以貝式方法處理部分區分(partially-classified)失去部分訊息資料的類別抽樣(categorical sampling with censored data)大部分皆建立在“無價值性失去部分訊息的類別資料”(non-informative censored categorical data)與“誠實回答”(truthful reporting)的前提下。Jiang (1995)取消這兩個假設，提出類似Makov & Smith(1977)和Smith & Makov(1978)對混合分配(mixture distribution)所用之準貝式法(quasi-Bayes method)來得到近似解。而本文將討Jiang提出之準貝式法的收斂性，及考慮先驗分配對估計精準度的影響。

The before-after study is still the most popular method used by traffic engineers and transportation safety analysts for evaluating the effects of an intervention. However, this kind of study may be plagued by important methodological limitations, which could significantly alter the study outcome. They include the regression-to-the-mean (RTM) and site-selection effects. So far, most of the research on these biases has focused on the RTM. Hence, the primary objective of this study consists of presenting a method that can reduce the site-selection bias when an entry criterion is used in before-after studies for continuous (e.g. speed, reaction times, etc.) and count data (e.g. number of crashes, number of fatalities, etc.). The proposed method documented in this research provides a way to adjust the Naive estimator by using the sample data and without relying on the data collected from the control group, since finding enough appropriate sites for the control group is much harder in traffic-safety analyses. In this study, the proposed method, a.k.a. Adjusted method, was compared to commonly used methods in before-after studies. The study results showed that among all methods evaluated, the Naive is the most significantly affected by the selection bias. Using the CG, the ANCOVA, or the EB method based on a control group (EBCG) method can eliminate the site-selection bias, as long as the characteristics of the control group are exactly the same as those for the treatment group. However, control group data that have same characteristics based on a truncated distribution or sample may not be available in practice. Moreover, site-selection bias generated by using a dissimilar control group might be even higher than with using the Naive method. The Adjusted method can partially eliminate site-selection bias even when biased estimators of the mean, variance, and correlation coefficient of a truncated normal distribution are used or are not known with certainty. In addition, three actual datasets were used to evaluate the accuracy of the Adjusted method for estimating site-selection biases for various types of data that have different mean and sample-size values.

O objetivo principal do trabalho foi o desenvolvimento de um programa computacional, em linguagem Microsoft Visual Basic 6.0 (versão executável), para estimativa da taxa de penetrância a partir da análise de genealogias com casos de doenças com herança autossômica dominante. Embora muitos dos algoritmos empregados no programa tenham se baseado em idéias já publicadas na literatura (em sua maioria por pesquisadores e pós-graduandos do Laboratório de Genética Humana do Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo), desenvolvemos alguns métodos inéditos para lidar com situações encontradas com certa frequência nos heredogramas publicados na literatura, como: a) ausência de informações sobre o fenótipo do indivíduo gerador da genealogia; b) agrupamento de árvores de indivíduos normais sem a descrição da distribuição de filhos entre os progenitores; c) análise de estruturas da genealogia contendo uniões consanguíneas, utilizando um método alternativo ao descrito na literatura; d) determinação de soluções gerais para as funções de verossimilhança de árvores de indivíduos normais com ramificação regular e para as probabilidades de heterozigose de qualquer indivíduo pertencente a essas árvores. Além da versão executável, o programa, denominado PenCalc, é apresentado também numa versão para Internet (PenCalc Web), a qual fornece adicionalmente as probabilidades de heterozigose e o cálculo de afecção na prole de todos os indivíduos da genealogia. Essa versão pode ser acessada livre e gratuitamente no endereço http://www.ib.usp.br/~otto/pencalcweb. Desenvolvemos também um modelo com taxa de penetrância variável dependente da geração, uma vez que a inspeção de famílias com doenças autossômicas dominantes, como é o caso da síndrome da ectrodactilia associada à hemimelia tibial (EHT), sugere a existência de um fenômeno similar à antecipação, em relação à taxa de penetrância. Os modelos com taxa de penetrância constante e variável, e os métodos desenvolvidos neste trabalho foram aplicados a 21 heredogramas de famílias com afetados pela EHT e ao conjunto das informações de todas essas genealogias (meta-análise), obtendo-se em todos os casos estimativas da taxa de penetrância. / The main objective of this dissertation was the development of a computer program, in Microsoft® Visual Basic® 6.0, for estimating the penetrance rate of autosomal dominant diseases by means of the information contained on genealogies. Some of the algorithms we used in the program were based on ideas already published in the literature by researchers and (post-) graduate students of the Laboratory of Human Genetics, Department of Genetics and Evolutionary Biology, Institute of Biosciences, University of São Paulo. We developed several other methods to deal with particular structures found frequently in the genealogies published in the literature, such as: a) the absence of information on the phenotype of the individual generating of the genealogy; b) the grouping of trees of normal individuals without the separate description of the offspring number per individual; c) the analysis of structures containing consanguineous unions; d) the determination of general solutions in simple analytic form for the likelihood functions of trees of normal individuals with regular branching and for the heterozygosis probabilities of any individual belonging to these trees. In addition to the executable version of the program summarized above, we also prepared, in collaboration with the dissertation supervisor and the undergraduate student Marcio T. Onodera (main author of this particular version), another program, represented by a web version (PenCalc Web). It enables the calculation of heterozygosis probabilities and the offspring risk for all individuals of the genealogy, two details we did not include in the present version of our program. The program PenCalc Web can be accessed freely at the home-page address http://www.ib.usp.br/~otto/pencalcweb. Another important contribution of this dissertation was the development of a model of estimation with generationdependent penetrance rate, as suggested by the inspection of families with some autosomal dominant diseases, such as the ectrodactyly-tibial hemimelia syndrome (ETH), a condition which exhibits a phenomenon similar to anticipation in relation to the penetrance rate. The models with constant and variable penetrance rates, as well as practically all the methods developed in this dissertation, were applied to 21 individual genealogies from the literature with cases of ETH and to the set of all these genealogies (meta-analysis). The corresponding results of all these analysis are comprehensively presented.

