Submitted by DOUGLAS DE CASTRO AGOSTINHO null (douglas_c_agostinho@hotmail.com) on 2017-03-07T20:51:41Z No. of bitstreams: 1 tese (final).pdf: 2822739 bytes, checksum: 990e18e900efd974bfd4b2cd1d404619 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2017-03-10T19:08:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 agostinho_dc_dr_sjrp.pdf: 2822739 bytes, checksum: 990e18e900efd974bfd4b2cd1d404619 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-10T19:08:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 agostinho_dc_dr_sjrp.pdf: 2822739 bytes, checksum: 990e18e900efd974bfd4b2cd1d404619 (MD5) Previous issue date: 2017-02-14 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A seção Virescentia do gênero Batrachospermum corresponde a espécies com aparência esverdeada e verticilos bem desenvolvidos, carposporófitos grandes produzidos isoladamente ou em pares e inseridos no eixo principal, ramos carpogoniais retos e curtos originados das células pericentrais ou células fasciculares proximais, e carpogônio com tricogínios alongados e pedicelados. O presente estudo teve como objetivo inferir as relações filogenéticas, bem como os limites de variação intra e interespecífico das espécies da seção Virescentia com base na análise morfológica e molecular, utilizando caracteres diagnósticos atualmente aceitos e dois marcadores moleculares: gene plastidial que codifica a subunidade grande da RUBISCO (rbcL – 1.282 pares de base, pb) e as regiões de “barcode” (664 pb) e “mini-barcode” (246 pb) do gene mitocondrial que codifica a subunidade 1 da citocromo c oxidase (cox1). Foram analisadas amostras provenientes das regiões biogeográficas neotropical, neártica e paleártica, além de exsicatas dos espécimes-tipo da seção provenientes do Herbário PC (Paris, França) e exsicatas de espécimes do Brasil e Japão. Análises baseadas nas sequências de rbcL, cox1 e “mini-barcode” foram congruentes, indicando níveis de divergência suficientes para distinguir espécies dentro da seção. Análises moleculares revelaram a seção Virescentia como monofilética e evidenciaram clados bem definidos, com nítida repartição biogeográfica e associados a uma divergência relativamente alta nas sequências entre estes grupos, o que sugere que as amostras das diferentes regiões do globo correspondem a, pelo menos, cinco espécies distintas: B. viride-brasiliense, B. vogesiacum, B. helminthosum, Batrachospermum sp.1 e Batrachospermum sp.2. O exame dos tipos nomenclaturais, bem como de amostras críticas na história do grupo, permitiu reconhecer dez espécies para a seção Virescentia com base em caracteres morfológicos diagnósticos e distribuição biogeográfica: B. bakarense, B. crispatum, B. gombakense, B. gulbenkianum, B. transtaganum, B. helminthosum, B. viride-brasiliense, B. vogesiacum, Batrachospermum sp.1 e Batrachospermum sp.2.

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Made available in DSpace on 2015-09-17T15:24:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-11-14. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:47:39Z : No. of bitstreams: 1 000845681_20151210.pdf: 189961 bytes, checksum: 626ba3afd7d4464a91e4d466ac13aa2d (MD5) Bitstreams deleted on 2015-12-11T11:22:36Z: 000845681_20151210.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-11T11:23:15Z : No. of bitstreams: 1 000845681.pdf: 755600 bytes, checksum: c43874dde055a455b691f7d4b7308f0d (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A seção Setacea foi reconhecida como grupo monofilético na revisão recente da ordem Batrachospermales. Porém, seu status taxonômico não pode ser determinado, porque posicionou-se dentro do grupo denominado Australasica, composto por táxons da Austrália e Nova Zelândia. Estudos anteriores combinando dados moleculares e morfológicos enfocaram apenas as relações filogenéticas entre os grupos maiores (gêneros ou seções) e abordagens visando avaliar o número de espécies só foram iniciadas muito recentemente e são ainda escassas e baseadas em poucas amostras. Dessa maneira, as seguintes hipóteses foram testadas neste estudo: 1) a seção Setacea do gênero Batrachospermum constitui grupo monofilético dentro da ordem Batrachospermales; o reconhecimento desse grupo associado ao fato de Batrachospermum ser parafilético poderá resultar na elevação desta seção para um nível superior (possivelmente um gênero); 2) as espécies atualmente reconhecidas na seção com base em caracteres morfológicos serão confirmadas pelos dados moleculares; além dessas espécies, outras (particularmente espécies crípticas) deverão ser encontradas e reconhecidas dentro da seção. Este estudo teve como objetivos: 1) inferir as relações filogenéticas da seção Setacea com os outros grupos (gêneros e seções) da ordem Batrachospermales, bem como os limites de variação inter e intra-específica das espécies dentro da seção, com base na análise das sequências do gene rbcL e da região de barcode do gene cox1; 2) elaborar estudo de revisão para a seção Setacea por