En 1996, la FAO a reconnu le rôle des agriculteurs dans la construction des ressources génétiques. Dans ce contexte, l'objectif général du projet PLANTADIV, dans lequel s'inscrit cette thèse, est d'appréhender comment les facteurs anthropiques et biologiques interagissent et façonnent la diversité génétique des plantes cultivées dans le bassin du lac Tchad. Dans cette région, les populations ont mis au point une innovation agricole originale : l'utilisation en contre-saison de terres argileuses inondées pour repiquer du sorgho. Les variétés de sorgho repiqué sont capables de puiser dans les réserves hydriques du sol pour accomplir leur cycle végétatif en saison sèche sans autre apport d'eau. Le sorgho repiqué connaît un large développement dans la région depuis la moitié du XXe siècle. Le projet de thèse se focalise sur l'estimation de la diversité génétique des sorghos repiqués et sur les mécanismes biologiques et génétiques qui ont pu contribuer à sa structuration intra et inter variétale. Nous avons également entrepris de retracer l'histoire évolutive des sorghos repiqués en nous appuyant essentiellement sur des outils de génétique des populations pour discuter les hypothèses géographiques et historiques existantes. Cette étude a mis en évidence qu'au moins deux événements de dessaisonalisation avaient eu lieu à partir de sorghos pluviaux provenant de deux groupes génétiques différents. Les sorghos repiqués sont plus différenciés que les sorghos pluviaux. Ceci peut s'expliquer en partie par les pratiques paysannes : les sorghos pluviaux sont échangés plutôt via les amis, la famille et les voisins, alors que les sorghos repiqués le sont plutôt via les marchés. De par les nombreux échanges de semence entre les différentes populations humaines dans cette région, l'étude phylogénétique n'a pas permis de mettre en évidence le(s) lieu(x) d'origine de dessaisonalisation.La seconde partie de ce travail a été consacré à la biologie de la reproduction du sorgho repiqué. Les méthodes de calcul indirectes et directes ont montrées que le sorgho repiqué est, comme le sorgho pluvial, préférentiellement autofécondé. Le taux moyen chez le sorgho repiqué est cependant plus faible (1,8%) que pour le sorgho pluvial (12%). De même, les variations d'allofécondation entre des panicules d'un même type nommé semblent plus faibles que pour le sorgho pluvial. La dernière partie de la thèse est consacrée aux impacts des pratiques agricoles sur la structuration de la diversité génétique des sorghos repiqués à une échelle locale. Les analyses génétiques ont montré, que ce soit pour le village de Djongdong ou celui de Bouzar, situés à l'extrême Nord du Cameroun, que pour un agriculteur donné, chaque type nommé correspond à une entité génétique. De plus, un même morphotype chez différents agriculteurs correspond aussi à une entité génétique. Les modes de gestion des semences et les pratiques culturales ont été analysés, elles influencent peu la structuration de la diversité génétique du sorgho repiqué. / In 1996, FAO has recognized the role of farmers in building and managing genetic resources. This work is part of the project PLANTADIV which main objective is to understand how biological and anthropogenic factors interact and shape diversity of cultivated plants in the Lake Chad Basin. In this region, people have developed an original agricultural innovation: the use in dry-season of flooded clay soils for transplanting sorghum. Transplanted sorghum varieties are able to tap into soil moisture reserves to complete their growth cycle in the dry-season without any water supply. Transplanted sorghum cultivation undertook a large development in the region since the middle of the XX century.The thesis project focuses on the estimation of the genetic diversity of planted sorghum and on biological and genetic mechanisms that may have contributed to its structuration both within and between landraces. We also undertook to trace the evolutionary history of planted sorghum by relying primarily on population genetics approaches to elaborate over geographical and historical hypotheses.This study revealed that at least two events of deseasonalization occurred from rain- sorghum pools from two different genetic groups. Differentiation of dry-season sorghum is stronger than that of rain-sorghum. This may be partially due to social practices: rainy sorghum are mainly exchanged through friends, families and neighbors as planted sorghum seeds are often obtain from markets. Extensive seed exchange between different human populations across the region may have blurred the geographical pattern of the genetic diversity, not allowing us to identify potential sites for deseasonalization.The second part of this work is devoted to the reproductive biology of dry-season sorghum. Direct and indirect estimation methods have shown that dry-season sorghum is, as rain sorghum, preferably selfing. Average level of out crossing is nevertheless lower in dry-season sorghum (1.8%) than it is in rain-sorghum (12%). Within landraces, variations are also smaller for dry-season sorghum than for rain-sorghum.The last part of the thesis is devoted to the impacts of agricultural practices on the structure of the genetic diversity of dry-season sorghum at a local scale. Genetic analyzes have shown that in both studied villages of Djongdong and Bouzar, located in the extreme north of Cameroon, each landrace named by a farmer corresponds to a genetic entity. In addition, the same morphological type among different farmers corresponds to a genetic entity. Modes of seed management and cultural practices were analyzed; they seem to have little influence on the structure of the genetic diversity of dry-season sorghum.