Neste trabalho apresenta-se uma revisão da metodologia de experimentos de microarray relativas a sua instalação e análise estatística dos dados obtidos. A seguir, aplica-se essa metodologia na análise de dados de expressão gênica em citros, gerados por um experimento de macroarray, utilizando modelos lineares de efeitos fixos considerando a inclusão ou não de diferentes efeitos e considerando ajustes de modelos para cada gene separadamente e para todos os genes simultaneamente. Os experimentos de macroarray são similares aos experimentos de microarray, porém utilizam um menor número de genes. Em geral, são utilizados devido a restrições econômicas. Devido ao fato de terem sido utilizados poucos arrays no experimento analisado neste trabalho foi utilizada uma abordagem bayesiana empírica que utiliza estimativas de variância mais estáveis e que leva em consideração a correlação entre as repetições do gene dentro do array. Também foi utilizado um método de análise não paramétrico para contornar o problema da falta de normalidade para alguns genes. Os resultados obtidos em cada um dos métodos de análise descritos foram então comparados. / This paper presents a review of the methodology of microarray experiments for its installation and statistical analysis of data obtained. Then this methodology is applied in data analysis of gene expression in citrus, generated by a macroarray experiment, using linear models with fixed effects considering the inclusion or exclusion of different effects and considering adjustments of models for each gene separately and for all genes simultaneously. The macroarray experiments are similar to the microarray experiments, but use a smaller number of genes. In general, are used due to economic restrictions. Because they have been used a few arrays in the experiment analyzed in this study it was used a empirical Bayes approach that uses estimates of variance more stable and that takes into account the correlation among replicates of the gene within array. A non parametric analysis method was also used to outline the problem of the non normality for some genes. The results obtained in each of the described methods of analysis were then compared.

Neste trabalho apresenta-se uma revisão da metodologia de experimentos de microarray relativas a sua instalação e análise estatística dos dados obtidos. A seguir, aplica-se essa metodologia na análise de dados de expressão gênica em citros, gerados por um experimento de macroarray, utilizando modelos lineares de efeitos fixos considerando a inclusão ou não de diferentes efeitos e considerando ajustes de modelos para cada gene separadamente e para todos os genes simultaneamente. Os experimentos de macroarray são similares aos experimentos de microarray, porém utilizam um menor número de genes. Em geral, são utilizados devido a restrições econômicas. Devido ao fato de terem sido utilizados poucos arrays no experimento analisado neste trabalho foi utilizada uma abordagem bayesiana empírica que utiliza estimativas de variância mais estáveis e que leva em consideração a correlação entre as repetições do gene dentro do array. Também foi utilizado um método de análise não paramétrico para contornar o problema da falta de normalidade para alguns genes. Os resultados obtidos em cada um dos métodos de análise descritos foram então comparados. / This paper presents a review of the methodology of microarray experiments for its installation and statistical analysis of data obtained. Then this methodology is applied in data analysis of gene expression in citrus, generated by a macroarray experiment, using linear models with fixed effects considering the inclusion or exclusion of different effects and considering adjustments of models for each gene separately and for all genes simultaneously. The macroarray experiments are similar to the microarray experiments, but use a smaller number of genes. In general, are used due to economic restrictions. Because they have been used a few arrays in the experiment analyzed in this study it was used a empirical Bayes approach that uses estimates of variance more stable and that takes into account the correlation among replicates of the gene within array. A non parametric analysis method was also used to outline the problem of the non normality for some genes. The results obtained in each of the described methods of analysis were then compared.

