions for the allocation of the aid in connection with public service missions to the islands, particularly in the context of an SGEI, have restrictive effects both on the conditions for competition between shipowners, and on trade exchange between the Member States. Despite the inconsistency of State aid with companies, the Treaty on the Functioning of the European Union (TFEU) allows derogations on which the Commission can play. In the maritime sector, the aid compatible with the TFEU is about shipbuilding, safety, crew training, amongst others. A distinction must be made between these sectoral aid and individual aid as regards transport line. When correlated with service contracts or with public service obligations established on predetermined paths, the aid system acts as a non-tariff barriers to trade, which structure maritime traffic and impact the functioning of the market by influencing national origin of goods for consumers living in island regions. The Commission, under the control of the Court, analyses the markets and the compatibility of aid by anticipating their effects. However, the predictive activity leads the Commission to influence maritime markets. An analysis of the decisions taken by the Commission on aid to maritime transport shows that it uses a line by line analysis which brings a restriction on the geographic market. Having established in 2005 and renewed in 2011 the exemption from notification of public service compensation, and having practiced insufficient analysis of the maritime market, the Commission denies controlling the real conditions of maritime traffic goods. However, if the Commission exempts from notification the main part of aid in favor of SGEI shipping, and if its market analyses are insufficient, it is ultimately the ability of the EU Courts to arbitrate between the public interest of the Member States and the common interests of the Union, which, based on the principle of limited control applicable to the complex economic facts, is questioned.