La forte croissance démographique (~3%.an-1) observée au cours des dernières décennies en Afrique subsaharienne a engendré la conversion de grandes étendues de savane arborée en cultures pluviales ou irriguées et la diminution de la durée des jachères. Afin de déterminer l'impact de tels changements d'usage du sol sur la recharge des nappes phréatiques, la zone non saturée a été investiguée pendant trois ans (2009-2011) pour deux régions du Niger (sud-ouest et sud-est) aux conditions climatiques et géomorphologiques différentes.Une approche expérimentale in-situ a tout d'abord permis de caractériser qualitativement les propriétés de la zone non saturée et les flux hydriques associés (profondeur 0-10 m) pour les principaux usages du sol : savane naturelle ; jachère ; culture pluviale de mil ; et culture irriguée de poivron. Des profils granulométriques et de résistivité électrique apparente ont été réalisés et des suivis temporels de la teneur en eau et du potentiel matriciel du sol ont été mis en place. A partir des résultats et de la synthèse des données ainsi recueillies, deux analyses détaillées ont été proposées.Afin de quantifier le différentiel de recharge diffuse entre une jachère à Guiera senegalensis et une culture pluviale de mil (Pennisetum sp.) au sud-ouest Niger, une modélisation à base physique via le code Hydrus-1D a été appliquée. Dans un premier temps, une inversion basée sur la méthode GLUE a permis d'établir les densités de probabilité pour les paramètres hydrodynamiques de la zone non saturée ; dans un second temps, des simulations pluriannuelles (2 × 100 ans) du drainage profond (0-10 m) lors d'une transition jachère-mil ont été réalisées. Il a ainsi été montré que l'expansion des surfaces cultivées en mil pourrait se traduire par une augmentation du drainage profond, de 20 à 25 mm.an-1 après un délai de 35 à 60 ans.Afin d'étudier les conséquences des mises en culture pluviales et irriguées sur le potentiel de salinisation des sols et des eaux souterraines au sud-est Niger, les concentrations en ions majeurs dissous dans l'eau des pores de la zone non saturée ont été mesurées, puis comparées à la composition géochimique des apports d'eau associés (pluie, eau d'irrigation). Il a été ainsi mis en évidence que la mise en culture pluviale a un effet négligeable sur la qualité des eaux interstitielles et souterraines tandis que l'irrigation est associée à un enrichissement de l'eau de la zone non saturée en solutés qui pourrait induire, à terme, une salinisation de la nappe par lessivage des sols devenus salins/sodiques. / In semiarid sub-Saharan Africa, the rapid population growth (~3%.yr-1) during the past few decades has resulted in land clearing and large-scale conversion from savannah and fallow to rainfed or irrigation crop fields. The traditional duration of fallow has been also shortened. In order to estimate the impact of these land use changes on groundwater recharge, the vadose zone was investigated during three years (2009-2011) for two regions located in Niger (south-west and south-east).A qualitative analysis was first carried out for identifying vadose zone properties and for characterizing the corresponding water fluxes (0-10 m depth) for the main land use types: natural savannah; fallow; rainfed millet crop; and irrigated sweet pepper crop. Grain size and electrical resistivity profiles were established and soil water content and matric potential were monitored. Based on the results of this analysis, two more detailed investigations were performed.In southwestern Niger, in order to estimate changes in diffuse recharge from a fallow with Guiera senegalensis to a rainfed millet crop (Pennisetum sp.), a physically-based modeling with Hydrus-1D code was completed. Probability density functions were first built for the soil hydraulic parameters based on the GLUE approach; then, deep drainage (0-10 m depth) was simulated for a 2 × 100 year time-period including a fallow-millet conversion. It was shown that the increase in millet crop areas could result in an increase in deep drainage from 20 to 25 mm.yr-1 after a delay of 35 to 60 years.In southeastern Niger, in order to assess the impact of rainfed and irrigated cropping development on soil and groundwater salinization, major ion concentrations in pore water of the vadose zone were measured and compared with the geochemical composition of water inputs (rainfall, irrigation). It was shown that rainfed cropping does not affect soil water and groundwater quality whereas irrigation results in an increase of solutes concentrations in soil pore water, which could lead to a groundwater salinization at mid-term through soil leaching.