meio da reavaliação dos caracteres taxonômicos diagnósticos para espécies deste grupo, à luz dos novos dados moleculares. Foram analisadas 15 amostras, sendo 13 provenientes das regiões sul e sudeste do Brasil, uma do Japão e outra da Espanha. Os espécimes foram coletados em águas com temperaturas baixas a moderadas, ligeiramente ácidas a neutras, agitadas.. / Section Setacea of the genus Batrachospermum was recognized as a monophyletic group in a recent revision of the order Batrachospermales. However, its taxonomic status was not clearly determined because it was positioned within a group named Australasica composed by taxa from Australia and New Zealand. Previous studies combining molecular and morphological data focused only on the phylogenetic relationships among the major groups (genera or sections), whereas approches aiming to evaluate the number of species were initiated just recently and are still scarce and poorly sampled. Based on this background, the following hypotheses were tested in this study: 1) the section Setacea represents a monophyletic group within the order Batrachospermales; the recognition of the group associated to the fact that the genus Batrachospermum is paraphyletic could result in the raising of the section to a higher taxonomic level (possibly genus); 2) the species presently recognized in the section based on morphological characters will be confirmed by molecular evidence; in addition, other species (particularly cryptic species) are expected to be found and recognized within the section.This study aimed to: 1) infer the phylogenetic relationships of section Setacea with other groups (genera and sections) of the Batrachospermales, as well as the inter and intra-specific limits of variation for the species within the section based on sequence analysis for the rbcL and cox1 barcode region: 2) elaborate a revisionary study by reevaluating the diagnostic taxonomic characters for the species of the sectionin the light of the new molecular data. Fifteen samples were analyzed, thirteen from southern and southeastern Brazil and two from other continents (Asia - Japan; Europe - Spain). The specimens were collected in waters with low to moderate temperatures, slightly acidic, turbulent and mean to moderate oxygen concentrations (oligotrophic and oligosaprobic... / FAPESP: 2012/20134-9 / FAPESP: 2013/03031-4 / FAPESP: 2012/12016-6

Orientador: Orlando Necchi Junior / Banca: Luis Henrique Zanini Branco / Banca: Inessa Lacativa Bagatini / Banca: Mariana Cabral de Oliveira / Banca: Valéria Cassano / Resumo: A seção Virescentia do gênero Batrachospermum corresponde a espécies com aparência esverdeada e verticilos bem desenvolvidos, carposporófitos grandes produzidos isoladamente ou em pares e inseridos no eixo principal, ramos carpogoniais retos e curtos originados das células pericentrais ou células fasciculares proximais, e carpogônio com tricogínios alongados e pedicelados. O presente estudo teve como objetivo inferir as relações filogenéticas, bem como os limites de variação intra e interespecífico das espécies da seção Virescentia com base na análise morfológica e molecular, utilizando caracteres diagnósticos atualmente aceitos e dois marcadores moleculares: gene plastidial que codifica a subunidade grande da RUBISCO (rbcL - 1.282 pares de base, pb) e as regiões de "barcode" (664 pb) e "mini-barcode" (246 pb) do gene mitocondrial que codifica a subunidade 1 da citocromo c oxidase (cox1). Foram analisadas amostras provenientes das regiões biogeográficas neotropical, neártica e paleártica, além de exsicatas dos espécimes-tipo da seção provenientes do Herbário PC (Paris, França) e exsicatas de espécimes do Brasil e Japão. Análises baseadas nas sequências de rbcL, cox1 e "mini-barcode" foram congruentes, indicando níveis de divergência suficientes para distinguir espécies dentro da seção. Análises moleculares revelaram a seção Virescentia como monofilética e evidenciaram clados bem definidos, com nítida repartição biogeográfica e associados a uma divergência relativamente alta... / Abstract: Section Virescentia of genre Batrachospermum comprises species with a greenish appearance and well-developed whorls, carposporophytes are produced singly or in pairs along the main axis, carpogonial branches are straight and short, arise from pericentral cells or proximal fascicle cells and carpogonia are elongate with cylindrical and pedicellate trichogynes. The goals of this study were to infer the phylogenetic relationships, as well as the limits of intra and interspecific variation among the species of Virescentia section, based on morphological and molecular analyses, using the diagnostic characters currently accepted and two molecular markers: the plastidial gene that encodes the RUBISCO large subunit (rbcL - 1282 bp) and the "barcode" (664 bp) and "mini-barcode" (246 bp) regions of the mitochondrial gene cox1 that encodes the cytochrome c oxidase sub-unity 1. We analyzed samples from the