O objetivo principal do trabalho foi o desenvolvimento de um programa computacional, em linguagem Microsoft Visual Basic 6.0 (versão executável), para estimativa da taxa de penetrância a partir da análise de genealogias com casos de doenças com herança autossômica dominante. Embora muitos dos algoritmos empregados no programa tenham se baseado em idéias já publicadas na literatura (em sua maioria por pesquisadores e pós-graduandos do Laboratório de Genética Humana do Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo), desenvolvemos alguns métodos inéditos para lidar com situações encontradas com certa frequência nos heredogramas publicados na literatura, como: a) ausência de informações sobre o fenótipo do indivíduo gerador da genealogia; b) agrupamento de árvores de indivíduos normais sem a descrição da distribuição de filhos entre os progenitores; c) análise de estruturas da genealogia contendo uniões consanguíneas, utilizando um método alternativo ao descrito na literatura; d) determinação de soluções gerais para as funções de verossimilhança de árvores de indivíduos normais com ramificação regular e para as probabilidades de heterozigose de qualquer indivíduo pertencente a essas árvores. Além da versão executável, o programa, denominado PenCalc, é apresentado também numa versão para Internet (PenCalc Web), a qual fornece adicionalmente as probabilidades de heterozigose e o cálculo de afecção na prole de todos os indivíduos da genealogia. Essa versão pode ser acessada livre e gratuitamente no endereço http://www.ib.usp.br/~otto/pencalcweb. Desenvolvemos também um modelo com taxa de penetrância variável dependente da geração, uma vez que a inspeção de famílias com doenças autossômicas dominantes, como é o caso da síndrome da ectrodactilia associada à hemimelia tibial (EHT), sugere a existência de um fenômeno similar à antecipação, em relação à taxa de penetrância. Os modelos com taxa de penetrância constante e variável, e os métodos desenvolvidos neste trabalho foram aplicados a 21 heredogramas de famílias com afetados pela EHT e ao conjunto das informações de todas essas genealogias (meta-análise), obtendo-se em todos os casos estimativas da taxa de penetrância. / The main objective of this dissertation was the development of a computer program, in Microsoft® Visual Basic® 6.0, for estimating the penetrance rate of autosomal dominant diseases by means of the information contained on genealogies. Some of the algorithms we used in the program were based on ideas already published in the literature by researchers and (post-) graduate students of the Laboratory of Human Genetics, Department of Genetics and Evolutionary Biology, Institute of Biosciences, University of São Paulo. We developed several other methods to deal with particular structures found frequently in the genealogies published in the literature, such as: a) the absence of information on the phenotype of the individual generating of the genealogy; b) the grouping of trees of normal individuals without the separate description of the offspring number per individual; c) the analysis of structures containing consanguineous unions; d) the determination of general solutions in simple analytic form for the likelihood functions of trees of normal individuals with regular branching and for the heterozygosis probabilities of any individual belonging to these trees. In addition to the executable version of the program summarized above, we also prepared, in collaboration with the dissertation supervisor and the undergraduate student Marcio T. Onodera (main author of this particular version), another program, represented by a web version (PenCalc Web). It enables the calculation of heterozygosis probabilities and the offspring risk for all individuals of the genealogy, two details we did not include in the present version of our program. The program PenCalc Web can be accessed freely at the home-page address http://www.ib.usp.br/~otto/pencalcweb. Another important contribution of this dissertation was the development of a model of estimation with generationdependent penetrance rate, as suggested by the inspection of families with some autosomal dominant diseases, such as the ectrodactyly-tibial hemimelia syndrome (ETH), a condition which exhibits a phenomenon similar to anticipation in relation to the penetrance rate. The models with constant and variable penetrance rates, as well as practically all the methods developed in this dissertation, were applied to 21 individual genealogies from the literature with cases of ETH and to the set of all these genealogies (meta-analysis). The corresponding results of all these analysis are comprehensively presented.