La thèse porte sur le voyage et les voyageurs dans le bassin du Tchad. Il s'agit de comprendre les différentes mobilités des populations à travers la région ainsi que leurs motivations. Les visites familiales constituent le premier motif du voyage autour desquelles se greffent d'autres motivations. Toutefois à travers cette mobilité incessante polarisée sur la famille dans sa pratique comme dans ses représentations, apparait un besoin de loisir et de tourisme d'une classe moyenne en émergence. Ce besoin de loisir s'exprime également par les pratiques d'expatriés qui sont d'autant différentes de celles de touristes non résidents. Les deux explorent et valorisent par leur présence les sites touristes de la région. Quelles que soient leurs motivations. Cette mobilité a une influence sur l'espace : celui du voyage et celui du loisir. Elle est empreinte de risque, d'abord à travers la perception d'une région ayant connu un conflit récurrent mais aussi par le vécu lorsque le véhicule circule sur une route qui n'existe que de nom. Ce risque est différemment apprécié par les voyageurs occidentaux et africains qui soit l'intègrent dans leur voyage et la pratique de l'espace en dépend, soit par fatalité l'acceptent sans trop y penser. Le tourisme en Afrique n'est pas seulement les chiffres de fréquentation mais aussi les différentes attitudes des populations à son égard marquées à la fois par l'indifférence, voire la méfiance ou l'intérêt. Le développement touristique inégal des pays africains en découle.

La thèse porte sur le voyage et les voyageurs dans le bassin du Tchad. Il s'agit de comprendre les différentes mobilités des populations à travers la région ainsi que leurs motivations. Les visites familiales constituent le premier motif du voyage autour desquelles se greffent d'autres motivations. Toutefois à travers cette mobilité incessante polarisée sur la famille dans sa pratique comme dans ses représentations, apparait un besoin de loisir et de tourisme d'une classe moyenne en émergence. Ce besoin de loisir s'exprime également par les pratiques d'expatriés qui sont d'autant différentes de celles de touristes non résidents. Les deux explorent et valorisent par leur présence les sites touristes de la région. Quelles que soient leurs motivations. Cette mobilité a une influence sur l'espace : celui du voyage et celui du loisir. Elle est empreinte de risque, d'abord à travers la perception d'une région ayant connu un conflit récurrent mais aussi par le vécu lorsque le véhicule circule sur une route qui n'existe que de nom. Ce risque est différemment apprécié par les voyageurs occidentaux et africains qui soit l'intègrent dans leur voyage et la pratique de l'espace en dépend, soit par fatalité l'acceptent sans trop y penser. Le tourisme en Afrique n'est pas seulement les chiffres de fréquentation mais aussi les différentes attitudes des populations à son égard marquées à la fois par l'indifférence, voire la méfiance ou l'intérêt. Le développement touristique inégal des pays africains en découle. / This thesis is about travelers and traveling in the basin of Chad. It helps understand people's motivations of traveling and their different movements throughout the region. Familial visits constitute their main motivation to travel. Besides it, there are other motivations. Anyway, through this ceaseless movement around family through its practice and representations, there is a tourism and leisure need for an emerging middle class. This need for leisure is also expressed through foreigners' practices which seem to be quite different from that of non resident tourists. Both, they explore and value touristic sites of the region by their presence. Whatever their motivations. This mobility has an impact on the environment: that of traveling and leisure. It is marked with risk, first, through the perception of a region which has undergone recurrent conflicts but also by the real life while traveling on a non existing road. This risk is differently appreciated by African and European travelers who either integrate it in their travel and the practices of the environment depends or accept it by fatality without thinking. Tourism in Africa is not only the number of people practicing it but also both, different attitudes of populations marked by a lack of concern, a mistrust or interest towards it. Unequal touristic development of African countries comes from it.