neotropical, neartic and paleartic biogeographic realms and dried archival samples (type specimens) from PC Herbarium (Paris, France) and dried archival samples from Brazil and Japan. Analyses based on rbcL, cox1 and mini-barcode sequences were congruent and showed section Virescentia as a clear monophyletic group, with enough divergence to distinguish species among the section. Molecular analyses revealed the Virescentia section as monophyletic and showed well-defined clades, with distinct biogeographical distribution and associated with a relatively high divergence in sequences between these groups, suggesting that the samples of the different parts of the world correspond to at least five distinct species: B. viride-brasiliense, B. vogesiacum, B. helminthosum, Batrachospermum sp.1 and Batrachospermum sp.2. The examination of types, as well as critical samples in the history of the group, allowed to recognize ten species for the Virescentia section based on diagnostics ... / Doutor

Orientador: Orlando Necchi / Banca: Luis Henrique Zanini Branco / Banca: Mariana Cabral de Olievira / Banca: Daniela Milstein / Banca: Inessa Lacativa Bagatini / Resumo: A filogeografia de sete espécies de Batrachospermales (Batrachospermum viride-brasiliense, Kumanoa ambigua, Setacea puiggariana, Sirodotia delicatula e Sirodotia spp.) foi investigada em populações brasileiras com base em dois marcadores mitocondriais: a região espaçadora cox2-3 e a região de "barcode" cox1. As espécies apresentaram níveis de divergência genética semelhantes para ambos os marcadores utilizados. B. viride-brasiliense apresentou dez haplótipos de cox2-3 e nove haplótipos, de cox1, com variação entre os haplótipos de 0,3 - 2,4% e 0,6 - 1,8%, respectivamente. K. ambigua apresentou três haplótipos para cada um dos marcadores analisados, com variação de 0,6 - 2,4% para cox2-3 e 1,3 - 2,0% para cox1. S. puiggariana apresentou seis haplótipos de cox-2-3 e oito haplótipos de cox1, com variação entre os haplótipos de 0,3 - 2,4% e 0,2 - 2,4%, respectivamente. Sirodotia apresentou uma alta variação entre os haplótipos para ambos marcadores, mostrando uma espécie (S. delicatula), com baixa variação para cox2-3 e cox1 (0,3 - 2,2% e 0,2 - 0,4%; respectivamente) e um complexo (Sirodotia spp. formado por três espécies crípticas), com divergência de 0,3 - 7,0% para cox2-3 e 0,2 - 6,2% para cox1. Para a região espaçadora cox2-3, as sequências de K. ambigua apresentaram 335 pb, enquanto para as outras espécies, todas as sequências tiveram comprimento de 376 pb. Os haplótipos de cox2-3 diferiram em 13 posições para B. viride-brasiliense, nove para K. ambigua, 12 para S. puiggariana e oito para S. delicatula e 33 posições para Sirodotia spp. Para a região de "barcode" cox1, todas as espécies apresentaram sequencias de 664 pb de comprimento, com um número mais elevado de posições variáveis para os haplótipos: 28 para B. viride-brasiliense, 16 para K. ambigua, 25 para S. puiggariana, apenas quatro para S. delicatula e 48 para... / Abstract: The phylogeography of seven species of Batrachospermales (Batrachospermum viride-brasiliense, Kumanoa ambigua, Setacea puiggariana, Sirodotia delicatula e Sirodotia spp.) was investigated in Brazilian populations based on two mitochondrial markers: the spacer region cox2-3 and the cox1 barcode region. The species showed similar levels of genetic divergence for both markers used. B. viride-brasiliense had ten haplotypes of cox2-3 and nine haplotypes of cox1, with haplotypes ranging from 0.3 to 2.4% and 0.6 to 1.8%, respectively. Three haplotypes for each marker were observed for K. ambigua, ranging from 0.6 to 2.4% and 1.3 to 2.0% for cox2-3 and cox1, respectively. Setacea puiggariana had six haplotypes for cox2-3 and eight haplotypes for cox1, with haplotypes ranging from 0.3 to 2.4% for cox2-3 and 0.2 to 2.4, respectively. A high variation between haplotypes of Sirodotia were found for both markers, showing one group (S. delicatula), with low variation for cox2-3 and cox1 (from 0.3 to 2.2 and 0.2 to 0.4%, respectively), and Sirodotia spp, species complex with divergence from 0.2 to 7.0% for cox2-3 and 0.2 to 6.2 % for cox1, including three cryptic species. For the cox2-3 spacer region, K. ambigua sequences showed 335 bp, whereas for other species, all sequences have of 376 bp in length. The cox2-3 haplotypes differed in 13 positions for B. viride-brasiliense, nine for K. ambigua, 12 for S. puiggariana, eight for S. delicatula and 33 positions for Sirodotia spp. Sequences of the cox1 barcode region, for all species were 664 bp in length, with a higher number of variable positions among the haplotypes: 28 for B. viride-brasiliense, 16 for K. ambigua, 25 for S. puiggariana, only four for S. delicatula, and 48 for Sirodotia spp.. Analyses of the two markers used and the geographical distribution of populations showed that each species had different phylogeographic patterns, ... / Doutor

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