Le bassin endoréique du lac Tchad (BLT) couvre 2,5 millions de km2 au centre de la zone sahélienne. Le lac Tchad agit comme un amplificateur des variations climatiques sur le BLT tandis que le système aquifère multicouche contient d'importantes ressources en eau. La réponse hydro(géo)logique du BLT aux variations du climat est étudiée par un couplage entre traceurs géochimiques et modélisation. Un bilan hydrologique, chimique et isotopique permet de distinguer les flux d'évaporation, de transpiration et d'infiltration à la surface du lac. La transpiration, jusqu'alors négligée, contribue à environ 15% de l'ET. La dynamique du chlore dans le BLT suggère un temps de transfert dans le bassin amont autour de 10 ans, un renouvellement rapide des eaux du lac et une infiltration de 200 mm an-1. Le couplage d'un modèle pluie-débit (GR2M) et du modèle de lac, forcé par des simulations paléoclimatiques de GCM sur le dernier millénaire, montre la difficulté de la comparaison modèle-données dans les reconstitutions paléohydrologiques. La cartographie de la recharge moderne de l'aquifère quaternaire est obtenue par l'interprétation des teneurs en 36Cl thermonucléaire dans les eaux. Une recharge récente, proche des eaux de surface, est mise en évidence dans 60% de l'aquifère quaternaire et la reprise évaporatoire actuelle en bord du lac Tchad est évaluée entre 85 et 98%. Les eaux géochimiquement contrastées des dépressions piézométriques ne signent pas de recharge actuelle. La composition géochimique propre aux eaux du CT suggère un temps de résidence supérieur à 300 000 ans. Ces données originales pourraient servir à mieux contraindre la paléorecharge en zone sahélienne. / Lake Chad Basin (LCB) is a 2.5 billion km2 closed drainage basin, in the center of Africa. Lake Chad enhances the climatic variations over the LCB while the multi-layers aquifer system contains large water resources. The hydro(geo)logical response of the LCB to climatic variability is studied by combining geochemical and modeling approaches. The lake Chad levels modeling, calibrated from hydrological, chemical and isotopic data, allows to disentangle evaporation from transpiration and from infiltration. Transpiration, neglected in previous studies, accounts for 15% of the total ET. From the chlorine dynamic in the LCB, a transit time of 10 yr in the upper basin, a short renewal rate of lake waters and their infiltration toward the aquifer are estimated. GCM paleoclimatic simulations over the last millennium were introduced into a rainfall-runoff model (GR2M) and the lake level model. It shows the difficulty to reconcile lake level records from paleohydrological modeling. The detection of thermonuclear 36Cl together with stable isotopic composition of groundwaters allow to draw the present-day recharge distribution in the Quaternary aquifer. Present-day recharge occurs close to surface waters in 60% of the groundwater sampled and an evaporation between 85 and 98% of waters in the surrounding of Lake Chad is estimated. Groundwaters with a contrasted geochemical signature are stored in the center of the piezometric depressions, suggesting no present-day recharge. The deep waters of the CT, with water ages of 300 000 yr, show geochemical patterns indicative of an old and humid recharge period. These original data give new insights into paleorecharge in the Sahelian band.

Boko Haram est un groupe terroriste dont l’épicentre se situe au nord du Nigéria. Ce groupe qui avait au départ comme activité la dénonciation des tares de la société nigériane a plongé dans actions de terrorisme à partir de 2009 suite à la répression militaire de l’armée nigériane. Face à la difficulté du Nigéria de contenir Boko Haram, ce groupe s’est régionalisé, faisant ainsi ressortir les problèmes de coopération sécuritaire régionale dans le Bassin du Lac Tchad et au-delà. Malgré l’application de ces mécanismes régionaux de sécurité, Boko Haram a continué ses activités avec un bilan lourd : plus de 30 000 morts en sept années de conflit armé, plus 1.5 million de réfugiés et déplacés, 4.2 millions de personnes en situation d’insécurité alimentaire et sanitaire. Ceci nous amène à qualifier Boko Haram comme étant un des groupes terroristes islamistes les plus féroces des temps contemporains. En s’appuyant sur des ressources documentaires, ce mémoire vise à expliquer pourquoi les mécanismes régionaux de sécurité n’ont pas permis d’endiguer la menace Boko Haram. Ma démonstration se base sur deux arguments : tout d’abord, l’absence de leadership dans la lutte contre Boko Haram, manifesté par l’attitude du Nigéria au niveau régional et le manque d’intérêt du Tchad, a causé une difficulté d’alliance régionale. Le second argument stipule que la multiplication des organisations régionales dans le Bassin du Lac Tchad a créé des difficultés de coordination entre elles et des problèmes de monopole institutionnel empêchant à ces organisations d’agir efficacement contre le groupe terroriste Boko Haram. / Boko Haram is a terrorist group from northern Nigeria. This group promoting the application of Sharia in northern Nigeria, became a terrorist group in 2009 after military repression by the Nigerian state. With the inability of the Nigerian army to contain this terrorist threat, Boko Haram increased its activities around the Lake Chad Basin and beyond. During several years of Boko Haram's atrocities, one of the most important problems comes from the failure of regional security mechanisms to stem this group. Despite the implementation of these regional security mechanisms, Boko Haram remains a serious threat that has taken a heavy toll: more than 20,000 deaths in seven years of armed conflict, more than 1.5 million refugees and displaced persons, 4.2 million facing health problems and food insecurity. This leads us to consider Boko Haram one of the most ferocious Islamist terrorist groups in modern times. Using resources such as books, scientific articles, newspapers, governments and NGO reports and documents published by international organizations, this thesis seeks to explain why the regional security mechanisms failed to contain Boko Haram. I focus on two arguments: first, the lack of leadership in the fight against Boko Haram, manifested by Nigeria's regional attitude and the lack of interest of Chad, led to the failure of collective action against the Boko Haram phenomenon. Then, the second argument states that the multiplication of regional organizations in the Lake Chad Basin created difficulties of coordination between them and problems of institutional monopoly, preventing these organizations from acting effectively against the terrorist group Boko Haram.